BILAN DES CONNAISSANCES BIOCHIMIE METABOLIQUE ET ENZYMOLOGIE : Etudiante : Marion GRIMBERG Janvier 2010 CORRIGE par Hader HAIDOUS

1) Dfinir la matire organique La matire organique regroupe lensemble des macromolcules et petites molcules constitues des lments chimiques suivants : C, H, O, N, P, S 2) Dfinir la matire inorganique La matire inorganique regroupe lensemble des lments minraux de base tel que le calcium, le sodium, le potassium etc qui peuvent faire partie de la matire vivante ou de la matire inerte. 3) Quels sont les 4 types de biomolcules organiques que vous connaissez ainsi que leurs principales caractristiques. Les acides nucliques : bases de linformation gntique ou ADN ainsi que lARN, ils sont constitus de bases azots cycliques, dun sucre (ribose ou dsoxyribose) et de groupements phosphate. Les protines : briques fondamentales de la vie, elles sont constitues de longues chaines dacides amins appeles aussi chaines polypeptidiques. Les glucides : appels galement hydrates de carbones, ils sont constitus dunits dits oses ou hydrates de carbone possdant de nombreux hydroxyle (alcool) et une fonction aldhyde (aldose) ou ctone (ctose). Les lipides : longues chaines hydrognocarbones aliphatiques et hydrophobes, ils regroupent lensemble des corps gras, principal constituant notamment des membranes cellulaires.

4) Dfinir ce quest une protine Une protine est une longue chaine polypeptidique (ou plusieurs chaines polypeptidiques si protine oligomrique) structure en 4 niveaux : - Structure primaire : squence dacides amins linaire - Structure secondaire : arrangement de la chaine dacides amins dans lespace en structures de type hlice alpha ou feuillets plisss beta ou en structure plus ou moins dsorganises (coudes,) - Structure tertiaire : arrangements des structures secondaires (hlices alpha et beta) dans lespace pour former une unit avec des domaines. - Structure quaternaire : pour les protines possdant plusieurs chaines polypeptidiques (ou sous-units) seulement, arrangement des oligomres ou protomres (sous-units) en structures protiques dimriques, trimriques, ou quadrimriques (protine oligomrique)

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5) Dfinir ce quest une enzyme Une enzyme est un catalyseur biologique (biocatalyseur) de nature protique capable dacclrer (catalyser) la vitesse dune raction chimique dans des conditions spcifiques. Il agit sur le substrat de la raction et le transforme en produit sans tre consomm lors de la raction. 6) Dfinir ce quest un coenzyme Un coenzyme est un molcule organique (NADH,H+, FADH2, vitamine B12) ou inorganique (Ca+, Mg+) indispensable lactivit de certaines enzymes. 7) Quels sont les 6 types de raction catalyse par les enzymes ? indiquer les 6 types denzymes correspondantes

EC 1 Oxydo-rductases : catalysent les ractions d'oxydo-rduction EC 2 Transfrases : transfrent un groupement fonctionnel (par exemple un groupe mthyle ou phosphate) EC 3 Hydrolases : catalysent l'hydrolyse de diverses liaisons EC 4 Lyases : brisent diverses liaisons par d'autres procds que l'hydrolyse et l'oxydation EC 5 Isomrases : catalysent les ractions d'isomrisation dans une simple molcule EC 6 Ligases : joignent deux molcules par des liaisons covalentes

8) Dfinir ce quest la vitesse initiale dune enzyme La vitesse initiale dune enzyme reprsente la quantit (ou concentration) de substrat consomm ou de produit form par unit de temps, lors de la phase initiale de la raction lorsque moins de 10% du substrat a t consomm. Vi en mol / L / min ou en mol /L /seconde On peut dire aussi : La vitesse initiale (Vi) d'une raction enzymatique est la vitesse instantane, au temps t=0, de transformation d'un substrat par une enzyme. 9) Dfinir ce quest la vitesse maximale dune enzyme, en dduire ce quest lactivit enzymatique La vitesse maximale dune enzyme correspond la vitesse de raction de lenzyme lorsque le substrat est saturant. Lorsque [S] > 10 x Km (constante de Michaelis) alors Vi = Vmax. LActivit spcifique de lenzyme (AS) correspond cette Vmax ramene la quantit denzyme prsente dans le milieu reactionnel. Elle est exprime gnralement en mol (/ L) / min / g denzyme.

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10) En fonction des vitesses et des mcanismes de raction enzymatique, on peut diffrencier 2 types denzymes, dfinir les 2 types, indiquer les graphes Vi = f ( [S] ) pour les 2 types et citer un exemple denzyme que vous connaissez pour chacun des 2 types.
Allure hyperbole : Enzyme michalienne (gnralement 1 unit)
1 seul site pour le Substrat

Allure sigmode : Enzyme allostrique (gnralement plusieurs sous-units) avec effet de la fixation du substrat sur le site dune unit qui fait changer la conformation de lensemble et facilite la fixation sur une autre unit de lenzyme oligomrique. Il y a une Coopration Vi
4 sites Substrat Substrat

Vi

Saturation de lenzyme par son substrat, on est ici Vmax

[S]
Exemple : Glucose kinase ou hexokinase (dans la glycolyse)

[S]
Exemple : dans le cycle de Krebs, le Complexe de la Pyruvate dcarboxylase

11) Ecrire lquation de Michaelis-Menten pour une enzyme michaelienne ainsi que les reprsentations graphiques de Lineweaver et Burk. Indiquer les paramtres michaeliens sur les courbes. quation dcrivant la vitesse de raction enzymatique est la suivante :

Avec :

vi : vitesse initiale (cest--dire en absence de produit) de la raction enzymatique pour une concentration de substrat [S] (en mol/min)1 ; vmax : vitesse initiale maximale mesure pour une concentration saturante de substrat (en mol/min)1 ; [S] : Concentration en substrat (en mol/L)1 ; KM : Constante de Michaelis spcifique de l'enzyme. C'est la concentration en substrat pour laquelle la vitesse initiale de la raction est gale la moiti de la vitesse initiale maximale (en mol/L)1. Elle correspond l'inverse de la constante d'affinit apparente du substrat pour l'enzyme. Graphiquement, l'quation de Michaelis-Menten est une branche d'hyperbole.

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Reprsentation en double inverse de Lineweaver-Burk et dtermination graphique des paramtres Vmax et Km

12) Quelle est laction des effecteurs sur les enzymes, citer deux exemples. Lactivation ou amplification de lactivit des enzymes par les activateurs (effecteurs positifs).
Exemple : Le magnesium Mg2+ est un activateur la cratine kinase dans le muscle.

Linhibition ou dsactivation plus ou moins importante de lactivit des enzymes par les inhibiteurs (effecteurs ngatifs) Exemple : L'-ctoglutarate dshydrognase (dans le Cycle de Krebs) est active par le calcium (et
inhibe par le NADH, l'ATP et son produit le succinyl-CoA)

13) Ecrire les quations des ractions enzymatiques avec S, P, E, sans I et avec I (Inhibiteur)

E
k1

E P E + S + I E-S E-I E
Avec Inhibiteur : comptition entre le Substrat et lInhibiteur pour le site actif de lenzyme

+ S
k-1

E-S
k2

P I

Sans inhibiteur : raction normale

14) La thermodynamique des ractions fait intervenir des changes dnergie, quel est le paramtre (nom et symbole) qui montre quune raction est thermodynamiquement possible ? Doit-il tre ngatif ou positif ? Cest la diffrence denthalpie libre note G - Lorsque G < 0, la raction est thermodynamiquement possible, raction exergonique (libre de lnergie) - Lorsque G > 0, la raction est thermodynamiquement impossible, raction endergonique (consomme de lnergie)

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15) On parle de barrire nergtique franchir pour une raction catalyse par une enzyme,

reprsenter-la sur un graphe lgend.

Diagramme d'une raction catalytique qui montre l'nergie (E) requise diffrentes tapes suivant l'axe du temps (t). Les substrats (A et B) en conditions normales requirent une quantit d'nergie considrable (E1) pour atteindre l'tat de transition A...B, la suite duquel le produit de raction (AB) peut se cre un former. L'enzyme (E) microenvironnement dans lequel A et B peuvent atteindre l'tat de transition (A...E...B) plus facilement, rduisant ainsi la quantit d'nergie requise (E2). Comme il est plus ais d'atteindre un niveau nergtique infrieur, la raction peut avoir lieu plus frquemment, ce qui se traduit par une vitesse de raction accrue.

16) Quels sont les 2 types de mtabolisme que vous connaissez, quel est celui qui sert dgrader les molcules et celui sui sert fabriquer les molcules ? quel est celui qui consomme de lnergie et celui qui produit de lnergie ? Le catabolisme : sert dgrader/cataboliser les molcules et produire de lnergie Lanabolisme : sert fabriquer/synthtiser les molcules et consomme de lnergie 17) Quelle est la molcule produite (nom et sigle) qui fournit lnergie ? LATP : Adnosine TriPhosphate produite dans la mitochondrie.

18) La dgradation des sucres (oses et osides) fait intervenir en premier un catabolisme oxydatif appel la glycolyse qui a lieu dans le cytoplasme de la cellule, quest ce que veut dire catabolisme oxydatif ? Le catabolisme oxydatif est une voie de dgradation de molcules par une succession de ractions doxydation faisant intervenir de nombreuses enzymes de la classe des oxydoreductases. La glycolyse compte 10 ractions doxydations successives qui permet dobtenir 2 molcules de Pyruvate (3C) partir dune molcule de Glucose (6C) en produisant de lATP (2 molcules) et du coenzyme rduit NADH,H+(4 molcules).

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19) La glycolyse produit 2 molcules de pyruvate partir dune molcule de glucose, les 2 molcules de pyruvate sont transforms en 2 acetylcoA par une autre raction dans la membrane externe de la mitochondrie, a. quelle est cette raction ? crire la raction en question La dcarboxylation oxydative du pyruvate : actyl-CoA + CO2 + NADH,H+ Pyruvate + CoA-SH + NAD+ b. quel est le nom de lenzyme ? La Pyruvate Dcarboxylase (ou complexe de) compose de plusieurs units c. dans quel cycle sera dgrad lacetylcoA produit ? Le cycle de Krebs aussi appel Cycle des acides tricarboxyliques d. crire ce cycle complet avec les substrats, les produits, les enzymes et les coenzymes rduits et oxyds.
Le cycle de Krebs est compos de 8 tapes, chacune tant catalyse par une enzyme spcifique. Au cours du cycle sont produites, partir d'une mole de acide actique et jusqu'au stade CO2 et H2O :

2 moles de CO2 3 moles de NADH,H+ 1 mole de FADH2 1 mole de GTP

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20) Les coenzymes rduits lors de ce cycle se retrouvent dans la membrane interne de la mitochondrie, et sont r-oxyds dans une chane de ractions, a. comment sappelle cette chane de ractions ? La chaine respiratoire mitochondriale b. combien de complexes enzymatiques sont mis en cause ? Quatre complexes enzymatiques I, II, III et IV sont impliqus, ancrs dans la membrane interne de la mitochondrie. Ils permettent aux lectrons dtre achemins le long de la chane par les ractions doxydations successives. c. quel est le but de cette chane de raction ? Le but de la chane respiratoire est de r-oxyder (regnrer) les coenzymes rduits (NADH,H+ et FADH ,H+) pour produire de lATP, cela aboutit la rduction dune molcule de O2 en une molcule de H2O. d. quel est le rle de la mitochondrie pour la cellule ? Produire de lnergie sous forme dATP. Cest la centrale nergtique de la cellule, elle utilise les nutriments ingrs par la cellule, les dgrade (catabolise) pour produire de lATP.

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