Quels examens de biologie molculaire prescrire et obtenir en 2011?

I Rouquette

Plateformes hospitalires de gntique molculaire des cancers

Elles ont pour vocation de raliser les tests molculaires innovants pour lensemble des patients de la rgion, quel que soit ltablissement o ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou tablissement priv.

Plateforme de gntique molculaire des cancers

Directeur de plateforme: E Delabesse Trois sites: Rangueil I Rouquette: poumon EGFR/ALK/BRAF/HER2 ICR G Favre PI3K poumon Purpan J Selves Lamant: colon mlanome E Delabesse: BCR ABL/KIT

 A Rangueil
2005 projet ligue: squenage de 100 patients acquisition dune expertise formation technicien Tenon
2007 demande dactivit nouvelle: acquisition dquipements et budget fonctionnement sur 2 ans pour commande ractifs 2009 : intgration plateforme biologie molculaire des cancers du CHU (E Delabesse) 2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie molculaire.(Kras, EGFR, MSI, 1p19q). 2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicien patient, remboursement dstockage 2011: subvention INCa biomarqueurs mergents

AUJOURDHUI
Une AMM premire ligne: gefitinib Une ATU: Crizotinib

Des essais cliniques plus ou moins avancs

Un seul examen aujourdhui indispensable pour guider la conduite thrapeutique: recherche des mutations activatrices dEGFR

GEFITINIB (IRESSA) is indicated for the treatment of adult patients with locally advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of EGFR.

3% 5% 3%

48%

2142 adnocarcinomes exon 19 et L858R

Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in Tumor Specimens From Men and Cigarette Smokers With Lung Adenocarcinomas

Sandra P. DAngelo et al J Clin Oncol 2011

Indications

Financement INCa: Tous les patients atteints dun adnocarcinome du poumon devraient pouvoir avoir accs au test EGFR pour dterminer le statut mutationnel de leur tumeur.

Non accepts par la plateforme: pidermodes du fumeur, NEGC

Accepts aprs discussion: pidermodes du non fumeur, adno-squameux, CNPC.

Circuit des examens de biologie molculaire

Pathologiste de la plateforme

Pathologiste dtenteur du matriel CHG, CHU, Secteur Priv

Contrle morphologique Extraction dADN PCR Criblage Squenage des variants

BILAN EGFR 2010

Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4

Nb patients 464 88
Nb examens 522 % mutations Dlai de rendu % Prescriptions secteur priv % Non interprtables 89 17,05 15 jours 37,5 2,27

115
149 12,17 15 jours 26,96 13,91

115
127 9,57 11 jours 45,22 6,96

147
157 11,56 9 jours 51,02 4,08

2009 PATIENTS TESTES 55

2010 422

2011 600 Trois premiers trimestres

% MUTES

23%

9,5 17%

7 11%

une altration molculaire peut tre identifie chez environ 40 % des patients atteints dun cancer du poumon non petites cellules.

20-30% 12-14%

5%

16

Translocation EML4-ALK
Activit de linhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population de CBNPC positifs pour ALK (n = 82)
60 40 20 0 -20 -40 -60 -80 -100 -30 %

81

Progression
Stabilit Rponse partielle confirme Rponse complte confirme

Variation maximale de la taille tumorale (%)

Taux de rponse = 57% Contrle 8 semaines : 87 % SSP 6 mois : 72 %

Kwak, NEJM 2010

Protine de fusion EML4-ALK:

inversion du bras court du chromosome 2 [Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 113 de EML4 aux exons 2029 de ALK. partie N-term. EML4 (echinoderm michrotubule associated protein like 4) + portion intracellulaire du rcepteur tyrosinekinase ALK (anaplastic lymphoma kinase)

20

Split signal en FISH

FISH: examen de biologie molculaire: Problmes: Fixateur Echantillonnage Eosine Equipement spcifique Aide la lecture On nidentifie que la cassure dALK

Clin Cancer Res 2010 D5F3 or D9E4 antibodies

J Clin Pathol 2010 ALK 5A4

Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ systme de rvlation

Bilan ALK 2011

Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4 (Octobre) 58
56 1,8% 11 jours 24,1% 1,8%

Nb patients 180 30
Nb examens % Translocations Dlai de rendu % Prescriptions secteur priv % Non interprtables 30 20% 15 jours 20% 0%

64
62 6,4% 12 jours 20,3% 16,1%

27
24 4,2% 11 jours 14,8% 4,2%

Mutations de K-Ras
Exon 1
GGT Codon 12 Glycin GGC Codon 13 GCA
Codon 59

CCA Codon 61

TGT Cystin GTT Valine GAT Aspartate

CGT Arginine AGT Serine GCT Alanine

Mutations activatrices en position 12,13 or 61 Mutuellement exclusives avec celles d EGFR Associes au tabac (transv. G en T ou C) 22% des ADC ( trs rares ds malpighiens) Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A)

BRAF
Marchetti et al J Clin Oncol 2011 1,046 NSCLCs BRAF mutations were present in 36 ADCs (4.9%) and one SCC (0.3%). Twenty-one of the mutations (56.8%) were V600E, and 16 (43.2%) were non-V600E. Paik et al J Clin Oncol 2011
BRAF mutations occur in 3% of patients with lung adenocarcinoma and occur more commonly in current and former smokers

BRAF mutations occur in approximately 5% of pulmonary adenocarcinomas, often with a papillary architecture, but in the micropapillary subgroup, the incidence rises to approximately 20%, similar to that seen in thyroid and ovarian papillary adenocarcinoma.

Yousem et al The histopathology of BRAF-V600Emutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol. 2008

Rosane De Oliveira et al Micropapillary Lung AdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAF Mutational Profile Am J Clin Pathol 2009

Shigematsu Cancer Res 2005; HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC Pao Lancet Oncol 2011 HER2 mutations are present in 2% of NSCLC

PIK3CA
PIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer Cancer Res 2008;68(17):691321] 1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutations and the gains target squamous cell carcinomas.

IGR Essai prcoce: GDC-0941, inhibiteur de la protine PI3 kinase

Autres biomarqueurs
TECHNIQUE NB TOTAL + % MUT 2010 NB TOTAL + % MUT 2011

KRAS BRAF

HRM/SEQ PCR-ASO

HER2
PI3K (ICR)

HRM/SEQ
SEQ

201 20% -

558 22,9% 316 1,7% 68 1,5% 9 0%

Amliorations Techniques
EGFR: Passage techniques plus rapides et sensibles, redesign des amorces, sensibilisation fixateur: moins de prlvements non interprtables, dlais raccourcis FISH ALK: criblage IHC systmatique corrections osine acidit, contrle externalis des cas litigieux

EXON 19 Mutation recherche Techniques utilises DELETIONS

EXON 21 MUTATIONS PONCTUELLES PCR-ASO

EXON 18 MUTATIONS PONCTUELLES HRM/ SEQUENCAGE

EXON 20 T790M INSERTIONS PCRASO/ SEQUENCAGE

HRM/ ANALYSE DE FRAGMENT

Amliorations gestion
Interface cliniciens/plateforme: Mlanie Boussard Fiche modifie tlchargeable Dveloppements informatiques pour recueil de donnes et rendu rsultats (fiches complmentaires)

PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 21

Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. Delisle CHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhs - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9 Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tl Accueil 05 61 32 28 42 -- Fax 05 61 32 21 27

Tumeurs pulmonaires

PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE
Numro INSC : Numro ONCOMIP :

Identification PATIENT Nom : . Nom de jeune fille : Prnom : .. Date de naissance : ././. Adresse : .

A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE LEXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE

Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR (Nom et coordonnes dont tel et fax)

Identification A. PATHOLOGISTE REFERENT dtenteur du matriel tumoral (Nom et coordonnes dont tel et fax)

Identification du Patient
NOM : NOM DE JEUNE FILLE : PRENOM : DATE DE NAISSANCE : Homme Femme

Date de demande du test :

Type de test : EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3K

Matriel Tumoral analyser Type de prlvement Biopsie Rsection chirurgicale Autre :

Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR

NOM : ADRESSE : Site de prlvement : Bronche Poumon Date de prlvement : Autre :

Date de la demande de gnotypage EGFR : Matriel tumoral analyser :

/ 20.. Tabagisme :
Fumeur Non fumeur

Tel : Fax : E-mail :

Statut tabagique : Fumeur Non fumeur Nombre paquets/anne : Stade TNM : IIIB IV Indications (si autre) :

Ancien fumeur (stop en .....)

Autre :...

Biopsie bronchique Biopsie pulmonaire sous scanner Pice opratoire (lobectomie, pneumonectomie) Site mtastatique, prciser :

Indication : Stade de la maladie : .

CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE : 1. Du prlvement tumoral (1 fragment de tumeur fixe et incluse en paraffine ou congele/ choisir un bloc riche en cellules tumorales). 2. Du compte-rendu anapath. ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A lADRESSE SUIVANTE :
Service dAnatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhs TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9 Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Mlanie Boussard tel Secrtariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27

Date du prlvement :
Remarques :

/ 20..

PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur base dacide picrique. Eviter AFA. Matriel tumoral transmis:

Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR

Nombre de blocs: Tumeur primitive

N bloc: Mtastases Crbrales Ganglionnaires Autres :

FICHE complter par le mdecin prescripteur de lexamen et envoyer au mdecin pathologiste en possession du prlvement tumoral du patient.
Cette fiche sera secondairement envoye au laboratoire de gnotypage par le pathologiste avec le

NOM : ADRESSE :

Histologie :

Adnocarcinome Autre :

Epidermode/malpighien

Tel : Fax : E-mail :

Tissu congel : Tumorothque Emplacement Fixateur (indispensable):

oui non ONCOMIP

Rangueil

Purpan

Formol

Glyoxal

RCL2

Autre

Date de rception au service dAnatomie Pathologique de Rangueil : .../.../.. Heure : Visa :..

Le rsultat du gnotypage sera renvoy au mdecin prescripteur et au mdecin anatomo-pathologiste. Version 23/11/2011

BILAN EGFR 2011

Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4 (Octobre) 173
162 13,6% 5 jours 35,3% 2,5%

Nb patients 609 168

Nb examens 578 % mutations Dlai de rendu % Prescriptions secteur priv % Non interprtables 168 5,9% 8 jours 44% 4,2%

200
186 9,7% 5 jours 37,5% 1,6%

68
62 6,45% 5 jours 44,1% 0%

TRIM 1 TOTAL 102

TRIM 2 113

TRIM 3 154

TRIM 4 174

FUMEUR
NON FUMEUR ANCIEN FUMEUR NON RENSEIGNE HOMME FEMME NON RENSEIGNE

14
14 9 65 53 50 3 TRIM 1

58
36 17 2 96 76 5 TRIM 2

54
37 20 43 83 63 10 TRIM 3

64
45 18 47 102 75 0 TRIM 4

ANNEE 2010

TOTAL FUMEUR NON FUMEUR ANCIEN FUMEUR NON RENSEIGNE HOMME FEMME NON RENSEIGNE

162 90 38 26 8 93 68 0

157 95 32 23 7 102 55 0

174 99 34 33 8 111 58 0 ANNEE 2011

Evolution du tabagisme et du nombre de femme/homme (en %)

Aujourdhui
Un dossier enregistr le vendredi Rsultats exon 19/21/20 IHC ALK le mercredi Rsultats KRAS BRAF HER2 le vendredi Si demande PI3K transfert ICR si matriel restant

Dlais
Dlai de rendu des rsultats (en jours) TRIM 1 2010 2011 15 8 TRIM 2 15 5 TRIM 3 11 5 TRIM 4 9 5

Dlai dacheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de biologie molculaire (en jours)

TRIM 1 2010 2011 5

TRIM 2 11 6

TRIM 3 11 7

TRIM 4 6 6

Augmentation du nombre de dossiers pour les diffrentes analyses depuis le dbut de lactivit

Les non conformits les plus retrouves

Fiches de prescription directement envoye au laboratoire de biologie molculaire sans prlvement Le stade TNM de la maladie nest pas indiqu ou ne correspond pas aux indications prcises pour la prescription de lanalyse Le statut tabagique nest pas renseign La date de prlvement nest pas renseigne Le fixateur nest pas renseign Le numro du prlvement inscrit sur la fiche de prescription est absent ou ne correspond pas au numro du bloc La conglation du prlvement nest pas indique

1 dossier de prescription sur 3 nest pas conforme

Ce qui entraine: -Un retard de traitement et donc un retard de rendu des rsultats -Une perte de temps pour lingnieur qui doit rappeler les prescripteurs/anatomopathologiste -Un dfaut dans les statistiques rendus lINCA

Reste amliorer
Dlai d acheminement Dlai de rponse (protinase K, DCC) volution continue des techniques Renseignements cliniques Projet IFCT de recueil des donnes

Le futur sur la plateforme

Prescrire via le DCC ONCOMIP (Suivi, rendu des rsultats) Amliorer la dtection des anomalies les plus utiles (plateforme aide lecture FISH, MAD pyrosquenceur) Participer aux tudes nationales et aux STIC Dvelopper lIHC Dvelopper la dtection de nouveaux biomarqueurs (amplification c-met, FGFR) Exploitation des donnes recueillies projet IFCT

Le futur
ALK: algorithme IHC/FISH EGFR: place des anticorps? Marqueurs prdictifs de rponse (TS..): IHC

Etudes multicentriques de validation, STIC