III.

ENZIM
Pendahuluan 1. Komponen enzim 2. Prinsip kerja enzim 3. Model Lock & Key dan Induced Fit 4. Tata nama 5. Klasifikasi 6. Faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim 7. Kinetika enzim 8. Koenzim dan Vitamin 9. Regulasi Enzim

ENZIM
Pendahuluan
Enzim adalah katalis untuk reaksi-reaksi dlm sistem biologi Sebagai katalis, enzim sangat luar biasa : 1. Mempunyai daya katalitik yang sangat baik; jauh lebih baik dari katalis anorganik atau sintetik (kec. Reaksi dapat meningkat sampai 1 juta kali). 2. Mempunyai spesifisitas tinggi terhadap substrat dan reaksi. 3. Dapat berfungsi baik dalam larutan pada pH dan suhu sedang (mild condition). 4. Hasil samping jarang terbentuk. 5. Karena strukturnya yang kompleks, enzim dapat 1 diregulasi.

1. Komponen enzim
Semua enzim adalah protein, tapi ada sekelompok kecil mol. RNA yang juga bekerja seperti enzim (ribozim) Enzim utuh (holoenzim): - Bagian protein (apoenzim) - Bagian nonprotein (kofaktor): . Ion anorganik (Fe 2+, Mg 2+, Mn 2+, Zn 2+) . Mol organik kompleks: Koenzim (tidak terikat kuat pada apoenzim , spt NADH. Gugus prostetik (terikat kuat secara kovalen pada apoenzim ), misal FADH2

2. Mekanisme kerja enzim

Seperti katalis anorganik, ezim bekerja dengan cara menurunkan energi aktivasi, dpl enzim memberikan reaksi alternatif yang memerlukan energi yang lebih rendah. Suatu katalis mengubah energi bebas aktivasi (G); bukan mengubah energi bebas standar (G0).

A Catalyst Reduces the Activation Energy of a Reaction A Catalyst alters the free energy of activation G and not the standard free energy G0 of the Reaction

3. Model Lock and Key dan Induced fit

Lock and key (E. Fischer 1890) Suatu enzim akan mengikat substrat tertentu karena sisi aktif (active site) dan substrat mempunyai struktur yang komplementer yang kaku. Induced fit (Koshland) Substrat tidak secara persis cocok (fit) ke dalam sisi aktif enzim tetapi lebih fleksibel; interaksi nonkovalen antara enzim dengan substrat dapat mangubah struktur sisi aktif enzim sehingga cocok dengan struktur substrat

The Induced Fit Model

Substrate binding causes a conformational change in the enzyme. The conformations of the enzyme hexokinase (a single polypeptide with two domains) (a) before glucose binding and (b) after glucose binding (glucose molecule is not shown). The domains move relative to each other to close around the glucose molecule.

4. Tatanama enzim
Kebanyakan enzim diberi akhiran -ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisisnya: Urease : enzim yang menhhidrolisis urea DNA polimerase : enzim yang mengkatalisis reaksi polimerisasi nukleotida menjadi molekul DNA Ada beberapa enzim yang diberi nama trivial seperti, pepsin, trispsin, papain, bromelin, renin dll.

5. Klasifikasi dan tatanama enzim (IUB/IUBMB)

Enzim digolongkan ke dalam 6 kelas utama berdasarkan tipe reaksi yang dikatalisis yaitu oksidoreduktase, transferase, hidrolase, liase, isomerase, dan ligase. Enzim diberi 4 digit nomor klasifikasi dan suatu nama sistematik. ATP + Glukosa ADP + D-Glukosa-6P ATP:gluko fosfotransferase (E.C. 2.7.1.1) E.C. = Enzyme Commission Digit pertama (2) = klas (transferase) Digit kedua (7) = subklas (fosfotransferase) Digit ketiga (1) = sub subklas (fosfotransferase dg ggs -OH sbg akseptor) Digit keempat (1) = D-glukosa sbg akseptor ggs fosfat

6. Kinetika enzim
Kinetika enzim adalah studi kuantitatif tentang katalisis enzim; mempelajari kecepatan reaksi enzimatik dan bagaimana responnya terhadap perubahan parametr percobaan.

Konstanta Michaelis-Menten: k1 k3 E + S <====> ES E + P k2 Steady state: Kecepatan pembentukan ES = Kecepatan disosiasi ES k1[E][S] = (k1 + k2)[ES]

Konstanta dan persamaan MichaelisMenten

[E][S] [E][S] [ES] = ------------- = --------(k2 + k3)/k1 Km Km = konstanta Michaelis-Menten Vmaks[S] V = ------------ (Pers Michaelis-Menten) Km + [S] Jika V = 1/2 Vmaks ----> Km = [S] Jadi Km = konsentrasi substrat ketika V = 1/2 Vmaks

Reaction Velocity v and Substrate Concentration [S] for A typical Enzyme-Catalyzed Reaction Km is the substrate concentration at which the enzyme has half-maximal velocity.

Lineweaver-Burk plot
Pers Michaelis-Menten: Vmaks[S] Km + [S] V = ------------ 1/V = ----------Km + [S] Vmaks[S] Km + [S] 1/V = ------------ + 1/ Vmaks[S] (Pers. Lineweaver-Burk) Vmaks[S]

Pers. Lineweaver-Burk jika diplot antara 1/V terhadap 1/[S], akan memberikan garis lurus. Harga Km dan Vmaks dapat ditentukan lebih akurat.

Lineweaver-Burk Plot
If an enzyme obeys Michaelis-Menten kinetics, a plot of the reciprocal of the reaction velocity 1/v as a function of the reciprocal of the substrate concentration 1/[S] will fit a straight line. The slope of the line is Km/Vmax. The intercept on the vertical axis is 1/Vmax. The intercept on the horizontal axis is 1/Km

7. Faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim

Pengaruh pH:
Enzim mempunyai pH optimum (rentang pH) dimana enzim mempunyai aktivitas maksimal; di atas atau di bawah pH optimum kativitas enzim berkurang. Konsentrasi ion hidrogen (pH) dapat mempengaruhi enzim dalam beberapa cara: - Perubahan pH dapat mempengaruhi ionisasi pada sisi aktif enzim. - Perubahan pH dapat mempengaruhi struktur tersier dari apoenzim; perubahan pH yang drastis dapat menyebabkan denaturasi protein.

Pengaruh suhu
Semua reaksi kimia dipengaruhi suhu; makin tinggi suhu makin tinggi kecepatan reaksi Pada reaksi enzimatik, suhu tinggi dapat menyebakan denaturasi enzim; aktivasi enzim akan berkurang. Suhu dimana enzim mempunyai aktivitas maksimal dinamakan suhu optimum.

Effect of temperature on Enzyme Activity

Effect of PH on Two Enzymes

Pengaruh inhibitor
Inhibitor enzim: senyawa yang bersifat menghambat katalisis; memperlambat atau menahan reaksi enzimatik. Inhibisi aktivitas enzim dapat bersifat irreversibel (biasanya terikat secara kovalen pada enzim) atau reversibel (dapat terdisosiasi dari enzim). Inhibitor reversibel yang umum adalah inhibitor kompetitif dan inhibitor nonkompetitif. Irreversibel : Iodoasetat E-CH2-SH + I-CH2-COO - ----> E-CH2-S-CH2- COO - + H+ (Gliseraldehid-3P dehidrogenase) Reversibel : Malonat [O] Suksinat =======> Fumarat + 2H

Michaelis-Menten Plot of Uninhibited Enzyme Activity Versus Competitive Inhibition

Michaelis-Menten Plot of Uninhibited Enzyme Activity Versus Noncompetitive Inhibition

Kinetic Analysis of Enzyme Inhibition (a) Competitive Inhibition (b) Noncompetitive Inhibition

8. Koenzim dan vitamin

Kebanyakan koenzim berasal dari vitamin
Ada 2 golongan besar vitamin : yang larut dalam air ( vit. B1, B2, B3, B6, B12, C) dan yang larut dalam lemak (Vit. A, D, E dan K). Ada nutrien yang menyerupai vitamin (vitamin like nutrients), seperti asam lipoat, karnitin, PABA; dapat dibuat dalam tubuh dalam jumlah kecil dan dapat memfasilitasi reaksi enzimatik.

9. Regulasi enzim
Organisme hidup mempunyai mekanisme rumit untuk mengatur (regulasi) lintasan biokimia. Regulasi ini penting untuk: - Mempertahankan keadaan teratur - Konservasi energi - Sebagai respon terhadap perubahan lingkungan Regulasi metabolisme sangat kompleks, dapat dicapai dg mengubah konsentrasi dan aktifitas enzimatik melalui : 1. Kontrol genetik (genetic control) 2. Modifikasi kovalen (covalen modification) 3. Regulasi alosterik (allosteric regulation) 4. Kompartementasi (compartmentation)

Kontrol genetik
Induksi enzim : sintesis enzim sebagai respon thd kebutuhan metabolik; memungkinkan sel merspon secara spesifik thd lingkungannya. Contoh : Bakteri E. coli yang tumbuh pada medium (mengandung glukosa) tidak dapat mengkonversi laktosa. Jika ditumbuhkan pada medium (tanpa glukosa) dapat mensintesis enzim laktase yang dapat mengkonversi laktosa. Represi enzim : suatu proses dimana produk akhir suatu lintasan biokimia dapat menghambat sintesis enzim kunci dalam lintasan tsb. Contoh : dalam E. coli, beberapa produk dalam lintasan sintesis asam amino meregulasi sintesis enzim kunci (feed back inhibition).

Modifikasi kovalen
Beberapa enzim diregulasi melalui interkonversi antara bentuk aktif dan bentuk inaktif (dengan fosforilasi, metilasi, asetilasi, adenilasi)
Fosfat

Glikogen fosfolilase b ----------> Glikogen fosforilase a (inaktif) (aktif) Proenzim (zimogen) ----------> Enzim + Peptida (inaktif) (aktif) Kimotripsinogen --------> Kimotripsin + peptida (inaktif) (aktif)

Regulasi alosterik
Dalam sutu lintasan biokimia sekurang-kurangnya ada satu enzim sebagai pace maker (pace maker enzyme; regulatory enzyme). Regulasi alosterik melibatkan efektor positif (aktivator, modulator) atau efektor negatif (inhibitor).

Kompartementasi
Dalam sel eukariot, lintasan-lintasan biokimia dipisah dalam organel-organel sel yang berbeda. Contoh : Lintasan biosintesis asam lemak terjadi di dalam sitoplasma, reaksi pembentukan energi (oksidasi asam lemak, -oksidasi) terjadi di dalam mitokondria. Kontrol metabolisme asam lemak terjadi dengan cara mengatur transpor molekul spesifik melalui membran mitokondria.