Вы находитесь на странице: 1из 20

МЕТОД СРАВНИТЕЛЬНОЙ ЦИФРОВОЙ

БИОМЕТРИИ:
РАЗРАБОТКА И ОПЫТ ПРИМЕНЕНИЯ
ТЕХНОЛОГИИ В ПАЛИНОЛОГИЧЕСКОЙ
БИОИНДИКАЦИИ И
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКЕ

Захаров Евгений, Николаева Василиса, Гуленков


Александр

Биолого-географическое объединение
ГОУ СОШ №26, Москва
“Наука начинается с тех пор, как начинают измерять;
точная наука немыслима без меры”
Д. И. Менделеев

Цель работы
 на основе опыта применения доступных
биологических, оптических и компьютерных
технологий разработать метод сравнительной
компьютерной биометрии микроскопических
объектов для полевых биоэкологических
исследований и цитогенетической диагностики
Методы
 Световая микроскопия
 Палинологический (споро-пыльцевой) анализ
 Цитогенетический анализ (кариотипирование)
 Цифровая микрография
 Компьютерная цифровая биометрия
 Статистическая обработка результатов
 Логическая интерпретация
Палинология
споро-пыльцевой анализ
Основные критерии выбора
модельных видов
 Принадлежность к группе видов-космополитов – для
обеспечения возможности сравнения результатов и
расширения географической области исследований
 Принадлежность к группе фоновых видов – во избежание
минимальной вероятности нанесения ущерба
репродуктивному потенциалу популяции
 Незначительный диапазон размеров и форм пыльцевых
зерен/спор
 Длительный период цветения (спороношения) и обилие
пыльцы (спор)
 Возможность транспортировки и длительного хранения
материала
 Декоративное или сельскохозяйственное
культивирование вида
Виды-индикаторы
Пропорции размеров –
«коктейль-проба»
Споры голокучника:
морфометрический анализ

100% 10%

82,84%
выборка A

83,34%
86,67%
80,50%
90% 9%
80% 8% выборка B

6,85%

6,40%

5,99%

5,85%
5,30%
6,26%

6,25%
4,86%
70% 7% выборка C

5,65%
5,05%
5,02%
60% 6% выборка A cреднее

3,17%
50% 5% значение
выборка B
40% 4%
выборка C
30% 3%
20% 2% cреднее
6,85%

5,02%

6,40%
5,30%
6,26%
5,99%
3,17%
5,05%
значение
10% 1%
0% 0%
нормальный увеличенный уменьшенный
увеличенный уменьшенный аномальная
размер размер размерразмер размер форма
Пыльца нивяника: морфометрический
анализ
100% 5%
90%

3,20%
80% 4%

2,96%
97,50%
95,48%
94,58%

2,88%
2,80%
92,54%
70%

92,49%
выборка A выборка A

2,17%
60% 3%

1,78%
2,19%
выборка B выборка B

2,12%
50%

0,87%
выборка C выборка C

1,67%

0,93%
1,46%
40% 2%

1,13%
0,70%
выборка D выборка D
30%

0,55%
20% 1% cреднее cреднее
значение значение
0,00%

0,00%

0,00%
10%
0,00%

0,00%
0,00%
0,00%
0,00%

0% 0%
0

0
нормальный увеличенный уменьшенный
увеличенный уменьшенный аномальная
размер размер размер размер размер форма
Пыльца клевера: морфометрический
анализ
100% 20%

73,80%

17,64%
90% 18%

71,53%
77,02%

13,64%
80% 16%

92,25%

4,18%
92,32%

12,56%
70% 14% выборка B выборка B
60% 12%

9,41%
выборка C выборка C
50% 10%
выборка D выборка D

5,98%
6,33%

6,23%
40% 8%

1,69%
4,44%
выборка D выборка E
30% 6%

3,69%

3,13%
1,81%
20% 4% cреднее cреднее

0,00% 1,42%
значение значение
0,00%

0,92%
0,00%

0,00%
0,00%
10%

0,00%
2%

0,00%
0,00%

0% 0%
0

0
нормальный увеличенный уменьшенный
увеличенный уменьшенный аномальная
размер размер размер размер размер форма
Цитогенетика
кариотипирование
Схематическое изображение
хромосомы Y человека

Короткое плечо
(р)

Эухроматиновый участок (Yq1.1)

Длинное
плечо (q)
Гетерохроматиновый участок (Yq1.2
или qh)
Экстремальный вариант
хромосомы Y в кариотипе

Yqh+
Yqh+

Варианты хромосом Y
из различных
метафаз
Схема сопоставления
размеров короткого плеча
хромосомы 9 и
плечо 9p,
Короткое

экстремального варианта
45 Mb

гетерохроматина хромосомы
Y (Yqh+++) человека
Нормальный
размер
~30 Mb

Гетерохроматин длинного плеча


Yqh+++
~ 70 Mb

Yqh+++
Метод цифровой биометрии позволяет
измерять протяженность
гетерохроматинового варианта c
9 точностью ±1Mb
Экспериментальное распределение значений
протяженности гетерохроматинового участка Yqh+++
30
N по сравнению с коротким плечом
общее число хромосомы 9
N = 122
25

Экспериментальные
данные
20
Кривая нормального
распределения Гаусса

15

10

0
45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Mb

Значение размера гетерохроматинового участка Yqh+++ из распределения: L = 70,59


± 0,88 (Mb)
Различие степени
конденсации
хромосом Y в ядрах
метафазных и
интерфазных клеток

(зелеными стрелками
Основные выводы
 Эффективность метода цифровой биометрии
экспериментально и статистически подтверждена для
различных типов биологических структур: пыльцы/спор
растений и участков хромосом человека.
 Программа цифровой биометрии может быть использована в
биоэкологических и цитогенетических исследованиях для
оценки размеров микроскопических объектов с точностью ±
0,5 µм или 1Mb.
 Палинологический морфометрический анализ 27140
пыльцевых зерен/спор трех модельных видов установил, что
критическое соотношение норма/аномалия составляет 4:1
 Наиболее благополучной с экологической точки зрения
является территория Плесецкого сектора Кенозерского
Национального парка
5. Модификация программы цифровой биометрии и статистическая
обработка результатов анализа 102 метафазных пластинок
позволила определить протяженность экстремального
гетерохроматинового участка хромосом Y (Yqh+++), которая
составила ~70,6 Mb, что более чем в 2 раза превышает норму
(~30Mb). Общая протяженность гетерохроматиновых
последовательностей гаплоидного набора пациента Lh= 464,71 Mb,
т.е.более 14,5% генома (~ 3200 Mb)
6. Сравнение размеров гетерохроматинового участка длинного
плеча хромосомы Y (Yqh) в стадиях интерфазы и метафазы
говорит о его более низкой степени конденсации в интерфазном
ядре
7. Усовершенствование методов, технической базы микроскопии,
микрофотографии и компьютерного обеспечения анализа
цифрового изображения позволит получать более точные,
корректные результаты. Представляется перспективным
применение разработанного метода цифровой биометрии как в
биоэкологических целях, так и для более точной диагностики
масштабов хромосомных перестроек в клинической
цитогенетической практике.
 Препараты хромосом человека любезно
предоставлены объединенной
цитогенетической лабораторией
Научного центра психического здоровья
РАМН и МНИИ педиатрии и детской
хирургии Росздрава.
 Руководители: проф., д.б.н. Юров Ю.Б. и
проф., д.б.н. Ворсанова С.Г.