Avant propos Avant-propos

C th i Cours thorique
Syllabus (presses universitaires)
P t ti (M Ul ) Prsentations (My Ulg)
Cours Pratiques
O i ti ( di f ti ) Organisation (sance dinformation)
Rapports
Rle dans la note finale : 10% Rle dans la note finale : 10%
Examen
P ti QROC t QROL 60% Partie QROC et QROL 60%
Partie QCM (+1, 0, -1) 40%
Avant propos Avant-propos
Contacts Livre de rfrence Contacts
Bernard.Rogister@ulg.ac.be
Centre de Neurobiologie Cellulaire et Molculaire, CNCM,
Tour de Pathologie 2, tage +1, CHU 4000 Lige 1 (Sart
Tilman).
Tl. : 04/366.59.17, Fax : 04/366.59.12, e-mail :
Bernard.Rogister@ulg.ac.be.
Assistante : E Laudet ( E Laudet@student ulg ac be)
Livre de rfrence
Tous les livres, ddition rcente, dcrivant la biochimie
gnrale permettent de bien comprendre le cours
thorique et peuvent servir de complment aux notes de
cours rdiges. On peut, nanmoins, par exemple, citer
les livres suivants (dont lachat nest videmment pas
obligatoire) :
H R i f Bi h i t D W M ti P A
Assistante : E Laudet ( E.Laudet@student.ulg.ac.be)
Chef de Travaux A. Igout (aigout@ulg.ac.be)
Secrtaire : L. Bourdoux (04/366 59 50 ou
Larisia.Bourdoux@ulg.ac.be
Harpers Review of Biochemistry, par D.W. Martin, P.A.
Mayer et V.W. Rodwell ; Lange medical Publications,
Los Altos.
Biochemistry, par A.L. Lehninger ; Worth Publischers,
Inc. ; New York (il existe une traduction franaise).
Biochemistry, par L. Stryer ; W.H. Freeman and
Company, San Francisco.
Bi h i t A f ti l A h R W M Biochemistry. A functional Approach, par R.W. Mc
Giltery et G. Goldstein, Saunders Compagny, Londres.
Biochimie. D. Voet et J. G. Voet. De Boeck Universit.
1998.
Fundamentals at Biochemistry, life at the molecular
level, D. Voet, J.G. Voet, C.W. Pratt, Wiley, 2nd edition,
2006.
Textbook of Biochemistry with Clinical correlations sixth Textbook of Biochemistry with Clinical correlations, sixth
edition, Thomas M. Devlin, Wiley Liss, 2006
Biochemistry and Molecular Biology ; W.H. Elliott and
D.C. Elliott, 3me dition, Oxford University Press.
Marks basic medical biochemistry, C. Smith, A.D.
Marks, M. Lieberman, Lippincott Williams & Wilkins, 2nd
edition, 2005.
Cell Biology T D Pollard and WC Earnshaw 2004 Cell Biology, T.D Pollard and W.C. Earnshaw, 2004,
Saunders
Atlas de Poche de Biochimie, J. Koolman et K.H. Rhm,
Mdecine-Sciences-Flammarion.
Biochimie et Biologie molculaire, P. Kamoun, A.
Lavoine et H. de Verneuil, Mdecine-Sciences,
Flammarion
Biochimie Illustre P N Campbell A D Smith Maloine Biochimie Illustre, P.N. Campbell, A.D. Smith, Maloine.
Chapitre 1
Chimie, Energie et
Mt b li Mtabolisme
Remarques introductives Remarques introductives
La vie implique de nombreuses ractions
chimiques : le mtabolisme q
Des stratgies communes tous les tres
vivants : importance des principes vivants : importance des principes.
Lnergie reste un concept cl
Importance des bases de la thermodynamique
exemple des voies du glycogne et de exemple des voies du glycogne et de
lacide lactique.
Dterminants du caractre
possible dune raction
Un systme chimique est dfini par son enthalpie H Un systme chimique est dfini par son enthalpie H
(chaleur, nergie).
Quand une molcule est modifie dans la cellule, son
enthalpie (H) peut saccrotre ou dcrotre : en fait, H
est souvent ngatif (perte dnergie).
Un H positif pour une molcule nest possible que Un H positif pour une molcule n est possible que
parce quintervient aussi lentropie ou S ou degr de
hasard ou degr de dsordre:
Conformation des molcules Conformation des molcules
Localisation des molcules
Nombre des molcules
C t l t i t l th l i i dt i t i Ce sont lentropie et lenthalpie qui dterminent si
une raction chimique est possible.
Accrotre lentropie dun systme (ou son dsordre)
diminue lnergie du systme. g y
Diminuer lentropie dun systme (ou accrotre
son ordre) augmente lnergie du systme.
H ngatif (diminution de lenthalpie ou
de l nergie) et S positif (accroissement g ) p (
de lentropie ou du dsordre) sont
en faveur dune raction en faveur d une raction
Energie Libre de Gibbs ou G Energie Libre de Gibbs ou G
G H TS ( l bl i l l i G = H TS (valable que si la temprature et la pression
restent constantes, ce qui est toujours le cas au niveau dune
cellule). )
nergie libre = nergie rendue disponible par une
raction chimique et donc une raction chimique ayant un G
if di lib d l i ibl di ngatif, cest--dire librant de lnergie, sera possible tandis
que le contraire nest pas possible.
Un G ngatif implique que la raction chimique est possible Un G ngatif implique que la raction chimique est possible
car lnergie des produits est plus faible que celle des
substrats.
Exprim en joules par mole (calorie/mole mais 1 calorie = 4.19
joules).
Ractions rversibles et
irrversibles (1)
Toute raction est en thorie rversible Or nous venons Toute raction est en thorie rversible. Or nous venons
de voir quune raction nest possible que si son G est
ngatif. Donc une raction inverse dune raction
ibl G itif possible aura un G positif.
Comment concilier ces deux affirmations ?
Il faut considrer les conditions locales de la raction et Il faut considrer les conditions locales de la raction, et
donc dans une cellule, ce sont principalement les
concentrations des ractifs et des produits A B (dans
la cellule ractifs et produits sont des mtabolites) qui la cellule, ractifs et produits sont des mtabolites) qui
importent.
Dans la cellule, les autres conditions locales de la
ti t t l b ti t t raction sont contrles en bonne partie : temprature,
pH etc
Ractions rversibles et
irrversibles (2)
C d i t d ilib Cas du point dquilibre.
Une raction ayant un G trs ngatif est
considre comme irrversible : quelles que considre comme irrversible : quelles que
soient les conditions locales, la raction inverse
ayant un G trs positif ne sobservera jamais. y j
On comprend ds lors quelle dpende moins
des concentrations des mtabolites.
A linverse, une raction ayant un G faiblement
ngatif, la raction inverse aura un G
faiblement positif et pourra donc se drouler en faiblement positif et pourra donc se drouler en
fonction des concentrations des mtabolites.
Une raction ayant une faible valeur de G peut tre
considre comme rversible et son sens sera dtermin par la
i d b li concentration de ses mtabolites.
Une raction ayant une valeur de G leve ne sobservera Une raction ayant une valeur de G leve ne s observera
dans une cellule que dans une seule direction,
De plus, elle se droulera alors jusqu la mtabolisation
complte des ractifs tant donn que le point dquilibre est
l i d l d i d b li loign des valeurs des concentrations des mtabolites en
cause.
Ractions rversibles et
irrversibles
Les ractions sont rversibles ou irrversibles
Les voies mtaboliques contiennent q
ncessairement des ractions irrversibles
Comment mesure t on G Comment mesure-t-on G
C l d d t d diti d l ti Ces valeurs dpendent des conditions de la raction:
pH, T et [ ] des ractifs et des produits (ou mtabolites).
Dfinition du changement standard dnergie libre ou Dfinition du changement standard d nergie libre ou
G
0
: pH 7 et 25C, G
0
correspond la valeur de
la diffrence dnergie libre associe la transformation
d l d tif l d d it dune mole de ractifs en une mole de produit.
A partir des tableaux reprenant les valeurs dnergie
libre des ractifs et des produits dune raction on libre des ractifs et des produits d une raction, on
ralise un calcul arithmtique pour obtenir G
0
.
Importance des concentrations dans la cellule. p
Les constantes dquilibre K Les constantes d quilibre K
eq
Exprime ou reprsente la proportion des
produits par rapport aux ractifs.
A + B C + D
G
0
RT ln K R constante des gaz G
0
= - RT ln K
eq
R = constante des gaz =
8.315 Jmol
-1
K
-1
0
Ou encore G
0
= RT 2.303 log
10
K
eq
Vitesse dune raction Vitesse d une raction
Une nergie libre ngative indique quune raction peut se drouler,
Mais cela ne veut pas dire quune raction va se drouler :
N i d i d i Notion de vitesse de raction
Notion de barrire dnergie ou Energie dactivation
Enzymes Enzymes
Couplage cellulaire de lnergie Couplage cellulaire de l nergie
Comment concilier le fait que les
organismes mono- ou pluricellulaires soient g p
thermodynamiquement compatibles ?
Loi de la conservation dnergie Loi de la conservation d nergie.
Couplage cellulaire de lnergie Couplage cellulaire de l nergie
L i d l ti d i Loi de la conservation dnergie.
Couplage molculaire entre catabolisme et Couplage molculaire entre catabolisme et
anabolisme.
Couplage cellulaire de lnergie p g g
Les composs Phosphate
haute nergie
Phosphate inorganique impliqu dans la
formation des groupes phosphoryles g p p p y
haute nergie.
Controverse Chimie Biochimie Controverse Chimie Biochimie
Deux types groupes phosphoryles :
Basse nergie : G
0
9 20 kJmol
-1
Haute nergie : G
0
30 kJmol
-1
Haute nergie : G 30 kJmol
Phosphate inorganique ou P Phosphate inorganique ou P
i
Equation de Henderson-Hasselbach q
Raisons structurelles de la haute
nergie des groupes nergie des groupes
phosphoryles p p y
Compos phosphate basse nergie
Rpulsion des charges ngatives des deux Rpulsion des charges ngatives des deux
groupes phosphates est leve.
Stabilisation en rsonnance Stabilisation en rsonnance
Transporteurs de composs
h h t h t i phosphates haute nergie
Contraintes dans lATP Contraintes dans l ATP
Autres composs phosphate
haute nergie (1)
Lien entre un acide phosphorique et un groupe carboxyle Lien entre un acide phosphorique et un groupe carboxyle
G
0
= - 49.3 kJmol
-1
Autres composs phosphate
haute nergie (2)
i d idi h h Lien de type guanidinophosphate
G
0
= - 49 kJmol
-1
Autres composs phosphate
haute nergie (3)
Lien nol phosphate : cas d phosphonolp r ate Lien nol phosphate : cas du phosphonolpyruvate
G
0
= - 61.9 kJmol
-1
Couplage nergtique par ATP Couplage nergtique par ATP
ATP et le couplage de ractions
chimiques
Supposons la raction X-OH + Y-H X-Y + H
2
O G
0
= 12.5 kJmol
-1
Couplage de ractions Couplage de ractions
Raction 1 : X-OH + ATP X-P + ADP
Raction 2 : X-P + Y-H X-Y + P
i
Considrations nergtiques :
12 5 + (-30 5) = - 18 kJmol
-1
12.5 + (-30.5) - 18 kJmol
Constante dquilibre : 10
3
La raction couple transformera 99.9% des ractifs XOH et YH
en produits XY
ATP ADP et AMP ATP, ADP et AMP
Toute raction faisant intervenir lATP est
une raction enzymatique y q
ATP est souvent hydrolys en AMP + PP
i
L th dATP tili lADP La synthse dATP utilise lADP comme
substrat quid ?
AMP kinase : AMP + ATP 2 ADP
Les liens de faible nergie Les liens de faible nergie
Tous les liens covalents sont stables.
Ceci signifie quil faut apporter une g q pp
certaine quantit dnergie pour briser
ces liens ces liens.
Les liens de faible nergie (4< liens de
f 30
1
) faible nergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas
des liens covalents mais des :
Liens ioniques
Les liens de faible nergie Les liens de faible nergie
T l li l t t t bl Tous les liens covalents sont stables.
Ceci signifie quil faut apporter une
certaine quantit dnergie pour briser
ces liens.
Les liens de faible nergie (4< liens de
faible nergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas a b e e g e 30 J o ) e so t pas
des liens covalents mais des :
Liens ioniques Liens ioniques
Liens Hydrognes
Les liens de faible nergie Les liens de faible nergie
Tous les liens covalents sont stables. Ceci
signifie quil faut apporter une certaine quantit
dnergie pour briser ces liens.
Les liens de faible nergie (4< liens de faible g (
nergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas des liens
covalents mais des :
Liens ioniques
Liens Hydrognes y g
Forces dattraction de Van der Waals
Cas des forces hydrophobes Cas des forces hydrophobes
Selon le calcul des constantes dquilibre : si G
0
= -5.7 kJmol
-1
90%d d i f 90% du produit est form
Importance Biologique des forces
f ibl faibles
Importance Biologique des forces
f ibl faibles.