Les acides amins

Les acides amins possdent plusieurs fonctions: 1) Ils sont les briques de construction des protines: 20 acides amins en tout permettent la production dun nombre trs lev de protines avec les fonctions les plus diffrentes
Composantes structurels (peau, muscles) Enzyme Stockage de matriel (ferritine) Dfense Hormones Transporteurs (immunoglobuline) (glucagon, insuline) (hmoglobine)

2) La dgradation des acides amins peut fournir aussi de lnergie, mais ils ne sont pas stocks diffrence des sucres et des acides gras. 3) Les acides amins sont utiliss pour la synthse de molcules telles que hormones, neurotransmetteurs etc. (ex. thyroxine, srotonine).
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Structure des acides amins

Groupe amine Groupe acide carboxylique
Chane non polaire

Groupe qui permet chaque AA davoir des proprits physiquechimique diffrentes (ex. polarit, charge lectrique, groupe ractif acide ou basique etc.)
Chane polaire non charge

Chane acide 2 Chane basique

Le cycle mtabolique des acides amins

acide amin

AA-tRNA

Biosynthse des acides amins Oxydation (Respiration) or Biosynthses:

sucres, lipides, chlorophylle, hem

Intermdiaires du mtabolisme

Acides amins

Caractristiques des Protines cellulaires

Synthtises et dgrades continuellement. La demi-vie peut tre de minutes, heures ou jours. La dgradation est contrle Les enzymes de contrle sont les moins stables. Ltat nutritionnel et les hormones affectent la vitesse de dgradation. Temps de demi-vie de quelque protine de foie de rat
enzyme Demi-vie (heures)

Enzymes courte vie Ornithine dcarboxylase RNA polymrase I Tyrosine aminotransfrase Serine hydratase PEP carboxylase Enzymes longue vie Aldolase GAPDH Cytochrome b LDH Cytochrome c Hmoglobine

120 jours

-limination des protines anormales -Contrle mtabolisme -Dgradation en carence dautres sources dnergie

Plusieurs types de dgradation protique

Protolyse dans le Lysosome:

Ubiquitine-Protasome
(ATP dpendant)

Protases extracellulaires
Pour commencer la digestion des protines assimiles

petits organites contenant plusieurs protases Petite protine ubiquitaire (pas prsente chez les procaryotes)

Autres protases cellulaires

Les protases en gnral catalysent le clivage par hydrolyse de la liaison peptidique entre deux acides amins:
Liaison peptidique

Hydrolyse

Dgradation des protines: dgradation lysosomiale

Enzymes Actifs pH 5
Le systme de dgradation est mis en scurit chez le lysosome par un systme de protases dont lactivit est pH dpendante.

Lactivit des lysosomes est relativement peu spcifique. En plus, en condition de jene lactivit est particulirement leve pour tirer de lnergie des protines.

Dgradation des protines cellulaires: Ubiquitine + dgradation par le protasome

Dgrades par des protases non spcifiques

Protine condamne
Protasome

Peptides (~8 AA)

E1: Enzyme qui active lubiquitine E2: Enzyme catalysant la conjugaison de lubiquitine la protine cible. 7 E3: Enzyme qui reconnat la protine cible

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Rgulation du temps de vie dune protine

AA hydrophobes

Signal pour la dgradation

AA hydrophiles

Protine normale

Protine mutante, mal reploye, dnature

Dans une protine bien reploye les AA hydrophobes sont lintrieur

Dans une protine mal reploye des AA hydrophobes sont exposs lextrieur

Le rsidu N-terminale est aussi important pour le contrle de la vitesse de ubiquitinisation: Met, Thr, Ser, Gly, Val= + stables Lys, Arg, His, Phe, Tyr, Trp, Ile, Leu, Asp, Glu, Gln, Asn= - stable

+H

3N-

Exemple: beaucoup de protines qui doivent tre adresses dans le rticulum endoplasmique possdent des rsidus qui les rendent moins stables dans le cytosol (donc les protines mal 8 adresses sont dgrades par le systme ubiquitine-protasome du cytosol)

Protases cellulaires spcifiques pour les diffrents compartiments

Des autres protases cellulaires, qui se trouvent dans les diffrents compartiments, catalysent la dgradation de protines spcifiques.
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Des protases extracellulaires digrent les protines assimiles

Des protases prsentes dans lestomac et lintestin (pepsine, chymotrypsine, trypsine etc.) permettent la digestion des protines ingres.

Les acides amins et les petits peptides sont absorbs par les cellules pithliales et puis transfrs aux tissus, surtout dans le foie, travers le sang.
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Mtabolisme des acides amins

protases protases

protases Utilisation

Synthse de protines

Acides amins Partie toxique

Dgradation

Partie insrer dans le mtabolisme

Squelette des atomes de carbone

Cycle de lure

Glucose

Actyl-CoA

Corps ctoniques

limine de lorganisme

Ure

Le squelette de carbone est utilis soit pour des 11 voies cataboliques, soit pour de voies anaboliques

Dgradation des acides amins: transamination et dsamination oxydative du glutamate

Le site principal de dgradation des acides amins chez les mammifres est le foie
Le groupe D-amine de nombreux AA est transfr lD-ctoglutarate pour former le glutamate, qui est puis dsamin oxydativement produire NH4+ (ion ammonium).

Le nom commun des enzymes qui catalysent le transfert dun groupe D-amine dun AA un ctoacide est AMINOTRANSFRASE (raction de transamination).
D-amine D-ctoacide

AA1 + D-ctoacide D-ctoacide + AA2

D-ctoglutarate)

(glutamate)

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Exemples: AA1 + D-ctoacide D-ctoacide + AA2

D-ctoglutarate)
Aspartate aminotransfrase

(glutamate)

1) 2)

aspartate + D-ctoglutarate oxaloactate + glutamate

Alanine aminotransfrase

alanine + D-ctoglutarate pyruvate + glutamate

Squelette de carbone

La dsamination oxydative du glutamate porte la formation du NH4+ et D-ctoglutarate

La transamination nentrane aucune dsamination nette. Cela est produite (dans la mitochondrie) par dsamination oxydative du glutamate par la Glutamate dshydrognase

Glutamate dshydrognase

Control de la Glutamate dshydrognase: (-) ATP-GTP inhibiteurs allostriques 13 (+) ADP-GDP activateurs allostriques

Stchiomtrie finale (aminotransfrase + glutamate dshydrognase):

aminotransfrase

glutamate dshydrognase

D-acide amin + NAD(P)+ D-ctoacide + NH4+ + NAD(P)H + H+

Toxique: il faut lliminer (cycle de lure)

Squelette de carbone

Exemple, en utilisant le deux ractions: Laspartate est converti en oxaloactate Lalanine est convertie en pyruvate
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Cycle de lure
LNH4+ est un puissant dcoupler des gradients de protons. Lors dun repas protique ou de la dmolition de protines il faut liminer lexcs de NH4+ dans une forme que ne soit pas trop toxique.

Le cycle de lure est utilis par la plupart des vertbrs pour liminer lexcs de NH4+ (il se droule dans le foie).
Des autres animaux utilisent des faons diffrentes pour liminer lexcs de NH4+: oiseaux et reptiles utilisent lacide urique et nombreux animaux aquatiques excrtent directement le ion ammonium

Stchiomtrie:
15 NH4+ + CO2 + 3 ATP + aspartate + 2 H2O ure + 2 ADP + AMP + 4 Pi + fumarate

Le cycle de lure est li au cycle de Krebs

Cet azote provient du glutamate par dsamination oxydative (et donc finalement de nimporte quel AA par transamination avec lD-ctoglutarate)

Lautre azote de lure provient de nimporte quel AA par transamination avec loxaloactate)

(limination de 2 atomes N)

Cycle de Krebs

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Le dgradation des acides amins porte la formation dintermdiaires mtaboliques majeurs

Seulement ctognes

La dgradation du squelette de carbone des AA forme des intermdiaires qui peuvent tre convertis en glucose ou oxyds par le cycle de Krebs

7 produits de dgradation en total

Les AA qui forment pyruvate ou intermdiaires du cycle de Krebs sont appels glucoformateurs. Les AA qui forment actyl-CoA ou actoactyl-CoA ctognes (augmentation corps ctoniques).
(Certains AA sont soit glucoformateurs, soit ctognes). 17

Biosynthse des acides amins: assimilation de lNH4+

LNH4+ est assimil dans les AA par la voie du glutamate et de la glutamine:
Glutamate dshydrognase

NH4+ + D-ctoglutarate + NADPH + H+

glutamate + NADP+ + H20

Ractions oppose celle de la dsamination oxydative du glutamate, mais en utilisant le NADPH

(voir la dgradation des AA)

Bactries et Plantes

formation glutamate, assimilation NH4+

-formation NH4+ (et cycle de lure), -D-ctoglutarate Krebs

Animaux
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Assimilation de lNH4+ par la glutamine synthtase

Lion ammonium est incorpor dans la glutamine par laction de la glutamine synthtase, enzyme cl pour le contrle du mtabolisme des acides amins.

glutamine synthtase

glutamate + NH4+ + ATP glutamine + ADP + Pi + H+

Utilise comme donneur dazote et pour la synthse de nombreux composs

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Biosynthse des acides amins

9 acides amins ne peuvent pas tre synthtiss par le mammifres.

Les plantes et les bactries sont capable de synthtiser tous leurs acides amins. Les mammifres seulement une partie. Essentiels: obtenir par lalimentation. Non essentiels: qui peuvent tre synthtiss.

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Le squelette de carbone pour la synthse des AA provient des intermdiaires de la glycolyse, de la voie de pentoses phosphate ou du cycle de Krebs

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Fixation de lazote molculaire

Les organismes suprieurs ne sont pas capables dutiliser lazote molculaire (N2) comme source dazote (ex. la seule source dazote non organiques pour les animaux est le NH4+, pour le plantes nitrite, NO2-, et nitrate, NO3-, aussi) Certains bactries sont capable de fixer lN2 molculaire en NH3 (ractions indispensable pour le cycle de lazote): Exemple: les bactries symbiotiques Rhyzobium envahissent le racines des plantes lgumineuses et, dans les nodules forms, fixent lazote molculaire:
N2 + 8e- + 16ATP + 16H2O 2NH3 + 16ADP + 16Pi + H2 + 8H+

Raction catalyse par le complexe nitrognase: cet enzyme permet la rduction de lazote molculaire qui possde trois liaisons covalentes haute nergie: N N
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