Identification Champignons Importance Medicale

Identification des champignons dimportance mdicale
Stage de laboratoire Guy St-Germain Octobre 2012
Table des matires

PARTIE 1 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. INTRODUCTION LA MYCOLOGIE ET IDENTIFICATION DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX
CHAMPIGNON : DFINITION . 3 GNRALITS SUR LA PATHOGNICIT DES CHAMPIGNONS .... 3 PRINCIPAUX TYPES DE CHAMPIGNONS DIMPORTANCE MDICALE ... 3 PRINCIPAUX TYPES DE MYCOSES .... 4 CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS . 5 MILIEUX DE CULTURE...... 6 TEMPRATURES DINCUBATION PURIFICATION DE SOUCHES CONTAMINES EXAMEN MICROSCOPIQUE .. 6 6 6 8 9
10. CARACTRISTIQUES DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX ....... 7 11. TYPES DE CONIDIES ET SPORES ASEXUES ............. 12. SCHMA DIDENTIFICATION DE CHAMPIGNONS FILAMENTEUX .
13. IDENTIFICATION LESPCE ..... 14 14. SCURIT EN LABORATOIRE .... 14 PARTIE 2 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. LES LEVURES
DFINITION.... 15 SCHMA DIDENTIFICATION DES LEVURES ... 15 EXAMEN MICROSCOPIQUE .. 16 TESTS PHYSIOLOGIQUES .... 18 CARACTRISTIQUES . 19 CLEF DIDENTIFICATION .. 20 CARACTRISTIQUES DE CRYTPTOCIOCCUS NEORMORMANS ET CRYPTOCOCCUS GATTII . 21 LES DERMATOPHYTES
PARTIE 3 1. 2. 3. 4. 5. 6.
PIDMIOLOGIE ET CLINIQUE ... 23 EXAMEN DIRECT ..... 25 ISOLEMENT ...... 27 MILIEUX DE CULTURE SLECTIFS.......28 CRITRES ET TECHNIQUES DIDENTIFICATION ....... .29 CLASSIFICATION ET DESCRIPTION DES DERMATOPHYTES ... 31 LES CHAMPIGNONS DIMORPHES
PARTIE 4 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.
DFINITION ET SCURIT EN LABORATOIRE .. 37 ISOLEMENT .. 37 MILIEUX UTILISS POUR LA CONVERSION DE LA PHASE MOISISSURE LA PHASE LEVURE .... .37 DESCRIPTIONS ..38 AUTRES TECHNIQUES DIDENTIFICATION ...... 44 MYCOSES PROFONDES : RSUM .. 45 SRODIAGNOSTIC . 46 MILIEUX DE CULTURE UTILES POUR LISOLEMENT PRIMAIRE DES CHAMPIGNONS ........47 LISTE DE MILIEUX UTILES POUR LIDENTIFICATION DES CHAMPIGNONS ...... 48 PREUVES DE SENSIBILIT AUX ANTIFONGIQUES 49
ANNEXE 1 ANNEXE 2 ANNEXE 3
GLOSSAIRE ... 51 BIBLIOGRAPHIE ... .55
PARTIE 1 INTRODUCTION LA MYCOLOGIE ET IDENTIFICATION DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX
1. CHAMPIGNONS : CARACTRISTIQUES
Organismes unicellulaires ou pluricellulaires dont les cellules possdent un noyau (eucaryote) Se nourrissent par absorption et utilisent le carbone organique comme source de carbone (ce sont des htrotrophes) Leur paroi cellulaire contient typiquement de la chitine Ils peuvent se reproduire de faon sexue et/ou asexue
2. GNRALITS SUR LA PATHOGNICIT DES CHAMPIGNONS

Plus de 100 000 espces connues Elles sont pour la plupart saprophytiques; moins de 0,4 % sont reconnus pathognes Principaux obstacles l'invasion des tissus : Temprature leve (37 C) Dfenses cellulaires Distribution gographique: parfois restreinte, parfois mondiale Prvalence: trs leve pour certaines mycoses (dermatophytoses, candidose); faible pour d'autres. Contagiosit: exception faite des dermatophytoses et de cas rares de candidose, les mycoses ne sont pas contagieuses.
3. PRINCIPAUX TYPES DE CHAMPIGNONS DIMPORTANCE MDICALE

Dermatophytes Saprophytes pathognes (champignons dimorphes) Saprophytes opportunistes (levures et champignons filamenteux)
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Laboratoire de sant publique du Qubec
4. PRINCIPAUX TYPES DE MYCOSES

INFECTIONS MALADIE PITYRIASIS VERSICOLOR AGENTS TIOLOGIQUES Malassezia furfur
SUPERFICIELLES CUTANES
DERMATOPHYTOSE
Microsporum Trichophyton Epidermophyton
CANDIDOSE (PEAU, ONGLES, MUQUEUSES)
Candida albicans, ...
SOUS-CUTANES
SPOROTRICHOSE CHROMOBLASTOMYCOSE MYCTOME
Sporothrix schenckii Fonsecaea pedrosoi, ... Pseudallescheria boydii, Madurella
PATHOGNES HISTOPLASMOSE BLASTOMYCOSE COCCIDIODOMYCOSE PARACOCCIDIODOMYCOSE Histoplasma capsulatum Blastomyces dermatitidis Coccidioides spp. Paracoccidioides brasiliensis
PROFONDES OU GNRALISES
CANDIDOSE CRYPTOCOCCOSE ASPERGILLOSE MUCORMYCOSE
OPPORTUNISTES Candida albicans, ... Cryptococcus neoformans Aspergillus fumigatus, ...

Rhizopus, Lichtheimia, Rhizomucor,...
HYALOHYPHOMYCOSE PHAEOHYPHOMYCOSE
Ex. Fusarium, ... Ex. Alternaria, Exophiala,
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Mycologie
Partie 1
Introduction/champignons filamenteux
5. CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS

RGNE : FUNGI DIVISION CLASSE GENRE
GLOMEROMYCOTA (Zygomycota)
Ordre : Mucorales
Rhizopus, Mucor
zygospore
S E X U
ASCOMYCOTA
asque
HEMIASCOMYCETES PLECTOMYCETES
Saccharomyces Arthroderma (=dermatophytes) Ajellomyces (=Histoplasma, Blastomyces)
BASIDIOMYCOTA
HETEROBASIDIOMYCETES
Filobasidiella neoformans (=Cryptococcus neoformans)
baside
BLASTOMYCETES FUNGI IMPERFECTI
Candida, Cryptococcus, Rhodotorula, Trichosporon
A S E X U
HYPHOMYCETES : MONILIACEAE Aspergillus, Blastomyces, Coccidioides, Fusarium, Histoplasma, Microsporum, Trichophyton
DEMATIACEAE Alternaria, Cladosporium... COELOMYCETES Phoma
Exemples de noms de champignons nomms d'aprs leurs formes asexue et sexue : Microsporum canis = Arthroderma otae Histoplasma capsulatum = Ajellomyces capsulata Cryptococcus neoformans = Filobasidiella neoformans
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Laboratoire de sant publique du Qubec 6. MILIEUX DE CULTURE

GLOSE SABOURAUD GLUCOSE Neopeptone. ....... 10 g Glucose.. ......... 40 g Agar15 g Eau ............................ 1000 ml pH final 5,6 GLOSE SABOURAUD GLUCOSE MODIFIE (EMMONS) Neopeptone ..10 g Glucose..20 g Agar .......20 g Eau 1000 ml pH final 7,0 GLOSE POMME DE TERRE GLUCOSE (PDA) Pommes de terre...200 g Glucose .20 g Agar.... .........15 g Eau ......1000 ml pH final 5,6
7. TEMPRATURES D'INCUBATION DES FINS DIDENTIFICATION

Dermatophytes Dimorphes Autres champignons filamenteux
1
30 oC1 X X X
37 oC X X X
40 oC et +2
temprature de base, temprature dappoint
8. PURIFICATION DE SOUCHES CONTAMINES

Purification dune souche contamine par des bactries : repiquer sur une glose slective contenant un ou des antibactriens (ex. : chloramphnicol, gentamicine) ou repiquer sur une glose sur laquelle on a dpos 1-3 disques contenant un ou des antibactriens appropris (ex. aztronam, ceftazidine, tobramicine). Purification dune souche contamine par un autre champignon : inoculer une glose Mycosel la souche contaminante sera inhibe si sensible au cycloheximide. Sinon procder par dilution en milieu liquide et striation sur glose. Rpter jusqu lobtention dune souche pure .
9. EXAMEN MICROSCOPIQUE
9.1 TYPES DE PRPARATIONS MICROSCOPIQUES Examen d'un fragment de colonie Technique du ruban gomm Techniques de culture sur lame 9.2 LIQUIDES DE MONTAGE
Bleu
de coton (montage semi-permanent) eau distille . 20 ml acide lactique . 20 ml phnol (cristaux) .20 g bleu d'aniline (bleu de coton) .. ,05 g glycrol.. 40 ml
Alcool polyvinylique (montage permanent) eau distille ..40 ml alcool polyvinylique 6,64 g acide lactique 85 % 40 ml glycrine....4 ml fuchsine ou bleu d'aniline .. 0,05 g Dissoudre l'alcool polyvinylique (PVA, poids molculaire : 40,000) dans l'eau et ajouter l'acide lactique en agitant vigoureusement. Ajouter la glycrine et la fuchsine. Attendre 24 heures avant d'utiliser. Les prparations microscopiques schent en 24-48 heures 40 oC.
Agent mouillant thanol 95% 50 ml Actone 25 ml Acide lactique 85% .25 ml 9.3 MICROSCOPES clairage conventionnel contraste de phase
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Mycologie
Partie 1
10. CARACTRISTIQUES DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX

10.1 DESCRIPTION DES COLONIES laineuse : myclium arien abondant duveteux : myclium arien court poudreux : myclium arien produisant de nombreuses conidies crant une surface d'apparence poudreuse semblable du sucre ou de la farine glabre : myclium arien peu abondant avec surface lisse b) Topographie : plane, surleve, crbriforme, avec stries radiales c) Couleur : surface, revers, pigment diffusible brun, gris, noir = champignon dmati blanc ou autre couleur (rouge, vert, jaune, mauve, etc.) = champignon hyalin d) Vitesse de croissance (diamtre de la colonie 7 jours) rapide : 3 cm modre : entre 1 et 3 cm lente : 1 cm 10.2 a) b) c) d)
a) Texture
EXAMEN DES STRUCTURES MICROSCOPIQUES
hyphes : septs, non septs, larges (> 4 m), troits (< 4 m) conidiophores : absents, simples, ramifis cellules conidiognes : annellide, phialide... conidies : uni- ou pluricellulaires, solitaires, en amas ou en chanes, forme (ronde, ovale, en massue...) e) organes de fructification : prithces, clistothces (sexu), pycnides (asexu)
conidies phialides mtule vsicule conidiophore Clistothce Prithce
Aspergillus sp.
unisri
pied
bisri
conidies
Pycnides
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11. CONIDIES ET SPORES ASEXUES
Blastoconidie
Arthroconidie
cellule disjonctive frange annulaire
simples
alternes
Phialoconidie
Aleurioconidie
macroconidie microconidie
frange annulaire
Annelloconidie
Chlamydospore
terminale
Chlamydospore Chlamydospore
intercalaire
Blastoconidie Poroconidie (poroconidie)
Sporangiospore
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Mycologie
Partie 1
12. SCHMA D'IDENTIFICATION DE CHAMPIGNONS FILAMENTEUX COMMUNMENT ISOLS AU QUBEC A1. Souche sporule (conidies ou spores prsentes)
B1. Hyphes larges (>4 m), peu ou non septs (Glomeromycota/Mucorales).(voir page 10) B2. Hyphes gnralement troits (<4 m), septs.....C C1. Organes de fructification prsents.. ..(voir page 10) C2. Organes de fructification absents. ..D D1. Conidies en chane a) prsence d'arthroconidies......(voir page 11) b) prsence de conidies autres que des arthroconidies....(voir page 11) D2. Conidies autrement qu'en chane. ..E E1. Conidies unicellulaires.(voir page 12) E2. Conidies pluricellulaires ou prsence la fois de conidies unicellulaires et pluricellulaires ....(voir page 13)
A2. Souche strile (conidies ou spores absentes)

1) Repiquer la souche sur 2 gloses PDA et incuber 30 2C et 36 1 C. Repiquer aussi sur glose Mycosel (cycloheximide) et incuber 30 2C. 2) Aprs 7 jours dincubation : Sporulation sur glose PDA . Voir A1 Aucune croissance 36 1 C et aucune croissance sur Mycosel : cet organisme nest ni un
dermatophyte, ni un champignon dimorphe. Il sagit fort probablement dun contaminant strile.
Croissance 36 1 C et croissance sur Mycosel : selon le site disolement, il est possible que cet organisme soit *:

un dermatophyte (ex. Microsporum audouinii, Trichophyton rubrum, T. verrucosum, T. violaceum) un champignon dimorphe (sonde molculaire ncessaire pour confirmation)
ou un champignon opportuniste. Croissance 36 1 C et absence de croissance sur Mycosel : il est possible que cet organisme soit un champignon opportuniste*.
*Si le contexte le justifie (clinique, microbiologie, histopathologie, srologie, radiologie), poursuivre lidentification en effectuant les tests appropris au type dorganisme souponn. Au besoin, demander lavis dun laboratoire de rfrence.
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Laboratoire de sant publique du Qubec B1. Hyphes larges, peu ou non septs Glomeromycota/Mucorales
Sporangiophores non ramifis
sporange
B2. Hyphes troits et septs C1. Organes de fructification prsents

Ttes aspergillaires prsentes
colonie vert fonc, prsence de cellules en noisette colonie jaune et verte
sporangiophores en bouquets, partant de rhizodes bien dvelopps, les souches pathognes se cultivent bien o 37 C
columelle
sporangiophore
1.2.2
10.3
Aspergillus nidulans
Aspergillus section Glaucus
rhizodes
Rhizopus
Ttes aspergillaires absentes produit des conidies sur les hyphes

produit des conidies ovales base tronque sur les hyphes, en plus des clistothces
spores conidies
Sporangiophores ramifis
rhizodes absents, souvent pas ou peu de croissance o 37 C Mucor
.1.1
1.2
rhizodes trs primitifs (souvent difficiles reprer), croissance 54 C Rhizomucor apophyse

O
clistothce
Pseudallescheria boydii (Scedosporium sp.)
ne produit pas de conidies sur les hyphes

Prithce entour de soies brunes
apophyse bien dveloppe (rhizodes prsents, mais souvent difficiles reprer), les souches pathognes se cultivent bien o 37 C Lichtheimia (Absidia)
ostiole
Chaetomium pycnides avec une ouverture (ostiole) Phoma
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Mycologie D1.
Arthroconidies
Partie 1
Conidies en chane
Conidies autres que des arthroconidies
Conidiophores absents
Arthroconidies alternes
frange annulaire cellule disjonctive
Champignons hyalins, conidiophores non ramifis se terminant en vsicule
arthroconidie
Aspergillus Coccidioides Malbranchea Arthroconidies simples, colonie glabre, blanche Arthroconidies simples, colonie laineuse, blanche ou bruntre Colonie blanche jauntre, croissance lente, arthroconidies ovales Neoscytalidium (Scytalidium)
arthroconidies brunes conidies hyalines
Champignons hyalins, conidiophores ramifis en pinceau

Colonie souvent verte
Geotrichum
Penicillium
Onychocola canadensis
Colonie souvent rouille, jamais verte Paecilomyces
Conidies base tronque
Aureobasidium
Colonie glabre blanche rose ou jaune ple, devenant brun noir avec lge colonie blanche rose ple, trs laineuse colonie blanche bruntre poudreuse
Scopulariopsis
Conidiophores prsents
Champignons dmatis
Cicatrices et conidies en bouclier
Chrysonilia
Geomyces Chrysosporium
Alternaria
Cladosporium
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Laboratoire de sant publique du Qubec D2. Conidies en amas ou solitaires (fixes individuellement sur le conidiophore) E1. Conidies unicellulaires
Conidies en amas
Champignons hyalins Champignons dmatis
Acremonium
Verticillium
Trichoderma
Trichoderma (Gliocladium)
Exophiala
Phialophora
Conidies solitaires (fixes individuellement sur le conidiophore)

Champignons dimorphes
25 C 25 C
Macroconidies tubercules
25 C 37 C 37 C
Scedosporium
forme Graphium parfois prsente
Chrysosporium
Blastomyces dermatitidis
Histoplasma capsulatum Conidies en rosette Conidiophores en zigzag
37 C
Sporothrix schenckii Beauveria
Dermatophytes
Autres possibilits : - Microsporum audouinii - Microsporum persicolor
Urase positive
Urase ngative Trichophyton tonsurans Trichophyton mentagrophytes Trichophyton rubrum Trichophyton verrucosum
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Mycologie
Partie 1
E.2 Conidies pluricellulaires prsentes (conidies unicellulaires parfois aussi prsentes)

Conidies bicellulaires Macroconidies pluricellulaires avec microconidies unicellulaires
Colonie laineuse, blanche, rose ple ou mauve, croissance rapide
Colonie blanche ou ple Colonie brune Trichothecium Ochroconis (Scolecobasidium) Fusarium
Dermatophytes Conidies avec plus de 2 cellules
Bipolaris
Microsporum canis Curvularia
Microsporum audouinii
Microsporum gypseum
Urase ngative
Urase positive Trichophyton mentagrophytes
Pithomyces
Epicoccum
Trichophyton rubrum
Dermatophyte
Ulocladium
Epidermophyton floccosum
Trichophyton tonsurans
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Laboratoire de sant publique du Qubec 13. IDENTIFICATION LESPCE Lidentification lespce est utile lorsquelle permet de : a) slectionner un traitement b) prvoir lvolution de la maladie c) mieux comprendre lpidmiologie de lagent infectieux Les organismes habituellement identifis lespce sont : a) Candida albicans/dubliniensis et Cryptococcus neoformans/gattii b) les levures isoles de sites normalement striles c) les dermatophytes d) les champignons dimorphes e) certains saprophytes opportunistes tels que les Aspergillus 14. SCURIT EN LABORATOIRE Au canada, selon la loi C-11, 7 champignons appartiennent au groupe de risque III : Cladophialophora bantiana Blastomyces dermatitidis Coccidioides immitis/posadasii Paracoccidioides brasiliensis Histoplasma capsulatum Penicillium marneffei Linhalation des conidies de ces organismes peut occasionner des infections graves. Tous les autres champignons d'importance mdicale sont considrs comme des organismes du groupe de risque II. Nanmoins, tant donn qu'il est souvent difficile de distinguer les champignons du groupe de risque III uniquement par un examen morphologique de la colonie et que les champignons filamenteux en gnral se dispersent dans lenvironnement en librant des conidies dans lair, il est recommand de toujours les manipuler dans une enceinte de scurit biologique afin de prvenir les infections acquises par voies respiratoires. ATTENTION! plus particulirement pour les colonies blanches provenant dun site profond tel que voies respiratoires, sang, biopsies profondes ou sous-cutanes, pus, urine, etc.
Considrer ces souches comme potentiellement dangereuses et les manipuler dans une enceinte de scurit biologique. viter de faire des cultures sur lame et dutiliser des milieux en botes de Ptri pour les repiquages. Les tubes de plastique sont plus scuritaires que les tubes en verre. Des sacs de plastique peuvent aussi tre utiliss comme emballage supplmentaire pour diminuer les risques en cas de bris hors de lenceinte. Sassurer que les lames prpares pour lexamen microscopique soient prpares avec un liquide de montage contenant un dsinfectant (ex. phnol -bleu de coton) avant de les retirer de lenceinte de scurit biologique. Le cas chant, confier l'identification/confirmation de toute souche prsume tre un organisme du GR 3 un laboratoire possdant exprience et installations scuritaires pour le traitement de ce type de champignon.
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PARTIE 2 LES LEVURES
1. DFINITION
Champignons unicellulaires se reproduisant principalement par bourgeonnement.
2. SCHMA D'IDENTIFICATION DES LEVURES Colonie blanche

blastoconidies
Tube germinatif
Encre de Chine
Candida albicans ou Candida dubliniensis
Assimilation de sources de carbone (ex. API 20c aux)
Chlamydospores
hyphes/pseudohyphes
Examen morphologique (Dalmau)
Arthroconidies
hyphes
(Trichosporon sp.)
Urase +
(ex. Cryptococcus sp., Trichosporon sp.)
Pseudohyphes et/ou hyphes

(ex. C. parapsilosis, C. tropicalis)
Absence de filaments
(ex. Cryptococcus sp. Candida glabrata)
Sites normalement striles : identifier l'espce Systme respiratoire, urine : identifier C. albicans/dubliniensis, C. neoformans Autres : identifier C. albicans
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3. EXAMEN MICROSCOPIQUE
3.1 FORME DES CELLULES
3.2 TUBE GERMINATIF (germination)
Srum de veau ou de cheval Inoculum lger Incubation 3 heures 37 oC (bain-marie)
NGATIF POSITIF
3.3 EXAMEN MORPHOLOGIQUE
Technique de Dalmau Glose Cornmeal + Tween 80 Incubation 48-72 heures 25 C
Chlamydospores
Pseudohyphes
Hyphes
Arthroconidies
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Mycologie
Partie 2
Les levures
Hyphe Croissance lapex de lhyphe; allongement linaire et formation subsquente de septums. Cellule terminale typiquement plus longue que la cellule prcdente. Cellule terminale habituellement cylindrique. Parois parallles sans constriction aux septums. Septums rfringents et droits.
Pseudohyphe Croissance par bourgeonnement avec apparition d'une constriction basale pour chaque nouvelle blastoconidie. Cellule terminale plus courte ou gale en longueur la cellule prcdente. Cellule terminale habituellement ronde ou ovale (bourgeon). Parois avec constriction aux septums.
Septums souvent difficiles voir et habituellement courbs. Embranchements avec constriction au point d'origine et avec un septum prsent au point d'origine.
Embranchements sans constriction leur point d'origine et avec un premier septum loign de l'hyphe principale.
3.4 CAPSULE Encre de chine Levure ronde avec capsule dans LCR => identification prsume : C. neoformans/gattii
Capsule
3.5 ASCOSPORES (rarement observes)
Glose actate ou V-8 Incubation jusqu 6 semaines Coloration au vert de malachite

Ascospores
Asques
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4. TESTS PHYSIOLOGIQUES
4.1 ASSIMILATION DE SOURCES DE CARBONE Principe : utilisation d'une source de carbone en prsence d'oxygne. Mthode classique : bouillon de Wickerham. Incubation 21 jours 30 oC. Micromthodes : API 20 C AUX, Vitek, Auxacolor, Microscan, Incubation 48-72 heures 30 oC. Critre de positivit : croissance - turbidit. 4.2 ASSIMILATION DU NITRATE DE POTASSIUM Caractristiques recherches identification exacte et reproductible des espces contenues dans la banque de donnes banque de donnes tenant compte de la variation de profils biochimiques pour chaque espce discrimination des espces non incluses dans la banque de donnes
Principe : utilisation du nitrate de potassium comme seule source d'azote. Milieu : bouillon Yeast Carbon Base. Incubation : 15 jours 30 oC. Critre de positivit : croissance - turbidit ou Milieu : glose nitrate. Incubation : 3 jours 30 oC. Critre de positivit : indicateur de pH bleu fonc. 4.3 FERMENTATION Principe : utilisation d'une source de carbone en absence d'oxygne. Milieu : bouillon avec tube de Durham. Incubation : 14 jours 30 oC. Critre de positivit : production de gaz. 4.4 HYDROLYSE DE L'URE Principe : dgradation de l'ure et production de mtabolites alcalins. Milieu : ure de Christensen. Incubation 5 jours 30 oC. Critre de positivit : indicateur de pH rose-rouge. 4.5 PHNOLOXYDASE Principe : dtection de la production d'une phnoloxydase pour l'identification prsomptive de C. neoformans/gattii. Milieu : glose Niger Seed - glose Birdseed. Incubation 72 heures 30 oC. Critre de positivit : production de colonies pigmentes brun. 4.6 CANAVANINE-GLYCINE-BLEU DE BROMOTHYMOL (glose CGB) Principe : dtection de la rsistance la canavanine et de l'hydrolyse de la glycine pour la diffrenciation de C. neoformans et C. gattii. Milieu : glose CGB. Critre de positivit : indicateur de pH bleu.
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Mycologie
Partie 2
Les levures
5. CARACTRISTIQUES MORPHOLOGIQUES ET PHYSIOLOGIQUES DE LEVURES COMMUNMENT ISOLES DE SPCIMENS CLINIQUES

MORPHOLOGIE ASSIMILATION FERMENTATION AUTRES Croissance sur Mycosel + + + + +f + +,+ -
ESPCES Candida albicans C. dubliniensis C. famata C. glabrata C. guilliermondii C. kefyr C. krusei C. lambica C. lipolytica C. lusitaniae C. parapsilosis C. rugosa C. tropicalis C. zeylanoides Cryptococcus neoformans/gattii C. albidus C. laurentii C. uniguttulatus Geotrichum capitatum Pichia anomala Rhodotorula glutinis R. mucilaginosa Saccharomyces cerevisiae Trichosporon sp.c Prototheca wickerhamii
a
+ + + + + + + + -
+ + + + -
+ + + + + + + + + + + -
+,+ + + + + + +,+ + + + + + +
+ +
+ -
+ + + + -
+ -,+ + + +,+ + + +,+ + + + + -
+ + + +,+ +,+,-
+ -,+
+ +
+ + + -
f,+,+ + + + -
+.-
+,- +,+f ? -,f +
+ +,-
+ + + + + + + + -
+ + + -,+ -
+ -
- +,+ +
+,- + + + + -,+ + + + + -,+ +
+ +,- +,+ + -,+ + + + + + + + + + + + + + + + -
+,- +,+ + + + +
+,- + + + -
+ + + -
+ +,+ + -,+ + + + -,+ + + +,-
-,+ -,+ + + + +,+ + -
+ + + + + -
+,- + + + + + + -,+ + +,-
+ -,+ + + -
- +,- +,+ -
+,- +,+ + -,+ + +,+,+ +,-
+ +,+ + + + + + -
-,+ -
+ + +
+,- +,+ + + +
+ +,- + -
- -,+ - -,+ -
+,- +,+,- +,+,-
+p + -
+,- +,-
+,- +,-
+ +,- +,-
+,- +,-
+ +,- +,- +,b
+ +,- +,- +,- +,- +,- +,- +,- +,+ +,+
+,- +,+
toutes ces espces assimilent le glucose, algue pouvant tre confondue avec une levure, f : faible, p : primitif
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Croissance 37 oC + +
Tubes germinatifs
Chlamydospores
Phnoloxydase
Pseudohyphes
Arthroconidies
Vraies hyphes
Cellobiose
Cellobiose
Galactose
Galactose
Trhalose
Trhalose
Mlibiose
Raffinose
rythritol
Capsule
Glucose
Sucrose
Sucrose
Lactose
Lactose
Maltose
Maltose
Dulcitol
Urase
Inositol
Xylose
KNO3
Laboratoire de sant publique du Qubec 6. Clef didentification de levures et dorganismes levuriformes communment isols au Qubec.
(toute identification doit tre complte ou confirme par un examen morphologique et, sil y a lieu, des tests biochimiques)
1. 1a. 1b. 2. 2a.
Colonie blanche, jaune ple ou rose ple ........................................................................................2 Colonie de couleur pche rose saumon .......................................................................................14 Colonie brune noire ou prsentant tout au moins une teinte de brun, souvent non homogne ....15 Bonne croissance sur glose Sabouraud glucose ou pomme de terre (PDA) ....................................3 Aucune croissance ou croissance trs faible sur les milieux mentionns ci-dessus sans avoir badigeonn auparavant la surface avec de lhuile dolive .....................Malassezia furfur complexe Urase ngative .................................................................................................................................4 Urase positive .................................................................................................................................9 Prsence de sporanges sphriques contenant de nombreuses sporangiospores; cellules bourgeonnantes absentes .................................................................................................................. Prototheca sp. Sporange absent; cellules bourgeonnantes prsentes ou absentes ....................................................5 Arthroconidies prsentes; cellules bourgeonnantes absentes ..................................... Geotrichum sp. Arthroconidies absentes; cellules bourgeonnantes prsentes ............................................................6 Tubes germinatifs prsents ou chlamydospores prsentes sur glose Cornmeal Tween 80 ............... ............................................................................................................ Candida albicans/dubliniensis Tubes germinatifs absents et chlamydospores absentes ....................................................................7 Hyphes ou pseudohyphes bien dvelopps sur glose Cornmeal Tween 80.....................................8 Hyphes ou pseudohyphes absents ou rudimentaires sur glose Cornmeal Tween 80 ......................... ................................................... C. glabrata, C. famata /guilliermondii, Saccharomyces cerevisiae Croissance sur glose Mycosel (rsistance au cycloheximide) ........................................................... ....................Candida albicans/dubliniensis, C. kefyr, C. tropicalis, C. guilliermondii, C. lipolytica Aucune croissance sur glose Mycosel (sensibilit au cycloheximide) .............................................. ............................................................. Candida tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. lusitaniae Prsence de cellules bourgeonnantes, en forme de fuseaux; hyphes absents ou prsentsUstilago sp. Diffrent de la description ci-dessus ...............................................................................................10 Prsence de cellules bourgeonnantes hyalines, ellipsodales; arthroconidies brunes parfois prsentes ...............................................................................................................................Aureobasidium sp. Diffrent de la description ci-dessus ...............................................................................................11 Cellules bourgeonnement unipolaire avec col de bourgeonnement large; hyphes absents .............. .................................................................................................................. Malassezia pachydermatis Diffrent de la description ci-dessus ...............................................................................................12
3. 3a. 4. 4a. 5. 5a. 6. 6a. 7. 7a.
8. 8a.
9. 9a. 10. 10a. 11. 11a.
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Mycologie
Partie 2
Les levures
12. 12a. 13. 13a.
Arthroconidies hyalines prsentes........................................................................... Trichosporon sp. Diffrent de la description ci-dessus ...............................................................................................13 Pseudohyphes et hyphes absents; cellules rondes ovales, habituellement encapsules prsentes ... ................................................................................................................................. Cryptococcus sp. Pseudohyphes ou hyphes prsents; prsence de cellules ovales, ellipsodales ou allonges, non encapsules................................................................................. Candida krusei, Candida lipolytica Hyphes ou pseudohyphes prsents ; ballistoconidies prsentes ..........................Sporobolomyces sp. Hyphes ou pseudohyphes absents; ballistoconidies absentes ................................... Rhodotorula sp.
14. 14a.
15. Arthroconidies brun fonc prsentes .....................................................................Aureobasidium sp. 15 a. Arthroconidies absentes ..................................................................................................................16 16. 16a. Prsence de cellules bourgeonnantes, en forme de fuseaux ............................................ Ustilago sp. Prsence de cellules bourgeonnantes ovodes .................................................................................17
17 . Hyphes absents aprs 2 semaines sur glose Sabouraud glucose ou pomme de terre glucose ........... .......................................................................................................................... Phaeococcomyces sp. 17a. Hyphes prsents; conidies produites en amas lextrmit de conidiophores plus ou moins bien diffrencis ......................................................................................................................................... ................................................................... Exophiala sp. (voir clef des champignons filamenteux).
7. Caractristiques de Cryptococcus neoformans et Cryptococcus gattii.
Cryptococcus
Srotypes
var. neoformans (srotype D)
cologie
Remarques*
Infecte principalement lhte immunocompromis
neoformans
var. grubii (srotype A)
distribution mondiale
gattii
srotypes B et C
rgions (sub) tropicales et aussi certaines rgions climat plus tempr (Ile de Vancouver, Italie, Espagne, Grce, Colombie)
Infecte souvent lhte normal
*Chen, S et al. 2000. Epidemiology and host- and variety-dependent characteristics of infection due to Cryptococcus neoformans in Australia and New Zealand. Australasian Cryptococcal Study Group. Clin. Infect. Dis. 31 :499-508.
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PARTIE 3 LES DERMATOPHYTES
1. PIDMIOLOGIE ET CLINIQUE
1.1 DFINITION ET COLOGIE Champignons kratinophiles appartenant un des trois genres suivants :
Epidermophyton Microsporum Trichophyton
40 espces reconnues. Plusieurs sont des saprophytes du sol. peu prs la moiti sont des pathognes des humains, des mammifres ou des oiseaux.
On les regroupe selon leur principal rservoir dans la nature : Gophiles (sol) Zoophiles (animaux) Anthropophiles (humains)
DE TOUS LES CHAMPIGNONS, SEULES QUELQUES ESPCES APPARTENANT AU GROUPE DES DERMATOPHYTES ONT VOLU POUR DEVENIR DES PARASITES OBLIGATOIRES DE L'HUMAIN.
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1.2 DERMATOPHYTIE Colonisation de tissus kratiniss tels les ongles, les cheveux et la couche corne de la peau Raction de l'hte aux mtabolites produits par le champignon Gnralement, pas d'invasion des tissus vivants Entits cliniques classes selon le site anatomique tinea capitis (cuir chevelu) tinea barbae (barbe) tinea cruris (aine) tinea unguium (ongle) tinea corporis (peau glabre) tinea pedis (pied d'athlte) 1.3 PRLVEMENTS Ongles* nettoyer longle avec un tampon imbib dalcool. Au besoin , laver avec du savon et de leau avant dutiliser lalcool. couper le long du bord libre le plus possible gratter sous l'ongle ou limer et rcolter les dbris Cheveux, poils* couper prs de la racine ou arracher de faon conserver le bulbe le cas chant, slectionner les cheveux qui fluorescent sous la lampe de Wood Squames* nettoyer la zone atteinte avec du savon et de leau ou un tampon dalcool. Laisser scher. racler la surface de la peau avec un bistouri ou une lame de microscope et rcolter 1015 squames au pourtour de la lsion. Pus
Aspirer le pus (krion) et le placer dans un tube. couvillonner les pustules avec un coton-tige. Acheminer dans un milieu e transport standard.
Biopsie Les biopsies sont places dans un tube, avec ou sans une petite quantit deau distille strile.
Conserver au sec, la temprature de la pice; traiter le plus tt possible.
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
2. EXAMEN DIRECT
L'examen direct permet de : fournir rapidement un rapport prliminaire au mdecin; dtecter une infection fongique en l'absence d'une culture positive; faciliter l'interprtation du rsultat de la culture. 2.1 LAMPE DE WOOD Certains dermatophytes qui infectent les cheveux produisent un mtabolite (ptridine) qui donne une fluorescence vert jaune lorsqu'expos une lampe de Wood (366 nm). Il s'agit principalement de M. canis et M. audouinii. On peut utiliser la lampe de Wood en laboratoire pour slectionner des cheveux infects pour la culture. 2.2 KOH L'hydroxyde de potassium en solution aqueuse digre les dbris protins, blanchit plusieurs pigments et dissout le ciment qui retient les cellules kratinises ensemble. Il permet, le cas chant, de reprer plus facilement les hyphes lors de l'examen microscopique. a) Ractif KOH 10 % avec glycrol KOH ..................... 10 g glycrol................10 ml eau dsionise ...80 ml (le glycrol prvient la cristallisation et retarde la dshydratation)
b) Mthode Placer les squames ou le matriel examiner dans une goutte de ractif KOH 10 % sur une lame. Recouvrir d'une lamelle. Laisser ragir 30 minutes; chauffer lgrement si l'on veut acclrer la digestion. Examiner au microscope. Fermer le diaphragme du condenseur pour obtenir un meilleur contraste. Utiliser un objectif 10 X pour faire un balayage de la lame. Confirmer avec un objectif 40 X.
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2.3 BLANC DE CALCOFLUOR Le blanc de calcofluor est un fluorochrome non spcifique qui dmontre, entre autres, une affinit pour la chitine retrouve dans la paroi cellulaire des champignons. l'examen au microscope fluorescence, les champignons produisent une fluorescence vert pomme. a) Ractif : blanc de calcofluor 0,1 % (calcofluor white) blanc de calcofluor (Fluorescent brightener 28 - Sigma F-6259) ...... 0,1 g eau dsionise 100 ml Dissoudre le blanc de calcofluor en chauffant trs lgrement. Conserver la temprature de la pice dans une bouteille ambre l'abri de la lumire.
b) Mthode : Dposer les squames ou le matriel examiner dans une goutte de ractif KOH 10 % auquel on a pralablement ajout une goutte de la solution de blanc de calcofluor. Recouvrir d'une lamelle, laisser ragir pendant 10 minutes et examiner au microscope fluorescence.
c) Microscopie : Microscope pifluorescence filtre d'excitation 300-412 nm (absorption max. 347 nm) filtre d'arrt 500-520 nm 2.4 COLORATION ACIDE PRIODIQUE-SCHIFF (PAS) Cette technique permet de colorer certains polysaccharides retrouvs dans la paroi cellulaire des champignons. Les frottis sont d'abord immergs dans un bain d'acide priodique, un agent oxydant qui brise les liaisons C - C prsentes dans les polysaccharides sous forme de 1:2 glycol (HOHC CHOH) et les transforme en groupes aldhydes (R - CHO). Aprs lavage l'eau, on colore la fuchsine basique qui ragit, le cas chant, avec les groupes aldhydes. Aprs un second rinage, on dcolore avec une solution de mtabisulfite. La fuchsine ayant ragi avec les groupes aldhydes n'est pas affecte, alors que la fuchsine libre est convertie en un compos incolore. l'examen microscopique, les hyphes et levures apparaissent colores rose magenta. Occasionnellement, les bactries et certains tissus peuvent aussi tre colors.
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
2.5 CONCLUSION (examen direct)
TECHNIQUES
AVANTAGES Ractif peu dispendieux et simple prparer Technique rapide Ractif peu dispendieux et simple prparer Technique rapide Lecture plus facile que KOH Lecture plus facile que KOH Lames permanentes
INCONVNIENTS Exige plus d'exprience pour la lecture Les lames ne sont pas permanentes Ncessite l'utilisation d'un microscope fluorescence Les lames ne sont pas permanentes Ractifs plus dispendieux et plus nombreux Contrle de qualit plus exigeant Technique plus longue
KOH
BLANC DE CALCOFLUOR
PAS
3. ISOLEMENT
3.1 MILIEUX DE CULTURE Glose Sabouraud glucose avec chloramphnicol et cycloheximide ou glose Mycosel (BBL), Mycobiotic (Difco) Glose Sabouraud glucose avec chloramphnicol Format : bote de Ptri 15 x 100 mm, 40 ml ou tube 20 x 125 mm, 7 ml, inclin Nombre de tubes ou botes ensemencer : 1 de chaque milieu 1 3.2 TEMPRATURE D'INCUBATION 30 2 oC 2 3.3 DURE D'INCUBATION 4 semaines
1
certains laboratoires prfrent utiliser 2 tubes de chaque milieu plutt quun seul, ceci afin damliorer les probabilits disolement. 2 la croissance sera un peu plus lente si lincubation est effectue la temprature de la pice . Si lon souponne la prsence de Trichophyton verrucosum, on peut aussi incuber 37 C.
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4. MILIEUX DE CULTURE SLECTIFS

GLOSE SABOURAUD GLUCOSE MODIFIE + CHLORAMPHNICOL Neopeptone, Difco ..................... 10 g Glucose ...................................... 20 g Agar ............................................ 20 g Chloramphnicol (dilu dans 10 ml d'actone) . 0,050 g Eau ........................................1000 ml pH final 7,0 GLOSE MYCOSEL (BBL) MYCOBIOTIC (Difco) Phytone, peptone ....................... 10 g Glucose ...................................... 10 g Agar ............................................ 15 g Cycloheximide ........................... 0,4 g Chloramphnicol ..................... 0,05 g Eau ........................................1000 ml pH final 6,5 GLOSE DTM (Dermatophyte test medium) Peptone (vgtal) ....................... 10 g Glucose ...................................... 10 g Agar ............................................ 20 g Rouge de phnol ....................... 0,2 g Cycloheximide ........................... 0,5 g Gentamicine .............................. 0,1 g Chlorttracycline ....................... 0,1 g Eau ........................................1000 ml pH final 5,5 GLOSE IMA (Inhibitory Mold Agar) (BBL) Tryptone ....................................... 3 g Extrait de buf ............................. 2 g Extrait de levure ........................... 5 g Glucose ........................................ 2 g Amidon ......................................... 2 g Dextrine ........................................ 1 g Chloramphnicol ................... 125 mg Gentamicine .............................. 5 mg Solution de sels A .....................10 ml Solution de sels B .....................20 ml Agar ............................................ 17 g Eau ..........................................970 ml pH final 6,7
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
5. CRITRES ET TECHNIQUES D'IDENTIFICATION

5.1 DESCRIPTION DES COLONIES (voir page 7) 5.2 EXAMEN DES STRUCTURES MICROSCOPIQUES a) Hyphes En spirale En raquette Pectins b) Conidies Microconidies Macroconidies Chlamydospores 5.3 PREUVES PHYSIOLOGIQUES a) Hydrolyse de l'ure Milieu : ure de Christensen Incubation : 7 jours 30 2 oC Critre de positivit : pente rouge b) Perforation du cheveu Milieu : eau dsionise + extrait de levure 10 % + cheveux ples Incubation : 7-21 jours 30 2 oC Critre de positivit : prsence de cnes de perforation perpendiculaires l'axe du cheveu c) Exigences nutritives Milieux : gloses Trichophyton (Difco) #1 Contrle #5 Acide nicotinique #2 Inositol #6 Contrle nitrate d'ammonium #3 Inositol + thiamine #7 Histidine #4 Thiamine Incubation : 7-21 jours 30 2 oC. Critre d'valuation : 0 absence de croissance, 1+ trace, 4+ bonne croissance d) Culture sur milieu au riz Milieu : grains de riz non enrichi, cuits (autoclavs) Incuber 7-21 jours 30 2 oC. Critre de positivit : croissance ou absence de croissance Chandelier favique Tte de clou Corps nodulaire
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RSUM DE L'UTILIT DES PREUVES PHYSIOLOGIQUES
PREUVES
DERMATOPHYTES
RSULTATS
Hydrolyse de l'ure
T. rubrum T. mentagrophytes
- (+) + (-) + pigment rouge pigment saumon pigment jaune dpendance thiamine-inositol ou thiamine seulement dpendance thiamine seulement dpendance thiamine seulement peu de croissance bonne croissance croissance plus rapide 37 oC qu' 30 2 oC pas de croissance 37 oC croissance plus rapide 30 2 oC qu' 37 oC
Perforation du cheveu
T. rubrum T. mentagrophytes
Culture sur glose pomme de terre glucose (PDA)
T. rubrum M. audouinii M. canis
tude des exigences nutritives
T. verrucosum
T. tonsurans T. violaceum Culture sur milieu au riz M. audouinii M. canis Croissance diverses tempratures T. verrucosum
T. terrestre M. persicolor
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
6. CLASSIFICATION ET DESCRIPTION DES DERMATOPHYTES

PRINCIPALES CARACTRISTIQUES DES 3 GENRES AUXQUELS APPARTIENNENT LES DERMATOPHYTES
GENRE MACROCONIDIES paroi mince et lisse, en forme de massue, en groupes MICROCONIDIES
EPIDERMOPHYTON
absentes
MICROSPORUM
paroi paisse et chinule, en forme de fuseau, solitaires
en forme de massue
TRICHOPHYTON
paroi mince et lisse, en forme de cigare, solitaires
formes varies, solitaires ou en groupes
DERMATOPHYTES ISOLS AU QUBEC

SITES AFFECTS DERMATOPHYTE E. floccosum M. audouinii M. canis M. gypseum T. mentagrophytes M. persicolor T. rubrum T. soudanense T. tonsurans T. verrucosum T. violaceum A : anthropophile G : gophile COLOGIE PEAU A A Z G A, Z Z A A A Z A + + + + + + + + + + + CHEVEUX + + rare + rare + + + + ONGLES rare + + + rare rare rare commun rare commun rare commun rare commun rare commun commun rare FRQUENCE D'ISOLEMENT
Z : zoophile
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EPIDERMOPHYTON FLOCCOSUM Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
poudreuse duveteuse jaune moutarde, brun, vert olive brun ple lente en forme de massue, en groupes de 2-3 ou solitaires absentes
MICROSPORUM AUDOUINII Colonie Texture : Couleur Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
duveteuse incolore blanc gris rose pche (sur PDA) modrment rapide rares plus ou moins rares
Chlamydospores terminales prsentes Faible croissance sur milieu au riz
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
MICROSPORUM CANIS Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
duveteuse blanche jaune jaune jaune orang rapide en forme de fuseau avec extrmit recourbe, paroi chinule, solitaires en forme de massue, peu nombreuses
Bonne croissance sur milieu au riz
MICROSPORUM GYPSEUM Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
poudreuse cannelle brun ple rapide en forme de fuseaux symtriques, paroi lisse ou chinule en forme de massue, peu nombreuses
MICROSPORUM PERSICOLOR Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
poudreuse blanche, beige, jaune ple, rose ple jaune ple, ocre, rose rapide en forme de fuseaux ou de massue, parfois absentes rondes ou en forme de massue, souvent avec tige
Croissance plus rapide 30 qu' 37 oC.
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TRICHOPHYTON MENTAGROPHYTES Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
duveteuse poudreuse blanche jaune brun modrment rapide en forme de massue, souvent absentes rondes, massues, en grappes ou solitaires
Urase : positive Perforation du cheveu : positive Culture sur PDA ou Cornmeal : absence de pigment rouge
TRICHOPHYTON RUBRUM Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
duveteuse blanche, rose, jaune rouge fonc, brun, brun jaune, incolore lente modrment rapide en forme de cigare, souvent absentes massues, solitaires
Urase : ngative Perforation du cheveu : ngative Culture sur glose pomme de terre glucose : pigment rouge
TRICHOPHYTON TONSURANS Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
duveteuse-poudreuse crme, chamois, jaune brun brun rouge lente trs rares formes varies (ballon, massue,..)
Besoins en vitamines : thiamine
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Mycologie
Partie 3
Les dermatophytes
TRICHOPHYTON VERRUCOSUM Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
glabre blanche incolore trs lente trs rares plus ou moins rares
Chlamydospores en chane Besoins en vitamines : thiamine + inositol (84 %) thiamine seulement (16 %) Croissance plus rapide 37 qu' 30 C
TRICHOPHYTON SOUDANENSE Colonie Texture : Couleur : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
glabre ou feutre avec une frange filamenteuse au pourtour jaune ple rouille lente modrment rapide normalement absentes plus ou moins rares
Hyphes en buisson ou en fil de fer barbel
TRICHOPHYTON VIOLACEUM Colonie Texture : Couleur : Revers : Croissance : Macroconidies : Microconidies :
glabre rouge violet rouge trs lente normalement absentes normalement absentes
Besoins en vitamines : thiamine
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PARTIE 4 LES CHAMPIGNONS DIMORPHES
1. DFINITION ET SCURIT EN LABORATOIRE

Champignons qui possdent deux formes. En mycologie mdicale, on utilise communment le terme dimorphe pour dcrire 6 champignons qui poussent sous forme de moisissure la temprature de la pice et sous forme de levure ou de sphrule sur milieux riches 37 C ou dans les tissus.
Blastomyces dermatitidis Coccidioides immitis Coccidioides posadasii Histoplasma capsulatum Paracoccidioides brasiliensis Sporothrix schenckii Penicillium marneffei
Scurit en laboratoire Blastomyces dermatitidis, Coccidioides immitis, Coccidioides posadasii, Histoplasma capsulatum et Paracoccidioides brasiliensis sont des champignons pathognes du groupe de risque 3. Les cultures sporules de ces organismes ne devraient tre manipules que dans une enceinte de scurit biologique de catgorie I ou II, en laboratoire de confinement niveau 3. L'inhalation de conidies de ces champignons est l'origine de la plupart des mycoses graves acquises en laboratoire biomdical (voir aussi Partie 1 - Scurit en
laboratoire)
2. ISOLEMENT
Milieux d'isolement*: voir Annexe 1 Incubation : 30 2oC, 4-8 semaines
*Il arrive parfois que certains spcimens cliniques soient fortement contamins par des bactries ou par des levures rsistantes au cycloheximide. Le Yeast-extract phosphate agar est un milieu utilis pour l'isolement dHistoplasma capsulatum dans ces conditions (Beneke E.S., A. L. Rogers.1996. Medical mycology and human mycoses. Star Publishing Company, Belmont CA). Les laboratoires uvrant dans des rgions fortement endmiques pour certains champignons dimorphes peuvent utiliser, de routine, ce type de milieu spcialis. Ceci ne semble pas indiqu pour le Qubec.
3. MILIEUX UTILISS POUR LA CONVERSION DE LA PHASE FILAMENTEUSE LA PHASE LEVURE

Glose BHI ou glose BHI + sang Incubation : 37 oC, 1-5 semaines Note: cette mthode est de plus en plus dlaisse et remplace par des techniques d'identification molculaires. Ces dernires sont considres plus rapides et plus scuritaires.
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4. DESCRIPTIONS
SPOROTRICHOSE Infection chronique de la peau et des tissus sous-cutans extension lymphatique et caractrise par des lsions nodulaires voluant vers lulcration. Formes extra cutanes rares : articulations, os, muscles, systme nerveux central et systme gnito-urinaire. Atteinte pulmonaire rsultant de linhalation de conidies.
PIDMIOLOGIE Agent tiologique Rservoir Porte d'entre : : : Sporothrix schenckii vgtation en dcomposition, sol implantation traumatique du champignon dans la peau, Inhalation (rarement) aucune surtout Mexique, Amrique centrale, Colombie et Brsil
Contagiosit Zone d'endmie
: :
SPOROTHRIX SCHENCKII
PHASE SAPROPHYTIQUE (25-30 C) Hyphes septs Conidiophores dlicats avec conidies denticules fixes le long des hyphes ou regroupes en rosette Colonies verruqueuses noires, brunes, grises ou blanches, glabres ou laineuses
10 m
PHASE PARASITAIRE (37 C) Levure bourgeonnante ovale ou fusiforme, 5-8 m
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Mycologie
Partie 4
Les champignons dimorphes
HISTOPLASMOSE Infection intracellulaire du systme rticuloendothlial, suite linhalation des conidies du champignon. Environ 95 % des cas sont asymptomatiques ou bnins. Environ 5 % voluent en infection pulmonaire chronique et progressive, cutane chronique, systmique ou systmique fulminante fatale. Les manifestations de cette maladie sont similaires celles de la tuberculose.
PIDMIOLOGIE Agent tiologique : Rservoir Porte d'entre Contagiosit : : : Histoplasma capsulatum sol des rgions d'endmie (riche en azote) voies respiratoires aucune surtout en Amrique du Nord, valles de l'Ohio et du Mississippi; aussi rencontr dans la valle du St-Laurent.
Zones d'endmie :
HISTOPLASMA CAPSULATUM
PHASE SAPROPHYTIQUE (25-30 C) Hyphes septs Microconidies Macroconidies tubercules Colonies blanches ou beiges, laineuses
PHASE PARASITAIRE (37 C) Petites levures, 1-5 m Bourgeons uniques
10 m
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BLASTOMYCOSE Infection chronique granulomateuse et suppurative avec stade primaire pulmonaire (souvent nodule pulmonaire unique dcouverte fortuite) se dissminant souvent par la suite dautres sites, principalement la peau et les os.
PIDMIOLOGIE Agent tiologique : Rservoir Porte d'entre Contagiosit : : : Blastomyces dermatitidis sol humide - contenu lev en matire organique - pH acide voies respiratoires aucune surtout dans le sud-est des tats-Unis et dans la valle de lOhio et du Mississippi; aussi rencontr au Manitoba, en Ontario et au Qubec.
Zones d'endmie :
BLASTOMYCES DERMATITIDIS
PHASE SAPROPHYTIQUE (25-30 C) Hyphes septs Conidies piriformes ou rondes Colonies blanches ou beiges, laineuses ou glabres
10 m
PHASE PARASITAIRE (37 C) Levure paroi rfringente et col de bourgeonnement large, 8-20 m
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Mycologie
Partie 4
COCCIDIODOMYCOSE Initialement une infection respiratoire rsultant de linhalation de conidies. Rsolution rapide dans environ 40 % des cas. Dveloppement dune immunit forte et spcifique la rinfection. Progression de la maladie -infection pulmonaire chronique -infection systmique impliquant mninges, os, articulations, tissus cutans et sous-cutans
PIDMIOLOGIE Agent tiologique : Rservoir Porte d'entre Contagiosit Zones d'endmie : : : : Coccidioides immitis, Coccidioides posadasii sol voies respiratoires aucune rgions arides Coccidioides immitis - valle de St-Joaquin, Californie Coccidioides posadasii - sud-ouest des E.-U., Amrique centrale et Amrique du Sud
COCCIDIOIDES IMMITIS COCCIDIOIDES POSADASII
PHASE SAPROPHYTIQUE (25-30 C) Hyphes septs Arthroconidies alternes avec cellules disjonctives Colonies beiges ou blanches, laineuses
10 m 10 m
PHASE PARASITAIRE (37-40 C) Sphrule 10-80 m avec endospores Note : les sphrules peuvent tre obtenues in vitro 40 oC sur milieu Converse. Toutefois, 37 oC sur milieux usuels, on obtiendra des arthroconidies.
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PARACOCCIDIODOMYCOSE Infection chronique granulomateuse. Infection primaire pulmonaire souvent inapparente qui se dissmine ensuite pour former des granulomes ulcreux dans la bouche, la cavit nasale et occasionnellement la muqueuse gastrointestinale.
PIDMIOLOGIE Agent tiologique Rservoir Porte d'entre Contagiosit Zones d'endmie : : : : : Paracoccidioides brasiliensis sol (?) voies respiratoires aucune Amrique du Sud
PARACOCCIDIOIDES BRASILIENSIS
PHASE SAPROPHYTIQUE (25 C) Hyphes septs Conidies piriformes et arthroconidies trs rares Colonies blanches, beiges ou roses, glabres ou laineuses
PHASE PARASITAIRE (37 C) Levures bourgeonnement multiple, 2-30 m
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Mycologie
Partie 4
INFECTION PENICILLIUM MARNEFFEI Infection progressive systmique rsultant de linfiltration et de linflammation du systme rticuloendothlial par la forme levure du champignon. Poumons, peau, os, articulations, foie, yeux, peu prs tous les organes peuvent tre atteints.
PIDMIOLOGIE Agent tiologique Rservoir Porte d'entre Contagiosit Zones d'endmie : : : : : Penicillium marneffei sol, rats de bambou voies respiratoires aucune Sud-est asiatique
PENICILLIUM MARNEFFEI
PHASE SAPROPHYTIQUE (25-30 C) Hyphes septs Conidies ellipsodes en chanes, produites par des phialides regroupes en pinceaux Colonies blanches en priphrie avec centre bleu vert; pigment diffusible rouge *
PHASE PARASITAIRE (37 C) Arthroconidies (levures se multipliant par fission) 3-5 m Colonie non pigmente.
10 m
* Dautres espces de Penicillium peuvent aussi produire un pigment diffusible rouge 25-30 C. Toutefois, celles-ci ne sont pas dimorphes et conservent habituellement leur pigment 37 C.
Page 43
Laboratoire de sant publique du Qubec 5. AUTRES TECHNIQUES D'IDENTIFICATION

5.1 IMMUNO-IDENTIFICATION : Exoantignes a) Trousses disponibles pour l'identification de : Blastomyces dermatitidis Coccidioides sp. Histoplasma capsulatum b) Technique Extraction des antignes solubles partir d'une culture mature Concentration de l'antigne Immunodiffusion Bande(s) d'identit = > identification (spcificit 100 %) 5.2 SONDES MOLCULAIRES (GenProbe) a) Trousses disponibles pour l'identification de : Blastomyces dermatitidis Coccidioides sp. Histoplasma capsulatum b) Principe Extraction de l'ARN ribosomal Dnaturation de l'ARN Hybridation avec sonde chimioluminescente Lecture avec luminomtre 5.3 SQUENAGE DE GNES a) Mthode maison b) Principe Extraction de l'ADN ribosomal Dnaturation de l'ADN Amplification dune rgion spcifique par PCR Squenage Comparaison des squences obtenues avec des squences de rfrence.
ITS : internal transcribed spacer IGS : intergeneric spacer

Clinical and Laboratory Standards Institute. 2007. Interpretive criteria for microorganism identification by DNA target sequencing. Proposed guideline. M18-P CLSI. Wayne, PA.
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Mycologie 7. MYCOSES PROFONDES : CARACTRISTIQUES
Partie 4
CHAMPIGNONS PATHOGNES
CHAMPIGNONS OPPORTUNISTES
MALADIE
Histoplasmose Blastomycose Paracoccidiodomycose Coccidiodomycose
Candidose Aspergillose Cryptococcose Mucormycose
HTE
Normal ou affaibli
Affaibli
PORTE D'ENTRE
Poumon
Variable
ORIGINE
Exogne
Endogne, exogne
PRONOSTIC
Gurison spontane frquente chez l'hte normal
Dpends de la maladie sous-jacente
IMMUNIT
Oui
Non
DISTRIBUTION GOGRAPHIQUE
Restreinte
Mondiale
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8. IMMUNODIAGNOSTIC DES MYCOSES PROFONDES

(ractifs disponibles commercialement)
INFECTION
RECHERCHE D'ANTICORPS
RECHERCHE D'ANTIGNES
Blastomycose
+/-
+1
Coccidiodomycose
+1
Histoplasmose
+1
Paracoccidiodomycose
Aspergillose
+2,3
Candidose
-3
Cryptococcose
1 2
Analyse disponible chez MiraVista Diagnostics http://www.miravistalabs.com Dtection galactomannanes dans le srum (EIA) - Platelia Aspergillus, Bio-Rad. Dtection de (1-->3)--D-glucanes dans le srum Fungitell - Glucatell :- Associates of Cape Cod (Falmouth, USA) http://www.beacondiagnostics.com/ Fungitec G : Seikagaku Kogyo Corporation (Tokyo)
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Mycologie
Annexes
Annexe 1
MILIEUX DE CULTURE POUR L'ISOLEMENT PRIMAIRE DES CHAMPIGNONS Type de spcimen Milieux suggrs A. glose Inhibitory Mold Agar (IMA) ou glose Sabouraud chloramphnicol Commentaires Milieux sans cycloheximide mais avec antibactriens, permettant la croissance des dermatophytes et de champignons saprophytes parfois responsables de dermatomycose. Milieu avec cycloheximide inhibant la croissance de champignons saprophytes habituellement non pathognes tout en permettant la croissance des dermatophytes. Milieu riche, sans cycloheximide, permettant la croissance de champignons fastidieux et inhibant la croissance bactrienne. Milieux sans cycloheximide permettant la croissance de la plupart des champignons dimportance mdicale. Milieu avec cycloheximide inhibant la croissance de certains champignons saprophytes habituellement non pathognes et permettant la croissance de nombreux pathognes.
Spcimens dermatologiques
(utiliser 2 milieux)
B. glose Mycosel ou Mycobiotique
Autres spcimens : non striles

utiliser 3 milieux, un de chaque catgorie A, B et C
A. glose BHI avec chloramphnicol, avec ou sans sang
normalement striles
utiliser 2 milieux, un de chaque catgorie A et B
B. glose IMA ou glose Sabouraud chloramphnicol
C. glose Mycosel
Notes : 1) Sauf exception, toujours utiliser des milieux avec antibactriens. 2) Certains spcimens petit volume, tel que les biopsies de corne, sont ensemencs seulement sur un milieu riche et non slectif permettant la croissance de champignons et de bactries. 3) Lorsque le volume de spcimen est trop faible pour ensemencer tous les milieux disolement, inoculer les milieux de la liste ci-dessus par ordre successif, jusqu puisement du spcimen. 4) La temprature dincubation recommande est de 30 C pour tous les spcimens. 5) La priode dincubation est habituellement de 4 semaines pour l'isolement de dermatophytes et de dimorphes et de 3 semaines pour les autres agents de mycoses. Il existe des exceptions, selon la mthode utilise, le type de spcimen ou le champignon recherch.
Labarca, J. A. et al. 1998. Critical evaluation of 4 week incubation for fungal cultures: is the fourth week useful? J. Clin. Microbiol. 36 :3683-3685. Maxwell, G. M. et al.1997. Duration of fungal culture incubation in an area endemic for Histoplasma capsulatum. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 28 :41-43. Morris A. J. et al. 1996. Duration of incubation of fungal cultures. J. Clin. Microbiol. 34 :1583-1585.
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Annexe 2
LISTE DE MILIEUX UTILES POUR L'IDENTIFICATION DES CHAMPIGNONS
MILIEUX DE BASE Glose Sabouraud glucose modifie Glose pomme de terre glucose Glose cerveau-coeur (BHI) Glose cerveau-coeur + 10 % sang de mouton Glose ure de Christensen Srum de veau ou de cheval Glose farine de mas + Tween 80 Assimilation de sources de carbone (API 20C AUX) ou autre systme d'identification
Utilisation Milieu de repiquage et didentification . Milieu de repiquage et didentification, favorise la sporulation et la production de pigments (ex. T. rubrum) Conversion des champignons dimorphes (Histoplasma, Blastomyces, Sporothrix)
Identification des levures et des dermatophytes Identification de C. albicans/dubliniensis tube germinatif Identification des levures - examen morphologique
Identification des levures
AUTRES MILIEUX Extrait de levure 10 % Gloses Trichophyton #1 4 Glose nitrate Identification des dermatophytes (perforation du cheveu) Identification des dermatophytes Identification des levures et de certains champignons dmatis
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Glossaire
Annexe 3 PREUVES DE SENSIBILIT AUX ANTIFONGIQUES

1. ANTIFONGIQUES Classe Polynes Azoles Echinocandines Allylamines Inhibiteurs de la synthse des protines 2. MTHODES
Antifongique amphotricine B, nystatin fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole caspofungine, anidulafungine, micafungine terbinafine 5- fluorocytosine
Cible Membrane cellulaire, ergostrol
Paroi cellulaire (-d glucanes)
Protines
Mthodes de rfrence du Clinical Laboratory Standards Institute (Voir Bibliographie) YeastOne, Trek Diagnostics Systems, Inc. Etest, AB Biodisk. Vitek, bioMrieux
Technique du CLSI (anciennement NCCLS) Avantages Mthode standardise, reproductible Souches pour contrle de la qualit Grilles dinterprtation pour fluconazole, itraconazole, voriconazole, 5-fluorocytosine et chinocandines pour Candida sp. seulement Interprtation base sur tudes cliniques de candidose oropharynge et invasive Limites Cots, entranement du personnel Points de lecture (endpoints) parfois subjectifs Croissance rsiduelle avec azoles et C. albicans et C. tropicalis Mauvaise discrimination des souches rsistantes lamphotricine B Pas de grille dinterprtation pour ampho B et les nouveaux antifongiques Pas de grille dinterprtation pour les organismes autres que Candida sp.
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3. RECOMMANDATIONS 1. Pour les spcimens provenant de sites profonds ou normalement striles, identifier l'agent tiologique au genre et si possible lespce . Certaines espces sont connues pour leur rsistance intrinsque (ex. : Candida lusitaniae et amphotricine B, Candida krusei et fluconazole, Candida guilliermondii et chinocandines). 2. Pour dterminer la pertinence des preuves de sensibilit, se rfrer aux directives sur les mthodes diagnostiques et thrapeutiques produites par les socits de microbiologie et infectiologie ou par des organismes tel que le Clinical and Laboratory Standards Institute. 3. Les preuves de sensibilit peuvent tre utiles dans les cas dinfection associs un chec thrapeutique de mme que dans les cas dinfection o la rsistance est susceptible de se dvelopper en cours de traitement prolong (surtout lors de l'utilisation d'antifongiques azols). 4. Pour les organismes rarement isols, les preuves de sensibilit sont gnralement peu utiles. Slectionner plutt le traitement en fonction de lexprience clinique. 5. Les preuves de sensibilit sont utiles dans le cadre de programmes de surveillance pour tablir le profil de sensibilit de souches pathognes l'intrieur d'une institution ou sur un territoire donn.
Pfaller, M. A., D. J. Diekema. 2012. Progress in antifungal susceptibility of Candida spp. and Laboratory Standards Institute Broth Microdilution Methods, 2010-2012. J. Clin. Microbiol. ahead of print, 27 June 2012 (voir tableau 5)
4. DONNES DU QUBEC
Programme de surveillance 2003-2005 Pourcentage de souches de Candida rsistantes Espces albicans glabrata parapsilosis tropicalis lusitaniae Antifongiques (n=288) (n=78) (n=43) (n=21) (n=13) 1 Amphotricine B 0,3 11,5 2,3 0 7,7 5-fluorocytosine 2,4 0 0 4,8 0 Itraconazole 0 83,3 0 14,3 0 Fluconazole 0,3 5,1 0 4,8 0 Voriconazole 0 1,3 0 4,8 0 1 aucun critre dinterprtation officiel disponible. Seuil de rsistance utilis : CMI >2 mg/l. 2 toutes les souches de C. krusei sont considres rsistantes demble au fluconazole krusei (n=12) 8,3 0 25 2 100 0
St-Germain, G., M. Laverdire, R. Pelletier, P. Ren, A. Bourgault, C. Lemieux, M. Libman. 2008. Epidemiology and antifungal susceptibility of bloodstream Candida isolates in Quebec: Report on 453 cases between 2003 and 2005. Can. J. Infect. Dis. Med. Microbiol. 19:55-62. G. St-Germain, M. Laverdire, R. Pelletier, A.-M. Bourgault, M. Libman, C. Lemieux, G. Nol. 2001. Prevalence and antifungal susceptibility of 442 Candida isolates from blood and other normally sterile sites: results of a 2-year (1996-1998) multicenter surveillance study in Quebec, Canada. J. Clin. Microbiol. 39:949953.
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Glossaire
Glossaire
ALEURIOCONIDIE (n.f.). Conidie libre suite la lyse d'une cellule de support; on la reconnat habituellement par sa base tronque, dote d'une frange annulaire. ALTERN (adj.). Se dit d'arthroconidies alternant avec des cellules vgtatives (cellules disjonctives); ces dernires dgnrent et se brisent pour librer les arthroconidies. ANAMORPHE (n.m. et adj.). Forme reproductive asexue d'un champignon. ANNELLIDE (n.f.). Cellule conidiogne plus ou moins diffrencie des hyphes et produisant des conidies selon un mode basiptal. L'extrmit de l'annellide se dveloppe selon un mode percurrent, c'est--dire qu'il s'allonge lgrement avec la production de chaque nouvelle conidie et porte la marque d'anneaux qui sont autant de cicatrices laisses par les conidies libres. Ces anneaux ne sont pas toujours visibles au microscope optique. ANNELLOCONIDIE (n.f.). Conidie forme par un annellide. ANTHROPOPHILE (adj.). Se dit d'un champignon (dermatophyte) qui se dveloppe prfrentiellement ou exclusivement chez l'humain plutt que chez l'animal ou dans le sol. APEX (n.m.). Extrmit. APOPHYSE (n.f.). Renflement en forme d'entonnoir l'extrmit d'un sporangiophore, sous le sporange. ARTHROCONIDIE (n.f.). Conidie issue de la dsarticulation des cellules dun hyphe et libre soit par un processus de fission (arthroconidies simples) soit par la lyse de cellules disjonctives (arthroconidies alternes). ASCOCARPE (n.m.). Structure de fructification l'intrieur de laquelle sont forms les asques chez certains champignons de la division Ascomycota. Les clistothces et les prithces sont des types d'ascocarpes. ASCOSPORE (n.f.). Spore sexue forme l'intrieur d'un asque chez les champignons de la division Ascomycota. Il y a habituellement 4 ou 8 ascospores par asque - parfois 2 ou des multiples de 4. ASQUE (n.m.). Cellule en forme de sac (rond, massu, cylindrique) l'intrieur de laquelle sont produites des ascospores. BISRI (adj.). Chez les Aspergillus, prsence de phialides supportes par des mtules fixes en surface des vsicules. BLASTIQUE (adj.). Se dit d'un mode de formation d'une conidie bas fondamentalement sur un processus de bourgeonnement. La cloison qui dlimite la blastoconidie de sa cellule mre apparat uniquement la fin du processus de formation. Ainsi, une partie seulement de la cellule mre se transforme en conidie. (voir: blastoconidie, annelloconidie, phialoconidie, poroconidie, thallique). BLASTOCONIDIE (n.f.). Conidie produite par bourgeonnement; chez les levures, un bourgeon. BLASTOMYCOSE (n.f.). Maladie cause par Blastomyces dermatitidis. L'infection est habituellement acquise par inhalation des conidies du champignon et se dveloppe initialement au niveau des poumons. Parfois elle se dissmine, principalement au niveau de la peau, des os ou du cerveau. BOUCLE (n.f.). Excroissance situe sur le ct d'une hyphe, au point de rencontre de deux cellules et faisant le pont entre cellesci. La prsence de ce type de structure dans les hyphes vgtatifs d'un champignon indique son appartenance la division Basidiomycota. [Angl. Clamp connexion]. CELLULE EN BOUCLIER. Conidie en forme de V ou de bouclier, principalement retrouve chez les champignons du genre Cladosporium, aux points o les chanes de conidies se ramifient pour former deux chanes. [Angl. Shield shaped cell]. CELLULE EN NOISETTE. Cellule rfringente, paroi paisse et de forme variable observe chez certaines espces d'Aspergillus. [Angl. hlle cell]. CHANDELIER FAVIQUE. Hyphe se terminant par des embranchements qui ressemblent un chandelier ou des bois de cerf. Typiquement retrouv chez Trichophyton schoenleinii. CHLAMYDOSPORE (n.f.). Cellule de rsistance, arrondie, renfle, paroi paisse, intercale dans une hyphe ou terminale. Techniquement, il ne s'agit ni d'une spore, ni d'une conidie, mais plutt d'une structure de repos ou de rsistance attache en permanence un hyphe. CHROMOBLASTOMYCOSE (n.f.). Infection chronique des tissus sous-cutans cause par un petit groupe de champignons dmatis dont Fonsecaea pedrosoi, Phialophora verrucosa et Cladosporium carrionii. L'infection, caractrise par des lsions cutanes verruqueuses et la formation de cellules fumagodes dans les tissus, est souvent limite un seul membre. Elle survient aprs inoculation du champignon dans la peau, la suite d'un traumatisme cutan. CLISTOTHCE (n.m.). Organe de fructification de certains champignons de la division Ascomycota. Il s'agit d'une structure plus ou moins ronde l'intrieur de laquelle sont produits des asques. Contrairement au prithce, le clistothce ne possde pas d'ouverture et doit se briser pour librer ses ascospores. COCCIDIODOMYCOSE (n.f.). Maladie cause par Coccidioides immitis/posadasii. L'infection est habituellement acquise par inhalation des arthroconidies du champignon. Initialement pulmonaire, elle se rsorbe souvent d'elle-mme, ou parfois se dissmine dans d'autres parties du corps, dont la peau, les os, les articulations, le foie et les systmes nerveux central et gnitourinaire. COENOCYTIQUE (adj.). Non ou peu sept; souvent utilis pour dcrire les hyphes des Mucorales, ou d'autres structures similaires o le cytoplasme d'un organisme n'est pas confin dans des cellules individuelles.
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COLLERETTE (n.f.). Vestige de paroi cellulaire prsent l'extrmit d'une phialide. La collerette ressemble souvent un entonnoir ou un tube, mais n'est pas toujours visible au microscope optique. COLUMELLE (n.f.). Extrmit renfle du sporangiophore, faisant saillie l'intrieur du sporange. CONIDIE (n.f.). lment fongique uni ou pluricellulaire qui, maturit, se dtache du myclium pour ensuite se dissminer; il s'agit d'une structure de reproduction asexue. CONIDIOGNE (adj.). Se dit d'une cellule spcialise produisant des conidies. Par exemple, les phialides et annellides sont des cellules conidiognes. CONIDIOPHORE (n.m.). Hyphe spcialis sur laquelle se dveloppent les conidies; le terme peut s'appliquer une cellule conidiogne ou une structure spcialise qui supporte une ou des cellules conidiognes. CORMIE (n.f.). Faisceau de conidiophores ciments les uns aux autres et produisant des conidies l'apex. [Angl. coremium, synnema]. CYCLOHEXIMIDE (n.m.). Antifongique large spectre produit par Streptomyces griseus, principalement utilis en laboratoire biomdical comme agent slectif pour l'isolement des dermatophytes (cf. glose Mycosel). Aussi connu sous le nom commercial, Actidione. DMATI (adj.). Se dit d'un champignon produisant un pigment brun noir (mlanine) dans la paroi cellulaire de ses hyphes ou de ses conidies. Parfois les colonies sont ples en dbut de croissance, devenant de plus en plus fonces avec l'ge. Le terme dmati est driv du nom donn la familleanamorphe Dematiaceae, un taxon artificiel cr pour englober tous les champignons de couleur sombre produisant des conidies en surface de filaments et non pas l'intrieur de pycnides. Ainsi, les champignons qui se reproduisent asexuellement par des pycnides seulement (ex. Phoma), ne sont jamais qualifis de dmatis , mme lorsqu'ils sont bruns. Il en va de mme pour les champignons qui se reproduisent par un mode sexu seulement (ex. Chaetomium). DERMATOMYCOSE (n.f.). Infection de la peau, des cheveux ou des ongles cause par un champignon. DERMATOPHYTE (n.m.). Champignon appartenant aux genres Epidermophyton, Microsporum ou Trichophyton et qui infecte la peau ou les phanres (cheveux, poils, plumes, ongles, griffes) d'organismes vivants. DERMATOPHYTIE, DERMATOPHYTOSE (n.f.). Infection de la peau, des cheveux ou des ongles cause par un dermatophyte. DIMORPHE (adj.). Qui possde deux formes. Couramment utilis en mycologie mdicale pour dcrire des champignons qui exhibent un dimorphisme thermique, c'est--dire qui se manifestent sous forme filamenteuse 25 C et sous forme de levure ou de sphrule 37 C sur milieux spcialiss ou in vivo. En mycologie gnrale, ce terme s'applique tout champignon capable de se transformer d'une forme filamenteuse une forme particulaire, indpendamment de la temprature.
DISJONCTIF, IVE (adj.). Se dit d'une cellule vide qui se fragmente ou se lyse pour librer une conidie. [Angl. disjunctor, separating cell]. CHINUL, (adj.). Prsentant de petites asprits en surface. FRANGE ANNULAIRE. Petite membrane attache la base ou aux extrmits d'une conidie libre (aleurioconidie, arthroconidie alterne); il s'agit d'un vestige de la paroi de la cellule de support qui s'est lyse pour librer la conidie. FUMAGODE (adj.). Se dit d'une cellule dmatie, paroi paisse, se divisant par fission bilatrale et retrouve dans les tissus, chez les patients atteints de la chromoblastomycose. [Angl. Sclerotic body]. GNICUL (adj.). Se dit d'un conidiophore flchi sur lui-mme, formant un ou plusieurs angles. Ce type de conidiophore rsulte typiquement d'un dveloppement sympodial. GOPHILE (adj.). Se dit d'un champignon (un dermatophyte, ou une espce non pathogne de Trichophyton, Microsporum ou Epidermophyton) qui se dveloppe prfrentiellement dans le sol plutt que chez l'animal ou l'humain. Tellurique. GLABRE (adj.). Lisse, dpourvu de poils. HILAIRE (adj.). Se dit d'une cicatrice bien visible et protubrante, persistant la base d'une conidie, au point o elle s'est spare de la cellule conidiogne. HTROTHALLIQUE (adj.). Se dit d'un champignon dont la reproduction sexue n'est possible qu' partir de cellules provenant de deux souches sexuellement compatibles. HISTOPLASMOSE (n.f.). Maladie cause par Histoplasma capsulatum. L'infection, habituellement acquise par inhalation des conidies du champignon, demeure le plus souvent bnigne ou asymptomatique. Chez certains patients, elle peut devenir chronique ou aigu et se dissminer avec des atteintes du systme rticulo-endothlial, de la rate, du foie, des glandes surrnales, du tractus gastro- intestinal, des muqueuses ou de la moelle osseuse. HOMOTHALLIQUE (adj.). Se dit d'un champignon qui peut se reproduire sexuellement partir de cellules provenant d'une mme souche. HYALIN (adj.). Non pigment, incolore. Souvent utilis pour caractriser des structures qui apparaissent incolores sous le microscope. HYALOHYPHOMYCOSE (n.f.). Groupe d'infections htrognes causes par des champignons sans pigment brun dans la paroi de leurs cellules et caractrises par la prsence, dans les tissus, d'hyphes septs hyalins, parfois ramifies ou torulodes. Dans la pratique, ce nom est habituellement rserv des mycoses rares et ne remplace pas les termes bien tablis tels que aspergillose. HYPHE (n.f. ou n.m.). Filament sept ou non sept d'un champignon. HYPHE EN BUISSON. Hyphe dont les ramifications se dirigent contresens les unes des autres, en "fils de fer barbels". [Angl. Reflexive hyphae].
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Glossaire
HYPHE EN RAQUETTE. Hyphe compos d'une succession de cellules renfles une de leurs extrmits, donnant l'impression de raquettes places bout bout. HYPHE EN SPIRALE. Hyphe courb en spirale, soit plat ou en tire-bouchon. Cette structure spcialise observe chez certains dermatophytes est plus rigide que les spirales communment formes par plusieurs champignons et se situe en position terminale plutt qu'intercalaire. HYPHE EN TTE DE CLOU. Hyphe extrmit aplatie, typiquement rencontre chez certains dermatophytes tel Trichophyton schoenleinii. IMPARFAIT (adj.). Se dit de la forme asexue ou anamorphe d'un champignon. MACROCONIDIE (n.f.). La plus grosse de deux conidies de grosseurs diffrentes produites par un mme champignon. Souvent pluricellulaire. MTULE (n.f.). Segment du conidiophore partir duquel sont produites les phialides chez les Aspergillus bisris et les Penicillium multiverticills. MICROCONIDIE (n.f.). La plus petite de deux conidies de grosseurs diffrentes produites par un mme champignon. Souvent unicellulaire. MOISISSURE (n.f.). Champignon microscopique produisant principalement des filaments. MUCORALES. Ordre du phylum Glomeromycota auquel appartiennent, entre autres, les Absidia, Cunninghamella, Mucor, Rhizopus et Rhizomucor. Ces champignons se distinguent par leurs colonies croissance trs rapide composes d'hyphes larges, non ou peu septs, et de sporanges. MUCORMYCOSE (n.f.). Maladie cause par un champignon de l'ordre Mucorales. Les infections causes par des champignons de l'ordre des Mucorales (Absidia, Cunninghamella, Mucor, Rhizomucor, Rhizopus) sont typiquement diagnostiques chez le patient dbilit souffrant d'acidose diabtique, de malnutrition, de brlures graves ou de maladies du systme immunitaire. Elles sont aigus, trs souvent mortelles, et se caractrisent par la ncrose des tissus et par la production d'infarctus au niveau du cerveau, des poumons et des intestins. D'autre part, les infections causes par des champignons de l'ordre des Entomophthorales (Basidiobolus, Conidiobolus), sont habituellement chroniques et touchent principalement les muqueuses et les tissus souscutans. MURIFORME (adj.). Sept la fois transversalement et longitudinalement. MYCLIUM (n.m.). Ensemble des hyphes d'une colonie d'un champignon. Le terme est aussi utilis couramment pour dsigner une quantit indfinie d'hyphes. MYCTOME (n.m.). Infection chronique des tissus mous ou osseux, habituellement limite un seul membre et caractrise par la formation de tumfactions fistulises d'o s'chappent des grains noirs ou blancs. ONYCHOMYCOSE (n.f.). Infection des ongles cause par un champignon. ORGANE NODULAIRE. Noeud form d'hyphes enchevtres et souvent pigmentes, caractristique de certains dermatophytes. OSTIOLE (n.f.). Ouverture dans la paroi d'un prithce ou d'une pycnide, par laquelle s'chappent les spores ou les conidies. PARACOCCIDIODOMYCOSE (n.f.).Infection chronique du systme respiratoire cause par Paracoccidioides brasiliensis. Elle se caractrise par une atteinte primaire des poumons accompagne de lsions secondaires aux muqueuses buccales, nasales ou gastro-intestinales. PARASITE (n.m. et adj.). Organisme qui vit en troit contact et entirement aux dpens d'un autre organisme vivant. PARFAIT (adj.). Se dit de la forme sexue ou tlomorphe d'un champignon. PECTIN (adj.). En forme de peigne. Principalement utilis pour dcrire certaines hyphes de certains dermatophytes. PDONCUL (adj.). Se dit d'une conidie supporte par un court filament. PRITHCE (n.m.). Fruit de certains champignons de la division Ascomycota. Il s'agit d'une structure en forme de sac plus ou moins ronde, l'intrieur de laquelle sont forms des asques. Contrairement au clistothce, le prithce libre ses ascospores par une ouverture appele ostiole. PHAEOHYPHOMYCOSE (n.f.). Groupe d'infections htrognes caractrises par la prsence d'hyphes, de pseudohyphes ou de levures brunes dans les tissus. Ce nom est habituellement rserv certaines mycoses rares pour lesquelles il n'existe aucun nom reconnu. PHIALIDE (n.f.). Cellule conidiogne souvent en forme de bouteille, produisant des conidies selon un mode basiptal. La longueur de cette cellule demeure fixe tout au long du processus de formation des conidies. Une collerette est parfois visible son extrmit. PHIALOCONIDIE (n.f.). Conidie produite par une phialide. PIRIFORME (adj.). En forme de poire. PLOMORPHISME (n.m.). Phnomne de mutation survenant chez les dermatophytes maintenus en laboratoire et entranant la disparition d'lments d'identification caractristiques tels que la pigmentation des colonies et la production de conidies. POROCONIDIE (n.f.). Conidie forme au travers d'un pore dans la cellule conidiogne. PSEUDOHYPHE (n.f.). Srie de blastoconidies allonges demeurant attaches les unes aux autres, ayant l'apparence dun hyphe en chapelet. PYCNIDE (n.f.). Chez les Sphaeropsidales, structure ronde en forme de sac, avec une ouverture apicale (ostiole), l'intrieur de laquelle sont formes des conidies. La pycnide ressemble au prithce mais ne drive aucunement d'un processus sexu. RHIZODE (n.m.). Hyphes ayant l'apparence de racines. SAPROPHYTE (n.m. et adj.). Organisme qui se nourrit de matire organique morte. SEPTUM (n.m.). Cloison dans un hyphe, un conidiophore, une conidie ou une spore. SIMPLE (adj.). Se dit d'un conidiophore non ramifi. SPHRULE (n.f.). Structure sphrique paroi paisse, produite par Coccidioides immitis/posadasii dans les tissus; dans certaines conditions spciales, elle peut aussi tre produite in vitro. maturit, elle contient des endospores.
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SPORANGE (n.m.). Structure en forme de sac, contenant des spores asexues formes par un processus de clivage cytoplasmique. SPORANGIOLE (n.m.). Petit sporange ne contenant qu'un faible nombre de sporangiospores et parfois mme une seule sporangiospore. SPORANGIOPHORE (n.m.). Hyphe spcialis donnant naissance un sporange. SPORANGIOSPORE (n.f.). Spore asexue produite par clivage cytoplasmique l'intrieur d'un sporange. SPORE (n.f.). lment fongique de propagation, issu soit d'un processus de reproduction sexu (ascospore, basidiospore, zygospore), soit d'un processus de reproduction asexu impliquant un clivage cytoplasmique (sporangiospore). SPOROTRICHOSE (n.f.). Infection sous-cutane cause par Sporothrix schenckii et caractrise par l'apparition de nodules forms via le systme lymphatique, partir du point d'inoculation. Les formes dissmines ou pulmonaires sont rares. STRILE (adj.). Se dit d'une culture de champignon qui ne produit aucune spore ou conidie. STOLON (n.m.). Hyphe arien horizontal, partir de laquelle se forment les rhizodes et les sporangiophores. SYMPODIAL (adj.). En mycologie mdicale, se dit de la croissance d'un conidiophore qui se dveloppe par la formation d'un nouveau point de croissance, juste en dessous de la conidie se situant l'apex, poussant celle-ci de ct pour s'allonger. Ce processus se rpte plusieurs reprises. Souvent le conidiophore prend une forme gnicule ou en zigzag. TLOMORPHE (n.m. et adj.). Forme sexue d'un champignon. TORULODE (adj.). Se dit d'une hyphe ou d'un conidiophore qui prsente une srie successive de renflements et d'tranglements. TRONQU (adj.). Se dit d'une cellule dont la base se termine abruptement, comme si elle avait t coupe. UNISRI (adj.). Chez les Aspergillus, se dit de phialides formes directement sur la vsicule, en l'absence de mtules. VERTICILLE (n.m.). Souvent utilis pour dcrire un ensemble de cellules conidiognes fixes en cercle autour d'un conidiophore (ex. Verticillium). VSICULE (n.m.). Structure ayant la forme d'une petite vessie. Souvent utilis pour dcrire l'extrmit gonfle d'un conidiophore (ex. Aspergillus) ou d'un sporangiophore (ex. Syncephalastrum). ZOOPHILE (adj.). Se dit d'un champignon (dermatophyte) qui se dveloppe prfrentiellement chez l'animal plutt que chez l'humain ou dans le sol. ZYGOSPORE (n.f.). Spore sexue forme par la fusion de deux cellules semblables appeles gamtanges; ce type de spore est caractristique des champignons de la division Glomeromycota. THALLE (n.m.). Colonie; ensemble de l'appareil vgtatif et de l'appareil reproductif d'un champignon. THALLIQUE (adj.). Se dit du mode de formation d'une conidie qui provient de la transformation d'un segment d'hyphe dj dlimit par une ou des cloisons. La cellule mre se transforme au complet en conidie. (voir: aleurioconidie, arthroconidie, chlamydospore, blastique).
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Bibliographie
Bibliographie
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th
Page 56
Notes
Page 57

Identification Champignons Importance Medicale

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Identification Champignons Importance Medicale

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Identification des champignons dimportance mdicale

Stage de laboratoire Guy St-Germain Octobre 2012

Table des matires

ANNEXE 1 ANNEXE 2 ANNEXE 3

GLOSSAIRE ... 51 BIBLIOGRAPHIE ... .55

PARTIE 1 INTRODUCTION LA MYCOLOGIE ET IDENTIFICATION DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX

2. GNRALITS SUR LA PATHOGNICIT DES CHAMPIGNONS

3. PRINCIPAUX TYPES DE CHAMPIGNONS DIMPORTANCE MDICALE

Laboratoire de sant publique du Qubec

4. PRINCIPAUX TYPES DE MYCOSES

Microsporum Trichophyton Epidermophyton

CANDIDOSE (PEAU, ONGLES, MUQUEUSES)

Candida albicans, ...

SPOROTRICHOSE CHROMOBLASTOMYCOSE MYCTOME

Sporothrix schenckii Fonsecaea pedrosoi, ... Pseudallescheria boydii, Madurella

CANDIDOSE CRYPTOCOCCOSE ASPERGILLOSE MUCORMYCOSE

OPPORTUNISTES Candida albicans, ... Cryptococcus neoformans Aspergillus fumigatus, ...

Ex. Fusarium, ... Ex. Alternaria, Exophiala,

5. CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS

Saccharomyces Arthroderma (=dermatophytes) Ajellomyces (=Histoplasma, Blastomyces)

Filobasidiella neoformans (=Cryptococcus neoformans)

BLASTOMYCETES FUNGI IMPERFECTI

Candida, Cryptococcus, Rhodotorula, Trichosporon

HYPHOMYCETES : MONILIACEAE Aspergillus, Blastomyces, Coccidioides, Fusarium, Histoplasma, Microsporum, Trichophyton

DEMATIACEAE Alternaria, Cladosporium... COELOMYCETES Phoma

Laboratoire de sant publique du Qubec 6. MILIEUX DE CULTURE

7. TEMPRATURES D'INCUBATION DES FINS DIDENTIFICATION

temprature de base, temprature dappoint

8. PURIFICATION DE SOUCHES CONTAMINES

10. CARACTRISTIQUES DES CHAMPIGNONS FILAMENTEUX

EXAMEN DES STRUCTURES MICROSCOPIQUES

conidies phialides mtule vsicule conidiophore Clistothce Prithce

Laboratoire de sant publique du Qubec

11. CONIDIES ET SPORES ASEXUES

Blastoconidie Poroconidie (poroconidie)

A2. Souche strile (conidies ou spores absentes)

B2. Hyphes troits et septs C1. Organes de fructification prsents

Aspergillus section Glaucus

Ttes aspergillaires absentes produit des conidies sur les hyphes

rhizodes trs primitifs (souvent difficiles reprer), croissance 54 C Rhizomucor apophyse

Pseudallescheria boydii (Scedosporium sp.)

ne produit pas de conidies sur les hyphes

Chaetomium pycnides avec une ouverture (ostiole) Phoma

Champignons hyalins, conidiophores non ramifis se terminant en vsicule

Champignons hyalins, conidiophores ramifis en pinceau

Colonie souvent rouille, jamais verte Paecilomyces

Conidies base tronque

Cicatrices et conidies en bouclier

Conidies solitaires (fixes individuellement sur le conidiophore)

Histoplasma capsulatum Conidies en rosette Conidiophores en zigzag

Sporothrix schenckii Beauveria

E.2 Conidies pluricellulaires prsentes (conidies unicellulaires parfois aussi prsentes)

Colonie blanche ou ple Colonie brune Trichothecium Ochroconis (Scolecobasidium) Fusarium

Dermatophytes Conidies avec plus de 2 cellules

Microsporum canis Curvularia

Urase positive Trichophyton mentagrophytes

PARTIE 2 LES LEVURES

2. SCHMA D'IDENTIFICATION DES LEVURES Colonie blanche

Candida albicans ou Candida dubliniensis

Assimilation de sources de carbone (ex. API 20c aux)

Examen morphologique (Dalmau)

Pseudohyphes et/ou hyphes

Laboratoire de sant publique du Qubec

3.2 TUBE GERMINATIF (germination)