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La secuencia Shine-Dalgarno es una secuencia de ARN mensajero propia de los transcritos de procariotas. Se trata de una secuencia situada unos 6 o 7 nucletidos antes del codn de inicio de la traduccin, y regula la iniciacin de sta. Posee una secuencia consenso caracterstica: AGGAGG, que es complementaria a una zona del 3' del ARN ribosomal 16S (denominada secuencia anti-Shine-Dalgarno y que posee por tanto la forma UCCUCC). La interaccin de ambas secuencias posibilita la unin del ribosoma al 5' del ARN mensajero, lo que facilita el reconocimiento del codn de inicio y la subsiguiente sntesis proteica.