Reproduccin: Lo que diferencia a los ciliados de los dems organismos es la presencia de dos tipos de ncleo : un macroncleo y un microncleo.

Los microncleos son cuerpos esfricos ms pequeos cuyo nmero vara segn la especie de 1 a 20 , son diploides, con poco ARN. El microncleo es el almacn del material gnetico por lo tanto responsable del cambio gnetico y de la reorganizacin nuclear. El macroncleo es denominado aveces ncleo vegetativo, por no ser esencial en la reproduccin sexual, sin embargo es necesario para el metabolismo normal, la divisin mittica ,el control de la diferenciacin celular , as como tambin de la sntesis de protenas. Reproduccin asexual: La reproduccin asexual se da siempre por fisin binaria, esta es tpicamente transversal, el plano de divisin pasa a travs de las filas longitudinales de los cilios o de los cuerpos basales. Los husos mitticos se forman solamente en la divisin de microncleos. Y la divisin de macroncleos se realiza por constriccin en el caso de que existan varios macroncleos es posible que antes de dividirse se combinen para formar un nico cuerpo. Cuando una clula ciliada se divide, cada clula hija recibe cilios y cuerpos basales replicados antes en la corteza celular. Como resultado de ello, faltan los centriolos en los husos mitticos del microncleo del ciliado. Reproduccin sexual: La reproduccin sexual implica un intercambio de material nuclear por conjugacin que generalmente precede a una serie de divisiones transversales. Dos miembros sexualmente compatibles de una determinada especie, se adhieren usualmente por la regin oral o bucal del cuerpo y se da una fusin de las membranas en la regin de contacto, en este periodo tiene lugar una reorganizacin y un intercambio de material nuclear. Despus de dos divisiones meiotcas de los microncleos, ste se divide luego y produce dos microncleos gameticos genticamente idnticos, uno de ellos migra al interior del otro conjugante. En cada uno de los conjugantes cada uno de los ncleos se mueve a travs del protoplasma fusionado hacia el interior del miembro opuesto del par conjugante, all se fusionaran y formaran el ncleo zigtico o sincarin. Poco despus los dos ciliados se separa.

Tras la separacin cada exconjugante contina un nmero variable de divisiones nucleares que llevan a la reconstitucin de la condicin nuclear normal caracterstica de cada especie.