LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

PERCOBAAN 2
ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN
I. TUJUAN PERCOBAAN
1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil
ekspresi gen
2. Dapat mencarai homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia
dengan gen beberapa organisme lain.
II. DASAR TEORI
A. PENDAHULUAN
Salah satu fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai
materi genetic adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur
pertumbuhan dandi ferensiasi indiidu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu.
!enotipe organisme sangat ditentukan oleh hasil interaksi protein"
protein di dalam sel. Setiap protein tersusun dari sejumlah asam amino dengan
urutan tertentu, dan setiap asam amino pembentukannya disandi #dikode$ oleh
urutan basa nitrogen di dalam molekul DNA. %angkaian proses ini, mulai dari
DNA hingga terbentuknya asam amino, dikenal sebagai dogma senta!
"#o!og# mo!e$%!e.
&ambar 1. Diagram dogma sentral biologi molekuler
'erubahan urutan basa di dalam molekul DNA menjadi urutan basa
molekul %NA dinamakan transkripsi, sedangkan penerjemahan urutan basa
%NA menjadi urutan asam amino suatu protein dinamakan translasi. (adi,
proses tanskripsi dan translasi dapat dilihat sebagai tahap"tahap ekspresi
urutan basa DNA. Namun, tidak semua urutan basa DNA akan diekspresikan
menjadi urutan asam amino. )rutan basa DNA yang pada akhirnya menyandi
urutan asam amino disebut sebagai gen. Dengan demikian, secara kimia gen
adalah urutan basa nitrogen tertentu pada molekul DNA yang dapat
dieskpresikan melalui tahap"tahap transkripsi dan translasi menjadi urutan
asam amino tertentu.
B. TAHAP&TAHAP TRANSKRIPSI
*ranskripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing"masing akan dijelaskan
sebagai berikut.
a. +n,im %NA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah
yang mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 2- hingga 2-- basa.
Daerah ini dinamakan promoter. .aik pada prokariot maupun eukariot,
promoter selalu memba/a suatu urutan basa yang tetap atau hampir tetap
sehingga urutan ini dikatakan sebagai urutan konsensus. 'ada prokariot
urutan konsensusnya adalah *A*AA* dan disebut kotak 'ribno/,
sedangkan pada eukariot urutan konsensusnya adalah *A*AAA* dan
disebut kotak *A*A. )rutan konsensus akan menunjukkan kepada %NA
polimerase tempat dimulainya sintesis. 0ekuatan pengikatan %NA
polimerase oleh promoter yang berbeda sangat berariasi. 1al ini
mengakibatkan perbedaan kekuatan ekspresi gen.
b. Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, %NA polimerase akan
terikat pada suatu tempat di dekat daerah promoter, yang dinamakan
tempat a/al polimerisasi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan
di tempat ini dan sintesis %NA pun segera dimulai.
c. Selama sintesis %NA berlangsung %NA polimerase bergerak di
sepanjang molekul DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi
nukleotida kepada untai %NA yang sedang diperpanjang.
d. Molekul %NA yang baru saja selesai disintesis, dan juga en,im %NA
polimerase, segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu en,im tersebut
mencapai urutan basa pengakhir #terminasi$. *erminasi dapat terjadi oleh
dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya bergantung kepada urutan
basa cetakan #disebut terminasi diri$ dan terminasi yang memerlukan
kehadiran suatu protein khusus #protein rho$. Di antara keduanya
terminasi diri lebih umum dijumpai. *erminasi diri terjadi pada urutan
basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin #A$. )rutan palindrom
adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berla/anan. 2leh
karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa
tertentu, maka molekul %NA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala #loop$.
3nisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi
sebelumnya. 1al ini karena begitu %NA polimerase telah melakukan
pemanjangan 4- hingga 5- nukleotida, promoter dapat mengikat %NA
polimerase yang lain. 'ada gen"gen yang ditranskripsi dengan cepat reinisiasi
transkripsi dapat terjadi berulang"ulang sehingga gen tersebut akan
terselubungi oleh sejumlah molekul %NA dengan tingkat penyelesaian yang
berbeda"beda.
Secara umum mekanisme transkripsi pada prokariot dan eukariot
hampir sama. 1anya saja, pada prokariot produk langsung transkripsi atau
transkrip primernya adalah m%NA #akan dijelaskan di ba/ah$, sedangkan
pada eukariot transkrip primernya harus mengalami prosesing %NA terlebih
dahulu sebelum menjadi m%NA. 'rosesing %NA ini mencakup dua peristi/a,
yaitu modifikasi kedua ujung transkrip primer dan pembuangan urutan basa
pada transkrip primer yang tidak akan ditranslasi #disebut intron$. )jung 46
dimodifikasi dengan penambahan guanosin dalam ikatan 46"46 yang tidak
umum hingga terbentuk suatu gugus terminal yang dinamakan cap, sedangkan
ujung 76 dimodifikasi dengan urutan poliadenosin #poli A$ sepanjang lebih
kurang 2-- basa. Sementara itu, panjang intron yang harus dibuang dapat
mencapai 4-8 hingga 9-8 dari panjang transkrip primer, tetapi segmen yang
mengandung ujung 46 #gugus cap$ tidak pernah dibuang. Setelah intron
dibuang, segmen"segmen sisanya #disebut ekson$ segera digabungkan menjadi
m%NA. 'embuangan intron dan penggabungan ekson menjadi molekul
m%NA dinamakan penyatuan %NA atau %NA splicing.
C. MACAM&MACAM RNA
*ranskripsi DNA menghasilkan molekul %NA yang kemudian akan
mengalami diferensiasi struktur sesuai dengan fungsinya masing"masing. 0ita
mengenal tiga macam %NA, yaitu :
a. RNA d%ta atau messenge RNA 'mRNA() yang mempunyai struktur
linier kecuali bagian ujung terminasinya yang berbentuk batang dan kala
#&ambar 1-.2$. Molekul m%NA memba/a urutan basa yang sebagian di
antaranya akan ditranslasi menjadi urutan asam amino. )rutan basa yang
dinamakan urutan penyandi #coding se;uences$ ini dibaca tiga demi tiga.
Artinya, tiap tiga basa akan menyandi pembentukan satu asam amino
sehingga tiap tiga basa ini dinamakan triplet kodon. Daftar triplet kodon
beserta asam amino yang disandinya dapat dilihat pada *abel 1. 'ada
prokariot bagian m%NA yang tidak ditranslasi terletak di depan urutan
penyandi #disebut pengarah atau leader$ dan di antara dua urutan penyandi
#disebut spacer se;uences atau noncoding se;uences$. Sementara itu, pada
eukariot di samping kedua bagian tadi ada juga bagian di dalam urutan
penyandi yang tidak ditranslasi. .agian inilah yang dinamakan intron
seperti telah dijelaskan di atas. Molekul m%NA pada prokariot sering kali
memba/a sejumlah urutan penyandi bagi beberapa polipeptida yang
berbeda. Molekul m%NA seperti ini dinamakan m%NA polisistronik.
Dengan adanya m%NA polisistronik, sintesis beberapa protein yang masih
terkait satu sama lain dapat diatur dengan lebih efisien karena hanya
dibutuhkan satu sinyal. 'ada eukariot hampir tidak pernah dijumpai
m%NA polisistronik.
b. RNA *em#nda+ atau transfer RNA 'tRNA(, yang strukturnya mengalami
modifikasi hingga berbentuk seperti daun semanggi. Seperti halnya
struktur ujung terminasi m%NA, struktur seperti daun semanggi ini terjadi
karena adanya urutan palindrom yang diselingi oleh beberapa basa
#&ambar 7$. 'ada salah satu kalanya, t%NA memba/a tiga buah basa
yang komplemeter dengan triplet kodon pada m%NA. 0etiga basa ini
dinamakan antikodon. Sementara itu, pada ujung 76"nya terdapat tempat
pengikatan asam amino tertentu. 'engikatan yang membentuk molekul
aminoasil"t%NA ini terjadi dengan bantuan en,im aminoasil"t%NA
sintetase. Dalam hal ini gugus hidroksil #21$ pada ujung 76 t%NA terikat
sangat kuat dengan gugus karboksil #<221$ asam amino. Macam asam
amino yang diba/a ditentukan oleh urutan basa pada antikodon. (adi, ada
beberapa macam aminoasil"t%NA sesuai dengan antikodon dan macam
asam amino yang diba/anya.
c. RNA #"osoma! atau ribosomal RNA 'RNA(, yang strukturnya
merupakan bagian struktur ribosom. =ebih kurang separuh struktur kimia
ribosom berupa r%NA dan separuh lainnya berupa protein. Molekul
r%NA, dan juga t%NA, dapat dikatakan sebagai %NA struktural dan tidak
ditranslasi menjadi asam amino>protein. Akan tetapi, mereka adalah
bagian mesin sel yang menyintesis protein #lihat uraian tentang translasi di
ba/ah ini$.
D. TRANSLASI
.ila dibandingkan dengan transkripsi, translasi merupakan proses
yang lebih rumit karena melibatkan fungsi berbagai makromolekul. 2leh
karena kebanyakan di antara makromolekul ini terdapat dalam jumlah besar di
dalam sel, maka sistem translasi menjadi bagian utama mesin metabolisme
pada tiap sel. Makromolekul yang harus berperan dalam proses translasi
tersebut meliputi :
a. =ebih dari 4- polipeptida serta 7 hingga 4 molekul %NA di dalam tiap
ribosom
b. Sekurang"kurangnya 2- macam en,im aminoasil"t%NA sintetase yang akan
mengaktifkan asam amino
c. +mpat puluh hingga 5- molekul t%NA yang berbeda
d. Sedikitnya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, elongasi, dan
terminasi polipeptida.
*ranslasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam
ribosom, suatu struktur organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma.
%ibosom terdiri atas dua subunit, besar dan kecil, yang akan menyatu selama
inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai. )kuran ribosom sering
dinyatakan atas dasar laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai satuan
yang disebut satuan Sedberg #S$. 'ada kebanyakan prokariot ribosom
mempunyai ukuran ?-S, sedangkan pada eukariot biasanya sekitar @-S.
*iap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan t%NA, yang masing"
masing dinamakan tapak aminoasil #tapak A$ dan tapak peptidil #tapak '$.
Molekul aminoasil"t%NA yang baru memasuki ribosom akan terikat di tapak A,
sedangkan molekul t%NA yang memba/a rantai polipeptida yang sedang
diperpanjang terikat di tapak '.
&ambaran penting sintesis protein adalah bah/a proses ini berlangsung
dengan arah tertentu sebagai berikut :
a. Molekul m%NA ditranslasi dengan arah 46A 76, tetapi tidak dari ujung 46
hingga ujung 76.
b. 'olipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan
menambahkan asam"asam amino satu demi satu ke ujung karboksil. Sebagai
contoh, sintesis protein yang mempunyai urutan N12"Met"'ro" . . . "&ly"Ser"
<221 pasti dimulai dengan metionin dan diakhiri dengan serin.
Sebuah molekul m%NA akan terikat pada permukaan ribosom yang kedua
subunitnya telah bergabung. 'engikatan ini terjadi karena pada m%NA prokariot
terdapat urutan basa tertentu yang disebut sebagai tempat pengikatan ribosom
#ribosom binding site$ atau urutan Shine"Dalgarno. Sementara itu, pada eukariot
pengikatan ribosom dilakukan oleh ujung 46 m%NA. Selanjutnya, berbagai
aminoasil"t%NA akan berdatangan satu demi satu ke kompleks ribosom"m%NA
ini dengan urutan sesuai dengan antikodon dan asam amino yang diba/anya.
)rutan ini ditentukan oleh urutan triplet kodon pada m%NA. 3katan peptida
terbentuk di antara asam"asam amino yang terangkai menjadi rantai polipeptida di
tapak ' ribosom. 'enggabungan asam"asam amino terjadi karena gugus amino
pada asam amino yang baru masuk berikatan dengan gugus karboksil pada asam
amino yang terdapat pada rantai polipeptida yang sedang diperpanjang.
'enjelasan tentang mekanisme sintesis protein yang lebih rinci disertai contoh,
khususnya pada prokariot, akan diberikan di ba/ah ini.
3nisiasi sintesis protein dilakukan oleh aminoasil"t%NA khusus, yaitu
t%NA yang memba/a metionin #dilambangkan sebagai metionil"t%NA
i

Met
$. 1al
ini berarti bah/a sintesis semua polipeptida selalu dimulai dengan metionin.
0husus pada prokariot akan terjadi formilasi gugus amino pada metionil"t%NA
i
Met
#dilambangkan sebagai metionil"t%NA
f

Met
$ yang mencegah terbentuknya
ikatan peptida antara gugus amin tersebut dengan gugus karboksil asam amino
pada ujung polipetida yang sedang diperpanjang sehingga asam amino a/al pada
polipeptida prokariot selalu berupa f"metionin. 'ada eukariot metionil"t%NA
i

Met
tidak mengalami formilasi gugus amin, tetapi molekul ini akan bereaksi dengan
protein"protein tertentu yang berfungsi sebagai faktor inisiasi #3!"1, 3!"2, dan 3!"
7$. Selain itu, baik pada prokariot maupun eukariot, terdapat pula metionil"t%NA
yang metioninnya bukan merupakan asam amino a/al #dilambangkan sebagai
metionil"t%NA
Met
$.
0ompleks inisiasi pada prokariot terbentuk antara m%NA, metionil"t%NA
f
Met
, dan subunit kecil ribosom #7-S$ dengan bantuan protein 3!"1, 3!"2, dan 3!"7,
serta sebuah molekul &*'. 'embentukan kompleks inisiasi ini diduga difasilitasi
oleh perpasangan basa antara suatu urutan di dekat ujung 76 r%NA berukuran 15S
dan sebagian urutan pengarah #leader se;uence$ pada m%NA. Selanjutnya,
kompleks inisiasi bergabung dengan subunit besar ribosom #4-S$, dan metionil"
t%NA
f

Met
terikat pada tapak '. .erpasangannya triplet kodon inisiasi pada m%NA
dengan antikodon pada metionil"t%NA
f

Met
di tapak ' menentukan urutan triplet
kodon dan aminoasil"t%NA
f

Met
berikutnya yang akan masuk ke tapak A.
'engikatan aminoasi"t%NA
f

Met
berikutnya, misalnya alanil"t%NA
ala
, ke tapak A
memerlukan protein"protein elongasi +!"*s dan +!"*u. 'embentukan ikatan
peptida antara gugus karboksil pada metionil"t%NA
f
Met
di tapak ' dan gugus
amino pada alanil"t%NA
ala
di tapak A dikatalisis oleh en,im peptidil transferase,
suatu en,im yang terikat pada subunit ribosom 4-S. %eaksi ini menghasilkan
dipeptida yang terdiri atas f"metionin dan alanin yang terikat pada t%NA
ala
di
tapak A.
=angkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan #1$ perpindahan
f"met"alat%NAala dari tapak A ke tapak ' dan #2$ pergeseran posisi m%NA pada
ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang semula berada di tapak
A masuk ke tapak '. Dalam contoh ini triplet kodon yang bergeser dari tapak A
ke ' tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. *riplet kodon berikutnya,
misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti di atas hingga
translokasi akan terulang kembali. *ranslokasi memerlukan aktiitas faktor
elongasi berupa en,im yang biasa dilambangkan dengan +!"&.
'emanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung
hingga suatu tripet kodon yang menyandi terminasi memasuki tapak A. Sebelum
suatu rantai polipeptida selesai disintesis terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada
f"metionin menjadi metionin. *erminasi ditandai oleh terlepasnya m%NA, t%NA
di tapak ', dan rantai polipeptida dari ribosom. Selain itu, kedua subunit ribosom
pun memisah. 'ada terminasi diperlukan aktiitas dua protein yang berperan
sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu %!"1 dan %!"2.
Sesungguhnya setiap m%NA tidak hanya ditranslasi oleh sebuah ribosom.
'ada umumnya sebuah m%NA akan ditranslasi secara serempak oleh beberapa
ribosom yang satu sama lain berjarak sekitar 9- basa di sepanjang molekul
m%NA. 0ompleks translasi yang terdiri atas sebuah m%NA dan beberapa
ribosom ini dinamakan poliribosom atau polisom. .esarnya polisom sangat
berariasi dan berkorelasi dengan ukuran polipeptida yang akan disintesis.
Sebagai contoh, rantai hemoglobin yang tersusun dari sekitar 14- asam amino
disintesis oleh polisom yang terdiri atas lima buah ribosom #pentaribosom$.
'ada prokariot translasi seringkali dimulai sebelum transkripsi berakhir.
1al ini dimungkinkan terjadi karena tidak adanya dinding nukleus yang
memisahkan antara transkripsi dan translasi. Dengan berlangsungnya kedua
proses tersebut secara bersamaan, ekspresi gen menjadi sangat cepat dan
mekanisme nyala"padam #turn on turn off$ ekspresi gen, seperti yang akan
dijelaskan nanti, juga menjadi sangat efisien.
Namun, tidak demikian halnya pada eukariot. *ranskripsi terjadi di dalam
nukleus, sedangkan translasi terjadi di sitoplasma #ribosom$. 'ertanyaan yang
muncul adalah bagaimana m%NA hasil transkripsi dipindahkan dari nukleus ke
sitoplasma, faktor"faktor apa yang menentukan saat dan tempat translasiB
Sayangnya, hingga kini kita belum dapat menja/ab pertanyaan"pertanyaan
tersebut dengan memuaskan. 0ita baru mengetahui bah/a transkripsi dan
translasi pada eukariot jauh lebih rumit daripada proses yang ada pada prokariot.
Salah satu di antaranya seperti telah kita bicarakan di atas, yaitu bah/a m%NA
hasil transkripsi #transkrip primer$ pada eukariot memerlukan prosesing terlebih
dahulu sebelum dapat ditranslasi.
,. KODE GENETIK
'enetapan triplet kodon pada m%NA sebagai pemba/a informasi genetik
atau kode genetik yang akan menyandi pembentukan suatu asam amino tertentu
bera/al dari pemikiran bah/a macam basa nitrogen jauh lebih sedikit daripada
macam asam amino. .asa nitrogen pada m%NA hanya ada empat macam,
sedangkan asam amino ada 2- macam. 2leh karena itu, jelas tidak mungkin tiap
asam amino disandi oleh satu basa. .egitu juga, kombinasi dua basa hanya akan
menghasilkan C2 atau 15 macam duplet, masih lebih sedikit daripada macam
amino yang ada. 0ombinasi tiga basa akan menghasilkan C7 atau 5C triplet,
melebihi jumlah macam asam amino. Dalam hal ini, satu macam asam amino
dapat disandi oleh lebih dari satu macam triplet kodon.
S#-at&s#-at $ode genet#$
0ode genetik mempunyai sifat"sifat yang akan dijelaskan sebagai berikut :
a. 0ode genetik bersifat uniersal. Artinya, kode genetik berlaku sama hampir di
setiap spesies organisme.
b. 0ode genetik bersifat degenerate atau redundant, yaitu bah/a satu macam
asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu triplet kodon. Sebagai contoh,
treonin dapat disandi oleh A<), A<<, A<A, dan A<&. Sifat ini erat
kaitannya dengan sifat /obble basa ketiga, yang artinya bah/a basa ketiga
dapat berubah"ubah tanpa selalu disertai perubahan macam asam amino yang
disandinya. Diketahuinya sifat /obble bermula dari penemuan basa inosin #3$
sebagai basa pertama pada antikodon t%NAala ragi, yang ternyata dapat
berpasangan dengan basa A, ), atau pun <. Dengan demikian, satu antikodon
pada t%NA dapat mengenali lebih dari satu macam kodon pada m%NA.
c. 2leh karena tiap kodon terdiri atas tiga buah basa, maka tiap urutan basa
m%NA, atau berarti juga DNA, mempunyai tiga rangka baca yang berbeda
#open reading frame$. Di samping itu, di dalam suatu segmen tertentu pada
DNA dapat terjadi transkripsi dan translasi urutan basa dengan panjang yang
berbeda. Dengan perkataan lain, suatu segmen DNA dapat terdiri atas lebih
dari sebuah gen yang saling tumpang tindih #oerlapping$. Sebagai contoh,
bakteriofag DE1?C mempunyai sebuah untai tunggal DNA yang panjangnya
lebih kurang hanya 4--- basa. Seandainya dari urutan basa ini hanya
.asa 3
#46$
.asa 33
.asa 333
#76$
) < A & )
)
'he Ser *yr <ys <
'he Ser *yr <ys A
=eu Ser Sto* Sto* &
=eu Ser Sto* *rp )
<
=eu 'ro 1is Arg <
=eu 'ro 1is Arg A
=eu 'ro &ln Arg &
=eu 'ro &ln Arg )
A
3=e *hr Asn Ser <
3=e *hr Asn Ser A
3=e *hr =ys Arg &
Met *hr =ys Arg )
&
Fal Ala Asp &ly <
Fal Ala Asp &ly A
Fal Ala &lu &ly &
Fal Ala &lu &ly )
digunakan sebuah rangka baca, maka akan terdapat sekitar 1?-- asam amino
yang dapat disintesis. 0emudian, jika sebuah molekul protein rata"rata
tersusun dari C-- asam amino, maka dari sekitar 1?-- asam amino tersebut
hanya akan terbentuk C hingga 4 buah molekul protein. 'adahal
kenyataannya, bakteriofag DE1?C mempunyai 11 protein yang secara
keseluruhan terdiri atas 27-- asam amino. Dengan demikian, jelaslah bah/a
dari urutan basa DNA yang ada tidak hanya digunakan sebuah rangka baca,
dan urutan basa yang diekspresikan #gen$ dapat tumpang tindih satu sama
lain.
Ta"e! ,. Kode genet#$
0eterangan :
phe G fenilalanin, ser G serin, his G histidin, glu G asam glutamat, leu G leusin,
pro G prolin, gln G glutamin, cys G sistein, ile G isoleusin, thr G treonin, asn G
asparagin, trp G triptofan, met G metionin, ala G alanin, lys G lisin, arg G
arginin, al G alin, tyr G tirosin, asp G asam aspartat, gly G glisin, A)&
#kodon metionin$ dapat menjadi kodon a/al #start codon$, stop G kodon stop
#stop codon$
E. PENGATURAN EKSPRESI GEN
'roduk"produk gen tertentu seperti protein ribosomal, r%NA, t%NA,
%NA polimerase, dan en,im"en,im yang mengatalisis berbagai reaksi
metabolisme yang berkaitan dengan fungsi pemeliharaan sel merupakan
komponen esensial bagi semua sel. &en"gen yang menyandi pembentukan
produk semacam itu perlu diekspresikan terusmenerus sepanjang umur
indiidu di hampir semua jenis sel tanpa bergantung kepada kondisi
lingkungan di sekitarnya. Sementara itu, banyak pula gen lainnya yang
ekspresinya sangat ditentukan oleh kondisi lingkungan sehingga mereka
hanya akan diekspresikan pada /aktu dan di dalam jenis sel tertentu. )ntuk
gen"gen semacam ini harus ada mekanisme pengaturan ekspresinya.
'engaturan ekspresi gen dapat terjadi pada berbagai tahap, misalnya
transkripsi, prosesing m%NA, atau translasi. Namun, sejumlah data hasil
penelitian menunjukkan bah/a pengaturan ekspresi gen, khususnya pada
prokariot, paling banyak terjadi pada tahap transkripsi.
Mekanisme pengaturan transkripsi, baik pada prokariot maupun pada
eukariot, secara garis besar dapat dibedakan menjadi dua kategori utama,
yaitu #1$ mekanisme yang melibatkan penyalapadaman #turn on and turn off$
ekspresi gen sebagai respon terhadap perubahan kondisi lingkungan dan #2$
sirkit ekspresi gen yang telah terprogram #preprogramed circuits$. Mekanisme
penyalapadaman sangat penting bagi mikroorganisme untuk menyesuaikan
diri terhadap perubahan lingkungan yang seringkali terjadi secara tiba"tiba.
Sebaliknya, bagi eukariot mekanisme ini nampaknya tidak terlalu penting
karena pada organisme ini sel justru cenderung merespon sinyal"sinyal yang
datang dari dalam tubuh, dan di sisi lain, sistem sirkulasi akan menjadi
penyangga bagi sel terhadap perubahan kondisi lingkungan yang mendadak
tersebut. 'ada mekanisme sirkit, produk suatu gen akan menekan transkripsi
gen itu sendiri dan sekaligus memacu transkripsi gen kedua, produk gen
kedua akan menekan transkripsi gen kedua dan memacu transkripsi gen
ketiga, demikian seterusnya. +kspresi gen yang berurutan ini telah terprogram
secara genetik sehingga gen"gen tersebut tidak akan dapat diekspresikan di
luar urutan. 2leh karena urutan ekspresinya berupa sirkit, maka mekanisme
tersebut dinamakan sirkit ekspresi gen.
III. ALAT DAN BAHAN
1. Alat
" Satu perangkat komputer
" modem
" Alat tulis
2. .ahan
" Situs N<.3
I.. CARA KERJA
1. Analisis +kspresi &en
.uka situs N<.3
3si kotak search nucleotide for dengan nama gen #kode gen : NMH---124$ yang akan
dianalisis #diberi keterangan bah/a gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo
sapiens$
'ilih gen yang akan dianalisis
<opy sekuens dalam region <DS
.uka situs N<.3 lagi kemudian klik 2%! !inder
Masukkan sekuens <DS yang telah di"copy ke kolom !AS*A !ormat"F
0lik 2%! !ind, akan muncul 5 frame
0lik frame tersebut satu per satu maka akan muncul sekuens asam amino hasil
transkripsi dari <DS yang telah dimasukkan tadi. <arilah frame mana yang
merupakan sekuens gen pengkode protein target dengan mencocockkan sekuens asam
amino yang didapat dengan sekuens asam amino pada tampilan a/al identitas gen.
2. 1omologi 'rotein
.uka situs N<.3
3si kotak search nucleotide for dengan nama gen #kode gen : NMH---124$ yang akan
dianalisis #diberi keterangan bah/a gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo
sapiens$
tentukan suatu gen yang akan dianalisis homologi proteinnya
setelah masuk ke halaman 'age Se;uence Fie/er, copy code protein
<opy sekuens asam aminonya
0eluar dari halaman trsebut, atau buka lagi situs yang sama. 0lik menu .=AS*
'ilih protein"protein blast #blastp$, klik. 'aste sekuens asam amino pada kotak
I)+%J untuk mencari homolognya
*ekan .=AS*. 1asil akan muncul pada ne/ /indo/
=akukan analisis lebih lanjut mengenai homologinya protein terhadap sekuens asam
amino yang dimasukkan tadi, yaitu pada organisme selain 1omo sapiens, perhatikan
score"nya. 0lik masing"masing organisme yang sehomolog untuk memebandingkan
residu asam aminonya dengan ;uery.
.. DATA HASIL PERCOBAAN
1. Analisis +kspresi &en
a. =atihan
0ode &en : NMH---124
Nama gen : +strogen receptor 1 #+S%1$
Source : 1omo sapiens
%egion <DS : 274"2-22
2%! !inder
No. !rame Start 0odon Stop 0odon
1. K1 2? atg
2. K2 C tga
7 K2 2 *ga
C K7 " *ga
4 K7 1 *aa
5 "1 2 *ga
? "2 7 *ag
@ "2 9 *ga
9 "7 1 *ga
b. *ugas
0ode &en : NMH-7-?45
Nama gen : 1omo sapiens estrogen receptor
%egion <DS : 4-@"229@
2%! !inder
No. !rame Start 0odon Stop 0odon
1. K1 11 *A&
2. K2 C *A&
7. K2 7 *AA
C K2 2 *&A
4 K7 1 *&A
5 K7 " *A&
? "1 7 *&A
@ "1 7 *AA
9 "2 2 *A&
1- "2 " "
11 "2 7 *&A
12 "7 1 *&A
2. 1omologi 'rotein
a. =atihan
0ode &en : NMH---124
0ode 'rotein : N'H---115.2
Nama 'rotein : 1omo sapiens esterogen reseptor "1
<DS : 274L2-22
0esimpulan : ada beberapa protein he/an yang homolog dengan protein
estrogen receptor "1 pada 1omo sapiens yaitu antara lain pada organism Pan
troglodytes #simpanse$, Pan paniscus #simpanse kerdil$, Pongo abelii #orang utan
Sumatra$, Macaca mulata #kera rhesus$.
b. *ugas
0ode &en : NMH-7-?45
0ode 'rotein : N'H11-7@7.2
Nama 'rotein : 1omo sapiens estrogen receptor
<DS : 4-@L229@
0esimpulan : Ada beberapa protein he/an yang homolog dengan homo
sapiens estrogen receptor pada 1omo sapiens yaitu antara lain pada organisme
mus musculus, ochtona princeps, orycterapus afer-afer.
.I. PEMBAHASAN
'ada 'raktikum kali ini bertujuan untuk menganalisis ekspresi gen dan
mendeteksi hasil ekspresi gen juga mencari homologi gen penghasil protein tertentu
dari manusia dengan beberapa organisme lain. Dalam praktikum kali ini, yang
digunakan adalah kode protein dari 1omo sapiens esterogen reseptor, dengan kode
gen yang digunakan adalah NMH---124. Dengan daerah <DS 274L2-22. Dari
daerah itu, gen yang diambil dan dianalisis yaitu 274L2-22 yang digunakan sebagai
latihan dan kode protein dari 1omo sapiens estrogen %eceptor dengan kode gen yang
digunakan NMH-7-?45. Dengan daerah <DS 4-@...229@ yang digunakan sebagai
*ugas. Dalam 'raktikum ini digunakan fasilitas 2%3 !inder # 2pening %eading
!rame$ pada situs N<.3.
+kspresi gen disebut juga dengan rangkaian atau arian asam amino. 'roses
ekspresi gen dia/ali dengan transkripsi DNA menjadi m%NA yang kemudian
ditranslasikan menjadi asam amino. Asam amino inilah yang kemudian menjadi
protein. Analisis ekspresi gen dilakukan dengan cara melihat sekuens suatu gen yang
diekspresikan melalui sintesis protein dalam proses translasi.
1al pertama yang dilakukan dalam melakukan analisis ini adalah membuka
situs N<.3, mengisi kotak search nucleotide for dengan kode gen yang telah
ditentukan. 0emudian gen yang diambil dari <DS dicopy dan dibuka kembali situs
N<.3 dan buka 2%! !inder # 2pen %eading !rame !inder$ dan diisi kotak 2%! yang
kosong dengan gen yang sudah dicopy kemudian dipastekan ke kolom !AS*A
!ormat"F. 0emudian diklik dan akan muncul frame yang akan menunjukkan ada
tidaknya start kodon dan stop kodon. 0arena dalam tiap frame belum tentu ditemukan
adanya start kodon dan stop kodonnya. )ntuk mengetahui adanya start kodon
ditunjukkan dengan adanya /arna biru sebagai tanda mulainya proses transkripsi dan
/arna merah muda menunjukkan stop kodon sebagai tanda bah/a proses translasi
telah berakhir. &en yang diekspresikan untuk sintesis protein ditunjukkan oleh
basanya.
1asil 2%! !inder dari *ugas dengan kode gen NMH-7-?45 tesebut terlihat
ada 12 bagian frame yang dapat dianalisis. Dari ke12 frame tersebut, frame K7 dan "2
tidak mempunyai start kodon dan frame "2 juga tidak mempunyai stop kodon
sehingga tidak mencerminkan ekspresi gen dari 1omo sapiens. Sedangkan frame
lainnya memiliki start kodon dan stop kodon sehingga kelima frame lainnya dapat
mencerminkan ekspresi gen dari 1omo sapiens.
'ada gen 1omo sapiens dilakukan juga percobaan analisis homologi protein
menggunakan fasilitas blastp #protei"protein blast$ yang terdapat dalam situs N<.3.
!ungsi dari blastp adalah membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki
dengan database sekuen protein. 0emiripan protein dapat dilihat dari jumlah Iuery
coerage yang ditampilkan dalam blastp. 1asil blastp dari percobaan ini
menunjukkan bah/a terdapat banyak sekali protein he/an yang sehomolog dengan
protein 1omo sapiens estrogen receptor antara lain protein pada :
1. Mus Mucullus # tikus putih $
2. 2chothona 'rinceps # America 'ika$
7. 2rycteropus afer afer
.II. KESIMPULAN
.erdasarkan percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bah/a :
1. Sekuens gen 1omo sapiens estrogen receptor isoform 1 memiliki 12 frame yang
mencerminkan ekspresi gen karena memiliki start kodon dan stop kodon.
2. .eberapa protein yang sehomolog dengan protein 1omo sapiens astrogen
receptor isoform 1 merupakan organisme Mus Mucullus # tikus putih $,
2chothona 'rinceps # America 'ika$ dan 2rycteropus afer afer.
DA/TAR PUSTAKA
.rock *D, Madigan M*. Biology of Microorganisms. 5th ed. 'rentice 1all. Ne/
(ersey. 19@@
<arcillo (A, 'arise A, %omkes"Sparks M. 199C. Comparisson of the enzyme-linked
oligonucleotide sorbent assay to !P-labeled PC"#$outhern blotting techni%ue
in %uantitati&e analysis of human and rat m"'(. PC" Methods (ppl. ) !*!-
!*+.
!uruya 1, et al. 2--4. (n impro&ed method for $outhern ,'( and 'orthern "'(
blotting using a Mupid--! Mini-.el electrophoresis unit. / Biochem Biophysi
Meth 01) 2*-23.
0ittigul =, Suthachana S, 0ittigul <, 'engruangrojanachai F. 199@. 4mmunoglobulin
M-capture biotin-strepa&idin enzyme-linked immunosorbent assay for
detection of antibodies to dengue &iruses. (m / 5rop Med Hyg 5*67) 5!-50.
Suharsono dan Midyastuti, )tut. 2--5. Pelatihan $ingkat 5ekni ,asar Pengklonan
.en. Pusat Penelitian $umberdaya Hayati dan Bioteknologi-8embaga
Penelitian dan Pemberdayaan Masyarakat 4PB dengan ,4954-,49'($.
.ogor.
Susanto, A.1 #2--2$, Bahan (:ar .enetika ,asar, !akultas .iologi )NS2+D,
'ur/okerto
Ju/ono, *., 2--@, Biologi Molekular, +rlangga, (akarta
http:>>///.ncbi.nlm.nih.go