La caracterstica fundamental del pensamiento de Santo Tomas es su mayor concesin de
autonoma a la filosofa pues, segn su planteamiento, se basa en principios evidentes para la razn natural, mientras que la teologa se basa en las verdades de la fe. As, aunque la filosofa no proporciona la salvacin, el filsofo creyente si puede hacer uso de la misma para hacer filosofa. Tomas de Aquino diferencia dos rdenes: El orden de la naturaleza: en el que se sita el ser humano que es considerado un ser natural entre otros con una caracterstica especial: la facultad racional. El orden de la gracia, en este orden el ser humano es elevado a la categora de hijo de dios. As, la gracia eleva la naturaleza humana reparando el pecado original y permitiendo al hombre alcanzar su fin sobrenatural. El orden de la naturaleza esta subordinado a la gracia, pero al mismo tiempo mantiene cierta autonoma pues la creacin natural de dios tiene por si misma consistencia. Para tomas de Aquino esto quiere decir que la naturaleza puede ejercer adecuadamente sus acciones en su propio orden: La filosofa es un ejercicio de entendimiento en el orden natural: la filosofa puede ser autnoma (siempre que se conceda al intelecto una realidad y una funcin de mayor envergadura que la concedida por San Agustn). La capacidad de la inteligencia posibilita el acceso a Dios, no solo en el orden de la fe, sino tambin en el orden natural. Por tanto, la teologa puede construirse sobre la base de la filosofa que no depende en si misma de la fe. Santo Tomas establece pues, una relacin entre las verdades naturales y las verdades de la fe: La verdad de la fe es superior a la verdad de la razn, pero entre ambas no puede haber contradiccin: los principios de la filosofa se imponen a la razn y lo que dios ha revelado debe ser verdadero. Pueden distinguirse dos tipos de verdades de fe: o Las que estn por encima de la razn: son mas inalcanzables al entendimiento humano y no pueden ser demostradas. Por eso se llaman misterios de la fe. o Las que estn al alcance de la razn son verdades que pueden ser comprendidas por la filosofa gracias al uso de la razn.