Deaktivasi Enzim

3.1 Mekanisme dan Gambaran Denaturasi Protein

Beberapa faktor atau parameter yang mempengaruhi denaturasi protein
1. Kestabilan struktur protein tersebut . Setiap protein memiliki sifat kimia dan geometris
protein yang berbeda
2. Suhu yang tinggi
3. Batasan pH yang dapat diterima oleh protein
4. Kelarutan
5. Kecenderungan untuk kristalisasi atau pembentukan gel
6. Vidkositas
7. Aktivitas biologi larutan protein
3.2 Model deaktivasi dan Kinetika
Molekul enzim aktivasi (Ea) menjadi struktur yang tidak dapat diubah menjadi bentuk inaktif (Ei)
Ea
Ei dimana konsenttrasi laju reaksi rd = kd ea
Pada sistem campuran tertutup, waktu aktif konsentrasi enzim dituliskan :

Berikut adalah ringkasan denaturasi protein dan efeknya

Denaturan
Target
Driving force
Physical Denaturan
Heat

Ikatan hidrogen

Dingin

Ikatan hidrofobik

Gaya mekanik

Kelompok terlarut
Kelompok terlarut

Radiasi

Volume sedang
Kelompok fungsional
(contoh : cySH, ikatan
peptida)

Chemical denaturan acid

Asam
Kelompok burried
uncharge (contoh:

Produk akhir

Meningkatkan
denaturasi sesuai
dengan peningkatan
perpindahan panas
dan pengurangan
struktur pelarut
(solvent)
Mengubah struktur
pelarut
Dehidrasi
Merubah kelarutan
dan volume sedang
Tegangan geser
Mengurangi interaksi
pembentukan struktur
setelah foto-oksidasi
atau penyerangan oleh
radikal bebas

Agregat
HD

Mengurangi interaksi
pembentukan ion

RC

Agregat
Monomer Tak Aktif
HD
Monomer tak aktif
HD
Agregat

Alkali

Organic H-bond former

ikata peptidanya)
Kelompok burried
uncharge (contoh: tyr,
cyH, (cyS)2)
Ikatan hidrogen

Garam

Kelompok nonpolar
dan polar

Pelarut

Kelompok nonpolar

Surfaktan

Domain hidrofobik
(semua surfaktan) dan
kelompok muatan
(hanya ion surfaktan)
Kelompok Kelompok
fungsional (contoh :
cySH, met, try, others)

Oksidan

Metal berat

Kelompok Kelompok
fungsional (contoh :
cySH, met, his, others)

Chelating agents

Kation penting untuk

struktur atau fungsi

Biological Denaturant
Protease

Ikatan peptida

Mengurangi interaksi
pembentukan ion

RC

Mengurangi
pembentukan struktur
ikatan H antara air dan
konformasi asli (native
conformation)
salting in/salting out
kelompok polar dan
nonpolar di dalam
pelarut pada DK yang
meningkat
Kelarutan nonpolar

RC

Formasi sebagian
substruktur yang
terlihat termasuk
wilayah michellelike
Mengurangi
pembentukan struktur
dan atau interaksi
fungsional
Menutupi kelompok
bersangkutan
berdasarkan struktur
dan fungsinya
Subtitusi ligan atau
pemindahan kation
Hidrolisis pada
terminal atau ikatan
peptida lainnya

HD

Mengantarkan ikatan
peptida dengan
wilayah helicalm besar
ID
Wilayah helical besar

Enzim inaktivasi
Terkadang strukturnya
terganggu
Enzim inaktivasi

Inaktivasi enzim

Oligopepida, asam
amino

Cell tidak dapat berfungsi tanpa aktivitas enzim. Gangguan kecil terhadap mikroba akan membuat
sel enzim mati. Ini adalah alasan perlakuan panas dapat digunakan untuk mendenaturasi.
Data deaktivasi enzim biasanya diperoleh dengan membongkar enzim untuk mendenaturasikan
kondisinya untuk beberapa interval waktu pada kehadiran substrat.
Tabel 3.10 energi dan entropi pada aktivasi untuk denaturasi enzim

Enzim
Lipase pankreas
Tripsin
Pepsin
ATPase

pH
6.0
6.5
4.83
7.0

Eneergi Aktivasi
46.0
40.8
56-147
70

Entropi aktivasi
68.2
44.7
Unknown
150.0

laju deaktivasi enzim diperoleh ketika enzim berganti substrat bisa berbeda ketika :
1. Enzim bebas : enzim-substrat dan atau produk enzim kompleks terdeaktivasi pada laju yang
berbeda
2. Substrat dan atau produk menyebabkan deaktivasi
Contoh :
Substrat yang terikat pada enzim diduga untuk menstabilkan enzim (dilihat dari sisi kualitatifnya
pada beberapa sistemnya). Hanya enzim bebas berpengalaman melakukan deaktivasi.
Berikut model deaktivasi dengan reaksi katalis sederhana yang digunakan Michaelis Menten

Asumsi proses deaktivasi lebih lambat dari reaksi, dengan melibatkan aproksimasi quasi-steady-state
untuk (EaS) sehingga :

Dimana etot,a adalah konsentrasi total kedua enzim aktif pada bentuk bebas dan kompleks.

Kembali ke persamaan 3.80, kita dapat mensubtitusi ea dengan etot,a , sehingga parameter reaksi
katalismenjadi :

Berdasarkan analisis dari persamaan 3.80 dan 3.82 disimpulkan bahwa konversi substrat dan laju
deaktivasi enzim adalah pasangan yang bergantian. Berdasarkan fakta-fakta, laju deaktivasi enzim
bergantung kepada laju yang sama, kemudian aktivitas enzim akan menolak kondisi dibawah reaksi
khususnya seperti diamati pada percobaan deaktivasi substrat bebas.
Jika bentuk berbeda dari enzim (bebas,beragam kompleks, beragam tahapan ionisasi dan lainlain) melakukan deaktivasi terjadi pada laju yang berbeda, semua laju deaktivasi akan
bergantung pada parameter reaksi lain (konsentrasi substrat dan inhibitor, pH, dan lain-lain
yang mempengaruhi proporsi bentuk enzim yang berbeda
Sebagai contoh :

Model tersebut mendeskripsikan bahwa terkadang kompleks mempengaruhi pH pada laju deaktivasi
Kerusakan enzim terhadapwaktu tidak selalu diikuti model orde 2 seperti pada persamaan 3.78.
hubungan convex log terhadap waktu telah diukur untuk beberapa protein, terkadang jalan ini
mengandung dua wilayah linear berbeda. Beberapa model berbeda untuk beberapa perilaku telah
diusulkan. Satu yang terdiri dari reversibel paralel dan deaktivasi irreversibel telah digunakan untuk
konsep dan representasi pada aktivitas yang menolak untuk beberapa enzim.

Model digunakan untuk menyesuaikan data deaktivasi luciferase. Data garis padat dekat 45oC,
sebagai contoh , telah dihitung menggunakan parameter laju kd1= kd2=1,02 dan kr= 0,02 h-1.
Hilangnya aktivitas larutan protease lebih kompleks karena enzim ini mengkatalisis hidrolisisnya
sendiri. Sifat autodigestion seharusnya dimasukkan ke dalam model deaktivasi. Model berikut untuk
deaktivasi pada protease -chymorypsin termasuk beragam persamaan 3.83 ditambah tahap
autodigestion :

Ei1 adalah kelemahan untuk menyerang. Ea hidrolisis oleh protease aktif.berikut adalah deaktivasi
enzim irreversible oleh racun

Racun sering beraksi pada situs aktif enzim dan kerja poison di berhentikan oleh substrat kompleks.
Kita harus memodifikasi analisis jika substrat hadir. Kemudian, kita harus mempertimbangkan
coupled catalysis dan proses deaktivasi, lalu pada model diatas Ea ditandai bebas.
3.7.3 Gaya Mekanik
1. shear stress
Gaya mekanik dapat mengganggu bentuk terperinci dari molekul enzim menjadi seperti derajat pada
saat deaktivasi terjadi. Gaya dibentuk oleh aliran fluida. dan adalah notasi dari waktu membuka
shear dan shear rate . kombinasi waktu pembukaan dan intensitas pengaruh denaturasi dicek
tingkat denaturasinya. Shear stress yang mengontrol deaktivasi shear pada enzim tersebut.
Karakteristik mekanik enzim mungkin memaksakan batas gaya fluida yang dapat ditoleransi reaktor
enzim yang diaduk untuk meningkatkan laju perpindahan massa substrat atau di dalam sistem

ultrafiltrasi yang mana meningkatkan membran seluruhnya menyebabkan peningkatan shear fluida
dan perluasan di depan membran dan melalui itu.
2.Tegangan Permukaan
Tegangan permukaan sering mnyebabkan denaturasi protein dan menyebabkan inaktivasi enzim
Tegangan permukaan antara udara dan air adalah 80 dyn/cm, buih atau busa di dalam larutan
protein umumnya meyebabkan denaturasi protein yang diadsorbsi pada permukaan udara-air.
Pemrukaan liquid-liquid normalnya mempunya memiliki tegangan permukaan kecil. Membran
plasma memiliki tegangan permukaan 1 dyn/cm.
Fraksinasi buih adalah teknik pemisahan dimana molekul dikonsentratkan pada permukaan
surfaktan-udara tanpa deaktivasi. Disini, surfaktan merendahkan tegangan permukaan udara-liquid
menjadi 1 dyn/cm.
3. Perluasan aliran (extensional flow)
4. Kafitasi
5. Pemanasan lokal adiabatik
6. Kontaminasi logam
7. Denturasi permukaan
3.7.4 Strategi untuk menstabilisasi enzim
Berikut 3 metode untuk menstabilkan enzim :
a. Mennambahkan senyawa stabil ke penyimpanan atau storage dan/atau medium reaksi
Sedikit penambahan bahan kimia dapat menstablikan proteinn dalam beberapa
kasus termasuk substrat, pelarut organik, dangaram.
Sisi aktif enzim mungkin wilayah yang kurang stabil, kehadiran substrat dapat
menstabilkan enzim dengan menggandeng beberapa protein dalam bentuk
kompleks enzim-substrat.
Pada konsentrasi garam rendah (<0,1 M), kation garfam seperti Ca2+, Zn2+,Mn 2+,
Fe2+, Mo2+, dan Cu2+, berinteraksi secara spesifik dengan kelompok enzim
metalloenzyme. Dapat menjebatani stabilisasi ikatan disulfida.
Berikut adalah contoh tabel stabilisasi enzim
Enzim
Metode
Dampak/ Efek
Glucoamylase
Penambahan substar analog,
Meningkatkan stabilitas termal
glukosa, gluconolactone
Lactate
Penambahan substrat laktat
Termostabilitas yang baik;
dehydrogenase
atau efektor fructose-difosfat
destabilisasi dengan
penambahan substrat piruvat
-Amylase
Penambahan 50-70% sorbitol
Penyimpanan dan stabilitas
termal yang lebih baik
Chmotrypsine
Penambahan 50-90% glyserol
Meningkatkan resistansi ke
proteolysis
-Galactosidase
Penambahan 5-10% ethanol, 2- Meningkatkan stabilitas panas;
propanol
level yang sama pada
methanol, n-propanol
menstabilisasi enzim
-Amylase
Penambahan Ca2+
Meningkatkan termostabilitas
(Bacillus caldolyticus)
yang baik

Trypsin

Asparaginase
Glycogen
phosphorylase
Papain

Penambahan polyalanyl
(panjang 10 unit) ke grup
protein amino
Subtituen succinyl ditambahkan
menggunakan asam ahidrat
Subtituen butil atau propil
ditambahkan menggunakan
aldehid dan NaBH4
Cross-linked menggunkaan
glutaraldehyde

Proteolisis yang banyak,

resistansi deaktivasi panas
Resistansi protease meningkat
Meningkatkan stabilitas termal

Termostabilitas yang lebih baik

b. Memodifikasi protein secara kimia yang soluble

Contoh nyata dari modifikasi R-group pada residu asam amino. Rantai poliamino boleh
ditambahkan ke group amino pada protein asli. Acylation dan reduksi alkilasi boleh
digunakan untuk memperkenalkan subtituen lainnya.
c. Menghentikan protein pada ata di dalam padatan yang tidak soluble atau matrix.