Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Bakteriologi
Protozoologi
Fikologi
Mikologi
Virologi
Kaekaragaman genetik
Variasi unit gen yang dimiliki oleh setiap
individu atau strain
Variasi antar strain mikrobia dalam satu
spesies
Kategori takson di bawah spesies:
Biovar (fisiologis)
Serovar (serologis)
Patovar (patogenisitas)
Phagovar (sensitivitas terhadap phage)
Keanekaragaman spesies
Banyaknya spesies mikrobia
Tergantung pada konsep spesies:
Taxospecies concept
Genomic species concept
Genospecies concept
Nomenspecies concept
Kaekaragaman Ekosistem
Adanya berbagai ekosistem:
Ekosistem salju
Ekosistem hutan hujan tropis
Ekosistem hutan bakau
Ekosistem padang rumput
Ekosistem gurun
Ekosistem mata air panas
Faktor penetu adanya berbagai ekosistem:
Komponen non-biotik (fisikawi & kiiawi)
Komponen biotik (komunitas: mikrobia, tumnuhan & hewan)
Keanekaragaman Mikrobia
1. Sistem Klasifikasi Arkhaea
2. Sistem Klasifikasi Bakteria
3. Sistem Klasifikasi Protozoa, Slime molds &
Algae
4. Sistem Klasifikasi Khromista (Algae & Water
molds)
5. Sistem Klasifikasi Fungi
: Dunia Plantae;
Dunia Animalia;
Dunia Protista
16S rRNA
13
Three Domain
Sistem klasifikasi:
Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat
Filogenetik: berdasarkan hubungan evolusi
Eukarya
Bakteria
Arkhaea
Dunia
Plantae
Bakteria
Arkhaea
Phylum
Anthophyta
Proteobacteria
Crenarcheota
Classis
Monocotyledoneae
Gamma Proteobacteria
Thermoprotei
Ordo
Commelinales
Enterobacteriales
Sulfolobales
Familia
Poaceae
Enterobacteriaceae
Sulfolobaceae
Genus
Zea
Salmonella
Sulfolobus
Species
Zea mays
S. dysenteriae
Slf. Metallicus
Tatanama (Nomenklatur):
Konsep spesies:
Nomenspecies: share the same type strain
Taxospecies : similarity index 70 (numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchange
Genomic species: DNA relatedness value 70%
Nomenclature
Bacteria & Archaea:
International Code of Nomenclature for Bacterial
Approved List of Bacterial Name 1 January 1980.
Valid publication (IJSB ---IJSEM (2000)
Type strain must be designated
Fungi & Algae:
International Code of Botanical Nomenclature
Protozoa:
International Code of Zoological Nomenclature :
10
Modern Systematics
11
Chemotaxonomy
1. Chemotaxonomy: amino acids, lipids,
polysacharides, proteins, enzymes,
whole-cell
GC
HPLC
PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)
Electrophoresis
Molecular systematics
Molecular systematics (phylogenetic): nucleic acids
analysis (evolutionary relationships: phylogeny tree)
DNA sequencing (16S, 18S rDNA)
DNA-DNA hybridisation
Molecular fingerprinting
12
Polyphasic systematics
Identifikasi Mikrobia
1. Pengertian
2. Tujuan
3. Kegagalan dalam identifikasi
4. Sistem identifikasi
5. Strategi identifikasi
6. Karakterisasi
7. Metode Identifikasi
8. Praktek Identifikasi
13
1. Pengertian
Identifikasi : proses & hasil penentuan benar
tidaknya suatu strain yang diteliti merupakan anggota
takson yang sudah dikenal sbelumnya
Penentuan identitas strain mikrobia
Strain baru (isolat) tidak dapat diidentifikasi jika strain
yang serupa belum pernah dikarakterisasi, diklasifikasi
dan diberi nama.
Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama terhadap
strain sampel
2. Tujuan
Tujuan identifikasi:
memberi nama strain dengan cara
memasukkannya ke dalam suatu takson (genus&
spesies) yang sudah ada sebelumnya,
berdasarkan sejumlah kecil karakter yang dipilih.
N.B. pada hakekatnya, identifikasi tidak pernah
dicapai secara mutlak tetapi bersifat
probabilistik karena seungguhnya tidak ada
strain yang identik
14
Konsep Spesies
Konsep spesies: bersifat artiifisial dan
merupakan unit dasar klasifikasi & tatanama
Spesies mikrobia: kelompok strain yang
memiliki banyak kesamaan sifat dan berbeda
dengan kelompok strain yang lain.
Konsep spesies:
Nomenspesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan acuan type strain yang sama
Genospesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan kemampuan mempertukarkan bahan
genetik.
Taksospesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai indeks similaritas yang 70%
Genomic spesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai DNA-DNA relatedness 70%
15
Konsep Spesies
B
A
D
41759T
C
E
F
3. Kegagalan identifikasi:
(i) kekurangakuratan deskripsi publikasi yang
dipakai sebagai dasar
(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain
yang diteliti kurang memadainya sistem
klasifikasi yang dipakai sebagai dasar
identifikasi
16
3. Kegagalan identifikasi:
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain
yang diteliti & penemuan strain yang atypical
dalam takson terkait
(iv) penemuan strain yang merupakan
anggota novel taxon (anggota spesies baru)
Cara mengatasi:
Faktor (i) dan (ii): dapat ditanggulangi dengan
menerapkan teknik karakterisasi yang
terstandardisasi dan reproducible (handal).
Pengalaman sangat menentukan dalam
keberhasilan identifikasi !
17
4. Sistem Identifikasi
Sistem identifikasi yang baik :
Handal
Nyaman digunakan
Cepat
Jumlah pengujian relatif sedikit
Fleksibel
Relatif murah
5. Strategi Identifikasi:
Tidak ada metode yang berlaku universal
untuk semua mikrobia
Bervariasi teknik yang telah
dikembangkan untuk masing-masing
kelompok mikrobia
18
5. Strategi Identifikasi:
Strain yang diteliti harus terjamin sebagai
kultur murni
Gunakan semua informasi yang tersedia
terkait dengan strain yang diteliti
5. Strategi Identifikasi:
Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol
negative dalam setiap pengujian
Kesimpulan ditemukannya strain anggota
novel taxon baru dapat dilakukan setelah
melalui pengujian yang menunjukkan tidak
teridentifikasinya strain secra meyakinkan.
19
6. Karakterisasi:
Kultural
Morfologi sel dan koloni
Fisiologis
Biokimiawi
Nutrisional
Khemotaksonomis
Serologis
Uji penghambatan
Genotipik
7. Metode Identifikasi
7.1.Metode tradisional
7.2.Metode komposit
7.3.Metode mikro (Micro methods)
7.4.Commercial Identification kits
7.5.Chemotaxonomic methods
7.6.Serological tests
7.7.Inhibitory tests
7.8.Genotypic methods
20
8. Praktek Identifikasi:
Isolat (kultur murni)
Identifikasi
Kesimpulan
Taxonomy
Comprehensive
characterzation
Application of classification
theory and method
Known
species
Formation of taxonomic
group (taxa)
Assignment to a
known species
(identified)
21
22
Pure culture
Siklus hidup
23
Hasil Studi
Ditulis draf publikasi berdasarkan hasil
penelitian
Kultur murni strain yang akan diberi nama
didepositkan ke Cultur Collection: DSMZ
(Jerman) dan NCIMB (UK) + draf publikasi
Sequence 16S rDNA didepositkan ke Database
International (EMBL/RDP/DDBJ) via internet
(E-mail)
24
25
Publikasi
Draf publikasi
Kode Strain dari DSMZ dan NCIMB
Accession number of 16S rDNA seq.
26
Validation
Valid Publication:
International Journal of Systematic and
evolutionary Microbiology 51: 1619-1620
(2001)
27