Вы находитесь на странице: 1из 27

Keanekaragaman Mikrobia

Ruang lingkup mikrobia:


Arkhaea
Bakteria
Protista (Protozoa, Algae, Slime molds, Water molds)
Fungi
Virus (mikrobia aselular)

Studi keanekaragaman Mikrobia:


Pendekatan taksonomis

Bakteriologi
Protozoologi
Fikologi
Mikologi
Virologi

Konsep Keanekaragaman Hayati


Keanekaragaman genetik
Keanekaragaman spesies
Keanekaragaman ekosistem

Kaekaragaman genetik
Variasi unit gen yang dimiliki oleh setiap
individu atau strain
Variasi antar strain mikrobia dalam satu
spesies
Kategori takson di bawah spesies:
Biovar (fisiologis)
Serovar (serologis)
Patovar (patogenisitas)
Phagovar (sensitivitas terhadap phage)

Deteksi Keanekaragaman Genetik


Nilai G-C content
DNA-DNA relatedness
DNA sequencing (rDNA)
DNA fingerprinting (RFLP, RAPID, ARDRA)

Keanekaragaman spesies
Banyaknya spesies mikrobia
Tergantung pada konsep spesies:
Taxospecies concept
Genomic species concept
Genospecies concept
Nomenspecies concept

Kaekaragaman Ekosistem
Adanya berbagai ekosistem:
Ekosistem salju
Ekosistem hutan hujan tropis
Ekosistem hutan bakau
Ekosistem padang rumput
Ekosistem gurun
Ekosistem mata air panas
Faktor penetu adanya berbagai ekosistem:
Komponen non-biotik (fisikawi & kiiawi)
Komponen biotik (komunitas: mikrobia, tumnuhan & hewan)

Keanekaragaman Mikrobia
1. Sistem Klasifikasi Arkhaea
2. Sistem Klasifikasi Bakteria
3. Sistem Klasifikasi Protozoa, Slime molds &
Algae
4. Sistem Klasifikasi Khromista (Algae & Water
molds)
5. Sistem Klasifikasi Fungi

Pengantar Sistematika Mikrobia


Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup
serta hubungan kekerabatan antar sesamanya.
Tiga bidang kajian sistematika:
Klasifikasi
Tatanama (Nomenklatur)
Identifikasi
Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,
prinsip serta aturan klasifikasi.
Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
Identifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang
belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah
diketahui sebelumnya atau bukan.
Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode
tatanama.

Sejarah klasifikasi mahluk hidup:


Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae;
Dunia Animalia
E. Haeckel (1866)

: Dunia Plantae;
Dunia Animalia;
Dunia Protista

E. Chatton (1937) : Prokaryotae;


Eukaryotae
R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia
Carl Woese (1978): Domain Bakteria
Domain Arkhaea
Domain Eukarya
Carol J. Bult (1996) : selesai sequencing genom
Methanococcus janashii (Arkhaea)
Solomon et al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria
Dunia Arkhae(bakteria)
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

Dasar klasifikasi: karakter yang digunakan


Aristoteles ( 400 SM 1800-an) : kenampakan morfologi luar
E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi
E. Chatton (1937) : struktur organisasi interna sel (prokaryotik &
eukaryotik)
R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;
nutrisi; struktur
organisasi selular
Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)
16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)

Bacteria and Archaea : 16S rRNA


Eucarya
: 18S rRNA

16S rRNA

13

Three Domain

Archea : Kingdom Archaea ( 2 Phylum)


Bacteria : Kingdom Bacteria (23 Phylum)
Eukarya : 4 Kingdom
Fungi : 4 Phylum
Protista (Protozoa, Algae, Slime molds, Water molds)
Plantae
Animalia
14

Sistem klasifikasi:
Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat
Filogenetik: berdasarkan hubungan evolusi

Dasar (Pendekatan) sistem klasifikasi:

Klasifikasi klasik monotetik


Klasifikasi numerik-fenetik- politetik
Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
Klasifikasi molekular (taksonomi molekular)
Taksonomi polifasik

Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:


Hierarki Taksonomis
Dom ain

Eukarya

Bakteria

Arkhaea

Dunia

Plantae

Bakteria

Arkhaea

Phylum

Anthophyta

Proteobacteria

Crenarcheota

Classis

Monocotyledoneae

Gamma Proteobacteria

Thermoprotei

Ordo

Commelinales

Enterobacteriales

Sulfolobales

Familia

Poaceae

Enterobacteriaceae

Sulfolobaceae

Genus

Zea

Salmonella

Sulfolobus

Species

Zea mays

S. dysenteriae

Slf. Metallicus

Tatanama (Nomenklatur):

International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath, 1992).


International Code of Botanical Nomenclature (Greuter et al., 1994)
International Code of Zoological Nomenclature (Ride et al., 1985)
Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g.
Bacillus
Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g.
subtilis
Nama spesies : Bacillus subtilis

Konsep spesies:
Nomenspecies: share the same type strain
Taxospecies : similarity index 70 (numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchange
Genomic species: DNA relatedness value 70%

Nomenclature
Bacteria & Archaea:
International Code of Nomenclature for Bacterial
Approved List of Bacterial Name 1 January 1980.
Valid publication (IJSB ---IJSEM (2000)
Type strain must be designated
Fungi & Algae:
International Code of Botanical Nomenclature
Protozoa:
International Code of Zoological Nomenclature :

10

Modern Systematics

Identification : microbial ecology, industrial


biotechnology, diagnostic
hospital microbiology
Current trends : Modern microbial
systematics
Chemistry: chemosystematics
Molecular biology: molecular systematics
Data handling: numerical phenetic
systematics

Numerical phenetic taxonomy

Numerical phenetic taxonomy: phenotypic test &


computer analysis
Cultural : colonial morphology, pigmentation
Morphological : cell shape, staining reaction, motility
Physiological : growth temp., anaerobic growth
Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
Nutritional : carbon sources
Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
Serological : agglutination
Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation

11

Chemotaxonomy
1. Chemotaxonomy: amino acids, lipids,
polysacharides, proteins, enzymes,
whole-cell
GC
HPLC
PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)
Electrophoresis

Molecular systematics
Molecular systematics (phylogenetic): nucleic acids
analysis (evolutionary relationships: phylogeny tree)
DNA sequencing (16S, 18S rDNA)
DNA-DNA hybridisation
Molecular fingerprinting

12

Polyphasic systematics

Polyphasic systematics: integrated use of


genotypic and phenotypic data

Congruence: chemotaxonomic, numerical


phenetic and molecular systematics

Identifikasi Mikrobia
1. Pengertian
2. Tujuan
3. Kegagalan dalam identifikasi
4. Sistem identifikasi
5. Strategi identifikasi
6. Karakterisasi
7. Metode Identifikasi
8. Praktek Identifikasi

13

1. Pengertian
Identifikasi : proses & hasil penentuan benar
tidaknya suatu strain yang diteliti merupakan anggota
takson yang sudah dikenal sbelumnya
Penentuan identitas strain mikrobia
Strain baru (isolat) tidak dapat diidentifikasi jika strain
yang serupa belum pernah dikarakterisasi, diklasifikasi
dan diberi nama.
Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama terhadap
strain sampel

2. Tujuan
Tujuan identifikasi:
memberi nama strain dengan cara
memasukkannya ke dalam suatu takson (genus&
spesies) yang sudah ada sebelumnya,
berdasarkan sejumlah kecil karakter yang dipilih.
N.B. pada hakekatnya, identifikasi tidak pernah
dicapai secara mutlak tetapi bersifat
probabilistik karena seungguhnya tidak ada
strain yang identik

14

Konsep Spesies
Konsep spesies: bersifat artiifisial dan
merupakan unit dasar klasifikasi & tatanama
Spesies mikrobia: kelompok strain yang
memiliki banyak kesamaan sifat dan berbeda
dengan kelompok strain yang lain.

Konsep spesies:
Nomenspesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan acuan type strain yang sama
Genospesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan kemampuan mempertukarkan bahan
genetik.
Taksospesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai indeks similaritas yang 70%
Genomic spesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai DNA-DNA relatedness 70%

15

Konsep Spesies
B
A
D
41759T
C
E
F

Streptomyces indonesiensis DSM 41759T Sembiring et al., 2000

3. Kegagalan identifikasi:
(i) kekurangakuratan deskripsi publikasi yang
dipakai sebagai dasar
(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain
yang diteliti kurang memadainya sistem
klasifikasi yang dipakai sebagai dasar
identifikasi

16

3. Kegagalan identifikasi:
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain
yang diteliti & penemuan strain yang atypical
dalam takson terkait
(iv) penemuan strain yang merupakan
anggota novel taxon (anggota spesies baru)

Cara mengatasi:
Faktor (i) dan (ii): dapat ditanggulangi dengan
menerapkan teknik karakterisasi yang
terstandardisasi dan reproducible (handal).
Pengalaman sangat menentukan dalam
keberhasilan identifikasi !

17

4. Sistem Identifikasi
Sistem identifikasi yang baik :
Handal
Nyaman digunakan
Cepat
Jumlah pengujian relatif sedikit
Fleksibel
Relatif murah

5. Strategi Identifikasi:
Tidak ada metode yang berlaku universal
untuk semua mikrobia
Bervariasi teknik yang telah
dikembangkan untuk masing-masing
kelompok mikrobia

18

5. Strategi Identifikasi:
Strain yang diteliti harus terjamin sebagai
kultur murni
Gunakan semua informasi yang tersedia
terkait dengan strain yang diteliti

5. Strategi Identifikasi:
Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol
negative dalam setiap pengujian
Kesimpulan ditemukannya strain anggota
novel taxon baru dapat dilakukan setelah
melalui pengujian yang menunjukkan tidak
teridentifikasinya strain secra meyakinkan.

19

6. Karakterisasi:

Kultural
Morfologi sel dan koloni
Fisiologis
Biokimiawi
Nutrisional
Khemotaksonomis
Serologis
Uji penghambatan
Genotipik

7. Metode Identifikasi
7.1.Metode tradisional
7.2.Metode komposit
7.3.Metode mikro (Micro methods)
7.4.Commercial Identification kits
7.5.Chemotaxonomic methods
7.6.Serological tests
7.7.Inhibitory tests
7.8.Genotypic methods

20

8. Praktek Identifikasi:
Isolat (kultur murni)

Karakterisasi (identifikasi awal)-Generic Assignment

(Bergeys Manual of Determinative/Systematic


Bacteriology)

Strain Acuan (Type strain)

Identifikasi

Kesimpulan

Karakterisasi, Klasifikasi, Identifikasi dan Nomenklatur


Identification

Taxonomy

Comprehensive
characterzation
Application of classification
theory and method

Characterization by a limited spectrum of test


pre-chosen and appropriate to the problem
being studied

Known
species

Comparison with known species


(Reference strain): Identification)

Formation of taxonomic
group (taxa)

Naming the taxa


(Nomenclature)

Assignment to a
known species
(identified)

Not identical with a known


species: not identified
taxonomic study

21

Prosedur Pemberian nama Ilmiah novel species

1. Isolasi selektif Streptomycetes dari


Rhizosphere Paraserianthes falcatharia
2. Karakterisasi dan identifikasi
3. Identifikasi Genus: Streptomyces
4. Strain acuan: Streptomyces strain with rugose
ornamented spores:
Streptomyces hygroscopicus NRRL 2387T
S. violaceusniger NRRL 1476T
S. melanosporofaciens NRRL-B-12234T
S. sparsogenes NRRL 2940T
S. endus NRRL 2339T

Karakteisasi & Klasifikasi


Karakteristik kultural (colour grouping)
Karakteristik morfologis (morfologi rantai spora dan
ornament prmukaan rantai spora)
Numerical systematics (karakterisstik phenotypic)
Chemosystematics (analisis TLC Peptidoglikan, PyMS)
Molecular Systematics (Ribotyping, sequencing 16S
rDNA)

22

Pure culture

Morfologi rantai spora

Siklus hidup

23

Hasil Studi
Ditulis draf publikasi berdasarkan hasil
penelitian
Kultur murni strain yang akan diberi nama
didepositkan ke Cultur Collection: DSMZ
(Jerman) dan NCIMB (UK) + draf publikasi
Sequence 16S rDNA didepositkan ke Database
International (EMBL/RDP/DDBJ) via internet
(E-mail)

Rencana nama Species


Nama diusulkan ICBN (Prof. H. Trupper)
S. asiensis S. asiaticus
S. cangkringanensis S. cangkringensis
S. indonesiensis S. indonesiensis
S. javanensis S. javensis
S. rhizospherius S. rhizosphaerius
S. yogyakartanensis S. yogyakatensis

24

Kode Strain (Acession Number)


S. asiaticus (A14P1 = DSM 41761 = NCIMB
13675)
S. cangkringensis (D13P3 = DSM 41769 =
NCIMB 13684)
S. indonesiensis (A4R2 = DSM 41759 = NCIMB
13673)

Kode Strain (Acession Number)


S. javensis (B22P3 = DSM 41764 = NCIMB
13679)
S. rhizosphaerius (A10P1 = DSM 41760 =
NCIMB 13674)
S. yogyakartensis (C4R3 = DSM 41766 =
NCIMB 13681)

25

Acession Number 16S rDNA

S. asiaticus DSM 41761T (AJ 391830)


S. cangkringensis DSM 41769T (AJ 391831)
S. indonesiensis DSM 41759 T(AJ 391835)
S. javensis DSM 41764T (AJ 391833)
S. rhizosphaerius DSM 41760T (AJ 391834)
S. yogyakartensis DSM 41766T (AJ 391827)

Publikasi
Draf publikasi
Kode Strain dari DSMZ dan NCIMB
Accession number of 16S rDNA seq.

Int. J. General & Mol. Microbiol. Antonie van


Leeuwenhoek

Vol. 78 (3/4): 353 366 (Effective)

26

Validation
Valid Publication:
International Journal of Systematic and
evolutionary Microbiology 51: 1619-1620
(2001)

Approved List of Bacterial Name

27

Вам также может понравиться