Alasannya karena Pasal 4 ayat (2) UU PPh merupakan ketentuan yang lex specialis

Kesimpulan
Oleh karena itulah, penulis akhirnya setuju dengan pendapat beberapa rekan penulis yang
menyatakan bahwa ketentuan PPh Final Jasa Konstruksi sebagaimana diatur dalam Pasal 4 ayat
(2) UU PPh dan PP Nomor 51 Tahun 2008 jo. PP Nomor 40 Tahun 2009, hanya diterapkan bila
pemberi jasa (pengusaha jasa konstruksi) telah mengantongi izin usaha atau sertifikasi jasa
konstruksi dari lembaga berwenang (misalnya LPJK). Jika izin atau sertifikat (SBU) itu masih
berlaku, tarif yang diterapkan adalah:

2% untuk jasa pelaksanaan konstruksi oleh pengusaha yang berkualifikasi kecil;

3% untuk jasa pelaksanaan konstruksi oleh pengusaha yang berkualifikasi menengah

atau besar;

4% untuk jasa perencanaan maupun pengawasan (berlaku baik kualifikasinya kecil,

menengah atau besar).

Sementara jika sertifikasi (SBU) sudah tidak berlaku, misalnya karena pengusaha alpa atau lalai
untuk melakukan registrasi ulang atau lupa memperpanjang SBU-nya, tarif PPh Final yang
diterapkan adalah:

4% untuk jasa pelaksanaan konstruksi;

6% untuk jasa perencanaan maupun pengawasan.

Apabila ternyata pengusaha jasa konstruksi tidak memiliki izin atau sertifikasi dari lembaga
berwenang (tidak memiliki SBU dari LPJK), maka pengenaan PPh-nya bukanlah PPh Final seperti
di atas melainkan:

PPh Pasal 23, jika pengusaha jasa konstruksi berbentuk badan (perusahaan); atau

PPh Pasal 21 jika pengusaha jasa konstruksi berstatus individu (Wajib Pajak orang
pribadi).

https://armuhammad.wordpress.com/2011/10/15/ragam-withholding-tax-untuk-%E2%80%98jasakonstruksi%E2%80%99/
http://www.pajak.go.id/content/seri-pph-pajak-penghasilan-atas-jasa-konstruksi
http://www.pembayarpajak.com/index.php/articles/pajak-penghasilan/pph-final/138-pph-final-jasakonstruksi
http://www.bppk.depkeu.go.id/publikasi/artikel/167-artikel-pajak/19556-jasa-konstruksi,-antara-pasal4-2-dan-pasal-23-uu-pph