A llint

intrieur du virus : le g
gnome viral

ARN

Rotavirus
Virus Ebola
(v des diarrh
diarrhes)
Virus de la rage
Enterovirus
Virus de la grippe
(v de la polio)
VIH
VRS et ROR
CHIK
VHC

VIRUS DE
L IMMUNODEFICIENCE
HUMAINE

Papillomavirus
ADN
(v des verrues)
Virus de llHpatite B Virus
(v du cancer du col)
de la Variole
Virus Herpes
Adenovirus
Virus de la Varicelle

Professeur Didier HOBER

Laboratoire de Virologie/UPRES EA3610
Facult de Mdecine, Universit Lille 2
CHRU Lille

I VIH et autres lentivirus, classification et structure

VIH
Classification
Famille:
Sous-famille:
genres:

Sous-famille:
genre:

Retroviridae
Orthoretrovirinae
Deltaretrovirus
HTLV1
Lentivirus
VIH1 et VIH2 (types)
Spumaretrovirinae
Spumavirus

Diffrences oncornavirus et lentivirus:

Lentivirus plus complexes ,infectent des cellules au repos
Infectent les macrophages (y compris les cell de la microglie)
3

Des lentivirus simiens (SIV), bovins (BIV), flins (FIV), ovins (Visna).
4


VIH : Virus de llImmunod

Immunodficience Humaine

Virus du SIDA

V.I.H.: STRUCTURE
Sphrique (80 120 nm)
Enveloppe externe
membrane
glycoprotines (transmembranaire, de surface et d hte)
Enveloppe

la protine MA (MA pour matrice) tapisse la face interne de l'enveloppe et

constitue la matrice.

Nuclode central
core protique (capside, nucloprotique)
ARN + protines
enzymes
5

Le virus et les fonctions des principales protines

gp 120 : GP externe

Reconnaissance du CD4
et des corcepteurs

gp 41 : GP transmembranaire

Fusion entre l'enveloppe virale

et la membrane de la cellule

p32

P66/p51

p12

p 24 : Protine interne majeure

Constituant de la capside

p 17 : Protine de matrice

Connection entre l'enveloppe

et la nuclocapside

p 7/9 : Protines de
la nuclocapside

Protines associes l'ARN

p 66/51 :Transcriptase
inverse

Rtrotranscription de l'ARN
en ADN

p 32 : Intgrase

Intgration du gnome viral

p 11 : Protase

Clivage des prcurseurs gag

et gag-pol

ARN - 2 brins

8
5

In Fields Virology, Lippincott-Raven 3 ed. 1996, p. 1886

V.I.H.: GENOME

V.I.H.: GENOME

ARN, DIPLODE, 9 kb
Zone codante
GAG, POL, ENV, gnes rgulateurs
Zone non codante
Transcrit en ADNdb et intgration dans Lc
Grande mutabilit
Phnotypes SI,NSI,lytique

Le g
gnome code les prot
protines virales et il est encadr
encadr par 2 r
rgions non codantes.
De 5' en 3' on trouve :
la r
rgion non codante 5'
le g
gne gag (pour group specific antigens)
antigens) code une polyprot
polyprotine qui sera d
dcoup
coupe
en prot
protines (de capside, de nucl
nuclocapside et de matrice) par la prot
protase virale,
le g
gne pol (pour polym
polymrase) code les trois enzymes : la rtrotranscriptase,
trotranscriptase,
l'int
grase et la prot
l'int
protase,
le g
gne env (pour enveloppe) code une prot
protine pr
prcurseur qui sera glycosyl
glycosyle (la
gp160) puis cliv
clive en TM gp41 et SU gp120 qui, restant associ
associes, vont constituer les
spicules.
de part et d'autre du g
gne env on trouve chez les Lentivirus des g
gnes de r
rgulation.
la r
rgion non codante 3'

10

- Les 6 petits g
gnes de r
rgulation
Outre les g
gnes gag,
gag, pol et env,
env, le provirus des VIHVIH-1 et 2 poss
possde six
gnes
codant de petites prot
protines r
rgulatrices.
Ce sont les g
gnes tat,
tat, rev,
rev, nef,
nef, vif,
vif, vpr,
vpr, et vpu (VIH(VIH-1)ou vpx (VIH(VIH-2) :
tat

(transactivator of transcription)
la prot
protine Tat est un activateur puissant de la transcription
en ARNARN-m et en ARN viral : en sa pr
prsence, les cellules
infect
infectes produisent 1000 fois plus d'ARN viraux.

rev

regulation of expression of viral proteins

la prot
protine Rev permet l'exportation des ARNARN-m codant les prot
protines de
structure et les enzymes virales.

nef

negative regulatory factor : favorise la r

rplication virale

vif

virion infectivity factor

la prot
des nouveaux virions form
protine Vif augmente l'infectivit
l'infectivit
forms par la
cellule.

vpr

viral protein r : activateur de la transcription

vpu (VIH(VIH-1)
ou
vpv (VIH(VIH-2)

viral protein u
rle encore incertain dans l'assemblage des virions
viral protein x

11

12
Les g
gnes tat et rev sont constitu
constitus chacun par deux exons loign
loigns l'un de l'autre.

13

14

VIH : INACTIVATION
Inactivation efficace:
Chaleur (>3 h t >56)
Eau de javel (quelques minutes)
Ethanol de 25 50% (en 5 10 min)
Inactivaton incomplte:
Glutaraldhyde (0,01%: 95% en 5 min)
Formol
Beta propiolactone (au 1/400 >1h)
Sans action:
conglation, UV et rayons gamma
15

16

II Epidmiologie

Distribution gographique des VIH

1) ORIGINE
CRF03-AB
Maroc

CRF04-cpx

Sngal Mali

gypte

Niger

A,C,D,F,G,H,J,K

CRF06-cpx
Guine
Cte d Ivoire

Nigeria

O, N

Bnin

B,AF

B
Djibouti

A,B,CRF03AB

CRF09-cpx

R.C.A.

Afrique
subsaharienne

CRF11-cpx
Somalie

CRF02-AGGabon
R.P. Congo
R.D. Congo

CRF05-DF

Burundi

B,C

CRF08-BC

thiopie

Cameroun

CRF07-BC

A,C CRF01-AE,B

B,F1

Tanzanie
Malawi

A,D,C Runion

Mozambique
Bostwana

B,A
BB,A
,A

CRF10-CD

Afrique du sud

17
4

18
Peeters M. Recombinant HIV Sequences : Their Role in the Global Epidemic in In Human Retroviruses and
AIDS 2001; Peeters M et al. AIDS. 2000, 14(suppl 3) : S129-40

2 Dissmination du VIH
Squences protiques Pol.

> 40 M de personnes infectes

45% de femmes
95% des nouvelles infections: PVD
Epicentre: Afrique sub-saharienne

Trait de Virologie Medicale ESTEM

Proximit gntique
des lentivirus humains
et des lentivirus de primates
19 Alamos,
Daprs Beer BE et al. Diversity and evolution of primate Lentiviruses. in Human Retroviruses and AIDS. Los
NM:Theoretical
Biology and Biophysics Group. 1999.
2

20

3) Transmission
Le virus peut tre isol de la plupart des liquides
biologiques : sang, sperme, scrtions vaginales, lait
maternel, salive, larmes, LCR, urine.
virus fragile transmis l'occasion de contacts
interhumains "rapprochs".

Sexe
rapports homosexuels ou htrosexuels.
porte d'entre : muqueuse gnitale ou rectale.
Les scrtions gnitales (sperme, glaire cervicale) sont infectantes:
virus libres et cellules infectes : lymphocytes TCD4 et macrophages.
Les hommes infects dissminent davantage que les femmes infectes
21

22

Transmission verticale

Sang
toxicomanie par voie IV
en Europe, cause de la toxicomanie, la contamination par voie
veineuse augmente et reprsente prs de 40 % des cas
d'infection par le VIH.
transfusions sanguines
accidents professionnels
avec des produits sanguins ou avec des objets contamins (le
risque de contamination la suite d'une piqre accidentelle avec
aiguille creuse est valu 0,4 %).

23

le taux de transmission du virus de la mre infecte l'enfant est globalement

valu 20 %. (SIDA en 2 ans chez lenfant )
Il dpend avant tout du nombre de virus prsents dans le sang maternel : plus
ce nombre est lev plus le risque de transmission est grand. (intret des ATV
donns la mre)
Cette transmission peut se faire in utero dans les deux derniers mois (35 %)
de la grossesse mais surtout au moment de l'accouchement (65 %).
allaitement maternel.
90 % des femmes VIH + vivent
dans les pays en voie de dveloppement.
le niveau de virus VIH-1 associs aux cellules
est le meilleur indicateur de prdiction du risque
de lallaitement (plus que le niveau de virus libres).

24

b) Fusion/ pntration

III Rplication

Gp41 sancre dans la mb plasmique (partie hydrophobe)

puis par phnomne de ziping rapproche lenveloppe viral de la mb plasmique

1 : du virus (ARN) au provirus (ADN)

a) attachement

gp120 se fixe au rcepteur viral qui est la molcule CD4.

la molcule CD4 caractrise les lymphocytes T-auxiliaires
(les lymphocytes Th ou CD4+).
elle est galement prsente sur les macrophages, les cellules dendritiques
des ganglions, de la rate et de l'piderme (les cellules de Langerhans)
sur les cellules microgliales du cerveau (qui sont les macrophages rsidents du SNC).
Aprs s'tre fixe CD4, gp120 se fixe un co-rcepteur : rcepteur de chimiokines
25

26

c) Dcapsidation, rtrotranscription de lARN, intgration

-Entre de la capside dans le cytoplasme: dcapsidation commence
Consquence: formation du complexe de pr-intgration CPI(RNA + MA + Vpr + RT + IN
- Transcription de lARN viral en ADN db (RT)
Se poursuit pendant le transport du CPI vers le noyau
Tpt vers le noyau du CPI permet linfection des cellules au repos ( macroph
Microglie) (application transfert de gnes aux cellules au repos)
- Intgration
l'intgrase coupe les deux brins de l'ADN cellulaire pour introduire l'ADN viral.
L'intgration se fait dans de multiples sites de l'ADN cellulaire.

27

28

Dfense de lhte et chappement viral

Ex : HIV ne se rplique pas dans des cellules de singe

Il existe des moyens de dfense spcifique (immunit acquise)

et de dfense naturelle (imunit naturelle)

HIV entre = RNA internalis

Et un 3ime mode: qui cible des tapes du cycle de rplication des virus

Pas de transcrit ADN = blocage de la RT

Dfense des cellules chez un hte non immun et chappement viral

Role de la prot TRIM5 qui lie la proteine de capside

ce qui a pour effet lubiquitination et la dgradation
par le protasome.

- Restriction post-entre virale: TRIM5 et HIV

Les primates infects par des lentivirus diffrents
Restriction despce
HIV1 infecte des cellules humaines qui expriment
le rcepteur CD4 et un corcepteur (CCR5 ou CXCR4

Laffinit de TRIM5 de diffrentes espces de primates

pour la capside de diffrents lentivirus dtermine le profil
de spcificit despce
29

30

APOBEC3G cytidine daminase est incorpore dans des virions en formation

- Dfense vis--vis dADN tranger: APOBEC3G et HIV vif

Vif prot qui nest pas prsente chez de nb retrovirus

Quand ces virions entrent dans une cellule la RT commence

Essentiel pour la rplication de HIV dans les celluyes T CD4 et macrophages

APOBEC3G agit sur le premier brin dADN= ADN- pour dsaminer

les cytidines

APOBEC3G cytidine daminase est incorpore dans des virions en formation

Do la conversion
en uridine ce qui
cause une transition
guanosine- adenosine
dans le brin ADN+.

Effet: hypermutation de lADN viral form, virions non viables

31

Vif contre APOBEC3G : vif attache AOPBEC3G des prot de la voie

dubiquitination do dgradation .
Et non incorporation dans des virions noforms

32

d - rplication
dans le cytoplasme de la cellule hte, la rtrotranscriptase virale :

l'intgrase coupe les deux brins de l'ADN cellulaire

pour introduire l'ADN viral.

1- copie l'ARN en ADN simple brin,

2- hydrolyse le brin d'ARN,
3- copie l'ADN simple brin pour former un ADN bicat naire.
La rplication conduit la cration de squences particulires aux extrmits de l'ADN proviral :
les LTR (long terminal repeat).
en 5' le LTR est un promoteur puissant de la transcription,
en 3' le LTR signal de coupure qui prcde la polyadnylation.

33

34

35

36

2du provirus aux nouveaux virions


VIH : Virus de llImmunod

Immunodficience Humaine
Sortie du virus de la cellule: le virus bourgeonne

37

38

IV Physiopathologie de linfection
Schma: V.I.H, cycle cellulaire

portes dentres et propagation squentielle de linfection

Prsence dinfections sexuellement transmissibles:  risque dune infection VIH.
du : - lulcration et labrasion
- au nombre important de cellules de linflammation sur le site de linfection.

Portes dentres : Le virus peut traverser une barrire pithliale

intacte (dans de nombreux cas) :
- Dans la lumire vaginale: il peut se lier aux prolongements des
cellules dendritiques.
- Au niveau des amygdales et au niveau rectal: transmission travers
lpithlium ou les cellules M qui recouvrent les tissus lymphodes
associs aux muqueuses (MALT).

39

40

 1res

2) Quelques jours aprs linfection le tissu

lymphode local est entirement infect:

cellules cibles de linfection :

1) Virus dabord dtect dans les sous muqueuses ou

les tissus lymphodes:
- premirement dans les lymphocytes CD4+ au
repos (environ 90% des cellules infectes), avec
quelques macrophages et cellules dendritiques
infectes.
- les cellules dendritiques de la muqueuse peuvent
lier et concentrer le virus leur surface par DCSIGN et elles lemportent dans les ganglions
lymphatiques, o le virus est transmis aux cellules
permissives.
.

41

- propagation dabord dans les ganglions

lymphatiques (environ une semaine)
- puis dans des tissus lymphodes plus
priphriques, la rate, et dans les cellules
mononucles circulantes (de une trois
semaines).
- en plus des ganglions lymphatiques
rgionaux, il y a une grande population
de cellules T dans la lamina propria et
dans les plaques de Peyer du tractus
gastro-intestinal qui sont rapidement et
infectes.
La plus grande perte de cellules T CD4+
a lieu dans les tissus lymphodes
gastro-intestinaux (GALT),
particulirement aprs linfection avec les virus42R5

Rplication et latence

43

44

Cellules cibles du VIH : implications

dans la dynamique virale

VIH
gp41
gp120
DC-SIGN

CD4
Membrane
cellulaire

CCR5,
CXCR4

Macrophages,
monocytes

Cellules
dendritiques,
cellules de
Langerhans,

Lymphocytes

LCR
SNC
Tissus gnitaux
Liquide sminal
Poumons

Thymus

Sang p
priph
riphrique
Pool, CFD
Infection productrice

Moelle osseuse

Infection chronique

Tissu lympho
lymphode
Infection latente ou par un virus d
dfectif

GALT

GALT
il, autres organes ?

Autres sites

SRE/pools vasculaires ?

45
11

47

46
Daprs Cavert W et al. Science. 1998, 280(5 371) : 1865-6. Geijtenbeek T. Cell. 2000, 100 : 575-85.
Pomerantz R. Clin Infect Dis. 2002, 39 : 91-7.

48

Altration du systme immunitaire

HIV affinit plus leve pour CCR5 que CXCR4: entre dans les macrophages
Les 2 corcepteurs = entre dans cell T
mais CCR5 utilis prfrentiellement
au dbut de linfection
et pendant la phase asymptomatique
HIV R5 et HIV X4 provoquent le SIDA
HIV X4 progression plus rapide vers SIDA
Mais de nombreux patients voluent vers le SIDA avec HIV R5

49

50

51

52

Altration du systme immunitaire

VIREMIE:
Le VIH produit une virmie qui persiste pendant toute la vie de l'individu
infect et peut tre utilise pour contrler lvolution de l'infection.
Dans le sang, le VIH est prsent sous deux formes :
associ aux cellules infectes (surtout les lymphocytes CD4+)
sous forme dun virus infectieux libre dans le plasma
TAUX DE CD4:
La concentration de lymphocytes CD4+ dans le sang montre le dynamisme
de l'infection, elle est inversement proportionnelle au taux de virus.
Cest un signe avant-coureur de la perte fonctionnelle de la rponse
immunitaire au cours de la phase clinique du SIDA.

53

54

les principaux micro-organismes opportunistes sont

V) Infection VIH : volution

S
E
M
A
I
N
E
S

M
O
I
S
A
N
N
E
E
S

des parasites

des bact
bactries

Mycobacterium
tuberculosis

Cryptosporidium

Mycobacterium avium

INFECTION
du SNC

Microsporidium

Salmonella

Mningite

Leishmania

PENETRATION VIRALE
SANGUINE/SEXUELLE
INFECTION
des Lc

Toxoplasme

Syndrome
mononuclosique

des
champignons

Pneumocystis carinii

des virus

Herpes simplex (HSV)

SEROPOSITIVITE et REPLICATION CONTROLEE DU VIRUS

LYMPHADENOPATHIE PERSISTANTE

ARC

Cryptococcus
neoformans

Cytomegalovirus (CMV)

Candida

Virus varicellevaricelle-zona (VVZ)

depression immunitaire
augmentation de la rplication virale
Histoplasma capsulatum

ASYMPTOMATIQUE

SIDA

ENCEPHALITE
DEMENCE 55

56

a: leucoplasie chevelue
b: candidose
c: sarcome de Kaposi

d: pneumocystose
e: rtinite CMV
f: cryptosporidiose

57

58

59

60

Pneumopathie Pneumocystis carinii

61
8

10

Tuberculose

63
11

Abcs souvent multiples (80 %) linverse du lymphome

Pneumopathie Mycobacterium tuberculosis

62

64

Tuberculose osseuse
vertbrale
Mal de Pott

65
12

Candidoses oro-pharynges
16

BAAR en coloration de Ziehl

66

sophagite Candida

68

13

67
17

Fond dil normal

Rtinite CMV

Cryptococcome crbral

69
19

70

22

Encre de Chine

Fuchsine srum

Cryptococcus neoformans var. neoformans,

partir de colonies muqueuses, prsence dune capsule

a et b LEMP typique
IRM encphalique Coupes
axiales T2 TSE.
Plage hyper intense de la
substance blanche frontale
droite, suivant les
circonvolutions , sans effet
de masse (a).
Contrle 1 mois. Mme
coupe (b). Aggravation trs
rapide des lsions qui
progressent en tche
d'huile vers l'avant et
l'arrire.

d
LEMP

71
F. Hran

72

Recherche de virus

VI DIAGNOSTIC Virologique

Etape VIROLOGIQUE
affirmer linfection virale

CMV

Etape IMMUNOLOGIQUE
valuer l atteinte immunologique
73

74

Recherche d
danticorps

Recherche de llADN ou de llARN viral

YY

CMV

YY

VIH
Virus des H
Hpatites
etc

75

76

VIH DIAGNOSTIC
Virologie SEROLOGIQUE
DETECTION DES ANTICORPS
ET DES ANTIGENES

Dpistage mixte (Ag p24+Ac) (VIH 1 et VIH2)

2 tests de type ELISA (1 seul test prsent)
rsultat douteux, dissoci ou positif = confirmation
obligatoire sur 2me prlvement

Confirmation anticorps
western-blot VIH1/VIH2 (2gp et 1p)

Dtection des antignes p24

ELISA capture avec dissociation [Ag-AC]
prsrologique, enfants ns de mre sro+, volution
77

78

Dtection des anticorps par ELISA

Diagnostic indirect : technique ELISA

Serum dilu

Spectrophotomtre
ELISA

S= substrat

Puits coats avec lantigne

E= conjugu
Substrat
Anticorps anti-Ig humaine marqu
Anticorps anti-antigne viral

Ac du srum
Ag fix sur le puits

Antigne viral
79

Produit de raction color

80

Diagnostic indirect : le western-blot

VIH : WESTERN BLOT

gp 160
gp 120 : GP externe

gp 41 : GP transmembranaire

p 24

p 24 : Protine interne majeure

p 17 : Protine de matrice
p 7/9 : Protines de
la nuclocapside
p 66/51 :Transcriptase
inverse
p 32 : Intgrase
p 11 : Protase

81

82

VIH DIAGNOSTIC
Virologie MOLECULAIRE

VIH DIAGNOSTIC:
Virologie CONVENTIONNELLE
CULTURE VIRALE

ARN - 2 brins

Dtection qualitative (amplification)

Coculture sur Lc sains stimuls

Virmie plasmatique et/ou cellulaire
Identification par Ag p24
Dlai de 1 mois
Caractrisation du phnotype
Indication:

ARN viral plasmatique

ADN proviral cellulaire

Charge virale (amplification)

plasmatique (ARN)
cellulaire (ADN)

Gnotypage et rsistance aux antirtroviraux (squenage)

enfant n de mre infecte

83

84

VII ) VIH: TRAITEMENT

Diffrents tats du VIH

Quantification ADN VIH

Pr-intgration

RPLICATION

LATENCE

Virus
dfectif

1 Provirus

1 Provirus

1 Provirus

ADN VIH
non intgr

ARN VIH
non pisss
+ ARN
gnomiques

ARN-VIH
Intra-cellulaires

Principes:
Thrapie HAART (highly active antiretroviral therapy):
tt, associations 3 4 antirtroviraux
surveillance charge virale, rsistances, CD4+ et dosages
mdicamenteux
Moyens:
Inhibiteurs de la transcriptase rverse
nuclosidiques (AZT,ddI,ddC,3TC,D4T)
non nuclosidiques (Nevirapine,Delavirdine,Efavirenz)
Inhibiteurs de la liaison au corcepteur (maraviroc)
Inhibiteurs de la fusion (Fuseon)
Inhibiteurs de lintgrase (gravir: eviltagravir)
Anti-protases (Ritonavir,Invirase,Crixivan,Viracept
Inhibiteur de la maturation (Bevirimat)

Entrer Bevirimatet voir le site www.panacos.com

ARN-VIH Plasmatiques
85

http://www.tibotec-vih.fr/content/backgrounders/tibotec-hiv.fr_fre/hivmovies/flash.html 86

Inhibition de lattachement et de la fusion

Mcanismes daction
Liaison aux corcepteurs

Attachement

Inhibition
de la
fusion

87

88

89

90

Inhibiteurs de la transcriptase inverse analogues de nuclosides

Inhibiteurs de la transcriptase inverse nonnuclosidiques

91

92

93

94