Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
ËÎÌÎÍÎÑÎÂÀ
Êóðñîâàÿ ðàáîòà:
Àâòîìàòèçàöèÿ ïîëó÷åíèÿ ýêñïåðèìåíòàëüíûõ äàííûõ
äëÿ íàïîëíåíèÿ ìîäåëè ïðåêëèíè÷åñêîé ñòàäèè áîëåçíè
Ïàðêèíñîíà
Ìîñêâà
2009
Ñîäåðæàíèå
1 Ââåäåíèå 2
2 Îïèñàíèå Ìåòîäà 4
4 Çàêëþ÷åíèå 14
1 Ââåäåíèå
2
ñêèõ íåéðîíîâ è àêñîíîâ, ñîõðàíèâøèõñÿ ïîñëå âîçäåéñòâèÿ íåéðîòîêñèíà. Ìîäåëü ïðåä-
ñòàâëÿåò ðàçëè÷èÿ õàðàêòåðèñòèê ÄÀ-åðãè÷åñêèõ íåéðîíîâ â îïûòíîé è êîíòðîëüíîé
ãðóïïàõ.
3
íûõ æèâîòíûõ, ïðè÷åì èçó÷åíèå êàæäîãî èç ýòèõ ñðåçîâ òðåáóåò èçìåðåíèÿ è àíàëèçà
êîëè÷åñòâåííûõ è êà÷åñòâåííûõ õàðàêòåðèñòèê íåñêîëüêèõ òûñÿ÷ íåéðîíîâ. Ðàçðàáîòêà
ìàòåìàòè÷åñêèõ ìåòîäîâ, îáåñïå÷èâàþùèõ àâòîìàòèçàöèþ àíàëèçà óêàçàííûõ èçîáðàæå-
íèé, ÿâëÿåòñÿ íåîáõîäèìûì óñëîâèåì ýôôåêòèâíîãî ïîñòðîåíèÿ è èññëåäîâàíèÿ àäåêâàò-
íûõ ìîäåëåé ÁÏ. Àâòîìàòèçàöèÿ èçâëå÷åíèÿ èíôîðìàöèè èç èçîáðàæåíèé îñíîâàíà íà
èñïîëüçîâàíèè ìåòîäîâ îáðàáîòêè èçîáðàæåíèé, ìàòåìàòè÷åñêîé òåîðèè àíàëèçà èçîá-
ðàæåíèé è ìàòåìàòè÷åñêîé òåîðèè ðàñïîçíàâàíèÿ îáðàçîâ. Ðàçðàáîòàííûå ìåòîäû àâòî-
ìàòèçàöèè ïðåäñòàâëÿþòñÿ â âèäå ñïåöèàëèçèðîâàííûõ àëãîðèòìè÷åñêèõ ñõåì, êîòîðûå
âêëþ÷àþò îñíîâíûå ýòàïû èçâëå÷åíèÿ èíôîðìàöèè èç èçîáðàæåíèé: 1) ïðåäâàðèòåëüíóþ
îáðàáîòêó (óëó÷øåíèå êà÷åñòâà èçîáðàæåíèé, óäàëåíèå íåñóùåñòâåííûõ äåòàëåé è ôðàã-
ìåíòîâ, ñòàòèñòè÷åñêàÿ è ëîãè÷åñêàÿ ôèëüòðàöèÿ); 2) àíàëèç èçîáðàæåíèé (îáíàðóæåíèå
îáúåêòîâ è âûäåëåíèå èõ êîíòóðîâ; ñåãìåíòàöèÿ; âûáîð è âûäåëåíèå ïðèçíàêîâ, îïèñû-
âàþùèõ ñîñòàâ è ñîäåðæàíèå èçîáðàæåíèÿ; ïîèñê, âûäåëåíèå è ïîñòðîåíèå îòäåëüíûõ
îáúåêòîâ, îòîáðàæàþùèõ ñïåöèôèêó àíàëèçèðóåìûõ èçîáðàæåíèé è äð.); 3) ïîñòðîåíèå
îïèñàíèÿ îáúåêòîâ, ïðåäñòàâëåííûõ íà àíàëèçèðóåìûõ èçîáðàæåíèÿõ; 4) êëàññèôèêàöèþ
èçîáðàæåíèé è îáúåêòîâ íà íèõ ïðåäñòàâëåííûõ; 5) ðàñïîçíàâàíèå. Èñïîëüçîâàíèå ýòèõ
ñõåì ïîçâîëÿåò ñóùåñòâåííî óñêîðèòü èññëåäîâàíèÿ ÁÏ çà ñ÷åò àâòîìàòèçàöèè íàïîëíå-
íèÿ ìîäåëåé ýêñïåðèìåíòàëüíûìè äàííûìè è àâòîìàòèçàöèè èññëåäîâàíèÿ ìîäåëåé ïðè
ïîìîùè ìàøèííûõ ýêñïåðèìåíòîâ.
2 Îïèñàíèå Ìåòîäà
4
Êàæäûé øàã ìåòîäà îïèñûâàåòñÿ ïî ñëåäóþùåé ñõåìå: 1) îáùàÿ õàðàêòåðèñòèêà ïðè-
ìåíÿåìîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ èëè àëãîðèòìà; 2) ìàòåìàòè÷åñêîå ñîäåðæàíèå; 3) ðîëü äàí-
íîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ ïðè ðåøåíèè ïîñòàâëåííîé çàäà÷è; 4) èëëþñòðàòèâíûé ìàòåðèàë,
ïîçâîëÿþùèé îöåíèòü ðåçóëüòàò. Äëÿ êàæäîãî øàãà ìåòîäà ïðèâåäåíû ãðàôèêè ôóíê-
öèè ÿðêîñòè ñòîáöà, ïîìå÷åííîãî íà èçîáðàæåíèè áåëîé ïóíêòèðíîé ëèíèåé, ñïëîø-
íîé ëèíèåé èçîáðàæàåòñÿ ôóíêöèÿ ÿðêîñòè, ñîîòâåòñòâóþùåãî èçîáðàæåíèÿ, ïóíêòèðîì
ôóíêöèÿ ÿðêîñòè èçîáðàæåíèÿ äî ïðèìåíåíèÿ ê íåìó óêàçàííîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ, øòðèõ-
ïóíêòèðîì ïðîìåæóòî÷íûé ðåçóëüòàò ïðè âûïîëíåíèè ïðåîáðàçîâàíèÿ.
130
120
110
Gray value
100
90
80
70
60
50
0 100 200 300 400 500
Y
I ◦ρ B = ρI (I ª B) . (1)
5
Íà ïåðâîì øàãå ìåòîäà, òàêèì îáðàçîì, íà èñõîäíîì èçîáðàæåíèè óäàëÿþòñÿ âñïëåñêè
ÿðêîñòè, ñîîòâåòñòâóþùèå ôîíó. Íà ðèñóíêàõ (5) è (6) ïðåäñòàâëåíû ðåçóëüòàòû âûïîë-
íåíèÿ äàííîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ.
150
140
130
Gray value
120
110
Initial image
100 erosion
Opening by reconstruction
90
80
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
Y
6
Îñíîâíîé öåëüþ äàííîãî øàãà, òàêèì îáðàçîì, ÿâëÿåòñÿ ñãëàæèâàíèå íåîäíîðîäíîãî
ñëîæíîãî ôîíà èçîáðàæåíèÿ. Íà ðèñóíêàõ (7) è (8) ïðåäñòàâëåíû ðåçóëüòàòû âûïîëíåíèÿ
äàííîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ.
300
250
Gray value
200 Opening by reconstruction
dual reconstruction
Bot−hat by dual reconstruction
150
100
50
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
Y
Ðèñ. 7: Ïðåîáðàçîâàíèå äíî øëÿïû ñ ïîìî- Ðèñ. 8: Ïðåîáðàçîâàíèå äíî øëÿïû ñ ïîìî-
ùüþ äâîéñòâåííîé ðåêîíñòðóêöèè ùüþ äâîéñòâåííîé ðåêîíñòðóêöèè. Ãðàôèê
ôóíêöèè ÿðêîñòè. X = 149
7
äàííîãî ïðåîáðàçîâàíèÿ.
260
250
240
Gray value
230
220
Bot−hat by dual reconstruction
210 dilation
Closing by dual reconstruction
200
190
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
Y
Dh (I) = I − ρI (I − h) . (5)
8
Íà ñðåçå ãîëîâíîãî ìîçãà, êîòîðûé èìååò òîëùèíó 12 ìêì, òåðìèíàëè ðàñïîëàãàþòñÿ
ñëîÿìè. Ïðè ôîòîãðàôèðîâàíèè ñðåçà òîëüêî îäíà ïëîñêîñòü ñðåçà ïîïàäàåò â ôîêóñ ìèê-
ðîñêîïà, ïîýòîìó îäíè òåðìèíàëè îêàçûâàþòñÿ ÿð÷å äðóãèõ. Êðîìå òîãî âîçìîæíî íåðàâ-
íîìåðíîå ïðîêðàøèâàíèå òåðìèíàëåé, ÷òî òàêæå âëå÷åò ðàçëè÷èÿ â èõ ÿðêîñòè. Íåîáõî-
äèìî îïðåäåëèòü, êàêèå îáúåêòû íàõîäÿòñÿ áëèæå ê ôîêóñó, à êàêèå äàëüøå. Äëÿ ýòîé
öåëè è ïðåäíàçíà÷åí äàííûé øàã ìåòîäà, ðåçóëüòàòû êîòîðîãî ïðåäñòàâëåíû íà ðèñóíêàõ
(11) è (12).
260
250
240
230
Gray value
220
210
9
êåðû, ñîîòâåòñòâóþùèå ôîíó èçîáðàæåíèÿ. Îáû÷íî âíåøíèå ìàðêåðû îïðåäåëÿþò òàêèì
îáðàçîì, ÷òîáû ëþáîé âíåøíèé ìàðêåð îêðóæàë ðîâíî îäèí âíóòðåííèé ìàðêåð. Çàòåì
ýòè ìàðêåðû èñïîëüçóþòñÿ äëÿ ïðåîáðàçîâàíèÿ ãðàäèåíòíîãî èçîáðàæåíèÿ. Â ðåçóëüòàòå
ïðèìåíåíèÿ àëãîðèòìà ñåãìåíòàöèè ïî âîäîðàçäåëàì ê ïðåîáðàçîâàííîìó ãðàäèåíòíîìó
èçîáðàæåíèþ âûäåëÿþòñÿ ãðàíèöû òîëüêî òåõ îáúåêòîâ, êîòîðûå áûëè ïîìå÷åíû âíóò-
ðåííèìè ìàðêåðàìè.
10
Îáîçíà÷èì ÷åðåç G èçîáðàæåíèå ãðàäèåíòà è çà M áèíàðíîå èçîáðàæåíèå ìàðêåðîâ.
Ïóñòü m ìàêñèìàëüíîå çíà÷åíèå ÿðêîñòè ïèêñåëîâ èçîáðàæåíèÿ G, òîãäà:
25
20
20
15
15
10
10
5
5
0
0
0 100 200 300 400 500
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
Y Y
Ðèñ. 15: Ìîðôîëîãè÷åñêèé ãðàäèåíò. Ãðà- Ðèñ. 17: Ïðåîáðàçîâàííûé ãðàäèåíò. Ãðà-
ôèê ôóíêöèè ÿðêîñòè. X = 149 ôèê ôóíêöèè ÿðêîñòè. X = 149
11
2.7 Ýòàï 7. Âûäåëåíèå îáúåêòîâ ñ ïîìîùüþ àëãîðèòìà ñåãìåíòà-
öèè ïî âîäîðàçäåëàì
35
30 Transformed gradient
Watersheds
25
Gray value
20
15
10
0
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
Y
Ðèñ. 18: Âûäåëåíèå îáúåêòîâ ñ ïîìîùüþ àë- Ðèñ. 19: Âûäåëåíèå îáúåêòîâ ñ ïîìîùüþ àë-
ãîðèòìà ñåãìåíòàöèè ïî âîäîðàçäåëàì ãîðèòìà ñåãìåíòàöèè ïî âîäîðàçäåëàì. Ãðà-
ôèê ôóíêöèè ÿðêîñòè. X = 149
12
3 Ýêñïåðèìåíòàëüíàÿ ïðîâåðêà ïðåäëîæåííîãî ìåòîäà
Ñ ïîìîùüþ ðàçðàáîòàííîãî ìåòîäà áûë ïðîâåäåí àíàëèç äåñÿòè ñðåçîâ ãîëîâíîãî ìîçãà
(ïÿòü èçîáðàæåíèé èç îïûòíîé ãðóïïû è ïÿòü èçîáðàæåíèé èç êîíòðîëüíîé ãðóïïû),
îñíîâíûìè çàäà÷àìè êîòîðîãî ÿâëÿëèñü: ñðàâíåíèå ðåçóëüòàòîâ àâòîìàòè÷åñêîãî è ðó÷-
íîãî âûäåëåíèÿ òåðìèíàëåé; ïîäñ÷åò õàðàêòåðèñòèê òåðìèíàëåé; âûÿâëåíèå ðàçëè÷èé â
îïûòíîé è êîíòðîëüíîé ãðóïïàõ. Äëÿ êàæäîãî èçîáðàæåíèÿ è ïî âñåì äåñÿòè èçîáðà-
æåíèÿì âìåñòå áûëè ïîëó÷åíû ñëåäóþùèå äàííûå:
13
 òàáëèöå (1) ïðåäñòàâëåíû ñðåäíèå çíà÷åíèÿ è ñòàíäàðòíûå îòêëîíåíèÿ ðàñïðåäå-
ëåíèé ïëîùàäè è ÿðêîñòè âûäåëåííûõ îáúåêòîâ, ïðè ðàçíûõ ñïîñîáàõ èõ âûäåëåíèÿ è
ãðóïïèðîâêè. Â òàáëèöå (2) äëÿ êàæäîãî ïðîàíàëèçèðîâàííîãî èçîáðàæåíèÿ ïðèâåäåíî
êîëè÷åñòâî âûäåëåííûõ îáúåêòîâ ïðè àâòîìàòè÷åñêîì âûäåëåíèè íà èñõîäíîì èçîáðàæå-
íèè è ïðè ðó÷íîì âûäåëåíèè íà ñëó÷àéíî âûáðàííîì ïðÿìîóãîëüíîì ôðàãìåíòå èñõîäíîãî
èçîáðàæåíèÿ.
èçîáðàæåíèÿ 1ê 2î 3ê 4î 5ê 6î 7ê 8î 9ê 10 î
Àâòîìàòè÷åñêîå âûäåëåíèå 1664 900 1623 891 1423 917 1632 899 1980 1002
Ðó÷íîå âûäåëåíèå 40 11 29 20 36 14 35 11 33 12
4 Çàêëþ÷åíèå
14
íåðãè÷åñêèõ íåéðîíîâ íà èçîáðàæåíèÿõ ôðîíòàëüíûõ ñðåçîâ ñòðèàòóìà. Ðàçðàáîòàííûé
ìåòîä ÿâëÿåòñÿ íîâûì è îðèãèíàëüíûì.
Ñïèñîê ëèòåðàòóðû
[1] Ãîíñàëåñ P., Âóäñ P., Ýääèíñ C. Öèôðîâàÿ îáðàáîòêà èçîáðàæåíèé â ñðåäå MATLAB.
1 edition. Òåõíîñôåðà, 2006. Ïåðåâîä àíãëèéñêîãî èçäàíèÿ Â. Â. ×åïûæîâà.
[2] Ãîíñàëåñ P., Âóäñ P. Öèôðîâàÿ îáðàáîòêà èçîáðàæåíèé. 2 edition. Ìîñêâà: Òåõíî-
ñôåðà, 2006. Ïåðåâîä àíãëèéñêîãî èçäàíèÿ ïîä ðåäàêöèåé Ï. À. ×î÷èà.
[3] Albin R. L., Young A. B., Penney J. B. The functional anatomy of basal ganglia disorders //
Trends Neurosci. 1989. Vol. 12. Pp. 36675.
[5] Soille P. Morphological Image Analysis: Principles and Applications. Berlin: Springer,
2004.
[6] Tipton K. F., Singer T. P. Advances in our understanding of the mechanisms of the
neurotoxicity of mptp and related compounds // J Neurochem. 1993. Vol. 61.
Pp. 11911206.
[8] Vincent L., Soille P. Watersheds in digital spaces: an ecient algorithm based on immersion
simulations // IEEE Trans. Pattern Anal. Machine Intell. 1991. June. Vol. 6,
no. 12. Pp. 583598.
15