BAB I

Pendahuluan
1.1

Latar Belakang
Bioteknologi adalah teknologi pemanfaat mikroba atau produk mikroba yang bertujuan

menghasikan bahan atau jasa tertentu. Secara istilah bioteknologi terdiri dari bio (hidup), teknos
(penerapan), dan logos (ilmu), dapat didefinisikan ilmu yang menerapkan prinsip prinsip
biologi.
Bioteknologi adalah teknologi yang berbasis pada organisme hidup, bioteknologi
merupakan usaha terpadu dari berbagai disiplin ilmu seperti biokimia, mikrobiologi, teknik
kimia, dan genetika, yang kemudian mengkristal menjadi suatu disiplin ilmu yang baru, dan
Bioteknologi Farmasi adalah teknologi yang berbasis organisme hidup menghasilkan produk
produk farmasi dalam jumlah besar yang sangat diperlukan dalam dunia kedokteran
Salah satu bidang dalam Ilmu Bioteknologi adalah Proteomik dan Genomik. Dalam
makalah ini akan dibahas mengenai pengertian proteomic dan genomic, pemisahan protei,
analisis protein, interaksi protein, perkembangan proteomic dan genomic serta aplikasi
Proteomik dan Genomik dalam bidang farmasi.

1.2

Tujuan
Untuk Mengetahui Pengertian dari Proteomik dan Genomik
Untuk Mengetahui Manfaat Proteomik dan Genomik dalam bidang Farmasi

1.3

Manfaat
Makalah ini diharapkan mampu menambah wawasan mahasiswa Farmasi UIN Sarif

Hidayatullah Jakarta dalam ilmu Bioteknologi khususnya dalam bidang Proteomik dan Genomik
serta pemanfaatannya dalam bidang Farmasi.

BAB II
ISI
2.1 Proteomik
Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi. Protein adalah
bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah komponen utama dari jalur
metabolisme fisiologis sel. Istilah "proteomik" pertama kali diciptakan pada tahun 1997 untuk
membuat analogi dengan genomik, penelitian gen. Kata "proteome" adalah campuran dari
"protein" dan "genom", dan diciptakan oleh Marc Wilkins pada tahun 1994 ketika bekerja pada
konsep sebagai mahasiswa PhD.
Proteome adalah komplemen seluruh protein, Sekarang diketahui bahwa mRNA tidak selalu
diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang dihasilkan untuk suatu jumlah tertentu
tergantung pada mRNA gen itu ditranskripsi dari dan pada keadaan fisiologis saat ini sel.
Proteomika menegaskan kehadiran protein dan menyediakan ukuran langsung dari jumlah ini.
Para ilmuwan sangat tertarik di proteomik karena memberikan pemahaman yang lebih baik dari
suatu organisme dari genomik. Pertama, tingkat transkripsi gen hanya memberikan perkiraan
kasar dari tingkat ekspresi menjadi protein.

2.1.1 Pemisahan Protein

Alat pemisahan yang baik terdiri dari dua dimensi gel elektroforesis, yang diciptakan
pada tahun 1970. Sehebat-hebatnya teknik yang ada, tidak akan dapat memisahkan semua
puluhan ribu protein dalam proteome manusia. Rata-rata gel 2-D dapat memisahkan hanya
sekitar 2000 protein sedangkan menggunakan gel yang terbaik hanya bisa memisahkan
sekitar 11000 protein. Masalah ini diperparah oleh kenyataan bahwa kinerja 2-D
elektroforesis tidak dapat diprediksi. Masalah lainnya membran protein terlalu hidrofobik
untuk larut dalam buffer yang digunakan dalam 2D elektroforesis, sehingga tidak bisa
dilihat sama sekali. Akhirnya, banyak protein dalam jumlah kecil seperti dalam sel tidak
dapat dideteksi oleh gel 2-D. Sebagian besar masalah ini sulit dipecahkan namun ilmuwan
telah berusaha menangani masalah resolusi gel 2D dengan menganalisis kompartemen
2

selular yang berbeda secara terpisah misalnya mereka dapat memulai dengan inti atau
bahkan subcompartment seperti nucleolus atau perakitan protein seperti kompleks pori
nuklir. Penelitian proteomic saat ini mengharuskan protein untuk dipisahkan dalam skala
besar. Alat terbaik yang tersedia untuk pemisahan protein adalah 2-D elektroforesis.

2.1.2 Analisis Protein

Setelah protein dipisahkan dan dihitung, bagaimana mereka dianalisis? protein harus
diidentifikasi dan metode terbaik yang tersedia sekarang ini seperti: setiap lokasi yang
dipotong dari gel dan dibelah menjadi peptida dengan bantuan enzim proteolitik. Peptida ini
kemudian dapat diidentifikasi dengan spektrometri massa.

Gambar diatas menggambarkan teknik yang popular dikenal dengan matrixassisted

laser yang waktu desorpsi-ionisasi rumit dari time of flight (MALDI-TOF) sistem
spektrometri massa. Dalam prosedur ini peptida ditempatkan pada matriks, yang
menyebabkan peptida membentuk cystals. maka peptida pada matriks terionisasi dengan
sinar laser dan peningkatan tegangan pada matriks digunakan untuk menembak ion menuju
detektor. dengan asumsi semua ion hanya memiliki satu biaya, waktu untuk membuat ion
mencapai detektor tergantung pada massanya. Massa yg tinggi, semakin lama waktu time of
flight dari ion. Dalam spektrometer massa MALDI-TOF, ion-ion juga dapat dibelokkan
dengan reflektor elektrostatik yang juga memfokuskan sinar ion. sehingga kita dapat
menentukan massa dari ion untuk mencapai detektor kedua dengan presisi yang tinggi dan
3

massa ini dapat mengungkapkan komposisi kimia yang tepat dari peptida. jika seluruh
urutan genom diketahui, kita tahu apa yang dibutuhkan protein, komputer dapat
memberikan informasi dari spektrometer massa untuk mencocokkan setiap tempat di gel 2D
dengan salah satu gen dalam genom, oleh karena itu dapat memprediksi urutan seluruh
protein. Namun dengan mengetahui urutan protein tidak selalu memberi informasi tentang
aktivitas protein, sehingga penelitian lebih lanjut akan diperlukan untuk menentukan
aktivitas pada protein.

2.1.3 Interaksi Protein

Kebanyakan protein bekerja dengan protein lain untuk menghasilkan suatu fungsi
biologis, misalnya pada jalur transduksi sinyal. Banyak protein lain dari kompleks
multiprotein besar berperan pada tugas spesifik, misal :
Ribosom sintesis protein
Proteasom degradasi protein
Beberapa teknik yang digunakan untuk analisa interaksi protein :
Analisis dua hibrid ragi
Merupakan analisa tidak langsung menggunakan aktifasi gen reporter untuk
mwngamati interaksi antara dua bagian aktifator transkripsi kimerik, namun
teknik ini sering gagal untuk mendeteksi interaksi yang diketahui.
Protein microarrays
Protein microarrays dibuat dengan protin yang ditotolkan pada dua sisi
berdampingan dan diperiksa dengan antibody -GST (baris 1 dan 3)
Antibody -GST dideteksi dengan fluoresens untuk menghasilkan titik merah.
Intensitas fluoresens merah mengindikasikan jumlah protein di tiap titik.

 Pada pemeriksaan baris ke 2 dan 4 dipasangkan dengan biotin yang dideteksi

dengan streptavidin untuk tandas fluoresens hijau.
Hasilnya kalmodulin, protein yang terlibat pada banyak proses yang
membutuhkan kalsium dan Liposom.

Kromatografi imunoafinitas diikuti spektrometri massa

Langkah-langkahnya :

Memilih protein umpan yang mampu berinteraksi dengan protein yang lain.
Protein umpan mewakili beberapa kelas yang berbeda, yakni protein kinase,
protein fosfatase, dan protein yang berpartisipasi pada respon kerusakan
DNA.

Pemurnian kompleks protein yang mengandung protein umpan dari ekstrak

sel menggunakan kromatografi imunoaktifitas.

Pemisahan protein di dalam kompleks menggunakan SDS-PAGE

Identifikasi protein. Protein dipotong dari gel dan dicerna dengan tripsin,
peptida yang dihasilkan dianalisis dengan spektrometri massa.

Gambar 1. Skema Kromatografi Imunoafinitas

2.2 Genomik
Tubuh kita terdiri dari sekitar seratus, juta, juta sel (100.000.000.000.000). Masing-masing
sel memiliki satu set lengkap instruksi tentang bagaimana membuat sel-sel kita, komponen dan
komponen milik komponen mereka. Instruksi ini disebut genom. Masing-masing dari
kitamemiliki dua genom. Kita mendapatkan satu salinan genom dari masing-masing orang tua
kita. Sebuah sel sperma (dari ayah) hanya memiliki satu salinan genom dan sel telur (dari ibu)
juga hanya memiliki hanya satu salinan. Genom di setiap sperma atau sel telur adalah campuran
dari genom ayah atau ibu. Pada saat pembuahan, sel sperma dan sel telur bergabung bersama
untuk membuat sel yang berisi dua genom. Telur yang telah dibuahi kemudian memiliki satu set
lengkap instruksi untuk membuat manusia baru.
Studi tentang seluruh genome dari suatu organisme. Genome sendiri adalah keseluruhan
informasi bahan genetik atau material yang diwariskan dari tetuanya kepada keturunannya yang
ada pada suatu organism disebut Genomik. Genom kita terbuat dari bahan kimia yang disebut
6

DNA. Surat-surat DNA berdiri untuk asam deoksiribonukleat tapi itu tidak benar-benar penting.
Yang penting adalah bentuk unik dari DNA. DNA berbentuk seperti tangga memutar.
Bayangkan sebuah tangga yang terbuat dari karet. Jika Anda memegang bagian bawah tangga
dengan tegas dan memutar tutupnya, bentuk yang akan Anda ciptakan adalah bentuk yang sama
dengan DNA yang Anda miliki. Peneliti menyebut bentuk ini 'double helix'. DNA ditemukan
pada tahun 1869 oleh Johann Friedrich Miescher, seorang ahli Biokimia dari Swiss yang bekerja
di Tbingen, Germany. Miescher pertama kali mengekstrak dari sel-sel darah putih dan
memperoleh campuran antara DNA dan protein-protein kromosom. Ekstrak berikutnya yang
diperoleh adalah asam nukleat murni dari sperma ikan salmon. Uji kimiawi DNA tersebut
menunjukkan bahwa DNA yang ditemukan Miescher bersifat asam dan banyak mengandung
fosfor.

2.2.1 Materi Genetik (DNA dan RNA)

Asam Nukleat
Adalah polimer nukleotida yang berperanan dalam penyimpanan serta pemindahan
informasi genetik . Satu unit monomer terdiri dari ketiga komponen dinamakan nukleotida
terdiri atas tiga bagian yaitu :
1. Basa nitrogen : cincin purin atau pirimidin
Yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C no 1 suatu molekul gula (ribosa atau
deoksiribosa) melalui ikatan N-glikosidik. Ada dua macam basa nitrogen yang
menyusun asam nukleat yaitu:

Basa pirimidin terdiri dari Thymine (T), cytosine (C ) dan Uracil (U).

2. Molekul gula dengan 5 atom C (pentosa)

Basa DNA gulanya adalah gula pentosa yaitu 2-deoksirobosa dan pada RNA
gulanya adalah ribosa. Perbedaan anatar kedua bentuk gula tersebut yaitu panda atom
7

C no 2.Pada DNA atom C no 2 berikatan dengan atom H, sedangkan panda RNA

atom C no 2 berikatan dengan OH.
3. Gugus fosfat
Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom
karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. .
Gugus fosfat inilah yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat.

Tiga

tahun

sebelum

Miescher

menemukan

DNA,

Gregor

Mendel

telah

mempublikasikan hasil percobaan perkawinan kacang ercis dan menghipotesiskan bahwa

pewarisan genetik dikendalikan oleh unit factors, materi yang oleh para ahli genetika
sekarang disebut gen.
Gen adalah unit molekul DNA atau RNA dengan panjang minimum tertentu yang
membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu protein, atau yang
menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA (RNA ribosom) atau tRNA (transfer
RNA). Secara keseluruhan kumpulan gen-gen yang terdapat di dalam setiap sel individu
organisme disebut sebagai genom. Dengan perkataan lain, genom suatu organisme adalah
kumpulan semua gen yang dimiliki oleh organisme tersebut pada setiap selny.
8

Semua makhluk hidup memiliki DNA, dikemas ke dalam sel mereka. Dalam
organisme kecil seperti bakteri, DNA melingkar ke dalam bungkusan kecil yang melingkar.
Pada tumbuhan dan hewan, DNA erat dikemas ke dalam bundel, melilit rangka protein. Jika
kita melihat DNA di bawah mikroskop, kadang-kadang kita bisa melihat bundel protein ini
dan DNA, yang disebut kromosom. Jumlah DNA dan jumlah kromosom dalam sel
organisme tergantung pada spesies asalnya. Manusia memiliki 46 kromosom (23 pasang),
tetapi ikan mas memiliki 104 kromosom (52 pasang), sedangkan kacang kedelai memiliki
12 kromosom (6 pasang).
Tabel. Jumlah kromosom pada genom beberapa spesies organisme eukariot :
Spesies organisme

Jumlah kromosom haploid (n)

Eukariot sederhana
Saccharomyces cerevisiae

16

Neurospora crassa

Chlamydomonas reinhardtii

17

Tumbuhan
Zea mays

10

Triticum aestivum

21

Lycopersicon esculentum

12

Vicia faba

Sequoia sempivirens

11

Arabidopsis thaliana

Hewan avertebrata
Drosophila melanogaster

Anopheles culicifacies

Asterias forbesi

18

Caenorhabditis elegans

Mytilus edulis

14

Vertebrate
Esox lucius

25

Xenopus laevis

17

Gallus domesticus

39

Mus musculus

20

Felis domesticus

36

Pan tryglodites

24

Homo sapiens

23

2.2.2 Genom Manusia

Genom manusia meliputi genom kromosom (informasi genetik yang terdapat di
dalam inti sel) dan genom mitokondrial (informasi genetik yang ada di luar inti sel atau
berada di sitoplasma).

2.2.3 Genom Inti

Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota mengacu pada informasi genetik
berupa kromosom, di dalam inti sel. Genom inti pada manusia terdiri dari 3.200.000.000
nukleotida dari DNA. Genom inti tersusun dari 24 kromosom yang terdiri dari 22 autosom
dan 2 kromosom sex yaitu X dan Y

10

2.2.4 Genom Mitokondria

Genom mitokondria merupakan molekul DNA yang berbentuk sirkuler tertutup dan
berada pada matriks mitokondria (organel yang memproduksi energi). Genom mitokondria
berukuran 16.569 pasang basa dan ukurannya lebih kecil daripada genom inti (lihat gambar)

Genom mitokondria (mtDNA) terkemas lebih tertutup daripada genom inti, kecil dan
kompak, serta tidak mempunyai intron. Genom mitokondria mempunyai 37 gen. Tiga belas
(13) gen mengkode protein dalam respirasi kompleks, komponen biokimia penting dari
mitokondria penghasil energi. Dua puluh empat (24) gen yang lain mengkode molekul RNA
non-coding (22 tRNA dan 2 rRNA) yang dibutuhkan dalam ekspresi genom mitokondria.

2.2.5 Organisasi Genom Mitokondria

Sebagian besar eukariot mempunyai genom mitokondria. Genom manusia bervariasi
ukurannya dan kompleks, tidak bergantung kekompleksitasan organismenya. Semua organel
genom merupakan molekul DNA sirkuler. Setiap genom mitokondria manusia berisi sekitar
10 molekul yang serupa, ada 8000 per sel dan tidak mempunyai intron. Genom mitokondria
berisi gen pengkode rRNA non-coding dan beberapa komponen protein rantai respirasi,
yang merupakan biokimia penting mitokondria.Genom yang lain juga mengkode tRNA,
11

protein ribosomal, dan protein yang terlibat dalam transkripsi, translasi dan transport protein
lain ke dalam mitokondria dari sitoplasma.

2.2.6 Kode DNA

Protein adalah blok bangunan untuk sebagian besar tubuh Anda. Dengan cara yang
sama bahwa dinding yang sebagian besar terbuat dari batu bata, tubuh Anda sebagian besar
terbuat dari protein. Kita berbicara tentang gen yang memiliki karakteristik yang berbeda.
Misalnya, jika Anda mendengar tentang 'gen untuk warna mata', itu berarti bahwa gen kode
untuk pigmen protein dalam iris masing-masing mata kita. Gen bisa datang dalam versi
yang berbeda. Beberapa orang versi kode untuk protein yang membuat mata mereka terlihat
biru sedangkan versi orang lain membuat protein yang membuat mata mereka tampak
coklat. Penyusun protein adalah asam amino. Untuk membangun protein kita perlu
membangun rantai panjang asam amino. Ada 20 jenis asam amino, sehingga ada banyak
rantai protein yang berbeda yang bias kita bangun. Ahli biologi memberikan asam amino
kode huruf, seperti untuk DNA. Ini jauh lebih mudah daripada menuliskan seluruh nama
setiap waktu. Sebagai contoh, M adalah metionin, L adalah leusin, F adalah fenilalanin
(karena P adalah prolin). Kode DNA menggunakan kelompok tiga 'huruf' untuk membuat
makna. Ini berarti bahwa ketika sel membaca instruksi dikodekan dalam urutan DNA untuk
membuat protein, sel membacanya tiga huruf pada suatu waktu. Sebagian kelompok tiga
huruf - yang dikenal sebagai triplet atau kodon - kode untuk asam amino.

Karena ada empat huruf DNA yang berbeda (A, G, C dan T), ada 4 x 4 x 4 = 64
kombinasi yang berbeda yang dapat digunakan. Namun, karena hanya ada 20 jenis asam
amino, beberapadari 64 kodon ini mengkode asam amino yang sama. Beberapa dari 64
12

kodon ini tidak mengkode untuk salah satu asam amino. Sebaliknya mereka memberikan
tanda baca dan tata bahasa, seperti di mana sel harus memulai dan berhenti membaca urutan.

2.3 Perkembangan Proteomik dan Genomik

Sejak awal abad ke-21, dunia kedokteran telah mengalami banyak revolusi, khususnya pada
aspek epidemiologi molekular. Salah satu penemuan yang menjadi tonggak kemajuan ilmu
medis adalah genomik. Genomik merupakan salah satu teknik biologi molekular yang
dikembangkan dari teori ekspresi, regulasi, dan struktur gen dalam tubuh manusia.
Awal genomika dimulai tahun 1977 dengan penelitian sekuensing DNA pertama kali oleh
Fred Sanger, Walter Gilbert, dan Allan Maxamyang bekerja secara terpisah. Tim Sanger berhasil
melakukan sekuensing seluruh genom Bakteriofag -X174.
Kemudian penelitian genomika berlanjut di tahun - tahun berikutnya dengan penelitian
diantaranya tahun 1983 Perbanyakan (amplifikasi) DNA dapat dilakukan dengan mudah setelah
Kary Banks Mullis menemukan Reaksi Berantai Polymerase (PCR); Tahun 1985 Alec Jeffreys
menemukan teknik sidik jari genetik; Tahun 1989 Sekuensing pertama kali terhadap gen manusia
pengkode protein CFTR penyebab cystic fibrosis; Tahun 1989 Peletakan landasan statistika yang
kuat bagi analisis lokus sifat kuantitatif (analisis QTL) ; Tahun 1995 Sekuensing genom
Haemophilus influenzae, yang menjadi sekuensing genom pertama terhadap organisme yang
hidup bebas; Tahun 1996 Sekuensing pertama terhadap eukariota: khamir Saccharomyces
cerevisiae; Tahun 1998 Hasil sekuensing pertama terhadap eukariota multiselular, nematoda
Caenorhabditis elegans, diumumkan; Tahun 2001 Draf awal urutan genom manusia dirilis
bersamaan dengan mulainya Human Genome Project; Tahun 2003 Proyek Genom Manusia
(Human Genome Project) menyelesaikan 99% pekerjaannya pada tanggal (14 April) dengan
akurasi 99.99% [1]
Seiring berjalannya waktu, genomik dirasa masih kurang mampu menjawab proses
kompleks dalam tubuh manusia yang terdiri atas kurang lebih 100.000 gen. Setiap gen dapat
menghasilkan lebih dari satu jenis protein dengan fungsi yang beragam. Kombinasi jenis protein
yang berbeda akan menghasilkan fungsi yang berbeda pula. Dalam hal ini, genomik tidak bisa
13

digunakan untuk memprediksi stuktur dan properti dinamis dari semua rangkaian protein
tersebut.
Oleh karena itu, muncullah istilah proteomik yang secara khusus mempelajari tentang
struktur dan fungsi protein. Penelitian yang dilakukan oleh Akhter J dkk pada tahun 2009
menyebutkan bahwa proteomik sangat bermanfaat dalam kedokteran klinis untuk uji diagnostik
dan prognosis, identifikasi target terapeutik, serta terapi penyakit tertentu.
Proteomik telah terbukti dapat mendiagnosis penyakit infeksi seperti tuberkulosis. Teknik
ini digunakan untuk mengidentifikasi protein yang disekresikan secara in vitro pada proses
isolasi klinis. Dua di antara protein yang ditemukan, yaitu rRv3369 and rRv3874, menunjukkan
potensi tinggi sebagai antigen serodiagnosis dengan sensitifitas 60%-74% dan spesifisitas 96%97%. Kedua protein tersebut ternyata merupakan kandidat potensial untuk dasar tes skrining
serum. Selain tuberkulosis, penyakit lain yang juga bisa didiagnosis melalui metode proteomik
adalah SARS.
Sebuah penelitian yang dilakukan oleh National Cancer Institute di Bethesda melaporkan
bahwa proteomik bisa digunakan sebagai alat diagnostik kanker ovarium. Melalui metode
penelitian case-control menggunakan serum dari 50 pasien kanker dan 50 subjek kontrol serta
proses algoritma komputer, ditemukan adanya pola protein tertentu pada pasien kanker ovarium.
Teknik analisis perbandingan pola protein juga pernah digunakan untuk mendeteksi kanker
prostat.
Dalam mengidentifikasi kasus kanker payudara, proteomik dapat digunakan dengan
menggunakan Nipple Aspirate Fluid (NAF). Metode ini memiliki beberapa keuntungan
dibandingkan dengan teknik diagnosis lainnya karena non invasif serta relatif lebih murah dan
mudah. Penelitian dari Schwartz SA dkk pada tahun 2005 yang melibatkan 108 subjek
menemukan hasil yang lebih rinci. Bukan hanya menjadi penanda gejala keganasan, proteomik
juga dapat menjadi indikator pertahanan ketahanan hidup pasien kanker neurologi.
Peran proteomik tidak berhenti hanya pada tahap diagnosis penyakit, tetapi juga berlanjut
hingga tahap terapi. Proteomik dapat memprediksi efikasi obat dan juga menjelaskan beberapa
masalah teraupetik lainnya seperti resistensi obat. Pada beberapa kasus, permasalahan resistensi
obat kadang disertai mekanisme yang tidak jelas. Akan tetapi, melalui proteomik kini data
14

mengenai genetik dan protein dari berbagai mikroorganisme telah tersedia dan dapat digunakan
sebagai alat untuk mengetahui mekanisme resistensi terhadap obat. Selain itu, data
mikroorganisme tersebut juga bisa dijadikan acuan dalam mengidentifikasi agen-agen baru yang
mungkin bisa mengatasi resistensi.
Berdasarkan manfaat-manfaat yang telah dihasilkan oleh proteomik, metode ini dapat
menjadi sebuah arahan baru dalam dunia kedokteran klinis dan laboratorium. Namun, di sisi lain
para peneliti terus berupaya menggali lebih dalam perihal teknik proteomik.

2.4 Aplikasi dan Manfaat Proteomik dan Genomik

Berdasarkan jurnal Application of Genomics of Toxicology Research, aplikasi dari informasi
ekspresi gen dan polimorfis memencakup 4 area dalam toksikologi yaitu :
1. Toxicity testing
2. Cross spesies extrapolation
3. Understanding mechanism of action
4. Dan susceptibility

Aplikasi Proteomic juga digunakan dalam :

1. Diagnosa kanker dibahas dalam jurnal From genomics to proteomics : techniques and
applications in cancer research oleh Daniel B. Martin, et al tahun 2001
2. Diagnosa kanker juga dibahas pada jurnal Applications of proteomic techniques in
cancer Research oleh Preeti Roy, et al tahun 2008.
3. Diagnosa penyakit diabetes dibahas pada jurnal Proteomic Identification of Salivary
Biomarkers of Type-2 Diabetes oleh Paturi V. et al tahun 2009.

2.4.1 Human Genome Project

Proyek genome manusia adalah program penelitian internasional yang bertujuan
untuk memetakan secara lengkap dan memahami semua gen manusia. Tujuan utama dari
proyek genom manusia adalah untuk memberikan urutan lengkap dan akurat dari 3 milyar
pasangan basa DNA yang membentuk genom manusia dan untuk menemukan semua
15

dariperkiraan 20000 sampai 25000 gen manusia. Proyek ini juga bertujuan untuk
mengurutkan genom beberapa organism lain yang penting untuk penelitian medis, seperti
tikus dan lalat buah.
Selain sequencing DNA, proyek genom manusia juga berusaha mengembangkan alat
baru untuk dapat mengembangkan dan menganalisis data dan membuat informasi ini
tersedia secara luas. Proyek genom manusia juga berkomitmen untuk mengeksplorasi
konsekuensi dari penelitian genommelauli etika, hokum, dan social implikasinya.
HGP telah menjadi usaha internasional untuk memahami struktur dan fungsi dari
genom manusia. Banyak negara yang berpartisipasi sesuai dengan minat khusus mereka dan
kemampuan . Koordinasi informal dan umumnya dilakukan ditingkat ilmuwan. Komponen
AS dari proyek ini adalah disponsori oleh National Human Genome Research Institute di
National Institutes of Health ( NIH ) dan Kantor Biologi dan Penelitian Lingkungan di
Departemen Energi ( DOE ). HGP telah mendapatkan banyak manfaat dari

mitra

kontribusi internasional. Sektor swasta juga telah memberikan bantuan. Kolaborasi ini akan
terus berlanjut, dan banyak yang akan berkembang. Keduanya, NIH dan DOE menyambut
partisipasi dari semua pihak yang berkepentingan dalam pemenuhan tersebut tujuan utama
HGP, yang adalah untuk mengembangkan dan mempercepat penelitian untuk meningkatkan
kehidupan semua orang.
Tujuan spesifik untuk tahun 1998 sampai dengan tahun 2003
Bagian berikut ini menguraikan delapan tujuan utama untuk HGP atas 5 tahun ke
depan . Tabel 1 memberikan gambaran tentang fitur kuantitatif dari tujuan-tujuan baru dan
membandingkannya dengan tujuan dari 1993. Informasi tentang prestasi dari 1993 gol juga
disertakan. Gambar 1 menggambarkan dana HGP AS diterima sampai saat ini .

16

17

Ada beberapa tujuan Human Genome Project, yaitu :

1. Human DNA Sequence
Menyediakan lengkap, urutan berkualitas tinggi genom manusia DNA untuk
komunitas riset sebagai sumber data yang tersedia untuk publik terus menjadi tujuan
prioritas tertinggi HGP itu. Perkembangan teknologi terbaru dan pengalaman dengan
sequencing skala besar memberikan peningkatan kepercayaan bahwa akan mungkin
untuk menyelesaikan akurat, urutan berkualitas tinggi genom manusia pada akhir
tahun 2003, 2 tahun lebih cepat dibandingkan sebelumnya diperkirakan. Bar sekitar 6
% dari urutan genom manusia telah selesai sejauh ini (Gambar 2).
Urutan selesai pada akhir tahun 2003 merupakan tantangan besar , tapi dalam
jangkauan dan layak risiko dan usaha . Menyadari tujuan akan memerlukan upaya
intens dan berdedikasi dan kelanjutan dan perluasan semangat kolaboratif urutan
internasional masyarakat. Ketersediaan urutan manusia tidak akan berakhir perlunya
sequencing skala besar. Interpretasi penuh urutan yang akan membutuhkan lebih
banyak informasi urutan dari banyak organisme lain, serta informasi tentang variasi
urutan pada manusia ( lihat jugaTujuan 3, 4, dan 5). Dengan demikian, pembangunan
berkelanjutan , jangka panjang sekuensing kapasitas yang penting adalah tujuan dari
HGP. Mencapai tujuan berikut ini akan membutuhkan kapasitas minimal 500
megabases ( Mb ) dari urutan per tahun selesai pada akhir 2003.
Rencana Sequencing DNA :
a) Selesai urutan genom manusia yang lengkap pada akhir 2003.
b) Selesai sepertiga dari urutan DNA manusia pada akhir 2001. Dengan
diantisipasi skala-up sekuensing kapasitas, seharusnya mungkin untuk
memperluas produksi urutan selesai (Gambar 2 ) untuk mencapai
penyelesaian 1 Gb urutan manusia oleh HGP seluruh dunia akhir tahun 2001 .
c) Mencapai cakupan minimal 90 % dari genom dalam bekerja rancangan
berdasarkan klon dipetakan pada akhir tahun 2001. Pada masyarakat saat ini,
Strategi sequencing didasarkan pada klon dipetakan dan terjadi dalam dua
fase. Yang pertama, atau "senapan" fase, melibatkan penentuan acak sebagian
besar urutan dari klon dipetakan kepentingan. metode untuk melakukan hal ini
sekarang sangat otomatis dan efisien. senapan dipetakan dirakit menjadi
18

produk ("bekerja draft" urutan) yang meliputi sebagian besar daerah bunga
tapi masih mungkin berisi kesenjangan dan ambiguitas. Kedua, finishing
phase, kesenjangan diisi dan perbedaan diselesaikan . Saat ini, tahap finishing
lebih banyak tenaga kerja intensif daripada fase senapan
d) Membuat urutan total dan bebas diakses . HGP dimulai karena pendukungnya
percaya bahwa urutan manusia seperti sumber daya ilmiah berharga yang
harus dibuat benar-benar dan secara terbuka dan tersedia untuk semua orang
yang ingin menggunakannya . Hanya ketersediaan luas dan sumber daya yang
unik maksimal akan merangsang penelitian yang pada akhirnya akan
meningkatkan kesehatan manusia.

2. Teknologi Sekuensing
Teknologi sekuensing DNA telah meningkat secara dramatis sejak proyek genom
dimulai. Jumlah urutan yang diproduksi setiap tahun terus meningkat, kini pusat
individu memproduksi puluhan juta pasangan urutan basa pertahun. Teknologi
sekuensing jauh lebih efisien akan dibutuhkan dari pada yang tersedia saat ini. Selain
itu, penelitian harus didukung dengan teknologi baru yang akan membuat throughput
DNA yang lebih tinggi, sekuensing yang efisien, akurat , dan hemat biaya ,sehingga
memberikan dasar untuk alat analisis genom canggih lainnya.
Kemajuan harus dicapai dalam tiga bidang :
a. Terus meningkatkan throughput dan mengurangi biaya urutan teknologi saat
ini.
b. Dukungan penelitian tentang teknologi baru yang dapat menyebabkan
perbaikan yg signifikan dalam teknologi sekuensing.
c. Mengembangkan metode yang efektif untuk memajukan pengembangan dan
pengenalan teknologi sekuensing baru ke proses sekuensing.

3.

Urutan Variasi Genom Manusia

Variasi urutan alami adalah properti fundamental dari semua genom. Setiap dua

genom manusia haploid menunjukkan beberapa situs dan jenis polimorfisme.

Beberapa memiliki implikasi fungsional. Polimorfisme yang paling umum dalam
19

genom manusia perbedaan pasangan basa tunggal, juga disebut polimorfisme

nukleotida tunggal (SNP).
Jenis lain dari variasi urutan, seperti perubahan nomor copy, pemasukan, delesi,
duplikasi, dan penyusunan ulang juga ada, tetapi pada frekuensi rendah dan
distribusinya kurang dipahami. Informasi dasar tentang jenis, frekuensi, dan distribusi
polimorfisme dalam genom manusia dan populasi manusia sangat penting untuk
kemajuan dalam genetika manusia.
SNP yang melimpah, stabil, didistribusikan secara luas di seluruh genom, dan
meminjamkan diri untuk analisis otomatis pada skala yang sangat besar, misalnya,
dengan teknologi DNA array. Karena sifat ini, SNP akan menjadi keuntungan untuk
pemetaan sifat kompleks seperti kanker, diabetes, dan penyakit mental.
Ketersediaan awal rancangan kerja genom manusia sangat harus memfasilitasi
penciptaan padat peta SNP.
a. Mengembangkan teknologi yang cepat, identifikasi berskala besar atau
penilaian, atau keduanya, dari SNP dan varian urutan DNA lain.
b. Mengidentifikasi varian umum di daerah pengkodean mayoritas gen yang
diidentifikasi selama periode 5 tahun.
c. Buat peta SNP minimal 100.000 penanda.
d. Mengembangkan landasan intelektual untuk studi variasi urutan.
e. Menciptakan sumber daya publik sampel DNA dan garis sel.

4. Teknologi untuk Genomics Fungsional

Ketersediaan seluruh sekuens genom yang memungkinkan pendekatan baru untuk
biologi sering disebut fungsional genomik-penafsiran fungsi sekuen DNA pada skala
genom. Metode saat ini untuk mempelajari fungsi DNA pada skala genom meliputi
perbandingan dan analisis pola urutan langsung untuk menyimpulkan fungsi, analisis
skala besar dari messenger RNA dan protein produk gen, dan berbagai pendekatan
untuk gangguan gen. Karakterisasi skala besar dari transkrip gen dan protein produk
mendasari analisis fungsional mereka. Oleh karena itu, mengidentifikasi dan
sequencing serangkaian panjang cDNA lengkap yang mewakili semua gen manusia
harus menjadi prioritas tinggi.
20

a. Mengembangkan sumber daya cDNA.

b. Mendukung penelitian tentang metode untuk mempelajari fungsi urutan nonprotein-koding.
c. Mengembangkan teknologi untuk analisis komprehensif ekspresi gen.
d. Meningkatkan metode untuk mutagenesis genome.
e. Mengembangkan teknologi untuk analisis protein secara global.

5. Perbandingan Genomik
Karena semua organisme terkait melalui pohon evolusi yang sama, studi satu
organisme dapat memberikan informasi berharga tentang orang lain. Sebagian besar
kekuatan genetika molekuler muncul dari kemampuan untuk mengisolasi dan
memahami gen dari satu spesies berdasarkan pengetahuan tentang gen terkait di
spesies lain.
Perbandingan antara genom yang jauh terkait memberikan wawasan yang
universal mengenai mekanisme biologis dan cara mengidentifikasi model
eksperimental untuk mempelajari proses yang kompleks. Perbandingan antara genom
yang terkait erat memberikan wawasan yang unik ke dalam rincian struktur dan
fungsi gen. Dalam rangka untuk memahami genom manusia sepenuhnya, analisis
genomik pada berbagai organisme model erat dan jauh terkait satu sama lain harus
didukung.
Sekuensing genom E. coli dan S. cerevisiae, dua dari lima model organisme yang
ditargetkan dalam rencana 5-tahun pertama, telah selesai. Ketersediaan urutan ini
telah menyebabkan penemuan banyak gen baru dan elemen fungsional lainnya dari
genom. Ini telah memungkinkan ahli biologi untuk berpindah dari mengidentifikasi
gen studi sistematis untuk memahami fungsi mereka. Penyelesaian dari urutan DNA
dari organisme model yang tersisa, C. elegans, D. melanogaster, dan tikus, terus
menjadi prioritas tinggi dan harus dilanjutkan secepat sumber daya yang tersedia
memungkinkan.

Model

organisme

tambahan

akan

perlu

dianalisis

untuk

memungkinkan manfaat penuh dari genomik komparatif untuk direalisasikan.

Kebutuhan yang sedang berlangsung ini adalah alasan utama untuk peningkatan
kapasitas sekuensing yang berkelanjutan.
21

a.

Melengkapi urutan genom C. elegans pada tahun 1998.

b.

Melengkapi urutan genom Drosophila tahun 2002.

c.

Genom tikus.
o Mengembangkan sumber daya fisik dan pemetaan genetik.
o Mengembangkan sumber daya tambahan cDNA.
o Lengkapi urutan genom tikus tahun 2005.

d.

Mengidentifikasi organisme model lainnya yang dapat membuat kontribusi

besar untuk memahami genom manusia dan mendukung penelitian genom
yang tepat.

6. Etika, Hukum, dan Implikasi Sosial

Kemajuan dalam pemahaman tentang genetika manusia dan genomik akan
memiliki implikasi penting bagi individu dan masyarakat. Pemeriksaan terhadap
etika, hukum, dan implikasi sosial dari penelitian genom, merupakan komponen
integral dan penting dari HGP. Dalam kerjasama yang unik, ilmuwan biologi dan
sosial, profesional kesehatan, sejarawan, ahli hukum, dan lain-lain berkomitmen
untuk mengeksplorasi isu-isu ini sebagai proyek yang sedang berlangsung. Program
Elsi telah menghasilkan sebuah badan substansi beasiswa di bidang privasi dan
penggunaan informasi genetik, integrasi yang aman dan efektif terhadap informasi
genetik dalam pengaturan klinis, isu-isu etis disekitar penelitian genetika, dan
pendidikan profesional dan publik. Hasil penelitian ini telah digunakan untuk
menuntun pelaksanaan penelitian genetik dan pengembangan terkait kebijakan
kesehatan profesional dan masyarakat. Program Elsi juga mendorong pemeriksaan
masalah serupa di daerah lain dari ilmu biologi dan medis.
Kesuksesan dari program Elsi akan memerlukan perhatian terhadap tantangan
baru yang disajikan oleh kemajuan pesat dalam genetika dan aplikasinya. Proyek
genom semakin dekat untuk menyelesaikan urutan genom manusia pertama dan mulai
mengeksplorasi variasi urutan manusia dalam skala besar, hal itu akan menjadi
penting bagi para ilmuwan biomedis, peneliti Elsi, dan pendidik untuk memusatkan
perhatian pada etika, hukum, dan implikasi sosial terhadap perkembangan bagi
individu, keluarga, dan masyarakat.
22

Tujuan utama Elsi selama 5 tahun ke depan adalah:

a. Pemeriksaan isu seputar penyelesaian urutan DNA manusiadan studi variasi
genetik manusia.
b. Pemeriksaan isu yang diangkat oleh integrasi teknologi genetika dan
informasi pelayanan kesehatan dan kegiatan kesehatan masyarakat.
c. Pemeriksaan isu yang diangkat oleh integrasi pengetahuan tentang genomik
dan interaksi gen-lingkungan dalam pengaturan nonklinik
d. Mengeksplor tentang cara di mana pengetahuan genetika baru dapat
berinteraksi dengan berbagai vriasi perspektif filosofis, teologis, dan etis.
e. Mengeksplor bagaimana faktor-faktor sosial ekonomi dan konsep ras dan
etnis mempengaruhi penggunaan, pemahaman, dan interpretasi informasi
genetika, pemanfaatan layanan genetika, dan pengembangan kebijakan.

7. Bioinformatika dan Komputasi Biologi

Dukungan bioinformatika penting untuk pelaksanaan proyek-proyek genom dan
untuk akses publik output mereka. Kebutuhan bioinformatika untuk proyek genom
terbagi dalam dua bidang: (i) database dan (ii) pengembangan alat-alat analisis.
Pengumpulan, analisis, penjelasan, dan penyimpanan jumlah yang semakin
meningkat dari pemetaan, spengurutan, dan ekspresi data dalam akses publik,
database yang user-friendly sangat penting bagi keberhasilan proyek. Selain itu,
masyarakat membutuhkan metode komputasi yang akan memungkinkan para
ilmuwan untuk mengekstrak, melihat, menerangkan, dan menganalisis informasi
genom secara efisien. Dengan demikian, proyek genom harus terus berinvestasi
secara substansial dalam bidang ini. Konservasi sumber daya melalui pengembangan
perangkat lunak portabel harus didorong.
a. Meningkatkan konten dan utilitas database.
b. Mengembangkan alat yang lebih baik untuk generasi data, menangkap, dan
penjelasan.
c. Mengembangkan dan meningkatkan alat dan database untuk studi fungsional
lengkap.

23

d. Mengembangkan dan meningkatkan alat untuk mewakili dan menganalisis

kesamaan urutan dan variasi.
e. Membuat mekanisme untuk mendukung pendekatan yang efektif untuk
produksi yang kokoh, perangkat lunak yang dapat diekspor sehingga dapat
secara luas dibagi.

8. Pelatihan
Di masa lalu, proyek genom memiliki manfaat yang sangat besar dari bakat
ilmuwan nonbiological, dan partisipasi mereka di masa depan mungkin akan lebih
penting. Ada kebutuhan mendesak untuk melatih para ilmuwan lainnya di daerah
interdisipliner untuk dapat berkontribusi terhadap genomik. Berbagai program harus
dikembangkan untuk mendorong pelatihan kedua ilmuwan biologi dan nonbiologi
untuk karir dalam bidang genomik, terutama mengenai kekurangan orang yang
terlatih dalam bioinformatika. Dibutuhkan pula ilmuwan yang dilatih dalam
keterampilan manajemen yang diperlukan untuk memimpin upaya memproduksi data
dalam skala besar. Kebutuhan lain yang mendesak adalah bagi para sarjana yang
dilatih untuk melakukan studi tentang dampak sosial dari penemuan genetik. Sarjana
tersebut harus memiliki pengetahuan terkait ilmu genom dan ilmu sosial. Pada
akhirnya, lingkungan akademik yang stabil dalam ilmu genomik harus diciptakan
sehingga penelitian inovatif dapat dipelihara dan dapat menjamin pelatihan orang
baru. Yang terakhir adalah tanggung jawab sektor akademis, tetapi lembaga donor
juga dapat mendorong melalui program yang mereka berikan.
a. Memelihara pelatihan keterampilan ilmuwan dalam penelitian genomik
b. Mendorong terbentuknya jalur karir akademik untuk ilmuwan genom.
c. Meningkatkan jumlah sarjana yang memiliki pengetahuan di kedua ilmu
genomik dan genetik dan dalam etika, hukum, atau ilmu-ilmu sosial.

24

BAB III
Penutup

3.1 Kesimpulan

Proteomik dan Genomik adalah

25

DAFTAR PUSTAKA
Daniel B. Martin, et al.2001.From genomics to proteomics:trchniques and applications in cancer
research.
Preeti Roy, et al.2008.Applications of proteomic techniques in cancer Research.
Thomas, S Russell.2002.Application of Genomics of Toxicology Research.
V. Paturi, et al. 2009. Proteomic Identification of Salivary Biomarkers of Type-2 Diabetes
New Goals for the U.S. Human Genome Project:1998-2003.Science vol 282.1998
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21134/

26