La fundacin de la Universidad en la ciudad de Arequipa, como institucin, fue
concedida por el Rey Felipe V quien otorg la Licencia de Universidad Real y
Pontificia Intra Clausura en el convento de Santo Domingo, por cdula de 22 de enero de 1714 y qued inaugurada solemnemente en 1719, por gestin de los padres Dominicos. Por problemas econmicos la Universidad paraliz su gestin acadmica, segn consta en el trabajo publicado en la Revista Universitaria en 1929, por el maestro arequipeo Federico M. Ugarte. Posteriormente, se acord la fundacin de un Colegio Real y la Universidad Pontificia constituida segn las normas de la clebre Universidad de Alcal de Henares, segn consta en los Documentos para la Historia de la Universidad del historiador arequipeo Padre Vctor M. Barriga publicados en la Revista Nro. 37 de la UNSA. Un hito fundamental lo constituy la fundacin de la Academia Lauretana, el 10 de diciembre de 1821 en el templo de La Compaa, consagrada a la Santsima Virgen de Loreto. El Libertador Simn Bolvar, en su Cuartel General en la Ciudad de Puno, el 6 de agosto de 1825, por intermedio del secretario general interino don Felipe Santiago de Estens, hizo llegar al seor prefecto de Arequipa, don Antonio Gutirrez de la Fuente, una ordenanza para la constitucin de los establecimientos de ciencias y artes, salubridad pblica. Segn consta en el documento de la Secretara de la Universidad del 12 de noviembre de 1830, el propio Bolvar no expidi el documento, sino que se hizo por encargo. El verdadero propulsor del Colegio de la Independencia Americana y la Universidad fue el prefecto don Antonio Gutirrez de la Fuente, con el apoyo y auspicio de los miembros de la Academia Lauretana. Como puede apreciarse de este nico documento, pues no existe ni se conoce un Decreto propiamente expedido por Bolvar creando el Colegio de la Independencia Americana y la Universidad, sino un encargo en general para la creacin de instituciones de ciencias y artes; el verdadero propulsor de ambas instituciones fue el prefecto don Antonio Gutirrez de la Fuente, con el apoyo y total auspicio de los miembros de la Academia Lauretana, tal como se conoce en un documento de la Secretara de la Universidad del 12 de noviembre de 1830, publicado en la imprenta del gobierno. Es as, que el 11 de noviembre de 1828, en una ceremonia, se declar instalada la Universidad Nacional del Gran Padre San Agustn del Departamento de Arequipa segn consta en el Acta de su Fundacin.