Kode substrat^

Dy ni yang kita perlukan tu substrat dan enzim, airnya harus dihilangkan .

Di VMD mengekstrak belum bisa dilakukan. Kito bisa mengekstrak make
Chimera.
Open di chimera
ini untuk milih warna

Wuhuuuuu

Yang hijau tu artinyo yg deselect. Apapun yg kita tekan akan berpengaruh di

hijau ini be.

Dah, save. Buka baru.

Delete

Atom H 1 nyo masih nol tapi seharusnyo bagian O nyo H nyo +.

soalnyo bukan standar, stndar tualanin dsb.

Wuhuuuu

Dy ni kan ado sebaran e, jadi kito bisa ngasih muatan.

Dah, buka VMD lg.

Buka tanpa substrat untuk dianukin dengan NAMD , dy ni la ado data ttg asm
amino.

Terus load

Noooo.
Create chain.

ini buka yg psf dulu terus baru yg pdb.

Baru kito mengkondisikan simulasinya.

Working dire ni tempat nyimpen folder ini.

Basename nyo biso diganti pasti generate
PSF (file muatan listrik) soalnyo per atom tu kan muatannyo beda. Nyampe
1000 atom pun dicatat.
PDB tu koordinat atom (x,y,z)
XSC tu untuk kalu mati lampu. Jago2 coy.
Parameter: standar kalu enzim be, kalu make substrata tau lain2 ditambahin
(add) untuk dapetin file parameter , berisi informasi.
Eikat = K(l-lo) nah lo nyo ni nah disave disini,
Minimasi : untuk mencapai energy terendah (ground state) Nambah banyak,
nambah lamo (yg 1000 tu nah)
Molecular dinamik 10.000 pemto sec = 1 nano sec. biasanya.
1 nano sec biso liat pergerakkan enzim, kalu pemto sec (dibawah pico)

NVE dilakukan pada jlh molekul, energy tetap, volume tetap.

NVT: jlh, volume, temperature
NPT: jlh tekanan, temprtur.

Kito pake NVT dulu e

Dah, klik edit

Sel 1 x, 2 y, 3 z.
Sel 1 : 42 amstrong, ( 42 [spasi] 0.0 [spasi] 0.0)

Artinya bukan Cuma 1 sel saja (perodik)

Dah, tutup

Cutoff tu kan di vdw tu psa dy deketan. Pas dy jauh elektrostatik,

Jadi missal dia tur 10 Ams ilang gaya vdw tadi. Selebihnyo si estatik.

Hilaaang! Hahahaha
Caricompatibel!

Buat dalam 1 folder, namd exe, .namd,