ESTRUCTURA Y CATALISIS Elagua 47 ‘Aminodcides, péptides y proteinas 75 Estructura tridimensional de las proteinas 116 Funcién de las proteinas 157 Enzimas 190 Ghicidos y glucobiologia 238 ‘Nucleétidos y dcidos nucleicos 273 Tecnologias de la informacién basadas enel DNA 306 Lipidos 343 ‘Membranas biolégicas y transporte 369 Biosefiaizacin 421 weraaeen BES 1 investigador alemdn Eduard Buchner descubrié en 1897 ‘que era posible fermentar azticar, no sélo con levadura ‘ordinaria, sino también con la ayuda de extractos de Jevadura que no contenian ninguna de las células de ‘Saccharomyces... 2Por qué se consideré que este ‘experimento, aparentemente trivial, tenia tanta Importancia? La respuesta es evidente si se considera el desarrollo de las investigaciones dedicadas a la elucidacin de la naturaleza quimica (de la vida)... en ells, y de modo mas insistente que en la mayoria de ‘campos de investigacién, ha habido una tendencia a Considerar lo inexplicado como inexplicable... De este ‘modo, fa levadura esté formada por céiulas vias y {a fermentacién era considerada por la mayoria de investigadores Pasteur entre ellos- como una imanifestaci6n de la vida, es decir, deberia estar inexticablemente asociada con los procesos vitales en as células. EI descubrimiento de Buchner demosté que ello no era asi. Se puede decir que, a partir de entonces y de repente, una parte importante de los procesos vitales pasé de las células a los laboratorios de los quimicos para ser estudiados mediante metodologias quimicas. También permitié demostrar que, ademas de la fermentacion, a ‘combustin la espiracién, ta rotura de proteinas, grasas y gldcidos y muchas otras reacciones similares que ‘caracterizan a ta célula viva podian ser imitadas en el tubo «de ensayo sin que hiciera falta ninguna colaboracin por Parte de las células y que, en general, estas reacciones y ‘os procesos quimicos ordinarios estén gobernados por las misma leyes. —A.Tiselis, en la conferencia de presentacién de Premio Nobel de Quimica otargado a James B. Sumner, Jobin H. Northrop y Wendell M. Stanley, 1946 descubrimiento pionero de Buchner supuso el naci- to de la ciencia bioquimica. Su hallazgo abrié las puerta a un mundo quimico que hi inspirado a generuciones de investigadores durante mas de un siglo. La bioquimica es precisamente la quimica de la vida: sf, resulta posible investi ‘ar, analizar y comprender la vida, Para empezar con ell, todo estudiante de bioquitnica necesita un lenguaje ¥ algunos fun- ddamentos bilsicos; son los que se tratan en la Parte I Los capitulos de la Parte 1 se dedican a la estructura y funcidn de las principales clases de components celulares: el ‘agua (Capitulo 2), los aminosicidos y las proteinas (Capttulos 3 16), los azdicares y los polisacéridos (Capitulo 7), Jos nucledt dos y tos dcidos nucteicos (Capitulo 8), los dcios grasos y los pidos (Capitulo 10) y,finalmente, las membranas y las prot nas sefaizadoras ce membrana (Capftulos 11 y 12). Los temas ) (Pig. 2-1b). Como resultado de ello, existe una atrac- ccidn electrostitica entre el atomo de oxigeno de una moiéeula de agua y el hidrégeno de otra (Fig. 2-1), que se denomina ‘Puente de hidrégeno. A Jo largo de este libro, represenitare- ‘mos los puentes de hidrégeno mediante tres lineas paralelas de color azul, coma en la Figura 2-Le. ‘Los puentes de hidrdigeno son relativamente débiles. Los ‘poentes de hidrégeno en el agua liquida tienen una energia de disociacién de enlace (Ia energia requerida para romper Jun enlace) de aproximadamente 23 ki/mol, en comparacion ‘con Jos 470 kivimol del enlace covalente O—H en el agua o de Jos 348 k/mol del enilace covalente C—C. El enlace de hidré: e D F our a“, | Puente de hidrégeno = Oitam alae covalente ‘0.0965 na © ‘FOURA 2-1 Estructura de Ia molécula de agua. La natwealeza dipo- lar de la molécula de 1,0 se muestra en modelos de (a) bolas y vat as yt esferas. Las lines 9205 en (a) representa los abitales 0 ‘enlazanves. Existe un ordenamiento casi teteaddrico de los pares de ‘electrones de Ia capa externa alededor del stoma de oxigen: Ios ‘dos Stores de hidegeno tienen cargasparcales posits localizadas " y el Stomo de oxigeno tiene una carga parcial megativa (28°). (0) Dos moléculas de HO unides por un puerte de hidrgeno (sim- ‘bolizado aqui ya lo largo de este libro mediante tes Vineas azules) ‘etree Stomo de oxigen de la moiécula superior y un dtomo de hi- ‘drégen de La inferior. Los puentes de hidrdgena som ms argos y mis debiles que lox enlaces O—H covalentes.eno tiene un 10% de cardcter covalente, debido al solapa- riento de los orbitales de enlace, y un 90% de cardcter elec- trostético, A temperatura ambiente, Ia energia térmica de una ‘solucidn acuosa (la energia cinética del movimiento de los sto mos y moléculas individuales) es del mismo orden de magni- tud que la necesaria para romper los enlaces de hidrégeno. Cuando se caliente el agua, el incremento de temperatura es lun reflejo del movimiento més répido de las moléculas indivi- duales del agua. Aunque en cualquier momento dado la mayo- ria de moléculas en el agua liquida estén unidas por puentes de hidrgeno, el tiempo de vida de cada uno de ellos es tan sélo de entre 1 y 20 picosegundos (1 ps = 10~"* s); al rom- perse un puente de hidrégeno se forma otro, eon la misma 0 con otra moécula, en el lapso de 0,1 ps. Se ha aplicado el tér mino de “agrupamientos Muctuantes” (ickering clusters) a las agrupaciones de corta duracién de moléculas de agua uni das por puentes de hidrégeno en fase liquid. La suma de to- dos los puentes de hidrogeno entre moléculas de HO confiere gran cohesiGn interna al agua lquida. Las extensas redes de moléculas de agua unidas por enlaces de hidrégeno forman también puentes de conexién entre solutos (proteinas y dcidos hucleicos, por ejemplo) que permniten que las moléculas mas gzandes interaccionen entre ellas a través de distancias de va- ‘os nandmetros sin necesidad de entrar en contacto fisico. El ordenamiento casi tetraddrico de los orbitales alrededor del tomo de oxigeno (Fig. 2-1a) permite que cada molécula de agua forme enlaces de hidrgeno con hasta cuatro moléculas de agua vecinas, Sin embargo, en el agua liquida a tempera- tura ambiente y presiin atmosférica, las moléculas de agua es ‘én desorganizadas y en movimiento continuo, de forma que cada molécula forma puentes de hidrégeno con un promedio ‘de otras 3,4 moléculas solamente. Por el contrario, en el hielo, ‘cada molécula esta ffja en el espacio y forma puentes de hidré- ‘geno con otras 4 moléculas de agua (Pig. 2-2). La rotura de un mero de puentes de hidrdgeno suficiente para desestabili- zara retfcula cristalina del hielo requiere mucha energia tér~ rica, lo que explica el punto de fusién relativamente elevado del agua (Tabla 2-1). Cuando se funde el hielo o se evapora el ‘agua, se absorbe calor por parte del sistema: H,0(s6lido) —+ H,O(liquido) ‘H,O(liquido) —+ HsO%gas) ‘Durante ls fusi6n o is evaporacidn aumenta la entropia del sistema acuoso a medida que conjuntos altamente ordenados de moléculas de agua se relajan para clar paso a ios conjuntos de puentes de hidrégeno menos ordenados del agua liquida 0 ‘alas moléculas totalmente desordenadas de agua en el estado 4gaseoso. A temperatura ambiente, tanto la fusién del hielo co- mo la evaporacién del agua se dan esponténeamente; la ten- dencia de las moléculas de agua a asociarse mediante puentes de hidrégeno queda contrarrestada por el empuje energético hacia el desorden, Recuérdese que la variacién de energia lt bre (AG) ha de ser negativa para que un proceso se produzca AH = +5,9 ki/mol AH = +440 kimot 2.1. Interacciones débiles en los sistemas acuosos 49 FIGURA 2-2 Puentes de hidrogeno en cl hielo. Cada molécula de ‘agua forma un méximo de cuatro puentes de hidedgeno, creando una ‘ed crstalina regular. Por el coatrario, en el agua liquida a tempera- tra ambiente y presin atmosirica cada molécula de agua forma ‘Puente de hidrégeno con otras 3,4 moléculas de agua en promedio. ated cristalina det hielo es menos densa que el agua liquida y por eso ota en el agua liquida, ‘con la rotura y formacién de enlaces y AS la variacién en el grado de desorden. Dado que AH es positiva para la fusién y para Ia evaporacion, es el aumento de entropia (AS) el que hace que AG sea negativa e impulse estas transformaciones. El agua forma puentes de hidrégeno con los solutos polares Los puentes de htidrdgeno no son exclusivos del agua. Se for- ‘man fécilmente entre un tomo electronegativo (el aceptor de hidrégeno, normalmente oxigeno o nitrogeno con un par de electrones no enlazantes) y un étomo de hidrégeno unido covalentemente a otro dtomo electronegativo (el dador de hi- drégeno) en la misma 0 en otra molécula (Fig. 2-3). Los dto- ‘mos de hidrégeno unidos covalentemente a stomos de carbono wore Yow Yow w tem PF PET ET t 1 $9 9 % FRQURA 2-3 Tipes comunes de pucntes de hideégens en los siste-50 Capitulo? El agua ‘no participan en la formacion de puentes de hidrogeno, puesto que el carbono es tan s6lo ligeramente mas electronegativo que el hidrégeno y, por tanto, el enlace C—H es sdlo muy dé- bilmente polar. Esta diferencia explica por qué el butarot (CH,(CH,),CH,OH) tiene un punto de ebullicién relativa- mente alto de 117°C, mientras que el butaro (CHy(CH),CH4) tiene un punto de ebullicién de solamente ~0,5 °C, El buta- nol tiene un grupo hidroxilo polar, por lo que puede formar puentes de hidrogeno intermoleculares. Las biomoléculas 10 ‘argadas pero polares tales como ls azicares se disuelven camente en el agua debido al efecto estabiizdor de ls puen- tes de hidrdgeno que se forma entre los grupos hidroxlo 0 el oxigeno carborilico del azicar y las mokéculas polares de agua. Los aleoholes,aldehidos, cetonasy los compuestos que contie- ‘nen enlaces N—H forman puentes de hidrogeno con las molé- coulas de agua (Fig. 2-4) y Genden a ser solubles en agua. ‘Los puentes de hidrogeno alcarzan una fuerza maxima cuando las moléculas unidas estén orientadas de forma que la Inveraccion electrostitica sea lo mayor posible, lo que tiene lugar cuando el atomo de hidrogeno y los dos atomos que Jo comparten se encuentran en linea recta esto es, cuando 1 étomo aceptor est alieado con el enlace covalente entre Entre el grupo Entree! grupo, Batre grupos Ihidroxilo carbonilo ‘peptidicos de un alcohol de una cetons ‘en polipéptidos yelagua yet agua FIQURA 2-4 Algunos pens de bidrégene que tenen iportancia otic. FIGURA 2-5 Direccionalidad del puente de hidrgeno. La traci erie as cargaseldctrcas parciles (wave Fig. 2-1) es mixima cuando {os tres étomos impicads den este caso O, Hy O} se allan en lines recta. Cuando los grupos unidos por puente de hidrogeno sufen res trieciones estructurales (como por ejemplo cuando forman parte de ‘una dinica molécula de proteina, esta geomet ideal puede no ser penile y el puene de hideégeno resulkante es mis dil 1 tomo dador y el H (Fig. 2-5)-. Los puentes de hidrogeno tienen pues un cardcter altamente direccional y son eapaces de mantener dos moléculas 0 grupos unidos por pwente de hb ‘drégeno con un ordenamiento geométricn especifico. Verenns sms adelante que esta propiedad de los puentes de hidrgeno confiee estructura tridimensionales muy precisas a moléeu- Js de proteins ycidos nucleicos en las que existen muchos puentes de hidrégeno intramoleculares. El agua interacciona electrostaticamente con los solutos cargados EL agua es un disolvente polar. Diswelve fcilmente la mayoria. de biemoléculas, que generalmente son compuestos cargados © polares (Tabla 2-2); los compruestos que se disuelven ficil- "mente en el agua son hidrofilicos (cel griego, “amantes del agua”). Por el contrario, los disolventes apolares tales como el loroformo y el benceno son malos disolventes de las biomolé cculas polares, pero disuelven ficilmente las que son hidrof- ‘bieas -moléculas apolares tales como los lipidos y las ceras. ELagua disuelve sales tales como e NaCl mediante la hi- , las aminas protonadas (—NHG) y los ésteres 0 ‘anhidridos fosféricos. El agua disuelve ficlimente este tipo de ‘compuestos reemplazando puentes ce hidrégeno soluto-soluto ‘por puentes de hidrigeno soluto-agua, apantallando ast las interacciones electrostiticas entre moléculas del soluto, El agua es especialmente efectiva en apantaliar las interac clones electrostiticas entre iones disueltos a causa de su ele- ‘vada constante dieléctrica, una propiedad fisica que refleja 1 numero de dipolos en un disolvente. La intensidad,o fuerza (F), de las interacciones idnicas en una disohucién depende de 4a magnitud de las cargas (Q), la distancia enie los grupos ccargados (7) y la constante dieléetrica (e) del disolvente en et que tienen Ingar las interacciones: re2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos SL Para el agua a 25°C, « (que es adimensional) tiene un valor de 78,5 mientras que para el benceno, que es un disol: vente muy apolar, « vale 4,6. Asi, las interacciones icnicas Son mucho mas fuertes en los ambientes menos polares, Lt dependencia respecto a r* hace que las atracciones o repul- ssiones idnicas operen s6lo a distancias muy cortas, del orden de 10 4.40 nim (dependiendo de la concentracién de electro- lito) cuando el disolvente es el agua. ‘A medida que se dlisuelve una sal tal como el NaCl, los jones Na® y C1” que abandonan la red cristalina adquieren mas i- bertad de movimiento (Fig. 2-6). El incremento de entropia (desorden) que se produce en el sistema es el principal res- ‘ponsabie de It facilidad con la que se disuelven en agua sales FIGURA 2-6 El agua como disolvente, EI agua cisuelve muchos sales ‘quena. A partir del producto Sonico del agua pocemos calcular IH* | si conoceros (OH™]y viceversa (Recnadro 22). La escala de pH representa las concentraciones de H* y OH” El producto inico del agua, A, constituye la base de la es ceala de pHi (Tabla 2-6). El pH constituye una forma conve niente de designar la concentracion de H” (y por consiguiente de OH) en cualquier solucién acuosa entre 1,0 de H y 1,031 de OH”. Bl térmnino pHl se define mediante la expresin 1 1 pH = low Gipsy ~~ Hou El simbolo p denota el “logaritmo negativo de”. Para una soli cidn exactamente neutra a 25 °C, en la que la concentracion, de Jos lones hidrégeno es 1,0 X 10°? , se puede caleular el (pH de la manera siguiente: a DH = Nog 5 tage = 40% 105 = log 1,0 + log 10" = 047 =7 TABLA 2-6 Laescala de pH HI) 10° (1) 0 107 1 107? 2 107 3 10-* 4 107° 5 1o-* 6 10-7 7 10-* 8 10"? 9 107° 10 10" uw we 2 10°? 13 10" 14 “Asc sens egret pO pra cre vod 0 canceacon oe a oc 95 ete pr a pean GON = ag (ON Lave enna [Pes pea 9 Obie ute sea aa + HOM = 18.62 Capitulo? agua Creu producto iénico del agua: dos problemas ilustrativos El producto idnico del agua permite calcular la concentra: ‘ion de H* dada la concentracién de OH” y viceversa; los si uientes problemas lo demuestran. 1, {Cuall es ta concentracion de H* en una disohucién de NaOH 0,1 42 K,=(H")}0H71 Despejando [H*) da K _1xi ae ony” O1w = 10° (respuenta) 10-42 10? 1) 2. {Cuil es la concentracion de OH en una disoluetdn en la que la concentracin de H” es 1,3. 10° a? K, = (OH Despejando [OH] da K. 10x10 y? Toc rs Ore 77X10" (respuesta) (on Al realizar estos u otros cAlculos, hay que asegurarse de Utilizar el niimero correcto de cifras significativas en ls res- puestas, El valor de 7 para el pH de una solucidn exactamente neu. tra no es una cifra escogida de manera arbtraria; proviene del valor absoluto del producto ionico del agua a 25 °C, que por ‘una feliz coincidencia es un nimero entero. Las soluciones ue tienen un pH superior a 7 son alcalinas o hsicas; la con: centracién de OH” es mayor que la de H. Inversamente, las solticiones con un pl inferior a 7 son dcidas. Obsérvese que la escala de pH es logaritmica, no aritimé tiea. Decir que el pH de dos soluciones difiere en 1 unidad de ptrucién te H* diez veces superior al de la otra, pero no nos dice exiles el va Jor absoluto de la diferencia, La Figura 2-15 indica el pH de al- ‘gunos flaidos acuosos comunes. Una bebida de cola (pH 30) 0 un vino tinto (pH 3,7) tiene una coneentracién de H® aproxi- nadarmente 10,000 veces superior a lade la sangre (pH 7,4) Se puede medir aproxiniadamente el pH de una solcidn cosa utlizando diversos colorantes indicadores, entre ellos el tornasol, la fenoiftaleina y e! rojo fenol, que experimentan, cambios de color cuando se disocta un proton de la molécula de colorante. Las determinaciones precisas del pH en el labo- ratorio quimico 0 clinico se hacen con un electeuro de vidrio que es selectivamente sensible a la concentracién de H” pero ‘que es insensible al Na*, K* y otros cationes. En un pHmetro ‘se amplifca la sefial de un electro de este tipo y se compara ‘con la seftal generada por una disoluelin cuyo pH se conoce con exactitud, DH significa que una soluciin tiene una cone La medicion det pH es una de las operaciones mis impor tantes y frecuenterente utilizadas en bioquimica. EL pH afecta, ala estructura y actividad de macromoléculas biokigieas; por sjemplo la actividad catalitica de los enzimas tiene una gran \dependencia del pH (vase Pig. 2-21). La medica det pH de la sangre y de Ia orina se utiliza normalmente para diagnosticar enfermedades. El pH del plasma sarguineo de las personas “4 NaOH 1 as} Leja dorntica | “| Amenisco doméetico n) “creciente | 9} | Setucin de levadura srtiferal (NaBICO,) : ‘Agua de mar, clara ashore a Sangre humans, 7 Neutra ache aaliva 6 5 — en Gervenn — Zein de tomate Vino Uinta 8 Cola, vinagre 2} ‘Zamo de limi, Jag gastric 1 | | 0 HCI te FIGURA 2-15 pt de algunos fuidos acuosos.‘con diabetes grave no controlada, por ejemplo, es con fre- ‘euencia inferior al valor normal de 7,4; este estado se conoce ‘como acidosis. En otros estados patoldgicos el pH dela sangre es superior al normal, estado que se denomina alcalosis. Los acidos y bases débiles tienen constantes de disociacién caracteristicas Los dcldos clorhidrico, sulfirico y nitrieo, denominados co- ‘mtinmente écidos fuertes, estn completamente jonizados en Soluciones acuosas diluidas; las bases fuertes NaOH y KOH ‘también estan ionizadas completamente. De mayor interés ‘para los bioquimicos es el comportamiento de los dcidos y ‘bases débiles los que no estin completamente fonizados al disolverse en el agua-. Estos son frecuentes en los sistemas biokigicos ¥ juegan papeles importantes en el metabolismo ¥ ‘su regulacién. Se comprenderd mejor el comportamiento de las soluciones acuosas de los dcidos y bases déiles si defin- ‘mos primero algunos términos, ‘Se pueden definir los dcidos como dadores de protones y las bases como aceptores de protones. Un dador de protones ¥ su correspondiente aceptor forman un par éeido-base com- Jugados (Fig. 2-16). Bl Acido acético (CHyCOOH), un dador de protones, y el anién acetato (CH\COO->), el correspon 22 lonizacién del agua, dcidos débiles y bases débiles 63 dente aceptor de protones, constituyen un par écido-base ‘conjugados, relacionado por la reaccién reversible CH,COOH == H* + CH,COO™ ‘Cada Sido tiene una tendencia caracteristica a perder su pro- {t6n en dlisolucién acuosa. Cuanto més fuerte sea el dcido ma yor seri la tendencia a perder su proton. La tendencia de ‘cualquier dcido (HA) a perder un proton y formar su base con- jugada (A~) se define mediante la constante de equiibrio (Kea) para la reacei6n reversible HASH" +A", quees aH Key Tay Be Las constantes de equilibrio de las reacciones de lonizaciin se suelen denominar eomstantes de disociacién o do ioniza- cin, a menudo designadas como K,. En la Figura 2-16 se dan tas constantes de disocinciéin de algunos dcidos. Las écidos mas {uertes, tales como el fosf6rico y el carbénico, tienen constan- tes de disociacin mas altas; les dios mas débiles, tales caro ‘et motiohidrogeno fosfato (HPO}”), tienen constantes de di ssociacién mas bajas, Ky =1,74 10-90) {on amonio (= 562 10-0) | (K,= 1,70 x 10-400, Bicarbonato (K,= 631» 10-*50) Glicina, grupo carboxilo (Uk, = 4,87 10-300, Glicina, grope amino Uk, =2.51 10-130) (y= 7,25 © 10-250; Dihidrégeno fostato (Ky = 1,38 % 10°30; Monohidrogeno fosfato (K, =3.98 % 10-30) HPO, = HPO; + HY NH] = NH +H HCO; —= pK, = 10.2 Nay 1,P0; = HPOE + HY | pK. = 6.86 FIGURA 2-16 Un par Scido-base conjugado consiste en un dador de Drotones y un aceptor de protones. Algunos compuestos, tales como <4 icido acético el fon amonio. son monopréticns pueden ceder 50 lament un protin. Otros son dipréticos [HCO (cide carbsnico) y _sticinal o tripréticos [H,PO, (dcido fosiéricol), Se muestran las reac: clones de dlsociaciin para cada paren donde tienen lugar fo largo de un gradient de pH. Para cada reacciin se muestra la constant de qi 9 disociaciin (Ky st logartmo negativo, el phy