Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
DNAmerupakanpersenyawaankimiayangpalingpentingpadamakhlukhidup,yangmembawaketerangangenetikdarisel
khususnyaataudarimakhlukdalamkeseluruhannyadarisatugenerasikegenerasiberikutnya.Elektroforesisgelmerupakansalah
satuteknikutamadalambiologimolekular.PrinsipdasarteknikiniadalahbahwaDNA,RNA,atauproteindapatdipisahkanoleh
medanlistrik.
Elektroforesisadalahteknikpemisahankomponenataumolekulbermuatanberdasarkanperbedaantingkatmigrasinyadalam
sebuahmedanlistrik.Kecepatanmolekulyangbergerakpadamedanlistriktergantungpadamuatan,bentukdanukuran.
Elektroforesisdapatdigunakanuntukseparasimakromolekul(sepertiproteindanasamnukleat).Pemberianaliranlistrikdapat
menyebabkanterjadiperpindahanaliranelektrondanzatobjek,kemudianakanbergerakdarielektrodanegatifkearahsisi
elektrodapositif.Kecepatanpergerakaniniberbedabeda,tergantungdarimuatandanberatmolekulDNA.Kisikisigelberfungsi
sebagaipemisah.Objekyangberberatmolekullebihbesarakanlebihlambatberpindah.
MetodaElektroforesisgelagarosadidasarkanpadapergerakanmolekulbermuatandalammediapenyanggamatriksstabildi
bawahpengaruhmedanlistrik.Mediayangumumdigunakanadalahgelagarosaataupoliakrilamid.Elektroforesisgelagarosa
digunakanuntukmemisahkanfragmenDNAyangberukuranlebihbesardari100pbdandijalankansecarahorizontal,sedangkan
elektroforesispoliakrilamiddapatmemisahkan1pbdandijalankansecaravertikal.
Gelyangbiasadigunakanantaralainagarosa.GelagarosadapatmelakukanpemisahansampelDNA
denganukurandaribeberaparatushingga20.000pasangbasa(pb).MolekulDNAbermuatannegatif
sehingganantididalammedanlistrikakanbermigrasimelaluimatriksgelmenujukutubpositif
(anode).Makinbesarukuranmolekulnya,makinrendahlajumigrasinya.
Elektroforesisadalahmetodepemisahanatauanalisisfisikaberdasarkanmigrasipartikelbemuatanyangterlarutatauterdispersi
dalamlarutanelektrolitdenganbantuanmedanlistrik,terdapatfasediamyaitukertasdanfasegerakyaitupartikelbermuatanyang
terlarutdiantaranyaadalahionkompleks90Ydan90Sr.Akibatdiberibedapotensial,fasegerakakanberpindahsepanjang
mediumyangkontinyukearahelektrodayangsesuai.Pemisahanterjadiakibatketidakhomogenanataugradasikonsentrasi
sepanjangsistempemisahan.
Teknikelektroforesisdigunakanuntukmemisahkandanmempurifikasimakromolekul.Makromolekulyangdijadikanobjek
elektroforesisadalahproteindanasamnukleatyangmemilikiperbedaanukuran,kadarion,danmolekulmolekulpenyusunnya.
Molekulmolekultersebutdiletakkandalamdidalammedanlistriksehinggaakanbermigrasikarenaadanyaperbedaanmuatan.
Molekulproteindanasamnukleatyangbermuatannegatifakanbergerakdarikutubnegatifmenujukutubpositifdarigel
elektroforesis.
ElektroforesisgelagarosaadalahmetodepemisahanmolekulDNAdanRNAmenurutmuatan,ukuran,danbentuk.Teknikini
sederhana,cepatterbentuk,danmampumemisahkancampuranpotonganDNAsesuaidenganukurannyasecaraakurat,dibanding
dengandensitasgradientsentrifugasi.Saataruslistrikdiaplikasikanpadagel,molekulbermuatannegatifakanberpindahmenuju
elektrodapositifdanmolekulbermuatanpositifakanmenujuelektrodabermuatannegatif.Faktorfaktoryangmenyebabkan
kegagalanelektroforesisgelagarosaantaralainkarenaselbelumlisissempurna,DNAbelumkeluardarisel,sertaDNA
mengalamidegradasi(tekananmekanik).
Metodaelektroforesisgelagarosadidasarkanpadapergerakanmolekulbermuatandalammediapenyanggamatriksstabildibawah
pengaruhmedanlistrik.Mediayangumumdigunakanadalahgelagarosaataupoliakrilamid.Elektroforesisgelagarosadigunakan
untukmemisahkanfragmenDNAyangberukuranlebihbesardari100pbdandijalankansecarahorizontal,sedangkan
elektroforesispoliakrilamiddapatmemisahkan1pbdandijalankansecaravertikal.Elektroforesispoliakrilamidbiasanya
digunakanuntukmenentukanurutanDNA(sekuensing).MolekulorganikyangdapatdielektroforesisantaralainDNA,RNA,dan
protein.Molekulmolekulyangbermuatanpositifakanbergerakmenujuelektrodanegatif,sedangkanmolekulbermuatannegatif
akanbergerakkeelektrodapositifmelaluigelelektroforesis.LokasifragmenDNAyangterbentuksepertipitapitapada
elektroforesisdapatdiamatisecaraspesifikdenganmenggunakanpewarna.Pewarnayangdigunakanadalahetidiumbromidayang
dapatmenyisipdiantarabasabasapadaDNA.GelyangdiberietidiumbromidadandisinaridenganUVakanmemperlihatkan
lokasiDNAsebagaiuntaiberwarnamerahjingga.Etidiumbromidamerupakansenyawakarsinogeniksehinggadalam
melaksanakanpercobaanyangmenggunakanetidiumbromidaharusmenggunakansarungtangan.
MarkeradalahsegmenDNAyangspesifikdantelahdiketahuiukurannya.MarkerberfungsiuntukmengetahuiukuranDNAhasil
apmlifikasi.MarkerDNAyangterdapatdalamgelelektroforesisberfungsisebagaipenandaposisimolekulDNAyangbermigrasi
untukmenentukanperkiraanukuranbasabasanya(Martin,1996).
DNAgelelektroforesisadalahteknikbiologiseksperimentalpentingdansekuensingDNAdapatdidefinisikanolehnya.Gel
elektroforesisterdiridaripemecahanmolekulmenjadifragmenbanyakolehaksienzimtertentu.Fragmeninitersebardimedia
poliakrilamidaataugelagarosadimanamedanlistrikditerapkan.Masingmasingfragmenmemilikimuatanlistrikyangberbeda
danberatmolekul,menyebabkanmerekaharusbermigrasipadatingkatyangberbedamelaluigel(DerLee,2011).
Fungsialatdanbahanyangdigunakandalampraktikumelektroforesisgelagarosainiyaitu:
BufferelektroforesisyangterdiridariTAEmemilikidayaiondalamlarutansebagaipenghantarlistrik.
Loadingdyeberfungsisebagaipemberatagartidakkeluardarisumuran.
EtidiumbromidasebagaipewarnaDNAyangakanmenyisipdiselaselabasanukleotida.
UVtransiluminatoruntukvisualisasipewarnaanDNAdidalamgelagarosa.
Aquadessebagaipelarut
Bakigelagarosasebagaicetakangelagarosa
TAE:TrisbasesebagaibuffersesuaidenganpH
AsamAsetatGlasialsebagaielektrolitgram
EDTA(EtylenDiamineTetraAseticAcid)sebagaipenonaktifDNA
Sisirelektroforesisuntukmembuatsumuranpadagelagarosa
TangkielektroforesisuntukrunningDNA
MikropipetuntukmengambildanmenghomogenkansampelDNAdanloadingdye
KertasParafilmuntuktempatmenghomogenkansampelDNAdanloadingdye
SarungtanganuntukmelindungiterkenaDNAseyangdapatmerusakDNA
ManfaatelektroforesisgelantaralainuntukmengetahuiukuranfragmenDNAdariprodukPCR,memisahkan
produkDNAdarihasildigestiyangberbedaukuran,kemudiandisequencing,danjugauntukpemurnianataupurifikasiDNA.
Elektroforesisdapatdiaplikasikanuntukberbagaimacamkegiatanberikut:
1.Membandingkangenhomologdarisspesiesyangberbeda,mengetahuisusunansekuensberbagaigenom.
2.DNAfingerprinting.
3.Mendeteksikelainangenetik.
4.MendeteksilokasidanjumlahmRNAdalamselataujaringantertentu.
5.Mengetahuiaktivitasgenselamaperkembanganberbagaitipeselorganismeataupercobaanperlakuangen.
6.Mempelajarievolusitingkatmolecular.
7.Mengetahuivariasigenetikyangadadialam.
8.MenentukanataumengidentifikasiberatmolekulDNA,RNA,danproteintertentu.
9.Mengidentifikasipersamaandanperbedaangenetikantarindividu.
10.MengetahuijumlahfragmenDNAyangdiklondalamrekombinanDNAplasmid.
11.MenganalisafragmenDNAyangdiamplifikasilewatPCR.
MenurutSusanto(2012),lajumigrasiDNAditentukanolehkonformasimolekulnya,dariyangpalingcepat
yaituCovalentlyClosedCircular(CCC),OpenCircular,danlinier.LajumigrasiDNAdalammedanlistrikberbandingterbalik
denganmassaDNA.MigrasiDNAterutamaditentukanolehukuranpanjangdanbentukDNA.FragmenDNAyangberukuran
kecilakanbermigrasilebihcepatdibandingyangberukuranbesar,sehinggaelektroforesismampumemisahkanfragmenDNA
berdasarkanukuranpanjangnya.
Agarosamemilikibeberapakelebihansepertimudahdidapat,harganyarelatifmurah,tidakbersifattoksik,serta
memilikiporiyangkecil.Agarosamerupakanpolisakaridayangdiekstrakdarirumputlaut.Hasildarielektroforesisgelagarosa
akanmenunjukkanwarnabirudariloadingdyepadaposisipalingdepankemudianplasmidDNAberwarnaorangeterang.
Berdasarkanpustaka,teknikelektroforesispadadasarnyadidasarkanpadafaktabahwaDNAcenderungbermuatannegatifpadapH
netraldenganbufferphospatsebagaipenyanggapHagar.Saatdilakukanelektroforesisdenganmemberikandayalistrikdikedua
kutubmakaDNAakanbergerakkekutubpositif,inilahprinsipkerjaelektroforesisgelagarosa.Agarosamerupakangelyang
memilikiresolusilebihrendahdalampemisahantetapidapatmemisahkansampelyangberukuransampaipuluhankilobasa.
Agarosaterbuatdaripolisakarida,dilarutkandenganbufferdandipanaskan,setelahdinginakanmembentukgelatinyangpadat.
by.AnaDianaSolichyakinusahasampai
DAFTARREFERENSI
DerLeeetal.,2011.AutomaticDNASequencingForElectrophoresisGelUsingImageProcessingAlgorithms.J.Biomedical
ScienceandEngineering,2011,4,523528.
Fairbanks,D.J.&W.R.Andersen.1999.Genetics:Thecontinuityoflife.4thed.WadsworthPublishingCompany,London:xix+
820hlm.
Lawrence,E.1989.Hendersonsdictionaryofbiologicalterms.10thed.JohnWill&Sons,NewYork.
Martin,R.1996.Gelelectrophoresis:nucleidacids.BiosscientificPublisher,Oxford.
Ripani,M.2010.DiagnostikMolekuler.TeknologiLaboratoriumKesehatan(TLK)diFakultasFarmasiUniversitasHasanuddin,
Makassar.
SambrookJ,FritschEF,ManiatisT.1989.MolecularCloning:ALaboratoryManual.2nded.ColdSpringHarborLaboratory
Press.NewYork.
Schleif,R.1993.Molecularandcellularbiology.WadsworthInc.,Belmont.
Sulaiman,AdangHardiG,NoorAnisKundari.2007.PemisahandanKarakterisasiSpesiSenyawaKompleksYTRIUM90DAN
STRONSIUM90denganelektroforesiskertas.JFN,Vol.1No.2.PusatRadioisotopdanRadiofarmakaBATAN.
Susanto,AgusHery.2012.BahanAjarBiologiMolekuler.FakultasBiologiUnsoed,Purwokerto
DASAR TEORI
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu
makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan ukuran.
Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan
biokimia dan biologi molekuler (Magdeldin, 2012).
Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin
digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan
biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip
elektroforesis zona. Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada medium
padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di bawah pengaruh medan listrik.
Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul
protein (Jean and Francois G., 2010)
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik
ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi
menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya
(Magdeldin, 2012). Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju
kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan
bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug and Cummings, 1994).
Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan
muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan
untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan
komponen dari protein atau asam nukleat setiap individu (Fairbanks & Andersen, 1999).
Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati
suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran
molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan
panjang yang sama (Campbell dkk, 2002).
Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:
1.
Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda
oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.
2.
Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran
besar.
3.
Gel agarose formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem
elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran standar
(Davis dkk. 1994).
Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar (lebih
dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 200 bp).
Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan berdasarkan
konsentrasi matriks agarose. Mobilitas/pergerakan DNA relatif tergantung pada faktorfaktor tertentu, terutama pada konsentrasi agarosa dalam gel, kekuatan arus yang
digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer, dan konformasi fragmen DNA itu sendiri.
Molekul DNA bermigrasi melalui pori-pori kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa.
Secara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari
molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju elektroda
positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarosa memberikan resolusi yang lebih baik
untuk fragmen besar, dengan memberikan pemisahan yang lebih besar antara band yang
secara ukuran tidak terlalu jauh berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain,
dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat
memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA kecil (Lee & Bahaman, 2010).
Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat daripada fragmen
yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan. Selain itu, DNA memiliki
muatan yang konsisten untuk rasio massa, sehingga ukuran molekul DNA merupakan faktor
utama yang mempengaruhi migrasi melalui matriks gel. Terlepas dari kenyataan bahwa
penerapan tegangan tinggi dapat meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi
juga dapat menurunkan resolusi pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V/cm). Untuk alasan
itu, resolusi terbaik dari fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan menerapkan
tidak lebih dari 5 V/cm pada gel (Lee & Bahaman, 2010).
Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari:
1.
2.
3.
4.
Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida yang bersifat
karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium Bromida dapat
meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan Brom
Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel
(Birren and Lai, 1993).
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk
PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu dapat
disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA.
Elektroforesis dapat
diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog
dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger
printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit
tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu, mengetahui
aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme atau aktivitas gen sebelum
dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari evolusi di tingkat molekular,
mengetahui variasi genetik dalam populasi natural di alam, menentukan atau
mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik,
menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan
perbedaan genetik antar individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam
rekombinan plasmid DNA (Russell, 1994; Fairbanks and Andersen, 1999).
Namun disamping itu, elektroforesis gel juga memiliki kekurangan yaitu pada deteksi atau
identifikasi amplikon. Penggunaan elektroforesis gel ini dirasakan kurang efisien karena
lama pengerjaannya dan terbatasnya jumlah sampel yang dapat diperiksa. Disamping itu,
kadang kadang hasil PCR dalam gel muncul pita yang tidak berbentuk (ghost atau smeary
bands) atau pita yang terlampau banyak sehingga hasilnya sulit diinterpretasikan (Tarigan,
2011).
ALAT DAN BAHAN
ALAT
1. Satu set alat elektroforesis
2. Mikropipet dan tip
3. Gel Doc
4. Power Supply
5. Parafilm
BAHAN
1.
2.
3.
4.
DNA Marker
Produk DNA
Ethidium Bromide (EtBr)
dd H2O
5. Gel Agarose
6. Loading Buffer (Loading dye)
7. Buffer Tri-Asetat-EDTA (TAE)
8. Akuades
CARA KERJA
Pembuatan Gel Agarose
0,4 gram bubuk agarose dilarutkan pada 50 ml Buffer TAE.
Campuran tersebut dilarutkan dengan cara dipanaskan.
Setelah semua terlarut kemudian didiamkan pada suhu 50C.
Gel Comb dipasang pada tangki elektroforesis.
Larutan agarose dituangkan pada tangki elektroforesis dan didinginkan hingga
mengeras.
6. Setelah gel tersebut mengeras, gel comb dapat diambil dan gel agarose siap
untuk digunakan.
Elektroforesis
1.
2.
3.
4.
5.
HASIL
PEMBAHASAN
Tujuan dari praktikum kali ini adalah agar mahasiswa dapat memahami secara baik dan
mampu untuk melakukan salah satu teknik/metode pemisahan senyawa (DNA dan Protein),
yaitu metode elektroforesis. Selain itu diharapkan mahasiswa juga dapat mengetahui
bagaimana cara mengukur fragmen DNA pada praktikum ini.
Secara singkat, elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul selular berdasarkan
ukurannya, dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan
muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif
(Yuwono, 2005).
Prinsip kerjanya adalah jika molekul yang bermuatan negatif (DNA) dilewatkan melalui
suatu medium, misalnya gel agarose, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub
yang berlawanan muatannya (positif), maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub
negatif ke kutub positif (Elektroforesis) melalui membran matriks gel agarose tersebut
(Yuwono, 2005).
Terdapat dua macam teknik elektroforesis yang telah berkembang yaitu, elektroforesis
horizontal maupun vertikal (Lisdiyanti, 1997). Berdasarkan jenisnya ada dua macam
elektroforesis yaitu:
1. Elektroforesis bebas (free electrophoresis): molekul atau partikel yang akan
dipisahkan tersebar di seluruh larutan. Pemberian arus listrik pada larutan yang
mengandung partikel tersebut akan menyebabkan terbentuknya batas di antara dua
larutan.
2. Elektroforesis zona: merupakan jenis elektroforesis yang paling banyak digunakan,
mempergunakan media penunjang, seperti kertas, selulosa asetat, agarose atau
poliakrilamid
(Biosciences, 1999).
Dalam praktikum ini jenis elektroforesis yang digunakan adalah elektroforesis zona dan
menggunakan teknik elektroforesis horizontal karena menggunakan gel agarose yang
diletakkan pada alat elektroforesis secara horizontal dan teknik ini difungsikan untuk
analisais DNA.
Kelebihan metode ini adalah mudahnya mengamati reaksi kimia selama proses berlangsung,
sampel dapat ditangani dengan baik dan cepat, gel dari hasil percobaan dapat disimpan
dalam kantong plastik dan didinginkan setelah percobaan, sehingga dapat dipakai untuk
dokumentasi penting yang dapat dipelajari lebih lanjut di lain waktu, dan beberapa
kelebihan lainnya. Selain kelebihan, metode ini juga memiliki kekurangan, yaitu rawan
terjadi kesalahan pada proses pemindahan campuran sampel ke dalam slot gel, karena slot
gel ukurannya sangat kecil (Boffey, 1984).
Praktikum elektroforesis gel ini dimulai dengan pembuatan gel agarose 0,8%. Praktikan
tidak melakukan pembuatan gel agarose 0,8% karena dilakukan oleh asisten praktikum.
Secara umum, proses pembuatan gel agarose 0,8% dilakukan dengan cara mencampurkan
bubuk agarosa dengan larutan buffer TAE, yang kemudian dipanaskan di dalam microwave,
selanjutnya dituangkan ke dalam cetakan yang telah disiapkan dengan comb-nya dan
tunggu sampai mengeras. Bubuk agarose yang digunakan sebanyak 0,4 gr dan larutan
running buffer TAE (Trisasetat-EDTA) sebanyak 50 mL yang berperan untuk memudahkan
migrasi dari fragmen DNA berdasarkan perbedaan kekuatan ionik (Magdeldin, 2012). Setelah
gel mengeras, gel dimasukkan ke dalam ruang elektroforesis dan dilakukan penambahan
running buffer. Penambahan running buffer dilakukan dengan tujuan mempermudah
pengerasan gel saat dilakukan pemanasan (Gardner dkk, 1991).
Tahap selanjutnya adalah mencampurkan DNA dengan loading buffer yang memiliki fungsi
membantu sampel turun ke dalam well dan membantu memonitor berapa lama proses
elektroforesis telah berlangsung karena memiliki pewarna bromofenol biru (Magdeldin,
2012).
Selanjutnya dilakukan penuangan campuran loading buffer dengan produk DNA sebanyak 4l
dan juga larutan marker 1kb sebanyak 3l pada sumur/well yang telah dibentuk pada gel.
Sedangkan untuk marker 1kb dituang pada dua sisi ujung (atas dan bawah) well yang ada.
Proses pemindahan dilakukan dengan memakai mikropipet dan harus dilakukan secara hatihati agar campuran DNA dengan loading buffer tidak meluber ke bagian well yang lain.
DNA memiliki muatan negatif (DNA mengandung gugus PO 4) sehingga diharapkan akan
bergerak menuju kutub positif (Martin, 1996).
Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui ukurannya. Marker berfungsi
sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi. Marker DNA yang terdapat di
dalam ruang elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul
DNA yang bermigrasi. Marker-marker DNA tersebut merupakan marker yang telah dibuat
oleh pabrik sehingga tanda pasangan basanya jelas. Salah satu contoh marker DNA adalah
lambda HindIII. Marker tersebut memiliki delapan fragmen DNA dengan kisaran 125 pb
hingga 23.130 pb (Birren and Lai, 1993; Martin, 1996).
Praktikum dilanjutkan dengan memasang penutup ruang elektroforesis dan diberikan arus
listrik untuk tahap running. Running elektroforesis dilakukan pada tegangan 90 Volt dan
dengan arus sebesar 400 mA selama 30 menit. Kecepatan migrasi DNA sangat dipengaruhi
oleh tegangan listrik dan arus listrik yang di berikan oleh power supply ke tangki
elektroforesis. Fragmen DNA yang besar akan bergerak lebih cepat dibandingkan dengan
fragmen DNA yang kecil (Magdeldin, 2012). Gel agarose nantinya akan dikeluarkan dari
ruang elektroforesis setelah mengalami perubahan warna. Dokumentasi dilakukan dengan
gel doc (Davis dkk, 1994).
Pada tahap dokumentasi hal yang pertama dilakukan adalah merendam gel agarose hasil
elektroforesis pada larutan EtBr kurang lebih selama 15 menit. Larutan ini berfungsi untuk
meningkatkan daya fluoresensi DNA saat disinari sinar UV dalam Gel Doc. Setelah itu
dilakukan pembilasan dengan menggunakan Aquades selama kurang lebih 15 menit juga.
Setelah tahap-tahap tersebut barulah divisualisasi dengan menggunakan Gel Doc.
Gel doc adalah alat yang digunakan untuk mengamati dan mendokumentasikan hasil
elektroforesis. Komponen gel doc terdiri dari lampu UV, kamera dan komputer. Lampu UV
berfungsi menerangi bagian dalam dalam dari gel doc, kamera berfungsi memotret hasil
elektroforesis dan komputer berfungsi menjalankan proses dokumentasi lewat bantuan
software (Davis dkk, 1994).
Dalam proses elektoforesis terdapat beberapa faktor yang mempengaruhi laju pergerakan
dari molekul DNA, yaitu:
1.
Ukuran Molekul DNA
Molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati gel karena hambatan
yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan molekul berukuran besar.
2.
Konsentrasi gel
Semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuat sehingga sukar untuk
dilewati molekul-molekul DNA.
Konsentrasi agarosa yang lebih tinggi memudahkan
pemisahan DNA yang berukuran kecil, konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan
pemisahan DNA dengan ukuran yang lebih besar.
3.
Bentuk molekul
Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat bergerak dibandingkan
dengan yang berbentuk bulat.
4.
Densitas muatan
Densitas muatan yaitu muatan per unit volume molekul. Molekul dengan densitas muatan
tinggi akan bergerak lebih cepat dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang
rendah.
5.
Pori-pori gel
Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat pergerakan molekul DNA.
6.
Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat pergerakan molekul DNA.
7.
Larutan buffer elektroforesis
Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik sehingga mempercepat
migrasi DNA
(Wolfe, 1993).
Pada hasil praktikum ini terlihat bahwa pita fragmen DNA yang tersinari UV tidak
menunjukkan adanya pergerakan atau migrasi sama sekali, yang terlihat hanyalah migrasi
dari marker DNA pada sisi tepi gel agarose. Hal yang semacam ini kemungkinan disebabkan
oleh terlalu lamanya penyimpanan untai DNA setelah di isolasi pada praktikum yang
sebelumnya, atau terdapat sedikit kesalahan dalam penyimpanan. Tetapi, jika dilihat dari
faktor-faktor yang mempengaruhi proses elektroforesis dengan kondisi-kondisi yang sudah
dicek secara baik dirasa tidak mungkin untuk tidak bermigrasi sama sekali untai DNA
tersebut. Jadi ada kemungkinan faktor yang lain yang dapat mempengaruhi keberhasilan
pada proses ini, yaitu untai DNA itu sendiri. Kenapa bisa begitu, dimungkinkan karena dalam
proses penyimpanan sebelumnya yang kurang baik, yaitu dari suhu penyimpanan.
Jika pita fragmen DNA dapat terlihat maka dapat dihitung panjang fragmen dari suatu
produk DNA. Pita fragmen DNA dapat diukur dengan menggunakan suatu kurva regresi linier.
KESIMPULAN
1. Teknik pemisahan senyawa dengan elektroforesis gel agarose termasuk dalam jenis
elektroforesis zona dengan menggunakan teknik elektroforesis horizontal.
2. Elektroforesis memiliki prinsip kerja bahwa suatu molekul (DNA) yang bermuatan
negatif jika dialiri listrik akan bergerak menuju kutub positif milik elektroforesis
melalui matriks membran gel agarose.
3. Panjang fragmen DNA dapat terlihat dengan menggunakan gel doc yang pada saat
didalamnya disinari dengan menggunakan sinar UV, setelah sebelumnya dilakukan
tahap elektroforesis. Setelah itu panjang fragmen DNA dapat diukur menggunakan
kurva regresi linier.
4. Faktor yang mempengaruhi laju migrasi dari fragmen DNA pada elektroforesis gel
adalah ukuran molekul DNA, konsentrasi, bentuk molekul, densitas muatan, pori-pori
gel, voltase, dan larutan buffer elektroforesis. Selain itu ada faktor lain yang dapat
muncul sebagai yang mempengaruhi laju migrasi fragmen itu sendiri, yaitu ukuran
fragmen DNA dan faktor ketelitian serta kehati-hatian dalam proses penyimpanan
produk DNA jika produk tersebut sebelumnya disimpan.
DAPUS
Biosciences, Amersham. 1999. Protein Electrophoresis. Amersham Biosciences : USA.
Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide. Academic Press,
Inc., San Diego.
Boffey, S. A. (1984). Isolation of high molecular weight DNA, in Methods in Molecular
Biology, vol. 2: Nucleic Acids (Walker, J. M., ed.), Humana, Totowa, NJ.
Campbell, N.A., J. B. Reece & L. G. Mitchell. 2002. BIOLOGI. Ed ke-5. Erlangga : Jakarta.
Davis, L., M. Kuehl, & J. Battey. 1994. Basic methods: Molecular biology 2nd ed. Appleton
Lisdiyanti. 1997. Polymerase Chain Reaction: Cara Mudah Memperbanyak DNA. Warta
Biotek : Bogor.
Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech Publisher :
Rijeka, Croatia.
Martin, R. 1996. Gel electrophoresis: Nucleid acids. Bros Scientific Publishers Ltd., Oxford.
Russell, P.J. 1994. Fundamentals of genetics. Harper Collins College Publishers, New York.
Tarigan, Simson. 2011. Penggunaan Polymerase Chain Reaction Enzyme Linked
Oligonucelotide Sorbent Assay (PCR-ELOSA) untuk Deteksi Agen Penyakit. WARTAZOA
Vol. 21, No.1, Th.2011.
Wolfe, S. L. 1995. Introduction to cell and molecular biology. Wardworth Publishing
Company, Belmont.
Tugas bahasa inngris
Raja Ampat or The Four Kings is a famous island located off the northwest tip of
Bird's Head Peninsula on the island of New Guinea, in Indonesia's West Papua
Province. It is well known as a diving heaven for people around the world.
Raja Ampat covers 9.8 million acres of land and sea, home to 540 types of corals,
1,000 types of coral fish and 700 types of mollusks. It makes Raja Ampat as the
most diverse living library for worlds coral reef and underwater biota. Beside that,
Raja Ampat has a beautiful scenery, especially from its underwater corals and its
beach.
Under the water of Raja Ampat Island, we can see many natural corals reef that
never touched by human. We can also see many fishes that have many colors and
types. They usually hide between the coral reefs to take a rest or brood their
eggs. Not only that, we can see many war planes and ships that sunken in World
War II
Because of its beautiful underwater scenery, many tourists come to Raja Ampat
island. They come from Indonesia or from the other country. They come to Raja
Ampat by plane or by ship, but most tourists go to Raja Ampat by plane to shorten
their trip time.
There are many things that you can see also beside the underwater scenery. You
can meet many fishermen around the beach, some of them become the tourist
guide for the foreign tourists. The fishermen are very friendly and they will offer
you Pinang (betel nuts) or some sweet candies.
Raja Ampat atau Empat Raja adalah pulau yang terkenal terletak di bagian ujung
barat laut dari Semenanjung Kepala Burung di pulau New Guinea, di Provinsi
Papua Barat, Indonesia. Hal ini juga dikenal sebagai surga menyelam untuk orang
di seluruh dunia.
Raja Ampat mencakup 9,8 juta are tanah dan laut, rumah bagi 540 jenis karang,
1.000 jenis ikan karang dan 700 jenis moluska. Itu membuat Raja Ampat sebagai
perpustakaan hidup yang paling beragam untuk terumbu karang dunia dan biota
bawah laut. Selain itu, Raja Ampat memiliki pemandangan yang indah, terutama
dari karang bawah laut dan pantai nya.
Di bawah air Raja Ampat Island, kita bisa melihat terumbu karang banyak alam
yang tidak pernah tersentuh oleh manusia. Kita juga dapat melihat banyak ikan
yang memiliki banyak warna dan jenis. Mereka biasanya menyembunyikan antara
terumbu karang untuk beristirahat atau merenung telur mereka. Tidak hanya itu,
kita dapat melihat banyak pesawat perang dan kapal-kapal yang tenggelam
dalam Perang Dunia II
Karena pemandangan bawah lautnya yang indah, banyak wisatawan datang ke
pulau Raja Ampat. Mereka berasal dari Indonesia atau dari negara lain. Mereka
datang ke Raja Ampat dengan pesawat atau kapal, tetapi sebagian besar
wisatawan pergi ke Raja Ampat dengan pesawat untuk mempersingkat waktu
perjalanan mereka.
Ada banyak hal yang dapat Anda lihat juga di samping pemandangan bawah laut.
Anda dapat bertemu banyak nelayan di sekitar pantai, beberapa dari mereka
menjadi pemandu wisata untuk wisatawan asing. Para nelayan sangat ramah dan
mereka akan menawarkan "Pinang" (buah pinang) atau permen manis.
Raja Ampat, a very, very beautiful sight on the corner of East Indonesia. Various types of coral reefs
may not exist abroad is here. Clear sea water, with islands small islands are lined up neatly like
floating. Paradise interest of people all over the world. Papua exotic nature always contains a strong
hypnotic power for any traveler. Papua conditions that form the archipelago, presenting its own natural
charm. One of them, a spectacular destination, beach Raja Ampat. Geographically, this is nature in the
district of Manokwari, West Papua. Position is in the western hemisphere bird head of Papua Island.
raja-ampat-4
Raja Ampat archipelago itself is a series of four adjacent islands located in the western part of the
Birds Head (Vogelkoop) Papua Island. In the geographical position, these islands are under the Raja
Ampat, West Papua province. Islands this one is now being visited by divers who are interested in the
beauty of the underwater scenery. The group of four islands, namely Pulau Misool, Waigeo Island,
salawati and Batanta Island.
For lovers of the underwater tour, Raja Ampat is very fitting for your visit. If you want to visit this
place, if you fly from Jakarta which takes approximately 6 hours of sliding and stopping in Manado. Or
you can also take a tour of diving in Bali and fly from there. This sliding town like any other town
where you can get almost everything here, so although here the price is more expensive because of its
remote location.
Keindahan-kepulauan-raja-ampat-picture
Raja Ampat Islands is a place that has the potential to serve as a tourist attraction, especially tourist
dives. Raja Ampat Islands waters according to various sources, is one of the 10 best waters for diving
sites around the world. In fact, it may also be recognized as number one for the completeness of
underwater flora and fauna at the moment.
Raja Ampat is perfect for lovers of nautical tourism and divers. Specifically for divers, underwater
beauty of the waters of Raja Ampat, is their main attraction. Beach Raja Ampat have the four islands
that are large. All four, like Batanta Island, Island Waigeo, Salawti island, and the island of Misool. In
the area of these islands, not just the beauty of Raja Ampat beach alone. Raja Ampat also save valuable
rare pearl existence. What is that? Species of manta rays, gray sharks, sea horses, turtles, dugongs,
barkuda fish, tuna, and others.
Raja Ampat Archipelago, West Papua beach is the Most Beautiful and Nicest Beaches in the World.
Raja Ampat, sangat, pemandangan yang sangat indah di sudut Indonesia Timur.
Berbagai jenis terumbu karang "mungkin tidak ada di luar negeri" di sini. air laut
yang jernih, dengan pulau-pulau - pulau kecil yang berjajar rapi seperti
mengambang. Paradise kepentingan orang di seluruh dunia. Papua alam eksotis
selalu mengandung daya hipnotis yang kuat bagi setiap wisatawan. kondisi Papua
yang membentuk kepulauan, menghadirkan pesona alamnya sendiri. Salah
satunya, tujuan spektakuler, pantai Raja Ampat. Secara geografis, ini adalah alam
di Kabupaten Manokwari, Papua Barat. Posisi di barat kepala belahan burung
Pulau Papua.
raja-Ampat-4
Raja Ampat kepulauan itu sendiri merupakan rangkaian dari empat pulau yang
berdekatan terletak di bagian barat Head (Vogelkoop) Pulau Papua Burung. Dalam
posisi geografis, pulau-pulau ini berada di bawah provinsi Raja Ampat, Papua
Barat. Kepulauan ini sekarang sedang dikunjungi oleh penyelam yang tertarik
keindahan pemandangan bawah laut. Kelompok empat pulau, yaitu Pulau Misool,
Pulau Waigeo, Salawati dan Batanta Island.
Bagi pecinta wisata bawah laut, Raja Ampat sangat pas untuk kunjungan Anda.
Jika Anda ingin mengunjungi tempat ini, jika Anda terbang dari Jakarta yang
memakan waktu sekitar 6 jam dari geser dan berhenti di Manado. Atau Anda juga
dapat mengambil tur menyelam di Bali dan terbang dari sana. Ini kota geser
seperti kota lain di mana Anda bisa mendapatkan hampir semuanya di sini, jadi
meskipun di sini harganya lebih mahal karena lokasinya yang terpencil.
Keindahan-kepulauan-raja-Ampat-gambar
Kepulauan Raja Ampat merupakan tempat yang memiliki potensi untuk melayani
sebagai objek wisata, terutama penyelaman wisata. Kepulauan Raja Ampat
perairan menurut berbagai sumber, merupakan salah satu dari 10 perairan
terbaik untuk diving site di seluruh dunia. Bahkan, mungkin juga diakui sebagai
nomor satu untuk kelengkapan flora dan fauna bawah air pada saat ini.
Raja Ampat sangat cocok untuk pecinta wisata bahari dan penyelam. Khusus
untuk penyelam, keindahan bawah laut di perairan Raja Ampat, adalah daya tarik
utama mereka. Pantai Raja Ampat memiliki empat pulau yang besar. Keempat,
seperti Pulau Batanta, Pulau Waigeo, Pulau Salawti, dan pulau Misool. Di daerah
kepulauan ini, bukan hanya keindahan Raja Ampat pantai saja. Raja Ampat juga
menyimpan berharga keberadaan mutiara langka. Apa itu? Spesies pari manta,
hiu abu-abu, kuda laut, penyu, duyung, ikan barkuda, tuna, dan lain-lain.
Raja Ampat, pantai Papua Barat adalah Pantai Terindah dan Paling baik di Dunia.
Jika kita menyusuri Jalan Raya Sentani Jayapura Kota, akan tampak kultur lalulintas yang dinamis,
banyak tikungan, kesan lingkungan alamnya yang keras/penuh tantangan, namun tak kalah
masyarakatnya ramah, bersahabat dan familier.
Kota Jayapura > lumayan nampak bergairah ditandai mobilitas warganya yang tinggi dan berdiri
beberapa hotel berbintang, pertokoan modern/hypermarket, di Entrop ada Papua Trade Center, di
Hamadi ada Pasar Sentral, serta beragam usaha bisnis, sehingga kota Jayapura tak sepi aktivitas
sehari-hari. Di tengah kota juga ditemui Pasar Mama-mama Papua, tepatnya di kawasan Jalan
Percetakan, Jayapura. Tempat ini lumayan menarik, unik lantaran para penjual/pembelinya sebagian
besar adalah perempuan-perempuan Papua yang penuh semangat.
Bahkan, terakhir bertemu mereka, diundang serta dijamu sajian khas Papeda, masakan asli buatan
keluarga Yohanis Pouw, diolah dan diramu di dapur sendiri, disajikan di teras rumah dan kita makan
bareng-bareng. Sungguh mengesankan, bisa berkenalan sekaligus membangun relasi persaudaraan
dengan pace-mace di sana
Selengkapnya : http://www.kompasiana.com/jk.martono/beberapa-lokasi-menarik-di-seputaranjayapura-hasil-jepretanku_55280ec3f17e61ef0a8b4574
OMPAS.com Selama ini banyak wisatawan domestik, terutama yang berasal dari Jakarta, enggan pergi ke Raja
Ampat, Papua Barat. Hal ini karena isu mahalnya penginapan yang dikelola pihak asing di sana. Padahal, dengan
cara backpacker, kita bisa pergi ke Raja Ampat.
Para backpacker yang ingin pergi ke Kepulauan Raja Ampat, rajin-rajinlah membuka situs jalur pesawat JakartaSorong pada waktu bukan musim liburan. Untuk menuju Sorong, Anda bisa melihat situs penerbangan Batavia Air,
Wings Air, dan Express Air. Sekitar Rp 3 juta harga tiket Jakarta-Sorong pergi-pulang dengan waktu tempuh tujuh jam
karena transit di Makassar sekitar dua jam.
Dari Bandara Domine Eduard Osok di Sorong, Anda bisa berjalan kaki keluar bandara. Di luar bandara akan dijumpai
jalan utama menuju kota Sorong dan pelabuhannya. Di sana banyak sekali angkutan kota warna kuning menuju
Pelabuhan Sorong, cukup dengan ongkos Rp 3.000.
Di pelabuhan, Anda bisa naik kapal rakyat menuju ibu kota Raja Ampat. Kapal rakyat dengan biaya Rp 120.000 per
orang berlayar tiap hari sekitar pukul 14.00 WIT. Usahakan pesawat Anda datang di Sorong sebelum pukul 12.00 WIT
sehingga Anda bisa istirahat dahulu menunggu kapal berangkat. Perjalanan dengan kapal rakyat dari Sorong menuju
Raja Ampat perlu waktu sekitar dua jam.
Di Waisai, Pulau Waigeo, ibu kota Raja Ampat, Anda bisa mencari hotel-hotel dengan harga Rp 300.000-Rp 400.000
per malam. Untuk keperluan diving dan eksplorasi berlayar ke pulau-pulau Raja Ampat, Anda bisa menyewa perahu
penduduk asli.
Di Sorong terdapat banyak hotel bagus berbintang dua dan tiga yang menyediakan makanan dengan nasi dan laukpauk beragam. Para wisatawan domestik yang ingin tetap menginap di Sorong karena fasilitas tersebut bisa
the beautiful white beaches and clean sea water is very clear so that the corals and fish can be seen directly from the
dock.
The small island opposite the pier Sorido connected with white sand beaches and beautiful ocean views.Guide from
the resort will take you to see the atmosphere of the inn and surrounding islands are a lot of bali pandanus trees that
are old and fertile.
We had stopped at one of the resort with a rate of $ 2 million per person per room. We see the room is beautiful with
views of beach and blue sea that can be seen from the windows and doors. Dining facilities, sleeping, and a guide for
diving provided for guests staying at the resort. Cleanliness of the rooms and resort are very awake. Occasionally
there are marine crane that runs at the resort. To stay at the resort, you only need to send an e-mail and sign so. Your
arrival will be welcomed in the port of Sorong.
If you stay in Sorong, good seafood, such as fish, crabs, and shrimp grilled, and fast food are often found in
restaurants and food stalls tent in Sorong. Typical fish is a fish budara Sorong. This fish has a lot of meat and bones
of so rare a small thorns that can be stuck in the throat.
By-the typical Sorong is taro or taro chips, shredded bread rolls of tuna, and grilled fish budara. For souvenirs, in
Kampung Baru, Sorong, found many shops selling typical Papuan batik, such as style arrows, birds of paradise, and
drums. Suvernir form koteka and Asmat carvings also can be found in some souvenir shops in Sorong.
For the night in Sorong, along the beach wall tents are often found stalls selling various kinds of seafood, grilled
chicken, and coto Makassar. (Asita Suryanto)