En los pueblos indios, que se habían ido formando aprovechando la estructura

tributaria de los pueblos prehispánicos, se constituyeron cabildos indígenas. En

ellos se intentó reproducir el tipo de gobierno municipal que funcionaba en castilla,
pero adecuándolo a las prácticas nativas al permitir que a la cabeza del cabildo
permaneciese un gobernante, noble o cacique indígena. Con ello se buscó una
cierta complicidad entre los españoles y la nobleza indígena, hecho que implicó
que se conservasen algunos elementos autóctonos, como el uso de tierras
comunales, y se favoreciera que los pueblos nativos conservasen algunas
características de su estructura política y económica, como era el pago de tributos.
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Por otro lado, a través del Derecho Indiano se concedió a los indígenas la
categoría de vasallos del rey de España, con lo cual se les sujetaba y se les exigía
obediencia a los reyes de España. Algunos pueblos dejaron incluso de pertenecer
a un encomendero y pasaron a pagar tributo directamente a la Corona. Ello
permitió que ésta afianzara su poder sobre la población nativa, pues existía la
posibilidad de que conquistadores y colonizadores intentasen gobernarse de
manera autónoma, desconociendo el poder real. Paralelamente a la organización
de los pueblos de indios, los españoles fundaron villas y ciudades nuevas,
ciudades de españoles a las cuales se les conoce también como República de
españoles.[6] Éstas se regían igualmente por un cabildo o ayuntamiento. La
división de dos repúblicas no siempre funcionó, debido a que en los pueblos de
indios se establecieron algunos españoles y en las ciudades también convivían
junto a los españoles indios, negros y castas. La organización política colonial
dispuso su forma operativa de manera tal, que podía realizar una estrecha
vigilancia sobre quienes, en la práctica cotidiana, administraban las localidades
donde se encontraban las principales concentraciones de población, es decir,
sobre los caciques indígenas, encomenderos y corregidores en el caso de los
pueblos indios y sobre los regidores y alcaldes en el caso de los cabildos de las
ciudad