ED n2 BIOCHIMIE : Lipides, acides -amins et peptides

re 1

partie : LIPIDES

Classification des lipides

Les lipides vrais Homolipides (C,H,O) les acides gras Molcules caractre lipophiles
(vitamines liposolubles, terpnes)

Htrolipides (C,H,O + P/S/N) les glycrophospholipides

les acylglycrols les sphingolipides les crides les strols

Acides gras
Acides gras saturs
CnH2nO2

Acides gras insaturs

(x double liaisons)

Formule brute

CnH2n-2xO2

Formule semi-dveloppe
CH3-(CH2)n-2-COOH
acide n- [nC] an oque

CH3-(CH2)a-CH = CH-(CH2)b-COOH

Le nom systmatique
acide conf-p-[nC] (x) n oque

Symbole
n:x ou Cn:x (ou Cn) avec x = 0 (n:x)p ou Cn:x(p)

Nom commun
Acide laurique (laurier), acide myristique (myrte)
Acide olique (huile dolive), acide linolique (huile de lin)

Saponification et indice de saponification

Raction chaud de lhydroxyde de potassium sur les esters => hydrolyse des liaisons esters

O RC O- R + KOH

100C

O RC O-,K+ + ROH

Ester

Potasse

Sels dacide gras + alcool

Raction de saponification

Dtermination de lindice de saponification IS : quantit de potasse, exprime en mg, ncessaire pour saponifier 1 g desters dAG

Exercice 1 LIPIDES
1/ Ecrire la raction de saponification de lester thylique de lacide starique 18:0 100C (indiquer le nom des produits de la raction) 2/Calcul de son indice de saponification
Donne numrique : MKOH= 56 g.mol-1

Rponse exercice 1 LIPIDES

1/ Raction de saponification de lester thylique de lacide starique 18:0
Ethanol

CH3-(CH2)16-COOCH2CH3 + KOH

100C

CH3-(CH2)16-COO-K+ + CH3CH2OH
n-octadcanoate de potassium

Raction stchiomtrique : n mole de KOH pour n mole dester

Rponse exercice 1 LIPIDES

2/Calcul de lindice de saponification de lester thylique de lacide starique 18:0
IS : masse de KOH en mg pour 1 g dester dAG mKOH = nKOH MKOH et nKOH = nester donc mKOH = nester mKOH =
MKOH= 56 g.mol-1 Mester= 312 g.mol-1

mester MKOH = MKOH Mester

1g -1 -1 x 56 g.mol = 0,1795 g 312 g.mol IS : 179,5

Exercice 2 LIPIDES
Lindice de saponification de lester mthylique dun acide gras monoinsatur (configuration cis) non ramifi de la srie des 9 et de masse molaire inconnue a t dtermin exprimentalement : Is = 189,2 1/En dduire la masse molaire (nombre entier) de lacide gras correspondant (formule brute CnH2n-2xO2) 2/Donner sa formule semi-dveloppe, son nom systmatique, son symbole, et son nom commun

Rponse exercice 2 LIPIDES

1/ Masse molaire de lacide gras correspondant
nKOH : nombre de moles de KOH ncessaires pour saponifier 1g dester dAG Is Is= 189,2 nKOH = MKOH MKOH= 56 g.mol-1 189,2 10-3 g = 3,379 10-3 mol nKOH = 56 g.mol-1 nKOH = nester = 3,379 10-3 mol
avec nester prsent dans 1 g de matire grasse

3,379 10-3 mol dester a une masse d1 g mester 1 g Mester = = = 296 g.mol-1 nester 3,379 10-3 mol

Rponse exercice 2 LIPIDES

1/ Masse molaire de lacide gras correspondant
H R-COO-C-H H R-COOH

Mester = 296 g.mol-1 MAG = ? g.mol-1

Donc MAG = Mester MCH2 = 296 14 = 282 g.mol-1

Rponse exercice 2 LIPIDES

2/Nomenclature de lacide gras correspondant
MAG = 282 g.mol-1 et formule brute : CnH2n-2xO2 Avec AG monoinsatur donc X = 1 Donc 12n + 2n-2 + (16x2) = 282 14n = 282 30 = 252 n = 252/14 = 18 Nous en dduisons la formule brute de lAG : C18H3402 AG de la srie des 9 donc formule semi-dveloppe :
9 18 10 9 1 H3C-(CH2)7 - CH = CH - (CH2)7-COOH

Rponse exercice 2 LIPIDES

2/Nomenclature de lacide gras correspondant
9 18 10 9 1 H3C-(CH2)7 - CH = CH - (CH2)7-COOH

9
Nom systmatique : Acide cis-9-octadcnoque Symbole : C18:1(9) ou (18:1)9 Nom commun : Acide Olique

ED n2 BIOCHIMIE : Lipides, acides -amins et peptides 2me partie : Acides -amins

1- Dfinition
Un Acide Amin (AA) est une molcule possdant une fonction acide carboxylique et une fonction amine. Il existe des acides , , amins : dpend du carbone sur lequel est fix le groupe NH2 Exemples (R = chane latrale): R-NH- CH2-CH2-COOH est un acide -amin R-CH-COOH est un acide -amin NH2 Les acides -amins: classe la plus importante dacides amins, constituants des protines.

2- Les diffrents groupes dacides -amins

Classification en fonction de R : AA avec R apolaire AA avec R polaire non charg AA avec R polaire basique charg positivement AA avec R polaire acide charg ngativement

Acides amins avec R apolaire

Glycine (Gly) (G)

Alanine (Ala) (A)

Valine (Val) (V)

Leucine (Leu) (L)

Isoleucine (Ile) (I)

Methionine (Met) (M)

Proline (Pro) (P)

Phenylalanine (Phe) (F)

Tryptophane (Trp) (W)

Acides amins avec R polaire non chargs

Srine (Ser) (S)

Thronine (Thr) (T)

Cystine (Cys) (C)

Asparagine (Asn) (N)

Glutamine (Gln) (Q)

Tyrosine (Tyr) (Y)

Acides amins avec R polaire charg

Ngativement (acides)
C
Acide aspartique (Asp) (D) Acide glutamique (Glu) (E)

Positivement (basiques)
Lysine (Lys) (K) Arginine (Arg) (R) Histidine (His) (H)

3-Structure tridimensionnelle
Les acides amins peuvent tre reprsents sous forme 3D : chaque atome est reprsent par une sphre de volume et de couleur caractristique
Hydrogne Carbone Azote Oxygne Soufre

Exercice 1 acides -amins

Quel acide amin correspond lalanine dans lequel un atome dhydrogne en est remplac par un groupement hydroxyle? Rponse : srine Quel acide amin correspond lalanine dans lequel un atome dhydrogne en est remplac par un groupement acide carboxylique? Rponse : acide aspartique

Exercice 1 acides -amins

Les AA basiques lysine, arginine et histidine sont-ils hydrophiles ou hydrophobes ? Rponse : hydrophiles

Exercice 1 acides -amins

Acide aspartique
Quel acide amin ne diffre de lacide aspartique que par la prsence dun groupement -CH2- supplmentaire dans la chane latrale ? Rponse : acide glutamique

Exercice 1 acides -amins

La cystine est un des deux acides amins contenant un atome de soufre. Quel est le deuxime? Rponse : mthionine

Exercice 1 acides -amins

La glycine a un pouvoir rotatoire en solution car cet AA possde un carbone asymtrique, vrai ou faux ? Rponse : Faux, car unique acide amin sans carbone asymtrique

Exercice 1 acides -amins

Lisoleucine est un des deux acides amins possdant deux carbones asymtriques. Quel est le deuxime? Rponse : thronine

Exercice 1 acides -amins

Leucine et valine sont deux des trois acides amins branchs. Quel est le troisime?

Rponse : Isoleucine

Exercice 1 acides -amins

Il existe trois acides amins aromatiques : phnylalanine, tryptophane et ?

Rponse : tyrosine

Exercice 1 acides -amins

Quel est la particularit de cet acide amin en ce qui concerne le groupement -amin ? Rponse : Il sagit dune amine secondaire (et non primaire) comprise dans un cycle

Exercice 1 acides -amins

Tryptophane
Le tryptophane possde un noyau indole, vrai ou faux ?

Rponse : vrai
Le tryptophane et la tyrosine sont les principaux responsables de labsorption de la lumire 280 nm par les protines, vrai ou faux?

Rponse : vrai

4-Proprits acido-basiques
Les AA possdent 2 groupes ionisables lis au C : COOH/COO- et NH3+/NH2 (2 protons changeables) 2 couples acide-base : AH2/AH et AH/A Domaines de prdominance des formes ionises dun AA
COOH R-CH
+NH 3 AH2+

pKa1

COOR-CH
+NH 3

pKa2

COOR-CH NH2 ApH

pKa1

AH pI

pKa2

La forme R-CH-COOH nexiste pas en solution aqueuse NH2 A pH 7, AA existent sous forme dions dipolaires appels zwitterions ou ampholytes R-CH-COO +NH 3

4-Proprits acido-basiques
pKa dun couple acide-base = pH pour lequel 50% des molcules sont sous forme basiques et 50% sont sous forme acides
COOH R-CH
+NH 3 AH2+

pKa1

COOR-CH
+NH 3 AH

pKa2

COOR-CH NH2 ApH

pKa1

pI

pKa2

Equation Henderson-Hasselbach pH = pKa+ log [base]/[acide]

4-Proprits acido-basiques
pI (point isolectrique ou pH isolectrique) = pH pour lequel la charge globale des molcules est nulle : prpondrance de formes dipolaires
+ 1 COOH pKa1 R-CH
+NH 3 AH2+

COOR-CH
+NH 3 AH

pKa2

-1

COO-

R-CH NH2 ApH

pKa1

pI

pKa2

Calcul du pI : pI = (pKa1 + pKa2)/2

Exercice 2 acides -amins

Courbe de titration de lalanine

100% -1

pKa2=9,68

100% 0
pKa1=2,34

100% +1

1/ Commenter cette courbe de titration 2/ Expliquer les effets tampon dans les zones voisines des pKa 3/ Schmatiser les quilibres entre les diffrentes formes dionisation de lalanine ainsi que les domaines de prdominance associs

Rponse exercice 2 acides -amins

3/ Equilibres entre les diffrents tats dionisation de lalanine et domaines de prdominance associs
+NH3 +NH3

+1

NH2 pKa2 CH-CH3

CH-CH3 COOH

pKa1

0 CH-CH3 COO-

- 1 COO-

AH2+
pKa1 2,34

AH
pI = 6,01 pKa2 9,68

A-

pH

pI = ?

Exercice 3 acides -amins

Courbe de titration de lacide aspartique

pKa2=9,8

pKaR=3.65 pKa1=1.88

1- Expliquer pourquoi on nobserve pas de saut de pH entre pKa1 et pKaR 2- Schmatiser les quilibres entre les diffrentes formes dionisation de lacide aspartique ainsi que les domaines de prdominance associs

Rponse exercice 3 acides -amins

+NH3 +NH3 +NH3

CH-CH2-COOH COOH +1

pKa1

CH-CH2-COOH COO0

pKaR

CH-CH2-COOCOOpKa2 NH2 -1

Zwitterions

pI ?
+1

CH-CH2-COOCOO-2

Zwitterions

-1

-2

AH3+
pKa1 1,88

AH2
pI = 2,77

AHpKaR 3,65 pKa2 9,8

A2-

pH

Exercice 4 acides -amins

Courbe de titration de larginine
pKaR=13,0

pKa2=9,0

pKa1=2,0

Schmatiser les quilibres entre les diffrentes formes dionisation de larginine ainsi que les domaines de prdominance associs

Rponse exercice 4 acides -amins

+2 HOOC CH +NH3 -OOC (CH2)3 pKa1 NH C H2N
+NH 2

+1
-OOC CH +NH3 (CH2)3 pKa2 NH

0 CH NH2 (CH2)3
-OOC

-1 CH NH2 (CH2)3

C H2N
+NH 2

NH C H2N +NH2

pKaR

NH C H2N NH

Zwitterions

pI ?
+2 +1 0 -1

AH32+
pKa1 2,0

AH2+
pKa2 9

AH
pI = 11 pKaR 13

A-

pH

ED n2 BIOCHIMIE : Lipides, acides -amins et peptides

3me partie : Les peptides

RAPPELS LIAISON PEPTIDIQUE

Liaison peptidique = liaison covalente = liaison amide

Les 2 groupes unis par la liaison peptidique (groupement acide carboxylique et groupement -amin) ne peuvent plus tre ioniss

Exercice 1 peptides
crire la formule dveloppe du pentapeptide serylglycyltyrosinylalanylleucine (Ser-Gly-TyrAla-Leu ou SGYAL)

Rponse exercice 1 peptides

Extrmit N-terminale

Extrmit C-terminale

Exercice 2 peptides
Donner la forme dionisation prdominante (formule semi-dveloppe) du peptide Lys-Val-Asp-Gly pH = 7 et donner sa charge globale
Les pKa associs aux 4 acides amins sont donns, avec pKaR correspondant au groupe non li au C en

pKa1 Lys Val Asp Gly 2.16 2.39 1.99 2.34

pKa2 9.06 9.74 9.90 9.60

pKaR 10.54

3.90

Rponse exercice 2 peptides

Dans le tetrapeptide, seulement 4 groupements peuvent tre ioniss : NH2 CH2 CH2 CH2 CH2

CH3 CH3

COOH

H CH2 CH NH2-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COOH pKa2 (lys) et pKaR (lys) >> 7 pKaR(asp) et pKa1 (gly) << 7 prdominance de formes NH3+ pH=7 prdominance de formes COO- pH=7

Donc pH 7, le tetrapeptide est majoritairement sous la forme : +NH3 CH2 CH2 CH2 CH2

CH3 CH3

COO-

H CH2 CH +NH3-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COO-

Charge globale = 0