Вы находитесь на странице: 1из 38

Курс лекций А.С.

Спирина
по молекулярной биологии

2006 г.

Лекция 6
ОШИБКИ ТРАНСЛОКАЦИИ
C A
HIV mRNA: A A
gag-pol JUNCTION U G
C G
C G
U A
U A
C G
C G
G C
G C
U A
Asn 6 Phe 7 Leu 8 C G
U G
5'- AAU UUU UUA GG GAA GA GAAUUAAAG GGC -3'
Arg 9 Glu 10

SLIPPAGE -1
СДВИГ РАМКИ ПРИ ТРАНСЛЯЦИИ RF2-мРНК
В ОТСУТСТВИЕ RF2

25 sense codons, then UGA

RF2
A p e p tid y l-tR N A

G ly
U C
U G
C G
C G s te m -lo o p
G C
A U
U A
G A C G CA G A U C A C G A U G G A U
C
ta k e o ff U la n d in g
s ite A v a r i a b l e s p a c e r s ite
U A G A A A U A CC U CA U A A U U A A G A G A U U A U U G G A U U A G G U

50nt G A P
U C
B U G
C G
C G
G C G ly L eu
A U
U A
A U
ta k e o ff G C
s ite
G U
U A
A U
G A C G C A G A U C A C G A G A A A U A CC U C A U A A U U A A G A G A U U A U U G G A U U A G G U
la n d in g
s ite
tm RNA
21-ая АМИНОКИСЛОТА
И ЕЕ КОДИРОВАНИЕ
(Codon UGA)
G U
G C
A U
C G
G C
U A
U
G C
G C
C A
U A
A U
C C
C G
C G
G • U
G C
C G
A C G
.....GC GCU CGU GUC UG A U AAU GGC GCA AUG.....
ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛЯЦИИ
ГТФ И ЕГО НЕРАСЩЕПЛЯЕМЫЕ АНАЛОГИ
O
N
NH
O- O- O- H
-
O P O P O P O CH2 O N N NH2
O O O

OH OH
GTP

O
N
NH
O- O- O- H
-
O P CH2 P O P O CH2 O N N NH2
O O O

OH OH
GMP–PCP

O
N
NH
O- O- O- H
-
O P N P O P O CH2 O N N NH2
O H O O

OH OH
GMP–PNP

O
N
NH
O- O- O- H
-
O P O P O P O CH2 O N N NH2
S O O

OH OH
GTP (γS)
NH
NH H NHCNH2
H2NCNH H
OH H
H HO
H OH
H

O
H O
CHO H
H3C H
HO
H O
O
HO
CH2OH R = CH3NH
H R
H H
OH H

STREPTOMYCIN
A CH2OH
O
HO
H2N
OH
CH2R
O
HO
HO O
R' HO
O NH2
NH2 KANAMYCIN

B CH2NH2
O
HO
HO
NH2
H2N
O NH2
O
HO
HOH2C O
H H
H H
O OH
HO
HO
NH2
O
CH2NH2 NEOMYCIN

C CH3CHNHCH3
O

NH2
NH2 O NH2
HO O

O CH3
HO
HNCH3 GENTAMICIN
OH
NO2

HOCH
HCNHCOCHCl2
CH2OH

CHLORAMPHENICOL
H3C CH3 H H
N N
N N
OH N O N
H H
H2C O N N H H2C O N N H

HN OH O OH
H C O H C O
C C
H3C O CH2 NH2 R NH2
H3C CH3

COOH
H
HO OOCCH3
CH3 CH3

CH3
HO
H
CH3

FUSIDIC ACID
CH2OH
H O
CH
O N C
C NH

CH2CH2CH CHCH2CONH CH HC CH2OH


NH2 R1 NH2
CH2 C O

NH NH

C C
O CH H C CHNHCONH2
N
O
NH

R2 N NH
H

VIOMYCIN (TUBERACTINOMYCIN)
ИНИЦИАЦИЯ ТРАНСЛЯЦИИ
ЭПИЦИКЛ ТРАНСЛЯЦИИ
РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
ИНИЦИАЦИЯ ТРАНСЛЯЦИИ:

Назначение инициации трансляции:

(1) Установка первого кодирующего триплета мРНК на рибосоме;


установка рамки считывания кодирующей последовательности мРНК.

(2) Установка инициаторной аминоацил-тРНК в Р-участке


рибосомы;
установка донорного субстрата для первой реакции транспептидации.

(3) Мишень для регуляции белкового синтеза на уровне трансляции.


Э ук ари оты :

скан и ро ван и е трансляци я


5' 3'

СТА РТ СТО П

П рок ари оты :

трансляци я
5' 3'

СТА РТ СТО П
УЧАСТНИКИ ПРОЦЕССА ИНИЦИАЦИИ

• Малая рибосомная субъединица (30S или 40S).


• мРНК.
• Инициаторная тРНК (F-Met-tRNAf или Met-tRNAi).
• Белковые факторы инициации (IFs или eIFs).
• Большая рибосомная субъединица (50S или 60S)
на последней стадии инициации.
ЭТАПЫ ИНИЦИАЦИИ

Диссоциация рибосом, равновесная смесь 70S + 50S


80S + 60S
IF 3 / eIF 3

Ассоциация малой субчастицы с IF3/eIF3 (1 )

F - M e t - t R N A f/ M e t - t R N A i
m R N A : IF 3 IF 2 / eIF 2
:eIF 3 G TP

Ассоциация малой субчастицы с мРНК (2 ) (2 ) Ассоциация малой субчастицы с tRNAi


: IF 3 : m R N A : I F 3 :(F -M e t-tR N A f : I F 2 : G T P )
: eIF 3 : m R N A : e IF 3 :(M e t-tR N A i : e I F 2 : G T P )

(3 ) (3 )
F -M e t-tR N A f /M e t-tR N A i

Ассоциация малой субчастицы с tRNAi IF 2 / eIF 2


G TP
m R N A
Ассоциация малой субчастицы с мРНК
: IF 3 : m R N A :(F -M e t-tR N A f : IF 2 : G T P )
: e I F 3 : m R N A : (M e t-tR N A i : e I F 2 : G T P )
50S / 60S

(4 )
Присоединение большой субчастицы IF 2 : G D P / eIF 2 : G D P
IF 3 / eIF 3

7 0 S : m R N A : F -M e t-tR N A f( P )
8 0 S : m R N A : M e t - t R N A i( P )

(5 )
Связывание первой элонгаторной Aa-tRNA
7 0 S : m R N A :F - M e t - t R N A f ( P ) : A a - t R N A ( A )
8 0 S : m R N A :M e t - t R N A i( P ) : A a - t R N A ( A )
ИНИЦИАТОРНЫЕ КОДОНЫ

In Escherichia coli:
AUG ≈ 90%
GUG ≈ 10%
UUG ≈ 1%
AUU, AUA, ACG, and CUG – exceptional.

In Bacillus subtilis:
AUG 70%
UUG + GUG 30%
E. coli tRNA Met Met
f E. coli tRNA m

C A U acC A U
U A U t6A
C A C A
G C A Ψ
G C C G
G C U A
C G A U
U A A C G G G
G hU A G G hU hU A
A
m 7G
G GCUC m 7G G GAGC
U U Χ
Gm C
C CGAG C
T Ψ C CUCG T Ψ C
C G A G GUCGG hU
U G A A ACAGG
• A G
s4U s4U UGCCC
G C C G G CC U A A G C U A A
G C C G
G C A U
G C U A
C G C G
G C G C
pC A pG C
A A
C C
C C
A OH A OH
Y e ast tRNA Met Met
i Yeast tRNA m

C A U C A U
U t6A U t6A
C A C A
G C Ψ Ψ
G C G C
G C A U
A U C G
C G A U Ψ A A G
A A m 22 G m 7G 2
m 2G m 7G
G GCG C A A hU
G hU G GAG C
G m 5C
T Ψ C
2 5C
hU G A C G C m G m
m 5 CUCGG A U C hU G A C U C m 2G GAGAG
m G G A G
U 1
m A U CUC UC m 1A
G C G A GCC
* *
A A G C C A
C G A U
G C C G
C G U G
C G U A
G C C G
pA U pG C
A A
C C
C C
A OH A OH
БЕЛКОВЫЕ ФАКТОРЫ ИНИЦИАЦИИ БАКТЕРИЙ

IF1 8 kD Связывание с малой субчастицей,


стимуляция образования инициаторного 30S-комплекса.

IF2 97 kD Взаимодействие с ГТФ и


образование тройственного комплекса F-Met-tRNA:IF2:GTP,
связывание с малой субчастицей.

IF3 20 kD Диссоциация рибосом и связывание с малой субчастицей,


взаимодействие с мРНК и дискриминация тРНК.
Взаимодействие факторов инициации с 30S субъединицей
V. Ramakrishnan (2002) Cell 108: 557-572

Рис. 15.6
mRNA - 16S rRNA SD - ASD INTERACTION
3’-КОНЦЕВЫЕ СТРУКТУРЫ РИБОСОМНЫХ РНК
МАЛЫХ РИБОСОМНЫХ СУБЪЕДИНИЦ (30S и 40S)

E . coli 16S RNA: Rat 18S RNA:


G m 26 A G m 26 A
G m 26 A U m 26 A
G C G C
G C G C
A U A U
U G U G
G C G C
C G C G
C G C G
A U U A
A U U A
U G U G
5'.... G G GAUCA CCUCC UUA OH
5'.... G G GAUCAUUA OH
SCANNING OF mRNA BY 40S-eIF COMPLEX

initiation
60S
association
eIF's
40S : eIF's
translation
scanning
nGTP nGDP + nP i

nATP nADP + nP i
nATP nADP + nP i
nATP nADP + nP i

m 7 Gpp A NN AUG G 3'


G
RBS 5'-UTR INITIATION
SITE
ФАКТОРЫ, ОПРЕДЕЛЯЮЩИЕ «СИЛУ» мРНК

(1) Инициаторный кодон: AUG > GUG > UUG > AUA, etc.
(2) SD: сила спаривания с рРНК.
(3) Расстояние между AUG и SD (5 – 12 нуклеотидов – оптимально).
(4) Вовлеченность во вторичную и третичную структуру.
(5) «Энхансерные» последовательности «вверх» от SD.
”слабая” м Р Н К
5' 3'

5' 3'