Вы находитесь на странице: 1из 20

Cуществуют ли структурные домены в хроматине,

соответствующие функциональным доменам генома ?


Упаковка ДНК в ядре осуществляется в несколько этапов
Петли ДНК в ядрах клеток CHO, экстрагированных
2M раствором NaCl
Ядерный матрикс
Ядерное “гало” (nuclear halo)
Существуют различные способы оценки размеров петель ДНК,
закрепленных на ядерном матриксе. Согласно большинству имеющихся
данных, размер петель составляет от 50 до 200 т.п.н.
Для установления относительного расположения генов в петлях ДНК было
предложено анализировать относительную представленность изучаемых
фрагментов ДНК в препаратах солюбилизированной и связанной с ядерным
матриксом ДНК, полученных после дозированной обработки ядер
нуклеазами
ACTIVE VIRAL GENES IN TRANSFORMED CELLS LIE CLOSE TO THE NUCLEAR CAGE. Cook, P.R., Lang, J.,
Hayday, A., Lania. L., Fried, M., Chiswell, D.J. and Wyke, A.1982. EMBO J. 1, 447-452.

RNA IS SYNTHESIZED AT THE NUCLEAR CAGE. Jackson, D.A., McCready, S.J., Cook, P.R. 1981. Nature 292, 552-555.

RIBONUCLEIC ACID PRECURSORS ARE ASSOCIATED WITH THE CHICK OVIDUCT NUCLEAR MATRIX. Ciejek,
E.M., Nordstrom, J.L., Tsai, M.-J. and O'Malley, B.W. 1982. Biochemistry, 21, 4945-4953.

REPLICATION AND TRANSCRIPTION DEPEND ON ATTACHMENT OF DNA TO THE NUCLEAR CAGE. Jackson,
D.A., McCready, S,J. and Cook, P.R. 1984. J. Cell. Sci. Suppl. 1, 59-79.

TRANSCRIPTION OCCURS AT A NUCLEOSKELETON. Jackson, D.A. and Cook, P.R. 1985. EMBO J. 4, 919-925.

REPLICATION OCCURS AT A NUCLEOSKELETON. Jackson, D.A. and Cook, P.R. 1986. EMBO J. 5, 1403-1410.

ASSOCIATION OF TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE VITELLOGENIN II GENE WITH THE


NUCLEAR MATRIX OF CHICKEN LIVER. Jost J.-P. and Seldran, M. 1984. EMBO J. 3, 2205-2208.

THE OVALBUMIN GENE IS ASSOCIATED WITH THE NUCLEAR MATRIX OF CHICKEN


OVIDUCT CELLS. Robinson, S.I., Nelkin, B.D. and Vogelstein, B. 1982. Cell 28: 99-106.

THE ASSOCIATION OF ACTIVE GENES WITH THE NUCLEAR MATRIX OF THE CHICKEN OVIDUCT. Robinson,
S.I., Small, D., Idzerda, R., McKnight, G.S. and Vogelstein, B. 1983. Nucl. Acids Res. 15, 5113-5130.
ISOLATION OF THE NUCLEAR MATRIX USING PROGRESSIVE
NUCLEASE DIGESTION FOLLOFED BY HIGH SALT EXTRACTION. ПЕРМАНЕНТНЫЕ
и ЗАВИСЯЩИЕ ОТ
nuclear
ТРАНСКРИПЦИИ
halo участки прикрепления
ДНК к ядерному
матриксу
nuclear Total Nm-Blasts Nm-Cytes
matrix

nuclear matrix
DNA

Hybridization with cloned DNA fragments of the chicken domain of


alpha-globin genes

nuclear matrix DNA fromfrom


active nuclear
Nuclear matrix DNA
matrix fromfrom
DNA inactive
Nuclear matrix DNA nuclei of mature erythrocytes or
nuclei of erythroblasts
inactive nuclei of active nuclei of erythroblasts
sperm cells
erythrocytes
π αD αA π αD αA

ori / initiation ori / initiation 0


0 +10 kb area
+10 kb
area

permanent attachment transcription-dependent


sites attachment sites
Обнаружение MAR/SAR (SMAR) элементов

(SAR)
SARs/MARs

AT-богатые легкоплавкие последовательности. Предпочтительно денатурируют при


высоком уровне суперспирализации ДНК

Не обладают выраженной гомологией на уровне нуклеотидных последовательностей,


хотя часто содержат ААТАААYААА блоки. Другой отличительной чертой является
присутствие последовательностей, склонных к образованию изгибов и различных
неканонических вторичных струтур

Полное отсутствие видовой и тканевой специфичности

Часто присутствуют на границах ДНКазо-чувствительных доменов, но встречаются и


внутри геноов и даже в экзонах. Часто колокализуются с различными регуляторными
элем ентами

В ряде случаев, особенно часто в растительных клетках, защищают трансгены от


позиционных эффектов
MAR-связывающие белки

ARBP (Attachment Region Binding Protein) = MeCP2

SAF-A - p120 - SP120 - hnRNP U

Lamins A, B and C, NuMA and Desmin

SATB1 (special AT-rich sequence binding protein 1)


узнает легкоплавкие последовательности ДНК, включающие ATC мотивы
Не существует никаких доказательств того, что все MAR
элементы или значительная их часть связана с ядерным
матриксом в живой клетке

Протяженные фрагменты петель ДНК, организованной в хроматин,


можно удалить из инкапсулированных в агарозе ядер посредством
электроэлюции при физиологической ионной силе. При этом из ядер
удаляются многие MAR элементы.

MAR
Нет никакой разницы между MAR и SAR элементами

N UCLEUS NUCLEAR MATRIX WITH


NUCLEAR ENTANGLED DNA
HALO
HS extraction LIS extraction

MAR

treatment with
treatment with
restrictases
restrictases
NUCLEAR MATRIX AND RELEASED DNA
NUCLEAR MATRIX WITH FRAGMENTS some of which contain MARs
BOUND DNA FRAGMENTS
and CLEAVED-OFF DNA MAR-binding
sites

MAR

spontaneous reassociation of
MARs with MAR-binding sites on
the nuclear matrix

precipitation of the fast-sedimenting complexes

THE NUCLEAR MATRIX WITH RECONS TITUTED IN VITRO COMPLEX of MARs


PRE-BOUND DNA FRAGMENTS WITH the NUCLEAR MATRIX

RES ISTANT TO HS EXTRACTION NON-RESISTANT TO HS EXTRACTION


Positions of LARs on DNA can be mapped using DNA loop excision protocol

Electrophoretical separation
according to sizes
Кластер рибосомных генов разрезается топоизомеразой II
ядерного матрикса на фрагменты, размер которых кратен
длине индивидуального повтора
Общий принцип метода вырезания и петель ДНК топоизомеразой II
ядерного матрикса и последующего картирования границ петель