Вы находитесь на странице: 1из 16

В кластере рибосомных генов китайского хомячка участок прикрепления

ДНК к ядерному матриксу локализуется перед промотором и является


достаточно протяженным (3,5 т.п.н.)
В домене гена c-myc человека область прикрепления к ядерному
матриксу имеет протяженность более 4 т.п.н. и включает первый
экзон гена с-myc
Участки прикрепления ДНК к
ядерному матриксу оказались
достаточно протяженными. В
этой связи правильнее будет
говорить о районах прикрепления
к матриксу
«Loop Anchorage Regions»

B AT-богатых областях генома


районы прикрепления к матриксу
могут быть соизмеримы с длиной
петель ДНК (50 и более т.п.н.)
Транскрипционные комплексы по-видимому могут проходить
через протяженные участки прикреплкеия ДНК к ядерному
матриксу, не вызывая открепления петель

RNA
DNA DNA
RNA

Pol II Pol II

Matrix attachment region Matrix attachment region

DNA DNA
Pol II

RNA Pol II
RNA

Matrix attachment region Matrix attachment region


human dystrophin gene

the longest gene known (> 2000 kb)


rearrangements cause severe diseases
breakpoints of rearrangements are clustered in two hot-spots
there are several promoters active in different tissues

SfiI restriction A B C D E'E F G H I'I J


sites 0 500 1000 1500 2000 2500

CEN TEL
deletion hot-spots
promoters Dp427c Dp427m Dp260 Dp140 Dp116 D
p71

exons
c1 m1 2 10 44 52 60 64 79
Dystrophin gene is located at X-chromosome

It is not clear if the mode of DNA organization in loops is the same


in the active and repressed copy of X-chromosome

To facilitate interpretation of results a male cell line (Hel) with


one (active) copy of X-chromosome was selected

Dapi X-chromosome-specific probe


superimposition
A B C D E'E F G H I'I J
0 500 1000 1500 2000 2500

CEN TEL

D 50 kb 100 kb E’

Probe 1 Probe 2

VM-26 VM-26
A B C D E'E F G H I'I J
0 500 1000 1500 2000 2500

CEN TEL

200 kb 400 kb
E F
A B C D E'E F G H I'I
0 500 1000 1500 2000 2500
CEN TEL

1 2 3 4 5 67 8
Visualization of individual DNA loops

2M NaCl extraction Hybridization with biothinilated Visualization by immunostaining


probe
DNA fragment flanked by two attachment areas is organized into a single loop
A B C D E'E F G H I'I
0 50 1000 1500 2000 2500
0
CEN TEL

no Cot1 human DNA


10 µm
DNA fragment flanked by two attachment areas is organized into a single loop
A B C D E'E F G H I'I
0 50 1000 1500 2000 2500
0
CEN TEL

no Cot1 human DNA 1000X excess of Cot1 human DNA


10 µm 10 µm
A B C D E'E F G H I'I
0 50 1000 1500 2000 2500
0
CEN TEL

a short DNA fragment located


within an attachment area
resides at the nuclear matrix

a short DNA fragment located


far from attachment areas
resides at the periphery of the
nuclear halo
Probe from LAR Probe from loop