Вы находитесь на странице: 1из 13

БИОХИМИЯ, 2005, том 70, вып. 11, с.

1445 - 1458

УДК 577.112

ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА: РОЛЬ


КОРОТКИХ РНК И МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК* **
Обзор
© 2005 г. М.С. Кленов***, В.А. Гвоздев
Институт молекулярной генетики РАН,
123182 Москва, пл. Академика Курчатова, 2;
факс: (095)196-0221, электронная почта: klenov@img.ras.ru
Поступила в редакцию 05.03.05

Рассматривается роль коротких двухцепочечных РНК в образовании «молчащей» структуры хроматина. От-
мечается, что короткие РНК участвуют в регуляции транскрипции отдельных генов, подавлении экспрес-
сии транспозонов и поддержании функциональной структуры протяженных участков гетерохроматина. Об-
суждаются взаимосвязи процессов репрессии генов с помощью коротких РНК, модификаций гистонов и
метилирования ДНК, а также особенности механизмов РНК-зависимого формирования «неактивного»
хроматина у различных групп эукариот.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: гетерохроматин, РНК-интерференция, двухцепочечная РНК, короткие РНК, сай-
ленсинг генов, метилирование ДНК, транспозоны.

Модификации гистонов в составе нуклеосом — дрожжей, нематоды С. elegans, дрозофилы, мле-


универсальный способ регуляции структуры копитающих и растений [5—9]. Неактивный
хроматина и транскрипции генов эукариот. Раз- хроматин у растений, у некоторых грибов и у
нообразие возможных модификаций гистонов и позвоночных, наряду с НЗК9Ме, может быть ас-
их сочетаний позволяет создать так называемый социирован с наличием 5'-метилцитозина в сос-
гистоновый код — эпигенетические метки, спе- таве ДНК, что способствует дополнительной бо-
цифически узнаваемые активирующими или лее глубокой репрессии. Однако метилирование
репрессирующими факторами [1]. Например, ДНК является менее консервативным в эволю-
одной из важных модификаций, характерной ции способом эпигенетической регуляции по
для неактивного хроматина, является метилиро- сравнению с гистоновым кодом и отсутствует
вание лизина (К) гистона НЗ по положению 9 от (или практически отсутствует) у дрожжей, нема-
N-конца молекулы (НЗК9Ме) [2—5]. Напротив, в тоды и дрозофилы [10—12].
составе хроматина активно транскрибируемых Геномы эукариот содержат протяженные об-
генов гистон НЗ имеет, как правило, ацетилиро- ласти активно транскрибируемого эухроматина
ванный лизин 9 (НЗК9Ас), а также метилирован- и «молчащего» компактизованного гетерохро-
ный К4 (НЗК4Ме). Эти, а также многие другие матина, который подразделяется на конститу-
модификации гистонов выполняют сходные тивный и факультативный [13]. Конститутив-
функции репрессии или активации генов у ный гетерохроматин расположен в основном в

Принятые сокращения: дцРНК — двухцепочечная РНК, RISC — РНК-зависимый комплекс репрессии (RNA
induced silencing complex), siPHK — малые интерферирующие РНК (short interfering RNA), RdRp — РНК-зависимая РНК-
полимераза (RNA-directed RNApolymerase), HMT - гистонметилтрансфераза (histone methyltransferase), HDAC — гистон-
деацетилаза (histone deacetylase), RITS — РНК-зависимый комплекс подавления транскрипции (RNA-induced initiation of
transcriptional silencing), MBD — домен связывания с метилированной ДНК (methyl DNA binding domain), LTR — длинные
концевые повторы (long terminal repeats).
* Статья написана в связи с юбилеем Б.Ф. Ванюшина, которому был посвящен выпуск журнала «Биохимия» (2005, том
70, вып. 5). На рубеже 60-70-х годов прошлого века им была обнаружена изменчивость характера метилирования ДНК в
развитии, а также связь этого процесса с образованием опухолей.
** Первоначально английский вариант рукописи был опубликован на сайте «Biochemistry» (Moscow), Papers in Press, BM
05-053, 24.07.2005.
*** Адресат для корреспонденции и запросов оттисков.

1445
1446 КЛЕНОВ, ГВОЗДЕВ

теломерных и центромерных районах хромосом RISC осуществляет разрезание молекул мРНК-


и наполнен повторяющимися последователь- мишени в участках, полностью комплементар-
ностями и инсерциями мобильных элементов. ных коротким РНК [25, 26, 28], в результате чего
Число уникальных генов в составе конститутив- мРНК деградирует. Если siPHK имеют не-
ного гетерохроматина чрезвычайно мало. При- сколько неспаренных с мРНК нуклеотидов, то
мером образования факультативного гетерохро- мРНК не разрезается, но перестает транслиро-
матина является инактивация одной из двух ваться рибосомой [33, 34]. Причина подавления
Х-хромосом млекопитающих [14]. Гетерохрома- трансляции, направляемого короткими РНК, не
тин характеризуется гипоацетилированными выяснена. Центральным компонентом комп-
гистонами и высоким содержанием НЗК9Ме, а у лекса RISC являются белки семейства Argonaute
растений и млекопитающих участки гетерохро- (AGO) [35—37], характеризующиеся наличием
матина содержат, как правило, метилированную доменов PAZ и PIWI [38]. Функция PAZ-домена
ДНК [1, 10, 15]. Метилирование гистона НЗ не- состоит в специфическом связывании siPHK
обходимо для связывания консервативных бел- [39—41]. PIWI-Домен, структурно схожий с
ков гетерохроматина, в частности белка НР1 РНКазой Н [42], может осуществлять расщепле-
(heterochromatic protein 1) [16, 17]. Несмотря на ние мРНК, что было показано для белка AGO-2
активное изучение путей формирования гете- человека [37]. Консервативные белки семейства
рохроматина, стадия инициации этого процесса Argonaute обнаружены у архей и практически у
остается далекой от понимания. В последнее всех эукариот, за исключением почкующихся
время считается, что специальные некодирую- дрожжей S. cerevisiae. Мутации в генах, кодиру-
щие молекулы РНК играют существенную роль ющих белки Argonaute, приводят к нарушению
в индукции образования гетерохроматина [14, процессов подавления генной экспрессии с
18, 19]. Одним из примеров участия молекул участием дцРНК («РНК-сайленсинга») у эука-
РНК в эпигенетической регуляции является ме- риот [43-50].
ханизм репрессии хроматина с помощью двух- Регуляторной функцией подавления экспрес-
цепочечной РНК (дцРНК) и так называемых сии гена обладают и короткие РНК другого про-
коротких РНК. исхождения, так называемые микро-РНК. Они
образуются нуклеазой Dicer из кодируемых в ге-
номах животных и растений РНК-предшествен-
МЕХАНИЗМЫ ПОДАВЛЕНИЯ ников, имеющих структуру шпильки [51]. В от-
ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С личие от длинной молекулы дцРНК, которую
ПОМОЩЬЮ дцРНК Dicer нарезает на статистический набор различ-
ных по нуклеотидной последовательности
В 1998 г. была обнаружена способность моле- siPHK, микро-РНК всегда представляет собой
кул дцРНК, инъецированных в организм нема- олигонуклеотид, вырезаемый из предшествен-
тоды С. elegans, эффективно подавлять экспрес- ника-шпильки по строго определенным пози-
сию гомологичных по нуклеотидной последова- циям. Микро-РНК участвуют в регуляции
тельности генов (явление РНК-интерференции) экспрессии различных мРНК, связываясь, как пра-
[20]. Впоследствии те же эффекты дцРНК были вило, с комплементарными сайтами в З'-нетранс-
отмечены у других животных, а также у расте- лируемых областях. Так же как и siPHK, микро-
ний, грибов и простейших [21—23]. Молекуляр- РНК могут разрезать мРНК-мишень, если их
ный механизм РНК-интерференции сначала нуклеотидные последовательности полностью
исследовался в основном с использованием комплементарны, или останавливать трансляцию,
бесклеточных систем дрозофилы [24—28], а в если комплементарность частичная [51, 52].
дальнейшем — на культуре клеток млекопитаю- siPHK наряду с описанной посттранскрип-
щих [29—31]. Длинные молекулы дцРНК наре- ционной репрессией мРНК в цитоплазме могут
заются (процессируются) в клетке нуклеазами подавлять транскрипцию гомологичного гена,
семейства РНКазы III Dicer на короткие двух- вызывая локальное изменение структуры хро-
нитевые РНК длиной 20—25 нуклеотидов матина в ядре. Было показано, что образование
(siPHK — short interfering RNA), которые имеют коротких РНК, соответствующих активно тран-
одноцепочечные выступающие динуклеотид- скрибируемому гену, приводит у делящихся
ные З'-ОН концы и фосфорилированные 5'-кон- дрожжей S. pombe, растений и в культуре клеток
цы [27, 28]. Затем siPHK могут включаться в сос- человека к снижению транскрипции, которое
тав белкового комплекса RISC (RNA induced коррелирует с увеличением количества метили-
silencing complex), который «выбирает» одну из рованных гистонов НЗК9Ме [53-55]. Репрессия,
комплементарных цепей РНК [32] и обеспечи- индуцированная siPHK, у млекопитающих и
вает ее взаимодействие с гомологичной мРНК. растений сопровождается также метилировани-

БИОХИМИЯ том 70 вып. И 2005


ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА 1
447

ем гомологичных участков ДНК [55—57]. Таким щие по последовательности центромерным по-


образом, молекулы siPHK, образовавшиеся из вторам [64]. Мутации в генах, кодирующих Dicer,
длинной дцРНК, могут вызвать локальное обра- белок Argonaute и RdRp, приводят к потере
зование гетерохроматина. Прямой индукции НЗК9Ме и Swi6 в центромерном гетерохромати-не
транскрипционной репрессии с помощью гомо- и активной транскрипции повторов [48].
логичной дцРНК у нематоды и дрозофилы по- Аналогичный эффект вызывают мутации в ге-
казано не было. Тем не менее ряд данных свиде- нах, кодирующих Swi6 и гистонметилтрансфе-
тельствует о том, что аппарат РНК-интерферен- разу (НМТ), метилирующую К9 гистона НЗ.
ции дрозофилы может влиять на структуру хро- Согласно предложенной модели (схема 1) обра-
матина [58]. Участие эндогенных молекул зующаяся на центромерных повторах дцРНК
дцРНК в формировании гетерохроматина отме- нарезается нуклеазой Dicer на siPHK, которые в
чено у S. pombe и растений [48, 54]. составе белкового комплекса RITS взаимодей-
Таким образом, разные эффекторные комп- ствуют с гомологичными по последовательнос-
лексы, содержащие короткие РНК, могут осу- ти участками центромерной ДНК и привлекают
ществлять подавление трансляции, расщепле- НМТ [48]. Белок Swi6 связывается с НЗК9Ме, что
ние мРНК (комплекс RISC) или индуцировать приводит к компактизации хроматина.
репрессию хроматина (комплекс RITS — RNA- В составе комплекса RITS, отвечающего за
induced initiation of transcriptional silencing). Эти репрессию хроматина, были обнаружены следу-
мультибелковые комплексы различны по соста- ющие белки: Argonaute, TAS3 с неизвестной
ву входящих в них белков, однако все они содер- функцией и Chpl [61]. Chpl содержит консерва-
жат белки семейства Argonaute [59—61]. Мута- тивный хромодомен, характерный для белков
ции в генах, кодирующих Argonaute, нарушают хроматина, и отвечает, по-видимому, за стаби-
дцРНК-зависимую деградацию мРНК [35, 37, лизацию RITS на центромерных повторах. Ос-
43, 45, 59, 60], подавление трансляции с по- тается неясным, каким образом siPHK в составе
мощью микро-РНК [51, 59, 62], а также вызван- RITS-комплекса распознают свою мишень.
ное короткими РНК подавление транскрипции Возможно, siPHK взаимодействуют с гомоло-
[44,48,54]. гичной ДНК, образуя РНК-ДНК-гибрид, или
Мы рассмотрим механизмы дцРНК-зависи- же siPHK связываются с новообразованными
мой гетерохроматинизации у различных эукари- транскриптами, после чего комплекс RITS
от, ее роль в регуляции собственных генов орга- привлекает метилазу гистонов к находящемуся
низма, в защите генома от чужеродных последо- поблизости участку хроматина.
вательностей ДНК (трансгенов) и в подавлении Функция RdRp состоит, по-видимому, в уси-
активности подвижных элементов. лении сайленсинга. Предполагаются два меха-
низма, позволяющие RdRp амплифицировать
центромерные транскрипты, но не другие кле-
КОРОТКИЕ РНК И ФОРМИРОВАНИЕ точные РНК. Во-первых, RdRp может исполь-
ГЕТЕРОХРОМАТИНА У ДРОЖЖЕЙ зовать однонитевую siPHK в качестве затравки
для синтеза. Во-вторых, RdRp, обнаруженная в
Участие siPHK в процессе модификации комплексе с репрессированным хроматином,
гистонов было показано при изучении гетерохро- может амплифицировать транскрибируемую с
матина центромерных районов хромосом деля- центромерных повторов РНК in situ [48, 65, 66].
щихся дрожжей S. pombe [48]. Хроматин центро- Описанная схема сайленсинга центромерных
мерной области обогащен НЗК9Ме и белком повторов моделируется введением в геном S.
Swi6, дрожжевым аналогом белка НР1 многокле- pombe конструкции, продуцирующей дцРНК,
точных эукариот [63]. Составляющие центро- гомологичную выбранному гену, что сопровож-
мерный район повторенные последовательнос- дается метилированием НЗК9, связыванием
ти, напоминающие по структуре мобильные Swi6 и инактивацией гена [53].
элементы, транскрибируются слабо. Транскрип- Присутствие Swi6 на центромерных повто-
ция происходит с обеих нитей ДНК, в результате рах необходимо для связывания когезина — кон-
чего формируются двухцепочечные транскрип- сервативного белка, обеспечивающего правиль-
ты. дцРНК может образовываться также на мат- ное функционирование центромеры при рас-
рице однонитевой РНК с помощью РНК-зави- хождении хромосом в митозе [67]. Мутации, на-
симой РНК-полимеразы (RdRp — RNA-directed рушающие образование какого-либо из компо-
RNA polymerase), которая обнаружена в составе нентов системы сайленсинга (Argonaute, Dicer,
центромерного хроматина [48]. С использова- RdRp, а также Swi6 и НМТ), блокируют митоз
нием технологии «клонирования коротких на стадии анафазы [68, 69]. Таким образом, ко-
РНК» были обнаружены siPHK, соответствую- роткие РНК играют важную роль в когезии хро-

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


1448 КЛЕНОВ, ГВОЗДЕВ

матид и обеспечении нормального прохождения ОСОБЕННОСТИ РНК-САЙЛЕНСИНГА


митоза у дрожжей. РАСТЕНИЙ
Аппарат РНК-интерференции у S. pombe
обеспечивает также транскрипционную репрес- У растений, как и у S. pombe, дцРНК вызыва-
сию группы генов, отвечающих за спорообразо- ет формирование репрессивной структуры хро-
вание [53]. В то же время нарушение генов матина в генах, обладающих комплементарны-
РНК-интерференции не влияет на поддержание ми нуклеотидными последовательностями. Од-
структуры факультативного гетерохроматина в нако в отличие от дрожжей у растений репрес-
локусе, определяющем тип спаривания (МАТ- сия достигается не только путем метилирования
локус), однако приводит к дефектам при уста- гистонов, но и путем метилирования ДНК. Этот
новлении репрессии [70]. Заметим также, что процесс описывается как РНК-зависимое мети-
глобальный анализ регуляции транскриптом S. лирование ДНК. Трансгенные конструкции,
pombe, выполненный с помощью «микрочипов», продуцирующие дцРНК, гомологичную промо-
не выявил строгой корреляции между репрессией, торам генов, вызывают их метилирование и
направляемой НМТ и аппаратом РНК-интер- уменьшение уровня транскрипции [56, 72]. Му-
ференции [71]. Таким образом, поддержание танты по генам Dicer, Argonaute и RdRp оказы-
репрессированного хроматина во многих случа- ваются дефектными, по крайней мере частично,
ях происходит без участия коротких РНК. по метилированию ДНК [44, 54, 73—76].

Схема 1. Механизм подавления экспрессии генов с участием дцРНК у S. pombe. Длинные молекулы дцРНК, возникшие в
результате транскрипции комплементарных цепей ДНК или за счет амплификации РНК при участии РНК-зависимой
РНК-полимеразы (RdRp), нарезаются эндонуклеазой Dicer на siPHK. siPHK в составе белкового комплекса RISC осущест-
вляют расщепление комплементарных молекул мРНК, а в составе RITS-комплекса взаимодействуют с гомологичным по
нуклеотидной последовательности локусом в геноме. Комплекс RITS, включающий в себя белки Argonaute (AGO), TAS3
и Chpl, привлекает метилазу гистонов (НМТ), метилирующую К9 гистона НЗ (MetK9). Белок Swi6 связывается с MetK9,
что приводит к компактизации хроматина. RdRp взаимодействует с репрессированным хроматином и осуществляет син-
тез дцРНК на матрице новообразованной однонитевой РНК, усиливая эффект репрессии

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА 1
449

Механизм РНК-зависимого метилирования ну организма (эндогену), то экспрессия послед-


ДНК у растений участвует в репрессии транспо- него также подавляется. Косупрессия обнаруже-
зонов, регуляции некоторых эухроматиновых ге- на у многих растений, а также у гриба-аскоми-
нов, а также служит для борьбы с вирусами и цета Neurospora crassa [84—86]. В последнем слу-
приводит к репрессии трансгенов, вводимых в чае это явление обозначается как подавление
геном растения (явление косупрессии). Аппарат (quelling). Феномен косупрессии был описан в
РНК-интерференции необходим также для об- 1990 г. (задолго до открытия репрессорных
разования и функционирования микро-РНК, свойств дцРНК) так: введение в геном Petunia
регулирующих экспрессию большого числа ге- hybrida дополнительных копий гена, ответствен-
нов растений, в основном на посттранскрипци- ного за синтез красного пигмента цветков, пара-
онном уровне [51, 77]. В то же время некоторые доксально снижало количество пигмента по
микро-РНК растений вызывают метилирование сравнению с таковым у нетрансформированных
комплементарных последовательностей ДНК растений [87, 88]. Исследования, проведенные
[78]. на различных системах, показали, что косупрес-
Отметим, что родственные белки РНК-ин- сия осуществляется как в результате расщепле-
терференции у растений кодируются несколь- ния молекул мРНК в цитоплазме (PTGS — post
кими генами, что значительно осложняет гене- transcriptional gene silencing), так и в результате
тические исследования сайленсинга. В отличие подавления транскрипции (TGS — transcriptional
от S. pombe, геном которых содержит уникаль- gene silencing), вызванного метилированием
ные гены, кодирующие Dicer, RdRp и Argonaute, остатков цитозина в составе промоторов транс-
у Arabidopsis существуют четыре различных гена генов и гомологичных эндогенов [89—92].
Dicer, а также по меньшей мере три функцио- Выявление комплементарных трансгенам
нально активных гена RdRp и десять генов коротких РНК, присутствие которых коррели-
Argonaute [46, 74]. Различные белки, принадле- ровало с наличием сайленсинга [93], позволило
жащие к одному семейству, могут быть вовлече- заключить, что косупрессия определяется обра-
ны в осуществление разных типов РНК-сайлен- зованием дцРНК. дцРНК может возникать в ре-
синга или выполнять перекрывающиеся функ- зультате двунаправленной транскрипции транс-
ции. Кроме того, отдельные белки могут экспрес- генов или с участием RdRp, которая, связываясь
сироваться тканеспецифично или только на оп- с трансгенной РНК, осуществляет синтез комп-
ределенных стадиях развития, что было показа- лементарной цепи [73, 94]. RdRp может синте-
но, например, для белка AGO7 у Arabidopsis [79]. зировать РНК без затравки или использовать
У растений обнаружено два класса siPHK: одноцепочечную siPHK в качестве праймера. В
«короткие» (21—22 нуклеотида (нт.)) и более длин- последнем случае репрессия может распростра-
ные (24—26 нт.) [80, 81], в образовании которых няться в направлении 5'-конца гена, если перво-
у Arabidopsis участвуют белки Dicer2 и DicerS начально существовала только siPHK, компле-
соответственно (схема 2) [74]. Короткие siPHK ментарная З'-концу гена [95]. Амплификация
предположительно участвуют в расщеплении РНК как с siPHK-затравкой, так и без затравки
молекул РНК в составе комплекса RISC, а более была показана на растительных бесклеточных
длинные siPHK осуществляют репрессию хро- системах in vitro [81]. Однако остается неясным,
матина и метилирование ДНК [74, 80]. Кроме как RdRp, инициируя косупрессию, распознает
того, длинные siPHK могут играть роль сигналь- РНК, считываемую с трансгенов, отличая ее от
ных молекул в системном сайленсинге [80, 82] — других РНК. Возможно, амплификации подвер-
распространении репрессии, индуцированной в гаются лишь те молекулы РНК, которые накап-
локальной области растения, по всему организ- ливаются в неестественно большом количестве.
му [77, 83]. В отличие от растений у S. pombe Действительно, введение в геном трансгенов
единственный Dicer образует siPHK, которые под контролем сильных промоторов приводит к
осуществляют как деградацию мРНК, так и ре- более мощной косупрессии [96, 97]. Кроме того,
прессию на уровне хроматина [60]. неправильные аберрантные транскрипты, напри-
мер лишенные кэпа, могут быть предпочтитель-
ными матрицами для RdRp: косупрессия усили-
КОСУПРЕССИЯ У РАСТЕНИЙ вается при мутации гена 5'—3' экзонуклеазы,
разрушающей лишенные кэпа мРНК [98]. У
Явление косупрессии заключается в том, что растений, несущих одновременно мутации в ге-
общий уровень экспрессии трансгенов может нах, кодирующих эту нуклеазу и RdRp, происхо-
резко снижаться или даже полностью подав- дит накопление транскриптов без кэпа [98]. Од-
ляться при увеличении числа их копий в геноме. нако причина возникновения аберрантных
Если трансгены гомологичны собственному ге- транскриптов неизвестна. Возможно, этапом

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


1450 КЛЕНОВ, ГВОЗДЕВ

встраивания трансгена в геном определяется рования всех типов сайтов de novo и помимо это-
последующее образование дцРНК. Эта модель го вовлечены в поддержание метилирования
предполагает, что трансген в момент интеграции CNG- и CNN-сайтов [54, 111, 112]. Метилаза
получает определенные «эпигенетические мет- СМТЗ (Chromomethylase3, имеет хромодомен)
ки», которыми могут быть модификации гисто- совместно с DRM1/DRM2 участвует в поддер-
нов или метилированные цитозины ДНК. В ре- живающем метилировании CNG- и CNN-сайтов
зультате этого с трансгенным локусом в геноме [111, ИЗ, 114]. Метилирование всех типов сай-
взаимодействует RdRp, амплифицирующая ло- тов ДНК у Arabidopsis нарушается также при му-
кально образуемые транскрипты. Такой меха- тации гена DDM1 (Decrease DNA Methylationl)
низм мог возникнуть в эволюции растений как [115], кодирующего компонент АТР-зависимого
способ борьбы с инвазией ретровирусов и размно- комплекса ремоделинга хроматина. Этот комп-
жением мобильных элементов. лекс изменяет пространственное расположение
Мутации, нарушающие косупрессию транс- ДНК на глобуле гистонов и осуществляет ее пе-
генов, приводят также к сверхчувствительности ремещение по цепи ДНК [116]. Однако конкрет-
растений к РНК-вирусам [86]. Триггером сай- ная роль комплекса ремоделинга в процессе ме-
ленсинга вирусов являются дцРНК-интермеди- тилирования ДНК неизвестна.
аты, образуемые при репликации вируса. Если Процессы метилирования гистонов и мети-
геном растения содержит в составе трансгенов лирования ДНК связаны между собой, что впер-
последовательности, гомологичные РНК-виру- вые было обнаружено у гриба N. crassa. Мутация
су, то последующее заражение растения этим в гене dim5, кодирующем НЗК9 метилтрансфе-
вирусом приводит к метилированию ДНК разу гистонов, нарушает как метилирование
трансгенов [99—101]. Трансгены, содержащие гистонов, так и метилирование ДНК [117, 118].
вирусные последовательности, индуцируют рас- В то же время мутация в гене единственной
щепление гомологичной вирусной РНК и пре- ДНК-метилазы dim2, полностью снимающая
пятствуют развитию вирусной инфекции [102 все геномное метилирование, не влияет на ме-
—104]. Таким образом, сайленсинг, основанный тилирование гистонов [119]. Таким образом, ме-
на образовании дцРНК, позволяет растениям тилирование ДНК у N. crassa определяется ме-
бороться с привнесенными извне генами, что тилированием К9 гистона НЗ, но не наоборот.
обеспечивает своего рода иммунную защиту на Было показано, что ДНК-метилтрансфераза
уровне нуклеиновых кислот [105]. dim2 непосредственно взаимодействует с НР1
[120]. Следовательно, НР1 у N. crassa играет
роль «мостика» между НЗК9Ме и метилированием
МЕТИЛИРОВАНИЕ ДНК И цитозинов в ДНК. У растений (Arabidopsis)
АППАРАТ РНК-ИНТЕРФЕРЕНЦИИ обнаружен противоположно направленный
процесс: метилирование гистонов направляется
В геномах растений метилированию подвер- метилированными CG-сайтами ДНК [121—123].
гаются остатки цитозинов в составе палиндром- В то же время у Arabidopsis метилирование сай-
ных CG-, CNG-, а также несимметричных тов CNG и CNN зависит от метилирования гис-
CNN-сайтов (где N — любой нуклеотид). У гри- тонов [124, 125].
бов и млекопитающих метилирование происхо- Метилирование последовательностей ДНК
дит в основном по CG-сайтам [11, 106]. Выделя- под воздействием гомологичных им дцРНК бы-
ют два типа метилирования ДНК: de novo и под- ло обнаружено у растений и затем у млекопита-
держивающее метилирование, которое осущест- ющих. Однако процесс метилирования далеко
вляется на «полуметилированной» ДНК-матри- не всегда зависит от РНК. У гриба N. crassa, ко-
це, несущей после репликации метилированные торый обладает системами РНК-сайленсинга и
цитозины только в «родительской» цепи. Под- метилирования ДНК, взаимосвязи между двумя
держивающее метилирование позволяет устой- этими системами обнаружено не было [126,
чиво наследовать репрессированное состояние 127]. Мутации в генах РНК-интерференции у N.
ДНК при клеточных делениях. Геном Arabidopsis crassa не приводят к снижению уровня метили-
содержит по меньшей мере десять генов, коди- рования генома, которое затрагивает главным
рующих ДНК-метилтрансферазы, из которых образом повторяющиеся элементы [127]. Отме-
четыре охарактеризованы [107]. Метилаза тим, что и у растений РНК-независимое мети-
МЕТ1, гомолог Dnmtl-метилазы млекопитаю- лирование ДНК, по-видимому, более широко
щих, осуществляет как de novo [108], так и под- распространено, чем РНК-зависимое [128, 129].
держивающее [108—110] метилирование CG- Разные системы генов контролируют у
сайтов. Метилазы DRM1 и DRM2 (Domains Arabidopsis инициацию и поддержание РНК-за-
Rearranged Methylase) необходимы для метили- висимого метилирования ДНК. Это было пока-

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА 1
451

зано на примере сайленсинга гена FWA, кото- Основываясь на результатах генетических


рый кодирует гомеобелок, контролирующий исследований разных систем сайленсинга, ме-
цветение. FWA содержит в промоторе тандем- ханизм РНК-зависимого метилирования ДНК у
ные повторы, являющиеся мишенью для эндо- растений можно иллюстрировать схемой 2.
генных siPHK, возникающих при транскрипции Длинные молекулы дцРНК, образующиеся в ре-
мобильных элементов [129]. Трансген FWA ока- зультате репликации РНК-вируса в цитоплазме,
зывается репрессированным при интеграции в действия клеточной RdRp или за счет тран-
геном растения дикого типа, но не мутантов по скрипции обеих цепей трансгенной или эндо-
DicerS, RdRp, AGO4 [75] и двойных мутантов в генной ДНК, нарезаются белком DicerS на 24
генах, кодирующих ДНК-метилазы DRM1/DRM2 —26 нт. siPHK. siPHK включаются в комплекс,
[75, 111, 112]. В то же время эти мутации не вли- сходный, по-видимому, с комплексом RITS у
яют на процесс поддержания метилирования дрожжей и содержащий белок семейства
CG-сайтов и не вызывают дерепрессию эндо- Argonaute. Этот комплекс взаимодействует с
генного FWA [75]. Таким образом, белки, ответ- хроматином и привлекает метил азы, способные
ственные за образование и функционирование метилировать ДНК de novo: DRM1/DRM2 мо-
siPHK, участвуют только в установлении мети- дифицируют сайты CNG/CNN, а комплекс трех
лирования. Поддержание репрессированного метилаз (MET1/DRM1/DRM2) метилирует CG-
хроматина в последующих поколениях происхо- сайты [75, 108, 111]. Здесь же может участвовать
дит при участии ДНК-метилазы МЕТ1. Мута- АТР-зависимый комплекс ремоделинга нуклео-
ция по МЕТ1 приводит к дерепрессии эндоген- сом [131], который обеспечивает доступность
ного FWA в результате деметилирования CG- определенных участков ДНК для метилирова-
сайтов [130]. ния. Метилированные цитозины опознаются

Схема 2. Механизм репрессии хроматина, направляемой молекулами дцРНК у растений (Arabidopsis). Молекулы дцРНК
образуются в результате репликации РНК или транскрипции некоторых локусов в геноме. Белки Dicer процессируют
дцРНК с образованием двух типов siPHK: коротких (21—22 нт.) и более длинных (24—26 нт.). siPHK длиной 21—22 нт.
участвуют в расщеплении молекул РНК; siPHK длиной 24-26 нт. осуществляют репрессию на уровне хроматина, а также
участвуют в системном распространении сайленсинга в организме. Взаимодействующий с хроматином комплекс, содер-
жащий siPHK, AGO и другие белки, привлекает метилазы DRM и МЕТ1, метилирующие ДНК de novo. Метилированные
цитозины (тС) узнаются белками MBD, которые могут взаимодействовать с деацетилазами (HDAC) и метилтрансфера-
зами (НМТ) гистонов. Деацетилаза гистонов снимает ацетильную группу лизина 9 гистона НЗ (АсК9). Метилаза гистонов
метилирует лизин 9 (MetK9), который узнается хромодоменом ДНК-метилазы СМТЗ. В поддержании метилирования
участвует ДНК-метилаза МЕТ1. ДНК в составе репрессированного хроматина транскрибируется РНК-полимеразой IV
(Pol IV), а новосинтезированные транскрипты служат матрицей для синтеза дцРНК, осуществляемого RdRp

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


1452 КЛЕНОВ, ГВОЗДЕВ

белками, содержащими домены MBD (Methyl рохроматину, несущему НЗК9Ме и метилирован-


DNA Binding Domain), которые в свою очередь ную ДНК. RdRp, взаимодействуя с Pol IV и ис-
могут связывать гистондеацетилазы (HDAC) и пользуя синтезируемые транскрипты в качестве
метилтрансферазы (НМТ). Участие последних в матрицы, может образовывать дцРНК, соответ-
процессе РНК-зависимого метилирования бы- ствующую участкам гетерохроматина (схема 2).
ло показано в работах [54, 132]. HDAC снимает Таким образом, функция Pol IV/ RdRp может
ацетильную группу с К9 гистона НЗ, открывая и состоять в обеспечении пула siPHK, поддержи-
делая доступным лизин 9 для НМТ. НЗК9Ме вающих репрессированное состояние хроматина
узнается хромодоменом ДНК-метилазы СМТЗ, [133, 134]. Взаимодействием RdRp с хроматином,
осуществляющей совместно с DRM1/DRM2 как было отмечено выше, можно объяснить и
поддерживающее метилирование сайтов CNN и возникновение дцРНК при косупрессии.
CNG, в то время как МЕТ1 поддерживает мети-
лирование CG-сайтов.
Мутации в генах, кодирующих ДНК-метила- РОЛЬ дцРНК В ПОДАВЛЕНИИ
зу МЕТ1 и белок DDM1, приводят к исчезнове- ТРАНСКРИПЦИИ МОБИЛЬНЫХ
нию siPHK в различных системах сайленсинга, ЭЛЕМЕНТОВ У РАСТЕНИЙ И ДРОЖЖЕЙ
что указывает на участие этих белков в стабили-
зации siPHK [128, 129]. Возможно, МЕТ1 и У многих эукариот обнаружены дцРНК и
DDM1 входят в состав siPHK-содержащего siPHK, соответствующие последовательностям
комплекса. Для подтверждения этой модели ретротранспозонов и ДНК-транспозонов [74,
требуются дополнительные биохимические ис- 135—140]. Мобильные элементы часто могут
следования. Исчезновение siPHK на фоне мута- транскрибироваться как в прямом, так и в об-
ций в генах белков хроматина можно объяснить ратном направлении. Противоположное направ-
также тем, что образование siPHK является не ление транскрипции может определяться
только причиной, но и следствием метилирова- собственными «антисмысловыми» промотора-
ния ДНК. Это означает, что репрессивная ми транспозонов или находящимися рядом с
структура хроматина локуса может как-то сти- инсерцией элемента внешними промоторами
мулировать локальное образование коротких [141]. Кроме того, инвертированные участки в
РНК. транскриптах мобильных элементов могут обра-
Оказалось, что один из генов Arabidopsis, зовывать протяженные шпилечные структуры
идентифицированных в результате поиска супрес- [138]. Источником дцРНК является также гете-
соров РНК-сайленсинга, кодирует белок, гомо- рохроматин, в котором мобильные элементы
логичный большой субъединице ДНК-зависи- накапливаются в больших количествах и могут
мых РНК-полимераз [133, 134]. Белок несет располагаться во взаимопротивоположной ори-
уникальный С-концевой домен, однако содер- ентации [129]. Наличие дцРНК-транспозонов
жит наиболее консервативные участки субъеди- позволяет клеточному аппарату РНК-интерфе-
ницы РНК-полимеразы. Это позволило предпо- ренции подавлять их экспрессию, которая часто
ложить существование у растений РНК-поли- вредна для организма, поскольку приводит к
меразы Pol IV, отличной от трех ранее известных транспозициям и, как следствие, мутациям и
эукариотических РНК-полимераз. В геноме хромосомным перестройкам [86, 142]. Ряд мута-
Arabidopsis были обнаружены гены, кодирую- ций, нарушающих РНК-интерференцию, сопро-
щие, по всей видимости, и другие субъединицы вождается также дерепрессией мобильных эле-
Pol IV [133, 134]. Выключение экспрессии этих ментов у животных [43, 143—148], растений [54,
генов с помощью гомологичной дцРНК приво- 74] и микроорганизмов [50, 149].
дило к таким же эффектам нарушения РНК- Инсерции транспозонов (часто один из них
сайленсинга, что и мутация в гене большой внедрен в другой) [129] составляют значитель-
субъединицы (в частности, к исчезновению ряда ную часть гетерохроматина у Arabidopsis, кото-
эндогенных siPHK и нарушению РНК-зави- рый располагается в центромерных и теломер-
симого метилирования ДНК). Генетическими ных районах хромосом. Помимо этого в хромо-
методами было показано, что у Arabidopsis Pol IV сомах растений гетерохроматин образует не-
участвует в сайленсинге вместе с Dicer 3, образу- большие сильно красящиеся интеркалярные
ющим длинные (24—26 нт.) siPHK, и одной из участки — вздутия (knobs). Приблизительно 90%
RdRp (RDR2). Предполагается, что в отличие от клонированных эндогенных siPHK Arabidopsis
РНК-полимераз I—III, транскрибирующих соответствуют последовательностям транспозо-
предпочтительно гены, которые находятся в нов и участкам гетерохроматина [74, 136]. Такие
составе «открытого» хроматина, Pol IV имеет по- siPHK имеют размер 24—26 нт. и принадлежат к
вышенное сродство к компактизованному гете- классу длинных siPHK, которые, как уже упо-

БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005


ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА

миналось, участвуют в подавлении экспрессии также у Arabidopsis. Уже упоминавшийся ген


генов на уровне транскрипции. Количество FWA содержит в промоторе тандемные повторы
siPHK, соответствующих определенным участ- SINE-подобного ретроэлемента. Кодируемый
кам интеркалярного гетерохроматина, положи- геном FWA гомеобелок экспрессируется исклю-
тельно коррелирует со степенью метилирования чительно в эндосперме и участвует в регуляции
как ДНК, так и гистонов (наличие НЗК9 Ме) в цветения [130, 152]. В вегетативных тканях
этих районах [129]. Показано, что мутация в ге- siPHK, гомологичные элементу SINE, направ-
не DDM1 приводит к исчезновению siPHK ин- ляют метилирование гистонов и ДНК в промо-
теркалярного гетерохроматина, уменьшению торе FWA [129].
количества метилированных цитозинов ДНК и Помимо мобильных элементов источником
гистонов НЗК9Ме и возрастанию количества эндогенной дцРНК могут быть инвертирован-
НЗК4Ме модификации, характерной для актив- ные повторы некоторых генов [54, 153]. Напри-
ного хроматина [129]. мер, эухроматиновый ген PAI, контролирующий
Сайленсинг транспозонов на уровне хрома- биосинтез триптофана у Arabidopsis, экспресси-
тина поддерживается не только с помощью руется на низком уровне вследствие транскрип-
РНК-интерференции, но и в результате насле- ции инвертированных повторов двух других ко-
дуемого в ряду клеточных поколений метилиро- пий этого гена и образования дцРНК [153, 154].
вания ДНК, не зависящего от коротких РНК. Метилирование PAI снимается при нарушении
Мутации в генах, кодирующих белки Argonaute, транскрипции инвертированных повторов [153].
приводят к дерепрессии и снятию метилирова-
ния лишь некоторых мобильных элементов у
Arabidopsis [54, 74, 128]. Вызванное дефектом РНК-САЙЛЕНСИНГ НА УРОВНЕ
Dicer 3 или RdRp отсутствие siPHK, соответ- ХРОМАТИНА У ЖИВОТНЫХ
ствующих последовательностям транспозонов,
может не сопровождаться их активацией [74]. У дрозофилы метилирование ДНК происхо-
Мутации в генах белков хроматина (DDM1, дит на несравнимо более низком уровне, чем у
МЕТ1) приводят к более масштабной дерепрес- растений и млекопитающих [12, 155, 156], и его
сии транспозонов, чем мутации по белкам РНК- функциональная роль не выявлена. В связи с
интерференции [128, 129, 150, 151]. этим дрозофила представляет интерес как мно-
Механизм РНК-интерференции, направ- гоклеточный организм, в котором репрессивное
ленный на подавление экспрессии транспозо- состояние хроматина, в том числе гетерохрома-
нов, может регулировать также транскрипцию тина, может устанавливаться и поддерживаться
собственных генов организма. Это реализуется в без метилирования ДНК, что наблюдается у од-
тех случаях, когда репрессированный при учас- ноклеточных S. pombe. Технология «нокдауна»
тии siPHK транспозон располагается в регуля- генов с помощью искусственно синтезирован-
торной области гена или вблизи него. Так, у S. ных дцРНК или введения в геном конструкций,
pombe мутации Argonaute, Dicer и RdRp приво- продуцирующих дцРНК, интенсивно использу-
дят к активации группы генов, ответственных за ется в функциональной геномике дрозофилы
мейоз при спорообразовании в стрессовых усло- [157, 158]. Однако возможности индукции тран-
виях, но репрессированных при росте на обиль- скрипционной репрессии активных эухромати-
ной питательной среде [53]. Рядом с каждым ге- новых генов за счет «экзогенных» дцРНК у дро-
ном этой группы были обнаружены инсерции зофилы не было показано. В то же время было
LTR ретротранспозонов. Были детектированы обнаружено, что нарушение белков РНК-интер-
соответствующие последовательностям LTR эн- ференции дрозофилы изменяет состояние гете-
догенные siPHK. Предполагается, что siPHK рохроматина [58]. Предположительно эндоген-
индуцируют метилирование К9 гистонов НЗ в ные короткие РНК могут репрессировать хро-
районе LTR (аналогично тому, как это происхо- матин за счет негативных модификаций гисто-
дит в центромерной области), а затем репрес- нов, привлечения гетерохроматиновых белков
сивная структура хроматина распространяется НР1 и НР2 и, возможно, транскрипционных
при участии RdRp от LTR к рядом расположен- репрессоров - - белков группы Polycomb [58,
ному гену. Делеции LTR приводят к деметили- 159]. Мутации в генах РНК-интерференции
рованию гистонов и активации соседних генов дрозофилы, кодирующих белки семейства
[53]. Таким образом, ретротранспозоны у S. Argonaute и РНК-хеликазу, снимают эффект по-
pombe используются в качестве «контролирую- ложения мозаичного типа [58], который пред-
щих элементов генома». Участие коротких РНК- ставляет собой нестабильную инактивацию гена,
ретротранспозонов в регуляции транскрипции находящегося вблизи гетерохроматина. Те же
уникальных генов, кодирующих белок, отмечено мутации нарушают нормальное распределение
БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005

1454 КЛЕНОВ, ГВОЗДЕВ

на хромосомах белков НР1 и НР2 и снижают ко-


личество НЗК9Ме гистонов [58].
Аппарат РНК-интерференции участвует в
репрессии ретротранспозонов в терминальных
тканях дрозофилы [145, 147,148]. Активация ря-
да ретротранспозонов, вызванная мутацией в
гене РНК-интерференции, сопровождается ло-
кальной деконденсацией хроматина и увеличе-
нием количества ацетилированных гистонов
(Кленов, неопубликованные данные). По-види-
мому, дцРНК может привлекать деацетилазу
гистонов к репрессируемому участку хроматина,
как это происходит у растений. В терминальных
тканях самцов дрозофилы дцРНК, образуемая
гетерохроматиновыми повторами Su(Ste), направ-
ляет сайленсинг гомологичных генов Stellate,
сверхэкспрессия которых нарушает нормаль-
ный сперматогенез [22, 145, 160]. Дерепрессия
генов Stellate, происходящая в результате деле-
ции локуса Su(Ste) или мутаций в генах РНК-
интерференции, сопровождается исчезновени-
ем коротких РНК [145, 161]. При делеции локу-
са Su(Ste) наблюдается накопление несплайси-
рованных транскриптов Stellate, что свидетель-
ствует об увеличении уровня транскрипции
Stellate, поскольку сплайсинг происходит котран-
скрипционно в ядрах клеток. Делеция Su(Ste)
вызывает дерепрессию кластера генов Stellate,
находящегося в эухроматине, в десятки раз
сильнее таковой у генов Stellate, расположенных
в гетерохроматине (Кленов, неопубликованные
данные). Эти данные свидетельствуют о том, что
короткие РНК могут осуществлять транскрип-
ционную репрессию генов в терминальных тка-
нях дрозофилы.
Возможно, подавление транскрипции генов
Stellate/Su(Ste) и мобильных элементов осущест-
вляется, как и у растений, с помощью более
длинных siPHK, имеющих размеры 24—26 нт.
[139,140,161], в отличие от тех siPHK (20-22 нт.),
которые участвуют в расщеплении мРНК или
подавлении трансляции [28, 139]. Клонирова-
ние коротких РНК дрозофилы выявило также
два класса коротких РНК, различающихся по
длине: в то время как микро-РНК имеют размер
20—22 нт., короткие РНК, соответствующие
транспозонам, имеют, как правило, длину более
24 нт. [139].
Недавние работы показали, что репрессия
хроматина у млекопитающих может быть инду-
цирована аппаратом РНК-интерференции. Вве-
дение искусственно синтезированных siPHK в
культуру клеток человека приводит к метилиро-
ванию CG-сайтов ДНК, метилированию К9
гистона НЗ и подавлению транскрипции гомо-
логичных по нуклеотидной последовательности
одиночных эухроматиновых генов [55, 57]. Ос-
тается невыясненным, участвуют ли эндоген- предположить, что этот механизм возник на
ные молекулы дцРНК в процессе формирова- ранних этапах эволюции эукариот как способ
ния гетерохроматина у млекопитающих. Пока- защиты генома от экспансии мобильных эле-
зано, что нокаут гена, кодирующего Dicer, в ментов и вирусов. С эволюционной точки зре-
культуре гибридных клеток (курица-HeLa) вы- ния представляет особый интерес возможность
зывает накопление транскриптов повторов а- «приручения/доместикации» мобильных эле-
сателлитов, составляющих центромерные райо- ментов и использования механизма их транс-
ны хромосом человека, а также приводит к на- крипционного сайленсинга и для обеспечения
рушению правильного расхождения сестрин- клеточных функций самого организма-хозяина.
ских хроматид в митозе [162]. Здесь напрашива- Такая тенденция просматривается на примерах
ются определенные аналогии с механизмом поддержания компактизованного функцио-
поддержания функции центромерного гетеро- нального состояния центромерных районов
хроматина у дрожжей. Нуль-мутация в гене Dicer дрожжей, состоящих из транспозоноподобных
у мышей приводит к ранней остановке разви- повторов, а также случаев репрессии генов, ре-
тия, связанной с дефектами стволовых клеток гуляторные участки которых содержат ретротранс-
[163,164]. Однако этот эффект может быть вызван позоны или их фрагменты. У S. pombe молеку-
как нарушением структуры центромерного хро- лы дцРНК, соответствующие последователь-
матина и нормального деления, так и исчезно- ностям ретротранспозонов, регулируют транс-
вением микро-РНК, регулирующих экспрессию крипцию генов, обеспечивающих переход от
мРНК различных генов в ходе развития мыши. митотических делений к мейозу и спорообразо-
ванию [53]. Следовательно, короткие РНК мо-
гут направлять репрессию негомологичных ге-
дцРНК-ЗАВИСИМАЯ нов, рядом с которыми расположены длинные
ГЕТЕРОХРОМАТИНИЗАЦИЯ концевые повторы ретроэлементов, и контро-
И ЭВОЛЮЦИЯ МЕХАНИЗМОВ лировать дифференцировку дрожжевой клетки.
РЕПРЕССИИ ГЕНОВ У ЭУКАРИОТ Короткие РНК, соответствующие ретротранс-
позонам, функционируют и у растений, обеспе-
Различные примеры подавления экспрессии чивая репрессию в соматических тканях гена
генов с участием коротких РНК позволяют

БИОХИМИЯ том 70 вып. И 2005


ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА 1
455

FWA, контролирующего цветение у Arabidopsis ются лишь небольшой фракцией некодирую-


[129]. Гены, ответственные за РНК-интерферен- щих регуляторных РНК. Анализ геномов эука-
цию и сайленсинг ретротранспозонов у дрозо- риот показал, что основная масса ДНК транс-
филы [145, 147], участвуют также в развитии крибируется, но не участвует в кодировании
терминальных тканей и гаметогенезе [165—168], белков. Отметим, что перекрывающиеся, счи-
что указывает на возможную функцию дцРНК тываемые с обеих цепей ДНК транскрипты со-
мобильных элементов в этих процессах. ставляют существенную часть новообразованной
Механизм репрессии хроматина с помощью РНК млекопитающих [169]. Помимо гетерохро-
коротких РНК у S. pombe сводится к локальному матинизации, направляемой молекулами siPHK,
метилированию К9 гистона НЗ. В отличие от описаны и другие случаи участия некодирую-
дрожжей у растений короткие РНК направляют, щих РНК в регуляции структуры хроматина.
по-видимому, в первую очередь метилирование Так, например, некодирующие РНК, достигаю-
ДНК, которое стимулирует последующее мети- щие достаточно больших размеров (>10 тыс.
лирование гистонов. Как у растений, так и у нт.), регулируют активность генов Х-хромосомы
дрожжей в процессе репрессии важную роль иг- на уровне хроматина у млекопитающих и дрозо-
рает РНК-зависимая РНК-полимераза, которая филы [14]. У млекопитающих инактивация од-
функционирует в ядрах клеток и обеспечивает ной из двух Х-хромосом самок, осуществляемая
образование дцРНК, соответствующей последо- с помощью некодирующих РНК, сопровождается
вательностям гетерохроматина. RdRp в то же метилированием ДНК. В организации прицент-
время не обнаружена (по данным секвенирова- ромерного гетерохроматина на аутосомах мле-
ния) в геномах дрозофилы и млекопитающих. копитающих и в связывании репрессорного
Следовательно, у этих организмов эндогенные белка НР1 с метилированными по К9 гистонами
короткие РНК могут образовываться только в НЗ принимают участие неохарактеризованные
результате двунаправленной транскрипции или компоненты РНК, разрушаемые при обработке
процессинга шпилечных участков РНК. У нема- РНКазами [170].
тоды С. elegans не было обнаружено влияния В заключение отметим, что образование ко-
дцРНК на компактизацию хроматина. Аппарат ротких дцРНК, которое сопровождается инак-
РНК-интерференции у С. elegans участвует в тивацией хроматина и ее распространением на
репрессии мобильных элементов, однако эта ре- прилежащие районы, позволяет обсуждать с но-
гуляция осуществляется на посттранскрипци- вых позиций не только механизмы репрессии
онном уровне, а не в результате репрессии хро- генов, но и возникновение новых функций гете-
матина [138]. Этот факт согласуется с отсутствием рохроматина и его эволюцию.
у нематоды «классического» гетерохроматина.
Участие siPHK в регуляции экспрессии ге-
нов демонстрирует вовлечение в этот процесс не Работа выполнена при финансовой поддерж-
только белков, но и молекул РНК, не кодирую- ке РАН (программы «Научная школа» и «Моле-
щих белки. Микро-РНК, регуляторная роль ко- кулярная и клеточная биология») и РФФИ
торых здесь не рассматривалась, и siPHK явля- (грант 05-04-48034).

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1.Jenuwein, Т., and Allis, C.D. (2001) Science, 293, 9. Lachner, M., O'Sullivan, R.J., and Jenuwein, T. (2003) J.
1074-1080. Cell.Sci., 116, 2117-2124.
2.Litt, M.D., Simpson, M., Gaszner, M., Allis, C.D., and 10.Bird, A. (2002) Genes Dev., 16, 6-21.
Felsenfeld, G. (2001) Science, 293, 2453-2455. 11.Tariq, M., andPaszkowski, J. (2004) TrendsGenet., 20,244-251.
3.Peters, A.H., O'Carroll, D., Scherthan, H., Mechtler, K., 12.Lyko, F. (2001) Trends Genet., 17, 169-172.
Sauer, S., Schofer, C., Weipoltshammer, K., Pagani, M., 13.Pollard, T.D., and Ernshaw W.C. (2002) in Cell Biology,
Lachner, M., Kohlmaier, A., Opravil, S., Doyle, M., Sanders Phylad, London, N.Y., pp. 210, 805.
Sibilia, M., and Jenuwein, T. (2001) Cell, 107, 323-337. 14.Akhtar, A. (2003) Curr. Opin. Genet. Dev., 13, 161-169.
4.Nakayama, J., Rice, J.C., Strahl, B.D., Allis, C.D., and 15.Richards, E.J., and Elgin, S.C. (2002) Cell, 108, 489-500.
Grewal, S.I. (2001) Science, 292, 110-113. 16.Lachner, M., O'Carroll, D., Rea, S., Mechtler, K., and
5.Lachner, M., and Jenuwein, T. (2002) Curr. Opin. Cell. Biol., Jenuwein, T. (2001) Nature, 410, 116-120.
14, 286-298. 17.Bannister, A.J., Zegerman, P., Partridge, J.F., Miska, E.A.,
6.Strahl, B.D., and Allis, C.D. (2000) Nature, 403, 41-45. Thomas, J.O., Allshire, R.C., and Kouzarides, T. (2001)
7.Zhang, Y., and Reinberg, D. (2001) Genes Dev., 15, Nature, Ш, 120-124.
2343-2360. 18.Andersen, A.A., and Panning, B. (2003) Curr. Opin. Cell.
8.Kouzarides, T. (2002) Curr. Opin. Genet. Dev., 12, 198-209. Biol., 15, 281-289.
БИОХИМИЯ том 70 вып. 11 2005

Оценить