Вы находитесь на странице: 1из 16

Очерки современной молекулярной

генетики
Е.Д. Свердлов ©
По курсу лекций на кафедре молекулярной биологии
Биологического факультета МГУ, 2005 год

Очерк 3. Полиморфизм геномов. ДНК-дактилоскопия.


Генетическое и физическое картирование геномов
©Е.Д. Свердлов 2004
Science, 271, 1380 - 1387, 1996, Sarah Tishkov et al.
"Global Patterns of Linkage Disequilibrium at the CD4 Locus
and Modern Human Origins". В J. Fishman "Evidence Mounts
for Our African Origins - and Alternatives", ibid. 1364
Делеционно-инсерционный полиморфизм
9.8 kb Гаплотип: порядок следования элементов в
(TTTTC)10 Alu 285 хромосоме или ее части
n=
Гаплотип 110,Alu +
110 1 5 0 1 bp
4- 9.8 kb
(TTTTC)6 Alu ∆256

15
A B
C
1 2 4 9 bp D Гаплотип 90, Alu-
90
E

Популяция Частота Alu ∆


256 (%)
Азия 0
Новый Свет 0
Тихоокеанские острова 0
13 Африканских популяций 7 - 28

Ближний Восток 25 -30


Европа 25 - 30
Шимпанзе 0
Горилла 0
Вывод: Делеция появилась после разделения
шимпанзе и человека 5 млн. лет назад
F M
G- C-
содержащий содержащий
аллель аллель RNR5 Ribosomal RNA-5
Cen
ARVCF Armadillo repeat gene deleted in VCFS
локус G C CECR, CES Cat eye syndrome
MIF
DGCR6 DiGeorge syndrome critical region 6
22q11.2 SMARCB1, SNF5, INI1, RDT SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent
regulator of chromatin, subfamily b, member 1
MAPK1, PRKM1, ERK2 Mitogen-activated protein kinase 1
MIF Macrophage migration inhibitory factor
CRYBB1 Crystallin, beta B1 600929 Cataract, pulverulent
22q12.1 22q12.1 seizure related 6 homolog (mouse)-like
G- Т-содержащий
содержащий аллель 22q12.2 22q12.2 oxysterol binding protein 2
аллель
22q12.3 22q12.3 synapsin III

локус G T
CRYBB1
22q13.1 22q13.1 hypothetical protein FLJ25421

22q13.2
22q13.2-13.33 protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2 22q12.3 synapsin III

22q13.3
N 1 2

Дикий (нормальный) аллель – частота 40% Полиморфные варианты, аллель 1 и 2– частоты 10%

3 4 5 6 7 8

аллель 3 Аллель 4 аллель 5 аллель 6 аллель 7 аллель 8


частота частота частота частота частота частота
7.5% 5% 7.5% 10% 5% 2.5%
Полиморфные варианты аллелей
Варианты аллелей, встречающиеся с частотой ≤ 1% называются
мутантными, а само изменение по сравнению с нормой – мутацией.

Общий генотип – геном. Генотип по данному локусу: сочетание аллелей в данном локусе:
N/N; N/1; 1 / 2 и т.д.
Молекулярно-генетические маркеры и полиморфизм
геномов. Как мы экспериментально прослеживаем передачу
геномных вариантов (полиморфизмов) по наследству:
Полиморфизм Длин Рестриктных Фрагментов
Полиморфизм Длин Амплификационных Фрагментов
-

Форез
Разделе-
ние по
рестрикция длине +
Смесь рестриктных Фрагменты в
ДНК
фрагментов агарозе
Р Перенос на
Клонированный Метить (32)Р фильтр (Blot)
фрагмент (Проба)

1.Гибридизовать с
Саузерн блот гибридизация фильтром
2.Радиоавтограф
на рентгеновскую
пленку

Фрагменты на
Радиоавтограф фильтре
Проба
MstII MstII MstII
1.15 kb
βA Нормальный
ген бета-
Pro--- Glu---Pro глобина
CCT-GAG-GAG
Хромосома 11 MstII = CCTNAGG

MstII MstII
1.35 kb

βS Мутантный ген
Pro--- Val---Pro бета-глобина
CCT-GTG-GAG
Эл. Форез

1.35кб βS
1.15кб
βA
Генотип: βA / β A βA / β S βS / β S
Мать Отец Пренатальная
βA βS βA βS диагностика
серповидно-клеточной
анемии с помощью
ПДРФ

Болен
?
Эл. Форез

1.35кб

1.15кб

βA / β S βS / β S βA / β S
Постоян Вариабе Постоян Вариабе
ная льная ная льная
часть часть часть часть PCR
амплификация
локуса локуса локуса локуса
Аллель 1
Аллель 1
N1 N2 N4 N3 Длина продукта
Гаплотип 1

Полиморфизмы
L1
L3

PCR
амплифи Р3 PCR
амплифи
Рестрикция
кация кация
Р1 Длина Р2 Р4
продукта Длина
продукта

L2 L4

Гаплотип 2
N1 N2 N4 N3
Аллель 2 Аллель 2
Сайты
расщепления
рестриктазами
Локус 1 Локус 2

AC AC AC AC AC AC Микросателлит

Проблема экспериментального наблюдения полиморфизмов


Сайты расщепления
рестриктазами
AC
Аллель 2.1 Аллель 3.1
Аллель 1.1
N3
Гаплотип 1
L1 L3 L5

L2 L4 L6

Гаплотип 2
Аллель 1.2 Аллель 2.2 Аллель 3.2

Локус 1 Локус 2 Локус 3


Расщепление рестриктазой,
Саузерн гибридизация с 32Р-(АС)n
Индивидуумы
1 2 3 4
O. Simpson
O.J. Simpson capital murder case,1/95­9/95
• Finally, the prosecution began to put forward witnesses directly tying Simpson to the two murders.
The evidence was technical and circumstantial, relating mostly of
• the results of blood, hair, fiber, and footprint analysis from the Bundy crime scene and Simpson's
Rockingham home. The most compelling testimony--if one assumed the accuracy of the testing--
concerned two RFLP tests. The first indicated that blood found at the crime scene could have come
from only 1 out of 170 million sources of blood--and that O. J. Simpson fit the profile. The second
came from blood found on two black socks at the foot of O. J.'s bedroom. According to prosecution
testimony, only 1 out of 6.8 billion sources of blood matched the sample. Nicole Brown Simpson
might well be the only person on earth whose blood matched the blood found on the socks. On
cross-examination of the prosecution's DNA experts, the defense had little choice but to begin to
develop the theory that either the blood samples were contaminated or they were planted by
corrupt police officers
• Number of people on planet earth: 6.1 billion
• Odds of being struck by lightning in the U.S.: 2.8 million to 1
• Odds of winning the Illinois Big Game lottery: 76 million to 1 
• Odds of getting killed driving to the gas station to buy a lottery ticket 4.5 million to 1
• Odds of seeing 3 albino deer at the same time: 85 million to 1
• Odds of having quintuplets: 85 million to 1
• Odds of being struck by a meteorite:10 trillion to 1
Синтезировать ДНК, ДНК полимераза, трифосфаты
Денатурировать
идобавить праймеры
ДНК дактилоскопия

Повтор между уникальными


последовательностями

=TGCG
Два праймера, специфичных к уникальным последовательностям генома,
граничащим с микросателлитом дают возможность идентификации личности
Локусы, где находятся маркеры, одинаковы во всей популяции (за исключением мутантов)
Аллели локусов у каждого индивидуума свои. Они могут совпадать для индивидуумов или нет
a 5 kb

A 5.3 kb Изменение длины простого


тандемного повтора
0.3 kb

A 5 kb

a 3 kb Образование (исчезновение)
рестрикционного сайта

a 5 kb

A 5.3 kb Внедрение мобильного элемента

0.3 kb