El filme narra la vida de Hipatia, hija de Theon (fue el padre de la matemtica Hipatia cuyo asesinato fue atribuido por

Scrates Escolstico a "celos polticos", que instig la violencia callejera), el cual le transmiti que los dogmas suelen ser incompatibles con la verdad cientfica, fue una filsofa y maestra neoplatnica griega, natural de Egipto, que se destac en los campos de las matemticas y la astronoma, miembro y cabeza de la Escuela neoplatnica de Alejandra a comienzos del siglo V.

Hipatia de Alejandra, filsofa y astrnoma da clases en la biblioteca de Alejandra a discpulos que pronto se convertirn en grandes hombres del mundo de la poltica y la religin. Sin embargo, en Alejandra hay un ambiente hostil por la enemistad entre paganos (personas que creen en diversos dioses) y cristianos. stos se revelan contra los paganos y, apoyados por el emperador romano (Alejandra era ciudad del imperio romano), saquean e incendian la biblioteca de Alejandra. No contentos con ello, los cristianos toman la ciudad y los paganos deben bautizarse en la fe cristiana. Entonces, los cristianos la emprenden contra los judos, con la esperanza de que slo reine en Alejandra un credo: el cristiano. Hipatia se niega a ser bautizada en la fe cristiana ya que ella tiene sus dioses paganos. Debido a que parte de sus antiguos discpulos son hombres de poltica confan en ella. Sin embargo, el patriarca Cirilo, cristiano, interpretando a su manera las Sagradas Escrituras, dice que Jesucristo nunca confi en una mujer y las opiniones de las mujeres deben ser consideradas nulas, y temeroso de que Hipatia pueda imponer sus creencias y sabidura pagana en la ciudad, solicita a los monjes parabolanos (grupo de hombres cristianos encargados de mantener el orden en la ciudad) que la busquen. Estos la encuentran y despojndola de sus vestiduras, la matan a pedradas. (En realidad en la pelcula se cuenta que ella muere a manos de un antiguo esclavo suyo cristiano y convertido en monje parabolano. Y la mata para que no sufra los golpes con las piedras. Hace ver al resto de monjes que se ha desmayado, cuando en realidad ha muerto asfixiada por l para evitarle el sufrimiento).