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Enzima

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Estructura de la triosafosfato isomerasa. Conformacin en forma de diagrama de cintas rodeado por el modelo de relleno de espacio de la protena. Esta protena es una eficiente enzima involucrada en el proceso de transformacin de azcares en energa en las clulas.

En bioqumica, se llaman enzimas a las sustancias de naturaleza proteica que catalizan reacciones qumicas, siempre que sea termodinmicamente posible (si bien no pueden hacer que el proceso sea ms termodinmicamente favorable). En estas reacciones, las enzimas actan sobre unas molculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en diferentes molculas, los productos. Casi todos los procesos en las clulas necesitan enzimas para que ocurran en tasas significativas. A las reacciones mediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimticas. Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su velocidad crece slo con algunas reacciones de entre otras posibilidades, el conjunto (set) de enzimas sintetizadas en una clula determina el metabolismo que ocurre en cada clula. A su vez, esta sntesis depende de la regulacin de la expresin gnica. Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan disminuyendo la energa de activacin (G) de una reaccin, de forma que se acelera sustancialmente la tasa de reaccin. Las enzimas no alteran el balance energtico de las reacciones en que intervienen, ni modifican, por lo tanto, el equilibrio de la reaccin, pero consiguen acelerar el proceso incluso millones de veces. Una reaccin que se produce bajo el control de una enzima, o de un

catalizador en general, alcanza el equilibrio mucho ms deprisa que la correspondiente reaccin no catalizada. Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas por las reacciones que ellas catalizan, ni alteran su equilibrio qumico. Sin embargo, las enzimas difieren de otros catalizadores por ser ms especficas. Las enzimas catalizan alrededor de 4.000 reacciones bioqumicas distintas.1 No todos los catalizadores bioqumicos son protenas, pues algunas molculas de ARN son capaces de catalizar reacciones (como el fragmento 16S de los ribosomas en el que reside la actividad peptidil transferasa). La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras molculas. Los inhibidores enzimticos son molculas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas, mientras que los activadores son molculas que incrementan la actividad. Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad. Muchas drogas o frmacos son molculas inhibidoras. Igualente, la actividad es afectada por la temperatura, el pH, la concentracin del sustrato y otros factores fsico-qumicos. Algunas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la sntesis de antibiticos. Adems, algunos productos domsticos de limpieza usan enzimas para acelerar las reacciones bioqumicas.

Contenido
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1 Etimologa e historia 2 Estructuras y mecanismos o 2.1 Especificidad o 2.2 Modulacin alostrica 3 Clasificacin o 3.1 Oxirreductasas o 3.2 Transferasas o 3.3 Hidrolasas o 3.4 Isomerasas o 3.5 Liasas o 3.6 Ligasas 4 Activadores 5 Inhibidores 6 Aplicaciones industriales 7 Vase tambin 8 Referencias 9 Lecturas suplementarias 10 Enlaces externos

Etimologa e historia [editar]

Eduard Buchner. Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoca la digestin de la carne por las secreciones del estmago2 y la conversin del almidn en azcar por los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no haba sido identificado el mecanismo.3 En el siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentacin del azcar en el alcohol con levaduras, Louis Pasteur lleg a la conclusin de que esta fermentacin era catalizada por una fuerza vital contenida en las clulas de la levadura, llamadas fermentos, e inicialmente se pens que solo funcionaban con organismos vivos. Escribi que "la fermentacin del alcohol es un acto relacionado con la vida y la organizacin de las clulas de las levaduras, y no con la muerte y la putrefaccin de las clulas".4 En 1878 el fisilogo Wilhelm Khne (18371900) acu el trmino enzima, que viene del griego "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima fue usada despus para referirse a sustancias inertes como el pepsin. Por otro lado la palabra "fermento" sola referirse a la actividad qumica producida por organismos vivientes. En 1897 Eduard Buchner comenz a estudiar la habilidad de los extractos de levadura para fermentar azcar debido a la ausencia de clulas vivientes de levadura. En una serie de experimentos en la Universidad Humboldt de Berln, encontr que el azcar era fermentada inclusive cuando no haba elementos vivos en los cultivos de clulas de levaduras.5 Llam a la enzima que causa la fermentacin de la sacarosa, zimasa.6 En 1907 recibi el Premio Nobel de Qumica "por sus investigaciones bioqumicas y el haber descubierto la fermentacin libre de clulas". Siguiendo el ejemplo de Buchner, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reaccin que producen. Normalmente, el sufijo "asa" es agregado al nombre del sustrato (p. ej., la lactasa es la enzima que degrada lactosa) o al tipo de reaccin (p. ej., la ADN polimerasa forma polmeros de ADN).

Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una clula viva, el prximo paso era determinar su naturaleza bioqumica. En muchos de los trabajos iniciales se not que la actividad enzimtica estaba asociada con protenas, pero algunos cientficos (como el premio Nobel Richard Willsttter) argumentaban que las protenas eran simplemente el transporte para las verdaderas enzimas y que las protenas per se no eran capaces de realizar catlisis." Sin embargo, en 1926, James B. Sumner demostr que la enzima ureasa era una protena pura y la cristaliz. Summer hizo lo mismo con la enzima catalasa en 1937. La conclusin de que las protenas puras podan ser enzimas fue definitivamente probada por John Howard Northrop y Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron en diversas enzimas digestivas como la pepsina (1930), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres cientficos recibieron el Premio Nobel de Qumica en 1946.7 El descubrimiento de que las enzimas podan ser cristalizadas permita que sus estructuras fuesen resueltas mediante tcnicas de cristalografa y difraccin de rayos X. Esto se llev a cabo en primer lugar con la lisozima, una enzima encontrada en las lgrimas, la saliva y los huevos, capaces de digerir la pared de algunas bacterias. La estructura fue resuelta por un grupo liderado por David Chilton Phillips y publicado en 1965.8 Esta estructura de alta resolucin de lisozimas marc el comienzo en el campo de la biologa estructural y el esfuerzo por entender cmo las enzimas trabajan a un nivel molecular.

Estructuras y mecanismos [editar]

Diagrama de cintas que representa la estructura de una anhidrasa carbnica de tipo II. La esfera gris representa al cofactor zinc, situado en el centro activo. Las enzimas son generalmente protenas globulares que pueden presentar tamaos muy variables, desde 62 aminocidos como en el caso del monmero de la 4-oxalocrotonato tautomerasa,9 hasta los 2.500 presentes en la sintasa de cidos grasos.10

Las actividades de las enzimas vienen determinadas por su estructura tridimensional.11 Casi todas las enzimas son mucho ms grandes que los sustratos sobre los que actan, y solo una pequea parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 aminocidos) estn directamente involucrados en la catlisis.12 La regin que contiene estos residuos encargados de catalizar la reaccin es conocida como centro activo. Las enzimas tambin pueden contener sitios con la capacidad de unir cofactores, necesarios a veces en el proceso de catlisis, o de unir pequeas molculas, como los sustratos o productos (directos o indirectos) de la reaccin catalizada. Estas uniones pueden incrementar o disminuir la actividad enzimtica, dando lugar as a una regulacin por retroalimentacin. Al igual que las dems protenas, las enzimas se componen de una cadena lineal de aminocidos que se pliegan durante el proceso de traduccin para dar lugar a una estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar actividad. Cada secuencia de aminocidos es nica y por tanto da lugar a una estructura nica, con propiedades nicas. En ocasiones, protenas individuales pueden unirse a otras protenas para formar complejos, en lo que se denomina estructura cuaternaria de las protenas. La mayora de las enzimas, al igual que el resto de las protenas, pueden ser desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor, los pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la estructura terciaria de las protenas de forma reversible o irreversible, dependiendo de la enzima y de la condicin.

Especificidad [editar]
Las enzimas suelen ser muy especficas tanto del tipo de reaccin que catalizan como del sustrato involucrado en la reaccin. La forma, la carga y las caractersticas hidroflicas/hidrofbicas de las enzimas y los sustratos son los responsables de dicha especificidad. Las enzimas tambin pueden mostrar un elevado grado de estereoespecificidad, regioselectividad y quimioselectividad.13 Algunas de estas enzimas que muestran una elevada especificidad y precisin en su actividad son aquellas involucradas en la replicacin y expresin del genoma. Estas enzimas tienen eficientes sistemas de comprobacin y correccin de errores, como en el caso de la ADN polimerasa, que cataliza una reaccin de replicacin en un primer paso, para comprobar posteriormente si el producto obtenido es el correcto.14 Este proceso, que tiene lugar en dos pasos, da como resultado una media de tasa de error increiblemente baja, en torno a 1 error cada 100 millones de reacciones en determinadas polimerasas de mamferos.15 Este tipo de mecanismos de comprobacin tambin han sido observados en la ARN polimerasa,16 en la ARNt aminoacil sintetasa17 y en los ribosomas.18 Aquellas enzimas que producen metabolitos secundarios son denominadas promiscuas, ya que pueden actuar sobre una gran variedad de sustratos. Por ello, se ha sugerido que esta amplia especificidad de sustrato podra ser clave en la evolucin y diseo de nuevas rutas biosintticas.19

Modulacin alostrica [editar]

Clasificacin [editar]
Existe una clasificacin normalizada con 6 categoras principales dependiendo de la reaccin que catalice la enzima. Cada enzima est clasificada mediante su nmero EC. Oxirreductasas [editar] Catalizan reacciones de oxidorreduccin o redox. Precisan la colaboracin de las coenzimas de oxidorreduccin (NAD+, NADP+, FAD) que aceptan o ceden los electrones correspondientes; tras la accin cataltica, estas coenzimas quedan modificadas en su grado de oxidacin, por lo que deben ser transformadas antes de volver a efectuar la reaccin cataltica. Ejemplo: Deshidrogenasas. Transferasas [editar] Transfieren grupos activos (obtenidos de la ruptura de ciertas molculas) a otras sustancias receptoras. Suelen actuar en procesos de interconversin de monosacridos, aminocidos, etc. Ejemplos: transaminasas, quinasas. Hidrolasas [editar] Verifican reacciones de hidrlisis con la consiguiente obtencin de monmeros a partir de polmeros. Actan en la digestin de los alimentos, previamente a otras fases de su degradacin. La palabra hidrolisis se deriva de hidro 'agua' y lisis 'disolucin'. Ejemplos: glucosidasas, lipasas Isomerasas [editar] Actan sobre determinadas molculas obteniendo de ellas sus ismeros de funcin o de posicin. Suelen actuar en procesos de interconversin. Ejemplo: epimerasas (mutasa). Liasas [editar] Catalizan reacciones en las que se eliminan grupos (H2O, CO2 y NH3) para formar un doble enlace o aadirse a un doble enlace, capaces de catalizar la reduccin en un sustrato. En la parte de enzimas Sustrato es una molecula que sobre actua en una enzima, el sustrato se une al sitio activo de la enzima, y se forma un complejo enzima-sustrato. El sustrato por accin

de la enzima es transformado en producto y es liberado del sitio activo, quedando libre para recibir otro sustrato.

Ejemplos: descarboxilasas, liasas. Ligasas [editar] Realizan la degradacin o sntesis de los enlaces denominados "fuertes" mediante al acoplamiento a sustancias de alto valor energtico (como el ATP). Ejemplos: sintetasas, carboxilasas.

Activadores [editar]
Algunas enzimas necesitan para su actividad iones inorgnicos especficos que reciben el nombre de activadores. Los activadores que se necesitan con ms frecuencia son los iones de hierro, cobre, manganeso, magnesio, cobalto y zinc. De ordinario, slo un ion funciona con una determinada enzima, pero en ciertos casos se pueden sustituir ciertos iones por otros, persistiendo una actividad enzimtica satisfactoria.

Inhibidores [editar]
Las molculas que regulan la actividad enzimtica inhibiendo su actividad pueden clasificarse en reversibles e irreversibles. Las irreversibles se unen covalentemente al enzima y son tiles en farmacologa (penicilina, aspirina). Las reversibles pueden clasificarse, a su vez, en competitivas y no competitivas. Las competitivas modifican la Km del enzima ya que se unen al centro activo de ste e impiden la unin con el sustrato (se necesitar ms para activar los enzimas). Las no competitivas se unen a otro lugar del enzima, modificando la Vmx. (velocidad en que se forma producto por unidad de tiempo) ya que al unirse, el enzima queda inactivado.

Aplicaciones industriales [editar]


Las enzimas son utilizadas en la industria qumica y en otras aplicaciones industriales en donde se requiere el uso de catalizadores muy especializados. Una de las aplicaciones industriales en las que se usan enzimas es en la industria de los detergentes biolgicos, ya que estos en su mayoria contienen enzimas tales como la amilasa, la lipasa y en algunos casos la celulosa, que de acuerdo a un uso especfico ayudan a eliminar la gran mayora de manchas e imperfecciones en algunas pieles. Sin embargo, las enzimas en general estn limitadas en el nmero de reacciones que han evolucionado a catlisis y tambin por su falta de estabilidad en solventes orgnicos y a altas temperaturas. Consecuentemente, la ingeniera de las protenas es un rea de investigacin activa que involucra intentos de crear

nuevas enzimas con novedosas propiedades, ya sea por diseo racional o por evolucin in vitro.20 21

Vase tambin [editar]


Cintica enzimtica Inhibidor enzimtico Anlisis cuantitativo enzimtico Catlisis enzimtica

Referencias [editar]
1. Bairoch A. (2000). "The ENZYME database in 2000". Nucleic Acids Res 28: 304305. PMID 10592255. 2. de Raumur, RAF (1752). "Observations sur la digestion des oiseaux". Histoire de l'academie royale des sciences 1752: 266, 461. 3. Williams, H. S. (1904) A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and Biological Sciences Harper and Brothers (New York) 4. Dubos J. (1951). "Louis Pasteur: Free Lance of Science, Gollancz. Quoted in Manchester K. L. (1995) Louis Pasteur (18221895)--chance and the prepared mind.". Trends Biotechnol 13 (12): 511-515. PMID 8595136. 5. Nobel Laureate Biography of Eduard Buchner at nobelprize.org 6. Text of Eduard Buchner's 1907 Nobel lecture at nobelprize.org 7. 1946 Nobel prize for Chemistry laureates at nobelprize.org 8. Blake CC, Koenig DF, Mair GA, North AC, Phillips DC, Sarma VR. (1965). "Structure of hen egg-white lysozyme. A three-dimensional Fourier synthesis at 2 Angstrom resolution.". Nature 22 (206): 757-761. PMID 5891407. 9. Chen LH, Kenyon GL, Curtin F, Harayama S, Bembenek ME, Hajipour G, Whitman CP (1992). "4-Oxalocrotonate tautomerase, an enzyme composed of 62 amino acid residues per monomer". J. Biol. Chem. 267 (25): 17716-21. 10. Smith S (1994). "The animal fatty acid synthase: one gene, one polypeptide, seven enzymes". FASEB J. 8 (15): 124859. 11. Anfinsen C.B. (1973). "Principles that Govern the Folding of Protein Chains". Science: 223-230. PMID 4124164. 12. The Catalytic Site Atlas at The European Bioinformatics Institute 13. Jaeger KE, Eggert T. (2004). "Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution.". Curr Opin Biotechnol. 15(4): 305-313. PMID 15358000. 14. Shevelev IV, Hubscher U. (2002). "The 3' 5' exonucleases.". Nat Rev Mol Cell Biol. 3 (5): 364-376. PMID 11988770. 15. Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6 16. Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K. (2006). "Transcript-assisted transcriptional proofreading.". Science. 313: 518-520. PMID 16873663.

17. Ibba M, Soll D. (2000). "Aminoacyl-tRNA synthesis.". Annu Rev Biochem. 69: 617-650. PMID 10966471. 18. Rodnina MV, Wintermeyer W. (2001). "Fidelity of aminoacyl-tRNA selection on the ribosome: kinetic and structural mechanisms.". Annu Rev Biochem. 70: 415-435. PMID 11395413. 19. Firn, Richard. The Screening Hypothesis - a new explanation of secondary product diversity and function. Consultado el 11 de septiembre de 2006. 20. Renugopalakrishnan V, Garduno-Juarez R, Narasimhan G, Verma CS, Wei X, Li P. (2005). "Rational design of thermally stable proteins: relevance to bionanotechnology.". J Nanosci Nanotechnol. 5 (11): 1759-1767. PMID 16433409. 21. Hult K, Berglund P. (2003). "Engineered enzymes for improved organic synthesis.". Curr Opin Biotechnol. 14 (4): 395-400. PMID 12943848.

Lecturas suplementarias [editar]


Etimologa e historia

Cintica e inhibicin

New Beer in an Old Bottle: Eduard Athel Cornish-Bowden, Buchner and the Growth of Fundamentals of Enzyme Kinetics. Biochemical Knowledge, edited by (3rd edition), Portland Press (2004), Athel Cornish-Bowden and ISBN 1-85578-158-1. published by Universitat de Irwin H. Segel, Enzyme Kinetics: Valncia (1997): ISBN 84-370Behavior and Analysis of Rapid 3328-4, Historia del inicio de la Equilibrium and Steady-State enzimologa. Enzyme Systems. Wiley Williams, Henry Smith, 1863-1943. Interscience; New Ed edition A History of Science: in Five (1993), ISBN 0-471-30309-7. Volumes. Volume IV: Modern John W. Baynes, Medical Development of the Chemical and Biochemistry, Elsevier-Mosby; 2th Biological Sciences, Libro de texto Edition (2005), ISBN 0-7234-3341del sigo XIX. 0, p. 57. Kleyn, J. and Hough J. The Microbiology of Brewing. Annual Funcin y control de las enzimas en las Review of Microbiology (1971) clulas Vol. 25: 583-608 Price, N. and Stevens, L., Estructura y mecanismos de las enzimas Fundamentals of Enzymology: Cell and Molecular Biology of Catalytic Fersht, A. Structure and Proteins Oxford University Press, Mechanism in Protein Science: A (1999), ISBN 0-19-850229-X Guide to Enzyme Catalysis and Nutritional and Metabolic Diseases Protein Folding. W. H. Freeman, 1998 ISBN 0-7167-3268-8 Convenciones para asignar nombres a Walsh, C., Enzymatic Reaction enzimas Mechanisms. W. H. Freeman and Company. 1979. ISBN 0-7167 Enzyme Nomenclature,

0070-0 Recommendations for enzyme Page, M. I., and Williams, A. names from the Nomenclature (Eds.), 1987. Enzyme Mechanisms. Committee of the International Royal Society of Chemistry. ISBN Union of Biochemistry and 0-85186-947-5 Molecular Biology. M.V. Volkenshtein, R.R. Dogonadze, A.K. Madumarov, Z.D. Aplicaciones industriales Urushadze, Yu.I. Kharkats. Theory of Enzyme Catalysis. History of industrial enzymes, Molekuliarnaya Biologia, (1972), artculo en ingls sobre la historia 431-439 (en ruso, sumario en de las enzimas industriales, entre ingls) finales del siglo XX y el presente. Warshel, A., Computer Modeling of Chemical Reactions in enzymes and Solutions John Wiley & Sons Inc. 1991. ISBN 0-471-18440-3

Termodinmica

Reactions and Enzymes Chapter 10 of On-Line Biology Book at Estrella Mountain Community College.

Enlaces externos [editar]

Wikimedia Commons alberga contenido multimedia sobre Enzima. Structure/Function of Enzymes, Tutorial web sobre funcin y estructura de las enzimas. Animacin Flash de McGraw-Hill sobre la accin enzimtica y la hidrlisis de la sacarosa. Enzyme spotlight Destacado mensual de una enzima seleccionada en el Instituto Europeo de Bioinformtica. UK biotech and pharmaceutical industry El Biosystems Informatics Institute (Bii) es una iniciativa del gobierno britnico para fomentar la investigacin y desarrollo en colaboracin con la industria de biotecnologa y farmaceuta del R.U. AMFEP, Asociacin de Fabricantes y Creadores de formulaciones de productos enzimticos BRENDA Recopilacin exhaustiva de informacin y referencias sobre todas las enzimas conocidas; Acceso pago para uso comercial. Enzyme Structures Database Enlaces a datos conocidos sobre la estructura 3-D de enzimas en el Protein Data Bank.

ExPASy enzyme recopilacin de enlaces sobre secuencias Swiss-Prot, as como bibliografa relacionada. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Informacin grfica e hipertextual sobre caminos bioqumicos y enzimas. MACiE Recopilacin sobre mecanismos de reaccin de las enzimas. MetaCyc Recopilacin sobre enzimas y caminos metablicos. 'Face-to-Face Interview with Sir John Cornforth who was awarded a Nobel Prize for work on stereochemistry of enzyme-catalyzed reactions Video gratuito del Vega Science Trust.

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