Untuk lebih jelasnya, silahkan lihat ilustrasi transport elektron berikut:

Proses transport elektron merupakan suatu proses berantai yang melibatkan 5 protein integral pada membran dalam mitokondria dan satu koenzim: 1. kompleks I:  NADH dehidrogenase 2. kompleks II: suksinat dehidrogenase 3. kompleks III: sitokrom b-c 4. kompleks IV: sitokrom oksidase 5. ATP sintase 6. Koenzim Q Kompleks I, III, dan IV apabila teraktifasi (menerima elektron) akan berfungsi sebagai pompa proton (ion H+) yang akan mengeluarkan masing-masing satu ion hidrogen dari matriks ke ruang antar membran mitokondria, sedangkan kompleks II apabila teraktivasi hanya akan mengaktivasi kompleks III tanpa memompa ion H ke luar. Penumpukan ion H di ruang antar membran akan mengakibatkan ketidak seimbangan jumlah ion tersebut dengan yang ada di dalam matriks, sehingga ion H dari ruang antar membran akan cenderung masuk kembali ke dalam matriks melalui ATP sintease. Pergerakan ion ini akan menimbulkan energi yang digunakan oleh ATP sintetase untuk sintesis ATP (menempelkan satu Pi dengan ADP). Energi dari satu ion H digunakan untuk sintesis satu molekul ATP Perbedaan NADH dan FADH2 adalah kompleks yang akan mereka aktifkan dalam proses ini. NADH akan mengaktifkan kompleks I, sehingga total pada keseluruhan reaksi berantai tersebut akan mengeluarkan 3 ion H yang kemudian akan digunakan untuk mensistesis 3 molekul ATP. Sedangkan FADH2 akan mengaktifkan kompleks II, sehingga total hanya akan memompa 2 ion H ke luar yang kemudian akan mensintesis 2 molekul ATP.