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Gnralits
Indications: Indications: diarrhe aigu Selon loms: diarrhe aigu = mission dau moins 3 loms: selles liquides et/ou molles par jour depuis moins de 14 jours Si volution > 2 semaines: diarrhe persistante semaines: Si volution > 4 semaines: diarrhe chronique semaines:
Gnralits
Toutes les diarrhes aigus ne sont pas infectieuses Les diarrhes infectieuses ne sont pas toutes bactriennes Au final Interrogatoire minutieux Aspect selles Symptmes associs Terrain Gravit volution clinique
Gnralits
Flore commensale du tube digestif: digestif: Bactries anarobies (99%) 99% Bactries arobies: entrobactries+++ arobies: Jeunes enfants nourris au lait maternel: maternel: Bactries acidophiles (Bifidobacterium, Lactobacillus, (Bifidobacterium, Lactobacillus, Enterococcus) Enterococcus) qui s'opposent l'implantation des entrobactries par la cration d'un ph acide
Gnralits
Cette flore va progressivement se modifier en fonction des habitudes alimentaires Rle de l'environnement: hospitalisation: bactries typiquement d'origine hospitalire (Pseudomonas (Pseudomonas aeruginosa, aeruginosa, Staphylococcus aureus) dans la flore aureus) intestinale
Gnralits
Les mcanismes physiopathologiques varient selon les bactries impliques -Les bactries entro-invasives entro-Les bactries entrotoxinognes Celles qui scrtent sur place les toxines au niveau de l'intestin grle Celles qui scrtent leurs toxines dans laliment ingre: TIAC
Shigella
Pntration dans la muqueuse colique Multiplication - ulcrations Clinique: douleurs abdominales et coliques Tnesme, fivre Diarrhe sanglante, glaireuse Bactrie strictement humaine Pas de portage
Salmonella
Salmonella responsable de la fivre typhode: - Multiplication dans les ganglions lymphatiques septicmie - localisations secondaires - le seul rservoir est lhomme - les hmocultures sont souvent positives - la diarrhe est caractristique du second septnaire
Salmonella
Salmonella responsable des fivres paratyphodes: - Tableau dentrite fbrile - Multiplication dans les ganglions msentriques - Complications septiques et localisations secondaires possibles surtout chez les patients affaiblis - Rservoir lanimal
Salmonella
Salmonella responsables des gastro-entrites gastrosimples - Spontanment rsolutives - Bactrie pntre jusqu la lamina propria et sy multiplie
Campylobacter
Seconde cause de gastro-entrites fbriles en Europe gastropidmiologie mal connue en Afrique Rservoirs: oiseaux+++, porc Contamination par voie digestive Tableau de colite ulcreuse ou pseudo membraneuse: fivre leve et diarrhe mucomucosanglante Complications possibles: cholcystite, arthrite
Yersinia enterocolitica
- Tableau de gastro-entrite fbrile avec gastrodouleurs abdominales et diarrhe sanglante ou non - Parfois tableau de pseudo appendicite - Porte dentre alimentaire - Hte danimaux de boucherie
Escherichia coli
E. Coli entro-pathognes (E.P.E.C): entronouveaunouveau-ns et les jeunes enfants selles liquides avec mucus, fivre et dshydratation pathognie: bactries senchssent et dtruisent les cellules en brosse de la muqueuse intestinale Srogroupes O dfinis : 20, 26, 44, 55, 86, 111, 114, 119, 125, 126, 127, 128, 141, 158
Escherichia coli
Escherichia coli ntroinvasif (EIEC): Pouvoir pathogne identique celui des Shigella Srogroupes O : 28, 32, 112, 115, 124, 136, 143, 144, 147, 152, 164
Staphylococcus aureus
Rare et suit le plus souvent un traitement ayant slectionn le germe Fivre et diarrhe muco-sanglante muco-
Germes toxinognes
Germes toxinognes
Clostridium difficile
Tableau de colites pseudo-membraneuses induites pseudopar les antibiotiques Diarrhe mucosanglante et formation in situ de pseudopseudo-membranes Commensale de la flore normale de lenfant et plus rarement de ladulte Prolifration induite par la prise par dantibiotiques (clindamycine, lincomycine, cphalosporines) Recherche faite sur indications prcises
Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio cholerae Scrtion dune entrotoxine thermolabile Toxine cholrique Diarrhe aqueuse massive afcale, avec des grains riziformes et odeur de poisson Maladie strictement humaine
Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio non O1 ou NAG Proche du cholra par scrtion de toxines voisines de la toxine cholrique Entrites sporadiques Pas de contamination secondaire
Germes toxinognes
Vibrio
Vibrio parahaemolyticus diarrhes aqueuses + vomissements Consommation de poissons, fruits de mer crus Germe marin Pas de transmission inter humaine
Germes toxinognes
Escherichia coli
Escherichia coli entrotoxinognes (ETEC) Toxine thermolabile LT proche de celle du cholra Et / ou une toxine thermostable Toxine: cholra-like cholraDiarrhe modre ou peu svre Contamination alimentaire: diarrhe des voyageurs
Staphylococcus aureus
Souches productrices dentrotoxines Toxine partiellement thermostable dans les aliments (ptisseries, mayonnaise, plats cuisins contenant de la crme) toxine produite dans les aliments lors de la croissance du germe Symptmes: nauses, vomissements et diarrhe
Autres
Clostidium perfringens type A Diarrhe avec douleurs intestinales intenses Courte dure et bon pronostic Bacillus cereus: cereus: Vomissements intenses + diarrhe sans fivre Toxine thermostable ou toxine thermolabile prsente dans laliment
Cas particuliers
Germes retrouvs chez le nouveau-n nouveauStreptococcus agalactiae et Listria monocytogenes, monocytogenes, Escherichia coli coli Germes chez le nourrisson hospitalis Staphylococcus aureus, aureus, Bacilles gram ngatif en culture pure
Cas particuliers
Chez les immunodprims hospitaliss On recherche la prsence : - dune bactrie gram ngatif largement dominante, - de germes potentiellement pathognes (Pseudomonas, Staphylococcus aureus, levures) Pseudomonas, aureus,
Cas particuliers
Recherche de BMR Chez malades hospitaliss dans services risque (ranimation, ou onco-hmatologie) onco Entrobactries productrices de BLSE Entrocoques rsistant la vancomycine
Objectifs
- Mettre en vidence des germes qui ont un rle pathogne chez un malade au sein dune flore complexe
. Germes pathognes par eux-mmes (nombre eux-
importance relative crer un dsquilibre fonctionnel - Mettre en vidence des germes qui sont prsents chez un porteur sain
Types de coproculture
Coproculture classique ou coproculture systmatique Recherche de Salmonella , Shigella, Shigella, Yersinia Campylobacter Coproculture oriente En vue dune recherche dtermine : Vibrio cholerae Listeria monocytogenes Mycobacterium tuberculosis
Dmarche au laboratoire
Prlvement
Prlvement
Recueil
Selles fraichement mises: Rcipient propre pas obligatoirement strile, type pot vis Munis dune cuillre ou dune spatule: prlvement ensemencement plus pratiques Choisir chantillon muco-purulent ou sanglant si mucoprsence couvillonage rectal Recueil sur papier filtre Biopsies de muqueuse rectale sous rectoscopie
Prlvement
Transport
Achemin sans dlai au laboratoire Sinon milieux de transport: Cary blair+++ Glycrine tamponne Milieu de Stuart Papier filtre sch
Prlvement
Conservation
12h +4c +4 Dessiccation Prolifration des bactries commensales carts de ph
Prlvement
Bulletin danalyse
Doit accompagner tout prlvement Indications cliniques: ge fivre sjour en zone dendmie cas dans lentourage traitement pris Recherche particulire doit tre prcis
Examen macroscopique
Selles liquides fcales jus de melon afcales eau de riz gairo-sanglantes ou sanglantes gairomuqueuses pseudomembranes Selles pteuses
Examen direct
Permet dobserver lquilibre de la flore : Flore normale : 1/3 gram +, 2/3 gram Flore anormale: prdominance de Gram + prdominance de Gram flore monomorphe
Culture - Identification
Mise en Culture
Ensemencement Prlvement lse ou la pipette dun fragment de selles ou quelques gouttes Sur glose: ensemencement en stries Sur bouillon: ensemencement par une noisette de selles Incubation: atmosphre variable Dure variable
Mise en culture
Milieux disolement Glose slective: SS, TCBS, CIN, CCDA, Karmali . Milieux denrichissement Bouillons Slnite, Rappaport, EPHA Repiquage sur milieux slectifs
Identification
Lecture Reprage de colonies suspectes Tests dorientation Examen microscopique Oxydase Catalase Urase.
Identification
Identification biochimique Galeries en tubes Galeries miniaturises Identification antignique Srogroupe Srotype Biotypes Antibiogramme Tests de sensibilit aux antibiotiques
Identification
Coproculture classique
Recherche de Salmonelles et de Shigelles
Recherche de Campylobacter
Recherche de Campylobacter
Prlvement: pas dcouvillonnage Examen macroscopique Examen microscopique prsence de leucocytes+/- hmaties leucocytes+/bacilles mobiles polaires, spirals
Recherche de Campylobacter
Milieux de culture Milieu CCDA: charcoal, cfoprazone, desoxycholate agar Milieu de Skirrow Milieu de Butzler Milieu de Karmali Milieu de Preston Glose au sang Glose Columbia au sang de mouton
Recherche de Campylobacter
Culture - Sur milieu slectif: CCDA Incubation 42C 42 Atmosphre micro arophile Pendant 24 48h
Recherche de Campylobacter
Culture Mthodes de filtration passive Filtre en actate de cellulose + pores de 0,45 0,65 microns Etale sur une glose au sang Pendant 30 mns 37C 37 Passage des Campylo grce leur mobilit et leur petite taille (0,2 0,4 Um) Glose incube 37C en atmosphre micro 37 arophile Lecture quotidienne pendant 10 jours
Recherche de Campylobacter
Recherche de Campylobacter
Lecture CCDA ou GSO: Colonies ovales, mtalliques brun gris ou vert gris Examen microscopique: petits bacilles mobiles polaires, incurvs ou lgrement hlicodaux Repiquage colonies suspectes sur GS 37 37C, 24h
Recherche de Campylobacter
Identification Catalase Oxydase Test au KOH Hydrolyse de lhippurate Hydroxyle de lindoxyle actate Production dH2S Rduction des nitrates en nitrates Croissance 25 et 42C 42
Recherche de Campylobacter
C jejuni Oxydase + Catalase + Hippurate + Indoxyl + acetate H2S V Nitrates + 25/42C -/+ CF R NA V
C doylei + V + + -/faible R S
C coli + + + V + -/+ R S
C fetus + + + +/V S R
Autres recherches
Autres recherches
Recherche de staphylocoque Culture facile sur milieu de chapman Pas dantibiogramme sur les staphylocoques isols des selles Intoxication et non dinfection Antibiothrapies abusives qui modifient la flore normale
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes Se fait surtout sur le mconium Ensemencement sur glose au sang Milieu slectif: (acide nalidixique 40 g/ml, colimycine 4 g/ml, ou trypaflavine 45 g/ml) Milieu denrichissement plac + 4c 4
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes Sur GS: colonies bte hmolytiques Sur GO: fines colonies translucides Examen direct: petits bacilles immobiles 37C 37 mobiles 33C 33 Gram positif
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes
Autres recherches
Recherche de Listria monocytogenes catalase positive esculine positive fermente le glucose pousse + 4C 4
Recherche de BMR
Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3G Milieu chromogne: glose BLSE Milieux MH, BCP ou REB) supplmente en ceftazidime Glose glucos REB Colonies rouges (glucose +) entrobactrie ou Acinetobacter (diffrencier sur le gram) Colonies blanches oxydase + Pseudomonas spp Colonies blanches oxydase - Acinetobacter
Recherche de BMR
Entrobactries rsistantes aux C3G Identification biochimique Distinction EBCASE/BLSE: test de synergie ac. Clavulanique/C3G ( bouchon de champagne ) CMI (e-tests) (e-
Recherche de BMR
Entrocoques rsistants la vancomycine Milieux spciaux supplment en vancomycine Bouillons: enterococcosel, esculine Gloses: glose bile/esculine BHI agar Vancomycine screen agar
Recherche de BMR
Entrocoques rsistants la vancomycine Mthode en disque: disque de vancomycine 30g S si D u 17 mm. Pour D < 17 mm, mesurer la CMI Etest cmi vancomycine, ticoplanine S : CMI e 4 mg/L I: 4< CMI e 16 R: CMI > 16
PCR : dtermination des phnotypes de rsistance vana, vanb, vanc vana, vanb, vanc
Germes les plus frquemment isols Salmonella Staphylococcus aureus Clostridium perfringens Recherche de bactries et/ou toxines possibles dans selles, aliments, vomissements Salmonella dtectes dans coproculture standard Autres germes: toxiniques
Conclusion
Lantibiogramme des bactries isoles des matires fcales doit tre systmatique, mais ne doit pas inciter une antibiothrapie Cela permet de dpister lapparition de rsistances nouvelles
Conclusion
La prsence des bactries pathognes dans les selles nimplique pas de maladie Une recherche ngative nimplique pas labsence de maladie Ne pas rpondre pas de bactries entropathognes mais doit donner la liste des bactries effectivement recherches, par exemple : recherche de Salmonella, Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter ngative