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Água, pH e Tampão

1. O que significa pH de uma solução e como pode ser

determinado?

O potencial hidrogeniônico reflete a concentração de íons H + ou H 3 O + na solução. Pode ser calculado pela fórmula: pH= - log [H + ]. Assim, quanto menor o valor do pH, mais ácida é a solução.

2. Cite os valores de pH de três soluções aquosas

presentes no corpo humano.

Suco gástrico: pH 2, aproximadamente

Sangue: pH 7,4, aproximadamente

Saliva: pH 6,7, aproximadamente

3. Explique Ka e pKa e relacione com ácidos fracos e

fortes.

O Ka é a constante de equilíbrio de um ácido, que pode ser determinada pela fórmula: Ka =[ X + ] [Y - ] / [XY]. O pKa é o logarítmo negativo do Ka, ou seja: pKa = - log Ka. Assim sendo, quanto maior o Ka, menor será o valor do pKa e como Ka é a constante ácida, por dedução sabe-se que quanto mais forte o ácido, maior o Ka e menor o pKa.

4. Conceitue sistema tampão, descreva sua constituição e

seu funcionamento.

Sistema tampão é um sistema aquoso que resiste às variações de pH quando quantidades relativamente pequenas de ácido ou base são adicionadas à solução. Este sistema constitui-se por um ácido fraco e sua base conjugada (p. ex. ácido acético e acetato) em concentrações aproximadamente iguais. O funcionamento ocorre pelo equilíbrio de duas reações reversíveis, em que o ácido fraco serve como doador de prótons (H + ) para neutralizar OH + de uma base adicionada e sua base conjugada serve como aceptor de prótons para neutralizar os H + de um ácido adicionado.

5.

Defina tampões biológicos, cite um dos principais

tampões no organismo humano e seu local de atuação.

Tampões biológicos são sistemas existentes no organismo, que resistem às mudanças de pH, com objetivo de manter o pH fisiológico ideal dos compartimentos, visto que isso é necessário para suas reações químicas e seu adequado funcionamento. Um dos principais tampões é o sistema H 2 CO 3 e seu conjugado HCO 3 - , que está presente no sangue humano.

6. Quais fatores determinam a eficiência de um tampão?

Um fator é a concentração do ácido e de sua base conjugada, já que quanto maior forem suas concentrações, maior será a quantidade de H + ou OH - que serão capazes de neutralizar. Outro fator importante é seu valor de pKa, pois os tampões são eficientes apenas em determinada faixa de pH e sua máxima eficiência coincide com seu pKa.

7. Cite os constituintes dos tampões fosfato e

bicarbonato e descreva de que forma é mantido o pH quando ocorre a adição de ácido ou base à solução.

O tampão fosfato, que tem pK de 6,7-7,2, é constituído pelo par HPO 4 2- /H 2 PO 4 - e mantém o pH neutralizando os H + do ácido adicionado pela reação com HPO 4 2- (aceptor de prótons), formando H 2 PO 4 - , ou neutralizando os OH - da base pela doação de um próton do H 2 PO 4 - , formando H 2 O e HPO 4 2- . O tampão bicarbonato, que tem um pK de 6,1, é constituído pelo par H 2 CO 3 /HCO 3 - e mantém o pH neutralizando os H + do ácido adicionado pela reação com o HCO 3 - (aceptor de prótons), formando o H 2 CO 3 , ou neutralizando os OH - da base pela doação de um próton do H 2 CO 3 , formando H 2 O e HCO 3 - .

Aminoácidos, peptídeos, proteínas (estrutura e função) e enzimas

1. Descreva a estrutura de um aminoácido em sua forma

predominante em pH neutro, ácido e básico.

R

Em pH neutro predomina a forma zwitterion do aminoácido

NH 3 + – C – COO -

H

Em pH ácido, o a.a. é um doador de prótons

COOH

H

R

NH 3 + – C –

R

Em pH básico, o a.a. é um aceptor de prótons

NH 2 – C – COO -

H

2. Explique como ocorre a formação de uma ligação

peptídica, desenhe a ligação peptídica.

A ligação peptídica ocorre entre o grupo amino de um a.a. e o grupo carboxílico de outro a.a., com desidratação.

Peptídeos são formados pela junção de diversos a.a., através de ligações peptídicas. São considerados oligopeptídeos os que contêm poucos resíduos de a.a., até 30, e polipeptídeos os que contêm milhares de a.a. (geralmente são chamados polipeptídeos os que têm peso até 10.000 daltons, acima disso geralmente são chamados proteínas).

4. Classifique os aminoácidos de acordo com suas

cadeias.

- Apolares: são os a.a. cujo grupo R é um hidrocarboneto ou é hidrofóbico, como alanina, valina, leucina e isoleucina;

- Aromáticos: são os a.a. cujo grupo R contém um anel

aromático, como fenilalanina, tirosina e triptofano;

- Polares: são os a.a cujo grupo R é hidrofílico, mas não

carregado, como serina, cisteína, asparagina, glutamina e treonina;

- Positivas (básicas): são os a.a. cujo grupo R tem carga positiva em pH 7, como lisina, arginina e histidina;

- Negativas (ácidas): são os a.a. cujo grupo R tem carga negativa em pH 7, como aspartato e glutamato.

5. Escreva uma frase usando os seguintes termos:

- ligação peptídica: A ligação peptídica ocorre por uma reação de condensação, com a perda de água, muito comum nas células vivas.

- extremidade carboxílica: A extremidade carboxílica determina o final da cadeia polipeptídica.

-cadeia polipeptídica: Em uma cadeia polipeptídica de 1000 a.a. há 999 ligações peptídicas.

-cadeia lateral: São as cadeias laterais que definem a natureza química do a.a

-extremidade amínica: A extremidade amínica determina o início da cadeia polipeptídica.

-estrutura secundária: Uma proteína pode formar uma estrutura secundaria do tipo α-hélice ou do tipo β-pregueada.

6. Pesquise e escreva como é formada uma ponte

dissulfeto e cite a importância deste tipo de ligação no enovelamento de proteínas.

A ponte dissulfeto é formada por oxidação entre dois resíduos de cisteína, formando a cistina. Estes resíduos de cisteína podem estar em cadeias polipeptídicas diferentes ou na mesma.

7. Conceitue, cite exemplos e descreva a função de

proteínas presentes no organismo humano.

Proteínas são cadeias polipeptídicas que formam estruturas espaciais secundárias, terciárias e quaternárias bem definidas e características, tendo função a partir da estrutura terciária.

- Hemoglobina: responsável pelo transporte de O 2 no sangue

- Tripsina e pepsina: são enzimas relacionadas à digestão

- Insulina e glucagon: são hormônios que regulam a concentração de glicose no sangue

8. Descreva as características dos diferentes níveis e

estrutura em proteínas.

A estrutura primária da proteína refere-se a simples seqüência linear de a.a., específica da proteína, tendo um grupo amino livre em uma extremidade e um grupo carboxílico livre na outra. A estrutura secundária é espacial e ocorre pelos ângulos de rotação das ligações covalentes do polipeptídeo, sendo que as formas α hélice e β pregueada são as mais comuns (mais estáveis termodinamicamente). A estrutura terciária deve-se ao dobramento final da cadeia polipeptídica pelas interações não covalentes entre os carbonos laterais. A estrutura quaternária descreve a associação de duas ou mais cadeias polipeptídicas, para compor assim uma proteína funcional oligomérica.

9.

Dar exemplos de aminoácidos que apresentam:

- um grupo amino e dois grupos carboxílicos: aspartato e glutamato

-um grupo carboxílico e dois grupos aminos: arginina e histidina

-calcular o ponto isoelétrico de cada um deste tipo de aminoácido:

-

aspartato: pI 2,77 ((pK 1 +pK R )/2=pI, (1,88+3,65)/2=2,77);

-

glutamato: pI 3,22 ((pK 1 +pK R )/2=PI, (2,19+4,25)/2=3,22);

-

arginina: pI 10.76 ((pK 2 +pK R )/2=PI, (9,04+12,48)/2=10,76);

-

histidina: pI 7,59((pK 2 +pK R )/2=PI, (9,17+6)/2=7,59);

10.

Escrever as formas iônicas predominantes da glicina

(pK 1 = 2,35; pK 2 =9,78) e suas cargas líquidas em pH=1, pH=2,35, pH=7, pH=9,78 e pH=12. Calcular o pI.

Em pH 1 sua carga líquida é +1, em pH 2,35 sua carga líquida é 0, em pH 7 sua carga líquida é 0, em pH 9,78 sua carga líquida é -1 e em pH 12 sua carga líquida é -1. Seu PI é

6,01((2,35+9,78)/2=6,01)).

11. Definir proteínas globulares e fibrosas. Cite exemplos.

Proteínas globulares são enoveladas, com formato aproximadamente esférico e geralmente solúveis, como exemplo a hemoglobina. Proteínas fibrosas são filamentosas, com cadeias polipeptídicas muito longas, geralmente insolúveis e de função estrutural, como exemplo o colágeno.

12. Esquematizar os tipos de ligações que mantêm a

estrutura terciária de uma proteína indicando os aminoácidos que podem participar dessas ligações.

A estrutura terciária decorre da formação de pontes dissulfeto

(entre duas cisteínas), pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas e interações iônicas.

13. O que é estrutura quaternária. Cite exemplos.

Este tipo de estrutura ocorre pela formação de uma proteína

multicadeias, cujas estruturas têm associação não covalente. Por exemplo, temos a hemoglobina, formada por duas subunidades α

e duas subunidades β.

14. O que é ponto isoelétrico de uma proteína? Como ele

pode ser determinado?

É o ponto de pH em que o número de cargas positivas se equivale ao número de cargas negativas, ou seja, pH em que a proteína

apresenta o mesmo número de grupos carboxílicos desprotonados

e grupos amino protonados.

15. Definir desnaturação de uma proteína e descrever o

efeito do pH e temperatura sobre a estrutura das proteínas.

Desnaturação é a perda da estrutura nativa secundária, terciária e/ou quaternária (não necessariamente da primária) resultando em perda da função. Proteínas submetidas a alterações de pH e/ou temperatura podem perder a estabilidade das interações não covalentes que mantêm sua estrutura.

16. Cite 3 exemplos de proteínas com função não

enzimática.

Hemoglobina, insulina e colágeno.

17. Quanto à estrutura da hemoglobina conceitue:

- as subunidades e como se associam: forma-se pela associação de duas subunidades α e duas subunidades β, associadas de forma não covalente

- mudanças estruturais durante a oxigenação e desoxigenação: quando desoxigenada, a hemoglobina encontra-se em um estado T, que é menos favorável a ligação com o O2 do que com o bifosfogliceto, quando o primeiro O 2 liga- se à hemoglobina, esta muda seu estado conformacional para o estado R, no qual afinidade pelo O 2 é muito maior que pelo bifosfoglicertao.

- sítio de ligação com oxigênio: cada uma das quatro subunidades da hemoglobina possui um grupo prostético heme,

que contém uma protoporfirina IX com um Fe +2 , ao qual se liga o

O 2 .

- o que estabiliza a ligação do oxigênio molecular com o grupo Heme: as mudanças conformacionais, de T para R, e a interação com a histidina distal.

18. O que é cooperatividade. Cite um exemplo.

Cooperatividade é a influência que a união de um ligante a um protômero tem sobre a união de um ligante a outro protômero em uma proteína oligomérica. Como exemplo, temos a ligação do primeiro O 2 à hemoglobina, que coopera positivamente para a ligação dos demais O 2 as demais subunidades.

19. Descrever o efeito do BPG sobre a oxigenação da

hemoglobina, qual o papel do mesmo no organismo?

O BPG é uma substância presente no sangue que tem maior afinidade do que o O2 pela desoxihemoglobina. Assim, quando a hemoglobina encontra-se no estado T liga-se ao BPG e quando está no estado R liga-se preferencialmente ao O2. O papel do BPG é reduzir a afinidade da hemoglobina pelo O 2 e aumentar sua liberação nos tecidos, onde a pressão de O 2 é baixa.

20. O que é efeito Bohr? Qual a sua importância

fisiológica?

É um fenômeno relacionado com o aumento do caráter ácido quando a hemoglobina está ligada ao O 2 e aumento do caráter básico causado pela desoxigenação, favorecendo a liberação do O 2 e a ligação da desoxihemoglobina aos H + no tecido e a liberação dos H + e ligação do O 2 nos pulmões, favorecendo o controle do pH.

21. Qual o papel das Histidinas para o efeito Bohr? Por

quê?

Elas podem assumir diferentes valores de pKa, dependendo do estado da hemoglobina, assumindo pKa menor na forma R e maior na forma T, contribuindo com 50% dos H + que podem ser liberados.

22. Qual o papel dos aminoácidos carregados

negativamente para o efeito Bohr? Por quê?

Outros grupos ácidos da hemoglobina contribuem com o H+ adicional, devido a quedas análogas em seus valores de pKa na mudança de conformação de T para R.

23. Comparar a hemoglobina fetal (HbF) e hemoglobina de

adultos (HbA) quanto a estrutura e afinidade por oxigênio.

Estruturalmente a HbF e a HbA diferenciam-se porque a HbF é formada por duas cadeias α e duas cadeias γ, enquanto a HbA é formada por duas cadeias α e duas cadeias β. A HbF é adaptada ao ambiente do feto e obtém O 2 do sangue da mãe, que mais pobre em O 2 do que a atmosfera, assim sua afinidade pelo O 2 deve ser maior do que a afinidade da HbA.

24. Dar um exemplo de uma hemoglobina anormal

indicando a alteração que a mesma apresenta.

A hemoglobina falciforme (HbS) é formada por um erro na formação da proteína da cadeia β, ocorrendo a troca de apenas um a.a. da cadeia (o glutamato é substituído pela valina na posição 6 da cadeia β).

25. A forma de calcular o pI de uma aminoácido, um

oligopeptídeo e uma proteína é a mesma? Explique.

Não. Pois em um a.a. basta fazer a média entre pK1 e pK2, nos oligopeptídeos esse procedimento já torna-se mais complexo pelo grande número de resíduos e não preciso pela possível alteração nos valores de pK após as ligações peptídicas, por fim nas proteínas o simples cálculo não é possível pelos mesmos motivos dos oligopeptídeos e pela ocorrência das interações entre os a.a. ao longo da formação das estruturas secundária, terciária e quaternária.

26. Um peptídeo A apresenta a sequência especificada

abaixo. Calcule a carga líquida deste peptídeo e responda:

se este oligopeptídeo fosse submetido ao uma eletroforese não desnaturante, para que pólo ele migraria, positivo ou negativo? Por quê?

Extremidade-amino-histina-ácidoglutâmico-glicina-asparagina-valina-fenilalanina-

prolina-extremidade carboxílica.

A carga líquida deste oligopeptídeo é 0 (histidina +, Ac. glutâmico -) e por ser neutro não se desloca na eletroforese.

27. Definir enzima, substrato e sítio ativo.

Enzima é um catalisador biológico, substrato é o reagente que se

liga à enzima e que formará o produto após a reação e sítio ativo

é o local da enzima ao qual se liga o substrato específico.

28. Descrever o mecanismo da ação enzimática

A enzima, que é um catalisador, tem função de diminuir a energia

de ativação de uma reação química dentro de um organismo vivo

e assim aumentar a velocidade desta reação. Para isso, ela possui um sítio ativo, onde um substrato específico irá se ligar e

consequentemente haverá a formação do produto.

29. Comparar o efeito da presença de uma enzima e do

aumento da temperatura sobre os parâmetros da reação.

Há três maneiras de aumentar a velocidade de uma reação:

aumentar a concentração dos reagentes; aumentar a temperatura da reação; adicionar um catalisador (enzima). No entanto, se o aumento da temperatura for excessivo, pode desnaturar a enzima protéica e prejudicar a reação.

30. Alistar as vantagens das enzimas em relação a

catalisadores não enzimáticos.

Diminuem a energia de ativação, são muito específicas com relação ao substrato, são sintetizadas pelas próprias células e podem ter sua concentração e atividade moduladas.

31. Fazer o gráfico da velocidade de uma reação

catalisada enzimaticamente, em função da concentração do substrato. Descrever os fatores que afetam a velocidade da reação.

A velocidade da reação é afetada pela concentração do substrato

disponível.

32. Definir estado de transição, energia de ativação e

energia de ligação.

A energia de ativação é a energia necessária para levar os

reagentes ao estado de transição, que é um estado reativo,

intermediário entre os reagentes e os produtos. Energia de ligação

é a energia necessária para quebrar uma determinada ligação

química.

33. Definir constante de Michaelis-Menten (Km), mostrar a

relação entre o seu valor e a afinidade da enzima pelo seu substrato.

A constante de Michaelis-Menten reflete a concentração de

substrato necessária para que a velocidade da reação esteja a

50% de seu máximo. Esta constante também prediz a afinidade da enzima pelo seu substrato, assim quanto menos o valor do Km, maio a afinidade da enzima pelo substrato. A equação de Michaelis-Menten é Vo = V máx [S] / Km + [S]

34. Descrever a transformação de Lineweaver-Burk e pare

que serve.

Lineweaver-Burk transformaram a equação de Michaelis-Menten invertendo-a, assim obtiveram um gráfico linear (uma reta) em vez da hipérbole retangular. Desta forma o valor da V máx e de Km podem ser obtidos com maior precisão.

35. Definir inibidor competitivo e não competitivo, dar

exemplos.

Inibidor não competitivo liga-se a um sítio diferente do sítio de ligação do substrato. A inibição não é revertida pelo aumento da concentração de substrato, ele comporta-se como se estivesse removendo a enzima da solução, resultando na diminuição do V máx . Como exemplo: metais pesados.

Inibidor competitivo é um inibidor cuja ação pode ser revertida pelo aumento nas quantidades de substrato. São estruturalmente semelhantes ao substrato e ligam-se ao sítio de ligação ao substrato, competindo assim com o substrato pela enzima. Uma vez ligado a enzima não pode converter o inibidor em produto. Como exemplo: na reação de succinato desidrogenase, malonato é estruturalmente semelhante ao succinato e é um inibidor competitivo.

36. Citar exemplos de inibidores competitivos utilizados

como agentes terapêuticos.

O AZT inibe a transcriptase reversa necessária para a replicação do HIV. A sulfanilamida é um agente antibacteriano porque compete com o ácido p-aminobenzóico, que é necessário para o crescimento bacteriano.

37. Descrever sobre análogos de substratos e como

podem ser empregados como quimioterápicos.

Análogos de substratos são estruturalmente semelhantes ao substrato, assim agem como inibidores competitivos. Por exemplo: o fluoruoracil é um análogo da timina em que o metil ligado ao anel é substituído pela fluorina. O desoxinucleotídeo deste composto é um inibidor irreversível da timidilato sintetase.

38. Fazer o gráfico 1/Vo x 1/[S] sem inibidor, na presença

de inibidor competitivo e na presença de inibidor não competitivo. Descreva as características de cada um deles.

O ponto em que a reta intercepta o eixo y neste gráfico construído a partir da equação de Lineweaver-Burk permite calcular com precisão o valor do Km. A inclinação da reta reflete a afinidade da enzima pelo substrato, sendo que quanto mais inclinada (menor valor de Km), maior a afinidade.

Na presença de inibidor competitivo ocorre alteração da afinidade da enzima pelo substrato, assim surge o chamado Km aparente. A V máx permanece alterada.

A presença de um inibidor não competitivo altera tanto a V máx quanto o valor do Km.

39. Definir cofator. Dar exemplos de cofatores inorgânicos

e orgânicos.

Cofatores são moléculas orgânicas ou inorgânicas pequenas que uma apoenzima (parte protéica de uma enzima sem quaisquer cofatores ou grupos prostéticos, que podem ser requeridos para que a enzima seja funcional) requer para sua atividade. Por exemplo, na lisina oxidase o cobre está fracamente ligado, mas é necessário para que a enzima seja ativa. Exemplos inorgânicos:

íons metálicos (K + , Fe 2+ , Mg 2+ ). Exemplos orgânicos: denominados de coenzimas, como as vitaminas.

40. Descrever os mecanismos principais de regulação da

atividade enzimática. Cite exemplos.

A regulação da atividade enzimática pode ser feita pela retroalimentação, regulação alostérica e modificação covalente,

em que a enzima pode ser estimulada ou inibida pela ação dos mesmos.

41. Caracterizar enzimas alostéricas. Definir sítio ou

centro alostérico, e regulador (ou efetuador) positivo e negativo.

Enzimas alostéricas são aquelas que têm um sítio adicional para responder aos moduladores, diferente do sítio ativo. Um sítio alostérico é uma região singular da enzima, completamente diferente do sítio de ligação ao substrato. Os ligantes que podem se ligar ao sítio alostérico são chamados de moduladores alostéricos. Moduladores alostéricos positivos aumentam a afinidade da enzima pelo substrato ou por outro ligante. O inverso é verdadeiro para moduladores alostéricos negativos. O sítio alostérico em que o efetor positivo liga-se é referido como um sítio ativador. O efetor negativo liga-se a um sítio inibidor.

42. Definir o gráfico Vo X [S] de uma reação catalisada por

uma enzima alostérica e compare com o gráfico de uma enzima Michaeliana.

Neste gráfico, a curva central representa uma reação Michaeliana. A curva superior representa a presença de um modulador positivo e a inferior de um modulador negativo. Um modulador negativo pode produzir uma curva de saturação pelo substrato mais sigmoidal.

43. Definir regulação alostérica por modificação covalente.

Exemplificar.

Algumas enzimas têm sua atividade regulada por modificações covalentes, pela ligação de grupos, como por exemplo fosfato, adenosina, monofosfato, uridila monofosfato, adenosina difosfato ribose e grupos metila. Esses grupos geralmente são ligados covalentemente e removidos da enzima reguladora por outras enzimas.

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