EL ORIGEN DE LAS CELULAS

TONI GABALDON
Todos los organismos celulares de nuestro planeta derivan de un antepasado comn. El anlisis de genomas completos de cientos de especies actuales nos permite reconstruir cmo pudo ser

CONCEPTOS BASICOS
La genmica comparada permite reconstruir la evolucin de la vida celular en nuestro planeta. Estudios recientes han reconstruido el proteoma del ltimo ancestro comn de todos los organismos (LUCA), que vivi hace unos 3500 millones de aos. Este organismo ya posea una alta complejidad, en muchos aspectos equiparable a la de organismos unicelulares actuales. Persisten dudas acerca de algunas caractersticas de LUCA, como la composicin qumica de sus membranas o su genoma.

a diversidad de la vida celular en nuestro planeta se divide en tres grandes dominios: bacterias, arqueas y eucariotas. Cada uno de estos grupos de organismos tiene rasgos estructurales y bioqumicos propios que los denen sin ambigedades. Por ejemplo, las clulas eucariotas son las nicas que poseen un ncleo celular donde se almacena el material gentico, mientras que las arqueas poseen membranas con una composicin qumica muy particular. A pesar de tales diferencias, los tres tipos de organismos comparten una serie de caractersticas unicadoras que sugieren un origen comn para todos ellos. Dicha hiptesis se conrm con las primeras comparaciones de secuencias de cidos nucleicos de organismos de los tres dominios (vase la gura 2): su parecido no podra explicarse sin admitir que derivaron de una secuencia ancestral comn para todas ellas.

LUCA
Al organismo ancestral del que derivaron los tres grupos se le conoce con el nombre de LUCA (de las siglas en ingls de ltimo ancestro comn universal). Hay un gran inters por saber cules pudieron ser sus caractersticas. Conocerlas nos permitira inferir el ambiente en el que pudo vivir y, por tanto, ayudara a formular hiptesis sobre

1. COMO FUE EL ULTIMO ANCESTRO COMUN de nuestras actuales clulas eucariotas (una, aqu representada) y de los otros tipos de organismos celulares?
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

48

iStockphoto/HENRIK JONSSON

dnde y cmo vivieron las primeras clulas hace unos 3500 millones de aos. Semejante tarea es harto difcil. En primer lugar, existe la posibilidad de que muchas de las piezas del rompecabezas que intentamos reconstruir se hayan perdido para siempre, y algunas de las que quedan quiz hayan cambiado tanto que nos sea imposible reconocerlas. Una manera de aproximarse al problema consiste en comparar la diversidad celular actual para reconstruir un arquetipo de LUCA. Observando qu elementos son comunes a los tres grupos, podemos hacernos una idea sobre qu caractersticas exhiba LUCA. En la actualidad disponemos de un tipo de datos muy valioso para aproximarnos a la reconstruccin de LUCA: los genomas. El genoma de un organismo, su repertorio completo de genes, nos informa sobre qu protenas pueden estar presentes en la clula (su proteoma). Como las protenas son las responsables del metabolismo del organismo, de su estructura y de su interaccin con el ambiente, el anlisis de la composicin de un

INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

49

Bacterias
Espiroquetas Bacterias verdes lamentosas

Arqueas

Eucariotas
Mohos mucilaEntamoeba ginosos Animales Hongos Plantas Ciliados Flagelados Tricomonas Microsporidios Diplomonads

dems familias, cuya distribucin es menos homognea, la respuesta es ms compleja. Dar por sentado que todas las que se encuentran en alguna especie actual estaban presentes en LUCA es poco realista, ya que nos llevara a suponer un organismo ancestral con un genoma mucho mayor que el de la inmensa mayora de las especies unicelulares actuales.

Grampositivas Proteobacterias Cianobacterias Planctomyces Bacteroides Cytophaga Thermotoga Aquifex

Methanosarcina Methanobacterium Halolas Methanococcus T. celer Thermoproteus Pyrodicticum

Proteomas ancestrales
En la prctica, para resolver si una determinada familia de protenas con una distribucin logentica propia es ancestral se utilizan modelos probabilsticos. Estos modelos tienen en cuenta las relaciones evolutivas de las especies y la posibilidad de que un gen se haya perdido en un genoma o que se haya incorporado a l en un tiempo ms reciente. Para explicar las distribuciones logenticas actuales, se opta por los supuestos evolutivos ms parsimoniosos, es decir, los que impliquen un menor nmero de eventos evolutivos, siendo stos, adems, los que se considere que fueron ms probables. Si el supuesto ms parsimonioso es el que implica una presencia de la familia en LUCA, entonces a esa familia se la considerar ancestral. Un mecanismo evolutivo que complica sobremanera estos modelos es la transferencia horizontal de genes, un proceso comn en bacterias, por el cual el material gentico puede pasar de un organismo a otro. Unos pocos eventos de transferencia horizontal pueden crear distribuciones logenticas muy complejas, en las que una familia gnica est presente en pocas especies aunque muy dispares. No es trivial distinguir estos casos de aquellos en los que un gen ancestral se ha perdido en numerosos linajes, algo que puede tambin ocurrir con cierta frecuencia. Los modelos de reconstruccin de proteomas ancestrales comparan la probabilidad de ambas situaciones, empleando para ello parmetros inferidos a partir de nuestros conocimientos sobre los mecanismos evolutivos de los genomas actuales. Otra dicultad a la que se enfrenta la reconstruccin de proteomas ancestrales estriba en que nuestro conocimiento de las relaciones evolutivas entre los diferentes grupos de especies, el llamado rbol de la vida, es incompleto. Distintas hiptesis sobre la topologa de este rbol de especies pueden alterar el conjunto de protenas que consideraramos ancestrales, especialmente en algunas familias que estn presentes en slo dos de los tres dominios. En particular, como se analiza ms adelante, la posicin de la raz del rbol de la vida repercute sobre algunos aspectos de la reconstruccin de LUCA.
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

LUCA

proteoma sirve para inferir muchas cosas sobre las caractersticas de un organismo, tales como su siologa, estilo de vida, etctera. As, el problema de reconstruir LUCA se puede plantear como el de reconstruir su proteoma. Hay ya una gran cantidad de genomas secuenciados, de ms de mil especies distintas. Podemos considerar esa ingente cantidad de datos una muestra del contenido gentico de los descendientes actuales de LUCA. La reconstruccin del proteoma de LUCA a partir de estos datos requiere distinguir qu componentes de los genomas actuales son ancestrales, es decir, descienden directamente del genoma de LUCA. Para ello se comparan las secuencias de todos los genomas, se agrupan los genes en familias (grupos de genes con origen comn) y se establece la distribucin de todas esas familias a lo largo de las diferentes especies (la distribucin logentica). Despus, se analiza la distribucin logentica de cada familia de protenas y se evala la posibilidad de que fueran componentes del proteoma ancestral. Alrededor de 50 familias de protenas se encuentran codicadas en todos los genomas secuenciados y un centenar adicional est en ms de un 95 por ciento de los genomas, faltando nicamente en algunos genomas de reducido tamao pertenecientes a organismos parsitos o simbiontes. Dada su universalidad, la explicacin ms verosmil es que estas familias desciendan directamente de las presentes en el proteoma ancestral de LUCA. Para las 50

2. EL ARBOL DE LA VIDA segn la reconstruccin clsica basada en la comparacin de molculas de ARN ribosmico. Algunas de las posiciones logenticas aqu indicadas se han modicado en la actualidad (as, la posicin basal de los microspordios, ahora considerados entre los hongos); la posicin relativa de arqueas, eucariotas y bacterias sigue siendo objeto de debate hoy da.

IMAGEN MODIFICADA DE WIKIPEDIA

A pesar de las dicultades, los distintos modelos utilizados suelen coincidir en clasicar unas 500 o 600 familias de protenas como ancestrales, es decir, descendientes directas del proteoma de LUCA. Este nmero se considera un lmite inferior al verdadero tamao del proteoma, codicado por el genoma ancestral de LUCA, que deba de contener unos pocos miles de genes, como la mayora de los organismos unicelulares actuales. A pesar de que el rompecabezas est incompleto, el anlisis de sus piezas permite contrastar diferentes hiptesis sobre el origen y evolucin de la vida celular en nuestro planeta.

Presencias
Entre las protenas presentes en la reconstruccin del proteoma ancestral se cuenta el repertorio, casi completo, de la maquinaria de transcripcin y traduccin, los procesos mediante los cuales los genes se copian a mensajeros de ARN y stos a su vez se traducen en protenas. As se deduce que la evolucin del cdigo gentico y la complejidad del mecanismo de traduccin precedieron a LUCA. En el proceso de traduccin de mensajeros de ARN en protenas, muy renado, intervienen grandes estructuras formadas por ARN y decenas de protenas diferentes organizadas en una conformacin tridimensional especca. Adems, para asegurar que el mensajero de ARN se decodica de manera adecuada, se necesitan molculas adaptadoras (ARN de transferencia), especcas para cada uno de los 20 aminocidos que forman parte de las protenas. Todo indica que este sistema estaba ya presente en LUCA y que el mecanismo de funcionamiento debi de ser similar al de las clulas modernas. Llama la atencin tan alto grado de complejidad en un organismo ancestral. Sin embargo, conviene recordar que LUCA corresponde al paso previo a la diversicacin de los tres dominios celulares y no al momento concreto de aparicin de la primera clula, si es que LUCA era ya una clula tal y como las conocemos actualmente (volver ms adelante sobre esto). As, a LUCA le debieron preceder muchas fases de evolucin celular o precelular anteriores, supuestamente de menor complejidad. En cuanto a las capacidades metablicas de LUCA, hay tambin algunas rutas que se pueden reconstruir casi por completo a partir de las protenas presentes en el proteoma ancestral reconstruido. Entre ellas, la gliclisis. Esta ruta metablica, compuesta por diez pasos catalizados por enzimas, se halla presente, con mnimas diferencias, en la inmensa mayora de los organismos secuenciados. GraINVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

cias a ella, LUCA podra catabolizar glucosa, es decir, obtener de ella energa en forma de ATP (adenosn trifosfato) al descomponerla en molculas ms simples, de piruvato, con las que sintetizara numerosas molculas. Otra ruta del metabolismo primario que parece haber estado presente es el ciclo del cido ctrico (ciclo de Krebs), en el que el piruvato podra haber continuado su transformacin para entrar en las rutas de sntesis de otros compuestos. La presencia en el proteoma ancestral de la mayora de las rutas de sntesis de aminocidos y nucletidos sugiere que LUCA poda fabricar los componentes esenciales que forman las protenas y los cidos nucleicos. De ello se inere que LUCA no habitaba un medio rico en estos constituyentes. Se trataba, pues, de un medio menos complejo que la supuesta sopa primordial, rica en nutrientes, aminocidos y nucletidos en donde se piensa que se pudo originar la vida, segn algunas hiptesis.

El autor
Toni Gabaldn dirige el grupo de genmica comparada del Centro de Regulacin Genmica y es profesor asociado de la Universidad Pompeu Fabra, en Barcelona. Sus investigaciones van dirigidas a entender cmo se originan y evolucionan los sistemas biolgicos complejos rutas metablicas, estructuras celulares o genomas completos y el uso de dicha informacin para predecir la funcin de genes o protenas que no se han caracterizado experimentalmente.

Ausencias
Tan importante como saber qu protenas estuvieron presentes en LUCA, es conocer las grandes ausencias. Entre las familias de protenas de cuya distribucin actual es difcil inferir una descendencia directa desde LUCA se encuentran algunas que consideraramos esenciales en las clulas modernas. Por ejemplo, llama poderosamente la atencin la aparente ausencia de rutas de sntesis de lpidos (componentes de las membranas celulares) y de la maquinaria necesaria para copiar el ADN, lo que ha planteado numerosas incgnitas.

3. VISION ESQUEMATICA de una posible reconstruccin de LUCA.

Mensajeros de ARN Genoma Maquinaria de transcripcin

Ribosomas y maquinaria de sntesis de protenas

Protenas

Glucosa

Aminocidos Gliclisis Ciclo del cido ctrico Membrana lipdica Metabolismo secundario ATP

TONI GABALDON

Nuclesidos y nucletidos Transportadores de membrana

51

Bibliografa complementaria
A MINIMAL ESTIMATE FOR THE GENE CONTENT OF THE LAST UNIVERSAL COMMON ANCESTOR EXOBIOLOGY FROM A TERRESTRIAL PERSPECTIVE.

C. A. Ozounis, V. Kunin, N. Darzentas y L. Goldovsky en Research in Microbiology, vol. 157, pgs. 57-68; 2006.
UNIVERSAL PROTEIN FAMILIES AND THE FUNCTIONAL CONTENT OF THE LAST UNIVERSAL ANCESTOR. N. Kyrpides, R. Overbeek

y C. A. Ozounis en Journal of Molecular Evolution, vol. 49, pgs. 413-423; 1999.

GENE CONTENT OF LUCA, THE LAST COMMON UNIVERSAL ANCESTOR. Arcady Musheigan

en Frontiers in Bioscience, pgs. 4657-4666; 2008.

RECONSTRUCTION OF ANCESTRAL PROTEOMES. Toni Gabaldn

y Martijn A. Huynen en Ancestral sequence reconstruction, dirigido por David Liberles. Oxford University Press, 2008.

La falta de una maquinaria para el mantenimiento y copia del ADN ha llevado a t conjeturar que el genoma de LUCA consistiese c en ARN. Sin embargo, la presencia en el proe teoma ancestral de varias enzimas implicadas t en la biosntesis de desoxirribonucletidos e que son componentes especcos del ADN q sugiere que esta molcula estuvo presente en s LUCA. L Para reconciliar ambos hechos se ha propuesto la existencia de una replicacin similar p a la de los retrovirus (virus de ARN), que utilizan un intermediario de ADN para la u replicacin de su genoma. Sin embargo, podra r ocurrir que las protenas necesarias para la replicacin de un genoma de ADN no estn en la reconstruccin mnima del proteoma ancestral, simplemente porque no somos capaces de reconstruir de manera apropiada la evolucin de las familias correspondientes. Despus de todo, estamos trabajando con una estimacin de mnimos. El problema de la composicin de la membrana celular de LUCA es quiz ms difcil de resolver. En los organismos actuales, la composicin de las membranas celulares de las arqueas es radicalmente diferente de la que tienen las membranas de las clulas eucariotas y bacterianas. Mientras que las membranas celulares de las arqueas se hallan compuestas por isoprenoides (un tipo de lpido), las de bacterias y eucariotas vienen constituidas por cidos grasos (otro tipo de lpido). Aunque en bacterias y eucariotas existen tambin isoprenoides, nunca forman parte de la membrana celular y se sintetizan a travs de rutas distintas de las seguidas por las arqueas. Qu tipo de membrana celular posea LUCA? La respuesta a esta pregunta depende de dnde enraicemos el rbol de la vida, algo muy controvertido. La visin clsica y ms extendida del rbol de la vida (vase la gura 2) agrupa a eucariotas y arqueas y les supone un ancestro. En esta reconstruccin, la raz se halla situada entre las bacterias y la rama comn de arqueas y eucariotas. Este escenario sugiere que LUCA tuvo membranas de tipo bacteriano/eucariota y que las arqueas debieron de sufrir un cambio en la composicin de sus membranas. Situar la raz en las arqueas tal y como sugieren otros autores, por el contrario, implicara una membrana ancestral con isoprenoides, que se sustituy ms tarde en eucariotas y bacterias. Como se ve, asumir que LUCA posea una membrana lipdica, sea de isoprenoides o de cidos grasos, implica que, en alguna de las ramas del rbol de la vida, ocurri un cambio radical en su composicin qumica. Para eludir ese paso, algunos investigadores

han propuesto la posibilidad de que LUCA no poseyera membranas lipdicas, sino que estuviese connada en microcompartimentos inorgnicos. Tal circunstancia posibilitara que dos invenciones independientes de membranas de distinta composicin qumica provocaran sendos escapes a una vida celular tal y como la conocemos. Sin embargo, este modelo no carece de problemas, ya que no explicara la presencia de algunas bombas y transportadores de membrana en la reconstruccin del proteoma ancestral. Finalmente, llama la atencin la ausencia de protenas implicadas en la divisin celular y la regulacin del ciclo celular, y de factores que regulen la expresin de los genes (factores de transcripcin). A tenor de estos datos, LUCA era ms simple que las clulas actuales en cuanto a su capacidad de respuesta al medio, lo que podra implicar un ambiente estable y homogneo. La ausencia de protenas implicadas en la divisin celular no es incompatible con la existencia de una membrana, ya que las primeras clulas pudieron haberse dividido espontneamente por crecimiento y rotura.

Verosimilitud e incertidumbre
En resumen, la reconstruccin del proteoma ancestral de LUCA nos proporciona una visin parcial de lo que pudo ser aquel organismo. Hemos de observar estos datos como quien examina el yacimiento arqueolgico de un poblado de la antigedad e intenta adivinar cmo vivieron sus habitantes a partir de los objetos que encuentra. La reconstruccin ms verosmil de LUCA sugiere un organismo dotado de un sistema de procesamiento de la informacin gentica ya muy complejo, un metabolismo central casi completo y la capacidad de sintetizar por s mismo numerosos compuestos. Por el contrario, la capacidad de regulacin de este organismo ancestral parece muy reducida y sugiere un origen ms reciente de los complejos mecanismos de sealizacin intracelular, gracias a los cuales las clulas actuales estn preparadas para responder ante los cambios del ambiente. Como se puede observar quedan todava muchas lagunas. Incertidumbres por resolver, como la presencia o no de un genoma de ADN o de membranas celulares, dependen de una mayor resolucin en nuestro conocimiento del rbol de la vida. Quiz la disponibilidad de nuevas secuencias genmicas de organismos muy diversos nos permitir en un futuro aumentar la resolucin de nuestro conocimiento sobre LUCA y sobre cmo se originaron los tres grandes dominios.
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

52