Thesis Empastado

ESCUELA POLITECNICA NACIONAL
FACULTAD DE CIENCIAS
MODELIZACION DE LA EMISION DE FOTONES EN EL COMPLEJO EXCITADO LH-II (LIGHT HARVESTING COMPLEX II) DE LA BACTERIA PURPURA
PROYECTO PREVIO A LA OBTENCION DEL T ITULO DE F ISICO
MAR CRISTINA CALERO ARMAS IA
DIRECTOR: DR. MARCO BAYAS
QUITO, MARZO 2010
DECLARACION
Yo, MARIA CRISTINA CALERO ARMAS, declaro bajo juramento que el trabajo aqu escrito es de mi autor que no ha sido previamente presentado a; para ningn grado o calicacin profesional; y que he consultado las referenu o cias bibliogrcas que se incluyen en este documento. a
A travs de la presente declaracin cedo mis derechos de propiedad intee o lectual correspondientes a este trabajo, a la Escuela Politcnica Nacional, e segn lo establecido por la Ley de Propiedad Intelectual, por su reglamento u y por la normatividad institucional vigente.
MARIA CRISTINA CALERO ARMAS
CERTIFICACION
Certico que el presente trabajo fue desarrollado por MARIA CRISTINA CALERO ARMAS bajo mi supervisin. o
Dr. Marco Bayas DIRECTOR DE PROYECTO
AGRADECIMIENTOS
Mi ms sinceros agradecimientos: a Al Dr. Marco Bayas por su apoyo incondicional y paciencia durante la elaboracin de este trabajo. Al Dr. Oswaldo Alds y todo el grupo de Biofsica por o a sus valiosos consejos y sugerencias. Y a mis seres queridos por brindarme un aliento durante esta tarea.
Maria Cristina
DEDICATORIA
A MIS PADRES
RESUMEN
En el presente trabajo se presenta un modelo para explicar la emisin de o fotones asociada a la uorescencia del complejo colector de luz LH-II de la bacteria Prpura. Debido a que los procesos de absorcin y de transferencia u o de la energ en este complejo estn descritos por la teor del excitn, se a a a o consider que la uorescencia para este agregado molecular puede explicaro se como una transicin excitn fotn. Con esta consideracin y con la o o o o informacin de espectros experimentales, la uorescencia del complejo fue o descrita usando parmetros similares a los que caracterizan el mismo proa ceso en una molcula individual. De esta manera, se modeliz la curva de e o uorescencia del complejo LH-II proponiendo la existencia de niveles vibracionales asociados a los estados excitnicos, representados por el valor de un o modo vibracional. Los modos utilizados corresponden a los encontrados en un estudio de dinmica molecular del sistema de Bacterioclorolas B850. Se a consider que el aporte de cada modo vibracional a la forma de la curva o espectral es determinado por una probabilidad denida a su vez por un valor optimo del factor de Huang-Rhys. El error entre la curva modelizada y la experimental que se determin se encuentra dentro de un rango aceptable. o
ABSTRACT
A model for the emission of photons associated to the uorescence of the Purple Bacteria LH-II complex has been proposed. Due to the fact that the absorption and energy transfer process for this complex are described using the Exciton Theory, it was considered that the uorescence can be explained as a Exciton Photon transition. Considering this and the information provided by the experimental spectrum from the literature, the uorescence of the complex was characterized using parameters similar to the ones describing single molecule uorescence. Hence, it was modeled the spectral curve of uorescence considering the existence of vibrational levels associated to the exciton states and related to a vibrational mode. The modes used are the ones found in a study of molecular dynamics simulation of the Bacteriochlorophylls B850 dynamical system. It was considered that each vibrational mode contributes with a probability for the construction of de spectral curve of uorescence given by the Huang Rhys optimal factor. The error between the predicted curve and the experimental one was within a reasonable range.
Indice general
Cap tulo 1: Bacterias fotosintticas e 15
1.1. La fotos ntesis en plantas y bacterias . . . . . . . . . . . . . . 15 1.2. Bacterias fotosintticas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 e 1.3. La bacteria Prpura . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 u 1.3.1. El aparato fotosinttico y el proceso de la fotos e ntesis . 19 1.4. Pigmentos fotosintticos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 e 1.4.1. Propiedades espectroscpicas de la Clorola y Bacteo rioclorola . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 1.5. Los complejos colectores de luz . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 1.5.1. Estructura del complejo LH-II y LH-I . . . . . . . . . 27
1.5.2. Funcionamiento del complejo LH-II . . . . . . . . . . . 29 1.5.3. Propiedades espectrales del complejo colector de luz LH-II . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 Cap tulo 2: Excitones fotosintticos en la Bacteria Prpura e u 34
2.1. D mero acoplado excitnicamente . . . . . . . . . . . . . . . . 35 o 2.2. Inuencia del acoplamiento excitnico . . . . . . . . . . . . . . 39 o 2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II . . . . . . . . . . 41 o e 2.3.1. Hamiltoniano del complejo LH-II . . . . . . . . . . . . 42 2.3.2. Espectro vibracional asociado al LH-II . . . . . . . . . 45 2.4. Espectro de absorcin para el complejo LH-II . . . . . . . . . 47 o
Cap tulo 3: Modelo propuesto para justicar la emisin de fotones en el o complejo excitado LH II de la Bacteria Prpura u 50
3.1. Fluorescencia de molculas individuales . . . . . . . . . . . . . 50 e 3.2. Modelo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 3.2.1. Interaccin de la radiacin con el sistema BChls B850 . 55 o o 3.2.2. Funcin para la curva del espectro de absorcin . . . . 57 o o 3.2.3. Aproximacin de la funcin de la curva del espectro de o o absorcin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 o 3.2.4. Funcin de la curva del espectro de uorescencia . . . . 63 o 3.2.5. Inuencia de las vibraciones en el espectro de uorescencia del agregado de BChls B850 . . . . . . . . . . . 65 3.3. Densidad espectral para el sistema de BChls B850 . . . . . . . 67 Cap tulo 4: Anlisis de la uorescencia para el complejo LH II de la a Bacteria Prpura segn el modelo propuesto u u 72
4.1. Modelizacin de la curva del espectro de uorescencia . . . . . 72 o 4.1.1. Principio de Frank-Condon . . . . . . . . . . . . . . . . 75 4.1.2. Determinacin de la energ de reorganizacin () . . . 79 o a o 4.1.3. El factor de Huang- Rhys . . . . . . . . . . . . . . . . 80 4.2. Resultados de la modelizacin . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 o 4.2.1. Un estado excitnico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 o 4.2.2. Diferentes estados excitnicos . . . . . . . . . . . . . . 87 o Cap tulo 5: Conclusiones y Recomendaciones Apndice A: Segunda Cuantizacin e o 92 95
Apndice B: El operador Densidad e Apndice C: Transformada de Fourier e Apndice D: Cdigo para la evaluacin de la curva de Fluorescencia e o o Bibliograf a
98 101 103 110
10
Indice de guras
1.1. Esquema del aparato fotosinttico de la bacteria Prpura . . . 20 e u 1.2. Estructura de la Clorola tipo a . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 1.3. Complejos LH-II, LH-I y RC de la bacteria Prpura . . . . . . 26 u 1.4. Topograf del complejo LH-II . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 a 1.5. Estructura molecular del complejo LH-II . . . . . . . . . . . . 29 1.6. Distribucin del complejo LH-I y RC . . . . . . . . . . . . . . 30 o 1.7. Espectros de absorcin de algunos pigmentos . . . . . . . . . . 31 o 1.8. Disposicin de las BChls en el LH-II . . . . . . . . . . . . . . 32 o 2.1. Fluctuaciones de la energ propia para una BChl B850 . . . . 46 a 2.2. Espectro vibracional asociado a las BChls B850 . . . . . . . . 47 2.3. Espectro de absorcin del sistema BChls B850 . . . . . . . . . 49 o 3.1. Diagrama de Jablonsky para una molcula simple . . . . . . . 51 e 3.2. Espectro de absorcin y emisin de la Quinina . . . . . . . . . 52 o o 3.3. Espectros de Absorcin y Fluorescencia para el LH-II . . . . . 53 o 4.1. Representacin grca del principio de Franck-Condon . . . . 76 o a 4.2. Espectros de uorescencia para diferentes valores del factor de Huang-Rhys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 4.3. Espectro de uorescencia considerando el aporte de los estados excitnicos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 o 4.4. Espectro de uorescencia experimental y modelizado . . . . . 91 4.5. Error en escala logar tmica del espectro de uorescencia modelizado . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 11
Introduccin o
Para que la vida exista en nuestro planeta tal como la conocemos, uno de los procesos indispensables que se lleva a cabo en la naturaleza es la fotosnte sis. Debido a su gran importancia, su estudio es de inters en diferentes reas e a como: Biolog Ecolog F a, a, sica, etc. La denicin del trmino fotos o e ntesis var ligeramente entre autores [1,2,3], en este trabajo, se considerar coa a mo el proceso a travs del cual ciertos organismos capturan la energ de la e a luz solar y la transforman en energ bioqu a mica disponible para sintetizar compuestos de carbono en carbohidratos. En la fotos ntesis, luego de la absorcin de luz la energ ganada pueo a de disiparse de tres maneras: primero por la transferencia de la excitacin o para iniciar el proceso foto-qu mico, segundo por el regreso al estado base emitiendo uorescencia y nalmente por conversin interna. En condiciones o normales el primer mecanismo es el principal ya que a partir de este se produce toda la fotos ntesis [1,2]. Cuando el proceso foto-qu mico es inhibido, la emisin de uorescencia pasa a ser relevante, esto se puede apreciar por o ejemplo en el fenmeno de uorescencia inducida [15]. A los caminos de reo lajacin se los caracteriza a travs de constantes de velocidad, con las cuales o e 12
13 se estudia la cintica del mecanismo de decaimiento y permite establecer la e eciencia fotosinttica del sistema (eciencia del proceso foto qu e mico). Precisamente, de los procesos de des-excitacin, la uorescencia es el evento que o se puede medir experimentalmente y que ayuda a determinar la eciencia fotosinttica. e A nivel molecular se conoce que el elemento involucrado en la funcin o biolgica de la captacin de la energ solar, es un tipo de agregado moo o a lecular llamado el complejo colector de luz [1,4,5]. Gracias a los resultados de cristalograf de rayos X y microscop electrnica ms la aplicacin de a a o a o modelizacin molecular, se conoce la estructura a nivel atmico de este como o plejo para algunas especies entre ellas la bacteria Ppura [10]. En base a este u conocimiento se ha podido establecer como la arquitectura del complejo se relaciona con la funcin biolgica del mismo. Sin embargo, no se han estao o blecido totalmente los mecanismos f sicos subyacentes a la funcin biolgica. o o Para poder resolver este problema, se realizan observaciones experimentales renadas, como por ejemplo, la medicin de las propiedades espectrales a o nivel molecular del complejo y se realiza un anlisis terico que justique las a o mismas. En este contexto, se ha analizado la absorcin del complejo colector de o luz LH-II (LH, del acrnimo del ingls Light Harvesting Two) de la especie o e Rhodospirillum molischianum de bacteria Prpura, en trminos de la teor u e a del excitn y el modelo del polarn [16]. Sin embargo, la uorescencia de este o o complejo, que es otra propiedad espectral muy relacionada con la absorcin o no ha sido tomada en cuenta bajo este criterio. Por lo que en el presente trabajo se realiza el estudio del proceso de uorescencia bajo las consideraciones
14 hechas para la absorcin, proponiendo adems, el criterio de que el proceso o a de uorescencia para este agregado molecular se puede caracterizar de forma similar al proceso que sucede en una molcula individual. e Bajo esta perspectiva, en este trabajo se desarrolla en cuatro cap tulos los siguientes temas: Primero, la ubicacin de la bacteria Prpura dentro de los organismos o u fotosintticos y el estudio de su aparato fotosinttico. La descripcin a nivel e e o molecular de los complejos encargados de la absorcin de la luz solar. o Segundo, la teor del excitn como marco terico que justica las proa o o piedades que exhibe este complejo y la descripcin del proceso de absorcin o o bajo esta teor a. Tercero, la descripcin del proceso de uorescencia para una molcula o e individual y la proposicin de un modelo para explicar la uorescencia del o complejo LH-II. Cuarto, la modelizacin de la curva espectral de uorescencia en base al o modelo propuesto.
Cap tulo 1 Bacterias fotosintticas e

1.1. La fotos ntesis en plantas y bacterias
En las plantas y algas que son organismos Eucariontes 1 , la fotos ntesis se lleva a cabo en los organelos subcelulares llamados Cloroplastos. En cambio, en las bacterias que son organismos Procariontes 2 , la fotos ntesis se realiza en la membrana Citoplasmtica [1]. El nmero de cloroplastos presentes en a u las clulas vegetales puede variar desde uno a ms de cien. Las hojas son e a los miembros que poseen las clulas con mayor volumen de ocupacin de e o cloroplastos [2]. La forma de un cloroplasto en las plantas es generalmente ovoide y mide de 4 a 10 m de dimetro y 1 m de espesor [1]. Mientras que a las dimensiones promedio de una membrana citoplasmtica es alrededor de a 8 nm [3]. Internamente los cloroplastos estn formados por un sistema de membraa nas apiladas en forma de discos llamadas Tilacoides. Estas membranas en general son capas bilip dicas, que poseen molculas de pigmentos y prote e nas embedidas, que se agrupan formando complejos pigmento-prote na. En las bacterias, la membrana citoplasmtica tambin es una capa bilip a e dica que posee una estructura similar a los Tilacoides, pero los complejos pigmentoprote que all se forman muestran estructuras ms sencillas [1]. na a
Organismos que poseen clulas con estructuras subcelulares bien diferenciadas por e membranas 2 Organismos cuyas clulas no presentan membranas subcelulares e
1
15
1.2. Bacterias fotosintticas e
16
La parte no membranosa que rodea a los Tilacoides se denomina Estro ma. Este es un sustrato acuoso que contiene enzimas solubles y es el sitio donde se producen las reacciones bioqu micas para el metabolismo del CO2 . Para las bacterias el sitio equivalente al Estroma es el Citoplasma (sustrato acuoso). Por otra parte, las membranas tilacoidales son el lugar donde se producen los primeros pasos de la fotos ntesis, que son la absorcin de fotoo nes de luz y transformacin de esta energ absorbida en energ bioqu o a a mica disponible para el organismo. En las bacterias estos mismos pasos ocurren en la membrana Citoplasmtica [1]. a Los pigmentos, prote nas y enzimas de la membrana tilacoidal no se encuentran dispersos al azar en ella, sino que se distribuyen de tal forma que dan lugar a dos sistemas con estructura y arquitectura denidas llamados Fotosistema I y Fotosistema II [1]. Dentro de estos fotosistemas se identican sistemas ms pequeos y fundamentales como por ejemplo los complejos a n colectores de luz y el complejo centro de reaccin, los cuales son agregados o pigmento-prote que cumplen con funciones espec na cas dentro del proceso total. En la membrana citoplasmtica de las bacterias no se distinguen fotoa sistemas, solo se ha reconocido que existe una unidad fotosinttica m e nima (Photosynthetic unit, PSU) [1,4].
1.2.
Bacterias fotosintticas e
Existen cinco grupos principales de bacterias que son capaces de realizar fotos ntesis. Cuatro de estos realizan fotos ntesis anoxignica, estos son: la e bacteria Prpura, la bacteria Verde Sulfurosa, la bacteria Verde No Sulfuu
1.2. Bacterias fotosintticas e
17
rosa y la Heliobacteria. El unico grupo de bacterias que realizan fotos ntesis oxignica es la Cyanobacteria [5]. e Bacteria Verde Sulfurosa: Son organismos no muy verstiles, extrica tamente anaerobios y fotoauttrofos 3 , realizan fotos o ntesis anoxignica. Esta e bacteria no ja el carbn usando el ciclo de Calvin (ver pendice A) como o a otras. Esta bacteria puede llegar a vivir con la menor intensidad de luz que cualquier otro organismo fotosinttico conocido. Esto gracias a la estructura e de su complejo colector de luz especializado llamado Clorosoma [1]. Bacteria Verde No Sulfurosa: Estas bacterias tienen caracter sticas metablicas muy diferentes a la bacteria Verde Sulfurosa. Pueden preseno tarse en forma fotoauttrofa y fotohetertrofa 4 , tambin pueden crecer en o o e medios aerobios como anaerobios. La mayor parte de estas bacterias poseen un complejo colector de Luz tipo Clorosoma [1,6]. Heliobacteria: Es la clase de bacteria ms recientemente descubierta en a el grupo de los organismos anoxignicos fotosintticos[1,4]. Tambin son el e e e unico grupo de bacterias fotosintticas que pueden formar esporas, una carac e teristica especial de supervivencia. Son extrictamente anaerobias, no poseen la capacidad de asimilar el carbn del CO2 y su mecanismo de asimilacin de o o carbono no est bien entendido. Algunas bacterias de este grupo tienen coma plejos fotosintticos similares al de la bacteria Verde Sulfurosa, mientras que e otras al de la Cyanobacteria. Por ultimo son jadoras activas de Nitrgeno. o Cyanobacteria: Es el grupo ms grande y diverso de los Procariontes a fotosintticos oxignicos. Son bacterias muy resistentes a diferentes medios y e e
3 4
La fuente de carbono para la fotos ntesis es el CO2 La fuente de carbono para la fotos ntesis son compuestos orgnicos a
1.3. La bacteria Prpura u
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con gran capacidad de adaptabilidad. Se pueden encontrar Cyanobacterias en el agua dulce o del mar, as como en lugares muy inhspitos como la Antrtica o a o en desiertos. Todas son fotoauttrofas y el mecanismo de la fotos o ntesis es muy similar al de los organismos Eucariontes. Poseen un sistema interno de membranas parecido a los Tilacoides y se supone que estas bacterias dieron origen a los Cloroplastos [1,5].
1.3.
La bacteria P rpura u
El gnero bacteria Prpura constituye el mayor grupo de microorganismos e u fotosintticos anoxignicos que habitan en la naturaleza [4]. Crecen en forma e e aerobia y anaerobia, pero en el primer medio no realizan fotos ntesis ya que la s ntesis de los pigmentos fotos eticos es reprimida en presencia de ox nt geno. La bacteria Prpura pertenece a la clase Proteobacteria [5]. u El nombre de bacteria Prpura viene del color comn encontrado en muu u chas especies. Las especies ms representativas y estudiadas de esta bacteria a son: Rhodobacter sphaeroides, Rhodospirillum rubrum, Chromatium vinosum, Rhodospirillum molischianum y Rhodopseudomonas viridis [4]. Generalmente los ambientes naturales de esta bacteria son los lagos, estanques, estuarios, y otros medios acuticos que cumplen con la combinacin de medio anaerobio a o y luz solar [4,5]. Cuando la bacteria Prpura realiza fotos u ntesis puede utilizar directamente el CO2 como fuente de carbono (fotoauttrofa) o reduce compuestos o orgnicos (fotohetertrofa). Generalmente esta bacteria no utiliza agua para a o el proceso de fotos ntesis sino H2 S, que al nal lo transforma en azufre (S)
19
y sulfatos (SO4)2 . Este es un papel fundamental de la bacteria, ya que el H2 S es una sustancia muy venenosa para los seres vivos, mientras que los elementos resultantes son formas no txicas de azufre [7,8]. o La bacteria Prpura est dividida en dos grupos, la bacteria Prpura u a u Sulfurosa y la bacteria Prpura No Sulfurosa. Originalmente fueron distinu guidas por su siolog basada en la tolerancia y metabolizacin de sulfuros. a o Pero ms tarde se mostr que esto no era un punto clave, ya que a bajas a o cocentraciones de sulfuros las dos especies lo oxidan y producen azufre [4]. Pero lo que si las diferencia claramente es que la bacteria Prpura Sulfurosa u almacena el azufre producido dentro de glbulos intracelulares, mientras que o la otra deposita el azufre fuera de la clula. e
1.3.1.
El aparato fotosinttico y el proceso de la fotos e ntesis
El aparato fotosinttico de la bacteria Prpura est constituido por enzie u a mas y diferentes agregados de prote nas con pigmentos que forman complejos, cada uno de estos realiza tareas espec cas dentro del proceso de fotos ntesis. Este aparato est distribuido en la membrana Intracitoplasmtica, que es un a a replegamiento de la misma membrana citoplasmtica dentro del citoplasma a en forma de ves culas [1]. En la Figura 1.1 se encuentra un esquema de los pasos y elementos de la fotos ntesis en la bacteria Prpura. En primer lugar estn los Complejos u a Colectores de Luz (LHs) 5 , estos son agregados pigmento-prote encargados na de absorber la luz solar y trasmitir el exceso de energ ganado en forma de a excitacin electrnica a otro complejo llamado Centro de Reaccin (marcado o o o
5
LHs, del acrnimo de ingls Light Harvesting o e
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Figura 1.1: Esquema del aparato fotosinttico y del proceso de fotos e ntesis en la bacteria Prpura u con 2). En estos complejos no se realiza ningn tipo de reaccin qu u o mica, su interacin es netamente f o sica [1,4,9]. El Centro de Reaccin (RC) es un complejo pigmento-prote pequeo o na n donde se encuentra un par de BChls conocidas como PA y PB , una de ellas, cede un electrn ( proceso fotoqu o mico) como consecuencia de la excitacin o transmitida (paso 3) [10]. La mlecula que acepta el electrn es una quinoo o na(Q) que se encuentra en el medio lip dico cerca al RC. Con esta ganancia la Q se reduce a Hidroquinona(QH2 ) y se difunde hasta llegar al complejo Citocromo bc1 (bc1) (paso 4). Este complejo es un ensamble proteico donde alguno de sus elementos acepta la carga, como resultado se tiene de nuevo una QB y un elemento en estado oxidado (paso 5) 6 . En el complejo bc1 se transmite el electrn aceptado entre sus elementos a travs de una serie o e de reacciones REDOX hasta que llegue la carga al complejo Citocromo c2
6 Los mecanismos a travs de los cuales la QBH2 llega hasta el complejo bc1 y QB e retorna a su lugar, son temas abiertos de investigacin ya que no se ha podido resolver a o nivel molecular que sucede [1,9]
1.4. Pigmentos fotosintticos e
21
(c2)(paso 6). Este es otro agregado proteico que tiene la tarea de volver la carga al punto de partida, el RC, cerrando as un ciclo de transmicin del o electrn. o La tranferencia del electrn a travs del bc1 va acompaada de una acuo e n mulacin de protones en un lado de la membrana (paso 7). Esto provoca o que se cree un gradiente electroqu mico membranal que hace que se active la enzima ATP-asa, que sintetiza ATP (Adenosine-Triphosphate) en base de ADP (Adenosine Dhiphosphate) y fsforo al lado de la membrana correspono diente al Citoplasma. Como se conoce, el ATP es la fuente de energ para a casi todas las reacciones bioqu micas que se dan en los organismos vivos [7]. As en la bacteria Prpura diferentes prote , u nas y enzimas utilizan el ATP sintetizado para reducir el CO2 en carbohidratos a travs de una cadena de e reacciones bioqu micas conocidas como el Ciclo de Calvin [7,8], as termina el proceso de la fotos ntesis.
1.4.
Pigmentos fotosintticos e
Las pigmentos que forman parte de los complejos colectores de luz, son las molculas espec e cas encargadas de absorber los fotones de luz solar en todos los organismos fotosintticos. La accin de todos los pigmentos en conjunto e o son los responsables de la coloracin mostrada por dicho organismos, ya que o la longitud de onda de luz correspondiente al color que no absorben la reejan [1]. Existen dos grandes grupos de pigmentos fotosintticos: el grupo de las e clorolas y el de los caratenoides. El pigmento ms abundante e importante en la bacteria Prpura es la a u
22
Figura 1.2: Esquema de la estructura de la Clorola a (en negro) y la Bacterioclorola a (diere de la Chl solo en los puntos rosados). Bacterioclorola (BChl) que en trminos generales es una pequea variane n te de la Clorola (Chl), que es el pigmento principal en todo cloroplasto (ver Figura 1.2) [1,2]. La Clorola recibi su nombre en 1818 por Pellitier o y Caventou cuando estudiaban los pigmentos encontrados en plantas superiores. Esta molcula ha sido ampliamente estudiada, es as que al momento e se conoce totalmente su estructura y s ntesis [1,7]. En la actualidad se han establecido ms de 50 tipos diferentes de clorolas, se las clasica con las a letras del alfabeto en orden a su descubrimiento. Las Clorolas principales son las tipo a,b,c y d, en el caso de las bacterias las Bacterioclorolas las tipo a,b,c y g. En trminos qu e micos la BChl y la Chl tienen la misma estructura principal pero se diferencian en un radical, ver Figura 1.2. La Chl o BChl est fora mada por dos estructuras, una principal con geometr cuadrada que mide a alrededor de unos 10 por lado, y una secundaria que depende de tipo de A
23
Chl o BChl. La estructura principal est formada por un tomo de Magnesio a a (Mg) que se encuentra en el centro del cuadrado, coordinado a cuatro atomos de Nitrgeno (N) que son cada uno parte subestructural de una molcula de o e pirrol
7
(nombrados en la gura 1.2 con nmeros romanos). Por esta razn u o
muchas veces a la clorola se la reere como un tetrapirrol [8]. A la estructura del tetrapirrol se la llama el macrociclo. Finalmente, la estructura principal se forma con la unin de un quinto anillo isoc o clico al macrociclo (nombrado en la gura 1.2 con el nmero V). Una de las estructuras secundarias ms u a importantes es la cadena de tol que se enlaza en la esquina inferior izquierda del macrociclo (bajo la representacin estandar de la molcula), da lugar a o e la Chl ms abundante en las plantas, algas y una clase de bacteria, la Chl a tipo a, ver Figura 1.2. A los otros pigmentos menos abundantes que se encuentran en los organismos fotosintticos se los conoce como pigmentos accesorios. Su tarea es e absorber luz en longitudes de onda en que las Chls y BChls no pueden hacerlo [1,7]. Por ejemplo, la Chl y BChl, presentan mximos de absorcin alredea o dor del los colores azul y rojo. Mientras que los Carotenoides y Ficobilinas presentan mximos de absorcin alrededor del color amarillo y verde. a o
1.4.1.
Propiedades espectroscpicas de la Clorola y Bacteriocloo rola
Dado que la estructura principal de la Clorola y la Bacteriocloroa es igual, se considera que las propiedades espectrales que estas presentan coPirrol, compuesto orgnico que posee una estructura base en forma de anillo de cinco a elementos, 4 Carbonos y en el quinto lugar un Nitrgeno, unidos a diferentes radicales o
7
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rresponden a una misma descripcin [1]. Los espectros experimentales de o absorcin y emisin para una Clorola han sido descritos tericamente bao o o jo un modelo de cuatro orbitales propuesto originalmente por Martin Gouterman(1961)[1,8]. Este modelo considera que las transiciones electrnicas o estn relacionadas solo con cuatro orbitales moleculares . Dos orbitales a moleculares ocupados de mayor energ (Highest Occupied Molecular Ora bitals,HOMOs) y dos orbitales moleculares desocupados de menor energ a (Lowest Unoccupied Molecular Orbitals, LUMOs) correspondientes al sistema conjugado de electrones del macrociclo. Las transiciones electrnicas de ms baja energ forman la banda Q o a a y las de mayor energ la banda B o de Soret. El salto de un electrn de a o un orbital HOMO a un LUMO justica estas transiciones. La transicin de o menor energ dentro de la banda Q corresponde a la Qy , generalmente es a considerada la ms importante [10,11]. Se debe a que presenta la propiedad a de ser invariablemente polarizada a lo largo del eje y de la molcula 8 , esto e signica que la absorcin ser fuerte si el vector del campo elctrico del plano o a e polarizado de la luz que excita es paralelo al eje y de la molcula [1]. Adems e a de las transiciones fundamentales Q y B, en el modelo tambin se considera e las transiciones asociadas a cambios en los estados vibracionales asociados a los estados electrnicos. o La explicacin terica antes mencionada para las propiedades espectrales o o de la clorola se aplica solo cuando se tiene el pigmento aislado en soluciones orgnicas. Cuando se encuentra incorporada en un medio proteico sus propiea dades se alteran signicativamente, mucho ms cuando se encuentra dentro a
8
Eje imaginario de simetr para el macrociclo a
1.5. Los complejos colectores de luz
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de los complejos pigmento-prote de los sistemas fotosintticos. Entonces na e se puede armar que los mecanismos que rigen a estos complejos son diferentes a los asociados al modelo de cuatro orbitales y constituyen un amplio tema de investigacin, que se ha ido desarrollando en los ultimos aos [1,4,9]. o n
1.5.
Los complejos colectores de luz
La idea de los Complejos Colectores de Luz (LHs)9 fue introducida por primera vez por Emerson y Arnold en 1932, cuando demostraron que se requieren ms de cien Clorolas (Chl) para reducir una molcula de CO2 , a a e pesar de hacer incidir la cantidad suciente de luz para que todas la las Chls trabajen de igual manera [10]. La explicacin de este hecho cooperativo fue o que solo ciertas Chls localizadas en un lugar espec co denominado ahora el complejo Centro de Reaccin (RC)10 , realizan el proceso fotoqu o mico directamente. Mientras que la mayor parte de las otras Chls forman otro tipo de complejos, los LHs que sirven como antenas colectoras que incrementan la supercie efectiva de captura de fotones y que luego conducen la excitacin o electrnica a los pigmentos del RC. o Los complejos colectores de luz, son agregaciones moleculares de prote nas y pigmentos espec cos en cantidades determinadas que se distribuyen en forma ordenada en la capa bil pidica en la que se encuentran. Esta propiedad da lugar a que estos agregados presenten una estructura ja con simetr as en forma anloga a la que ocurre en la estructura cristalina en los slidos. a o En este contexto se considera que los complejos colectores de luz exhiben
9 10
Del acrnimo en ingls Light Harvesting o e del acrnimo en ingls Reaction Center o e
26
Figura 1.3: Complejos colectores de luz LH-II, LH-I y RC para la bacteria Prpura (especie Rb. sphaeroides). Figura generada en el programa Visual u Molecular Dynamics, VMD, tomada de [10] estructura cristalina con propiedades que dependen de las simetr de esta. as T picamente la bacteria Prpura presenta dos complejos colectores de luz u [10,12]. El complejo colector de luz Uno (LH-I), al cual se le asocia el sistema de BChls B875 y el complejo colector de luz Dos (LH-II), al cual se le asocia el sistema de BChls B800-B850. En la Figura 1.3 se encuentra el esquema de estos complejos y su distribucin. Los nombres de los sistemas asociados a o cada LHs indican que cada complejo est formado por BChls que presentan a un mximo de absorcin in vivo a longitudes de onda correspondientes al a o valor dado. El complejo LH-I est intimamente asociado al RC ya que ste lo rodea a e directamente, por esta razn es referido como el complejo ncleo; mientras o u que el complejo LH-II es un complejo perifrico. La energ de la luz solar e a que atrapa el complejo LH-II la transere en forma de excitacin electrnica o o al complejo LH-I para que este a su vez la transmita al RC. En el RC la exci-
27
Figura 1.4: Ejemplo de la topograf de complejos LH-II en la bacteria Prpua u ra (Rhodoseudomonas acidophila). Tomado de [13] tacin electrnica transmitida provoca la donacin de una carga, empezando o o o as el proceso fotoqu mico de la fotos ntesis.
1.5.1.
Estructura del complejo LH-II y LH-I
Gracias a los avances en tcnicas experimentales de cristalograf de rayos e a X y microscop electrnica se tiene una imagen de la estructura del complejo a o LH-II para algunas especies de bacteria Prpura, a resoluciones entre 2.0 y u 2.5 [9,10]. En la Figura 1.4, se puede apreciar un ejemplo de la topograf A a encontrada para estos complejos a escala nanomtrica. Con esta evidencia, e ms el uso de la modelizacin molecular, se ha establecido la estructura a a o nivel atmico de este complejo para dos especies de bacteria Prpura, la o u Rhodospirillum molischianum y la Rhodoseudomonas acidophila [12]. En el presente trabajo se detallar al complejo LH-II de la primera especie. a El complejo LH-II es un agregado molecular octamrico, esto signica que e
28
est formado por un elemento base que se repite ocho veces. Estas subunidaa des se ensamblan una a continuacin de otra de tal forma que dan lugar a la o estructura de un anillo. Las dimensiones aproximadas del anillo que se forma son, dimetro interior de 31 y dimetro exterior de 62 . En la Figura a A a A 1.5 se puede apreciar en la izquierda el esquema de la estructura base y en la derecha el anillo ya formado por la agregacin de esta. La unidad base o est constituida por dos unidades prote a nicas conocidas como alfa () y beta () pptidos e
11
(representados en la Figura 1.5 parte a por los elementos en
rosado y lila), tres molculas de BChl (representados en la Figura 1.5 parte e a por los elementos en verde) y una molcula de Licopeno e
12
(representado
en la Figura 1.5 parte a por el elemento en amarillo). Los pptidos sirven e de andamio para la ubicacin de los pigmentos, las dos BChls B850 se eno cuentran en un plano perpendicular al plano membranal y la BChl B800 se encuentra en un plano paralelo [4,10]. La estructura del complejo LH-I as como la del RC no se han resuelto completamente, por lo que algunos aspectos de los procesos que ah suceden todav no se pueden justicar [14]. Sin embargo, el modelo propuesto para a este complejo presenta una arquitectura muy similar al LH-II [10]. Tambin e est formado por una estructura base que se repite formando un anillo, el a nmero de subunidades base para este es de 16. Para el LH-I la estructura u base es dos pptidos alfa y beta, pero solo dos BChls y un carotenoide. El e dimetro del anillo es alrededor de 116 con una abertura de 68 en el a A A centro donde se supone va localizado el RC. En la Figura 1.6 se encuentra
11 12
Generalmente cadenas de 53 y 41 aminocidos respectivamente a Un tipo de carotenoide
29
(a)
(b)
Figura 1.5: Estructura molecular del LHII: (a)Estructura base que genera al anillo LH-II. En verde las BChls, rosado y lila , pptidos y en amarillo e un licopeno. (b) Anillo total del LH-II. [Figuras generadas con el programa VMD, archivo pdb.1lgh] un esquema de complejo LH-I en verde, rodeando al centro de reaccin en o el interior del anillo . El sistema de BChls asociado a este complejo presenta un pico de absorcin a 875 nm., por lo que el sistema asociado es el de las o BChls B875.
1.5.2.
Funcionamiento del complejo LH-II
El complejo LH-II abosorbe fotones de luz entre longitudes de onda de 500 nm a travs de los licopenos, 800 y 850 nm a travs de las BChls B800 y e e B850 y su papel principal es transmitir el exceso de energ ganado en forma a de excitacin electrnica al RC [12]. El arreglo jerarqu de los valores de o o co energ de la luz absorbida en el complejo ha servido para proponer que a la excitacin se transmite de forma ordenada entre elementos del complejo y o luego entre complejos [9]. Si un fotn es absorbido por un caroteno (licopeno) o la excitacin se transmite primero a una BChl B800 y luego sta al anillo de o e
30
Figura 1.6: Complejo colector de luz LH-I (en verde ) y Centro de Reaccin o (en azul y rojo )de la bacteria Prpura. Tomado de [10] u BChls B850. El mecanismo de la transferencia de la excitacin entre estos o elementos y entre complejos no esta resuelto totalmente [4], sin embargo se lo explica en trminos de interaccin de resonancia entre licopenos y BChls e o y con la teor del excitn entre BChls y complejos. a o La transmisin de la excitacin es el camino ms probable para la deso o a excitacin del complejo excitado LH-II. Sin embargo, existen otros camio nos de relajacin que compiten con la transmisin de la excitacin. Estos o o o son: emisin de fotones de luz correspondiente a uorescencia y prdida de o e energ por vibraciones moleculares llamada conversin interna. Cuando el a o RC no realiza el proceso foto-qu mico, la uorescencia pasa a ser el camino de relajacin relevante, esto se lo observa por ejemplo en los experimentos o de uorescencia inducida [15]. Por lo que el estudio de los parmetros que a rigen la uorescencia podr aportar en el estudio de la comprensin de los an o mecanismos f sicos bajo los cuales acta este complejo. u
31
Figura 1.7: Espectros de absorcin de la BChl individual, un carotenoide o individual y del complejo LH-II. Tomado de [4]. 1.5.3. Propiedades espectrales del complejo colector de luz LH-II
Para el complejo LH-II se puede distinguir, a pesar de contener el mismo tipo de BChls, dos bandas de absorcin bien diferenciadas en el correspono diente espectro. La una con un pico de absorbancia a los 800 nm y otra a los 850 nm [16]. Este hecho se ha justicado en base a la arquitectura del complejo que muestra que las BChls que absorben a 800 nm forman un anillo y las BChls que absorben a 850 nm forman otro, pero con disposiciones en relacin al plano membranal distintas que inuyen en sus propiedades. En la o Figura 1.8, se puede observar este aspecto de la estructura, anillo superior, las BChls B850 y anillo inferior las BChls B800. Ver Figura 1.7 Las ocho BChls B800 se ubican de tal forma que el plano correspondiente al macrociclo tetrapirrlico de cada BChl est dispuesto en forma paralela o a al plano de la membrana, formando un anillo de radio alrededor de los 28 A [10]. En cambio, en el anillo de las BChls B850 el plano del tetrapirrol de
32
Figura 1.8: Disposicin de las BChls en el LH-II. Anillo superiror las BChls o B850 y anillo inferior las BChls B800. [Figura generada en el VMD, archivo pdb.1lgh] cada uno de estos pigmentos est mas o menos perpendicular al plano de la a membrana. El nmero de BChls que forman este anillo es de 16 y el radio u del anillo es alrededor de 23 [10]. Las dimensiones del radio del anillo de A las BChls B850, el nmero de BChls que lo conforman y su disposicin hau o cen que la distancia entre BChls vecinas ms cercanas sea pequea alrededor a n de 9 [10]. Esto provoca que exista una superposicin entre los macrociclos A o tetrapirrlicos de vecinas cercanas dando lugar a que los enlaces entren en o interaccin tipo Van der Waals. Este hecho da como resultado un acoplao miento entre los estados excitados de las BChls. Este acoplamiento permite que cuando una BChl B850 pasa a un estado excitado gracias a la absorcin o de luz, la excitacin se transimite de una molcula a otra rpidamente, lo o e a cul es anlogo a considerar que se tiene una excitacin colectiva o que se ha a a o
33
esparcido sobre todas las BChls B850 una onda de excitacin. Cuando esto o sucede se dice que se ha creado una cuasi part cula el excitn [17,18]. Se ha o comprobado que la existencia de este tipo de interaccin entre las BChls B850 o es la principal justicacin del cambio del mximo del espectro de absorcin o a o de 800nm a 850nm [19]. .
Cap tulo 2 Excitones fotosintticos en la Bacteria e P rpura u

El concepto del excitn fue introducido por primera vez por Frenkel en o 1931, lo formul como una excitacin electrnica no conductiva sobre un siso o o tema molecular [18]. En la actualidad este concepto se ha ampliado para describir las propiedades espectroscpicas de cristales moleculares y agregados o moleculares [11]. Davydov fue el primero en desarrollar la teor del excitn a o para cristales moleculares[11]. El indic que si en un cristal molecular las diso tancias intermoleculares son muy pequeas, de tal manera que la energ de n a interaccin entre ellas est en el orden de magnitud de las energ de enlaces o a as de tomos en las molculas o electrones en tomos, las molculas pierden su a e a e individualidad y pasan a formar un solo sistema, el cristal. Y este tipo de acoplamiento produce que las propiedades espectrales del cristal dependan no slo de cada molcula que lo forman sino tambin de la interaccin entre o e e o ellas [18]. En cuanto a los sistemas fotosintticos, se ha demostrado en base al coe nocimiento de las estructuras a nivel atmico de los complejos pigmentoo prote LHs y RC y de datos experimentales, que el excitn es el concepto na o elemental para describirlos [11,20]. Siendo este el punto de partida, es necesario explicar totalmente la relacin entre estructura, funcin y propiedades o o espectrales de estos complejos.
34
2.1. D mero acoplado excitnicamente o
35
2.1.
D mero acoplado excitnicamente o
Considrese dos molculas idnticas con posicin relativa r = r2 r1 y e e e o con orientaciones jas, de tal modo que se encuentran en interaccin eleco trosttica. Cada molcula tiene su propio conjunto de estados electrnicos y a e o niveles de energ dados por la solucin de la ecuacin de Schdinger [21]: a o o o
H n |n = n |n , i i i
(2.1)
donde n = 1, 2 indentica a las molculas, i = 0, 1 corresponde al estado e base y al estado excitado respectivamente. Debido a la interaccin entre las molculas, el Hamiltoniano total del o e sistema, d mero acoplado, contendr adems de los trminos moleculares ina a e dividuales H 1 y H 2 un trmino de interaccin W . e o
H = H 1 + H 2 + W,
(2.2)
El trmino W es de caracter dipolar, dado por, e n1 n2 3(r12 n1 )(r12 n2 ) ), 3 5 r12 r12
W = C(
(2.3)
donde el vector r12 es la distancia entre las dos molculas, nj es un vector e unitario que describe la direccin del momento dipolar de transicin correso o pondiente a la transicin del estado base al estado excitado de cada molcula. o e Se considera a la interaccin molecular como una pertubacin, debido a que o o es pequea comparada con la diferencia de energ de los estados de can a da molcula [20,22]. Planteado as el problema, se lo resuelve utilizando la e
36
teor de perturbaciones con la aproximacin de Heitler-London [23]. Esta a o indica que los nuevos estados propios del sistema pueden ser descritos como combinaciones lineales de los productos de las funciones propias de las molculas individuales. El estado base corresponde a |0 = |1 2 . El valor e 0 0 de energ est dada por a a
E 0 = 0 |H|0 = 1 2 |H1 + H2 + W |1 2 = 1 + 2 + W00 , 0 0 0 0 0 0
(2.4)
e donde W00 = 1 2 |W |1 2 . El acoplamiento entre molculas permi0 0 0 0 te un desplazamiento de la energ del estado base una cantidad W00 . Los a estados excitados estn dados por: a
|f = cf 1 |1 2 + cf 2 |1 2 , 1 0 0 1 |f son normalizadas y ortogonales por lo que:
(2.5)
c2 1 + c2 2 = 1, f f
(2.6)
cf 1 cg1 + cf 2 cg2 = 0,
(2.7)
donde f y g representan diferentes estados propios. As el estado excitado , |f del sistema acoplado se presenta como una combinacin lineal de dos o trminos, donde en cada trmino se puede observar que si la una molcula e e e est en su estado base la otra debe estar en su estado excitado. Las contria buciones de cada trmino estn dadas por los coecientes cf 1,2 . Por lo que se e a necesita encontrar sus valores. Los nuevos estados |f deben cumplir con la
37
condicin de ser soluciones estacionarias de la ecuacin de Schrdinger, as o o o :
(H1 + H2 + W )|f = Ef |f ,
(2.8)
Utilizando un articio matemtico se puede resolver esta ecuacin. Se a o multiplica a los dos lados por la izquierda por |1 2 y luego por |1 2 , 1 0 0 1 resolviendo e integrando sobre todo el espacio se tiene,
cf 1 (1 + 1 2 |W |1 2 ) + cf 2 1 2 |W |1 2 = cf 1 Ef , 1 1 0 1 0 1 0 0 1 cf 1 1 2 |W |1 2 + cf 2 (2 + 1 2 |W |1 2 ) = cf 2 Ef , 0 1 1 0 1 0 1 0 1 se puede escribir estas ecuaciones de forma simplicada as ,
(2.9) (2.10)
cf 1 (1 + W11 Ef ) + cf 2 (W12 ) = 0, 1 cf 1 W21 + cf 2 (2 + W22 Ef ) = 0, 1
(2.11) (2.12)
Para obtener soluciones no triviales para el sistema de ecuaciones encontrado se debe cumplir que
1 + W11 Ef 1 W21
W12 2 + W22 Ef 1
=0
(2.13)
Como se considera el caso de molculas idnticas se tiene que e e

0,1
1 0,1
2 0,1
; que W12 = W21 y que W11 = W22 . De esto se obtiene que:
(1 + W11 E f )2 = (W12 )2 ,
(2.14)
2.1. D mero acoplado excitnicamente o resolviendo se tienen dos valores propios de energ E1,2 dados por: a
38
E1 = 1 + W11 + W12 ,
(2.15)
E2 = 1 + W11 W12 ,
(2.16)
Estos resultados indican que existen dos estados excitados para el sistema acoplado con una diferencia de energ entre ellos de 2W12 . El promedio del a valor de energ de estos estados E1,2 = 1 + W11 ha sufrido un corrimiento a respecto al estado de una molcula simple 1 en el valor de W11 , a este valor e se le llama desplazamiento de energ D. Generalmente este valor produce a un corrimiento hacia el rojo (valores de menor energ pero esto depende a), del acoplamiento de los momentos dipolares moleculares, por lo que tambin e a veces se tiene un corrimiento hacia al azul [11]. Substituyendo los valores de E1,2 en la ecuacin 2.9 y 2.10 se puede obo tener los nuevos estados excitados del sistema: 1 |1 = ( )(|1 2 + |1 2 ), 1 0 0 1 2 1 | 2 = ( )(|1 2 |1 2 ) 1 0 0 1 2
(2.17) (2.18)
A partir de estos resultados se pueden interpretar que, si el d mero se encuentra en alguno de sus estados excitados, impl citamente sus molculas e integrantes tambin se encuentran en sus estados excitados, pero estos ese tados contribuyen a la formacin del nuevo estado excitnico slo con un o o o cierto factor. Por otra parte, es equivalente considerar que cuando se tiene
2.2. Inuencia del acoplamiento excitnico o
39
una excitacin en el d o mero no se puede establecer en que mlecula de este se o encuentra la excitacin, solo se puede considerar que existe una probabilidad o (asociada al factor de contribucn) de que se encuentre en la una o en la otra o molcula. Si el factor con el que colabora cada molcula en la formacin del e e o nuevo estado es el mismo para las dos, entonces se tiene que existe la misma probabilidad de que la excitacin se encuentre en la una o la otra molcula, o e por lo que se puede decir que la excitacin se encuentra delocalizada sobre o las dos molculas. e
2.2.
Inuencia del acoplamiento excitnico en las proo piedades espectrales
Las propiedades espectrales tales como la absorcin y uorescencia estn o a ligadas al valor del momento dipolar de transicin. Esta cantidad puede obo tenerse analizando la interaccin de la radiacin electromagntica con la mao o e teria, y considerando la radiacin desde el punto de vista clsico, y a la o a molcula desde el cuntico [24,25]. El momento dipolar de transicin, 10 , e a o correspondiente a la transicin del estado base al primer estado excitado de o una molcula est denido como: e a
10 = 1 ||0 , Donde es el operador momento dipolar elctrico, denido as e ,
(2.19)
q ( r ), r
(2.20)
2.2. Inuencia del acoplamiento excitnico o
40
la sumatoria es sobre todos los electrones y ncleos con carga q y posiu ciones r de la molcula. La probabilidad de que se presente el fenmeno de e o absorcin, as como el de emisin, es descrita por los coecientes de Einstein: o o [25]. |10 |2 = 60 2
B10
(2.21)
B10 = B10
(2.22)
A1
3 8h10 B10 c3
(2.23)
donde B10 es el coeciente de absorcin, B10 es el coeciente de emio sin estimulada y A1 o

0
es el coeciente de emisin espontnea, y 10 es la o a
frecuencia correspondiente a la diferencia de energ entre el estado excitado a y el estado base. Estos coecientes son funcin de la potencia del momento o dipolar de transicin d, el cual es una medida de la magnitud del cambio del o momento dipolar elctrico debido a la transicin de la carga. Se dene como e o la potencia del momento dipolar de transicin (d) a, o
d = |10 |2 ,
(2.24)
Para el d mero excitnico el momento dipolar de transicin entre el estado o o base y uno de los estados excitados i (i = 1, 2)ser, a
i0dim = i ||0 ,
(2.25)
2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e Reemplazando los trminos |0 y |i de la Ec.(2.5) se tiene, e
41
i0dim = ci 1 + ci 2 , 10 10
(2.26)
Donde 1 y 2 , son los momentos dipolares de transicin de la molcula 10 10 o e 1 y 2, respectivamente entre sus estados base y excitado. El valor de la potencia del momento dipolar de transicin para el d o mero estar dado por a la Ec.(2.24),
ddim = |i0dim |2 = |c1 1 + c2 2 |2 , i 10 i 10
(2.27)
ddim = (c1 )2 |1 |2 + (c2 )2 |2 |2 + 2c1 c2 (1 2 ), 10 10 i i i i 10 10
(2.28)
Para molculas con igual potencia del momento de transicin d = |1 |2 = e o 10 |2 |2 , se tiene que, 10 ddim = d(1 + 2c1 c2 cos), i i (2.29)
Donde es el angulo entre los momentos de transicin 10 de cada molcula o e individual. As dependiendo del acoplamiento entre los momentos dipolares de transicin de las molculas interactuantes, var las propiedades especo e an trales y probabilidades de transicin en el d o mero acoplado excitnicamente. o
2.3.
El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e
Una vez que se comprob la existencia del complejo RC ,de los complejos o LHs1 y de la transferencia de excitacin hasta dar lugar al proceso fotoo
1
Ver seccin pigmentos fotosintticos o e
2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e
42
qu mico, surgi la interrogante sobre cmo se produce esta transferencia de o o la excitacin [26]. La investigacin sobre este proceso se ha llevado a cabo o o desde hace algunas dcadas. A travs de mtodos bioqu e e e micos y genticos e se han obtenido RCs y LHs aislados, as como con el desarrollo de tcnicas e experimentales se ha obtenido informacin a nivel molecular y nalmente, o con la ayuda de la modelizacin molecular se ha establecido la estructura a o nivel atmico de estos complejos para algunas especies de bacteria Prpura o u [27,28]. Esto ha permitido proponer una teor que justique correctamena te sus mecanismos llegando ha establecerse que el excitn es el concepto o fundamental para la explicacin del mecanismo de funcionamiento de estos o agregados moleculares, y de la transferencia de energ hasta el RC [11]. Sin a embargo, todav existen otros elementos que considerar en la teor que exa a, pliquen totalmente las propiedades espectrales que estos presentan, as como las eciencias en el proceso de transferencia de energ [4,16]. a 2.3.1. Hamiltoniano del complejo LH-II
La estructura establecida a nivel atmico del complejo LH-II de la baco teria Prpura, es el punto de partida para que se hayan propuesto diferenu tes Hamiltonianos que describen al complejo y sus propiedades [12,16]. En comn, en todas estas referencias se analiza al sistema de BChls B850 como u la estructura que conere las propiedades que exhibe el complejo LH-II. El sistema de BChls B850 presenta las siguientes caracter sticas: Para cada BChl que forma parte del sistema B850, se toma en cuenta que solo la transicin electrnica de menor energ es relevante2 , o o a
2
Ver la seccin Pigmentos fotosintticos del cap o e tulo 1
2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e est corresponde a Qy . a
43
Se puede construir un conjunto base ortogonal {|i } para el Hamiltoniano del sistema excitnico de BChls B850 en funcin de los estados o o base (|i ) y excitado (|i y ) de cada BChl individual que forman el 0 Q sistema. Los nuevos estados propios del sistema excitnico de BChls B850 o (|f ,(f = 1, 2, ..,16)) sern la combinacin lineal de los estados del a o conjunto base {|i }, donde el estado base estar dado por el producto a de los estados |i . 0 El conjunto base {|i } del sistema excitnico est dado por, o a
|i = |1 |2 ...|i1 |i y |i+1 ...|16 , 0 0 0 Q 0 0
(2.30)
donde |j , describe a la j-esima BChl en el estado base y |i y , describe a 0 Q la i-esima BChl en el estado excitado Qy . Por lo que el valor de i corresponde desde i = 1, 2..,16. Como el conjunto de estados {|i >} forman una base ortogonal se tiene que, i|j = i,j para i, j = 1, 2, ..., 16 El estado base del sistema de BChl B850 est dado por, a
|0 = |1 |2 |3 ...|16 , 0 0 0 0 donde |i , describe el estado base de la i-sima BChl. e 0
(2.31)
As el Hamiltoniano efectivo que describe al sistema excitnico de BChls , o B850 del complejo LH-II de la bacteria Prpura de la especie Rhodospirillum u
44
molischianum se describe en trminos del conjunto base bajo la siguiente e expresin [12,16], o
16
H(t) = H0 (t)|0 0| + H1 (t)

i=1
|i i|,
(2.32)
donde ,
16
H0 (t) =
i
i 0 (t),
(2.33)
y,
16
H1 (t) = H0 (t) +
[i,j (
i,j=1
i Qy (t)
i 0 (t))
+ (1 i,j )Wi,j (t)|i j|],
(2.34)
i 0 (t),
es el valor propio de energ del estado base y a
i Qy (t)
es el valor
propio de energ del estado excitado de menor energ Qy de la i esima a a BChl individual B850. Wi,j (t) es el trmino que describe la interaccin tipo e o dipolar entre BChls B850, est dada por la expresin presentada en la Ec. a o (2.3). De esta manera H1 describe las interacciones entre elementos (con el trmino Wi,j (t) )y toma en cuenta el efecto de estas interacciones al calcular e la diferencia de energ entre el estado base y excitado de cada BChl B850, a todas las BChl B580 se consideran idnticas por lo que se esperar que la e a diferencia de energ entre sus estados propias sea casi constante para todas, a pero debido a la interaccin entre ellas y con el medio este valor var o a.
2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e 2.3.2. Espectro vibracional asociado al LH-II
45
Los estados |i ,|i y de la i esima BChl B850 tienen asociados las 0 Q funciones de onda i , i y , que dependen de las posiciones de los ncleos u 0 Q de los tomos de la BChl (descritas por la coordenada generaliza R(t)) y de a la posicin de los atomos de un bao trmico que rodea al sistema de B850 o n e (descritas por la coordenada generaliza Z(t)). Como son funciones propias de la BChl cumplen con la condicin de que, o
H i i (R(t), Z(t)) = a
i i a (R(t), Z(t))a (R(t), Z(t)),
(2.35)
Para un tiempo jo ti , se puede establecer las coordenadas R(ti ) y Z(ti ) y resolver el problema de valores y vectores propios de la Ec.(2.35). En este sentido, en el trabajo el trabajo de Damjanovic,et all., 2002, se realiza una simulacin de dinmica molecular del sistema de BChl B850 rodeado de o a un bao trmico por 800 fentosegundos para obtener las posiciones de R(t) n e y Z(t) cada dos fentosegundos
3
y resolver con estos datos se resuelve la
Ec.(2.35). Es decir se obtiene un conjunto de 400 valores propios de energ a para cada una de las 16 BChls B850. Se calcula la diferencia de energ entre estos valores propios para cada a BChl y se graca en funcin del tiempo, obteniendo que existe una uctuacin o o peridica en el tiempo de esta diferencia de energ o a.
Hii = i (t) =
i Qy (t)
i 0 (t)),
(2.36)
En la Figura 2.1, se muestra un ejemplo para la uctuacin de la diferencia o

3
1 fentosegundo=1x1012 segundos
46
Figura 2.1: Fluctuaciones en el tiempo de la diferencia de energ entre el a estado base y primer estado excitado para una BChl B850. El grco muesa tra la uctuacin para los 50 primeros pasos de la simulacin de dinmica o o a molecular. Tomado de [16] de energ para la primera BChl B850 del sistema, durante 100 fentosegundos, a correspondientes a los 50 primeros pasos de simulacin. o Se calcula un promedio sobre las uctuaciones i (t) de las 16 BChls, pero en el espacio de las frecuencias, , as ,
16
| ()| =
1 16
|
i=1 0
dteit i (t) |2
(2.37)
donde, | ()| es la funcin que describe el promedio de las uctuaciones o de las diferencias de energ de cada BChl B850 en funcin de la frecuencia. a o En la Figura 2.2 se muestra el grco de esta funcin, que corresponde al a o espectro vibracional comn asociado a los estados electrnicos de cada una de u o las BChls B850. Por ultimo se determina que existen once picos importantes en el grco y que corresponden a modos vibracionales que caracterizan el a espectro vibracional encontrado.
2.4. Espectro de absorcin para el complejo LH-II o
47
Figura 2.2: Promedio de las uctuaciones de las diferencias de energ de cada a BChl B850 en funcin de la frecuencia. Para B850 a, BChls i = 1, 3, ..,15(l o nea continua)y para B850 b, BChls, i = 2, 4, ..,16 (l nea entrecortada).
2.4.
Espectro de absorcin para el complejo LH-II o
El Hamiltoniano descrito en la Ec.(2.32) considera la interaccin de las o molculas del sistema de BChls B850 (que dan lugar a la existencia del exe citn). Sin embargo, no es adecuado para explicar la idea del concepto del o excitn en la que se dice que la excitacin se transere entre los estados excio o tados de los pigmentos del sistema. As bajo esta consideracin en el trabajo , o de Damjanovic,et. al. 2002, se plantea un Hamiltoniano en trminos de la e segunda cuantizacin. Se estudia el acoplamiento fonn-excitn proponiendo o o o que las excitaciones electrnicas de las BChls B850 interaccionan dispersivao mente con fonones de Einstein de energ 0 (por facilidad se toma a = 1),
a esto se lo ha llamado el modelo del polarn. El Hamiltoniano respectivo es, o
H = Hex + Hph + Hint ,
(2.38)
48
Hex =
i
i Bi Bi
+
i=j
Wi,j Bi Bj ,
(2.39)
Hph =
i
0 b bi , i
(2.40)
Hint = g0
i
Bi Bi (b + bi ), i
(2.41)
Aqu Hex describe las excitaciones electrnicas de las BChls, Bi , Bi son , o operadores de creacin y aniquilacin para las excitaciones electrnicas de o o o las BChls con energ de excitacin a o
i,
Wi,j est dada por la Ec. (2.3) y a
determina el acoplamiento entre BChls. Hph representa las vibraciones de las BChls y b , bi denotan los operadores de creacin y aniquilacin de un o o i oscilador harmnico. Hint , describe la interaccin entre los excitones y fonones o o (ph)y est determinada por una constante de acoplamiento g. Los estados a estacionarios excitnicos (k) para este Hamiltoniano no pueden ser descritos o anal ticamente, por tanto se realiza una aproximacin, que utilizando la teor o a de perturbaciones resuelve el problema. La curva del espectro de absorcin planteada por Damjanovic,et al., 2002 o est descrita por la siguiente funcin, a o 1 2
I() =
dtf (t)eit
(2.42)
donde f (t) es la funcin de correlacin que se debe determinar, en esta o o referencia se describe que,
49
Figura 2.3: Espectro de absorcin del sistema de BChls B850: modelo del o polarn (l o nea continua), espectro experimental(c rculos). Tomado de [16]
f (t) =
k
|dk |2 ei k t ek (t) ,
(2.43)
Donde |dk |2 es la magnitud del momento dipolar de transicin que conecta o el estado electrnico base y el k-esimo estado excitnico, o o
k
es el valor propio
de energ del k-esimo estado excitnico y k (t) es una funcin que depende a o o de las funciones propias del sistema. Como el problema de obtener estos valors
k
ya fue resuelto, se determina la curva espectral de absorcin para o
el sistema de BChls B850 del complejo LH-II de la bacteria Prpura de la u especie Rhodospirillum molischianum. En la Figura 2.3 se muestra el grco a de la curva espectral de absorcin calculada (l o nea continua), comparada con la experimental (c rculos). Se puede observar que los resultados de la curva calculada tiene concordancia con el espectro medido experimentalmente.
Cap tulo 3 Modelo propuesto para justicar la emisin o de fotones en el complejo excitado LH II de la Bacteria P rpura u
3.1. Fluorescencia de molculas individuales e
La emisin de luz por parte de una molcula debido a la transicin de un o e o estado excitado al estado base se denomina luminiscencia, la cual a su vez est formalmente divida en dos categor la uorescencia y la fosforescena as: cia. Si la conguracin electrnica del estado excitado es singlete, el fotn o o o emitido corresponder a uorescencia. En cambio, si la emisin se produce a o desde un estado excitado triplete se denomina fosforescencia [29]. La uorescencia generalmente se presenta en molculas aromticas que se las denomina e a Clorforos. Las Clorolas y Bacterioclorolas son parte de este grupo. o Los posibles procesos involucrados en la absorcin y emisin de fotones pao o ra una molcula generalmente son ilustrados a travs de un diagrama llamado e e de Jablonski. Un ejemplo se encuentra en la Figura 3.1. En este diagrama, se representan con l neas horizontales gruesas a los estados electrnicos: estado o base singlete S0 , al primer y segundo estados electrnicos excitados singletes o S1 y S2 y al estado triplete T0 . Las l neas horizontales delgadas denominadas por 0,1,2,...etc, indican estados vibracionales de la molcula asociados a e cada uno de los estados electrnicos. Estos estados representan la accin de o o 50
51
Figura 3.1: Diagrama de Jablonsky para una molcula simple e las vibraciones intra e intermolecular y a la interaccin con el medio [30]. o La importancia relativa de estos estados durante una transicin electrnica o o est dado por el Principio de Frank-Condon. a Con l neas verticales moradas, se indica que debido a la absorcin de o un fotn de luz el sistema puede pasar del estado S0 a alguno de los nio veles 0,1,2,... de alguno de los estados S1 o S2 . Una vez que el sistema se encuentra en alguno de estos estados los procesos de relajacin comienzan o inmediatamente. Generalmente, el sistema se des-excita primero entre niveles vibracionales a travs de la prdida de energ por vibraciones moleculares e e a (representado por l neas curvas celestes) hasta llegar al menor nivel vibracional del primer estado excitado electrnico S1 , este proceso se denomina o conversin interna. En este punto, puede producirse alguno de los tres sio guientes procesos para que el sistema se relaje : emisin de un fotn de luz o o que corresponde a uorescencia (representado por l neas verdes ), conversin interna o cruce entre sistemas que signica que la direccin del spin del o o electrn excitado (representado en anaranjado) ha cambiado y por lo tanto o el sistema se encuentre en un estado excitado triplete. De esta explicacin se o
52
Figura 3.2: Espectro de absorcin(azul) y emisin (rojo) de la Quinina. Too o mado de [29] resalta el hecho de que la uorescencia siempre se produce desde el menor estado excitado electrnico singlete equilibrado trmicamente [30]. o e Experimentalmente, para una molcula se mide la intensidad de fotones e absorbidos as como la de emitidos en funcin de la longitud de onda de los o fotones incidentes, los resultados representan curvas denominadas espectros de absorcin y uorescencia respectivamente. Generalmente, el espectro de o uorescencia se presenta como una imagen espejo del espectro de absorcin y o siempre, el mximo del espectro de uorescencia presenta un corrimiento haa cia el rojo respecto al de absorcin (corrimiento a valores de mayor longitud o de onda), llamado el corrimiento de Stokes [29], ver Figura 3.2. El corrimiento de Stokes, se justica al considerar que existe prdida de energ en el sistema e a por conversin interna antes de emitir uorescencia. Y la imagen espejo se o produce porque el sistema puede retornar al estado base, pero no necesariamente al nivel vibracional ms bajo, por lo que hay una correspondencia con a alguna transicin de la absorcin. o o
3.2. Modelo
53
(a)
(b)
Figura 3.3: Espectros de Absorcin y Fluorescencia para el complejo LH-II de o la bacteria Prpura (a) Espectro de absorcin del LH-II con mximos a 800 y u o a 850 nm, tambin espectros de absorcin para una BChl y un carotenoide [4] e o (b) Espectro de uorescencia experimental y ajustada para el LH-II. [Tomado de [4] y [36]
3.2.
Modelo
En estudios presentados sobre el complejo LH-II de la bacteria Prpura u [4,9,10], se ha propuesto que las diferentes propiedades que exhibe este complejo dependen directamente del comportamiento de su agregado molecular de BChls B850. Partiendo de este argumento, en el trabajo desarrollado por Damjanovic,et al., 2002, se estudia el proceso de absorcin para el sistema o de BChls B850. Se considera que la absorcin de un fotn de luz da lugar a o o que este sistema se encuentre en alguno de sus estados excitados excitnicos. o Esto, es equivalente a considerar que se ha creado un excitn en este sistema. o Por esta razn se puede ver a la absorcin como una transicin fotn exo o o o citn. Consistentemente, se propone que la uorescencia del complejo LH-II o se produce por la emisin de un fotn por parte del sistema de BCHls B850, al o o pasar del estado excitado excitnico al estado base, es decir, la uorescencia o
3.2. Modelo corresponde a una transicin excitn fotn. o o o
54
El mximo del espectro experimental de uorescencia del complejo LH-II a presenta un corrimiento hacia valores de mayor longitud de onda respecto al mximo de su espectro experimental de absorcin (contrastar las imgea o a nes a y b de la Figura 3.3), lo cul constituye una caracter a stica observada en el caso de molculas individuales. Entonces, considerando esta evidene cia, se propone que las caracter sticas bsicas del proceso de uorescencia a para este complejo se pueden determinar de una manera similar al caso de una molcula individual. As el corrimiento entre estos espectros se justie , car proponiendo, primero, que existen estados vibracionales asociados a los a estados excitnicos del sistema de BChls B850. Y segundo, que antes de que o se presente la uorescencia, el sistema pierde energ por la relajacin entre a o estos estados vibracionales por lo que el fotn de emisin es de menor energ o o a que el de absorcin y se lo identica con el corrimiento entre los mximos de o a los espectros. Para sustentar el modelo propuesto en primer lugar, se desarrollar una a extensin de la teor existente para la funcin de la curva espectral de uoo a o rescencia de una molcula individual que permita encontrar la curva correse pondiente al agregado molecular de BChls B850 [31,32]. Esto servir para a analizar los elementos tericos que describen esta curva. Por otra parte se o modelizar la curva espectral de uorescencia del complejo LH-II en base a a las consideraciones hechas en el modelo y los elementos tericos encontrados o en la funcin de curva espectral del agregado de BChls B850. o
3.2. Modelo 3.2.1.
55
Interaccin de la radiacin electromagntica con el agregao o e do molecular de BChls B850
Los espectros de absorcin as como los de uorescencia proporcionan o informacin sobre la estructura y procesos f o sicos de la materia cuando esta interacta con radiacin [29]. La magnitud que relaciona las mediciones u o macroscpicas de absorcin y uorescencia (curvas espectrales) con la ino o formacin microscpica del sistema en estudio es la polarizacin [33]. Por o o o lo tanto, se debe establecer la polarizacin para el agregado molecular de o BChls B850, si se quiere estudiar e interpretar en funcin de sus propiedades o microscpicas sus espectros de absorcin y uorescencia. o o Sea el agregado molecular de BChls B850 interaccionando con un campo electromagntico, dado que sus dimensiones son pequeas comparadas con la e n longitud de onda de la radiacin incidente, se analiza el proceso de interaccin o o en trminos de la aproximacin dipolar elctrica 1 . En base a esta teor el e o e a, Hamiltoniano total que describe al sistema de BChls y su interaccin con el o campo de radiacin est dado por [16], o a
Htotal = HB850 + Hint ,
(3.1)
donde HB850 es el Hamiltoniano del sistema excitnico de las BChl B850 o descrito en la ecuacin Ec.(2.32) y o
Hint = E(r, t) B850 ,

1
(3.2)
Longitud de onda de luz incidente en el rango de 400 a 900 nm correspondiente a luz visible e infrarojo, dimetro del anillo del agregado alrededor de 65 [10] a A
3.2. Modelo
56
donde E es el vector de campo elctrico y B850 es el operador momento e dipolar elctrico del agregado molecular de BChls B850. A este operador se e lo dene como la suma de los operadores momento dipolar elctrico de cada e una de las BChls que conforman el agregado, as [16],
16
B850 =
i
(3.3)
donde i es el momento dipolar elctrico de la e -esima BChl, cuya denicin es, i = o

q (r
r ), la sumatoria es sobre todos los electrones y
ncleos con carga q y posiciones r de la molcula. Bajo esta estructuu e ra, el valor esperado del operador momento dipolar elctrico representa la e polarizacin PB850 para el agregado molecular [31], o
B850 = PB850 (r, t),
(3.4)
Como el momento dipolar elctrico es una magnitud que depende de e la estructura microscpica del sistema, el concepto del operador densidad o es aplicable para determinar su valor esperado [21]. En estos trminos, la e polarizacin est dada por2 , o a
P (r, t) = T r[B850 (t)], donde (t) es el operador densidad.

2
(3.5)
Favor revisar pendice B a
3.2. Modelo 3.2.2. Funcin para la curva del espectro de absorcin o o
57
Generalmente, las mediciones opticas son clasicadas en relacin a su o dependencia de la intensidad del campo elctrico [33]. Para relacionar a la e polarizacin con esta clasicacin se la desarrolla en trminos que dependen o o e de la intensidad de campo elctrico, as e
P (r, t) = P (1) (r, t) + P (2) (r, t) + P (3) (r, t) + ...,
(3.6)
Como los procesos de absorcin y uorescencia presentan dependencia o lineal [25], slo es de inters estudiar el trmino P (1) , que est denido por o e e a la siguiente expresin [31], o
i P (1) (r, t) = ( )
0
dt1 ((t1 ) B850 (t1 )B850 (t0 )0 B850 (t0 )B850 (t1 )0 E(r, t t1 ) (3.7)
donde (t1 ) es la funcin de Heavyside o funcin escaln [32]. P (1) (r, t) o o o es la magnitud que lleva toda la informacin sobre los procesos en estudio, o sin embargo las curvas espectrales se obtienen slo a partir del elemento o B850 (t1 )B850 (t0 )0 de la Ec.(3.7) ya que este se relaciona con la intensidad de absorcin as o , i I() = 2
dt1 ei1 t1 B850 (t1 )B850 (t0 )0

0
(3.8)
a B850 (t1 )B850 (t0 )0 = J(t1 ) se denomina funcin de correlacin lineal. o o
3.2. Modelo
58
Como I() est asociada a una probabiliad, la funcin est normalizada a a o a uno. Por lo que la funcin de la forma de la curva espectro de absorcin o o est dada por la funcin J(1 ) dividida para la integral sobre todo el espacio. a o 1 2 J(1 ) d J(1 )
Ia () 3.2.3.
(3.9)
Aproximacin de la funcin de la curva del espectro de o o absorcin o
Para evaluar la Ec.(3.8), se debe establecer la evolucin en el tiempo del o operador momento dipolar elctrico del agregado molecular, e
B850 (t1 ) = U B850 (t0 )U , U es el operador evolucin temporal, denido como: o
(3.10)
i U (t, t0 ) = e H(tt0 ) ,
(3.11)
y U es su conjugada, que es igual a
i U (t, t0 ) = e H(tt0 ) ,
(3.12)
donde H es el Hamiltoniano del sistema [21]. Utilizando la Ec.(3.10), la funcin de correlacin J(t1 ) se puede escribir o o como,
J(t1 ) = (U B850 (t0 )U )B850 (t0 )0 ,
(3.13)
3.2. Modelo
59
Para facilitar la evaluacin a la Ec.(3.13) se la expresa en forma matricial, o expandiendola sobre el conjunto base del sistema excitnico de BChls B850. o Bajo la nomenclatura de Dirac, este conjunto est dado por los kets {|k }, a donde i = 0, 1, 2, ..,16 [12,16].
|0 = |1 |2 |16 , 0 0 0
(3.14)
|k = |1 |2 |k y |16 , 0 0 Q 0
(3.15)
El ket |0 corresponde al producto de los estados bases de cada una de las BChls y el ket |k describe que la k-sima BChl se encuentra en el estado e excitado Qy mientras que las otras en el estado base. Entonces la matriz asociada est dada por, a
Jij (t1 ) =
i|(U B850 (t0 )U )B850 (t0 )0 |j ,
(3.16)
donde slo el elemento J00 tiene signicado f o sico en el problema de estudio, ya que todas las posibles transiciones debido a la absorcin de fotones o son en relacin al estado base |0 . Entonces, J(t1 ) es equivalente a J00 y tiene o la siguiente expresin, o
J(t1 ) =
0|U |0 0k(tot) k|U |k k0(tot) 0|0 |0 ,
(3.17)
dentro de la expresin se ha introducido el articio del operador unitao rio3 para denir a k0(tot) como el momento dipolar de transicin total del o
3
Operador unitario I =
16 k
|k k|
3.2. Modelo agregado,
60
k0(tot) =
k
k|B850 |0 =
k
0|B850 |k =
k
k ,
(3.18)
donde k es el momento dipolar de transicin del ksimo estado excitnico. o e o A partir de la denicin del Hamiltoniano del sistema de BChls B850 o dada en la ecuacin Ec.(2.32), el trmino 0|U |0 corresponde a e o e trmino k|U |k corresponde a e e
i i
H0 t1
y el
H1 t1
, dando lugar a la siguiente expresin, o
J(t1 ) = e
H0 t1
0k(tot) e
H1 t1
k0(tot) 0 ,
(3.19)
El problema planteado en la ecuacin Ec.(3.19) no se puede evaluar exaco tamente, por lo que se aproximra su valor[21]. En este caso, se utilizar el a a concepto de la generalizacin del operador evolucin temporal, que es un o o resultado de la teor de pertubaciones dependientes del tiempo. Para esto, a se considera que la denicin de H1 dada en la ecuacin Ec.(2.34)4 permite o o escribir que,
H1 = H0 + ,
(3.20)
donde H0 representa el estado estacionario y representa un trmino de e perturbacin que considera dos elementos. o
= + k ,
(3.21)
, una perturbacin dependiente del tiempo, asociada al movimiento de o

4
H1 (t) = H0 (t) +
16 i i,j=1 [i,j ( Qy (t)
i 0 (t))
+ (1 i,j )Wi,j (t)|i j|]
3.2. Modelo
61
las posiciones nucleares de los atomos de las BChls debido a la accin de o las vibraciones intra e intermoleculares as como a la inuencia de un bao n trmico que rodea al sistema. Y k un parmetro arbitrario que no afecta los e a resultados, pero representa la perturbacin no relaciona a cualquier tipo de o vibraciones. Al estar denida as H1 , el concepto del operador evolucin en o el tiempo generalizado permite escribir que,
H1 t
H0 t i
Rt
0
d ( )+k
(3.22)
Reemplazando la expresin anterior en la Ec. (3.19) se tiene que, o
J(t1 ) = e
H0 t1
0k(tot) e
H0 t1 i k (t1 ) i
R t1
0
d ( )
k0(tot) 0 ,
(3.23)
En este punto, se considera que k0(tot) = 0k(tot) pueden ser tomados como constantes 5 , as como el valor de k , por lo que pueden salir del promedio. Para este sistema, el operador densidad est dado por una funcin que desa o cribe la poblacin de los estados excitnicos equilibrados trmicamente para o o e un tiempo t, as [33], eHB850 , T r[eHB850 ]
(3.24)
B donde = ( kT ), kB es la constante de Boltzmann y T la temperatura. Al
igual que se presenta en diferentes estudios del sistema de BChls B850 [11,12],
Cuando se puede considerar que los momentos de transicin dependen debilmente o de las coordenadas nucleares, la aproximacin de Franck Condon permite tratar a los o momentos como constantes [31].
5
3.2. Modelo
62
se puede asumir que para el tiempo t0 = 0 la funcin = 0 , que describe o la poblacin de cada estado excitnico estacionario k. El valor promedio de o o esta poblacin corresponde a una sumatoria sobre todos los estados pk [34]. o Tomando en cuenta las consideraciones presentadas se reescribe la Ec.(3.23) as ,
J(t1 ) =
k
pk |k |2 e
k t1 g(t1 )
(3.25)
donde
i t1 0
t1 0
d ( ) es aproximada por una funcin eg(t1 ) donde g(t1 ) = o
d ( ) [31]. Finalmente, para obtener la funcin de la curva espectral o
de absorcin, se evalua el valor de la integral que dene a g(t1 ) a travs o e del mtodo de la expancin en momentos acumulativos [34], que permite e o obtener una expresin que tiene interpretacin f o o sica [33]. Entonces, bajo esta herramienta matemtica el valor de la funcin g(t1 ) es igual a, a o
t1 t2
g(t1 )
0
dt2
0
d1 C(1 ),
(3.26)
y, C(1 ) 1
2
(1 )(0 ) ,
(3.27)
donde a la variable que representaba el movimiento de las posiciones nucleares, ahora se la nombra como la coordenada generalizada colectiva asociada al movimiento de los ncleos. Adems, a la funcin g(t1 ) denida u a o en la forma de la Ec.(3.26) se la denomina funcin de ensanchamiento de o l nea. Para evaluar la funcin de correlacin J(t1 ) se deber jar el valor de k , o o
3.2. Modelo
63
en este caso en concoordancia con la teor se lo toma como la diferencia de a, energ entre el estado excitnico k y el estado base promediada trmicamente a o e
k =
(H1 H0 )0 ,
(3.28)
As en base a la Ec.(3.9)y a la Ec.(3.25), la funcin de la curva del , o espectro de absorcin para el agregado molecular BChls B850 est dada por, o a 1
Ia () = 3.2.4.
Pk |k |2 Re
k 0
dtei(
k )t
eg(t) ,
(3.29)
Funcin de la curva del espectro de uorescencia o
La funcin de la curva del espectro de la uorescencia se obtiene como o una extensin de la aproximacin que se tiene para obtener la de absorcin. o o o La consideracin principal que se tiene en cuenta es que el estado inicial del o sistema es el estado excitado excitnico y el nal el base. Bajo este concepto, o la Ec.(3.28) y las Ec.(3.20), Ec(3.21) son escritas como,
k = (H1 H0 )1 ,
(3.30)
H1 H0 k ,
(3.31)
Con estas consideraciones la funcin de la curva para el espectro de o emisin o uorescencia para el agregado de BChls B850 est dado por la o a Ec.(3.29), pero reemplanzado los valores de k y ,
3.2. Modelo
64
1 If () =
pk |k | Re
k 0
dtei(
)t gf (t)
(3.32)
Cuando para la Ec.(3.26) se cumple que Ca (1 ) = Cf (1 ) = 0, se tiene que,
Ia () = ( k ),
(3.33)
If () = ( k ),
(3.34)
La l nea de absorcin se encuentra centrada alrededor de k y la de uoo rescencia en k . Por lo tanto (k k ) corresponde a un corrimiento entre la absorcin y la uorescencia, que justica el llamado corrimiento de Stokes o que se presenta entre espectros experimentales. 1
k k =
[ (H1 H0 0 ) (H1 H0 1 ) ] = ,
(3.35)
A se la llama la energ de reorganizacin. La relacin que existe entre a o o la funcin g(t) y gf (t) est dada por gf (t) = g (t), donde g (t), indica la cono a jugada de g(t). As la funcin de la curva espectral de uorescencia descrita , o en funcin de los mismos parmetros que para la absorcin, para el agregado o a o molecular de BChls B850 es, 1
If () =
pk |k |2 Re
k 0
dtei k +)t eg
(t)
(3.36)
3.2. Modelo 3.2.5.
65
Inuencia de las vibraciones en el espectro de uorescencia del agregado de BChls B850
Para evaluar la funcin de la curva espectral de uorescencia del agreo gado molecular de BChl B850 se necesita determinar segn se indica en la u Ec.(3.36), los momentos dipolares de transicin para cada estado excitnio o co referente al base (k ), la poblacin del estado excitnico en condiciones o o estacionarias (pk ), la diferencia de energ entre los estados excitnicos y el a o base (k ), la funcin g(t) y el valor de . De las magnitudes antes mencioo nadas, las tres primeras se las encuentra al resolver el problema de valores propios asociados al Hamiltoniano del sistema y se las puede asumir como valores constantes. Por lo tanto, la forma de la curva espectral depende de la funcin g(t) y del valor de . o Segn la Ec.(3.26) para evaluar la funcin g(t), se necesita determinar u o la funcin C( ). Pero, determinar C( ) expl o citamente, es una tarea complicada ya que se necesita evaluar el valor promedio de la evolucin en el o tiempo de la coordenada generalizada que describe el movimiento de todos los ncleos de los atomos del agregado molecular. Sin embargo, es necesario u su caracterizacin ya que en este movimiento se reeja la accin de las vibrao o ciones intramoleculares, intermoleculares y vibraciones de la red cristalina (fonones), as como la interaccin del medio en el que se encuentra el siste o ma. Entoces en consideracin a este hecho, en base a la teor desarrollada o a para una molcula individual [31,35], se presenta la siguiente aproximacin e o para el agregado molecular de BChls B850: como los movimientos de cualquier ncleo atmico generalmente pueden ser modelados como vibraciones u o
3.2. Modelo
66
de pequea amplitud alrededor de una posicin de equilibiro [21,23], se conn o sidera que la funcin C( ) expresada en el espacio de las frecuecias C() o (denominada funcin de densidad espectral6 ), puede ser descrita en trmio e nos del movimiento de algn tipo de oscilador (armnico, amortiguado, etc.), u o teniendo as una interpretacin clsica de la funcin de densidad espectral. o a o Por otra parte, al asumir el movimiento de los ncleos como osciladores, u ms el hecho de que se trata al agregado molecular como un solo sistema a acoplado, se permite considerar la presencia de modos normales de vibracin o asociados a todo el agregado molecular. Y en base a esto, se justica la existencia de estados vibracionales acoplados a los estados excitnicos ya que o se propone que estos modos vibracionales caracterizan cada estado vibracional. Adems, existe una relacin entre C() y el valor de , ver ecuacin a o o Ec.(3.38), lo cul permite concluir que la forma de la curva espectral de uoa rescencia del agregado molecular de BChls B850 que describe al complejo LH-II, depende de la aproximacin que se de a los movimientos nucleares de o los tomos del sistema. Los modos vibracionales que se obtengan sern los a a responsables de la curva espectral que se encuentre tericamente. o 1 2

C() d,
(3.38)
Finalmente, la tarea a llevarse a cabo es estudiar la forma que puede tomar la funcin de densidad espectral para el agregado de BChls B850, o
6
La funcin de densidad espectral C(), es la transformada de Fourier de C( ), as o , C(1 ) i 2
dteit C( )
(3.37)
3.3. Densidad espectral para el sistema de BChls B850 para poder evaluar anal ticamente la funcin de la curva de uorescencia. o
67
3.3.
Densidad espectral para el sistema de BChls B850
Para determinar la forma de la funcin de densidad espectral C() para el o sistema de BChls B850, se considerar los trabajos realizados en [36,37,38]. a Estos perminten estudiar que sucede cuando el agregado de BChls B850 est acoplado a un bao trmico, pero en trminos de la segunda cuantizacin. a n e e o Sea el sistema excitnico de BChls B850 acoplado a un bao trmico, para o n e el cul, como se indica en diferentes trabajos sobre este agregado [12,16], cada a pigmento posee solo dos estados propios, el base y el estado excitado de menor energ Qy 7 . El sistema de BChls B850 bajo estas condiciones es descrito a por el llamado Hamiltoniano del excitn de Frenkel 8 [20,35]. o
m=n
H=
n
+ n Bn Bn
+
mn
+ Jmn Bm Bn mn
+ qmn Bm Bn + Hph ,
(3.39)
+ Donde Bn , Bn , son los operadores de creacin y aniquilacin de un exo o
citn en la representacin de sitios, es decir crean o aniquilan un excitn en o o o el sitio n (n corresponde a la n-sima molcula, n = 1, 2, ..,16). El segundo e e trmino hace referencia a la transferencia de la excitacin entre sitios m y n, e o el valor de Jmn se llama integral de transferencia o integral de resonancia [35], dependiendo de su valor el excitn se encuentra o no delocalizado totalmente o
Se considera el estado Qy de cada BChl porque es el que tiene mayor probabilidad de interaccionar con la luz solar 8 Segn Frenkel la transferencia rpida de la excitacin entre molculas acopladas es u a o e equivalente a tener una excitacin colectiva o excitn[18,39] o o
7
3.3. Densidad espectral para el sistema de BChls B850
68
sobre todas las molculas. El tercer trmino representa el acoplamiento exe e citn-fonn, qmn representa una coordenada colectiva que describe al bao o o n trmico, denida como, e
qmn
j
2 mj j zj,mn qj ,
(3.40)
Donde, qj pertenece al conjunto completo de coordenadas nucleares (j ncleos), zj,mn es la intensidad del acoplamiento del j-simo fonn a la transu e o ferencia de la excitacin entre dos sitios m y n. mj y j son la masa y o frecuencia de oscilacin de los ncleos, que se asume se comportan como o u un oscilador armnico. Por lo que el Hamiltoniano que describe al fonn, o o corresponde a la descripcin de un oscilador con aproximacin armnica, o o o
2 mj j qj p2 j + ), ( 2mj 2
Hph =
j
(3.41)
donde pj , mj , j y qj son el momento, la masa, la frecuencia de oscilacin o y la posicin de cada ncleo. La coordenada generalizada que describe al bao o u n trmico, por una parte, depende de las coordenadas de los grados de libertad e nucleares y por otra del acoplamiento excitn- fonn. Entonces, corresponde o o a una forma generalizada de coordenada colectiva que describe el movimiento nuclear cuando existe la presencia de un excitn en el sistema. Por lo que se o puede expresar una forma de la matriz de densidad espectral, dada por [38], i Cmn,m n () 2
dteit qmn (t)qm n (0) ,
(3.42)
Cmn,m n () es la matriz de densidad espectral en la representacin de o
69
sitios, lleva toda la informacin relevante acerca de la interaccin excitno o o fonn. La coordenada colectiva del bao trmico qmn est asociada a la ino n e a tensidad del acoplamiento del fonn a la transferencia de las excitaciones o entre dos sitios m y n. Para el tiempo t0 = 0 el acoplamiento fonn-excitn o o interactua en los sitios m n y para el tiempo t en los sitios mn, esto se sustenta en la denicin de Frenkel del excitn [20], que indica que la transmicin o o o rpida de la excitacin entre molculas es equivalente a considerar que existe a o e un excitn, por lo que se puede interpretar que para diferentes tiempos, la o excitacin se ha trasladado de sitio. o Pero las funciones g(t) y , necesarias para encontrar la funcin de la o curva espectral de uorescencia del agregado de BChls B850 dada en la Ec. (3.36), dependen de C(), no de Cmn,m n (). La funcin C() resulta coo mo consecuencia de considerar un Hamiltoniano, que permite trabajar en el espacio de los k estados excitnicos. Esto indica que la funcin C() se deo o termina en la representacin de los k estados excitnicos. Entonces se debe o o encontrar la relacin para esta funcin entre los dos tipos de representacin. o o o Se debe notar que, en la representacin de los k estados excitnicos, cada uno o o de estos estados se forman con la contribucin de todas las BChls. Por lo que o existe una transformacin lineal que conecta los elementos de la matriz de o densidad espectral en la representacin de sitios a la representacin de los k o o estados excitnicos [35], o
Akk,mn ck ck , m n
(3.43)
Donde ck es la contribucin de la m-sima molcula de BChl (m-simo o e e e m
70
sitio) en la formacin del ksimo estado excitnico 9 . Entonces la matriz de o e o densidad espectral en la representacin de los estados excitnicos est dada o o a por,
C() =
mnm n
Akk,mn Akk,m n Cmn,m n ()
(3.44)
Donde m, n, m , n = 1, 2, ..,16. Entonces en trminos de la participacin e o de cada molcula en cada estado excitnico se tiene que, e o
C() =
n,k
ck Cmn,m n () n
(3.45)
Expresada C() en funcin de la participacin que tiene cada molcula o o e para la formacin de los estados excitnicos, no se puede asumir que tiene o o una representacin clsica sencilla. En este caso es la funcin Cmn,m n () la o a o que puede ser estructura en este contexto. Considerando que los atmos del o bao trmico pueden ser modelados por modos vibracionales independienn e tes a los estados electrnicos, se puede suponer que la densidad espectral o est caracterizada por algn tipo de oscilador, como un oscilador armnico, a u o amortiguado, sobreamortiguado, entre otros [31]. Por ejemplo en el trabajo de la referencia [38], se describe la matriz de densidad espectral como un oscilador amortiguado Browniano con contribuciones debido a altas frecuencias as ,
9
Favor revisar seccin 2.1 o
71
Cmn,m n () = 20
j 0 2 + 2j j 2 , 2 2 + 0 j=1,2.. (j 2 )2 + 2 j
(3.46)
Las frecuencias j , los acoplamientos j y las constantes de amortiguamiento j junto con las del oscilador Browniano 0 ,0 son obtenidos de datos experimentales de los espectros de uorescencia y de absorcin [36,37]. Por o lo tanto para poder encontrar la curva del espectro de uorescencia para el agregado molecular de BChls B850 que describe al complejo LH-II, se debe partir de datos experimentales, se deben obtener los valores de ck , y evaluar n todo esto en la funcin de la Ec.(3,36). o
Cap tulo 4 Anlisis de la uorescencia para el complejo a LH II de la Bacteria P rpura seg n el u u modelo propuesto
La funcin de la curva espectral de uorescencia para el agregado moo lecular de BChls B850 asociado al complejo colector de luz LH-II ha sido descrita en el cap tulo anterior. Se ha mostrado que las funciones de las curvas de absorcin y uorescencia se describen bajo los mismos criterios y o que la diferencia de inters es el factor de corrimiento que existe entre las e dos. En estas circustancias, en el presente trabajo se encontrar la curva de a uorescencia a partir de la informacin contenida en la curva de absorcin o o y se establecer una forma para evaluar el factor de corrimiento. Como se a estudi en el mismo cap o tulo anterior, el factor de corrimiento depende de la forma en que se caracterize la accin de las vibraciones sobre el sistema, o en este trabajo se supondr que el espectro vibracional del sistema de BChls a B850 obtenido en el trabajo de Damjanovic,et, all. 2002, es el que da lugar a este corrimiento.
4.1.
Modelizacin de la curva del espectro de uoreso cencia del complejo LH-II
En el cap tulo anterior se describieron las funciones de las curvas espectrales de absorcin y de uorescencia por medio de las siguientes expresiones: o 72
4.1. Modelizacin de la curva del espectro de uorescencia o
73
1 Ia () =
pk |k | Re
k 0
dtei(
k )t
eg(t) ,
(4.1)
If () =
pk |k |2 Re
k 0
dtei k +)t eg
(t)
(4.2)
Dado que las dos funciones estn denidas en trminos de los mismos a e parmetros y la principal diferencia es el factor eit , la curva de uorescena cia ser determinada a partir de la informacin contenida en la curva de a o absorcin. La evaluacin formal de la funcin de la curva espectral de absoro o o cin fue realizada en el trabajo de Damjanovic et al., 2002. En este ultimo, se o tom en cuenta que slo el primer estado excitnico contribuye en la funcin, o o o o es decir se tiene solo un trmino en el sumatorio de la Ec.(4.1). Adems, se e a determin a la funcin g(t) como el resultado de analizar la interaccin de o o o fonones de energ 0 con el sistema. La frecuencia 0 se la tom como a o el valor correspondiente al pico ms alto del espectro vibracional, obtenido a en la simulacin de dinmica molecular realizada por los mismos autores o a (0 = 0,207eV.). Entonces, bajo estas consideraciones, en forma general se puede denir a la funcin de absorcin como [16], o o 1 CRe Ia () = 2
dtf (t)eit ,
(4.3)
donde C = p1 |1 |2 y f (t) = ei1 eg(t) . Esta expresin, permite escribir o de manera resumida a la intensidad Ia () como la transformada de Fourier (TF ) de la funcin f (t). o
74
Ia () = TF (f (t)),
(4.4)
Como se tiene los puntos de la curva de absorcin Ia (), la funcin f (t) o o

1 se podr obtener al aplicar la transformada de Fourier inversa discreta (TFd ) a
a estos puntos.
1 f (t) = TFd (Ia ()),
(4.5)
De manera anloga, tambin se puede expresar la funcin de uorescena e o cia,as : 1 CRe 2
If () =
dth(t)eit ,
(4.6)
donde h(t) = f (t)eit . Se ha considerado para simplicar los clculos en a esta modelizacin que g(t) g (t). Entonces, dado que se conoce la funcin o o f (t) numricamente se necesitar establecer el factor eit para poder obtener e a bajo esta aproximacin la curva de uorescencia. o
aprox If () = TFd (h(t)) = TFd (f (t)eit ),
(4.7)
De acuerdo a la Ec.(3.38) y Ec.(3.46), el valor de (denominada energ a de reorganizacin) depende directamente de los parmetros que denen la o a funcin de densidad espectral C(), es decir valores que representan freo cuencias de vibracin asociadas al sistema. Generalmente, estos valores se o obtienen y se ajustan a partir de los datos de los mismos espectros experimentales de uorescencia y absorcin cuando se los miden en funcin de o o
75
la temperatura [36]. En particular, para esta modelizacin se utilizar las o a frecuencias de los once modos vibracionales obtenidos en el trabajo de Damjanovic et,al.,2002, con simulacin de dinmica molecular del complejo LH-II o a en un bao trmico [16]. n e El principio de Franck-Condon es el sustento terico que permite incluir la o accin de los estados vibracionales en el anlisis de una transicin electrnica. o a o o Tambin introduce las reglas de seleccin para las transiciones vibracionales e o en el caso de una molcula individual. Para este sistema de BChls B850, se e ha propuesto la existencia de estados vibracionales asociados a los estados excitnicos por lo que se supondr que la descripcin de estos estados tambin o a o e se rigen bajo este mismo principio.
4.1.1.
Principio de Frank-Condon
Una transicin entre dos estados electrnicos generalmente est acomo o a paada por el cambio simultneo en los estados vibracionales y rotacionan a les de la molcula. Sin embargo, usualmente la estructura na rotacional no e est resuelta y slo contribuye al ensanchamiento de cada subbanda vibracioa o nal. As el espectro de absorcin y uorescencia adems de estar determina, o a dos por los estados electrnicos, estn tambin dados por la parte vibracional o a e y por la distribucin de la intensidad total de la transicin electrnica en esas o o o subbandas vibracionales [30]. La importancia relativa de las subbandas vibracionales se interpreta sobre la base del principio de Franck-Condon. Este principio se fundamenta en el hecho de que las masas de los ncleos son mucho mayores que la del u electrn, por lo que las transiciones electrnicas en una molcula tienen luo o e
76
Figura 4.1: Curvas correspondientes a las energ potenciales del estado base as y el estado excitado de una molcula [30] e gar rpidamente cuando se comparan con el movimiento vibracional de los a ncleos atmicos. El principio de Franck-Condon establece que las transiu o ciones electrnicas ocurren para una estructura nuclear estacionaria. Lo que o signica que las posiciones nucleares durante la transicin no cambian pero o se reorganizan una vez que los electrones han adoptado su distribucin nal o [33]. Una representacin cualitativa de los efectos de este principio se puede o ilustrar en la Figura 4.1. Se tiene dos curvas que describen las energ poas tenciales de los estados base (Eg (q)) y excitado (Eexc (q)) en funcin de la o coordenada generalizada de la posicin nuclear (q). Entonces bajo el prino cipio de Franck-Condon, la transicin electrnica corresponde solo a l o o neas verticales entre las curvas. As generalmente el sistema se encuentra en el punto O (m nimo de energ del estado base equilibrado trmicamente) y a e
77
pasa a un punto P del estado excitado, que corresponde algn estado vibrau cional asociado a este estado electrnico. Con ayuda de la mecnica cuntica, o a a se determina la probabilidad que tiene cada estado vibracional asociado al estado electrnico de corresponder al punto P. o Una vez que el sistema se encuentra en el pundo P debido al proceso de conversin interna, rpidamente el sistema decae al punto Q (m o a nimo de energ del estado excitado) antes de retornar al estado base. As la transicin a o de des-excitacin corresponde a una l o nea vertical desde Q hasta R, que corresponde algn estado vibracional del estado base. Claramente se puede u observar en este esquema que la energ entre Q-R es menor que entre O-P. a Por lo tanto se justica porque los fotones de emisin son de menor energ o a que los de absorcin, justicando el corrimiento de Stokes entre espectros de o absorcin y uorescencia. o Para determinar las reglas de seleccin para los estados vibracionales se o plantea desde el punto de la mecnica cuntica el siguiente problema. El a a sistema en estudio, adems de poseer estados electrnicos descritos por las a o funciones de estado , posee estados vibracionales descritos por las funciones . Entonces, el momento dipolar para la transicin vibroelectrnica se debe o o evaluar considerando no slo los estados electrnicos, sino tambin los estados o o e vibracionales, as [30],
10, = 1 ||0 ,
(4.8)
Donde, asumiendo la aproximacin de Born Oppenheimer 1 = 0 , y o 0 = 0 , es decir las funciones electrnicas son independientes de las o
78
vibracionales . Por lo que en primera aproximacin se considera que el o momento dipolar se lo puede ver como la multiplicacin de una parte que o depende de la parte electrnica y otra de la parte nuclear. Cuando se cono sidera que la parte electrnica es independiente de las posiciones del ncleo, o u se plantea que esta parte corresponde al momento dipolar elctrico y que la e parte nuclear es un trmino constante que puede calcularse aparte. Entone ces, el momento dipolar de la transicin total vibroelectrnica 10, se lo o o encuentra como,
10, = 1 ||0 | ,
(4.9)
donde la primera integral es sobre las coordenadas electrnicas y repreo senta el momento dipolar puramente electrnico y la otra integral es sobre o las coordenadas nucleares y representa un factor relacionado con la superposicin de las funciones de onda vibracionales de los estados involucrados. Su o valor se encuentra entre 0 y 1 y suministra la fraccin de la intensidad total o de la transicin electrnica que le corresponde a la transicin vibracional. El o o o cuadrado de esta integral se la denomina el factor de Franck Condon, que modula la distribucin de la intensidad total electrnica sobre los diferentes o o estados vibracionales, es decir proporciona la probabilidad de transicin para o cada estado vibracional asociados a los estados electrnicos. o
F C , = | | |2 ,
(4.10)
Entonces se debe determinar el factor de Franck Condon para el agregado molecular de BChls B850 para predecir cal es la intensidad de participacin u o
79
que tiene cada modo vibracional que caracteriza a los estados vibracionales asociados a los estados excitnicos en las transicines excitnicas. o o o
4.1.2.
Determinacin de la energ de reorganizacin () o a o
Formalmente, el factor eit representa un corrimiento entre las curvas de absorcin y uorescencia. Segn lo revisado en el principio de Franck-Condon, o u este corrimiento representa una prdida de energ debido a la des-excitacin e a o entre estados vibracionales. Entonces, se propondr que el valor de cada uno a de los once modos vibracioneles en unidades de energ asumidos para este a sistema, producen un corrimiento de la curva de uorescencia respecto a la de absorcin que numricamente se puede evaluar utilizando la transformada o e de Fourier discreta.
If i () = TFd (f (t)eii t ),
(4.11)
donde i = 1, 2, ..,11. Entonces la formacin de la curva total de uoresceno cia aproximada se da por la contribucin de cada una de las curvas anteriores. o Pero como indica el principio de Franck Condon, se debe considerar que cada modo vibracional no tiene la misma importancia y se debe establecer la contribucin de cada estado vibracional en la formacin de la curva. o o
aprox If () = a1 TFd (f (t)ei1 t ) + a2 TFd (f (t)ei2 t ) + ...a11 TFd (f (t)ei11 t ), (4.12)
Entonces se deben establecer los coecientes ai para cada uno de los once modos vibracionales. Como indica la teor el factor de Franck-Condon a,
80
ser el que indica cal es la intensidad de participacin que tiene cada moa u o do vibracional en las transicines excitnicas y por lo tanto el valor de los o o coecientes buscados. Una aproximacin muy utilizada para determinar el o factor de Franck-Condon para diferentes sistema como molculas y cristales e es establecer el factor de Huang-Rhys [30,35], por lo que en esta caso tambin e se seguir este camino. a
4.1.3.
El factor de Huang- Rhys
Cuando los movimientos nucleares, producto de las vibraciones intramoleculares, intermoleculares y la accin del medio en el que se encuentra el o sistema son modelados como vibraciones de pequeas amplitudes, se consin dera que los estados electrnicos estn acoplados a estados vibracionales [30]. o a A menudo, se caracteriza estos estados con los modos vibracionales de un oscilador armnico considerando que cuando existe una transicin electrnica o o o su posicin de equilibrio es desplazada entre los dos estados electrnicos [33]. o o As segn este modelo el Hamiltoniano de la parte vibracional del sistema, , u est descrita por un oscilador armnico que no depende de las coordenadas a o electrnicas. o
Hvibra = H + H ,
(4.13)
donde Hvibra es el Hamiltoniano vibracional del sistema, H es el Hamiltoniano para el estado base, H es el Hamiltoniano para el estado excitado. p2 1 j 2 2 + mj j qj ], 2mj 2
H =
j
(4.14)
81
H = +
j
p2 1 j 2 [ + mj j (qj + dj )2 ], 2mj 2
(4.15)
donde, pj , qj , mj , dj representan el momento, la coordenada, la masa y el desplazamiento de la posicin de equilibrio entre dos estados electrnicos, reso o pectivamente del jsimo modo nuclear. Y corresponde a la diferencia e de energ entre los dos estados vibracionales. Generalmente, para facilitar los a clculos se trabaja con parmetros adimensionales, por lo que se introduce el a a momento Pj = ( j mj ) 2 pj y la coordenada Qj = (
1
j mj
) 2 qj adimensionales,
as como el desplazamiento adimensional de la conguracin de equilibrio del o jsimo modo entre dos estados electrnicos, aj = ( e o
j m j
) 2 dj . Entonces, con
estas variables adimensionales los Hamiltonianos asumen la siguiente forma [33], 1 2
H =
j (Pj2 + Q2 ), j
j
(4.16)
H = +
1 2
j (Pj2 + (Qj + aj )2 ,
j
(4.17)
En estos trminos se resuelve el problema vibracional para el sistema, e obteniendose una aproximacin para calcular el factor de Franck-Condon o para cada uno de los jsimos estados vibracionales, dada por la siguiente e expresin [40], o S j S e , j!
F Cj =
(4.18)
Donde, S es llamado el factor de Huang-Rhys y j es el estado vibracional
82
y se lo toma en cuenta desde el estado cero para adelante, j = 0, 1, 2, ...N . El factor de Huang- Rhys se lo dene como, a2 S= , 2
(4.19)
donde a es el parmetro adimensional introducido al estudiar el Hamila toniano vibracional del estado excitado, se lo puede tambin entender como e el corrimiento relativo entre los m nimos de dos curvas que representan la energ potencial de los estados electrnicos, en la gura (4.1) se puede ver a o un esquema de esto, el corrimiento corresponde al valor q0 . Bajo esta aproximacin se considera que la interaccin de las vibraciones con el sistema o o electrnico es lineal. o El factor de Huang Rhys a menudo se lo extrae de datos experimentales y otras veces se lo clcula a partir de clculos qu a a mico cunticos para los a sistemas [41]. Dependiendo del valor que se tenga para S, se obtiene para cada uno de los estados vibracionales una probabilidad de transicin. Esto o signica que se conoce cul es su participacin en la redistribucin de la a o o intensidad de la transicin electrnica respecto a los estados vibracionales. o o Partiendo de estos conceptos, para la modelizacin se establecer cul es o a a el factor de Huang Rhys que proporciona las probabilides para cada estado vibracional, es decir los valores de los coeecientes ai ms optimas, de la a Ec.(4.12).
4.2. Resultados de la modelizacin o No. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Int.[u.a.] [eV] 0.02 1.375 0.04 1.390 0.05 1.400 0.08 1.410 0.13 1.420 0.17 1.425 0.21 1.430 0.24 1.432 0.29 1.435 0.41 1.440 0.60 1.445 0.80 1.450 0.94 1.455 1.00 1.460 0.94 1.465 0.80 1.470 0.69 1.475 0.59 1.480 0.52 1.485 No. 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 Int.[u.a.] [eV] 0.47 1.490 0.40 1.500 0.37 1.505 0.33 1.510 0.31 1.515 0.29 1.520 0.27 1.530 0.26 1.535 0.25 1.540 0.23 1.545 0.22 1.555 0.21 1.560 0.19 1.570 0.17 1.580 0.16 1.590 0.15 1.600 0.14 1.610 0.12 1.640 0.08 1.750
83
Cuadro 4.1: Datos del espectro de absorcion obtenidos en la referencia [16]
4.2.
Resultados de la modelizacin o
Finalmente, se realiza la modelizacin de la curva de uorescencia para o el agregado de BChls B850, a partir de las consideraciones presentadas en la seccin anterior. Para los clculos numricos se implementan algunas rutinas o a e en Matlab 98. 4.2.1. Un estado excitnico o
Se parte tomando datos de los puntos de la curva del espectro de absorcin o calculado tericamente en la referencia [16], ver el Cuadro 4.1. o
4.2. Resultados de la modelizacin o No. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Valor modo vibracional [e.V.] 0.0400 0.0450 0.0770 0.1410 0.1740 0.1780 0. 1820 0. 1980 0.2100 0. 2140 0. 2180
84
Cuadro 4.2: Datos de los modos vibracionales determinados en [16]
Con estos datos se evala la Ec.(4.5) y se obtiene la funcin numrica u o e f (t). Para poder obtener la curva de uorescencia modelizada, se determina los coecientes ai de la Ec.(4.12) de la siguiente manera: Primero, se ordena los valores de los once modos vibracionales considerando que el de menor energ corresponde al primer estado vibracional, ver cuadro 4.2. a Luego, se implenta una rutina en Matlab 98, que permite evaluar la Ec.(4.18), es decir obtener los valores de los coeecientes aj jando el factor de Huang Rhys S y reemplazarlos en la Ec(4.12) para gracar la curva de uorescencia modelizada. Por ejemplo, si S = 0,5 la probabilidad para j = 1 es a1 = 0, 303, para j = 2 es a2 = 0, 151, etc., hasta j = 11. En trabajos especializados sobre sistemas excitnicos se presenta que este valor o se encuentra alrededor del rango entre 0.5 y 2.0 [11], aqu se ha evaluado los valores de los coecientes para el factor S en el rango de 0.10 hasta 4.00 en pasos de 0.05. En la gura(4.2) se muestran tres ejemplos del resultado de este procedimiento. En las grcas se puede distinguir el aporte de cada a
4.2. Resultados de la modelizacin o S 0.10 0.50 0.75 0.80 0.85 0.90 1.00 1.10 1.20 1.25 1.30 1.40 1.45 1.50 1.55 1.80 2.00 4.00 rms 01.096 1.009 0.9532 0.9436 0.9348 0.9269 0.9143 0.9076 0.9067 0.9083 0.9112 0.9214 0.9287 0.9375 0.9466 1.010 1.098 1.690
85
Cuadro 4.3: Errores rms, de la funcin de uorescencia modelizada, para o diferentes valores del factor de Huang Rhys
cada modo dependiendo del factor de Huang Rhys tomado y como afecta a la curva total de uorescencia y su comparacin con la curva experimental. o Por ultimo en esta parte de la modelizacin, utilizando el mtodo de o e interpolacin por Splines se calcula la desviacin cuadrtica media (rms) o o a entre la curva de uorescencia experimental dada en la literatura [36] y la curvas modelizadas para cada S. El factor de Huang Rhys ms ptimo es el a o que minimiza este error. En el cuadro 4.3 se muestran valores del error para diferentes valores de S. Se determina que el factor de Huang Rhys S = 1,20 minimiza el error establecido para esta modelizacin. o
4.2. Resultados de la modelizacin o
86
(a)
(b)
(c)
Figura 4.2: Modelizacin del espectro de uorescencia para el complejo LH-II o considerando el aporte del espectro vibracional con probabiliades establecidas por el factor de Huang Rhys S (a) S = 0,85, (b) S = 1,25, y (c) S = 1,5
4.2. Resultados de la modelizacin o 4.2.2. Diferentes estados excitnicos o
87
Ahora, revisando la forma anal tica de la funcin de la curva espectral o de uorescencia dada en la Ec. (4.2) y que en el trabajo de Damjanovic,et al.,2002 se obtuvo la curva de absorcin considerando un solo estado exo citnico, se estudiar que sucede con la curva de uorescencia si se considera o a la contribucin de ms estados excitnicos. Para esto, se toma primero dos o a o estados excitnicos, el primero con factor de Huang Rhys S = 1,20 y el o otro con las otras posibilidades del rango propuesto anteriormente. Adems a se considera que cada uno de estos estados excitnicos tambin aportan a la o e curva total con un porcentaje, por lo que tambin se realiza un ajuste para la e combinacin de pesos con la que contribuyen. Se encuentra que para ningn o u caso el error disminuye en comparacin con un solo estado excitnico. o o Luego se analiza el caso de tres estados excitnicos. Se ja el factor de o S = 1,20 para uno estado excitnico y se estudia los otras posibilidades de S o para los otros dos estados. Como un valor de S menor al ptimo produce un o desplazmiento de la curva hacia la derecha y uno mayor hacia la izquierda, se estudia solo los casos simtricos. Ejemplo el estado excitnico k = 1 el factor e o S = 1,20 para k = 2 el factor S = 1,10 y para k = 3 el factor S = 1,30. Adems se realiza el ajuste de pesos con los que contribuyen cada estado a excitnico. Los resultados se muestran en el cuadro 4.4. Se determina que en o este caso si se mejora el error en comparacin con un solo estado excitnico. o o Para continuar con el anlisis de la contribucin de los estados excitnicos a o o se realiza el procedimiento antes mencionado para cuatro y cinco estados excitnicos. Las curvas de uorescencia encontradas para tres, cuatro y cinco o
4.2. Resultados de la modelizacin o S=1.20 S=0.85 S=1.50 0.05 0.475 0.475 0.10 0.45 0.45 0.20 0.40 0.40 0.30 0.35 0.35 0.40 0.30 0.30 0.50 0.25 0.25 0.60 0.20 0.20 0.70 0.15 0.15 0.80 0.10 0.10 rms 0.9068 0.9066 0.965 0.9064 0.9063 0.9062 0.9061 0.9063 0.9064
88
Cuadro 4.4: Errores de la funcin total considerando diferentes probabilidades o para tres estados exitnicos, con valores del factor de Huang Rhys: 0.85, 1.20, o 1.50 No. de Est. Excitnicos o 1 2 3 4 5 rms 0.9067 0.9070 0.9061 0.9061 0.9061
Cuadro 4.5: Errores de la funcin total de uorescencia, inluyendo varios o estados excitnicos o
estados excitnicos se encuentra en la gura (4.3). o En el cuadro 4.5 se encuentra una tabla de errores para las curvas obtenidas cuando se considera el aporte de ms de un estado excitnico. Se a o consider un ajuste de pesos con los que contribuye cada estado, sin embaro go se encontr que pasados los tres estados excitnicos, sin importar el peso o o con que contribuye cada estado excitnico, el error rms ya no disminuye. o Ahora, se presenta la Figura 4.4 en la que se muestra la curva de uorescencia del agregado molecular de BChls B850 que describe al complejo LH-II, modelizada considerando la inuencia de once modos vibracionales,
89
(a)
(b)
(c)
Figura 4.3: Espectro de uorescencia para el complejo LH-II (distribucin de o probabilidad de los modos determinada por el factor de Huang Ritz), para (a) tres modos excitnicos, (b) cuatro modos excitnicos, y (c) cinco modos o o excitnicos o
90
que aportan con pesos dados por el factor de Huang Rhys de 1.20 para el primer estado excitnico, 0.85 para el segundo estado excitnico y 1.50 para o o el tercero. La curva modelizada est comparada con la curva experimental. a Finalmente,se calcula el error logaritmico
1
para la curva modelizada co-
rrespondiente a la Figura 4.4 y se presenta su grco en la Figura 4.5. Esta a grca indica con cuantas cifras signicativas se aproximan cada punto de a la funcin modelizada total modelizada con la experimental. Trazando una o l nea recta paralela al eje x en esta grca, se interpreta que todos los puntos a que se encuentren por encima de la recta horizontal se aproximan a los puntos experimentales con las cifras signicativas correspondientes al exponente del valor del eje y. As se puede apreciar que la mayor parte de los puntos de la curva modelizada se aproximan mas o menos con dos cifras signicativas a los de la curva experimental.
error logar tmico, es el logaritmo de los valores de error de m nimos cuadrados
91
Figura 4.4: Espectro de uorescencia experimental y modelizado
Figura 4.5: Error en escala logar tmica del espectro de uorescencia modelizado
Cap tulo 5 Conclusiones y Recomendaciones

En el presente trabajo se ha estudiado los aspectos tericos asociados al o proceso de uorescencia del complejo colector de luz LH-II (Light Harvesting II) de la bacteria Prpura. En primer lugar se consideraron las caracter u sticas estructurales a nivel molecular del complejo. En segundo lugar se utiliz el o modelo del polarn, previamente utilizado para explicar la absorcin, para o o describir la uorescencia del complejo. Finalmente se model la curva especo tral de emisin utilizando un desarrollo terico similar al utilizado en el caso o o de molculas individuales. Los aspectos relevantes del trabajo se presentan a e continuacin: o Las propiedades del complejo colector de luz LH-II de la bacteria Prpura u permiten establecer que al igual que para el proceso de absorcin, las caraco ter sticas espectrales de la uorescencia, estn determinadas por el sistema a de Bacterioclorolas(BChls) B850. Puesto que los procesos de absorcin y o de transferencia de energ en estos complejos est descrito por la teor del a a a excitn, se consider que la uorescencia de este complejo puede entendero o se como una transicin excitn fotn. Se demostr que la uorescencia o o o o del complejo LH-II puede ser descrita con parmetros similares a los que a caracterizan el mismo proceso para una molcula individual al considerar la e existencia de estados vibracionales asociados a los estados excitnicos. Eso to permite proponer que el complejo colector de luz LH-II a pesar de ser
92
93 un agregado molecular se comporta como si fuera una gran molcula indivie dual. Lo cual justica la caracterizacin del complejo LH-II solo a travs del o e sistema excitnico de las BChls B850. o En la modelizacin de la curva espectral de uorescencia del complejo o LH-II desarrollada en el presente trabajo, se estudi como inuyen difereno tes modos vibracionales sobre esta. Normalmente los modos vibracionales se caracterizan experimentalmente, sin embargo en este trabajo esto se lo hizo utilizando la informacin de simulaciones de dinmica molecular del sistema o a de BChls B850 rodeadas de un bao trmico [16]. Damjanovic et.all., 2002, n e determinarn el espectro vibracional comn a todas las BChls B850, en el o u cual se identican once modos vibracionales. Estos modos perturban los estados electrnicos de cada BChl, en el presente trabajo se supus que estos o o modos normales tambin son los que interaccionan con los estados excitnie o cos. Con esta consideracin se encontr una curva de emisin que diere de o o o la experimental con un error cuadrtico medio de 0.9061. a La importancia de cada modo vibracional en la forma de l nea espectral de uorescencia no es la misma. El valor ptimo del factor de Huang-Rhys o que minimiza el error entre el espectro modelizado y el experimental y establece el peso de cada modo es el de 1.2. Al considerar que la distribucin de o probabilidades esta asignada por el factor Huang Rhys, se ha asumido que la interaccin fonn-excitn es lineal. o o o La forma anal tica de la funcin de la curva espectral de uorescencia o para el complejo LH-II toma en cuenta a ms de los modos vibracionales, la a participacin de los estados excitnicos con un peso. Por lo que en la moo o delizacin se analiz este aspecto, determinando que es suciente considerar o o
94 mximo tres estados excitnicos que inuyen en la forma del espectro de emia o sin, ya que el error entre el espectro modelizado y el experimental pasado o este nmero de estados se vuelve constante. u En resumen, el proceso de la uorescencia para el complejo LH-II ha sido descrito en funcin de la propiedades excitnicas y vibracionales del sistema. o o La forma de la curva espectral de emisin est gobernada por la presencia de o a modos vibracionales asociados a los estados excitnicos. Los valores de estos o modos reejan la interaccin de un bao trmico con el sistema, se considera o n e que el medio que rodea al sistema de BChls B850 es otro parmetro que a gobierna la emisin de uorescencia. o Finalmente, para un trabajo futuro se recomienda proponer otra forma de establecer los probabilidades con las que contribuyen cada modo vibracional en la formacin de la curva espectral de uorescencia, ya que en este trabajo o se encontr estos valores considerando que la inuencia de las vibraciones o sobre el sistema excitnico estn determinadas por el factor de Huang-Rhys. o a Se conoce que la funcin de densidad espectral es el argumento terico que o o permitir establecer anal a ticamente esta contribucin, entonces se recomieno da investigar si se puede encontrar esta funcin de tal manera que disminuya o el error establecido en este trabajo.
Apndice A e Segunda Cuantizacin o

Sea {i } un conjunto completo de funciones de onda ortogonales y normalizadas correspondientes a los estados estacionarios de una part cula individual {|i } . Se tiene un sistema de part culas idnticas indistinguibles, se e dene N1 , N2 , ... como los nmeros que indican cuantas part u culas se encuentran en cada uno se los estados |1 , |2 , ... respectivamente. En un sistema de part culas interaccionantes estos nmeros de ocupacin de estados no se u o conservan y solo se puede considerar una distribucin de probabilidad de los o valores que pueden tomar los nmeros de ocupacin. Existe un formalismo u o matemtico que describe al sistema como un todo en base a estos nmeros a u de ocupacin de estados llamada la segunda cuantizacin. o o Se dene el operador nmero de ocupacin n como n = b+ b, donde b+ , b u o son los operadores de creacin y aniquilacin que se presenta en el estudio o o del oscilador armnico cuntico [21]. El operador n tiene funciones propias o a |n , que cumplen con , n|n = n|n , (A.1)
con n 0. Los operadores de creacin y aniquilacin cumplen con la relacin o o o de conmutacin [b, b+ ] = utilizando esta propiedad y la denicin del o 1, o operador nmero de ocupacin se tiene que, u o n|n 1
b|n =
(A.2)
95
96 b+ |n = n + 1|n + 1 (A.3)
Para el sistema de part culas se dene una base ortonormal como el producto tensorial de los estados propios del operador nmero de ocupau cin, {|n1 , ...ni ... }, llamada estados nmero de ocupacin. El estado propio o u o |n1 , ...ni ... est asociado a una funcin de onda que depende de las funcioa o nes propias de cada molcula i y del nmero de ocupacin de ese estado e u o (i , Ni ) asi, N1 !, N2 !... 1 !) 2 N (1) (2) ...(N ) , p1 p2 pi
N1 ,N2 ... = (
(j)
(A.4)
Donde pi indica que es la funcin del i-simo estado propio evaluada con las o e coordenadas de la j-sima part e cula (se considera el Principio de Indistinguibilidad de Part culas [39]). La sumatoria es tomada sobre todas las permutaciones del subjo pi con i = 1, 2, ... y j = 1, 2, ...N por lo que Ni = N . La
accin del operador nmero de ocupacin ( ) sobre los estados nmero de o u o n u ocupacin del sistema de part o culas queda expresado de la siguiente manera,
ni |n1 , ...ni ... = ni |n1 , ...ni ... ,
(A.5)
Y la accin de los operadores de creacin y aniquilacin sobre los mismos o o o estados es segn las Ecuaciones(A.2) y (A.3), la siguiente, u
b+ |n1 , ...ni ... = i
ni + 1|n1 , ...ni + 1... ,
(A.6)
bi |n1 , ...ni ... =
ni |n1 , ...ni 1|... ,
(A.7)
97 El espacio que contiene todos los estados nmero de ocupacin es llamado u o el espacio de Fock [39]. Este es un espacio vectorial que contiene todos los posibles nmeros de part u culas. Al accin de los operadores de creacin y o o aniquilacin sobre un estado de este espacio es transformar el estado inicial o en otro estado pero de este mismo espacio. En estos trminos se puede transe formar a los Hamiltonianos que describen diferente sistemas, obteniendose una equivalencia para sus trminos en funcin de los operadores de creacin e o o y aniquilacin en donde se puede ver que estos hacen posible que el sistema o pase de un estado a otro.
Apndice B e El operador Densidad

Operador Densidad
El formalismo del operador de densidad se lo utiliza para describir una situacin f o sica de ensambles de sistemas cunticos puros o mezclados[21]. a Un ensamble puro por denicin es una coleccin de sistemas donde cada o o miembro es caracterizado por la misma funcin de onda |(t) . En cambio o en un ensamble mezclado, los miembros poseen una poblacin relativa Pk o correspondiente a cada |k (t) , donde la suma de la fraccin de poblacin o o debe ser igual a uno y los |k (t) no son necesariamente ortogonales .
Pk = 1,
k
(B.1)
Adems el nmero de elementos k de este ensamble no tiene porque coincidir a u con N la dimensin del espacio. Ahora considerese un observable A cuyo valor o esperado de su operador asociado est dado por los elementos de la matriz, a
A(t) = (t)|A|(t) ,
(B.2)
Sea,{|n }, un conjunto base cualquiera del espacio, la funcin de onda se o puede expandir como,
|(t) =
n
cn (t)|n , 98
(B.3)
99 El conjugado hermitiano de |(t) corresponde a (t)|, dada por,
(t)| =
m
c (t) m(t)|, m
(B.4)
Substituyendo Ec.B.3 y Ec.B.4 en Ec.B.2, se tiene los elementos de la matriz de A(t) ,
A(t) =
nm
cn (t)c (t) m|A|n m

nm
cn (t)c (t)Amn , m
(B.5)
Si se realiza una medicin del observable A sobre el ensamble mezclado, o el valor esperado estar dado por a
A(t) =
k
Pk k (t)|A|k (t) ,
(B.6)
Escribiendo en forma ms general la Ec.(B.6)se introduce la denicin a o del operador densidad,
A(t) =
k
Pk
n m
k (t)|n n|A|m m|k (t) ,
(B.7)
A(t) =
n m
(
k
Pk m|k (t) k (t)|n ) n|A|m ,
(B.8)
En la Ec.B.8 se puede notar que la expresin dentro de parntesis es o e propiedad bsica del ensamble que no depende del observable en particular. a As se dene al operador densidad() como,
Pk |k (t) k (t)|,
(B.9)
100 Cuando se tiene un ensamble de estados puros, Pk = 1. El operador densidad est denido por, a
|(t) (t)|,
(B.10)
La matriz del operador , llamada matriz de densidad est dada por a
n||m = n|(t) (t)|m ,
(B.11)
entonces nm =cn (t)c (t) son los elementos de la matriz densidad. Por lo m que el valor esperado de A se lo puede expresar como,
A(t) =
n,m
Amn nm T r[A],
(B.12)
Donde Tr es la traza de un operador, la suma de los elementos de la diagonal.
Apndice C e Transformada de Fourier

Transformada de Fourier
La transformada de Fourier es un funcional que transforma una funcin o a valor complejo en otra. A menudo la transformada de Fourier se denomina a la representacin de la funcin original en el dominio-frecuencia, pues esta o o describe cuales frecuencias estan presentes en la funcin original. o Denicin C.0.1 La transformada de Fourier de una funcin f : R C, o o est denida como: a
+
f () =
f (t)e2it dt
donde: t representa el tiempo y la frecuencia Denicin C.0.2 La transformada de Fourier inversa se dene como: o
+
f (t) =
f ()e2it d
bajo ciertas condiciones sobre f esta se puede reconstruir a partir del f mediante la transformada inversa. La transformada tambin se generaliza en estructuras discretas como grupos e nitos. El clculo computacional de estas se realiza a travs del transformada a e de Fourier discreta o de la transformada de Fourier rpida (FFT) acrnimo a o de ingls: Fast Fourier Transform [42]. e 101
102
Transformada de Fourier discreta

La transformada de Fourier discreta, se denota por DFT, acrnimo del o ingls: Discrete Fourier transform. Esta es una transformada de Fourier ame pliamente empleada en muchos campos, principalmente para: analizar frecuencias presentes en una seal muestreada, resolver ecuaciones diferencian les parciales, etc. La transformada de Fourier discreta se calcula de manera eciente mediante el algoritmo FFT. Los datos de entrada de la DFT son sucesiones de nmeros reales o complejos. u Denicin C.0.3 La secuencia de n nmeros complejos x0, ..., xn-1 se o u transforma en la secuencia de n nmeros complejos f0, ..., fn-1 mediante u dicha transformada segn la frmula: u o
n1
2i jk n
fj =
j=0
xk e
k = 0, . . . , n 1
esta transformada se nota con frecuencia mediante el smbolo F Denicin C.0.4 La transformada de Fourier discreta inversa IDFT, acrnio o mo del ingls: Inverse Discrete Fourier Transform se calcula, con la formula: e 1 n
n1
2i jk n
xk =
fj e
j=0
k = 0, . . . , n 1
En las simulaciones realizadas en el Cap tulo 3, utilizamos el algoritmo FFT, para los clculos de la transformada de Fourier (inversa) discreta. a
Apndice D e Cdigo para la evaluacin de la curva de o o Fluorescencia

Los clculos numricos fueron realizados implementado tre rutinas en a e Matlab. A continuacin se presenta el cdigo fuente utilizado en esta plao o taforma.
Cdigo fuente o
Rutina principal
function [ Mi,Mw,Mip,I,wt,D,A,s ] = intensidadVectorial(p,vlambda,f,t,w) %Esta rutina calcula la funcin de intensidad para la uorescencia I(w), que o %depende de la frecuencia , para cada modo vibracional y la fucin total o %que considera todos estos modos y la integral numrica de cada modo e %vibracional. % %datos de entrada: % %w : frecuencia, %f : funcin de absorcin experimental, o o %t : tiempo,
103
104
%vlambda: vector de modos vibracionales (ordenados de menor a mayor), %p : probabilidad de cada modo vibracional, % %datos de salida: % %Mi : funcin de intensidad para la uorescencia de cada modo vibracional o %Mw : frecuencia correspondiente a cada modo vibracional %Mip: funcin de intensidad para la uorescencia de cada modo vibracional o % considerando las probabilidades de cada modo %I : integral numrica de cada modo vibracional e %wt : frecuencia correspondiente a la funcin total o %D : dominio de cada modo vibracional que debe ser approximado para el % clculo de la funcin total a o %A : aproximaciones correspondientes a cada modo vibracional para el % clculo de la funcin total a o %s : funcin total o
[m,n]=size(vlambda); [m1,n1]=size(t); Mi=zeros(n1,n);
105
Mw=zeros(n1,n); Mip=zeros(n1,n); I=zeros(m,n); wt=zeros(n1*n,1); for j=1:n Mi(:,j)=intensidad(vlambda(j),f,t); Mw(:,j)=w-vlambda(j); Mip(:,j)=p(j)*Mi(:,j); I(j)=trapz(Mip(:,j),Mw(:,j)); kk=n1*(j-1); for k=1:n1 wt(kk+k)=Mw(k,j); end end D=zeros(n1*n,n); A=zeros(n1*n,n); wt=sort(wt); s=0; for j=1:n id=nd(Mw(1,j)<wt & wt<Mw(n1,j));
106
y=min(id)-1; yy=max(id)+1; for k=y:yy D(k,j)=wt(k); end aa=spline(Mw(:,j),Mip(:,j),nonzeros(D(:,j))); [n2,m2]=size(aa); for r=1:n2 A(y-1+r,j)=aa(r); end s=s+A(:,j); end end
Subrutina 1
function [ mi ] = intensidad(lambda,f,t) %Esta rutina calcula la funcin de intensidad para la uorescencia I(w) o %para un modo vibracional, utilizando la transformada de Fourier discreta % %datos de entrada: % %f : funcin de absorcin experimental, o o
107
%t : tiempo, %lambda : modos vibracionales % %datos de salida: % % mi : funcin de intensidad para la uorescencia o %
e=exp(-1i*lambda*t); [m,n]=size(t); for j=1:n f2(j)=f(j)*e(j); end I=t(f2); end
Subrutina 2
function [e,ei,eip,verp] = errorIT(wt1,s1,wFls,IFls) %Esta funcion calcula el error restpecto a la funcion experimental % %datos de entrada:
108
% %wt1 : frecuencia para la funcion que se quiere comparar %s1 : valores de la funcion que se quiere comparar %wFls : frecuencia para la funcion experimental %IFls : valores de la funcion experimental % %datos de salida: % % e : error calulado por minimos cuadrados %ei : error respecto a la integral bajo la curva %eip : error respecto a la integral bajo (en porcentaje) %verp: error en valor absoluto medio %
wFls=wFls+0.032; [m,n]=size(wt1); ve=zeros(n,1); m1=real(max(s1)); wwt=wt1; ft=real(s1/m1);
109
[k,kk]=size(wFls); fd=zeros(k,kk); wd=sort(wFls); for j=1:kk-1 id=nd(wd(j)<wt1 & wt1<wd(j+1)); fd(kk+1-j)=ft(id(1)); end id=nd(wd(kk-1)<wt1 & wt1<wd(kk)); fd(1)=fd(2); ve=abs(IFls-fd); e=norm(ve,2); ei=abs(trapz(wFls,IFls)-trapz(wFls,fd)); eip=ei*100/abs(trapz(wFls,IFls)); ver=zeros(k,kk); for j=1:kk ver(j)=abs(IFls(j)-fd(j))/abs(IFls(j)); end verp=mean(ver); names={funcion,experimental};
110
styles=[r,g,b,c,m,y,r:,g:,b:,c:,m:]; plot(wwt,ft,k,LineWidth,2); hold on plot(wFls,IFls,r,LineWidth,2); legend(names); xlabel(Frecuencia [eV]); ylabel(Intensidad); hold o end
Bibliograf a
[1] Blankenship, R. 2002. Molecular Mechanisms of Photosynthesis. Blackwell Science. New York. [2] Hall, O., Rao,K. 2001. Photosynthesis. Cambridge University Press. New York. [3] Garrahan, P. 1977. Transporte a travs de la membrane celular. O.E.A. e Washington DC. [4] Hunter, N., Daldal, F., Thurnauer, M., Beatty, T. 2008. The Purple Phototrophic Bacteria. Book Serie Advanceds in Photosynthesis and Respiration Vol. 28. Springer. Chicago. [5] Gunsabus, I. 1960. The bacteria a treatise on structure and function. Academic Press. New York. [6] Lehninger, A. 1965. Bionergetics: The molecular basis of biological energy transformations. BENJAMIN. New York. [7] Allamong, B., Mertens, T. 1990. Energ de los procesos biolgicos. Limusa. a o Mxico D.F. e [8] Morrison, R. 1990. Qu mica orgnica. Addison-Wesley. Wilmington. a [9] Ritz, T., Damjanovic, A., Schulten, K. 2002. The Quantum Physics of Photosynthesis. Journal of Chemical-Physics Vol.3: 243248
111
112
[10] Xiche, H., Damjanovic, A., Ritz, T., Schulten, K. 1998. Archicture and mechanisms of the light-harvestig apparatus of purple bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci. Vol.95: 59355941 [11] Amerongen, H., Valkunas, L., Grondelle, R. 2000. Photosynthetic Excitons. World Scientic. Singapore. [12] Ritz, T., Hu, X., Damjanovic, A., Schulten, K. 1998. Excitons and excitation transfer in the photosynthetic unit of purple bacteria. Journal of Luminescence Vol.76 & 77: 310321. [13] Stahlberg, P. 2001. AFM topography of LH2 on mica in buer solution. Scale bar is 5 nm. FEBS Lett 154: 166. [14] Hu, X., Schulten, K. 1998. Model for the Light- Harvesting Complex I (B875) of Rhodobacter sphaeroides. Biophysical Journal Vol.75: 683694. [15] Trissl, H. 1996. Antenna organization in purple bacteria investigated by means of uorescence induction curves. Photosynthesis Research Vol.47: 175185. [16] Damjanovic, A., Kosztin, I., Kleinekathofer, U., Schulten, K. 2002. Excitons in a photosynthetic light-harvesting system: A combined molecular dynamics, quantum chemistry, and polaron model study. Physical Review E. Vol. 65: 123. [17] Van Grondelle, R., Dekker, J., Gilbro, T. and Sundstrom, V. 1994. Energy transfer and trapping in photosynthesis. Biophysica Acta 1187: 165. [18] Davydov, A. 1962. Theory of Molecular Excitons. McGraw- Hill Book. San Francisco.
113
[19] Alden, RG., Johnson, E., Nagarajan, V., Parson, W., Law, CJ. and Cogdell, RJ. 1997. Calculation of spectroscopic properties of the LH2
bacteriochlorophyll-protein antenna complex of Rhodopseudomonas acidophila. Journal of Physics and Chemestry B. Vol.101: 46674680 [20] Sauer, K., Cogdell, R., Prince, S., Freer, A., Isaacs, N. and Scheer, H. 1997. Structure-based Calculations of Optical Spectra of LH2 Rhodopseudomonas acidophila. Photchemestry and Photobiology. Vol.64: 564576. [21] Sakurai,J. 1994. Modern Quantum Mechanics. Addison Wesley Longman. Los Angeles. [22] Bayley, P., Nielsen, E., Schellman, J. 1968. The Rotatory Properties of Molecules Containing Two Peptide Groups:Theory. J. Phys. Chem. Vol.73(1): 228-243. [23] Levine, I. 2001. Qu mica Cuntica. Prentice-Hall. Madrid. a [24] Bernath, P. 1995. Spectra of Atoms and Molecules. Oxford University Press. Oxford. [25] Jackson, D. 1962. Classical Electrodynamics John Wiley & Sons. New York [26] Scherz, A., and Parson, W. 1984. Exciton interactions in dimers of bacteriochlorophyll and related molecules. Biochim Biophys Acta 766: 666-678. [27] Van Oijen, A., Ketelaars, M., Kohler, J., Aartsma, J. and Schmidt, J. 1993. Spectroscopy of Individual Light-Harvesting 2 Complex of Rhodopseudomona acidophila: Diagonal Desorder, Intercomples Heterogeneity, Spectral Diusion and Energy Transfer in the B800 band. Biophysical Journal Vol.78: 1570 1577.
114
[28] Boonstra, A., Germeroth, L. and Boekema, E. 1994 Structure of light-
harvesting antenna from Rhodospirillum molischianum studied by electron microscopy. Biophysical Acta 1184: 227234. [29] Lakowicz,J. 2004. Principles of Fluorescence Spectroscopy. Springer. Berl n. [30] Atkins P.W., Friedman, R. 1996. Molecular Quantum Mechanics. PrenticeHall. New York. [31] Mukamel, S. 1995. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy. Oxford University Press. New York. [32] Shen, A. Principles of Nonlinear Optics Oxford University Press, Oxford. [33] Levine, I. 1975. Molecular Spectroscopy. John Wiley & Sons. Totonto [34] Pathria, R. 1996. Statistical Mechanics. Butterworth. Oxford. [35] Meier,T.,Chernyak,V., Mukamel,S. 1997. Femtosecond photon echoes in molecular aggregates J. Chem. Phys.Vol 107: 87598780. [36] Novoderezhkin,V., Rutkauskas,D., van Grondelle,R. 2006. Dynamics of the Emission Spectrum of a Single LH2 Complex: Interplay of Slow and Fast Nuclear Motions Biophysical Journal Vol.90: 2890-2902. [37] Herman,P., Kleinekathfer,U., Barv o k,I., Schreiber,M. 2001. Inuence of Static and Dynamic Disorder on the Anisotropy of Emission in the Ring Antenna Subunits of Purple Bacteria Photosynthetic Systems Journal of Biophysics: 133. [38] Zhang,W., Meier,T., Chernyak,V., Mukamel,S. 1998. Exciton-migration and three-pulse femtosecond optical spectroscopies of photosynthetic antenna complexes Journal Chem.Phys.Vol.108, No.18: 77637774.
115
[39] Landau,L. Lifshitz, M. 1991. Quantum Mechanics Pergamon Press Ltd. London. [40] Huang, K., Rhys,A. 1950. Theory of light absortion and non-radiative transitions in F-centres. Preceedings The Royal Society A. Vol. 204 : 406423. [41] Zhao,H., Kalt, H. 2003. Energy dependent Huang Rhys factor free excitons. Physical Review Vol. 68: 15. [42] Arfken G., Weber H. 2001 Mathematical Methods for Physicists Academic Press. New York.

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ESCUELA POLITECNICA NACIONAL

PROYECTO PREVIO A LA OBTENCION DEL T ITULO DE F ISICO

MAR CRISTINA CALERO ARMAS IA

DIRECTOR: DR. MARCO BAYAS

QUITO, MARZO 2010

MARIA CRISTINA CALERO ARMAS

Dr. Marco Bayas DIRECTOR DE PROYECTO

98 101 103 110

Cap tulo 1 Bacterias fotosintticas e

1.2. Bacterias fotosintticas e

1.2. Bacterias fotosintticas e

1.3. La bacteria Prpura u

1.3. La bacteria Prpura u

El aparato fotosinttico y el proceso de la fotos e ntesis

LHs, del acrnimo de ingls Light Harvesting o e

1.3. La bacteria Prpura u

1.4. Pigmentos fotosintticos e

1.4. Pigmentos fotosintticos e

1.4. Pigmentos fotosintticos e

(nombrados en la gura 1.2 con nmeros romanos). Por esta razn u o

Propiedades espectroscpicas de la Clorola y Bacteriocloo rola

1.4. Pigmentos fotosintticos e

Eje imaginario de simetr para el macrociclo a

1.5. Los complejos colectores de luz

Los complejos colectores de luz

1.5. Los complejos colectores de luz

1.5. Los complejos colectores de luz

Estructura del complejo LH-II y LH-I

1.5. Los complejos colectores de luz

(representados en la Figura 1.5 parte a por los elementos en

Generalmente cadenas de 53 y 41 aminocidos respectivamente a Un tipo de carotenoide

1.5. Los complejos colectores de luz

Funcionamiento del complejo LH-II

1.5. Los complejos colectores de luz

1.5. Los complejos colectores de luz

1.5. Los complejos colectores de luz

1.5. Los complejos colectores de luz

Cap tulo 2 Excitones fotosintticos en la Bacteria e P rpura u

2.1. D mero acoplado excitnicamente o

D mero acoplado excitnicamente o

El trmino W es de caracter dipolar, dado por, e n1 n2 3(r12 n1 )(r12 n2 ) ), 3 5 r12 r12

2.1. D mero acoplado excitnicamente o

E 0 = 0 |H|0 = 1 2 |H1 + H2 + W |1 2 = 1 + 2 + W00 , 0 0 0 0 0 0

|f = cf 1 |1 2 + cf 2 |1 2 , 1 0 0 1 |f son normalizadas y ortogonales por lo que:

2.1. D mero acoplado excitnicamente o

condicin de ser soluciones estacionarias de la ecuacin de Schrdinger, as o o o :

cf 1 (1 + 1 2 |W |1 2 ) + cf 2 1 2 |W |1 2 = cf 1 Ef , 1 1 0 1 0 1 0 0 1 cf 1 1 2 |W |1 2 + cf 2 (2 + 1 2 |W |1 2 ) = cf 2 Ef , 0 1 1 0 1 0 1 0 1 se puede escribir estas ecuaciones de forma simplicada as ,

cf 1 (1 + W11 Ef ) + cf 2 (W12 ) = 0, 1 cf 1 W21 + cf 2 (2 + W22 Ef ) = 0, 1

Como se considera el caso de molculas idnticas se tiene que e e

; que W12 = W21 y que W11 = W22 . De esto se obtiene que:

2.2. Inuencia del acoplamiento excitnico o

Inuencia del acoplamiento excitnico en las proo piedades espectrales

10 = 1 ||0 , Donde es el operador momento dipolar elctrico, denido as e ,

2.2. Inuencia del acoplamiento excitnico o

donde B10 es el coeciente de absorcin, B10 es el coeciente de emio sin estimulada y A1 o

es el coeciente de emisin espontnea, y 10 es la o a

ddim = |i0dim |2 = |c1 1 + c2 2 |2 , i 10 i 10

ddim = (c1 )2 |1 |2 + (c2 )2 |2 |2 + 2c1 c2 (1 2 ), 10 10 i i i i 10 10

El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e

Ver seccin pigmentos fotosintticos o e

2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e

Ver la seccin Pigmentos fotosintticos del cap o e tulo 1

2.3. El excitn fotosinttico en el complejo LH-II o e est corresponde a Qy . a

|i = |1 |2 ...|i1 |i y |i+1 ...|16 , 0 0 0 Q 0 0