BASES DE DATOS GNICAS AUTOR: Viviana Mena --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------INTRODUCCION

Hoy en da la utilizacin del ADN es un medio esencial para realizar investigacin en el mbito de la biologa molecular y gentica, adems el uso del ADN es de gran utilidad para la criminologa forense de cadveres y personas desaparecidas. Ayudan a tratar problemas en relacin con los avances en materia gentica en la utilizacin de los perfiles del ADN (Murillo de la Cueva, 1997).

El genoma es la informacin del material gentico sobre cada individuo, sobre su familia biolgica y sobre la especie a la que pertenece (Romeo, 2002). El genoma de un individuo abarca dos elementos: el elemento material (base fsica, que es la molcula de ADN) y el elemento inmaterial (la informacin que portan los genes) (Snchez et al. 2004). Existen caractersticas para los datos genticos; donde la informacin gentica es nica y distingue a una persona, animal u otro tipo de organismo de las dems; revela caractersticas especficas de un individuo que lo singularizan frente a cualquier otro, permitiendo su identificacin. Puede revelar informacin y tener implicaciones para sus consanguneos (familia biolgica), incluidas las generaciones anteriores y posteriores (lvarez, 2007). La informacin gentica puede revelar vnculos de parentesco y familiares, no depende de la voluntad individual puesto que los datos genticos son inmodificables. Es permanente e inalterable, ya que acompaa al individuo a lo largo de toda su vida, salvo existencia de mutaciones (Snchez et al. 2002). Los datos genticos son particularmente susceptibles de ser utilizados para discriminar a los organismos en las ms diversas facetas de su vida, con lo cual discriminara grupos de poblacin defectuosa no apta.
En esta prctica, se pretende:

Aprender el uso de las diferentes bases de datos on-line, para la obtencin de secuencias de cidos nucleicos y protenas; como herramienta fundamental de investigacin en el rea de gentica. Aplicar la base de datos gnicos para la manipulacin de distintas secuencias determinadas de nucletidos.

MATERIALES Y MTODOS

BASES DE DATOS GNICAS

Acceder a las siguientes pginas 3) Primer 3: http://frodo.wi.mit.edu/cgibin/primer3/primer3_www.cgi Encontrar primers

1)PubMed:http://www.ncbi.nl m.nih.gov/entrez/query.fcgi

2) Sequence Manipulation Site: http://www.ualberta.ca/~stothard /javascript Colocar la secuencia Traducir y deseada a encontrar la secuencia deseada -ORF copiar las secuencias Peso molecular en formato -FASTA . -Protena codificada

Ir a nucleotide Copiar a un documento en MS Word

4) Clustalw: http://clustalw.genome.jp/

5) BLAST-Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

Comparar 2 secuencias del mismo gen en 2 sp diferentes (de la misma Familia)

Colocar los primers encontrados en Primer 3 y discutir si sera un buen cebador.

RESULTADOS

Utilizando el programa PubMed:

Desmodus rotundus voucher TK101831 fibrinogen beta chain (Fgb) gene, partial sequence
>gi|73697561|gb|DQ077430.1| Desmodus rotundus voucher TK101831 fibrinogen beta chain (Fgb) gene, partial sequence TAGTATCTGCCATTTGGATTGGCCGCGTGACATCTATTATACCACCATACCACCACCATCCTCTTTAGAG CACTGCTTCCTGGGGTCGGTGTTTATCCTGAAAGGAGATGTGTCTGGGGTTATTACAACTGCAGCRCTGT CCAGTCAAGTCAATGCAAAGAGGATGCTGTGTGTTGTGCCCCTTCCCTCTGGATCTATAAATAAAGTCAC CCCACTACACCAAAGACCTTCTCTGCCCYYGAGCAAGGMAGGGAGAGAACTGGGCCTRTAYAGCAAATTT ATCTATAGTTGTTACTTTATACTGAAATGATAGCTTTCCAATCCCTTAGTATTGGAGAACTCTGAAAAAC AAAATGAAGCTTTCGAATATATACATTTCAATATAGAGATGCAGAAATTTTTCTAAACACTACTACTCAG AMGGTTAAAGYGTTCTAATTCCAGTTCTGTCTTTCAGAGTTGTATGCCTTTGAATAAGTCACTTAATCTC CCTAAACTTCATCTGTCAAATGAGAGTATAAGGGTAACCTTATCAGAATGATGTAGAAAGAGCTTCCKTC AGTGGCTGACACGCAGCAACTACCCAAAAGGAGAGTTATTAACAACATTAGCCGTCATGAGTGATCCCAG

CCRGCAGTATCGGTGGGGGCTTTGAGAGCAGCAGGGAAGAGCACAACACGTACCAGCCGTCGTTGTCTCT GTCGTA

Usando el programa Sequence Manipulation Site:

Translate results
>rf 1 sample sequence ACDEF >rf 1 sample sequence 2 GGGGGEEDDVVVVAAAARRSSKKNNMIIITTTTW*CC**YYLLFFSSSSRRRRQQHHLLL LPPPP

DNA Molecular Weight results

Results for 12 residue sequence "Sample sequence 1" starting "garkbdctym" 3620.32 to 3829.48 Da Results for 13 residue sequence "Sample sequence 2" starting "ctymvhgark" 3933.53 to 4142.69 Da Results for 12 residue sequence "Sample sequence 3" starting "cccccccccc" 3551.23 Da

ORF Finder results

Results for 93 residue sequence "sample sequence" starting "gcggcggcgg" >ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 1 to base 93. gcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcg gcggcggcggcggcggcggcggcggcggcgtaa >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand. AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA*

Protein Molecular Weight results Results for 8 residue sequence "sequence 1" starting "GAMPSTRV" 0.82 kDa Results for 8 residue sequence "sequence 2" starting "MPSTYLLQ" 0.95 kDa Usando el programa Primer 3:

PRIMER PICKING RESULTS FOR gi|73697561|gb|DQ077430.1| Desmodus rotundus voucher TK101831 fibrinogen
beta chain (Fgb) gene, partial sequence No mispriming library specified Using 1-based sequence positions WARNING: Unrecognized base in input sequence OLIGO start len tm gc% any 3' seq LEFT PRIMER 21 20 59.95 50.00 4.00 3.00 GGCCGCGTGACATCTATTAT RIGHT PRIMER 237 20 59.84 55.00 5.00 2.00 GGCAGAGAAGGTCTTTGGTG SEQUENCE SIZE: 706

INCLUDED REGION SIZE: 706 PRODUCT SIZE: 217, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00 1 TAGTATCTGCCATTTGGATTGGCCGCGTGACATCTATTATACCACCATACCACCACCATC >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 61 CTCTTTAGAGCACTGCTTCCTGGGGTCGGTGTTTATCCTGAAAGGAGATGTGTCTGGGGT 121 TATTACAACTGCAGCRCTGTCCAGTCAAGTCAATGCAAAGAGGATGCTGTGTGTTGTGCC 181 CCTTCCCTCTGGATCTATAAATAAAGTCACCCCACTACACCAAAGACCTTCTCTGCCCYY <<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 241 GAGCAAGGMAGGGAGAGAACTGGGCCTRTAYAGCAAATTTATCTATAGTTGTTACTTTAT 301 ACTGAAATGATAGCTTTCCAATCCCTTAGTATTGGAGAACTCTGAAAAACAAAATGAAGC 361 TTTCGAATATATACATTTCAATATAGAGATGCAGAAATTTTTCTAAACACTACTACTCAG 421 AMGGTTAAAGYGTTCTAATTCCAGTTCTGTCTTTCAGAGTTGTATGCCTTTGAATAAGTC 481 ACTTAATCTCCCTAAACTTCATCTGTCAAATGAGAGTATAAGGGTAACCTTATCAGAATG 541 ATGTAGAAAGAGCTTCCKTCAGTGGCTGACACGCAGCAACTACCCAAAAGGAGAGTTATT 601 AACAACATTAGCCGTCATGAGTGATCCCAGCCRGCAGTATCGGTGGGGGCTTTGAGAGCA 661 GCAGGGAAGAGCACAACACGTACCAGCCGTCGTTGTCTCTGTCGTA KEYS (in order of precedence): >>>>>> left primer <<<<<< right primer ADDITIONAL OLIGOS start len tm gc% any 3' seq 1 LEFT PRIMER 83 20 59.79 50.00 2.00 1.00 GGGTCGGTGTTTATCCTGAA RIGHT PRIMER 237 20 59.84 55.00 5.00 2.00 GGCAGAGAAGGTCTTTGGTG PRODUCT SIZE: 155, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00 2 LEFT PRIMER 21 20 59.95 50.00 4.00 3.00 GGCCGCGTGACATCTATTAT RIGHT PRIMER 179 20 60.33 55.00 4.00 2.00 GCACAACACACAGCATCCTC PRODUCT SIZE: 159, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00 3 LEFT PRIMER RIGHT PRIMER 44 237 20 20 59.51 59.84 55.00 55.00 2.00 5.00 0.00 ACCATACCACCACCATCCTC 2.00 GGCAGAGAAGGTCTTTGGTG

PRODUCT SIZE: 194, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00 4 LEFT PRIMER 21 20 59.95 50.00 4.00 3.00 GGCCGCGTGACATCTATTAT RIGHT PRIMER 238 20 60.63 55.00 5.00 1.00 GGGCAGAGAAGGTCTTTGGT PRODUCT SIZE: 218, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00 Statistics con too in in no tm tm high high sid many tar excl bad GC too too any 3' poly ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X ok Left 4637 147 0 0 99 0 2484 845 0 1 0 1012 Right 4393 169 0 0 99 0 2330 831 0 1 0 906 Pair Stats: considered 149, unacceptable product size 135, high end compl 3, ok 11 primer3 release 1.1.4 (primer3_results.cgi release 0.4.0) high end stab 49 57

Usando el programa el BLAST-Homepage:

LEFT PRIMER: GGCCGCGTGACATCTATTAT

Descriptions

Accession DQ077430.1 CP001644.1 CP001068.1 EZ910431.1 FP929033.1 CP001918.1 FP929038.1 CP001706.1 DQ077455.1 DQ077454.1 DQ233670.1 FN869568.1 CP002050.1 CP002013.1 FP929056.1 CP001998.1 AP011177.1 EZ387359.1 EZ225486.1 BN001306.1 BN001302.1 CP000094.2 AK335057.1 AK335040.1 AP008957.1

Sequences producing significant alignments: Max Total Description score score Desmodus rotundus voucher TK101831 fibrinogen beta 40.1 40.1 chain (Fgb) gene, partial sequence Ralstonia pickettii 12D chromosome 1, complete 34.2 60.5 sequence Ralstonia pickettii 12J chromosome 1, complete 34.2 86.7 sequence TSA: Oncorhynchus mykiss 147097.Onmycontig 32.2 32.2 mRNA sequence Bacteroides xylanisolvens XB1A draft genome 32.2 58.5 Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047, 32.2 58.5 complete genome Coprococcus catus GD/7 draft genome 32.2 58.5 Jonesia denitrificans DSM 20603, complete genome 32.2 58.5 Micronycteris brosseti voucher KU155163 fibrinogen 32.2 32.2 beta chain (Fgb) gene, partial sequence Micronycteris brosseti voucher KU155162 fibrinogen 32.2 32.2 beta chain (Fgb) gene, partial sequence Trachops cirrhosus voucher TK 18829 fibrinogen B beta 32.2 32.2 polypeptide (Fgb) gene, intron 7 and partial cds Halomonas elongata DSM 2581, complete genome 30.2 30.2 Geobacillus sp. C56-T3, complete genome 30.2 30.2 Burkholderia sp. CCGE1002 chromosome 1, complete 30.2 30.2 sequence Synergistetes sp. SGP1 draft genome 30.2 30.2 Coraliomargarita akajimensis DSM 45221, complete 30.2 56.5 genome Shewanella violacea DSS12 DNA, complete genome 30.2 30.2 TSA: Artemisia annua strain Uganda Contig3854, 30.2 30.2 mRNA sequence TSA: Artemisia annua strain Artemis Contig22497.Aylt 30.2 30.2 mRNA sequence TPA: TPA_reasm: Aspergillus nidulans FGSC A4 30.2 30.2 chromosome VI TPA: TPA_reasm: Aspergillus nidulans FGSC A4 30.2 56.5 chromosome II Pseudomonas fluorescens Pf0-1, complete genome 30.2 82.8 Triticum aestivum cDNA, clone: WT011_P08, cultivar: 30.2 30.2 Chinese Spring Triticum aestivum cDNA, clone: WT011_O08, cultivar: 30.2 30.2 Chinese Spring Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome 30.2 56.5

Query coverage 100% 85% 85% 80% 90% 100% 80% 85% 80% 80% 80% 75% 75% 75% 75% 75% 75% 75% 75% 75% 75% 85% 75% 75% 80%

E value

Max ident

Links

0.054 100% 3.4 3.4 13 13 13 13 13 13 13 13 52 52 52 52 52 52 52 52 52 52 52 52 52 52 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100%

SEGUNDO PRIMER
RIGHT PRIMER: GGCAGAGAAGGTCTTTGGTG

Sequences producing significant alignments:

Accession FJ392532.1 FJ392531.1 FJ392529.1 FJ392528.1 FJ392527.1 FJ392526.1 FJ392525.1 FJ392524.1 FJ392523.1 FJ392522.1 FJ392521.1 FJ392520.1 FJ392519.1 Description Macrotus waterhousii voucher tk27889 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Leptonycteris curasoae voucher tk45107 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga commissarisi voucher EPN067 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga commissarisi voucher tk20586 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga morenoi voucher tk43176 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga leachi voucher tk4812 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga longirostris voucher tk25150 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk14159 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk11040 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk9251 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher fmnh128676 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher fmnh128675 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk25212 fibrinogen Max score 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 Total score 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 Query coverage 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% E value Max ident Links

0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100%

Sequences producing significant alignments:

Accession Description beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk14610 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Glossophaga soricina voucher tk15194 fibrinogen beta chain gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15340 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15339 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15336 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15335 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15334 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15333 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15332 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15331 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15330 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15329 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15328 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15327 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15326 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15325 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15324 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15323 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Mormopterus sp. BBvV-2008 isolate 15322 fibrinogen beta chain (Fib) gene, intron 7 Max score 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 Total score 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 40.1 Query coverage 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% E value Max ident Links

FJ392518.1 FJ392517.1 EU487510.1 EU487509.1 EU487508.1 EU487507.1 EU487506.1 EU487505.1 EU487504.1 EU487503.1 EU487502.1 EU487501.1 EU487500.1 EU487499.1 EU487498.1 EU487497.1 EU487496.1 EU487495.1 EU487494.1

0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100% 0.054 100%

DISCUSION El anlisis ms detallado de la estructura del ADN consiste en averiguar la secuencia de nucletidos, a lo largo del tiempo se han desarrollado diferentes mtodos para obtener la secuencia de nucletidos del ADN, sin embargo, actualmente los mtodos ms utilizados son el de secuenciacin automtica y el mtodo enzimtico de terminacin de cadena de Sanger tambin conocido por el mtodo didesoxi(Lewin ,2000).

En nuestro caso trabajamos con programas que nos ayudan a obtener la secuencia de bases nitrogenadas de un segmento de ADN; para lo cual se requiere un ADN molde o segmento que se desea secuenciar; en este trabajo se utilizo la secuencia de un quirptero Desmodus rotundus para conocer la conservacin de fibrinogeno beta. Al traducir la secuencia se puede ver que existen codones stops los cuales van a ocasionar el paro en la sntesis de protenas. Los ORF son marcos de lectura , este ORF es un gen que codifica una protena , pero en algunos casos no se conocen. Los puntos finales no son ORF equivalente a los extremos del ARN mensajero ( ARNm), pero los fines de la ORF suelen ser contenidos dentro de la secuencia del mRNA. En un gen , ORF se encuentran entre el cdigo de secuencia de arranque ( codn de iniciacin ) y el cdigo de secuencia de parada (codn de terminacin). ORFs esta presente generalmente cuando se pasa a travs de fragmentos de ADN mientras intenta localizar un gen (Pierce , 2008). La existencia de un ORF, especialmente larga es un buen indicador de la presencia de un gen en la secuencia de los alrededores. En este caso, nuestro ORf no es muy larga, sin embargo esta ORF es parte de la secuencia que se traducir por el ribosomas , que ser larga, y si como nuestro ADN es de una eucariota , la ORF puede continuar por los intrones . Sin embargo, un ORFs corto tambin puede ocurrir por azar fuera de los genes. Fuera de ORFs los genes no son muy largas y terminan despus de pocos codones. Al observar los cebadores resalta que LEFT PRIMER es un buen primer puesto que es especifico para Desmodus rotundus voucher y Enterobacter cloacae , sin embargo cuando analizamos RIGHT PRIMER se nota claramente que no es especifico para la especie Desmodus rotundus ya que se encuentra en muchas otras especies, esto nos da a entender que un buen cebador o primer debe poseer una secuencia de bases complementaria a la del fragmento de ADN que se desea secuenciar, adems, este cebador procede de una regin del vector muy cercana al punto de insercin del ADN. Segn (Lodish et al,2002) un primers es un oligonucletido corto de alrededor de 20 bases de longitud necesario para que la ADN polimerasa I comience a aadir nucletidos por el extremo 3' OH. Es posible que en esta secuencia exista nucletidos didesoxi (ddATP, ddTTP, ddCTP y ddGTP) los cuales son nucletidos modificados que han perdido el grupo hidroxilo de la posicin 3' de la desoxirribosa. Estos nucletidos pueden incorporarse a la cadena de ADN naciente, pero no es posible que se una a ellos ningn otro nucletido por el extremo 3'. Por tanto, una vez incorporado un nucletido didesoxi se termina la sntesis de la cadena de ADN (Klug & Cummings, 1999). CONCLUSIONES

Se aprendi a utilizar diferentes bases de datos para obtener informacin sobre el material gentico de un organismo, sobre las secuencias de los cidos nucleicos y protenas. El mtodo utilizado nos sirvi para aplicar la base de datos gnicos en la manipulacin de distintas secuencias determinadas de nucletidos. El desarrollo de las tecnologas de la informacin de bases de datos gnicas y el conocimiento sobre los genes ayuda en el avance de investigaciones en reas de la Medicina, la Biologa y en especial en la Gentica El tratamiento de los datos genticos, constituye un elemento esencial para asegurar a ste un poder de control sobre esta informacin, ya que existe una estrecha relacin y vinculacin entre el individuo y su informacin gentica. Por lo tanto, le corresponde al investigador de los datos genticos determinar cundo pueden ser tratados y para qu fin.

BIBLIOGRAFA

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