Estimacin del nivel de susceptibilidad a Phytophthora infestans en genotipos de papa

Jorge Andrade-Piedra, Peter Kromann, Arturo Taipe, Gregory Forbes Centro Internacional de la Papa

Quito, 23 de marzo del 2010

1. Teora

Problema. En general no existe un sistema estandarizado para medir el grado de resistencia a Phytophthora infestans en genotipos de papa. La prctica comn es clasificar a los genotipos en resistentes, moderadamente resistentes o susceptibles. Esta clasificacin puede ser til en ciertos casos, pero es muy limitada para comparar genotipos en diferentes ambientes y para obtener informacin para manejo de fungicidas. El rea debajo de la curva de progreso de la enfermedad (AUDPC por su sigla en ingls), que es usada comnmente para evaluar epidemias de tizn tardo, no puede ser usada per se para comparar genotipos en varios ambientes. Adicionalmente, sus unidades no son fcilmente interpretables (p.e., AUDPC = 2043).

Solucin propuesta. Recientemente se ha propuesto una escala para clasificar a genotipos de papa de acuerdo a su susceptibilidad a P. infestans (Yuen y Forbes, 2009). Esta escala consiste de manera simple es una estandarizacin y un re-escalamiento del AUDPC.

Aplicacin de la escala para datos de AUDPC. Hay dos formas de aplicar la escala: usando una variedad susceptible estndar, o dos variedades susceptibles estndar. Ambas formas generan resultados similares y la segunda (es decir, usando una sola variedad) es ms simple, por lo que aqu se describe solo esta forma. El objetivo de este proceso es generar una escala de valores crecientes de susceptibilidad que vara entre 0 y 10. En teora el lmite superior puede ser mayor, aunque en la prctica probablemente no supere 8 o 9 (Figura 1).

Susceptibility 8 7 6 5 4 3 2 1 Bintje Alpha, Eigenheimer Record Robijn, Seseni Cruza 148 AUDPC

Fig. 1. Valores de escala para siete variedades de papa que difieren en su nivel de susceptibilidad a Phytophthora infestans (Yuen y Forbes, 2009).

Paso 1. Asigne un valor de la escala a una variedad estndar susceptible. En el estudio original de Yuen y Forbes (2009), a la variedad susceptible fue Bintje se le asign un valor de 8 y consideramos que este valor es un buen valor estimado para variedades susceptibles. Este valor puede ser ajustado y refinado en el futuro, Sin embargo, el valor exacto de un cultivar susceptible no es crtico y valores entre 7 y 9 darn resultados aceptables, sobre todo para las variedades resistentes.

Paso 2. Calcule los valores de escala para los otros genotipos usando la Ecuacin 1.

Sx = Sy

Dx Dy

Ecuacin 1

Donde: Sx: valor de la escala para el genotipo objetivo, Sy: valor de la escala para la variedad susceptible estndar, Dx: AUDPC observado para el genotipo objetivo, Dy: AUDPC observado para la variedad susceptible estndar.

En resumen, se multiplica el valor de la escala de la variedad susceptible estndar para el cociente de la divisin entre el AUDPC del genotipo objetivo y el AUDPC de la variedad susceptible estndar. Alternativamente se puede realizar una regresin del valor de AUDPC sobre el valor de escala del cultivar susceptible estndar con intercepto = 0. El valor de escala del genotipo objetivo es el resultado de multiplicar su AUDPC por la pendiente de la ecuacin de regresin.

Ejemplo. A una variedad susceptible estndar con un AUDPC de 4000 se le asign un valor de escala de 8. Un genotipo objetivo tiene un AUDPC de 3000. El valor de escala de este genotipo es 8 x (3000 / 4000) = 6. Usando regresin, 0.002 x 3000 = 6 (Figura 2)

9 8 Susceptibilidad 7 6 5 4 3 2 1 0 0

y = 0.002x

Variedad susceptible estndar

Genotipo objetivo

1000

2000 AUDPC

3000

4000

5000

Ventajas. El uso de esta escala permite lo siguiente:

Entender, comunicar e interpretar de mejor manera el nivel de susceptibilidad de una variedad. Es ms fcil entender que una variedad es susceptible cuando tiene valores cercanos a 10, que cuando se expresa su susceptibilidad en valores de AUDPC. Realizar clculos estadsticos como media, desviacin estndar, anlisis de variancia, etc. Permite elaborar hiptesis sobre interacciones de experimento x variedad, causadas por interacciones planta-patgeno, falta de adaptacin de la variedad a ciertas localidades y error humano.

Perspectivas. CIP est haciendo esfuerzos a nivel mundial para compartir y entrenar a sus socios en el uso de esta escala. Sin embargo, para que esta escala tenga xito es necesario utilizar al menos una variedad susceptible estndar a nivel regional, lo que permitir que los datos de susceptibilidad de los genotipos de papa sean comparables entre pases.

4 2. Prctica

Materiales

Computadora con Excel. Datos de 27 epidemias de Per y Ecuador (Andrade-Piedra et al. 2005a, 2005b).

Procedimiento 1. Calcule valores de escala. Usando el archivo Excel adjunto, dentro de cada experimento calcule los valores de escala de las siguientes variedades: Amarilis, Bolona, Catalina, Uvilla y Yungay. Utilice como referencia las variedades susceptibles Tomasa (para Per, valor de escala = 8) y Gabriela (para Ecuador, valor de escala = 8).

Epidemia 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27

Pas PE PE PE PE PE PE PE PE PE PE PE PE EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC EC

Ao 1999 1999 1999 1999 1999 1999 2000 2000 2000 2000 2000 2000 1997 1997 1997 1997 1997 1997 1998 1998 1998 1998 1998 1998 1998 1998 1998

Localidad Comas Comas Comas Oxapampa Oxapampa Oxapampa Huancayo Huancayo Huancayo Oxapampa Oxapampa Oxapampa Cutuglahua Cutuglahua Cutuglahua La Tola La Tola La Tola Cutuglahua Cutuglahua Cutuglahua La Tola La Tola La Tola Pinantura Pinantura Pinantura

Experimento 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 5 5 5 6 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 9

Variedad Amarilis Tomasa Yungay Amarilis Tomasa Yungay Amarilis Tomasa Yungay Amarilis Tomasa Yungay Bolona Catalina Gabriela Bolona Catalina Gabriela Catalina Gabriela Uvilla Catalina Gabriela Uvilla Catalina Gabriela Uvilla

AUDPC 5976 7858 8392 6980 8185 10230 335 7951 3984 8254 8888 8670 1789 782 1535 2158 925 2028 3406 4518 3098 2938 4242 4229 2516 3824 3564

Escala ? 8 ? ? 8 ? ? 8 ? ? 8 ? ? ? 8 ? ? 8 ? 8 ? ? 8 ? ? 8 ?

5 2. Grafique los valores de escala de las variedades Amarilis, Bolona, Catalina, Uvilla y Yungay. Para ello realice lo siguiente:

Copie la tabla anterior y pguela usando la opcin Paste special/Values. Borre los datos de Gabriela y Tomasa. Ordene los datos de acuerdo a variedades (opcin Data/Sort). Incluya una columna adicional (# Variedad) y asigne un nmero a cada variedad: 1. Amarilis; 2. Bolona; 3. Catalina; 4. Uvilla; y 5. Yungay. Grafique los datos de escala (eje y) y los datos de nmero de variedad (eje x). Use un tipo de grfico XY.

12

10

8 Escala

6 4 2

AUDPC

0 0

3 Variedad

3. Resuma la informacin. Prepare la siguiente tabla con los valores de escala:

Variedad 1. 2. 3. 4. 5. Amarilis Bolona Catalina Uvilla Yungay

No. epidemias

Media

Coeficiente de variacin*

* Desviacin estndar expresada como proporcin de la media.

4. Analice la informacin y saque conclusiones. Conteste las siguientes preguntas: a) Por qu Amarilis tiene un coeficiente de variacin tan alto? b) Por qu Catalina tiene un coeficiente de variacin relativamente bajo?

6 c) Qu tan confiable es la informacin de Bolona, considerando que hay datos de 2 epidemias? d) Que concluye del ejercicio?

Quiere conocer ms? Visite el sitio Web de GILB (Global Initiative on Late Blight). Hay dos ejercicios complementarios al tema de esta prctica: Consideraciones prcticas para evaluar tizn tardo: http://gilb.cip.cgiar.org/research/lb-training-tools-researcher/consideracionespracticas-para-estimar-la-severidad-de-tizon-tardio-en-follaje-de-papa-bajocondiciones-de-campo/ Resumiendo la enfermedad: http://gilb.cip.cgiar.org/research/lb-training-tools-researcher/resumiendo-laenfermedad/

Referencias Andrade-Piedra, J. L., Hijmans, R. J., Jurez, H. S., Forbes, G. A., Shtienberg, D., and Fry, W. E. 2005a. Simulation of potato late blight in the Andes. II: Validation of the LATEBLIGHT model. Phytopathology 95:1200-1208. Andrade-Piedra, J. L., Forbes, G. A., Shtienberg, D., Grnwald, N. J., Chacn, M. G., Taipe, M. V. Hijmans, R. J., and Fry, W. E. 2005b. Qualification of a plant disease model: Performance of the LATEBLIGHT model across a broad range of environments. Phytopathology 95:1412-1422. Yuen J.E. and Forbes G.A. (2009) Estimating the level of susceptibility to Phytophthora infestans in potato genotypes. Phytopathology 99: 783-786.

7 Respuestas a) Por qu Amarilis tiene un coeficiente de variacin tan alto? Existe un dato (# 3) en el que se ha dado una interaccin experimento x variedad. La variedad se comport como mucho menos susceptible de lo que se observa en otros experimentos. b) Por qu Catalina tiene un coeficiente de variacin relativamente bajo? Es una variedad que se comport de manera similar en varios experimentos y por lo tanto sus valores de escala son similares entre experimentos. c) Qu tan confiable es la informacin de Bolona, considerando que hay datos de 2 epidemias? No es muy confiable, muy pocos datos. Lo ideal sera tener datos de al menos 3 experimentos. Sin embargo, este nmero depende sobre todo de la naturaleza de la variedad. Hemos visto que hasta ahora las susceptibles son bastante consistentes siempre susceptibles. Sin embargo, susceptibles con genes mayores (como la variedad Esperanza) podran dar sorpresas si no han sido cultivado por varios aos. d) Qu concluye del ejercicio? Es una metodologa sencilla, que permite clasificar a genotipos de papa de acuerdo a su nivel de susceptibilidad a P. infestans. Adems permite identificar interacciones de experimento x variedad. Tericamente es independiente del efecto del experimento, siempre cuando el control susceptible da una reaccin consistente.