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Replicacin en Procariotas
DNA Polimerasas
Las DNA polimerasas son las enzimas encargadas de la sntesis de DNA. Hay 5 DNA polimerasas distintas nombradas con nmeros romanos segn el orden de descubrimiento. La I y la III participan en la replicacin. La I, II, IV y V en procesos de reparacin. Se caracterizan porque necesitan un molde, es decir un fragmento de cadena abierta sencilla a la que va aadiendo nucletidos segn la regla de apareamiento de bases. La enzima no es capaz de iniciar cadena, todas requieren un cebador, que es un fragmento de cadena polinucleotdica, complementaria con el extremo del molde, 3con el OH libre, para aadir nucletidos a esta cadena en 53. El cebador puede ser DNA o RNA, permitiendo que se inicien cadenas con RNA y se terminen con DNA. El extremo 3 libre se llama extremo cebador. El proceso de crecimiento de la cadena polinucleotdica necesita la presencia de magnesio, uno que va a estar unido a la enzima (metaloenzimas) y otro unido a los nucletidos (dNTP , 3 fosfatos, el ms cercano a la ribosa alfa beta y gamma, pueden formar complejos con cationes divalentes como el magnesio). La enzima cataliza el ataque nucleoflico del hidroxilo libre del cebador de la cadena en crecimiento, sobre el tomo de fosforo de la posicin alfa del nucletido entrante. Se libera pirofosfato del nucletido entrante y se forma un nuevo enlace fosfodiester. En principio la reaccin casi no produce variacin de energa libre. El pirofosfato que se produce en las clulas enseguida se hidroliza por las pirofosfatasas para dar dos molculas de fosfato y esta reaccin si que tiene una variacin de energa libre de aproximadamente 7kcal/mol. El pirofosfato transcurre por tanto en el proceso de sntesis debido a esto. Las cadenas crecen por lo tanto por el extremo 3' y a una velocidad que depende mucho de las polimerasas. PPi Pirofosfatasa 2Pi AG= -7 Kcal/mol
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La polimerizacin est catalizada por un solo centro activo, al que puede entrar cualquier dNTP (desoxinucletido), pero solo se formar un enlace fosfodiester, es decir solo actuar la enzima cuando el nucletido que entre sea complementario con el molde. Esto se debe a las dos conformaciones de la enzima; una abierta inactiva donde puede entrar cualquier dNTP, que produce una modificacin a una conformacin cerrada, que solo se produce cuando el desoxinucletido que ha entrado es complementario con el de la molde siendo el apareamiento perfecto. Si no se llega a esta forma cerrada no se producir apareamiento y no habr actividad. Es decir la forma cerrada es la forma activa. Las DNA polimerasas presentan progresividad, es decir pueden realizar varias reacciones consecutivas, antes de separarse del sustrato. La I presenta un progresividad de 20-30 nucletidos y la III de 500.000 nucletidos es decir de casi todo el proceso de replicacin. Adems de la actividad polimerasa presenta una actividad exonucleasa 35que permite la eliminacin de nucletidos errneos (a veces tambin los correctos). Se dice que tiene un sistema de correccin a prueba de fallos. Esta actividad est presente en un centro activo distinto a la actividad polimerasa. Cuando se aade un nucletido incorrecto, la polimerasa va hacer pasar la zona de doble cadena por un estrechamiento de manera que va a comprobar la disposicin de los nucletidos y si esta es correcta, si es incorrecta, retroceder, colocndose en el centro activo de actividad exonucleasa, eliminando el nucletido mal incorporado. Hay veces que elimina incluso los que estn bien apareados. Por cada 10 nucletidos con actividad polimerasa, se elimina 1 por actividad exonucleasa. Esto le sale caro a la clula pero a cambio la fidelidad es muy alta.
-DNA pol I Es una enzima pequea que esta formada por una sola cadena polinucleotdica, de aproximadamente unos 100000 Daltons, pero tiene dos dominios estructurales fcilmente separables cuando tratamos con proteasas. En el dominio grande (fragmento Klenow), presenta actividad polimerasa en un lado y exonucleasa 35 en el otro. En el dominio pequeo tiene actividad exonucleasa 53importante durante el proceso de replicacin, es capaz de quitar nucletidos al cebador por el lado contrario, por el extremo 5' del cebador. La exonucleasa 5' 3' est activa Pgina 3 de 14
Replisoma
Tiene 2 anillos , uno cada ncleo, formado por 2 subunidades que forman entre las dos un anillo por el que puede pasar un dplex (doble hlice) formado por DNA molde y DNA cebador. Tambin tienen un complejo gamma-tau (-), que es un complejo cargador del anillo. Su misin es abrir las dos subunidades , meter en su interior el DNA y luego cerrarlo. Mediante un proceso que consume ATP. Pasando el anillo al ncleo una vez cargado. En este complejo, las se encargan de mantener unido el holoenzima, ya que cada una de ellas est unida a un ncleo y tambin le van a servir para unirse a la helicasa en el replisoma.
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-Las helicasas son enzimas encargadas de separar las dos hebras de DNA para que se copie cada DNA, se unen a una de las hebras de DNA parental. Hay helicasas de distinto tipo: Helicasas se mueven en direccin 53. Helicasas que lo hacen en 35. En la replicacin acta helicasa DNA B de tipo 53 que se une al molde y se mover en esta direccin, en la horquilla estar unida al molde de la cadena rezagada. La helicasa DNA B est formada por 6 unidades idnticas, y entre ellas tiene un hueco, donde cabe una cadena sencilla de DNA, la enzima encargada de abrir el anillo y meter el DNA es la DNA C. Otras enzimas que participan en la replicacin son las topoisomerasas. -La topoisomerasa es la enzima encargada de deshacer los superenrollamientos. Durante la replicacin en procariotas actan 2 topoisomerasas: Topoisomerasa II o DNA girasa que quita los superenrollamientos por delante de la horquilla de replicacin. Topoisomerasa IV que acta al final de la replicacin, provocando la descatenacin final entra las finalizadas dobles cadenas hijas. Cambia 2 unidades el n de enlace cada vez que acta. Otra enzima que acta durante la replicacin es SSB. -La SSB (single strand binding) es un tetrmero formado por 3 subunidades idnticas que se unen al DNA de cadena sencilla para impedir que las dos cadenas de la horquilla se asocien de nuevo para formar la doble hlice. Ocupa una zona de 25-30 nucletidos. - Protena DNA G o DNA polimerasa primasa: es la encargada de la sntesis de cebadores de RNA. Tanto de las de cadena conductora como de los cebadores de los fragmentos de Okazaki en la rezagada. La DNA G es capaz de comenzar cadena, sintetiza unos fragmentos cortos de RNA de 5-12 nucletidos utilizando al DNA como molde. Trabaja en direccin 53. Solo est activa en la horquilla de replicacin cuando se encuentra unida a la helicasa DNA B. Como llevan movimiento opuesto, el tiempo que permanecen unidas es muy corto, por lo que puede ser el motivo de que los fragmentos de DNA sean tan cortos. Todas ests protenas se encuentran juntas en la horquilla de replicacin, formando el replisoma. -La DNA ligasa, que a pesar de no encontrarse en el replisoma, interviene en la replicacin, sellando los huecos entre los fragmentos de Okazaki y mellas en el DNA donde falta un en lace fosfodiester. La enzima activa el extremo 5' fosfato de uno de los fragmentos de Okazaki para que el hidroxilo pueda atacar al fosfato. Pgina 5 de 14
II.
III. IV.
El inicio de replicacin est regulado para que tenga una sola vez por ciclo celular. Y para ese control lo que va a hacer es controlar la fase de inicio, y la puede controlar a varios niveles: -Un modo de control es la relacin ATP/ADP, solo cuando est relacin es alta se va a producir la replicacin. Cuando el ATP es alto, significa que la clula ha crecido suficiente y presenta altos niveles de nutrientes para poder producirse la replicacin. La replicacin se producir cuando el DNA A tiene ATP unido. -Otra manera de regulacin es el control de la cantidad de DNA libre. El cromosoma eucariota tiene una secuencia Dat A que puede unir un gran nmero de molculas de DNA A de manera que cuando el DNA A se replica Dat A se duplica, pudiendo secuestrar gran cantidad de molculas de DNA libre (baja DNA A libre) no producindose ms replicacin. -Otro tipo, es la metilacin. Antes de que se produzca la replicacin, la zona de Ori C es intensamente metilada por una metilasa (metilasa Dam). Cuando el DNA se replica o est a medio replicarse la zona de OriC est semimetilada, tiene metilada la cadena de DNA metilada, pero no la cadena nueva. Esas secuencias de OriC semimetiladas son reconocidas por unas protenas denominadas SeqA que lo que hacen es unirse a OriC y secuestrar de alguna manera OriC.
Replicacin Eucariota
El proceso de replicacin en eucariotas en s es parecido al de procariotas aunque se complica porque hay mayor cantidad de DNA. Las DNA polimerasas en el ncleo de la eucariota son 12 o 13. Pgina 8 de 14
En la replicacin van a participar: -La DNA pol , que es un tetrmero (4 subunidades), las de mayor tamao tienen actividad polimerasas 53, y la ms pequea, actividad primasa de RNA pol, es decir sintetiza cebadores extendidos de unos 12 nucletidos de RNA y luego sigue aadiendo 20 nucletidos de DNA por su actividad polimerasa. No tiene actividad exonucleasa. La DNA alfa sintetiza tanto cadena rezagada como conductora. -La DNA pol (delta), es un tetrmero con actividad polimerasa 53y exonucleasa 35.Encargada de la sntesis de la cadena rezagada, aunque tambin puede encargarse de la sntesis de la cadena conductora. -La DNA pol , tiene actividad polimerasa 53, exonucleasa 35y 53. Es la encargada de la sntesis de la cadena conductora. Es la nica con las 3 actividades de la DNA pol I de procariotas. Tanto la como la , cuando se aslan se ven asociadas se ven asociadas a una protena denominada PCNA (antgeno nuclear en clulas en proliferacin). Tiene 3 subunidades idnticas en forma de anillo . La encargada para abrir el anillo y meter el DNA es la protena factor de replicacin C,RFC (equivalente a - de DNA pol III) Otra enzima encargada e la replicacin pero que no est en el ncleo si no en las mitocondrias, es la DNA pol (ganma), encargada de la replicacin de DNA mitocondrial. Otras como el complejo MCM tambin participa en la replicacin, con actividad equivalente a helicasa. RPA (factor replicacin A) equivalente a SSB, es decir se unir a cadenas de DNA sencillas de la horquilla para que no se vuelvan a unir.
Orgenes de replicacin
El origen de replicacin, a diferencia de las procariotas tiene varios, de 3-300kb. Llamndose replicn al segmento de DNA que se replica a partir de un origen. La replicacin comienza en el origen y transcurre bidireccionalmente hasta que se encuentra con la burbuja de replicacin contigua. Otra de las caractersticas, es que los orgenes no se activan simultneamente, sino que se activan grupos de replicones adyacentes, permitiendo que la replicacin transcurra en menos tiempo. Las eucariotas no presentan una secuencia consenso conocida, nicamente en levaduras se encuentra una secuencia de 11pb que se repite en los distinto orgenes de repliacin, denominada ars (secuencia de replicacin autnoma) Los orgenes de replicacin son reconocidos por complejos ORC (complejo origen de replicacin) Pgina 9 de 14
El inicio de replicacin va estar regulado para que se de 1 vez por ciclo celular, gracias a la existencia de un interruptor binario, de manera que durante fase G1 se va a formar un complejo pre-replicativo inactivo incapaz de comenzar la replicacin. Cuando la clula entra en fase S (previa a divisin celular) el complejo se activa. En la formacin del complejo prereplicativo tiene lugar: I. II. El complejo ORC se une al origen de replicacin. Despus unos factores de inicio ayudan a la entrada de 2 unidades de helicasa MCM que se une a dobles cadenas y se encuentra inactiva. Este sera el complejo prereplicativo. Cuando entra en fases S se activan unas proteinquinasas(que fosforilan a las protenas) dependientes de cilcinas (protienas que se sintetizan en las distintas etapas del ciclo celular). Es un dmero. Esas proteinquinasas dependientes de ciclinas fosforilan a distintos componentes del complejo prereplicativo, lo que provoca la salida de alguno de los componentes del complejo y la reestructuracin de la helicasa para que ahora albergue nicamente a una cadena monocatenaria en su interior. No se sabe muy bien cmo tienen lugar esa separacin de las dos hebras y que la helicasa pase de tener dos cadenas a tener solo una. Una vez separadas las dos cadenas, entraran las protenas que mantienen las dos hebras separadas, RPA y la DNA pol , una para cada hebra. Que sintetizarn un cebador extendido con DNA. Posteriormente, entran dos complejos PCNA-RFC, lo que va a hacer el anillo que el anillo de PCNA se una al cebador provocando la salida de la DNA pol y la entrada de la DNA pol y de la DNA pol , una encargada de la sntesis de la cadena conductora y otra de la rezagada respectivamente.
III.
IV.
V.
Parece que en eucariotas todas estas protenas se encuentran asociadas, formando un replisoma eucaritico. En determinadas circunstancias, la DNA polimerasa delta, si no est presente la DNA polimerasa psilon, se encarga de la sntesis de la cadena conductora y de la cadena rezagada.
Los extremos de los cromosomas de los eucariotas contienen miles de repeticiones en tndem de una secuencia rica en guanina denominada secuencia telomrica, miles de repeticiones de secuencia pero siempre hay un trozo de cadena sencilla. La responsable de que exista esa secuencia es una enzima denominada telomerasa que aade la secuencia telomrica al extemo 3' del telmero. La telomerasa es una ribonucleoprotena, enzima que tiene, por tanto, un trozo de RNA. Parte de ese RNA acta como molde para la sntesis de la secuencia telomrica, de manera que tiene un reaccin de tipo transcriptasa inversa. Pgina 11 de 14
Lo que ocurre es que la enzima se coloca sobre el extremo 3' del telmero y utilizando como molde su RNA, sintetiza la secuencia telomrica, cuando termina se vuelve a desplazar al extremo 3', as una vez tras otra, va aadiendo la secuencia telomrica. La secuencia complementaria a la telomrica es sintetizada por la maquinaria propia de la clula (DNA pol), pero siempre quedar una zona de cadena sencilla. En los eucariotas inferiores a esa zona de cadena sencilla se van a unir una serie de protenas para proteger el DNA, que es mas fcil de hidrolizar. En los eucariotas superiores, se forma lo que se denomina un lazo T, en los que la cadena sencilla se aparea con un segmento, con un trozo del propio DNA. El estudio de los telmeros est muy de moda porque est muy relacionado con el cncer y con el envejecimiento. Su descubrimiento es relativamente reciente Se sabe que la telomerasa slo esta presente en clulas de la lnea germinal y en los tejidos fetales pero est ausente en los tejidos de los adultos, a excepcin de la piel, el colon, las clulas sanguneas, clulas que se tienen que dividir con mucha frecuencia. De manera que cuando nacemos, nuestras clulas tienen un determinado numero de secuencias telomricas y divisin tras divisin se van acortando los telmeros, de manera que Pgina 12 de 14
El 85-90% de los tumores tienen actividad telomerasa, lo que hace a las clulas inmortales.
En los retrovirus, como por ejemplo el del SIDA, la molcula de RNA es un RNA bicatenario y junto con el RNA entra una enzima denominada transcriptasa inversa, esta enzima no est presente en las clulas eucariotas, tiene que entrar junto al virus, utiliza como molde el RNA y fabrica a partir de RNA DNA que se insertar dentro del genoma de la clula hospedadora y desde ah ser transcrito como si fuese un gen de la propia clula hospedadora.
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