> Innovations gntiques

et volution

Squence 3-SN02

105

Introduction Chapitre 1

.........................................................................................................................................................................

109

> Les innovations gntiques

A

......................................................................

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Du polymorphisme des protines au polymorphisme gnique

La diversit biologique lchelle des protines Rappel : la notion dallle Limportance de la variabilit gntique des organismes

Les mutations, source dinnovation gntique

Rappel : la notion de mutation Lorigine des mutations Les diffrents types de mutations La cration dallles dun mme gne Les consquences phnotypiques des mutations

Une forme de complexification du gnome : les familles multigniques

La famille des globines humaines Limportance et la varit des duplications gniques

Chapitre 2

> Les relations entre mcanismes de lvolution

et gntique
A
.......................................................................................................................

126

Lavantage slectif de certaines mutations

Un exemple remarquable dadaptation au milieu : la Phalne du Bouleau La slection naturelle privilgie certaines innovations gntiques

Les mutations neutres

Rappel : le polymorphisme biochimique Les mutations neutres : mutations non dterminantes pour lvolution

Les consquences volutives des mutations portant sur les gnes du dveloppement
Les gnes de dveloppement Lhtrochronie, consquence de mutations de gnes du dveloppement

Conclusion Corrig des activits autocorrectives

........................................................................

138

Sommaire squence 3-SN02

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ntroduction
Les Acquis
La vie est apparue sur Terre, il y a environ 4 milliards dannes. Au cours des temps gologiques, faunes et flores se sont succd, se modifiant sans cesse et colonisant progressivement tous les milieux possibles mmes les plus hostiles. Ltat actuel du monde vivant rsulte de lvolution qui peut tre dfini dans un premier temps comme lensemble des transformations qui a affect les diffrentes formes de vie depuis son origine. Cependant les tres vivants, bien que diversifis, partagent toujours des proprits communes (structures cellulaires, ADN, modalits de la rplication et de lexpression des gnes, code gntique). Ces proprits attestent dune origine commune, cest dire dun lien de parent entre toutes les espces actuelles et fossiles. Lvolution biologique peut alors se dfinir comme une source dinnovations lorigine des phylognies (histoire volutive des lignes dorganismes, des anctres aux descendants).

Problmes scientifiques
Les mcanismes de lvolution sont rechercher travers les mcanismes produisant et conservant linnovation au sein du monde vivant. Ces innovations peuvent se manifester plusieurs niveaux : Au niveau morphologique : par exemple, lacquisition de la bipdie chez les Hominids (voir squence 1). Au niveau physiologique : par exemple, lacquisition de lhomothermie (temprature interne constante) chez les oiseaux et les mammifres. Au niveau comportemental : par exemple, les modifications des comportements alimentaires ou bien lapparition du langage chez les Hominids. travers ces exemples, il est clair que linnovation sexprime au niveau du phnotype des individus dune espce donne et ne peut se conserver que si elle touche au gnotype associ. Linnovation ne peut tre alors que gntique. Nous rechercherons dans cette squence prciser les principaux mcanismes gntiques qui dterminent l volution des tres vivants et tablir les conditions qui peuvent influer sur la conservation des innovations apparues.

Activit autocorrective n 1

Connaissez-vous un mcanisme provoquant lapparition de nouveaux gnotypes au sein dune population donne ? La reproduction sexue, tudie dans la squence 2, est-elle un mcanisme source dinnovation gntique chez les tres vivants ?

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Les innovations gntiques

A Du polymorphisme des protines au polymorphisme des gnes
La diversit biologique lchelle des protines
Le polymorphisme au sein dune espce (ou polymorphisme intraspcifique) peut tre de nos jours tudi plus finement, au niveau mme des protines et des enzymes, grce la technique de l'lectrophorse. Lors d'une lectrophorse (document 1), les protines sont soumises l'action d'un champ lectrique et migrent vers l'anode ou la cathode selon leurs charges. Si les protines diffrent entre elles par leur charges, mais aussi dans une certaine mesure par leur taille et leur structure, leur mobilit lectrophortique sera diffrente et on pourra ainsi les distinguer.

Document 1

Llectrophorse sur gel

LLECTROPHORSE SUR GEL est une mthode qui permet dvaluer limportance de la variabilit gntique dans les populations naturelles grce lexamen des variants protiques des divers individus. Dans un premier temps, on prlve un chantillon de tissu de chaque organisme et on en extrait les protines ; chaque extrait protique est ensuite dispos sur un gel damidon, dagar ou de polyacrylamide. Puis on fait passer un courant dans le gel pendant plusieurs heures ; chacune des protines de lchantillon migre alors travers le gel selon une direction et une vitesse qui dpendent de sa charge lectrique et de son poids molculaire. Au terme de la migration, on recouvre lensemble du gel dune solution contenant le substrat spcifique de lenzyme tudie et un ractif color. Lenzyme prsente dans le gel catalyse la conversion du substrat en un produit qui se combine avec le ractif pour donner une bande de couleur lendroit o la protine a migr. Comme les divers allles dune mme enzyme diffrent par leur structure molculaire et par leur charge (et ont par consquent des mobilits diffrentes dans un champs lectrique), il est possible de visualiser, pour chaque individu, la composition gntique du locus qui code pour une enzyme donne, daprs le nombre et la position des bandes lectrophortiques. Toutes les tudes par lectrophorse des protines de diffrents tissus animaux ou vgtaux d'individus de la mme espce concordent et rvlent l'existence d'isoenzymes (ou isozymes) c'est--dire de diffrentes formes molculaires de protines de mme spcificit enzymatique. Une mme protine peut donc, au sein d'une population d'individus de la mme espce, exister sous plusieurs formes ou phnotypes molculaires (document 2).
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Document 2

Un exemple de gel lectrophortique

Ce gel lectrophortique a t color par la malate-dshydrognase, enzyme qui intervient dans le mtabolisme respiratoire. Cette enzyme est constitue de deux chanes polypeptidiques qui se combinent spontanment aprs leur synthse. Ce gel reprsente les migrations respectives de cette enzyme chez 22 mouches appartenant lespce Drosophila equinoxialis. Plusieurs phnotypes apparaissent dans cette exprience : une protine migration rapide (dsigne par RR = deux chanes R), une protine migration lente (dsigne par LL = deux chanes L) et une protine de migration intermdiaire (dsigne par RL = une chane R et une chane L). Selon les individus, une seule enzyme est fabrique ou bien les trois. On parle alors disoenzymes.

Rappel : la notion d'allle

Un mme gne peut exister sous diffrentes formes ou versions appels allles ou gnes allles. Les allles d'un mme gne sont des squences d'ADN portes par le mme chromosome et occupent le mme locus (emplacement donn) sur ce chromosome. Les tres vivants tant dans leur grande majorit diplodes, c'est dire possdant 2n chromosomes (voir squence 2), chaque gne existe en deux exemplaires chez ces individus, un exemplaire sur chaque chromosome homologue. Autrement dit, chaque individu possde deux allles de chaque gne. Si ces deux allles sont identiques, l'individu est qualifi d'homozygote. Par contre, si les deux allles sont diffrents, l'individu est htrozygote.

L'importance de la variabilit gntique des organismes

a) Un exemple de polymorphisme alllique : le systme ABO des groupes sanguins
Dans une grande population, on peut constater lexistence de plusieurs allles un locus donn, chaque individu nen possdant que deux. On parle de polyalllisme. tudions lexemple des groupes sanguins. Le groupe sanguin est un caractre qui participe la dfinition du phnotype dun individu. Une carte de groupe sanguin porte plusieurs mentions. Elle indique en particulier lappartenance lun des quatre groupes A, B, O ou AB. Les groupes sanguins correspondent la prsence ou labsence de certaines molcules appeles marqueurs la surface des hmaties. Le systme ABO est le principal systme de marquage des globules rouges mais il en existe dautres comme le systme Rhsus par exemple. La synthse des marqueurs du systme ABO se fait par tapes. La dernire tape est catalyse par une enzyme code par un gne situ sur le chromosome 9. Il existe plusieurs allles de ce gne : - lallle A code pour une enzyme A qui catalyse la synthse du marqueur A - lallle B code pour une enzyme B qui catalyse la synthse du marqueur B - lallle O ne code pas pour une enzyme fonctionnelle de sorte quil ny a pas dans ce cas de synthse de marqueur spcifique. Un individu du groupe sanguin A possde le marqueur A ce qui signifie quil possde soit deux fois lallle A, ou bien lallle A et lallle O (rappel : tout individu diplode possde deux allles de chacun de ces gnes). De mme un individu du groupe sanguin B possde le marqueur B ce qui signifie quil possde soit deux fois lallle B soit lallle B et lallle O.

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Un individu du groupe AB possde en mlange sur ces hmaties les marqueurs A et B, ce qui signifie quil dtient les allles A et B du gne. Quant lindividu O, il ne possde aucun marqueur sur ses hmaties, il ne peut donc dtenir que lallle O du gne. Document 3 Un exemple de polymorphisme : le systme des groupes sanguins ABO

Rpartition des groupes sanguins du systme ABO dans diffrentes populations humaines
Population O Amrindiens Aborignes Basques Franais Pygmes Hindous 98,5 48,1 57,2 39,8 30,6 29,2 Groupes sanguins (%) A 1,5 51,9 41,7 42,3 30,3 26,8 B 0 0 1,1 11,8 29,1 34,0 AB 0 0 0 6,1 10,0 10,0

Frquence (en %) des allles A, B et O dans diffrentes populations

Allle A Indiens (Mexique) Franais Chinois Russes Pygmes Hindous Sudois 12,5 27,8 22,0 25,0 22,7 20,6 30,7 Allle B 0 8,8 20,1 18,5 21,9 25,4 7,4 Allle O 87,5 63,4 57,9 56,5 55,4 54,0 61,9

Les tableaux du document 3 montrent que la frquence des groupes sanguins dans les populations humaines est lie la frquence des diffrents allles du gne dans ces populations. On remarque que chaque population est caractrise par une rpartition des allles spcifiques.

b) Notions de gnes polyallliques et de gnes polymorphes

Pour beaucoup de gnes, il existe un nombre plus ou moins grand dallles : ces gnes sont qualifis de gne polyallliques (exemple : le gne qui code pour la globine : 476 allles connus ce jour). La plupart du temps, un allle est prsent une frquence beaucoup plus leve que les autres allles du mme gne, on le considre alors comme lallle normal (allle de rfrence). Un gne est dit polymorphe quand il prsente au moins deux allles dont le plus rare est prsent dans plus de 1 % de la population. Le gne ABO des groupes sanguins est donc bien un gne polymorphe daprs les tableaux du document 3. Ce nest pas le cas de tous les gnes polyallliques. Prenons lexemple du gne qui code pour lhormone hypophysaire LH. On connat 4 allles de ce gne mais la frquence de lallle normal est de 99,99 %, les 3 autres allles ne sont prsents qu 0,01 %. Ce gne nest donc pas polymorphe. La variabilit gntique des vertbrs est trs importante : 30 % des protines sont variables et les individus sont en moyenne htrozygotes pour 6 % de leurs gnes. Les invertbrs ainsi que les plantes sont encore plus polymorphes avec des valeurs de leurs htrozygoties de l'ordre de 15 17 %.

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Activit autocorrective n 2

D'aprs ce qui vient d'tre dit et vos connaissances sur les protines et le mcanisme de leur synthse dans la cellule, expliquez l'origine des trois formes de l'enzyme malate dshydrognase (document 2).

Activit autocorrective n 3

Calculez partir du tableau du document 4 et du document 5, le nombre de gnotypes diffrents pour chacun des gnes du complexe CMH. Les gnes du complexe CMH sont situs sur le mme chromosome : valuez le nombre dassociations diffrentes dallles de ces 6 gnes sur le chromosome. Chaque gne tant reprsent par 2 allles situs sur les 2 chromosomes homologues, calculez le nombre de moi biologique ou nombre de gnotypes diffrents du complexe HLA. Comparez ce rsultat leffectif de lhumanit : quen dduisez-vous ?

Document 4

Les marqueurs didentit de lindividu sont, lchelle des cellules, reprsents par des glycoprotines membranaires. Ces molcules sont les produits dexpression des gnes du complexe majeur dhistocompatibilit (CMH) : ce systme est trs polymorphe.

Dans lespce humaine, le complexe majeur dhistocompatibilit (CMH) est situ sur le bras court du chromosome 6. Il comporte six gnes appels HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DR, HLA-DP, HLA-DQ. Chacun de ces gnes prsente un grand nombre dallles.
Gnes nombre dallles (n) HLA-A 25 B 50 C 10 DR 45 DP 10 DQ 6

Chacun des diffrents allles des gnes HLA-A, -B, -C code pour une chane peptidique prsente la surface de toutes les cellules de lorganisme et associe avec une autre chane polypeptidique. Ces motifs protiques, appels produits de classe I du CMH dfinissent le moi biologique de tous les tissus. Les diffrents allles des gnes HLA-DR, -DP, -DQ codent pour des motifs protiques dites de classe II prsents uniquement la surface de nombreux globules blancs (lymphocytes et macrophages). Ces motifs participent la mise en uvre de limmunit et, de ce fait, peuvent aussi tre considrs comme des lments du moi biologique.

Document 5

Le nombre de gnotypes chaque locus dun gne dpend du nombre dallles de ce gne
valuation du nombre de gnotypes diffrents pour un gne donn Pour un gne prsentant n formes allliques, il existe n2 combinaisons possibles de 2 allles parmi ces n. Ces n2 combinaisons se rpartissent en : n homozygotes diffrents (voir diagonale dans le tableau ci-dessous) ; n2 - n htrozygotes (le reste du tableau).

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Le nombre dhtrozygotes diffrents est seulement de (n2 n)/2 puisque chaque couple dallles figure deux fois dans le tableau (au dessus et au dessous de la diagonale). Il existe donc n + (n2 - n)/2 = n(n + 1)/2 gnotypes diffrents pour le gne considr.

Le problme qu'il nous reste rsoudre est l'origine du polymorphisme gnique c'est dire du polymorphisme de l'ADN ?

Les mutations, source dinnovation gntique

Rappel : la notion de mutation
Il arrive parfois qu'au sein d'un clone cellulaire apparaisse un nouveau caractre. Si ce nouveau caractre se transmet dune gnration de cellule une autre, on parle de mutation. La frquence des mutations au sein d'une population homogne de cellules est un vnement rare dont la probabilit est de l'ordre de 10-5 10-7 (touche une cellule sur 100 000 une cellule sur 10 millions). L'analyse biochimique des mutations se ramne dans la plupart des cas une modification de la structure et par voie de consquence de l'activit de certaines enzymes par rapport au caractre naturel dit encore caractre sauvage. Les mutations tant transmissibles, il faut admettre qu'elles touchent le matriel gntique de la cellule, c'est--dire l'ADN. Une mutation est donc une modification de l'information gntique gouvernant l'expression d'un caractre.

Activit autocorrective n 4

Quel moment du cycle cellulaire vous semble particulirement favorable la mise en place d'une mutation ? Par quel mcanisme molculaire ?

Lorigine des mutations

Mme dans des circonstances parfaitement normales, les mcanismes de la rplication de l'ADN admettent toujours une certaine marge d'erreurs. Des mutations peuvent donc se produire de manire spontane chez tous les tres vivants. La frquence d'un tel vnement reste cependant trs faible (probabilit de 10-5 10-7). Ces frquences spontanes peuvent augmenter dans des proportions importantes si l'on soumet le patrimoine gntique l'action de certains agents qualifis de mutagnes.

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Les agents mutagnes agissent au niveau de l'ADN. Ils sont responsables de lsions varies : modification chimique de certaines bases azotes, rupture des liaisons chimiques entre les bases Les mutations sont la consquence directe de ces lsions. Elles interviennent le plus souvent dans les processus de rparation des molcules d'ADN qui sont susceptibles de faire des erreurs ou des oublis. Les mutagnes connus se rpartissent en deux catgories : les agents physiques et les agents chimiques. Le premier groupe comprend toutes les radiations ionisantes (rayons g, rayons X) et certaines parties du spectre de l'ultra-violet. Les agents mutagnes chimiques sont nombreux et varis (acide nitreux, esters sulfuriques, 5-bromo uracile par exemple). Il faut noter que les poisons de la mitose constituent une catgorie part d'agents mutagnes. Ils peuvent produire des mutations de la garniture chromosomique. Le plus connu est la colchicine dont l'action conduit, dans la cellule, au doublement du nombre de chromosomes (polyplodie).

Les diffrents types de mutations

Le terme de mutation peut tre appliqu aux changements de toute nature intressant le matriel gntique. On distingue les mutations gniques et les mutations chromosomiques.

a) Les mutations gniques

Un exemple : origine d'une maladie, la drpanocytose. Cette maladie, qui atteint surtout les populations humaines africaines, est aussi appele anmie hmaties falciformes car elle se caractrise par la prsence dhmaties en forme de faux. Les individus atteints ont une hmoglobine anormale appele hmoglobine s (s pour sickle = faucille, en anglais) de telle sorte qu'elle ne peut plus jouer son rle de transporteur d'oxygne depuis les poumons jusqu'aux cellules. Cette hmoglobine anormale ne diffre de l'hmoglobine normale (hmoglobine A ) que par la substitution d'un seul acide amin de la chane b (la molcule d'hmoglobine comporte 4 chanes polypeptidiques (2 chanes a et 2 chanes b). Chane b normale : 146 acides amins ---- Thr aa4 - Pro - Glu - Glu -----aa5 aa6 aa7 Chane b mute : 146 acides amins ------ Thr - Pro - Val - Glu -----aa4 aa5 aa6 aa7

Question

partir de l'exemple prsent ci-dessus et de vos connaissances, proposez une dfinition de l'expression mutation gnique .

Rponse Les mutations gniques correspondent un changement localis sur un fragment d'ADN codant. Il s'agit d'une modification de la squence des nuclotides au niveau d'un brin d'ADN qui code pour la synthse d'une protine. Ces mutations peuvent tre localises au niveau d'un triplet de nuclotides (mutations ponctuelles) ou plus tendues (addition ou perte de longues squences de nuclotides). Il existe 4 principaux types de mutations gniques ponctuelles (document 6) : la substitution = remplacement d'un nuclotide par un autre ; l'inversion = retournement d'un triplet de nuclotides ; la dltion = perte d'un nuclotide ; l'insertion = introduction d'un nuclotide supplmentaire.

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Document 6

Principaux types de mutations ponctuelles

Type de mutation ARNm correspondant au gne normal + protine synthtise CCA - GAG - ACU Pro - Glu - Thr UUC - UGG - GCU Ph - Try - Ala UAC - ACC - ACG - A.. Tyr - Thr - Thr UAC - ACC - ACG Tyr - Thr - Thr ARNm correspondant au gne mut + protine synthtise CCA - GUG - ACU Pro - Val - Thr UUC - GGU - GCU Ph - Gry - Ala UAC - CCA - CGA Tyr - Pro - Arg UAC - GAC - CAC - G.. Tyr - Asp - His

Substitution Inversion Dltion Insertion

Activit autocorrective n 5

Le fragment du brin transcrit d'ADN correspondant aux acides amins 4 7 du gne normal de la chane b de l'hmoglobine est le suivant : ...TGA - GGT - CTC - CTC...

En vous aidant du code gntique (document 7), expliquez en quoi consiste la mutation gnique lorigine de la drpanocytose.

Document 7

Le code gntique
1re lettre U UUU UUC UUA UUG CUU CUC CUA CUG AUU AUC AUA AUG GUU GUC GUA GUG 2e lettre U C UCU UCC UCA UCG CCU CCC CCA CCG A UAU UAC UAA UAG CAU CAC CAA CAG AAU AAC AAA AAG GAU GAC GAA GAG G tyrosine (tyr) non-sens histidine (his) glutamine (gln) asparagine (asn) lysine (lys) ac. aspartique (asp) ac. glutamique (glu) UGU UGC UGA UGG CGU CGC CGA CGG AGU AGC AGA AGG GGU GGC GGA GGG 3e lettre U C A G U C A G U C A G U C A G

} }

phnylalanine (phe) leucine (leu) leucine (leu) isoleucine (ileu)

} } }

ACU ACC ACA mthionine (met) ACG valine (val) GCU GCC GCA GCG

} } } }

srine (ser)

} } } } } } } }

cystine (cys) non-sens tryptophane (trp) arginine (arg) srine (ser) arginine (arg) glycine (gly)

proline (pro)

}
} }

thronine (thr)

alanine (ala)

Question Certaines mutations ponctuelles sont qualifies de mutations silencieuses car ces mutations n'affectent pas la protine qui garde la mme structure primaire.

Expliquez l'existence de telles mutations en utilisant le code gntique (document 7)

Rponse L'information gntique est redondante, c'est--dire que la plupart des acides amins sont dsigns par plusieurs codons. Ainsi peut on expliquer que certaines mutations ponctuelles par substitution sont sans consquence sur la structure primaire de la protine.
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Activit autocorrective n 6

Retrouvez les diffrentes modifications qui ont affect la squence du gne b des individus 2 6. Tenez compte des diffrents codons 75 indiqus. Identifiez les diffrents types de mutations. laide du code gntique (document 7), indiquez leurs consquences sur lexpression des allles du gne. Justifiez le phnotype des individus 4, 5 et 6.

Document 8

Les anomalies de lhmoglobine

Il existe au sein de la population humaine de nombreuses anomalies de lhmoglobine. En vue de les connatre, on a isol et squenc, entre autres, le gne codant pour la chane b. Les allles de ce gne sont trs nombreux (plusieurs centaines) et permettent pour la plupart une synthse de molcules fonctionnelles. Mais on connat de nombreuses maladies appeles hmoglobinopathies se traduisant par des anmies plus ou moins marques. Ce document donne le dbut de la squence (qui comprend 147 codons au total) de lARN messager correspondant au gne b de 6 individus. Chaque individu est homozygote, porteur de deux allles identiques de ce gne.

b) Les mutations tendues

Dans le cas des mutations tendues, le changement se situe au niveau de segments de chromosomes. Une mutation chromosomique comporte deux tapes : la premire est une production de cassures sur les chromosomes ; la seconde, l'tablissement de connexions nouvelles entre les segments. Ces accidents, affectant tout ou partie d'un chromosome sont visibles sur le caryotype de la cellule alors que les mutations gniques ne le sont pas (voir squence 2 chapitre 1).

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La cration d'allles d'un mme gne

Les mutations touchant le matriel gntique sont l'origine des versions modifies d'un mme gne, appeles allles. Chaque nouvel allle dun gne peut tre considr comme une innovation gntique. Le document 9 prsente un exemple de polymorphisme gnique ou polyalllisme.

Document 9

Le polymorphisme gnique de la chane b de l'hmoglobine.

La diversit des pathologies lies aux gnes de l'hmoglobine et plus particulirement celui de la chane b, fait de cette molcule un bon exemple de polymorphisme gnique.

Codon

Mutation

Nouveau codon ou nouvelle squence (ADN) CAT GTG AAG GG GG TAG TAG ----TT TTTTAGT ACC CTC TTC

Nombre dacides amines dans la chane b 146 146 146 17 20 16 38 58 71 146 146 146

Consquence phnotypique et signes cliniques hmoglobine fonctionnelle hmoglobine formant de longues fibres ; hmaties dformes : drpanocytose hmoglobine C : anmie peu grave thalassmie : anmie grave thalassmie thalassmie thalassmie thalassmie thalassmie diminution de laffinit pour loxygne : cyanose augmentation de laffinit pour loxygne : polyglobulie hmoglobine fonctionnelle

2 6 6 6 16 17 39 41 42 71 72 102 103 121

substitution substitution substitution dltion dltion substitution substitution dltion de 4 nuclotides insertion substitution substitution substitution de 3 nuclotides

Les consquences phnotypiques des mutations

partir du tableau du document 9, on peut dresser un bilan des consquences phnotypiques des mutations :

Au niveau de la squence polypeptidique

- La substitution dun nuclotide par un autre donne un codon qui dsigne le mme acide amin : mutation silencieuse (document 9, cas du codon 2). - La substitution donne un codon dsignant un autre acide amin : mutation faux sens (document 9, cas codon 6). - La mutation donne un codon stop : mutation non-sens (document 9, cas du codon 17). - Laddition ou la dltion dun nuclotide entrane un dcalage du cadre de lecture de lARNm correspondant : mutations dcalantes (document 9, cas des codons 71-72).

Au niveau de la fonction des protines

- La fonction dune protine est lie sa forme tridimensionnelle (forme dans lespace), elle-mme lie sa structure primaire (squence denchanement des acides amins). Une modification de la squence polypeptidique peut donc avoir une incidence sur la fonction de la protine qui peut tre lorigine de pathologies chez lindividu. Certaines mutations faux sens et non sens et la plupart des mutations dcalantes sont ainsi des mutations qualifies de dfavorables (nombreux exemples dans le document 9).

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- Il peut cependant arriver quune lgre modification de la structure primaire de la protine (mutation faux-sens) ne modifie pas sa forme dans lespace, donc naltre pas sa fonction. On parle alors de mutations neutres (document 9, cas du codon 121). - Enfin, certaines mutations aboutissent des protines plus efficaces ou ayant une nouvelle fonction : ces mutations peuvent tre qualifies de favorables pour un environnement particulier. Les mutations, source dinnovation, ne sont pas toujours dfavorables. Beaucoup sont neutres, dautres peuvent tre avantageuses pour lorganisme. Nous avons l un des mcanismes de lvolution des tres vivants (voir squence 3 chapitre 2). Activit autocorrective n 7

Daprs vos connaissances, comment ces mutations peuvent-elles se transmettre : dune gnration de cellules une autre ? dune gnration dindividus une autre (transmission la descendance) ?

Une forme de complexification du gnome : les familles multigniques

La famille des globines humaines
Au cours du dveloppement de lorganisme humain, diffrentes molcules dhmoglobine sont synthtises (document 10).

Document 10

Les diffrentes chanes de globines participant la formation de lhmoglobine au cours du dveloppement de lHomme.

expression des gnes de globine e z

a b

Quel que soit le stade de dveloppement, lhmoglobine est constitue de deux chanes se rattachant au groupe a (a ou z) et de deux chanes se rattachant au groupe b (b, d, e, g). Lhmoglobine ftale est ainsi principalement de type a2 - g2 alors que lhmoglobine adulte est du type a2 - b2.

d g -6 -3 0 naissance 3 6 mois

Activit autocorrective n 8

Commentez le graphique du document 10.

Toutes les chanes des deux groupes de globines (groupe a et groupe b) sont codes par des gnes diffrents. Les gnes du groupe a sont situs sur le chromosome 16, ceux du groupe b, sur le chromosome 11 (document 11). Il ne sagit pas dallles dun mme gne mais bien de gnes diffrents, exprims diffrents moments du dveloppement embryonnaire.

N.B.
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Les gnes sont placs sur les chromosomes 11 et 16 dans lordre o ils vont tre exprims.

Squence 3-SN02

Document 11

Gnes codant pour les diffrentes chanes de globine

Les pseudognes dans chaque groupe ne codent pour aucune chane polypeptidique fonctionnelle mais prsentent une structure semblable celle des gnes actifs.

Toutes les chanes de lhmoglobine comportent un nombre dacides amins voisins (de 141 146 acides amins). Le document 12 compare les squences polypeptidiques des principales globines humaines (seuls, les 35 premiers acides amins vous sont proposs titre dexemple). Cette comparaison permet destimer le nombre de diffrences entre les squences prises deux deux (document 12).

Document 12

Comparaison des squences des principales globines humaines

Un tiret reprsente, pour une position donne, un acide amin identique celui observ dans la globine a.

Squence des 35 premiers acides amins : 10 20 30 hmoglobine a : V*LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGQYGAEALERMFL hmoglobine b : - H - T - EE - S A - T - L - - - - N* *VD EV - G - - - G- L LV hmoglobine d : - H - TPEE - - A - N - L - - - - N* *VDAV - G - - - G- L LV hmoglobine g : GHFTEE - - AT I T S L - - - - N* *VE DA - G - T - G- L LV hmoglobine e : - HFTAEE - AA - T S L - S - MN** VE E A - G - - - - G- L LV myoglobine : G* - - DGEWQL - LNV - - - -E - D IP GH - Q - V - I - - - K

[* reprsente un dltion dtecte en alignant les squences.]

z b d g e
myoglobine

61 84 85 89 92 115 a 96 94 91 92 115 z 10 39 36 118 b 41 40 117 d 30 118 g 120 e

Activit autocorrective n 9

Exprimez les diffrences en % entre les polypeptides cods par les diffrents gnes des globines du groupe b.
Toutes les chanes du groupe b ont 146 acides amins.

N.B.

Les ressemblances entre les polypeptides tmoignent dune grande similitude entre les gnes qui codent pour ces globines. Ces gnes prsentent donc une grande parent. On dit que ces gnes appartiennent un mme ensemble appel famille multignique. Dans une famille multignique, tous les gnes drivent dun gne ancestral commun.

Squence 3-SN02

121

Pour passer dUN premier gne ancestral toute une famille de gnes diffrents et prsents chez un mme individu, il est ncessaire dans un premier temps que le gne de dpart soit copi ou dupliqu une ou plusieurs fois. La duplication gnique est un mcanisme gntique complexe partir duquel il se forme 2 gnes identiques la place dun seul sur un mme chromosome. Puis, dans un deuxime temps, les copies de ces gnes se dplacent ou se transposent dun endroit un autre sur le mme chromosome ou sur un autre chromosome. Enfin, les gnes dupliqus sont susceptibles dvoluer sparment par mutations ce qui explique la divergence constate entre les gnes. Comme pour les gnes homologues (voir squence 1), les gnes issus dune duplication sont dautant plus semblables que la duplication est rcente.

Question

Schmatisez lhistoire des gnes du groupe des globines b (tous situs sur le chromosome 11).

Rponse Si lon se rfre aux % de diffrences calculs dans lactivit n 8, on peut dire que : b et d sont les plus proches (environ 7 %) : 1re duplication, la plus rcente. g et e sont ensuite les plus proches (20 %) : mise en vidence dune seconde duplication, plus ancienne que la premire. b et e, b et g ainsi que d et g et d et e montrent des % de diffrences assez proches (24 28 %) donc un loignement des gnes peu prs semblable les uns des autres, conscutif une troisime duplication, la plus ancienne. Au total, on met en vidence lexistence hypothtique de 3 gnes ancestraux qui subissent chacun une duplication gnique suivi de mutations. On peut rsumer cela par les deux types de schmas suivants :

Schma de type Arbre

Gne e

Gne g

Gne d

Gne b

Temps

Duplication du gne ancestral n 3 Duplication du gne ancestral n 2 - 40 MA

- 100 MA

Duplication du gne ancestral n 1

- 200 MA

122

Squence 3-SN02

Schma de type reprsentation chromosomique

e Chromosome 11 g d b

Mutations

Duplication 3 et transposition

Mutations

Duplication 2 et transposition

Mutations

Duplication 1 et transposition

Gne ancestral

Les ressemblances entre les chanes polypeptidiques a et b (de lordre de 40 %) indique sans conteste une parent entre les gnes du groupe a et ceux du groupe b. Ainsi a-t-il t montr que tous les gnes des globines actuels sont issus dune srie de duplications, de transpositions et de mutations partir dun gne ancestral, la premire duplication ayant probablement eu lieu chez un vertbr de la classe des poissons il y a 450 MA (document 13). Une telle famille de gne illustre bien comment a pu stablir la complexification du gnome par duplications de gnes puis mutations successives.

Squence 3-SN02

123

Document 13
Gne z

Histoire dune famille multignique : les gnes des globines humaines

Gne a Gne e Gne g Gne d Gne b

Duplication du gne ancestral n 4 : date estime - 100 MA

Duplication du gne ancestral n 5 : date estime - 40 MA

Duplication du gne ancestral n 3 : date estime - 200 MA

Duplication du gne ancestral n 2 : date estime - 400 MA

Duplication du gne ancestral n 1 : date estime - 450 MA

Limportance et la varit des duplications gniques

La famille des gnes de la globine nest quun exemple parmi beaucoup dautres de famille multignique montrant lvolution du gnome par duplication. Ainsi les protines qui servent lemballage de lADN, les histones, sont elles aussi codes par de multiples gnes. Dans ce cas, tous les gnes sont quasiment identiques. Gnes multiples et identiques encore pour les ARN des ribosomes : jusqu 5000 copies du mme gne. Activit autocorrective n 10

Pouvez-vous mettre des hypothses dans ces cas prcis sur lintrt de la conservation dun grand nombre de gnes identiques ?
Dans la famille des globines, les diffrentes molcules fabriques, les hmoglobines, ont gard la mme fonction, celle lie la fixation de loxygne. Mais le processus de duplication mutations ne conserve pas toujours la fonction du gne ancestral. Lhypophyse antrieure scrte diverses hormones et certaines dentre elles montrent des similitudes. Lhormone thyrotrope TSH (rgulation de la fonction thyrodienne, la thyrode rgulant elle mme, entre autres, la croissance de lindividu et son mtabolisme), les hormones gonadotropes GSH, FSH et LH (rgulation des scrtions testiculaires et ovariennes) sont des glycoprotines dont la partie protique est constitue chez tous les vertbrs de deux sous-units (a et b). Il existe une grande similitude entre les chanes a et b de ces hormones. Cette similitude indique quelles proviennent de la duplication dun gne ancestral commun. Le document 14 reprsente en bas droite, cette premire duplication (point noir) et le dessin montre lvolution de la sous unit a qui a mut de nombreuses fois, ce qui a donn des sous-units diffrentes suivant les espces de vertbrs.

124

Squence 3-SN02

Document 14

Hypothse sur lvolution des hormones FSH, GTH, LH et TSH chez les vertbrs, des Agnathes aux Mammifres.
De bas en haut : volution au sein dun mme groupe.

Le destin de la sous-unit b est reprsent sur la figure principale. Chez les Agnathes, la chane b n'aurait d'abord port qu'une fonction gonadotrope unique (hormone de type GTH). Puis chez les anctres des poissons osseux, elle aurait acquis une potentialit thyrotrope supplmentaire. Le gne codant pour la chane b se serait ensuite dupliqu : il y aurait alors une sous unit b thyrotrope distincte (hormone de type TSH) de la sous-unit b gonadotrope de type LH (hormones de type GTH, puis LH). Chez les anctres des amphibiens, une nouvelle duplication gnique se serait produite donnant une nouvelle sous-unit b fonction gonadotrope, de type FSH. Dans la suite de lvolution, les diffrents gnes des chanes potentialit FSH, LH ou TSH auraient subi des mutations modifiant certains acides amins, expliquant que les diffrentes espces aient des chanes b diffrentes. Les potentialits gonadotropes de la chane b puis les potentialits thyrotropes supplmentaires de cette mme chane permettent une sparation des rgulations des gonades et du fonctionnement thyrodien chez lorganisme. Cette sparation effective chez les vertbrs vivants en milieu terrestre permet la division des tches entre plusieurs hormones, tches au dpart accomplies par une seule hormone. Ce phnomne de spcialisation hormonale reprsente un avantage volutif indniable (indpendance entre les fonctions de reproduction dune part, mtabolisme et croissance de lindividu dautre part).

Conclusion
Les mutations sont lorigine des diffrents allles dun gne. Spontanes, alatoires, elles apparaissent chez des individus avec une frquence faible mais touchent nanmoins de nombreux gnes. Toutes ces modifications gniques sont source dinnovations. Parmi ces innovations gntiques, seules celles qui affectent les cellules germinales peuvent tre transmises la descendance. La complexification du gnome est une sorte de bricolage molculaire (F. Jacob), comprenant les phnomnes de duplications et de mutations gniques. Le gnome des organismes complexes comprend ainsi de nombreuses familles multigniques, source dvolution des populations et des espces. En effet, les gnes dupliqus peuvent tre lobjet dune volution indpendante par mutations successives, enrichissant ainsi progressivement le gnome de diffrentes espces apparentes et pouvant rendre compte de lapparition de fonctions nouvelles.
Squence 3-SN02
125

Les relations entre mcanismes de lvolution et gntique

Rappel du problme biologique
Le devenir des innovations gntiques envisages dans le chapitre prcdent (mutations, duplications gniques) est trs variable : elles peuvent tre conserves par les populations ou limines. Nous nous attarderons dans ce chapitre sur les conditions favorables la conservation des innovations gntiques apparues.

Lavantage slectif de certaines mutations

Le chapitre prcdent a montr plusieurs reprises (globines humaines, hormones hypophysaires) que les innovations gntiques sont conserves lorsquils reprsentent un avantage slectif, cest dire que les nouveaux organismes sont mieux adapts leur environnement. Prenons un exemple prcis dadaptation au milieu.

Un exemple remarquable dadaptation au milieu : la Phalne du bouleau

La Phalne du bouleau (Biston betularia) est un papillon essentiellement nocturne. Il passe la journe immobile, pos, ailes tendues, sur les tronc darbres, principalement les htres et les chnes. En Grande Bretagne, jusquau XIXe sicle, les populations de phalnes taient exclusivement reprsentes par des individus de couleur claire, ne montrant que quelques tches fonces (forme typique, voir documents 15 et 16). A cette poque, dans la rgion de Manchester, fut captur un premier spcimen dune forme noire de phalne (voir documents 15 et 16). La frquence de cette forme (carbonaria) a ensuite augment jusqu devenir prpondrante dans certaines rgions de Grande Bretagne. La carte propose dans le document 15, reprsente la distribution des formes claires et sombres vers 1950.

N.B.

Le nom du papillon, la Phalne du bouleau , provient du fait que la chenille de ce papillon se nourrit principalement de feuilles de bouleau. Ladulte, par contre, vit de prfrence sur des troncs de chnes et de htres.

Question

laide des donnes provenant des documents 16 et 17, proposez une ou plusieurs hypothses explicatives concernant la distribution des formes claires et sombres de la Phalne du bouleau en Grande Bretagne vers 1950 (document 15). Vous montrerez linfluence du milieu dans lvolution des populations considres.

126

Squence 3-SN02

Document 15

volution des populations de Biston betularia, la Phalne du bouleau : rpartition gographique

Rpartition des formes claires et sombres de la Phalne du Bouleau (Biston betularia)

Document 16

Ladaptation au milieu du papillon Biston betularia (voir encart couleur E10)

La pigmentation industrielle de la Phalne du bouleau est un bel exemple dadaptation au milieu. Les polluants de lair dtruisent les lichens qui devraient normalement recouvrir lcorce des troncs darbre. Sur le bois sombre des chnes sans lichen prs de Liverpool en Angleterre, rgion fortement industrielle, on a constat que le papillon de couleur noire tait plus difficile reprer que le papillon sauvage de couleur claire (voir encart couleur E10, photographie gauche). Par contre, sur lcorce recouverte de lichen dun chne de la campagne du Pays de Galles, le type sauvage est presque invisible (voir encart couleur E10, photographie droite). Ce type de camouflage est appel homochromie.

Phalnes du bouleau sur corce sombre de chne dpourvue de lichens

Phalnes du bouleau sur corce de chne recouvert de lichens clairs

Squence 3-SN02

127

Document 17

volution des populations de la Phalne du bouleau : donnes exprimentales

Ltude des croisements a montr que la couleur tait dtermine par un gne, lallle correspondant la couleur sombre dominant lallle correspondant la couleur claire. Lallle mut, responsable de la forme carbonaria, remplace dans certaines rgions lallle initial, ce qui correspond la fixation de la mutation dans certaines populations. Un ensemble dexpriences a permis didentifier des facteurs susceptibles dexpliquer lvolution des populations. Des formes claires et sombres sont lches dans deux rgions, une rgion industrielle (rgion de Birmingham), o les rejets polluants font disparatre les lichens des troncs darbres et une rgion rurale (rgion du Dorset) o prdominent des arbres aux troncs clairs recouverts de lichens. Les papillons marqus sont des mles, marqus dune petite tache de peinture. Des observations la jumelle montrent que de nombreux papillons sont capturs par les oiseaux, alors quils sont poss pendant la journe sur les troncs darbres. Les survivants sont ensuite recapturs la nuit, laide dune lampe ultraviolet ou attirs par des femelles mettant des phromones. Papillons Rgion industrielle de Birmingham Nombre de papillons lchs : Nombre de papillons recapturs : Rgion rurale du Dorset Nombre de papillons lchs : Nombre de papillons recapturs : Clairs 164 16 393 54 Sombres 154 82 406 19

Rponse En 1950, la rpartition des formes claires et sombres de la Phalne du bouleau montre que les formes claires sont prdominantes en zones rurales (Sud Ouest de la Grande Bretagne) et que les formes mutantes sont localises en majorit dans les zones industrielles (centre et est de la Grande Bretagne), l o les rejets industriels polluants font disparatre les lichens des forts de chnes et de htres. Lindustrialisation a entran lvolution de la population de phalnes. La forme typique est parfaitement camoufle sur des troncs clairs recouverts de lichens (camouflage par homochromie) et chappe ainsi plus facilement ces prdateurs naturels (oiseaux insectivores) que la forme noire (voir tableau du document 17). Au contraire, la forme carbonaria est moins visible sur les troncs de chnes dpourvus de lichens des rgions industrielles de la Grande Bretagne et chappe ainsi plus facilement aux oiseaux que la forme sauvage. Les papillons les mieux camoufls sont pargns par les oiseaux do les proportions inverses des formes claires et sombres selon les rgions : formes claires avantages en zone rurale peu pollue et formes sombres avantages en zone industrielle. Il en rsulte une transmission privilgie des allles selon le milieu.

N.B.

Les rsultats des mesures anti-pollution prises en Grande Bretagne depuis cette poque confirment la pression slective exerce par le milieu : il y a de plus en plus de formes typiques en zone industrialise et ceci concide avec la rapparition des troncs clairs recouverts de lichens.

La slection naturelle privilgie certaines innovations gntiques

Nous venons de traiter avec la Phalne du bouleau, dun bel exemple actuel dadaptation au milieu. Les individus porteurs de lallle (typique ou mut) qui, dans des conditions de milieu donnes, leur donnent une probabilit plus grande de parvenir la maturit sexuelle et de contribuer la reproduction de lespce, ont plus de descendance. La frquence de lallle dont ils sont porteurs augmente dans la population : on parle de slection naturelle.

128

Squence 3-SN02

Linnovation gntique, ici une mutation alatoire dun gne responsable de la couleur du papillon, nest conserve que dans la mesure o les individus peuvent transmettre cet allle mut leur descendance et donc ne sont pas limins. Dans lexemple de la Phalne du bouleau, la slection naturelle est lie lassociation couleur des troncs reprage des papillons par les oiseaux prdateurs . La slection naturelle oriente la transmission des allles et permet ladaptation au milieu. Elle privilgie la transmission de certaines innovations gntiques ou de certaines combinaisons allliques, dans la mesure o elles confrent un avantage dans des conditions donnes de lenvironnement.

Les mutations neutres

Rappel : le polymorphisme biochimique
Grce la technique de llectrophorse, la variabilit gntique des populations et des espces peut tre tudie trs finement, au niveau mme des protines (les enzymes en particulier). Nous avons dj montr (squence 3, chapitre 1) que ce polymorphisme biochimique intraspcifique (populations dindividus de la mme espce) tait considrable. Trois paramtres principaux permettent de le quantifier : le taux de polymorphisme, P, ou proportion moyenne de gnes polymorphes ; le nombre moyen dallles par gne, A, est le rapport entre le nombre dallles et le nombre total de gnes examins (il dpend de la taille de lchantillon tudi : en effet, plus le nombre dindividus examins est important, plus on aura de chances dobserver un allle peu rpandu) ; le taux moyen dhtrozygotie par individu, H, donne, pour un individu dans une population, le pourcentage moyen de ses gnes htrozygotes.

Document 18

valuation de la variabilit par la technique de llectrophorse

Espce ou groupe Homme Rongeurs Oiseaux Reptiles Batraciens Poissons Nombre despces tudies 1 26 4 9 11 14 Nombre de gnes tudis par espce 71 26 19 21 22 21 Taux de polymorphisme P 0,28 0,2 0,14 0,23 0,33 0,3 Taux dhtrozygotie H 0,06 0,05 0,04 0,04 0,08 0,07

Le tableau du document 18 montre ltendue du polymorphisme biochimique (ou gntique) chez les vertbrs. La variabilit est trs importante : de 25 30 % des gnes sont polymorphes et les individus sont htrozygotes 6 % environ de leurs gnes.

Les mutations neutres : mutations non dterminantes pour lvolution

Beaucoup de gnes polymorphes codent pour des isozymes (ou isoenzymes, voir squence 3, chapitre 1). Cest le cas par exemple des enzymes spcificit assez large comme les estrases, les phosphatases et les hydrolases, qui agissent sur un grand nombre de substrats. Cette observation a t confirme la fois chez de nombreuses espces animales et vgtales et chez lhomme. Bien que les squences primaires de ces isozymes soient diffrentes, puisquelles ne migrent pas de la mme faon sur des gels dlectrophorse, leur fonction est gnralement conserve, ce qui signifie que la structure tridimensionnelle de leur site actif nest pas ou peu modifie.

Squence 3-SN02

129

Les mutations qui ont affect les gnes de ces enzymes napportent aux individus concerns ni avantage, ni dsavantage particulier : on parle de mutations neutres. Nous avons dj abord cette notion de mutation neutre dans la squence 3, chapitre 1, partir des documents 8 et 9 concernant lhmoglobine humaine. Activit autocorrective n 11

partir des donnes du document 19 et de vos connaissances sur les gnes homologues, montrez lintrt des mutations neutres pour tablir des phylognies. Comparaison des squences des chanes a de lhmoglobine chez diffrents vertbrs

Document 19

La squence de lHomme est prise comme rfrence. Chaque lettre correspond labrviation conventionnelle dun acide amin. Un tiret reprsente, pour une position donne, un acide amin identique celui qui est observ chez lHomme. Tous les Ttrapodes ont une chane a de 141 acides amins. La carpe en possde 142 et le requin 148. Lalignement des squences de la Carpe et du requin, dune part, avec celles des autres Ttrapodes, dautre part, ncessite de dcaler par deux fois des fragments de ces dernires (positions repres par les deux flches verticales). Les astrisques verticaux correspondent aux espaces introduits pour aligner les squences. Les astrisques horizontaux reprent les positions conserves chez toutes les espces considres. Carpe Triton Poulet Ornithorinque Kangourou Buf Singe rhsus Homme 85 84 83 80 80 75 79 79 Requin

75 72 74 70 65 68 68 Carpe

63 67 63 60 61 60 Triton

47 41 38 35 35 Poulet

46 44 37 39 Onitho rinque 225

26 26 27 Kangourou

16 17 Buf

4 Singe rhsus 30

Sparation (en millions dannes)

450

400

360

300

135

80

Les diffrences entre squences sont reportes dans cette matrice. Les valeurs sont obtenues partir de la figure prcdente. Les espaces introduits pour aligner les squences (astrisques verticaux) ne sont pas comptabiliss dans les diffrences. La palontologie permet de dater la sparation des diffrentes lignes les unes des autres. Par exemple, la ligne conduisant au requin sest spare des autres il y a 450 millions dannes.

Les mutations neutres ne sont pas dterminantes pour lvolution des individus qui en sont porteurs car elles noffrent pas de prise la slection naturelle. Ce type de mutation peut par contre facilement se rpandre dans les populations sexues. Cela explique lextraordinaire polymorphisme intra et interspcifique observ que la slection naturelle, seule, ne pourrait maintenir.

130

Squence 3-SN02

Le neutralisme est considr actuellement comme un fait majeur car il fournit aux scientifiques dexcellents traceurs de lvolution des espces ; il permet d tablir des phylognies trs prcises entre espces proches ou loignes dont on a peu ou pas de restes fossiliss.

Les consquences volutives des mutations sur les gnes du dveloppement

Les gnes de dveloppement
Les relations entre lvolution molculaire (squences des gnes et protines associes) et lvolution morphologique et anatomique (volution des phnotypes macroscopiques) des individus et des espces ne sont pas simples. Il peut y avoir une volution molculaire importante sans relle volution phnotypique. Dans ce cas, lessentiel des mutations sont probablement des mutations neutres qui touchent les parties non actives des protines codes (voir lexemple des globines). A linverse, certains gnes homologues peuvent prsenter de grandes similitudes chez deux espces morphologiquement diffrentes. Cest le cas par exemple de lhomme et du chimpanz qui ont en commun 98,5 % de leur matriel gntique. Cette apparente contradiction sexplique mieux si lon considre que les diffrences entre les organismes adultes ne sont que le reflet des diffrences entre les processus de dveloppement qui mnent ces organismes adultes. Ainsi, la comprhension des mcanismes qui aboutissent lvolution morphologique passe par celle des mcanismes du dveloppement embryonnaire dont vous avez eu un aperu en classe de seconde.

a) Dcouverte des gnes architectes

Cest chez les insectes quon a, pour la premire fois, mis en vidence lexistence de gnes responsables de lidentit des diffrentes rgions du corps suivant laxe antro-postrieur. Les gnes impliqus dans cette mise en place sont appels gnes architectes ou gnes homotiques. Chez la drosophile, ces gnes sont situs sur le chromosome 3. Toutes les cellules, donc toutes les rgions du corps, les possdent mais ils ne sont actifs que dans une rgion prcise, dtermine. Les caractres de chaque rgion du corps, au cours du dveloppement, sont dtermins par les gnes actifs de ce complexe. Chose remarquable, les gnes sont disposs sur le chromosome dans lordre o sont disposes les rgions dont ils commandent le dveloppement. Il existe en somme, un plan, un patron, une reprsentation gntique du corps (document 20). Document 20

Le complexe des gnes de dveloppement de la drosophile et les rgions correspondantes chez ladulte et lembryon (voir encart couleur E11)

Squence 3-SN02

131

b) Des gnes homotiques homologues chez tous les mtazoaires

Des gnes architectes ont t dcouverts chez tous les animaux pluricellulaires (mtazoaires). Chez les Mammifres, ces gnes sont assembls en quatre complexes. Dans chaque complexe, les gnes sont disposs sur le chromosome dans lordre correspondant celui des diffrentes rgions du corps o ils sont actifs (document 21). Document 21

Les 4 complexes de gnes homotiques chez la souris (voir encart couleur E12)

Activit autocorrective n 12

partir des documents 20, 22 et 23, montrez que les gnes antennapedia de la drosophile et le gne Hox B6 de la souris sont des gnes homologues ayant la mme fonction.

Document 22

Comparaison des squences de nuclotides dune partie du gne antennapedia de la drosophile et du gne Hox B6 de la souris`

132

Squence 3-SN02

Document 23

Drosophile transgnique

Mise en place de pattes la place des antennes

Cette drosophile a t obtenue par linjection dun gne Hox B6 de Souris dans un uf de drosophile. Le gne Hox B6 a t incorpor, au pralable, dans un systme qui le rend actif, particulirement, au niveau de la tte.

Des gnes homotiques homologues, tels ceux de la drosophile et de la souris, ont t trouvs chez tous les animaux pluricellulaires, ce qui tmoignent une fois de plus de lorigine commune de toutes les espces animales. Des expriences de transgnse (document 23) montrent que ces gnes architectes dclenchent lactivit dun ensemble de gnes qui, eux, contribuent au dveloppement de lindividu. Ce ne sont pas des gnes qui agissent directement sur le dveloppement mais qui rgulent ce dveloppement. Les gnes homotiques sont qualifis de gnes de rgulation.

c) Mutations des gnes homotiques

Question

partir dune comparaison des documents 20 et 24, montrez les consquences dune mutation du gne homotique antennapedia ?
Document 24

Drosophile normale et drosophile mutante antennapedia (le gne antennapedia mut sexprime au niveau de la Tte)

Squence 3-SN02

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a. Drosophile normale b. Tte dune drosophile normale c. Tte dune drosophile antennapedia possdant des pattes la place des antennes.

Rponse Chez la drosophile, une mutation au niveau du gne antennapedia sexprime au niveau de la tte, des pattes se dveloppant la place des antennes. Il est non seulement actif dans un territoire o il ne lest pas habituellement mais, de plus, il empche le gne rsident charg de la mise en place des antennes de fonctionner. Cette mutation entrane donc des changements dans lorganisation antropostrieure de lanimal. Des changements minimes dans les gnes qui rgulent le dveloppement embryonnaire peuvent donc entraner de grands changements dans lorganisation de ladulte. On voit apparatre de nouveaux plans dorganisation.

Lhtrochronie, consquence de mutations de gnes du dveloppement

Une htrochronie est une diffrence de positions relatives, dans le temps, des diffrentes tapes du dveloppement, entre une espce ancestrale et ses descendants. Les travaux sur lembryologie des primates ou sur l volution du crne des hominids peuvent servir prciser cette notion complexe.

a) Comparaison du dveloppement du Chimpanz et celui de lHomme

La phase embryonnaire dure deux semaines chez le chimpanz, huit semaines chez lhomme. Cest durant cette seule phase que se multiplient les cellules nerveuses, jusqu 5 000 neurones par seconde, ce qui aboutit nos quelques cent milliards de neurones. Chez lhomme, cet allongement de la dure de la phase embryonnaire peut tre interprte comme une htrochronie. Cela signifie quau cours des millions dannes pendant lesquelles sest produite lhominisation, la rgulation des tapes du dveloppement a t modifie. On voit que chez lhomme, par rapport au chimpanz actuel et probablement par rapport lanctre hypothtique de lhomme et du chimpanz, que le dclenchement de la phase ftale est dplace dans le temps. Cest un cas de ralentissement du dveloppement embryonnaire qui a pour consquence, chez lhomme, la mise en place dun cerveau beaucoup plus dvelopp La phase ftale, en revanche, est plus courte chez lhomme que chez le chimpanz. Laccouchement se produit vers le 238e jour pour le chimpanz et vers le 266e jour chez nous ce qui fait seulement un mois de diffrence pour la dure totale de la gestation, alors que la phase embryonnaire humaine est plus longue de six semaines. Il sest donc produit au cours de lvolution, un raccourcissement relatif de la dure de cette phase de croissance. Cela expliquerait que le bb humain naisse plus immature que le bb chimpanz. Nous serions l en prsence dun phnomne dacclration du dveloppement.
134

Squence 3-SN02

Aprs la naissance vient la phase dite lactale, qui sachve avec lapparition de la premire molaire suprieure. Cela se produit vers 3 ou 4 ans chez le chimpanz, et 6 ou 7 chez lhomme. Nouveau phnomne de post-dplacement, puisque la dure de la phase est quasi double. Cest durant cette priode, vers lge de un an et demi, que se produit chez le chimpanz le processus de remonte du trou occipital vers larrire, ce qui entrane la quadrupdie. Jusque-l, le jeune chimpanz est autant bipde que quadrupde. Chez le gorille, plus loign de nous gntiquement que le chimpanz, cet pisode survient ds lge de un an. En revanche chez le jeune humain, la remonte na pas lieu, ce qui permet la bipdie permanente. Un tel phnomne de non apparition dun caractre (trou occipital dirig vers larrire) peut tre interprt comme le maintien chez lhomme dun caractre embryonnaire : on parle dun cas de notnie. La notnie est un cas de ralentissement du dveloppement sans modification de la dure de vie, ni de lge de la maturit sexuelle, ce qui aboutit des individus conservant une morphologie juvnile par rapport aux individus du ou des espces considres comme ancestrales. Ce maintien en position avance du trou occipital saccompagne dune autre manifestation : la forme arrondie du crne du jeune chimpanz se retrouve chez lhomme, comme si elle avait t conserve au cours de lvolution : exemple frappant l encore de notnie (document 25).

Document 25

La comparaison des crnes du Chimpanz et de lHomme

Le crne dun jeune chimpanz ressemble celui dun homme adulte : cas de notnie.

La comparaison, par la mthode des points homologues, des crnes dun jeune chimpanz (Pan troglodytes) et dun homme moderne adulte (Homo sapiens) montre que la position du trou occipital (flche) et la forme gnrale arrondie du crne du jeune chimpanz se retrouve chez lhomme adulte.

Les grandes tapes du passage des singes suprieurs lhomme mritent donc dtre reconsidres en y intgrant ces phnomnes dhtrochronie. Les htrochronies sont largement rpandues dans le monde vivant. Lexemple classique est laxoltl, grosse larve de salamandre qui, au Mexique, au lieu de se mtamorphoser en salamandre terrestre, reste toute sa vie dans leau ltat larvaire (avec branchies et nageoire dorsale) et pourtant se reproduit. Cest un cas remarquable de notnie.
Squence 3-SN02
135

Document 26

LAxolotl :

Laxolotl est un cas dcole pour ltude des htrochronies. Cette salamandre reste toute sa vie ltat larvaire.

b) Des mutations de gnes homotiques, lorigine des processus dhtrochronie

Les recherches entreprises sur le rle des gnes architectes montrent que ceux-ci sont impliqus dans les phnomnes dhtrochronie. Prenons comme exemple, la formation des membres chez les vertbrs ttrapodes. Leur mise en place est sous la dpendance de plusieurs gnes homotiques ; ils sont toujours construits selon un plan en trois phases successives : phase I : mise en place de lhumrus (membre suprieur) et du fmur (membre infrieur) ; phase II : mise en place du radius puis du cubitus et de la mme manire le tibia puis le pron ; phase III : mise en place de la main et du pied. Des expriences sur le poisson-zbre ont montr que les mmes gnes homotiques existent (gnes homologues) et sexpriment mais seulement au stade prcoce du dveloppement, dans la partie proximale de la future nageoire. La phase III napparat pas. Le passage des poissons aux ttrapodes ne correspondrait, en ce qui concerne les 4 membres, qu lacquisition de la phase III, phase qui apparat comme une potentialit intrinsque du programme de dveloppement de poissons (puisque les gnes capables de la dclencher sont prsents dans leur gnme) mais ne sy expriment pas. Il sagit bien dun cas dhtrochronie : le temps de dveloppement dtermine la structure finalement produite. Lanalyse des anctres fossiles du poisson Coelacanthe (une espce dont les nageoires sont plus volus que chez la plupart des poissons et trs fortement apparents aux membres des vertbrs ttrapodes) permet de retrouver la trace de lapparition chez les poissons de cette succession de phases. On voit le fmur et lhumrus apparatre en premier, probablement vers le silurien suprieur, puis la phase II au dvonien infrieur et enfin la phase III au dvonien suprieur. Le passage des poissons aux ttrapodes serait donc fond sur le dclenchement dune htrochronie lie la poursuite de lactivit de certains gnes architectes.

Question

Quel vnement est susceptible dtre lorigine de ces proprits htrochroniques des gnes homotiques ?

Rponse Des recherches rcentes ont permis de dmontrer que des mutations de gnes homotiques sont capables de dclencher des htrochronies du dveloppement. Ainsi, chez lhomme, une mutation du gne homotique Hoxd-13 peut entraner un ralentissement du dveloppement inhibant la formation des deuximes phalanges et entranant parfois jusqu la disparition des doigts.
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Il est donc possible quune simple mutation, autorisant, inhibant ou modifiant lexpression dun gne homotique une tape donne du dveloppement, peut suffire changer, chez un individu, la morphologie dun ou de plusieurs caractres, les fonctions dun ou de plusieurs organes, voire un plan dorganisation, et transmettre ces modifications sa descendance. Les palontologues ont souvent t confronts au problme que pose lapparition brutale chez certaines espces fossiles dinnovations morphologiques importantes. Les recherches portant sur les htrochronies, autorisent penser que lapparition de ces innovations peuvent tre lies des mutations portant sur des gnes de rgulation tels que les gnes architectes. Ces rsultats confortent lide avance en 1977 par Franois Jacob selon laquelle les mcanismes de lvolution rsultent dun vaste bricolage molculaire qui modifie constamment les structures prexistantes.

Conclusion
Les connaissances des modifications du gnome nous clairent sur les processus qui conduisent lapparition de nouvelles espces partir despces prexistantes, phnomne que lon nomme spciation. La spciation est ralise quand un isolement reproductif permanent sest tabli entre deux populations appartenant lorigine la mme espce. Elle rsulte dun ajustement gntique aux conditions du milieu : lenvironnement slectionnant les innovations gntiques favorables.
Mutations chromosomiques = remaniements chromosomiques Gnes de rgulation en particulier les gnes du dveloppement Individus dune mme espce Remaniement du matriel gntique : Faire du neuf avec du vieux Mutations gniques volution des protines

volution des caryotypes

volution rapide (en particulier de la morphologie) Isolement reproductif volution lente (morphologie, anatomie, physiologie)

Gnes de structure ; polyalllie

Duplications gniques et mutations gniques

Familles multigniques

1 espce nouvelle Spciation 1 espce nouvelle

2 populations dune mme espce se sparent

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orrig des activits autocorrectives

Activit n 1 Les mutations peuvent provoquer lapparition de nouveaux gnotypes dans une population (acquis du programme de seconde). La reproduction sexue ne cre pas dinnovations gntiques ; elle est par contre lorigine du brassage de caractres nouveaux avec des caractres plus anciens, qualifis souvent de caractres sauvages. Par exemple, le croisement de drosophiles sauvages (corps gris et ailes longues) avec des drosophiles au corps noirs et aux ailes vestigiales permet de crer des drosophiles recombines (drosophiles au corps gris et aux ailes vestigiales ou au corps noir et aux ailes longues), cest--dire des drosophiles dont le phnotype associe linnovation gntique (ailes vestigiales, corps noir) avec les caractres sauvages (caractres ancestraux ?).

Activit n 2

Tout polypeptide est le fruit de l'expression d'un gne. On peut donc penser que les polypeptides R et L correspondent deux allles R et L du mme gne. Si l'individu est homozygote, il possde deux allles R ou deux allles L. Dans ce cas, il ne fabrique qu'un seul polypeptide et par consquent qu'une seule enzyme (cas des individus 1,2 et 3 par exemple). Par contre, si l'individu est htrozygote (6 et 7 par exemple), il possde les deux allles L et R et peut donc fabriquer les deux polypeptides. Ces individus peuvent alors combiner ces polypeptides et synthtiser les trois formes enzymatiques RR, LL et RL. Pour calculez le nombre de gnotypes diffrents pour chaque allle du complexe HLA, on utilise la formule suivante : n(n + 1)/2

Activit n 3

HLA-A
nombre dallles nombre de gnotypes diffrents 25 325

HLA-B
50 1275

HLA-C
10 55

HLA-DR
45 1035

HLA-DQ
10 55

HLA-DP
6 21

Nombre dassociations diffrentes des gnes du complexe HLA sur un chromosome : 25 x 50 x 10 x 45 x 10 x 6 = 3,375 107 associations des allles des 6 gnes. (un exemple dassociation : A24 B13 C8 DR1 DP4 DQ7 )

Calcul du nombre de moi biologique sachant que pour chaque gne, il existe 2 allles situs sur les 2 chromosomes homologues. Nous utiliserons la formule prcdente (cf 1) de manire liminer les combinaisons aboutissant au mme moi biologique . A1 B8 C3 DR1
Mme moi biologique

A1

B12

C3

DR2

A2

B12

C7

DR2

A2

B8

C7

DR1

3,375 107 x (3,375 107 + 1)/2 = 5,7 1014 Leffectif de lhumanit est compris entre 5,5 milliards (109) et 6 milliards. On constate alors que le nombre de gnotypes diffrents correspondant divers moi biologique est potentiellement 100 000 fois suprieur leffectif de lhumanit.

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Cette norme diversit, ce polymorphisme gntique, explique lunicit biologique et gntique de chaque individu : le grand nombre des allles de chaque gne et leur rpartition diffrentes sur les chromosomes homologues font que la probabilit de rencontrer deux individus semblables gntiquement est extrmement faible. Activit n 4 Une modification du matriel gntique contenu dans l'ADN peut avoir lieu au moment de la duplication de celui-ci. Il peut s'agir d'une erreur non corrige de la rplication semi-conservative de l'ADN.

Activit n 5

Gne normal
ADN ARNm Chane 4 5 6 7 ...TGA - GGT - CTC - CTC... ...ACU - CCA - GAG - GAG... Thr - Pro - Glu - Glu (codons) (transcription) (traduction)

Dans la chane mute, la valine remplace l'acide glutamique en position 6. D'aprs le code gntique, il suffit de remplacer le codon GAG de l'ARNm par le codon GUG pour expliquer l'apparition de l'anomalie. Il suffit donc d'une substitution au niveau du codon 6 de l'ADN entre la base azote Thymine et la base azote Adnine. ADN ARNm Chane ...TGA - GGT - CAC - CTC... ...ACU - CCA - GUG - GAG... Thr - Pro - Val - Glu

Activit n 6

Individu 2 : La substitution du nuclotide cytosine (C) du codon n 2 (CAC) de lARNm par un nuclotide uracile (U) aboutit un triplet codant galement pour lhistidine. En raison de la redondance du code gntique, aucune consquence de cette substitution nest dcelable au niveau du phnotype. Individu 3 : Le codon n 6 (GAG) de lARNm (individu 1) code lacide glutamique. La substitution, par mutation, du nuclotide adnine (A) central par un nuclotide uracile (U) produit le codon GUG qui code pour la valine. Lindividu est alors atteint de la drpanocytose (voir plus haut). Individu 4 : Le codon n 17 (UAG), obtenu par mutation (substitution du nuclotide adnine (A) par un nuclotide uracile (U) sur lARNm) est un codon-stop : la synthse de la chane b est interrompue ce niveau. Individu 5 : La dltion du nuclotide adnine (A) central du codon 6 juxtapose deux nuclotides guanine. On aboutit ainsi la dsignation dune glycine la place de lacide glutamique, mais galement un dcalage gnral du cadre de lecture de lARNm pour tous les codons transcrits en aval de la mutation. Ainsi le codon 18 devient un codon-stop (UAG) : lARNm cesse dtre traduit en polypeptide ce niveau. Individu 6 : Linsertion dun nuclotide uracile avant la premire base du codon 72 dcalerait galement le cadre de lecture de lARNm mais en ralit celui-ci nest pas lu en aval car le codon 72 devient un codon-stop UAG. Les individus 4, 5 et 6 sont atteints dhmoglobinopathies, maladies du sang appeles galement thalassmies. Ce phnotype macroscopique a pour origine, selon les individus, trois interruptions de la synthse de la chane b des niveaux diffrents de sa structure primaire.

Activit n 7

Les mutations peuvent se transmettre dune gnration de cellules une autre par la mitose, qui est un mode de reproduction conforme de la cellule.

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La transmission des mutations dune gnration dindividus une autre peut se faire selon deux mcanismes : la reproduction conforme : cela concerne essentiellement les vgtaux, le mcanisme est alors appel la multiplication vgtative ; la reproduction sexue : dans ce cas, les mutations doivent toucher les cellules de la ligne germinale cest--dire les cellules sexuelles. Activit n 8 Avant la naissance, jusqu la 8e semaine de grossesse environ, est dabord synthtise une hmoglobine embryonnaire du type (z2 e2), puis jusqu la naissance, principalement une hmoglobine ftale du type (a2 g2). Aprs la naissance, lhmoglobine ftale fait place lhmoglobine adulte (a2 b2) et une autre hmoglobine, dite hmoglobine A2 (moins frquente, seulement 2 %) (a2 d2).

Activit n 9

Diffrences en % :
b-d: b-e: b-g: d-g: d-e: g-e: 6,8 % 24,7 % 26,7 % 28,1 % 27,4 % 20,5 %

Ces rsultats montrent entre 75 et 90 % de similitudes entre ces protines. Activit n 10 La mise en jeu simultane dun grand nombre de gnes identiques permet la traduction simultane et donc la synthse en trs grand nombre de la mme protine ou des ribosomes, tout cela dans un temps trs court. La production leve de protines des moments propices de la vie cellulaire (mitose par exemple) avantage lorganisme. Activit n 11 La similitude entre les chanes a de lhmoglobine chez les diffrents vertbrs prsents est frappante. Cette similitude exprime une parent entre ces molcules, reflet dune parent entre les gnes codant pour ces protines. Ces gnes drivent donc dun gne ancestral que possdait lanctre commun tous les vertbrs. Les gnes a des vertbrs sont des gnes homologues. Les globines a prsentes entrent toutes dans la composition de lhmoglobine. Concernant le transport de loxygne, lhmoglobine de la carpe, du triton, du poulet, du kangourou nest ni plus ni moins efficace que celle de lhomme. Les chanes a de lhmoglobine diffrent par une partie de leurs acides amins mais ces modifications dues des mutations, nentranent pas de diffrence au niveau du site actif des molcules. On peut donc parler de mutations neutres, cest-dire ninfluenant pas la fonction de la protine, ce qui leur a permis dtre conserves de gnrations en gnrations. Les mutations neutres sont lorigine des gnes homologues des espces. Elles permettent par ailleurs aux scientifiques de tracer des arbres phylogntiques qui traduisent les hypothses de relations de parent entre les espces (voir squence 1). Les donnes molculaires sur les globines a permettent, par exemple, de dresser une phylognie des vertbrs. Les mutations neutres sont donc dexcellents traceurs de lvolution des espces.
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Activit n 12

Daprs le document 22, la similitude entre le gne antennapedia de la drosophile et le gne Hox B6 de la souris est importante : seulement 33 diffrences sur les 180 bases azotes reprsentes. On peut donc parler de gnes apparents ou gnes homologues. Le document 23 montre le rsultat dune exprience de transgnse du gne Hox B6 de la souris chez la drosophile. Le gne Hox B6 a t incorpor, au pralable, dans un systme qui le rend actif, particulirement, au niveau de la tte. Le rsultat de cette exprience est spectaculaire : il montre la prsence de pattes la place des antennes chez la drosophile transgnique. Sur le document 20, nous pouvons reprer que le gne antennapedia rgule la mise en place dune rgion thoracique de la drosophile, rgion o se situent les pattes et les ailes de la drosophile adulte. Le gne Hox B6, rendu actif au niveau de la tte de la drosophile, a donc la mme fonction que le gne antennapedia puisquil permet la mise en place de pattes au niveau de la Tte. Ces expriences de transgnse montrent donc quun gne homotique de souris, charg de la mise en place dune rgion prcise, est capable dtre actif chez la drosophile. Il provoque la mise en place dorganes de drosophiles. Cela montre quil dclenche lactivit dun ensemble de gnes de la drosophile, qui, eux, contribuent la construction de ces organes. Les gnes homotiques ou gnes architectes sont des gnes de rgulation.

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