BIOLOGIE MOLECULAIRE

Pr Lutomski D.
Laboratoire de Protomique Unit de thrapie cellulaire cutane

Plan du cours
Nature chimique et biochimique des sous units monomriques dADN et dARN Nature polymrique des acides nucliques Le mcanisme de rplication Le mcanisme de transcription Le mcanisme de traduction Technologies dtudes de lADN, des gnes et des produits de ces gnes

Nature chimique et biochimique des sous units monomriques dADN et dARN

LADN et lARN dans les cellules

ADN = acide dsoxyribonuclique ARN = acide ribonuclique Constituants essentiels de la cellules. Ces macromolcules permettent lexpression des protines ARN est plus abondant que lADN.
Dans la bactrie E.coli, lARN reprsente 20,5 % de son poids sec , alors que lADN nen reprsente que 3,1 %.

ARNs

ARN ribosomaux ARN transferts ARN messagers

 Les acides nucliques (ADN et ARN) sont, aprs les protines (qui reprsentent 55% du poids sec dune cellules), les macromolcules les plus abondantes.
ARN ribosomaux ARN transfert ARNmessagers

ARNm ne reprsente que 4% des ARN totaux (en poids)

LADN nexiste pas sous forme libre dans la cellules.

Chez les procaryotes : complexes avec des polyamines et des protines. Chez les eucaryotes, lADN est associ dans le noyau avec les histones et de nombreuses protines non histones. Dautres protines et enzymes, tels les ADN polymrases, ARN polymrases, des facteurs de transcriptions interagissent galement avec lADN.

 Les sous-units monomriques dacide nuclique sont abondantes dans les cellules. Prcurseurs pour la synthse de lADN et lARN Contrle des rponses de la cellules ainsi que comme rgulateurs cls des ractions mtaboliques.

Procaryotes
LADN des procaryotes et des protozoaires est prsent qua une copie ou un nombre trs rduit de copie par cellules. LADN des procaryote est localis au niveau du nuclode LADN extrachromosomique existe chez la bactrie et est appel plasmide (le nombre de copies dun plasmide peut varier de quelques units plusieurs centaines par bactrie)

Mtazoaires
Les mtazoaires ayant une reproduction sexue ont deux jeux dADN nuclaire.
Lun est dorigine paternelle, lautre dorigine maternelle.

Chaque molcule, qui peut tre observable en microscopie, est appele chromosome. LADN humain est composs de 46 chromosomes (23 paires). Les paires de chromosomes sont appeles chromosomes homologues

ADN prsent
Dans les mitochondrie

plastides (notamment le chloroplaste).

ADN mitochondrial

LADN comme matriel gntique

En 1868, Friedrich Meischer a le premier isol un matriel biologique contenant du phosphore, quil a appel nucline. Mlange dacides nucliques et protines. Une fois purifi, la partie non protique montre des proprit acide et donc appel acide nuclique. Le rle biologique de lacide nuclique, cest a dire son rle comme matriel gntique ne sera pas dcouvert avant plusieurs dcades

Sucre, phosphate et bases de type N

L hydrolyse acide des nucliques libre 3 produits:

un sucre, un groupement phosphate une base organique.

acides

Les bases organiques des AN

Il y a 4 types de base dans lADN,
adnine, guanine, cytosine thymine

Il y a 4 types de base dans lARN,

adnine, guanine, cytosine uracile

Les bases puriques

Deux bases puriques sont prsentes dans lADN et lARN : ladnine et la guanine

Adnine= 6-amino purine

Guanine = 2-amino 6-cto purine

Les bases pyrimidiques

Uracile = 2,4 dicto pyrimidine

Cytosine =2 cto 4 amino pyrimidine

Thymine= 2,4 dicto 5 mthyl pyrimidine

Les bases pyrimidiques

Nuclotides et nuclosides
Nucloside
molcule de sucre lie a une base de type N

Nuclotide
molcule de sucre avec un groupe phosphate lie une base de type N.

 Si le sucre est un dsoxyribose, lacide nuclique est un acide dsoxyribonuclique (ADN) Si le sucre est un ribose, lacide nuclique est un acide ribonuclique (ARN)

Les sucres ribose et dsoxyribose

Ribose et dsoxyribose sont des sucres cinq atomes de carbone, (ou sucre en C5).

En solution, le sucre forme un cycle par une liaison hmiactal entre le C1 et le groupe OH en C4, formant un cycle a cinq sommet, alors que le C5 reste libre. Le cycle contient un atome doxygne (appel O4'). Etant donn que ce sucre est analogue a un furane, ce sucre cyclique est appel furanose. Le furanose nest pas plan Dans le furanose, le C1 est latome sur lequel va seffectu la liaison N-osidique avec la base de type N

Abrviations

Et donc...

a fait un peu peur,mais pas de panique

Proprits aromatiques et absorption dans lUV

Toutes les bases htrocycliques de type N sont aromatiques Laromaticit entrane donc des proprits spectroscopiques. Les acides nuliques absorbent dans lUV avec un pic a 260 nm,
la mesure de la concentration dADN et dARN en solution.

La charge diffrent pH
En fonction du pH de la solution, la charge dun nuclotide peut varier.
Importance du groupement phosphate. A un pH physiologique, les groupes portent une charge ngative. Les atomes N du cycle aromatique peuvent tre protonn des pH trs bas (<3.8) Les groupements hydroxyles du sucre peuvent tre dprotonns a des pH extrment alcalins pH (>12.5). La prsence de charges ngatives sur les nuclotides ncessite par prsence de contre ions. Les nuclotides libres ont pour contre ions Mg2+ and K+. Les molcules ADN et dARN intragissent gnralement avec des protines a la surface charges positivement

Liaisons phosphodiester, dinuclotide, polynuclotide

Quand deux nuclotides sont lis lun a lautre par une liaison phosphodiester, un dinuclotide est form. Si un autre nuclotide se lie, on obtient alors un trinuclotide. Si dautres nuclotides se lient, une chane linaire doligonuclotides se forme. Si lon a plus de 50 nuclotides, on parle alors de polynuclotide. Lenchanement des diffrentes bases dans le brin dun polynuclotide, ou squence nuclotidique, constitue la base du code gntique.

 Au cours de la synthse dun polynuclotide, ou polymrisation, de lnergie est requise. Celle-ci est fournie par les NTP ou dNTP qui sont les substrats pour la synthse respective du brin dARN ou dADN. Lenzyme qui catalyse cette raction est une ARN polymrase et une ADN polymrase
Sera tudi prochaine sance.

Appariement A=T, G=C rgle de Chargaff.

Le modle de la double hlice dADN de Watson-Crick

Watson et Crick ont propos la structure en double hlice de lADN en 1953. Des donnes cristallographiques de lADN fournie par R. Franklin et M. Wilkins ont trs montr que lADN est une molcule linaire avec une strucure 3D rgulire

Les deux brins sont orients de faon antiparallle, avec la conservation de lorientation 5-3. Cette double hlice est maintenue par la formation de liaison hydrogne entre les bases complmentaires. Le phosphate et le sucre forment le squelette , orient vers lextrieur de la molcule, tandis que les bases hydrophobes sont a lintrieur de la double hlice.

hlice droite grand sillon : grand petit sillon : cras, inaccessible paires de bases inclines de 19 par rapport au plan perpendiculaire l'axe de l'hlice Liaison osidique anti Prsence relativement frquente

hlice droite grand sillon : grand petit sillon : petit paires de bases perpendiculaires au plan de l'axe de l'hlice Liaison osidique anti Prsence trs frquente

hlice gauche Les 2 sillons sont quivalents Liaison osidique : purine : syn pyrimidine :anti Rare

Une base relie a un sucre peut tre en position anti ou en syn

ANTI SYN

Comparaison ADN-ARN

Hydrolyse de polynuclotides, stabilit et nuclases

Lutilisation par dame nature de liaison phosphodiester entre les units nuclotidiques permet une flexibilit des polymres linaires dacides nucliques. Mais ceci permet galement le clivage de ces liaisons par des produits chimiques et des enzymes.

LARN est particulirement sensible lhydrolyse alcaline, alors que lADN ne lest pas.
Ceci est d a la prsence dun groupe OH en position 2 sur le ribose sur chaque rsidu nuclotidique de lARN.Souvenez vous que le 2'OH est absent de lADN!!

 De nombreuses enzymes peuvent digrer lADN et lARN.

Certaines sont peu spcifiques et digrent a la fois lARN et lADN, et sont appeles nuclases Les enzymes qui digrent spcifiquement lARN sont appeles des RNases, alors que celles qui digrent spcifiquement lADN sont appeles des Dnases Les nuclases qui agissent a lextrmit de la molcules sont des exonuclases, et celles qui clive au milieu du brin sont des endonuclases.

NB : Les nuclases sont utilises pour la recherche en biologie molculaire

Interactions des polynuclotides avec leau et les ions

Les acides nucliques sont des molcules trs polaires et ils peuvent tre dissous facilement dans leau malgr leur masse molculaire du fait de la prsence de sucre ribose polaire et des charges ngative du groupe phosphate LADN et lARN sont fortement hydrats, avec au moins 11-12 molcules deau par nuclotide.