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UNIVERSITE DE RENNES I
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FACULTE DE MEDECINE
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ENZYMES CO-ENZYMES
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Pr Marc Denis
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ENZYMOLOGIE
1. GENERALITES 1.1. Dfinitions 1.1.1. Enzyme 1.1.2. Substrat Produit 1.1.3. Site actif 1.2. Mode daction
Diagramme d'une raction catalytique qui montre l'nergie (E) requise diffrentes tapes suivant l'axe du temps (t). 1.3. Caractristiques CH 2 OH O CH 2OH O OH + R OH
+ H2O
Galactosidase
D Galactoside
D Galactose
2. CLASSIFICATION DES ENZYMES 2.1. Oxydo-rductases EC1 2.2. Transfrases EC2 2.3. Hydrolases EC3 2.4. Lyases EC4 2.5. Isomrases EC5 2.6. Ligases (ou synthtases) EC6
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3. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A UN SUBSTRAT MODELE DE MICHAELIS 3.1. Gnralits 3.1.1. Influence de la concentration en enzyme
v v2 v1 E1 E2 [E]
3.1.2. Influence de la concentration en substrat a) Variation de [S], [P] et [ES] au cours du temps
Concentrations
P ES 0 tA tB
Temps
v VM
Enzyme satur
[S]
COURBE DE SATURATION
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v=
[S ] + KM
VM [S ]
1 1 KM 1 = + v VM [S ] VM
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3.5. Activit enzymatique 3.5.1. Dfinitions et units 3.5.2. Activit spcifique 4. EFFECTEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 4.1. Influence de la temprature 4.1.1. Effet de la temprature sur la vitesse 4.1.2. Inactivation thermique des enzymes 4.1.3. Rsultante des deux effets
Activit enzymatique
Activation
Dnaturation
opt
Temprature
4.2. INFLUENCE DU pH
Activit enzymatique
pH opt
ACTIVITE ENZYMATIQUE EN FONCTION DU pH
pH
4.3. INFLUENCE DES IONS METALLIQUES 4.4. INHIBITEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 4.4.1. Inhibition comptitive
I E S
+S E +I EI ES E+P
6/22
v=
V M [S ] [I ] 1+ [S ] + KM KI
[I ] K'M = KM 1 + KI
E S I
E +I EI
+S
ES +I ESI
E+P
+S
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v=
V M [S ] [I ] 1+ (KM + [S ]) KI
VM=
'
VM 1 + [I ] KI
1 1 = v VM
[I ] 1 + KM 1+ KI [S ]
Forme
Forme R
8/22
SO 2 Sulfamide
NH 2
NH 2 N N N
SH N
N Adnine
NH
NH
6 mercaptopurine
R149 R31
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6.2. Nature de l'interaction enzyme-substrat 6.2.1. Interactions hydrogne 6.2.2. Transfert de charge 6.3. Mise en vidence du site actif 6.3.1. Ractifs de groupes 6.3.2. Marquage par le substrat ou ses analogues 7. REGULATION DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE 7.1. Contrle gntique de la synthse des enzymes 7.2. Rgulation par modification structurale de l'enzyme 7.2.1. Systmes rversibles a) Phosphorylation - dphosphorylation : Ser, Thr, Tyr
ATP EnzSerOH ADP EnzSerOPO3 H2
ATP EnzTyrOH
PPi EnzTyrOAMP
RCH3
Nicotinamide EnzArgribosylADP
7.3. Rgulation au niveau du site catalytique 7.3.1. En fonction de KM et de la concentration en substrat 7.3.2. Inhibiteurs et activateurs
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E1
E2
E3
E4
E5
C
+
8. UTILISATION DES ENZYMES EN BIOLOGIE 8.1. Enzyme de Conversion de l'Angiotensine (ECA) 8.2. Amylase 8.3. Cratine phosphokinase (CPK) 8.4. Lactate-dshydrognase (LDH) 8.5. Phosphatases alcalines (PAl)
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LES COENZYMES
1. DEFINITION ET PROPRIETES 2. CLASSIFICATION
R= CH 2 OR
H O
Pyridoxal
H3 C
+ N 1 H
R=
P OH
OH
Pyridoxal phosphate
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N 1'
2'
CH 2
+ N3
2 1
CH 3
4 5
H3 C R= H O P
NH 2
CH 2
CH 2
OR
R=
OH
2.2. Source 2.3. Principaux types de ractions catalyses 2.3.1. Dcarboxylation d'acides ctoniques 2.3.2. Ractions de transctolisation 3. BIOTINE 3.1. Structure O
2'
HN H
2
1'
3'
NH H
4 5 1
(CH 2 ) 4
COOH
10
13/22
O C R
CH NH 2 10 9
4'
COOH
14/22
- le cobamide coenzyme B12 R = 5' dsoxyadnosine - les vitamines B12 : R = CN pour la cyanocobalamine (vit B12) R = OH pour l'hydroxycobalamine (vit B12a) R = CH3 pour la mthylcobalamine (mthyl B12)
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N
5'
O O P OH
3' 2'
H 2C O
4' 1'
H 2 PO 3 O CO NH
OH (CH 2 )2 SH
Cystamine
O + CoASH O AMP R C
O + AMP SCoA
Acyl CoA
O HO P OH O
O P O
O P O
N
5'
N O
4' 3' 1' 2'
H2 C
OH
liaisons anhydrides
OH
liaison ester
OH OH
Adnosine
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O R O P O OH 6.2.2. Complexation
O OH P O
O P OH
ou
OH H
OH
6.3. Principaux types de ractions ou intervient l'ATP 6.3.1. Transfert de phosphate Adnine-ribose P P P + R OH 6.3.2. Transfert de pyrophosphate Adnine-ribose P P P + R OH R O P P + AMP R OP + ADP
R AMP + Ppi O
C O
Acyl AMP
ribose-adnine
COOH ATP + R CH
ribose-adnine
Aminoacyl AMP
6.4. Autres nucleosides phosphates 6.4.1. Nuclosides diphospho oses 6.4.2. Nuclosides monophosphate cycliques
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NH 2 N N
H
Rcepteur de l'hormone
Hormone
extrieur
N
AMP cyclique
5'
N O
3'
+
Adnylate cyclase
Membrane plasmique
intrieur
H2 C
ATP
Protine kinase inactive
3'5' AMP +
Protine kinase active
HO
P O
+
Enzyme dphosphoryl inactif Enzyme phosphoryl actif responsable des effets biologiques
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COENZYMES D'OXYDO-REDUCTION
1. COENZYMES NICOTINIQUES 1.1. Structure
O C OH N
O C NH 2
O
5'
N O
HO
H 2C
O N1
2
NH 2 N
9 3
N
5'
N O
2'
HO
P O
H 2C
AMP R=H R = PO H
3
OR + NAD NADP+
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H ion hydrure
O H C NH 2
Attaque nuclophile
4
O H C NH 2 N R
N+ R
H + 2 H+ + 2 e -
H + H+ N
Absorption
NADH
260
340
420
(nm)
1.4. Principaux types de ractions catalyses par les coenzymes pyridiniques 1.4.1. Oxydation d'alcools primaires
R CH 2 OH R CHO NAD + NADH + H +
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O OH
NAD + NADH + H +
CH NH 2
C NH
R' H2 O NH 3
C O
R'
N
10
4 3 2
NH O NH 2 N N
9
7 8 9 1
N CH 2 (CHOH)3
5'
CH 2 O OH O P O O
N H2 C O
OH
P O
FMN FAD
H N
10
+2H
1
+2e
N H
21/22
XH 2 FAD
H 2C H 2C COOH COOH FAD FADH 2
X FADH 2
HC HOOC CH COOH
Acide succinique
2.2.2. Hydrognes issus de coenzymes nicotiniques rduits XH NADH + H + FADH Cytochrome red
2 2
NAD +
e-
FAD
Cytochrome ox
3. COENZYMES QUINONIQUES
O H 3 CO H 3 CO O CH 3 CH CH 2 C CH 3 n CH 2 H avec 4 < n < 10
O
+
OH
+2H
+2e
Ox
E' = + 0,10 V
Red
OH
E' = - 0,29 V
22/22
O C C +2e
C HC C
OH O OH
CH 2 OH
CH 2 OH
E' = + 0,06 V
Acide L ascorbique
6. LE GLUTATHION
Acide glutamique
H2 N HOOC CH (CH 2 )2
Cystine O H N C N C CH H O CH 2
SH
Glycine
CH 2 COOH
GSSG + 2 H+ + 2 e-
2 GSH