P A R T E

Microbiologa mdica bsica

CAPTULO

Taxonoma microbiana

a taxonoma es un rea de la ciencia biolgica que comprende tres disciplinas distintas, pero muy interrelacionadas, que incluyen la clasificacin, la nomenclatura y la identificacin. Cuando se la aplica a todos los seres vivos la taxonoma proporciona un medio uniforme para clasificar, denominar e identificar los organismos. Esta uniformidad permite que los bilogos de todo el mundo utilicen un nombre comn para cada organismo que estudian dentro de sus disciplinas particulares. El idioma comn que proporciona la taxonoma minimiza la confusin sobre los nombres y permite centrar la atencin en problemas y fenmenos cientficos de relevancia. La importancia de esta contribucin no slo se comprende en la filogenia (antecedentes evolutivos de los organismos) sino tambin en casi todas las otras disciplinas de la biologa, incluida la microbiologa. En el diagnstico microbiolgico la clasificacin, la nomenclatura y la identificacin de los microorganismos desempean un papel central porque proporcionan el diagnstico exacto y oportuno de las enfermedades infecciosas. Debido a la importante contribucin de la taxonoma al diagnstico microbiolgico a continuacin se describen con algn detalle las tres reas que constituyen la taxonoma.

debajo de los niveles de subespecie que comparten caractersticas especficas, pero relativamente menores, pueden designarse como biotipo, serotipo o genotipo. Aunque estos subgrupos pueden tener cierta importancia taxonmica y en ocasiones utilidad prctica, su valor en el diagnstico microbiolgico por lo comn es limitado.

GNERO
El gnero es el siguiente taxn ms alto y comprende especies diferentes que comparten varias caractersticas importantes pero difieren lo suficiente como para seguir manteniendo su estatus como especies individuales. Todas las especies bacterianas pertenecen a un gnero y la relegacin de una especie a un gnero particular se basa en varias caractersticas genticas y fenotpicas compartidas entre las especies. Sin embargo, los microorganismos no poseen la multitud de caractersticas fsicas exhibida por los organismos ubicados ms arriba en la escala, como las plantas y los animales. Por ejemplo, raras veces dejan algn registro fsil y exhiben una enorme capacidad de entremezclar el material gentico entre especies y gneros supuestamente no relacionados. Por estas razones es difcil establecer de manera fiable la pertenencia de los microorganismos para poder clasificarlos en taxones ms altos que el nivel de gnero. Por consiguiente, aunque para la clasificacin de las plantas y los animales se utiliza la agrupacin de gneros similares en familias comunes y de familias similares en rdenes comunes y as sucesivamente, estas designaciones de taxones ms altos (es decir, divisin, clase, orden, familia) no suelen ser tiles para clasificar las bacterias.

CLASIFICACIN
La clasificacin es la organizacin de microorganismos que comparten caractersticas morfolgicas, fisiolgicas y genticas similares en grupos especficos o taxones. El sistema de clasificacin es jerrquico y consiste en las siguientes designaciones de taxones:

NOMENCLATURA
La nomenclatura, o sea la denominacin de los microorganismos segn reglas y normas establecidas, proporciona los nombres aceptados por los cuales los microorganismos son reconocidos en todo el mundo. Dado que el gnero y la especie son los grupos de mayor inters para los microbilogos, la explicacin de las reglas que rigen la nomenclatura microbiana se limitar a estas dos designaciones taxonmicas. En este sistema de nomenclatura binomial (dos nombres), a cada microorganismo se le asigna un nombre de gnero y especie derivado del latn o del griego. En otros trminos, cada microorganismo tiene un nombre cientfico que consiste en dos partes: la designacin del gnero, que siempre se escribe con mayscula, y la designacin de la especie, que nunca se escriben con mayscula. Ambos componentes se usan siempre de manera simultnea y se escriben en itlica en la escritura

Especie Gnero (compuesto por especies similares) Familia (compuesta por gneros similares) Orden (compuesto por familias similares) Clase (compuesta por rdenes similares) Divisin (compuesta por clases similares) Reino (compuesto por divisiones similares)

ESPECIE
La especie es el grupo taxonmico ms elemental y puede definirse como una coleccin de cepas bacterianas que comparten muchas caractersticas fisiolgicas y genticas, y como grupo difieren de manera notable de otras especies bacterianas. En ocasiones se reconocen subgrupos taxonmicos dentro de una especie, denominados subespecies. Adems, los grupos ubicados por
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Captulo 1 Taxonoma microbiana

RECUADRO 1-1

Papel de la taxonoma en el diagnstico microbiolgico y las enfermedades infecciosas

Establece y mantiene los registros de las caractersticas fundamentales de los microorganismos clnicamente relevantes Facilita la comunicacin entre tcnicos, microbilogos, mdicos y cientficos mediante la asignacin universal de nombres tiles para microorganismos de importancia clnica. Esto es esencial para: Establecer una asociacin entre enfermedades o sndromes particulares y microorganismos especficos Acumular conocimientos con respecto al tratamiento y la evolucin de enfermedades asociadas con microorganismos especficos Establecer los patrones de resistencia a los agentes antimicrobianos y reconocer patrones cambiantes Entender los mecanismos de resistencia antimicrobiana y detectar los mecanismos nuevos exhibidos por un microorganismo particular Reconocer microorganismos patgenos nuevos y emergentes Reconocer cambios en los tipos de infecciones o enfermedades causados por microorganismos familiares Designar modificaciones de las tecnologas disponibles para el desarrollo de nuevos mtodos que optimicen la deteccin y la identificacin de agentes infecciosos, as como la deteccin de resistencia microbiana a agentes antiinfecciosos Desarrollar teraputicas antiinfecciosas nuevas

impresa o subrayados en la escritura manual. Por ejemplo, los estreptococos incluyen Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae y Streptococcus bovis, entre otros. De manera alternativa, el nombre puede abreviarse utilizando la primera letra mayscula de la designacin del gnero seguida por un punto (.) y el nombre completo de la especie, que nunca se abrevia, como S. pneumoniae, S. pyogenes, S. agalactiae y S. bovis. Con frecuencia puede utilizarse una designacin informal (p. ej., estafilococos, estreptococos, enterococos) para denominar a un grupo particular de microorganismos, pero estas designaciones no se escriben con mayscula ni en itlica. Cuanto se obtiene ms informacin con respecto a la clasificacin y la identificacin una especie particular puede trasladarse a un gnero diferente o se le puede asignar el nombre de un gnero nuevo. Las reglas y los criterios para estos cambios exceden el alcance de este captulo pero estos cambios estn documentados en el International Journal for Systematic Bacteriology. En el laboratorio de diagnstico los cambios de nomenclatura se introducen de manera gradual para que los mdicos y los laboratoristas tengan amplias oportunidades de reconocer que a un patgeno familiar se le asign un nombre nuevo. Para lograrlo se utiliza la designacin del gnero nuevo pero se contina empleando la designacin anterior entre parntesis, por ejemplo, Stenotrophomonas (Xanthomonas) maltophilia o Burkholderia (Pseudomonas) cepacia.

ma en la microbiologa diagnstica y en las enfermedades infecciosas (Recuadro 1-1).

MTODOS DE IDENTIFICACIN
Se utiliza una variedad amplia de mtodos y criterios para establecer la identidad de un microorganismo. Estos mtodos por lo comn pueden separarse en dos categoras generales: caractersticas genotpicas y caractersticas fenotpicas. Las caractersticas genotpicas se relacionan con la composicin gentica del microorganismo, lo que incluye la naturaleza de sus genes y los cidos nucleicos constitutivos (en el captulo 2 puede hallarse ms informacin sobre gentica microbiana). Las caractersticas fenotpicas se basan en rasgos que exceden el nivel gentico e incluyen los que se observan con facilidad y otros cuya deteccin puede requerir procedimientos analticos extensos. Los ejemplos de las caractersticas utilizadas como criterios para la identificacin y la clasificacin bacteriana se muestran en el Cuadro 1-1. En la taxonoma microbiana moderna por lo general se utiliza una combinacin de varios mtodos para que el microorganismo sea caracterizado de la forma ms completa posible y su clasificacin y la asignacin de su nombre se lleven a cabo de la forma ms apropiada. Si bien los criterios y los ejemplos que se mencionan en el cuadro 1-1 estn en el contexto de la identificacin microbiana con propsitos de clasificacin, los principios y las prcticas de clasificacin guardan un paralelismo exacto con los enfoques utilizados en microbiologa diagnstica para la identificacin y la caracterizacin de los microorganismos encontrados en el contexto clnico. Felizmente, debido a los esfuerzos y los logros previos de los taxonomistas, para identificar agentes infecciosos los microbilogos no tienen que utilizar varios esquemas de clasificacin e identificacin laboriosos. En lugar de eso extraen las caractersticas importantes del microorganismo en las que basan sus mtodos de identificacin para poder identificarlo de manera oportuna y til desde el punto de vista clnico (vase cap. 14). En cierto sentido la microbiologa diagnstica utiliza versiones simplificadas

IDENTIFICACIN
La identificacin microbiana es el proceso por el cual se delinean las caractersticas importantes de un microorganismo. Una vez establecidas estas caractersticas el perfil se compara con los de otros microorganismos caracterizados con anterioridad para que el microorganismo en cuestin pueda clasificarse dentro del taxn ms apropiado (clasificacin) y se le pueda asignar un nombre de gnero y especie apropiado (nomenclatura); ambos son aspectos esenciales del papel que desempea la taxono-

Parte I MICROBIOLOGA MDICA BSICA

Cuadro 1-1 Criterios de identificacin y caractersticas para la clasificacin microbiana

Ejemplos de criterios fenotpicos Morfologa macroscpica Principios Caractersticas de los patrones de crecimiento microbianos en los medios de cultivo artificiales como se observan cuando se inspeccionan a simple vista. Los ejemplos de estas caractersticas incluyen el tamao, la textura y la pigmentacin de las colonias bacterianas Tamao, forma, inclusiones intracelulares, apndices celulares y disposicin de las clulas cuando se las observa con la ayuda del microscopio Capacidad del microorganismo para reproducir un color particular con la aplicacin de colorantes y reactivos especficos. La tincin por lo comn se utiliza junto con la morfologa microscpica como parte del proceso de identificacin bacteriana. Por ejemplo, la tincin de Gram para las bacterias es un criterio fundamental para la identificacin Capacidad de un microorganismo para crecer a diferentes temperaturas, en presencia de oxgeno y otros gases, a diversos niveles de pH o en presencia de otros iones y sales como NaCl Capacidad de un microorganismo de utilizar varias fuentes de carbono y nitrgeno como sustratos nutritivos cuando crece en condiciones ambientales especficas Exhibicin por parte de ciertos microorganismos de una resistencia inherente caracterstica a antibiticos especficos, metales pesados o toxinas Determinar los perfiles de los microorganismos con varios mtodos serolgicos e inmunolgicos tiles para establecer la relacin entre diversos grupos microbianos Establecimiento de los constituyentes moleculares de la clula que son tpicos de un taxn (o grupo particular de microorganismos) con diversos mtodos analticos. Por ejemplo, componentes de la pared celular, componentes de la membrana celular y contenido enzimtico de la clula microbiana Principios El DNA est constituido por cuatro bases (guanina, citosina, adenina y timina). El grado en que el DNA de dos microorganismos est compuesto por citosina y guanina (es decir, contenido de G + C) en relacin con su contenido total de bases puede utilizarse como indicador de la relacin o falta de relacin. Por ejemplo, un microorganismo con un contenido de G + C del 50% no se relacionar estrechamente con un microorganismo cuyo contenido de G + C sea del 25% El orden de las bases a lo largo de una cadena de DNA o RNA se conoce como secuencia de bases y el grado de semejanza (homologa) de las secuencias entre dos microorganismos puede determinarse en forma directa o indirecta con diversos mtodos moleculares. El grado de similitud de las secuencias puede ser una medida del grado de relacin entre los microorganismos

Morfologa microscpica Caractersticas de tincin

Requerimientos ambientales Requerimientos nutricionales Perfiles de resistencia Propiedades antignicas Propiedades subcelulares

Ejemplos de criterios genotpicos Relacin de la composicin de bases del DNA

Anlisis de la secuencia de bases de los cidos nucleicos (DNA y RNA)

de los mtodos fenotpicos y genotpicos empleados por los taxonomistas para identificar los microorganismos. Esto no significa que la identificacin de todos los microorganismos de importancia en clnica sea fcil y directa ni tampoco que los microbilogos slo puedan identificar y reconocer microorganismos ya caracterizados y con nombres asignados por los taxonomistas. De hecho, es bien sabido que el laboratorio de microbiologa clnica es el lugar en el que se detectan por primera vez agentes infecciosos desconocidos o no caracterizados y que, por ende, tiene una responsabilidad creciente como centinela para investigar la etiologa de las enfermedades infecciosas emergentes.

LECTURAS ADICIONALES
Balows A, Turper HG, Dworkin M, et al, editors: The prokaryotes: a handbook on the biology of bacteria: ecophysiology, isolation, identification, applications, vols 1-4, New York, 1992, Springer Verlag. Brock TD et al, editors: Biology of microorganisms, Englewood Cliffs, NJ, 1994, Prentice Hall. Krieg NR, Holt JG, editors: Bergeys manual of systematic bacteriology, vol 1, Baltimore, 1984, Williams & Wilkins. Garrity GM, editor: Bergeys manual of systematic bacteriology, ed 2, New York, 2005, Springer.