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La lgica molecular de la vida

Introduccin Los sistemas biolgicos (seres vivos) estn constituidos por subsistemas o clulas que a su vez se componen en ltima instancia de entes, que no son otra cosa que nuestro concepto qumico de molcula. Estas ltimas unidades se consideran como sistemas no vivos. La vida es entonces la estrategia de los biosistemas para interaccionar con el medio, al tiempo que sostienen una alta organizacin y una importante capacidad de respuesta. Subunidades monomricas + Letras del Desoxirribo Aminocidos La denominada Escuela de Bruselas plante en uno de sus alfabeto ingls seminarios una pregunta simple. Cul es la diferencia entre la nucletidos 20 tipos 26 tipos Qumica Orgnica y la Qumica Biolgica? El seminario 4 tipos diferentes diferentes diferentes concluye que en la Qumica Biolgica, molculas como el DNA poseen historia y su estructura hace referencia del pasado en el que fueron construidas. Por su parte, la molcula orgnica de sntesis no tiene ninguna referencia evolutiva. Sin embargo la conexin entre ambas est en los mecanismos orgnicos de reactividad que son idnticos para ambos tipos de molculas.1 El referente histrico de las biomolculas tiene que ver con la informacin que estn en capacidad de almacenar. En la figura 2-1 se ilustra las diferentes organizaciones que se pueden realizar para tres tipos de informacin, mediante secuencias lineales y en segmentos de 8 subunidades. Para el primer caso y en el idioma ingls, se pueden fabricar (al recurrir a la combinatoria), 2.1 x 1011 secuencias lineales diferentes. Surge entonces una pregunta: Todas estas secuencias tienen sentido idiomtico? La respuesta es clara y contundente: No. Dado que el orden se asocia a la capacidad de generar, almacenar e interpretar la informacin y solo algunas secuencias tienen almacenada informacin, en el caso particular de este idioma a esta secuencia con sentido se le denomina PALABRA. El esquema central de la figura 2-1 da cuenta de cmo 4 nucletidos al unirse originan 65536 secuencias diferentes. En trminos biolgicos, este tipo de organizacin corresponde al orden gentico. Finalmente, para las protenas (esquema Figura 2-2. Concentraciones internas y derecho de la misma figura) externas de iones para sistemas biolgicos. se pueden obtener hasta 2,56 x 1010 mensajes diferentes considerando que las

Desoxirribo nucletidos (4 tipos diferentes)

subunidades disponibles son 20 aminocidos. Lo fascinante del orden molecular bioorgnico radica en que debe explicar Cmo? los sistemas vivos existen a pesar de ser per se un "contrasentido"
*El concepto de sistema empleado en este texto es el mismo que considera la termodinmica. Rincn F.; Escobar, J. Fundamentos de Fisicoqumica. Editorial UdeA (1989) **En el caso de organismos unicelulares + Grupo acadmico liderado `por Prigogine que tuvo como objeto de estudio los procesos no reversibles
1

Prigogine, Ilya. (1998) El nacimiento del Tiempo. ED. Metatemas

21 termodinmico, dado que permanecen en el estado menos probable. El orden metablico que permite incurrir en altos gastos energticos explica como se logra el mantenimiento de la informacin. Un ejemplo del gasto energtico se puede visualizar a travs de la necesidad de mantener el desequilibrio en las concentraciones de iones (interna/externa) de los organismos, tal y como se presenta en la figura 2-2. Obsrvese que la muerte significa llegar al equilibrio. Por su parte, la figura 2-3 ilustra dos hechos que es importante considerar en los procesos biolgicos: Fenmenos en los que se consume energa y procesos en los que dona energa. Estos dos tipos de eventos son denominados endergnicos y exergnicos respectivamente, y se dan tanto en procesos mecnicos como qumicos. En este mismo sentido, la figura 2-4 muestra los dos mecanismos que sostienen la vida en la Biosfera: En el primero, a partir de una fuente de energa lumnica (sol), un sistema de reacciones traduce la energa incidente en energa qumica y en el segundo; la energa qumica (alimento) es usada en el mantenimiento del orden biolgico.2

Figura 2-4. Fuente y traduccin de la energa en la biosfera Figura 2-3 Acoplamiento de sucesos energticos en procesos biolgicos

Jou, David; Llebot, J. E. (1989) Introduccin a la termodinmica de los procesos biolgicos. ED Labor Universitaria

22 La evolucin es entendida como un aumento de la complejidad y nunca en la direccin de la degradacin. 3 Un hecho que permite entender el mantenimiento del orden biolgico es la denominada catlisis enzimtica. La figura 2-5 presenta el efecto energtico de la catlisis enzimtica y la velocidad de una reaccin que es catalizada enzimticamente.
Cantidad de producto B formado
Con enzima

Energa libre, G

Barrera de activacin (estado de transicin, ) G no cat

Reactivos (A)

Reaccin:

Productos (B)

Sin enzima (no catalizado) Tiempo

Coordenada de reaccin

La molcula de ATP que se presenta en la figura 2-6, representa el mecanismo qumico por medio del cual se traduce la energa lumnica en qumica en productores y se almacena al degradar los alimentos en todos los biosistemas. La importancia de esta molcula radica en la "universalidad" de la disponibilidad de la energa, que se puede ver claramente en la figura 2-7 donde se presentan procesos que producen y consumen ATP. Un hecho comn de los procesos bioqumicos es la regulacin de las rutas biosintticas. En estos casos el producto final de un proceso biosinttico se constituye en un inhibidor del primer enzima de la ruta, tal y como se presenta en la figura 2-8.
2-7 Produccin y consumo de ATP

Figura 2-6 Molcula de Adenosin trifosfato (ATP)

2-8 Regulacin en rutas biosintticas

Prigogine, Ilya (1996) El tiempo y el devenir. ED. Gedisa

23 Probablemente los dos mecanismos biolgicos ms contundentes para la conservacin y proliferacin de los sistemas biolgicos sean la replicacin del DNA y los procesos evolutivos. Con la replicacin se garantiza el orden biolgico a pesar de la direccionalidad impuesta por la entropa, mientras que con la evolucin evidencia la adaptacin continua a las condiciones del medio. La figura 2-9 representa los dos hechos mencionados.

Hebra 1

Hebra 2

Vieja Hebra 1

Nueva Hebra 2

Nueva Hebra 1

Vieja Hebra 2

La mutacin representa el mecanismo fundamental del proceso evolutivo, mientras que la replicacin garantiza que la informacin generada se preserve. El equilibrio sutil entre el cambio (mutacin) y la conservacin (replicacin) es lo que ha permitido la adaptacin de la vida a las nuevas circunstancias y por lo tanto es lo que garantiza su supervivencia.

TALLER 2 Taller 2.

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1. Son lo mismo los procesos endergnicos y exergnicas que los endotrmicos y exotrmicos? De no ser as, explique en que radica la diferencia. 2. Explique al menos dos diferencias importantes en trminos de variables fisicoqumicas entre la catlisis enzimtica y la catlisis qumica. 3. Por qu motivo se puede interpretar a partir de la figura del pez en la figura 2-2, que el equilibrio es un sinnimo de muerte? 4. La idea planteada por la escuela de Bruselas con respecto a la diferencia entre una molcula biolgica y una molcula de la qumica orgnica, se explica especialmente con el ADN, considera que es posible extender la misma idea hacia las dems biomolculas como protenas, lpidos y carbohidratos y por qu? 5. Cmo se interpreta el enunciado: la energa qumica es usada en el mantenimiento del orden biolgico? 6. Las presiones del ambiente, la replicacin y la mutacin son variables fundamentales en la evolucin de las especies y el mantenimiento de la vida; explique cmo interaccionan las mismas para tal fin