XIII Congresso Brasileiro em Informtica em Sade CBIS 2012

PROCESSAMENTO DE IMAGENS MDICAS UTILIZANDO GRID COMPUTACIONAL MOTION DETECTION IN MEDICAL IMAGES USING COMPUTATIONAL GRID
Rita de Cssia Porfrio Cunha1, Ramon Alfredo Moreno2, Marco Antnio Gutierrez3
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Departamento de Informtica em Sade, Universidade Federal de So Paulo (UNIFESP), So Paulo, Brasil 2 Servio de Informtica, Instituto do Corao (InCor), HCFMUSP, So Paulo, Brasil

Resumo: As imagens mdicas constituem um recurso essencial para o diagnstico atual em diversas reas clnicas, porm formam um conjunto de dados com enorme volume, podendo um nico exame atingir centenas de gigabytes que requerem processamentos intensivos. Este artigo apresenta um estudo que avalia a utilizao da tcnica de grade computacional para aplicaes em processamento de imagens mdicas com estas caracteristicas. O projeto de pesquisa desenvolvido pelo InCor para analise dos campos de velocidade dos volumes cardacos, obtidos a partir da tcnica de fluxo ptico e que fornecem informaes importantes sobre os eventos dinmicos que ocorrem no ciclo cardaco, foi utilizado por se tratar de um tcnica que tem um alto custo computacional e exige um grande poder de processamento, tornando difcil a sua utilizao na prtica clnica. Porm com o uso da grade computacional espera-se obter uma melhora no tempo necessrio para o clculo do fluxo ptico. Palavras-chave: Imagens mdicas, grades computacionais, sistemas distribudos, computao em alto desempenho Abstract: Medical images are an essential resource for the current diagnosis in various clinical areas, but form a set of data with huge volume, and a single examination reach hundreds of gigabytes that require intensive processing. This article presents a study that evaluates the use of the technique of computational grid for applications in medical imaging that involve high computational cost and large volumes of data. For this reason was used an algorithm to read images generated in exams of nuclear medicine, which describe the cardiac motion and analyzes the speed camps of cardiac volumes, obtained from the technique of optical flow, providing important information on the dynamic events that occur in the cardiac cycle. Keywords: Medical images, grid computing, distributed systems, computing in high performance

Introduo Imagens mdicas podem ser adquiridas atravs de diversas tcnicas como: Radiologia, Micrografias, Exames anatomopatolgicos, Endoscopias, Anlises cromossomiais, UltraSom, Ressonncia Magntica e Medicina Nuclear. A Medicina Nuclear uma especialidade mdica que envolve o uso de materiais radioativos ( istopo ou radioistopo ou radiofrmaco) para diagnosticar e tratar doenas. Oferece informaes detalhadas sobre a anatomia e/ou fisiologia do paciente, permitindo ao profissional de sade obter informaes mais precisas sobre o diagnstico e o tratamento os efeitos de determinada doena. Os radiofrmacos compostos qumicos marcados com radioistopo que se acumulam SELETIVAMENTE em determinados rgos ou tecidos. absorvido pelo corpo via injeo, oral ou inalao. O projeto de pesquisa desenvolvido pelo Instituto do Corao de So Paulo (InCor) utiliza imagens de medicina nuclear (MN), para a anlise dinmica de imagens de SPECT sincronizado com o eletrocardiograma (Gated-SPECT) para descrio do movimento cardaco [Error: Reference source not found]. A anlise dos campos de velocidade dos volumes cardacos, obtidos a partir da tcnica de fluxo ptico [ ], pode fornecer informaes 1

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importantes sobre os eventos dinmicos que ocorrem no ciclo cardaco, as quais podem ajudar a entender a forma como alguns tratamentos melhoram a funo cardaca. Este mtodo possui uma vasta gama de aplicaes, dentre elas, a Dissincronia Ventricular [Error: Reference source not found]. A dissincronia ventricular um exemplo de condio patolgica que modifica o deslocamento normal do msculo cardaco [Error: Reference source not found]. A Terapia de Ressincronizao Cardaca (TRC) um procedimento cirrgico aplicado a pacientes com dissincronia intraventricular para restaurar o padro normal de contrao. At o momento, no entanto, no existe um parmetro ou medida especfica que permita caracterizar adequadamente o grau de dissincronia [Error: Reference source not found], assim como um mtodo que discrimine os pacientes que iro responder, ou no, implantao do marca-passo bi-ventricular, antes de sua realizao. Nos ltimos anos, vrios pesquisadores tm procurado solues para essas questes [Error: Reference source not found]. Um problema do mtodo do clculo do fluxo ptico, entretanto, o tempo de processamento elevado a o alto custo computacional, o que torna difcil a sua utilizao na prtica clnica. Uma maneira de lidar com estes problemas atravs de ferramentas que utilizam vrios computadores simultaneamente, como grades computacionais (grid computing) [ ]. Ian Foster define o Grid Computing como uma infra-estrutura que permite o uso integrado e colaborativo de computadores de alto desempenho, redes de interconexes, bases de dados e instrumentos cientficos pertencidos e gerenciados por mltiplas organizaes. [5]. Com o uso destas tecnologias podem-se obter diversos benefcios, tais como: Desenvolvimento de sistemas de armazenamento de imagens mdicas tolerantes a falha [Error: Reference source not found],[Error: Reference source not found]; Desenvolvimento e validao de algoritmos para grandes conjuntos de imagens [Error: Reference source not found]; Adoo de algoritmos de processamento e visualizao de imagem que no podem ser usados na prtica clinica por demandarem muito tempo (por exemplo, realidade aumentada [Error: Reference source not found], visualizao de tensor de difuso [Error: Reference source not found], registro de imagens mdicas [Error: Reference source not found], anlise de imagens 4D [Error: Reference source not found], [Error: Reference source not found]); Compartilhamento de informaes clnicas entre a comunidade mdica como, por exemplo, para ensino [Error: Reference source not found]; Uso de tcnicas de recuperao de imagens baseado em contedo [Error: Reference source not found]. Este artigo se prope, a avaliar o desempenho do paradigma Grid Computing ou grade computacional, quanto ao processamento de imagens que envolvem alto custo computacional e grandes volumes de dados, utilizando o projeto de pesquisa desenvolvido pelo InCor para o clculo do fluxo ptico, e comparar os resultados obtidos na serializao e paralelizao. Foi utilizada, para o processamento em grade, a infra-estrutura do projeto EELA-2 ( E-science grid facility for Europe and Latin America) [12], que atualmente composta de cerca de 7000 cores de processamento e 70TB de espao em disco [Error: Reference source not found] e do qual o Servio de Informtica do InCor membro. Mtodos O estudo visa analisar o desempenho da grade computacional para aplicaes em processamento de imagens mdicas que necessitam de alto poder computacional, obtendo-se uma melhora no tempo necessrio para clculo do fluxo ptico, tornando-o mais prximo da 2

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utilizao na prtica clnica, ultrapassando a limitao computacional existente atualmente. A Grade Computacional permite o compartilhamento de recursos coordenados e resoluo de problemas em organizaes virtuais multi-institucionais [Error: Reference source not found]. Ela pode ser definido como uma infra-estrutura de hardware e software que fornece acesso confivel, consistente, abrangente e barato com alta capacidade computacional [Error: Reference source not found]. A grade do EELA-2 utiliza o middleware gLite [Error: Reference source not found], para submisso de jobs, e atravs de uma User Interface (UI), possvel submeter jobs para a infra-estrutura, desde que se tenha um certificado vlido. Os Jobs so descritos na linguagem JDL (Job Description Language). Um exemplo de um arquivo JDL mostrado na figura 2.
Executable = "test.sh"; Arguments = "fileA fileB"; StdOutput = "std.out"; StdError = "std.err"; InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB"}; OutputSandbox = {"std.out", "std.err"}; RetryCount=3;

Figura 2: Exemplo de um arquivo JDL Uma tarefa submetida de acordo com o esquema demonstrado na Figura 3. O job definido no arquivo JDL enviado para uma fila de processamento (Task Queue). Em seguida, se determina os ns apropriados para o processamento (Match maker) e ento o job enviado para execuo no Elemento Computacional (Computing Element - CE) apropriado. O CE atualiza as informaes do status do job e permite a recuperao do resultado do processamento.
Submisso e Monitoramento de Job Gesto de dados

Submeter

Fila de Tarefas

Designar ns

Fornecedor de Informao

Contabiliza Registros Atualizador ISM WM Gerenciamento de poltica de acesso

Notificar disponibilidade Pedido de Job

Submeter/ Monitorar

Elemento Computacional

Atualizar

Sistema de Informao

Interface de Servio Web

Figura 3: Fluxo de submisso de tarefas (Jobs) Para executar os testes e coletar os dados iniciais, apresentados neste artigo, o algoritmo original que clcula o fluxo ptico, desenvolvido no AVS, em linguagem C, para mquinas seqenciais, foi modificado para ser independente do ambiente AVS que permite criar aplicaes para processamento de imagens, alm de permite que se criem redes de 3

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processamento, interligando-se os mdulos existentes. Tambm possvel o desenvolvimento de novos mdulos e interfaces para interao com o usurio. O clculo do fluxo ptico foi originalmente desenvolvido no ambiente AVS verso 5.0. O objetivo do clculo obter um campo de deslocamento que estabelea uma correspondncia entre certos pontos na estrutura da imagem entre os tempos t e t+1. De maneira geral, os mtodos para obter um campo de velocidades se baseiam na similaridade de caractersticas da imagem, no gradiente e tcnicas baseadas em freqncia [Error: Reference source not found]. Os mtodos baseados em gradiente foram introduzidos por Fennema e Thompson e desenvolvidos por Horn e Schunck atravs da equao de fluxo ptico[ ]. A equao formulada para o caso contnuo bidimensional, equao 1, denominada freqentemente de restrio de fluxo ptico (Optical Flow Constraint). Para poder calcular as velocidades, Horn e Schunck introduziram uma nova restrio relativa condio de suavidade ( smoothness), baseada na suposio que um pixel e seus vizinhos tm um valor de intensidade similar. Adotando a mesma condio de restrio a tcnica foi estendida para o caso 3D em imagens mdicas [Error: Reference source not found]. Com essa condio de restrio e considerando a extenso para 3D possvel obter o fluxo ptico atravs da minimizao do funcional apresentado na Equao 2. : Exu + Eyv + Et = 0 (1)

( E x u + E y v + E z w + Et ) min 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 dxdydz + (ux + uy + uz + vx + vy + vz + wx + wy + wz )

2
Ex ( E x u + E y v + E z w + Et ) 2 Ey 2 v = 2 ( E x u + E y v + E z w + Et ) Ez 2w = 2 ( E x u + E y v + E z w + Et ) 2u =

(2)

onde, o primeiro termo se refere restrio de fluxo ptico e o segundo a restrio de suavidade, sendo uma constante que controla a influncia do termo de suavizao. A minimizao da Equao 2 pode ser feita utilizando-se clculo variacional, que leva a um sistema de trs equaes diferenciais acopladas, a partir das equaes de Euler-Lagrange, conforme mostrado na Equao 3.

(3)

Estas equaes podem ser desacopladas, chegando-se a uma soluo iterativa usando a aproximao discreta do operador Laplaciano pelo o mtodo das diferenas finitas, sendo possvel determinar o fluxo ptico em cada ponto [ ]. Notou-se que a complexidade assinttica do mtodo em uma mquina seqencial funo 4

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do nmero de iteraes n necessrias para atingir o resultado e das dimenses da imagem, sendo sua complexidade de ordem O (n3DxDyDz). Uma vez que o clculo da velocidade em um voxel depende primariamente de sua vizinhana imediata, possvel beneficiar-se do processamento paralelo, se a imagem for dividida em diferentes segmentos, reduzindo-se o tempo de processamento [Error: Reference source not found]. Tomgrafos, cuja aquisio ocorre sincronizada com o eletrocardiograma, permitem que sequncias de volumes cardacos sejam adquiridas. Cada volume cardaco pode ento ser enviado em diferentes jobs para processamento em um grid computacional. Resultados Para o processamento serial foi utilizado o conjunto de algoritmos modificado para ser independente do ambiente AVS, para mquinas seqenciais. A ele foi submetida uma imagem de aproximadamente 50 MB, com dimenses largura 636 altura 434 profundidade 7 tempo 13, obtida atravs de exame de Ultrassonografia (US), obtendo-se assim, o tempo consumido para processamento de uma nica imagem. O processamento foi feito em um computador Intel Core 2 Duo, com CPU 6400 2.13 GHz, 2.99 GB de RAM, com sistema operacional LINUX. No processo de serializao, os testes foram realizados no mesmo computador, utilizando a mesma imagem, copiada, formando 6 (seis) grupos com diferentes quantidades de imagens: dez, vinte, trinta, quarenta, cinquenta e sessenta imagens, obtendo-se assim, o tempo resultante do processo para cada grupo. Tabela 1: Primeira etapa do processamento TEMPO (Minutos) Nmero imagens PC 1 158 10 1575 20 3151 30 4726 40 6301 50 7877 60 9452 Para o processamento em grade foram incorporadas bibliotecas de acesso a infra-estrutura de grid e estendeu-se, para o ambiente de grade computacional, o mesmo conjunto de algoritmos utilizados na primeira etapa da pesquisa. Para efeito de comparao de resultados, o mesmo processo foi repetido, desta vez, utilizando toda a infra-estrutura oferecida pelo grid.
Para ter uma avaliao de desempenho mais confival, cada execuo foi repetida 3 vezes.

Tabela 2: Primeira etapa do processamento TEMPO (Minutos) Nmero imagens Grid (mdia) PC 1 712 158 10 911 1575 20 1046 3151 30 1030 4726 40 1171 6301 5

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O grfico apresentado na Figura 4 ilustra o resultado obtido com a realizao entre o processamento da imagem utilizando a implementao do algoritmo do fluxo ptico para ambiente de processamento serial e para o ambiente de processamento de grade.

Figura 4: Comparao entre o processamento utilizando o PC e a grade computacional do EELA-2. Discusso Em termos do aproveitamento de recursos computacionais, embora a grade possa conter milhares de computadores, proporcionando um poder de processamento bem superior ao de um simples computador, pode apresentar uma reduo no seu desempenho, caso uma (ou mais) mquinas que fazem parte da estrutura se desconecte(m), o que pode ocasionar um tempo de espera na fila de processamento (scheduled) muito maior que o esperado. No caso do EELA, alguns Jobs chegam a uma espera de at 12 horas para mudana de status ( Ready, Running, Scheduled, Done). Alm disso, os ns utilizados para o processamento dos Jobs submetidos a grade, na maioria das vezes, ficam sobrecarregados, j que a grade no faz uso de todos os recursos disponveis de forma automtica, para isso seria necessrio uma especificao nos arquivos JDL de cada job. Ocasionando novamente um atraso no processamento, diminuindo a eficcia da grade. Um ponto crucial observado foi que na distribuio de tarefas de pequeno porte no sistema no houve ganho na performance da grade, isso ocorreu devido ao tempo perdido com o overhead entre a troca de mensagens. Outro grande problema a preocupao com os procedimentos de segurana aplicados para computadores locais so mais simples do que os aplicados a grade, j que aqui os computadores so agregados em vrios domnios distribudos pelo mundo inteiro atravs da internet, impondo, desta forma uma necessidade maior por segurana aos provedores a aos clientes desses servios, s tornando necessrio o uso de mecanismos de criptografia para garantir a segurana das informaes que sero submetidas a grade. Concluso Com os resultados obtidos ao se estender o conjunto de algoritmos desenvolvidos para 6

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mquinas seqenciais e utilizados no clculo de fluxo ptico em imagens mdicas, para o ambiente de grade computacional, utilizando a infra-estrutura do projeto EELA-2, foi possvel verificar uma melhora no tempo necessrio para o processamento de vrias imagens simultaneamente, tornando-a, dessa forma, uma opo mais eficiente que o processamento serial, quando se trata de uma grande quantidade de dados. Fornecendo, assim, a base tecnolgica importante para se obter uma melhora no tempo necessrio para o clculo do fluxo ptico, tornando-o mais prximo da utilizao na prtica clnica, ultrapassando a limitao computacional existente atualmente. Referncias
[1] Greene D, Tashakkori R, Kurtz B (2008). Grid computing: student research experiences, In: ACM Southeast Regional Conference Proceedings of the 46th Annual Southeast Regional Conference on XX. 2008, Auburn, Alabama, 496-500 set.

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