Volumen 4 - N 23- Marzo/abril 1993

Revista de Divulgacin Cientfica y Tecnolgica de la Asociacin Ciencia Hoy

LA REACCION EN CADENA DE LA POLIMERAS

El mtodo y sus aplicaciones
M. Leonardo Satz
Laboratorio de Inmunogentica, Hospital de Clnicas "Jos de San Martn", Facultad de Medicina, UBA

Alberto R. Kornblihtt
Instituto de Investigaciones en Ingeniera Gentica y Biologa Molecular, (INGEBI-CONICET) Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA

La reaccin en cadena de la polimerasa, ya ms conocida como PCR, es una tcnica que permite replicar entre cientos de miles y millones de veces, en el transcurrir de pocas horas e in vitro, pequeas cantidades de ADN. Uno de los aportes fundamentales de esta metodologa a la investigacin bsica en biologa molecular consiste, precisamente, en la rapidez y eficiencia mediante las cuales se realiza una tarea que antes requera largas y tediosas ornadas. El producto que se obtiene al finalizar la reaccin -una gran cantidad de un fragmento gnico con alto grado de pureza- favorece la tarea de los investigadores empeados en ampliar nuestros conocimientos sobre la estructura y funcin de los genes. Por su alta sensibilidad, esta tcnica permite identificar un gen a partir de un solo cabello, una clula somtica o un espermatozoide. Ha facilitado, y en muchos casos hecho posible, la tarea de identificacin de personas, por ejemplo de hijos de desaparecidos, mediante el anlisis de muestras del nio y de su abuela materna. Entre las aplicaciones mdicas de la PCR cabe destacar su aporte al desarrollo de nuevas estrategias de diagnstico. Permite detectar agentes infecciosos como los virus de las hepatitis B y C o regiones del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV). Ha sido aplicada, por ejemplo, para diagnosticar la presencia o ausencia de HIV en recin nacidos de madres seropositivas, pues la existencia de anticuerpos maternos impide obtener resultados confiables, con los mtodos convencionales, durante el primer ao de vida. Tambin ha facilitado el diagnstico de enfermedades tales como las hemofilias A y B, la distrofia muscular y la fibrosis qustica, e hizo posible reconocer mutaciones de genes vinculadas con enfermedades oncolg icas. Su sensibilidad permite detectar poblaciones residuales de clulas cancerosas en pacientes sometidos a quimioterapia y de este modo se ha podido determinar, con una antelacin en extremo valiosa, un nuevo avance de la enfermedad. Existen ya modos de evaluar a travs de la PCR el riesgo de padecer dolencias tales como diabetes de tipo I y la enfermedad celaca. Precisamente los autores del presente trabajo y colaboradores han obtenido, mediante el empleo de esta tcnica, resultados que indican la existencia de una vinculacin entre determinadas variantes genticasy dichas enfermedades en la poblacin argentina.

Los genes son porciones de cido desoxirribonucleico (ADN) que tienen la informacin necesaria para la fabricacin de los cidos ribonucleicos (ARN) y, en ltima instancia, a travs de stos, de las protenas: el ARN "copia" el mensaje contenido en el ADN y a partir de l da lugar a la correcta formacin de la cadena o secuencia de aminocidos que constituyen las protenas. Todos los genes estn compuestos por la misma materia prima: una sucesin de nucletidos. Cada nucletido est formado por un grupo fosfato, un azcar con cinco carbonos (la desoxirribosa) y una de las siguientes bases nitrogenadas: adenina, timina, guanina o citosina. Los genes no se distinguen unos de otros por tener una composicin fisicoqumica muy diferente, sino por el orden o secuencia en la que estas cuatro bases se disponen a lo largo de la molcula de ADN (vase "Somera descripcin del ADN"). El hecho de que los genes no se distingan por su composicin fisicoqumica hace prcticamente imposible aislarlos mediante el empleo de mtodos bioqumicos de fraccionamiento del tipo de los usados para purificar protenas como son, por ejemplo, la cromatografa, la electroforesis o la ultracentrifugacin. Por otra parte, cada gen es una unidad de informacin sin solucin de continuidad respecto del resto del ADN en el que est inmerso. Esto significa que a todo gen lo preceden y suceden otras secuencias de ADN que, en general, no tienen relacin con l. El gen que codifica para la insulina, por ejemplo, tiene una "longitud" de 1.700 bases y su masa representa slo la dos millonsima parte del ADN contenido en el ncleo de una clula humana... Hasta mediados de la dcada del ochenta, la nica estrategia posible para aislar un gen y obtener grandes cantidades del mismo en estado puro era el "clonado molecular". Este mtodo se basa en la introduccin de fragmentos de ADN, uno de los cuales contendr el gen de inters, en vectores. stos son molculas de ADN (plsmidos o ADN de bacterifagos) capaces tanto de transportar fragmentos ajenos a su estructura original como de multiplicarlos dentro de bacterias. Si se conoce un pequeo tramo de la secuencia de aminocidos de una protena cuyo gen se desea "clonar" (multiplicar), se pueden disear mtodos para identificar qu bacterias llevan el vector que transporta dicho gen. Este reconocimiento tambin se puede realizar si se dispone de un anticuerpo contra la protena resultante del gen que se desea clonar. En este caso se reconoce la bacteria portadora porque fabrica la protena codificada por el fragmento de inters, la cual se une especficamente al anticuerpo. Una vez aislado el gen no slo resulta posible determinar con exactitud su secuencia de bases o analizar en detalle la informacin de la que es portador, sino que tambin se puede estudiar su expresin (la manera en que dirige la sntesis de la protena correspondiente) en distintos organismos y tipos celulares, introducido en clulas en cultivo o en animales de experimentacin, etctera. Estas tcnicas, ya clsicas, han permitido el aislamiento y caracterizacin de decenas de miles de genes de microrganismos, animales y plantas, lo que provoc un cambio cualitativo en la comprensin del funcionamiento de la clula. En 1986, K. Mullis, un investigador de la Corporacin Cetus, invent un mtodo para lograr la multiplicacin in vitro de fragmentos definidos de ADN sin necesidad de recurrir a los vectores y su replicacin en bacterias. Este mtodo revolucionara en corto tiempo el conjunto de tcnicas de la biologa molecular. Su uso se extendi rpidamente a miles de laboratorios, no slo de investigacin bsica, sino tambin de diagnstico clnico. Se trata de la reaccin en cadena de la polimerasa, ya muy conocida como PCR, siglas provenientes del ingls Polymerase Chain Reaction. LA TECNICA PCR Esta tcnica permite multiplicar ("amplificar" es, en realidad, el trmino que se ha impuesto) pequeas cantidades de ADN entre cientos de miles y millones de veces. El tramo destinado a reproducirse puede tener desde cincuenta hasta ms de dos mil

nucletidos de longitud. El segmento de ADN que sirve de molde no requiere estar necesariamente en estado puro, sino que puede ser parte de mezclas complejas. Puede ser, por ejemplo, ADN nuclear total. El mtodo se basa, en su forma ms simple en la realizacin de tres reacciones sucesivas llevadas a cabo a distintas temperaturas. Estas reacciones se repiten cclicamente entre veinte y cuarenta veces (vase la figura 1). La muestra se calienta, en el primer paso, hasta lograr la separacin de las dos cadenas que constituyen el ADN, hecho que se conoce como "desnaturalizacin". En el segundo paso, la temperatura se reduce para permitir el "apareamiento" de cada una de dos cadenas cortas de nucletidos (oligonucleridos) con cada una de las hebras separadas del ADN molde. Se trata de segmentos de ADN de cadena simple, sintetizados en el laboratorio y diseados de manera tal que permiten definir los lmites del tramo de ADN que se desea replicar. Obviamente, para que se pueda producir el apareamiento, cada uno de estos oligonucletidos, a los que se denomina "iniciadores" o primers, debe ser complementario del tramo al que tienen que unirse en las cadenas separadas del ADN molde. En tercer lugar, una enzima ADN polimerasa extiende los primers, en el espacio comprendido entre ambos, sintetizando las secuencias complementarias de las hebras del ADN molde. Para ello, la ADN polimerasa usa desoxidonuclesidos trifosfato (dNTPs) agregados a la mezcla de reaccin. La temperatura a la que se realiza el tercer paso est condicionada por aqulla a la cual "trabaja" la enzima ADN polimerasa. Al cabo del primer ciclo de tres reacciones (desnaturalizacin, apareamiento, extensin) el tramo de ADN elegido se ha duplicado y el doble de su cantidad original se encuentra disponible para ser nuevamente replicado en un segundo ciclo. El resultado de la aplicacin de numerosos ciclos "en cadena" da lugar a la amplificacin geomtrica del segmento de ADN delimitado por los primers.

Figura 1. Para lograr la duplicacin de un tramo de ADN, cada ciclo de la tcnica PCR incluye tres etapas: a) desnaturalizacin, durante la cual se separan las dos hebras constituyentes del ADN; b) apareamiento de los "iniciadores" o primers del tramo a replicar; c) extensin de las cadenas de primers gracias a la accin de una enzima ADN polimerasa. La repeticin de los ciclos permite multiplicar geomtricamente los tramos de ADN elegidos.

Para replicar el ADN, la tcnica PCR hizo uso, en un principio, de la ADN polimerasa de la bacteria Escherichia coli. Pero esta enzima resulta desactivada debido a la alta temperatura requerida para desnaturalizarla doble cadena del ADN, por lo cual deba agregarse enzima fresca al comenzar el tercer paso de cada ciclo. Este inconveniente fue solucionado de manera ingeniosa cuando se la reemplaz por su equivalente de la bacteria "termfila" Thermus aquaticus. En efecto, la ADN polimerasa de este microrganismo, denominada Taq polimerasa, acta eficientemente entre los 75 C y los 80 C y resiste ms de dos horas a 93 C. De esta manera es posible mezclar todos los componentes de la PCR al comenzar el primer ciclo y la reaccin en cadena puede llevarse a cabo mediante equipos automatizados que realizarn los ciclos trmicos programados. Estos equipos son provistos por numerosas empresas extranjeras, pero ya ha sido fabricado uno por la industria argentina. Todo esto no hace ms que confirmar la creciente popularidad de la PCR entre investigadores, mdicos y bioqumicos clnicos. Una vez finalizada la reaccin se habr logrado fabricar, en pocas horas, gran cantidad de un fragmento gnico con un alto grado de pureza. Obtener el mismo resultado utilizando las tcnicas clsicas de clonado llevara varios das de tedioso trabajo. Por otra parte, la tcnica PCR es el mtodo de deteccin de secuencias de ADN ms sensible conocido hasta la fecha: mediante ella resulta posible identificar un gen a partir de un solo cabello, una clula somtica o un espermatozoide. Es, por lo tanto, un instrumento extremadamente valioso para establecer, por ejemplo, lazos de parentesco (vase "Filiacin").

EL ANLISIS DE LAS MUESTRAS El hecho de que las molculas de ADN obtenidas al finalizar la reaccin en cadena correspondan efectivamente al fragmento de inters queda asegurado por la intervencin de los primers que definen los extremos "derecho" e "izquierdo" de ese fragmento. As, una vez que la reaccin a finalizado, el tamao del fragmento multiplicado puede determinarse sometiendo los productos de la reaccin a una electroforesis en gel de agaroza o poliacrilamida, es decir, a un proceso de separacin por difusin bajo la accin de un campo elctrico. Por otra parte, la identidad del producto puede ser confirmada mediante hibridacin (unin complementaria) con una sonda marcada radiactivamente, cuya secuencia de bases est contenida en el fragmento de inters. En este caso se procede as: el ADN fraccionado por electroforesis es desnaturalizado y luego transferido a una membrana de nitrocelulosa o nylon, que acta como soporte slido (Southern blot), y luego es puesto en contacto con la sonda, que se unir al fragmento buscado ya que ha sido preparada de modo tal que resulta ser complementaria del mismo. Tambin es posible colocar el ADN directamente en la membrana en forma de pequeas manchas (dot blot) para su posterior hibridacin con la sonda (vase la figura 2). La localizacin de las sondas radiactivas se logra, en ambos casos, mediante autorradiografas (vase "Las sondas de cidos nucleicos" en Ciencia Hoy, vol. 4, n 20, pgs. 46-51).

Figura 2. Tres formas de analizar los fragmentos de ADN amplificados mediante la tcnica PCR. A: visualizacin directa. Las muestras colocadas sobre un gel y sometidas a la accin de un campo elctrico (electroforesis) migran de una manera caracterstica que se puede visualizar por tincin (coloreado) del ADN. (Carriles 1-8: productos de distintas PCRs; carril M: marcadores de ADN de tamao conocido.) B: Southern blot. El ADN es desnaturalizado (separacin de sus hebras constituyentes) y transferido a una membrana de nitrocelulosa o nylon para luego incubar la hibridacin (unin) con una sonda radiactiva. sta quedar fijada donde se encuentre el tramo de ADN de inters y su presencia se revelar a travs de una autorradiografa (placa fotogrfica sensible a la emisin radiactiva de la sonda). C: dot blot. Mtodo anlogo al anterior, pero practicado sobre una siembra en forma de manchas de los fragmentos de ADN a analizar previamente desnaturalizados. Una estrategia distinta para confirmar la identidad del fragmento replicado consiste en realizar dos reacciones de PCR consecutivas. Al finalizar la primera, una alcuota de la misma es sometida nuevamente al proceso de multiplicacin tras haber colocado dos primers internos. Mediante el empleo de esta metodologa, conocida como nested PCR (PCR anidada), la filiacin de los fragmentos obtenidos queda confirmada por el hecho de que poseen tamaos previsibles. En algunos casos, los productos amplificados poseen secuencias que son reconocidas y clivadas por ciertas enzimas llamadas en donucleasas de restriccin. La determinacin del tamao al que quedan reducidos los fragmentos al ser puestos en contacto con la enzima de restriccin adecuada indica que nos encontramos ante los segmentos de inters. Para disear los primers que hacen posible replicar un fragmento de ADN mediante la tcnica PCR es necesario conocer, en la mayora de los casos, la secuencia de bases total o parcial de dicho fragmento. Por esta razn, aunque la PCR

supera en sensibilidad y rapidez a las tcnicas de clonado y de secuenciacin convencionales, no se puede prescindir de la informacin brindada por las mismas. PLICACIONES EN LA INVESTIGACIN BSICA Nuestro conocimiento de la estructura y funcin de los genes surge en gran medida de la determinacin de su secuencia de bases. La secuenciacin directa y el grado de multiplicacin permitidos por la tcnica PCR constituyen aportes esenciales de esta metodologa a la investigacin bsica en biologa molecular, ya que facilitan la tarea hacindola ms rpida y eficiente. Aunque los fragmentos de ADN de cadena doble obtenidos por amplificacin pueden ser usados como moldes para una posterior secuenciacin, resulta ms conveniente utilizar cadenas simples. Cabe sealar que por el solo hecho de agregar en la reaccin base un exceso de uno de los primers se puede lograr que una de las dos cadenas del ADN desnaturalizado se multiplique diez veces ms que la otra. El anlisis de los niveles de los distintos ARN mensajeros (ARNm) presentes en una clula ha sido realizado tradicionalmente mediante procedimientos que incluyen los Northern (el Southern para ARN) y dot blot o la hibridacin in situ (sobre la funcin del ARNm vase "Somera descripcin del ADN"). La importancia de este tipo de anlisis se debe a que esos niveles de ARNm, que son principalmente el resultado del control de la transcripcin de los genes, reflejan el estado de desarrollo y diferenciacin de la clula. La aplicacin de la PCR ha dado lugar a una nueva modalidad para analizar el ARNm. ste es aislado, en primer lugar, de tejidos o clulas y entonces se lo utiliza como molde para la fabricacin de un ADN complementario (cADN) por parte de la enzima transcriptasa reversa (el calificativo de reversa aplicado a esta enzima se debe a que su accin es "inversa" a la cumplida por la enzima transcriptasa, que produce ARN a partir de ADN). El cADN as obtenido es usado a su vez como molde que se replicar mediante la PCR, tras la aplicacin de primers diseados para delimitar la regin que resulta de inters. El control adecuado de todos los pasos de estas reacciones hace posible cuantificar con precisin los niveles de ARNm originales. La alta sensibilidad que caracteriza al mtodo, llamado en esta variante RT-PCR (por Reverse Transcriptase-PCR), permite su uso en la deteccin y cuantificacin de ARN mensajeros poco abundantes. La tcnica PCR puede ser utilizada, en algunos casos, para clonar genes cuya secuencia de bases es desconocida. Cabe preguntarse cmo se disean, en este caso, los primers necesarios para realizar la amplificacin. La respuesta a esta pregunta la da el conocimiento del cdigo gentico (vase "ADN, esa molcula maravillosa", particularmente el recuadro titulado `El lenguaje de la vida', en Ciencia Hoy, vol. 2, n 8, pgs. 26-35). Si se determina experimentalmente la secuencia de aminocidos que constituyen un segmento de la protena cuyo gen se quiere clonar, se puede deducir cules son las secuencias tericas de todos los posibles ARN mensajeros que codifican para ese segmento. Con esta informacin se fabrican los dos primers, cada uno de los cuales es, en realidad, una mezcla de todos los oligonucletidos posibles que el cdigo gentico permite deducir para codificar el segmento de protena elegido. Se habla de "degeneracin" del cdigo gentico aludiendo precisamente al hecho de que dada una secuencia de aminocidos no se puede deducir con certeza la secuencia de nucletidos que la codifica, ya que varias de ellas cumplen la misma funcin. Dicho de otro modo: varias secuencias de nucletidos pueden dar lugar a un mismo aminocido. La reaccin de PCR se realiza con estas dos mezclas de "primers degenerados". En cada mezcla, slo uno de los oligonucletidos ser totalmente complementario del fragmento de ADN a amplificar y funcionar realmente como primer. Una vez amplificado el fragmento, se estudia la secuencia y se comprueba su correspondencia con la de la protena previamente caracterizada. Sealemos por ltimo que la tcnica PCR puede ser utilizada para cambiar la informacin contenida en un segmento de ADN, pues permite alterar su secuencia de bases. Esta "mutagnesis dirigida" consiste en el reemplazo de la secuencia gnica

original por otra, que puede diferir, por ejemplo, en una base respecto de la original. Esto se logra usando primers que, a pesar de portar la mutacin, son igualmente capaces de aparearse con el molde y dar lugar a productos de amplificacin con la secuencia cambiada. APLICACIONES EN EL DIAGNSTICO MDICO La PCR ha permitido el desarrollo de nuevas estrategias de diagnstico en numerosos campos de la medicina. Por ejemplo, existen mtodos de deteccin por PCR de agentes infecciosos como los virus de las hepatitis B y C, del papiloma humano, de Epstein Barr y citomeglico. En relacin con el SIDA es posible detectar regiones del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV) amplificadas por PCR a partir de sangre extrada de pacientes seropositivos. Esta tcnica puede ayudar a resolver resultados inciertos provenientes de las pruebas habituales y ha sido aplicada en el diagnstico de la infeccin en recin nacidos de madres seropositivas. En tales casos, el uso de la tcnica PCR evita el problema que se plantea por el hecho de que la presencia de anticuerpos recibidos de la madre impide saber, hasta que stos desaparecen aproximadamente un ao despus del nacimiento, si el propio organismo del nio ha generado anticuerpos porque se encuentra infectado (vase "El nio infectado con HIV', en Ciencia Hoy, vol. 4, n 21, pgs. 46-47). Pueden detectarse tambin otros microrganismos patgenos como las clamidias, la bacteria Escherichia coli enterotoxignica, el vibrin del clera y los tripanosomas. La tcnica PCR ha facilitado enormemente el diagnstico de enfermedades hereditarias como hemoglobinopatas (talasemias y anemia falciforme), la fenilcetonuria, las hemofilias A y B, la deficiencia de alfa 1 antitripsina, la distrofia muscular y la fibrosis qustica. Esta ltima es la ms comn de las enfermedades autosmicas recesivas severas que afectan a la poblacin blanca. El aislamiento del gen afectado ha permitido identificar las mutaciones que causaran esta patologa. La anulacin de tres bases que provocan la ausencia del aminocido fenilalanina N 508 en la protena que es producto del gen de la fibrosis qustica constituye la mutacin llamada F508- ms frecuente en caucsicos (60% de los afectados en la poblacin argentina), por lo que su anlisis resulta ser el primer paso destinado tanto a la deteccin de portadores sanos como a la confirmacin del diagnstico en individuos afectados y al diagnstico prenatal. La figura 3 muestra el ensayo de PCR utilizado para detectar la mutacin F508: se replica un segmento del gen de la fibrosis qustica que comprende la zona que codifica para la fenilalanina 508. Los productos de la PCR son inmovilizados por duplicado en forma de manchas en dos filtros de nitrocelulosa (dot blot). Uno de los filtros es hibridado con una sonda (un oligonucletido) marcada que se corresponde con el gen normal, mientras que el otro es hibridado con una sonda correspondiente al gen mutado. Las hibridaciones se realizan en condiciones experimentales destinadas a garantizar que la sonda normal slo se aparear con el ADN normal amplificado y que la sonda mutada slo lo har con el ADN mutado amplificado. De esta manera, el anlisis de las rnanchas de hibridacin reveladas en la autorradiografa permitir reconstruir el genotipo de los pacientes. En enfermedades oncolgicas pueden detectarse, mediante la tcnica PCR, mutaciones de oncogenes (literalmente "genes inductores de cncer") como en el caso del oncogn ras en carcinomas de colon, de pncreas y en leucemias mieloides; del "antioncogn" de retinoblastma, o del llamado cromosoma Philadelphia. Este cromosoma aparece en pacientes con leucemia mieloide crnica y es el resultado de la translocacin de una porcin del gen bcr desde el cromosoma 22 al 9, donde se ubica junto al oncogn c-abl. La consiguiente activacin de este ltimo, que codifica para una enzima denominada tirosina quinasa, parece ser el desencadenante de la enfermedad. La tcnica PCR es especialmente til, en este caso, para detectar la presencia de ARN mensajero hbrido bcr/abl. El ARN es analizado mediante la ya mencionada tcnica RTPCR, con primers especficos que revelan la presencia de mensajeros normales o hbridos. En pacientes sometidos a quimioterapia, la gran sensibilidad del mtodo lo hace ideal para identificar poblaciones residuales de clulas cancerosas no detectables

mediante tcnicas convencionales, de tempranamente un nuevo avance de la enfermedad.

manera tal

que permite diagnosticar

Se han implementado mtodos que utilizan la PCR destinados a la evaluacin del riesgo de padecer trastornos autoinmunes (perturbaciones debidas a agresiones "errneas" realizadas por las defensas inmunitarias a rganos del propio paciente), tales como diabetes de tipo I, enfermedad celaca, pnfigo vulgaris, miastenia gravis y esclerosis mltiple. Consideremos brevemente algunas situaciones vinculadas con los genes del llamado complejo mayor de histocompatibilidad (HLA), los cuales codifican para una serie de glicoprotenas de la membrana celular Figura 3. La protena alterada en los que participan en la iniciacin de la enfermos que padecen fibrosis qustica respuesta inmunitaria. Cada uno de carece del aminocido fenilalanina estos genes presenta numerosas N508. Esto se debe a la mutacin variantes (alelos) en la poblacin. Se denominada F508. El diagrama sabe que la presencia de algunos de muestra la reconstruccin del genotipo esos alelos en un individuo est de un paciente. En este caso, el padre (P) asociada a la aparicin de ciertas y la madre (M) son portadores tanto del enfermedades autoinmunes. La reciente gen normal (blanco) como del gen determinacin de la secuencia de mutado (negro); lo mismo ocurre con la nucletidos de varios alelos HLA hija (H1). Los hijos varones son permiti el diseo de nuevas estrategias portadores de slo un tipo de gen: el de tipificacin molecular de los genes normal en el caso de H2y el mutado en el HLA basadas en la amplificacin por caso de H3. La tcnica PCR (dot blot; PCR y en la posterior hibridacin con vase la figura 2) revela la presencia de sondas constituidas por oligonucletidos los oligonucletidos caractersticos. de secuencia especfica que reconocen las variantes de alelos llamadas de riesgo. En colaboracin con M. Herrera, M. Pando, V. Bernath y R. Gutman hemos desarrollado recientemente pruebas de tipificacin por PCR de los alelos HLA que han indicado la existencia de susceptibilidad gentica en relacin con la enfermedad celaca y la diabetes tipo I (insulinodependiente). En individuos blancos argentinos, determinados alelos HLA-DQ confieren treinta veces ms riesgo de padecer estas patologas y su deteccin en familiares de afectados permite adoptar conductas teraputicas tempranas. LAS FUENTES QUE APORTAN EL ADN MOLDE La fuente de la cual proceder el cido nucleico que se ha de utilizar como molde depende de cada caso: en patologas infecciosas se procesa el tejido donde se desea detectar el agente; en patologas oncolgicas se estudian biopsias del tumor; para el diagnstico prenatal de enfermedades hereditarias se analizan clulas del lquido amnitico o vellosidades corinicas junto con el ADN de leucocitos de los padres; para analizar ciertas caractersticas genticas propias de cada individuo (por ejemplo, determinados alelos HLA, portadores heterocigotas sanos de enfermedades hereditarias recesivas) es til cualquier clula con ncleo del organismo, emplendose habitualmente sangre perifrica debido a su fcil obtencin. Cabe sealar que la reaccin tambin se ha realizado con xito sobre ADN parcialmente degradado, extrado de tejidos fijados en formol e incluidos en parafina. Esto no slo facilita la obtencin de muestras de piezas quirrgicas, sino que permite realizar estudios retrospectivos sobre preparados histolgicos de archivo. Tambin es posible extraer ADN de huesos, amplificarlo mediante la tcnica PCR y analizarlo con fines tan

diversos como la identificacin de cadveres o la determinacin de los defectos genticos que padecan nuestros antcpasados remotos. PROBLEMAS DE LA TCNICA PCR Uno de los problemas ms evidentes que presenta esta tcnica, sobre todo cuando se la utiliza cono herramienta de diagnstico, es la posible generacin de resultados falsamente positivos. Podra llegar a indicar, por ejemplo, la presencia de secuencias virales en personas no infectadas. Esto es consecuencia de la extrema sensibilidad del mtodo. Los falsos positivos pueden generarse por contaminacin de una muestra a partir de una nica molcula de ADN proveniente de otra muestra. Esta molcula ser amplificada en la PCR y aparecer como una banda en el caso de electroforesis en gel o como una respuesta positiva en una hibridacin con una sonda radiactiva. La causa ms frecuente de falsos positivos es el "arrastre" de secuencias de ADN amplificadas en reacciones previas. Tales secuencias pueden estar presentes en los equipos de laboratorio y en los reactivos, pudiendo esparcirse por medio de aerosoles. Frente a esto, los expertos recomiendan la realizacin de controles negativos mltiples (reacciones de amplificacin con todos los reactivos, excepto el ADN molde), adems del uso de tcnicas de esterilidad y de micropipetas que eviten la generacin de aerosoles como precaucin para preveni la contaminacin de las muestras. PRESENTE Y FUTURO DE LA TCNICA PCR La PCR se ha sumado a la lista de desarrollos tecnolgicos originados en el mbito industrial que provocaron cambios cualitativos en las ciencias bsicas. Uno de los proyectos ms ambiciosos de la biologa moderna es la determinacin de la secuencia completa del genoma humano. Esto permitir no slo identificar los genes responsables de numerosas enfermedades hereditarias y trastornos metablicos, sino descubrir nuevos genes y sus funciones celulares relacionadas. Un paso indispensable para concretar dicho objetivo consiste en realizar un "mapeo" del genoma, es decir, una especie de carta geogrfica que permita ubicar los genes con cierta precisin a lo largo de los cromosomas. La PCR se ha revelado corno una de las tcnicas de apoyo fundamental en tal empresa. As por ejemplo. un grupo de investigadores de la pujante compaa francesa Genethon ha logrado disear recientemente corea de 1.000 pares de primers que han permitido "mapear" aproximadamente el 90 % del genoma humano. En otro orden, el uso de la PCR puede llegar a cambiar aspectos de la vida del hombre tales como la planificacin del sexo de los hijos. En forma piloto, ya se ha utilizado PCR para determinacin prenatal del sexo despus de fertilizacin in vitro. Con la ayuda de un micromanipulador es posible remover una nica clula de un embrin de 10 clulas, sin afectar el normal desarrollo de las restantes. A partir del ADN de la clula aislada, y en menos de 24 horas, una PCR de 60 ciclos, realizada con primers que reconocen secuencias exclusivas del cromosoma Y (ausente en las mujeres) permite diagnosticar el sexo del embrin, para luego implantarlo en la madre. Este procedimiento ha sido utilizado clnicamente para familias con riesgo de padecer enfermedades hereditarias que se manifiestan casi exclusivamente en los varones, con el fin de seleccionar embriones hembra para la implantacin. La extensin de este procedimiento a familias sin antecedentes de enfermedades hereditarias, con el simple objetivo de "elegir" el sexo del nio, es sin duda una cuestin tica sumamente polmica. A travs de las ciencias bsicas, el uso de la PCR se ha diversificado y han surgido variantes del diseo original cuya descripcin excede los propsitos de este artculo. Quiz la prueba ms contundente de la trascendencia del invento y de su futura expansin sea la venta de su patente por aproximadamente 300 millones de dlares a la poderosa multinacional Hoffmann-La Roche.

LECTURAS SUGERIDAS EINSTEIN, B.I.,1990, "The polymerase chain reaction. A new method for using molecular genetics for medical diagnosis", en New English Journal of Medicine, enero 18. HANDYSIDE,A., KONTOGIANNI,E.H.,HARDY,K. y WINSTON,R.M.L., 1990, "Pregnancies from biopsed human preimplantation embryos sexed by Yspecific DNA amplification", en Nature, vol. 344, pgs.768-770. MULLIS. K. B..1990,"The unusual origin of the poly merase chain reaction en Scientific American" vol. 262, pgs. 56-65. WATSON,J.D.,GILMAN,M.,WITKOWSKI, J y ZOLLER. M.,1992, Recombinant DNA, 2da Edicin. Scientific American Books Freeman New York.