Snchez Espina Andrs grupo: 2

Fisiologa Microbiana

Computational tools for the synthetic design of biochemical pathways

El avance en el rea de biosntesis a permitido el desarrollo de una serie de algoritmos computacionales permiten el diseo de diversas vas biosinteticas, estos algoritmos analizan posibles partes de las rutas metablicas y verifican su viabilidad, al tiempo que reconocen las enzimas correspondientes a cada paso, caracterizando de esta manera las vas metablicas de un microorganismo. El software que realiza este trabajo permite disear nuevas vas de biosntesis y caracterizar a los microorganismos existentes clasificndolos segn su metabolismo de una forma mucho ms exhaustiva. La desventaja que tiene este tipo de procedimientos es que no se pueden establecer criterios tericos tales como al especificidad, el rendimiento de la va y su favorabilidad termodinmica, porque se debe considerar no solo a la va como tal si no el husped que la utiliza, tomar en cuenta metabolitos, productos secundarios imprevistos etc. Se ha considerado la sntesis con microorganismos que ya tengan la mayora de enzimas presentas en la va de forma nativa aunque hasta cierto punto esto sera desfavorable; ya que tendra que competir con ms vas internas para que la instalada fuera factible, siendo una posible solucin la anulacin de dichas vas aun que para este punto se tendra que considerar que tan esencial es la va que se inhibe para el husped. COBRALMATLAB y BIONET son ejemplos del software que facilitan la visualizacin del comportamiento de una va en un microorganismo problema en el cual se introducira una nueva va. Otra opcin de modelado que se ha publicado recientemente para crear modelos metablicos es la prediccin de reacciones con sus respectivas enzimas facilitando la comparacin de varios modelos sobre las bases de secuencia del genoma. Idealmente estos modelos pueden ser usados para predecir que tan viable es una ruta o incluso una red metablica y despus que hospedero es el ms factible para la introduccin de una nueva ruta La identificacin de los mapas metablicos enteros se presenta con dificultad puesto que es necesario no solo identificar las reacciones si no sus puntos de insercin esto por supuesto convierte la identificacin de las partes genmicas responsables y la extraccin de la maquinaria enzimtica en un paso crucial para la construccin de estos mapas y ka generacin de nuevas rutas Es importante destacar que las partes de la va no se originan de una manera natural ya existente en un organismo en particular, se puede realizar una combinacin de una seleccin de una amplia gama de candidatos de diferentes fuentes; para caracterizar la combinacin de codones ms adecuada. Si las partes deseadas son genes individuales utilizan como criterio adicional el contexto genmico del candidato, utilizando isoenzimas que catalizan la reaccin. Si se trata de un operon se implementan sistemas para encontrar regiones homologas del genoma; cuando se intenta expresar heterlogamente un constructo gentico consistente en partes no nativas, un factor crucial en la obtencin de altas tasas de expresin de la protena es la optimizacin del codn usando las regiones codificantes para que coincidan con ms de la abundantes regiones de tRNA del husped utilizando una amplia gama de herramientas. En general el uso actual de sistemas computacionales para identificar modelar modificar y generar rutas metablicas ofrece un futuro promisorio para la biosntesis y su ambicin de combinar las diferentes partes disponibles para su uso en al naturaleza