MANUAL DEL PROGRAMA PDB VIEWER (Deep View)

Instrucciones de utilizacin Este programa ha sido diseado por Nicolas Guex, Alexandre Diemand, Manuel C. Peitsch y Torsten Schwede y, al igual que el pDraw32 tambin es de software libre (en este caso los autores no especifican si es beer-software). Este programa es uno de los muchos que permiten trabajar con estructuras tridimensionales de protenas. Utiliza -entre otros- archivos de formato PDB. En varias bases de datos (incluyendo la que se encuentra como un enlace en la pgina web de las prcticas) se pueden encontrar y descargar los archivos PDB de aquellas protenas de las que se ha determinado su estructura 3D mediante cristalografa de rayos x o RMN (resonancia magntica nuclear). Las posibilidades de este programa son muy amplias y en este breve manual slo se pretende hacer una introduccin a su utilizacin.

Introduccin de una estructura 3D En primer lugar pulsa en el men File del programa Swiss PdbViewer 3.7. Se abrir un men en el que la primera opcin es Open PDB File. Entonces se aparecer una ventana en la que tendrs que seleccionar el correspondiente archivo en formato PDB.

Una vez seleccionado el archivo, se abrirn dos ventanas. Una que mostrar la estructura de la protena y la otra que corresponde al panel de control (Control panel) en el que como veras se muestra la informacin correspondiente a cada aminocido de la protena con la que se va a trabajar. Adems tambin

aparecer en la parte superior de la pantalla la ventana de barra de herramientas (toolbar).

Barra de heramientas

Estructura de la Protena

Panel de control

Antes de empezar es recomendable hacer las siguientes marcas en el programa. Ir a Prefs: General y hacer los siguientes cambios en el menu que se abre: Uncheck "Show splash screen at startup." Uncheck "Show log file upon loading." Click OK.

En la barra de herramientas hay 3 comandos que permiten mover la protena en la pantalla: Desplazar zoom girar

Pulsando cada uno de ellos y luego situndose sobre la representacin de la protena se puede desplazar, rotar, acercar o alejar la protena.

Tambin, colocando el cursor sobre el correspondiente aminocido en el Control panel y dando al botn derecho del ratn la protena se orienta de manera que ese aminocido es el que queda ms prximo al observador. Opciones de visualizacin de los aminocidos (seleccionar y marcar) La mayor parte de las acciones de seleccin de los aminocidos se llevan a cabo ene. Control panel. Como ahora veremos, los aminocidos se pueden seleccionar o marcar (como vers los aminocidos pueden estar seleccionados pero no marcados y al revs). Veamos como hacerlo: Si vas a control panel y te colocas encima de los aminocidos que quieras seleccionar (pinchando en uno y arrastrando el ratn con el botn derecho pulsado sobre el resto) vers que cuando sueltes el ratn los aminocidos seleccionados pasan a encontrarse de color rojo (es decir selccionados). Pulsando INTRO vers adems que esos aminocidos pasan a ser los nicos que se muestran en la pantalla

En el panel de control ahora puedes seleccionar la visualizacin de los amincidos seleccionados de forma que se vean: show (El aminocido) side (Cadena lateral) Area de Fuerzas de Van der Waals para ese grupo labl (Nombre y nmero del aminocido en pantalla)

Ribn (representacin de estructura 2 en cinta)

Colocando el cursor sobre la correspondiente funcin (en la parte de arriba de la columna sobre el nombre que la define) y apretando el botn derecho del ratn se aplica esa funcin a todos los aminocidos seleccionados (pasan a estar en letras rojas). Por ejemplo, botn derecho sobre ribbons marcara con una cinta la estructura de la regin correspondiente a los aminocidos seleccionados. Para deseleccionar la funcin sitate sobre cualquiera de las marcas (clicks) seleccionadas y presiona botn derecho + shift maysculas. Por otra parte si haces o mismo (botn derecho + shift-maysculas) sobre un espacio no clickeado se marcar toda esa columna con la funcin que hayas elegido -pero como puedes ver se siguen manteniendo los mismos aminocidos seleccionados. Como veremos ms adelante ese tipo de funciones pueden ser muy tiles a la hora de trabajar solamente con regiones concretas de la protena. Una funcin interesante para facilitar el manejo de esas regiones es la de ocultar o mostrar los aminocidos seleccionados sin afectar a los marcados pero no seleccionados utilizando la funcin + del teclado numrico. seleccionado marcado

Seleccionando diferentes dominios Otra de las opciones que tambin ofrece el programa es seleccionar los aminocidos que corresponden a una determinada subunidad o estructura secundaria dentro de la protena. As, los aminocidos que se encuentran formando parte de una -hlice o lmina aparecen marcados a la izquierda con una h o una s respectivamente. Lmina -hlice

Igualmente si hay varias subunidades en el modelo con el que se est trabajando, el aminocido aparecer marcado con una A, B etc en funcin de la cadena a la que pertenezca. Se puede seleccionar todos los aminocidos de una -hlice o lmina pulsando en una h o s con el botn izquierdo del ratn. Una vez seleccionada se puede seleccionar otra hlice en vez de esa pulsando en otra h de otro aminocido de otra hlice con el botn izquierdo y (shift maysculas) o bien se puede marcar otra hlice sin seleccionar la primera pulsando con el botn derecho y (shift maysculas) Otra opcin para seleccionar es utilizar el comando select. Como vers se puede seleccionar por tipo de estructura secundaria, tipo de aminocido etc.

Determinando interacciones entre regiones del modelo Una de las caractersticas ms interesantes del programa es que permite determinar y representar los residuos implicados en una determinada interaccin. Por ejemplo se puden marcar los aminocidos prximos a un aminocido determinado. Para ello pulsa el comando select y despus neighbors of selected aa. Aparecer un cuadro de dilogo en el que el programa pide sealar el radio (en ) de la distancia a la que se deben encontrar los residuos alrededor del aminocido o aminocidos seleccionados.

Esta funcin puede combinarse con otra que permite mostrar los aminocidos con los que establecen puentes de hidrgeno esos residuos mediante el comando display y selccionando show only H-bonds from selection. De esa manera aparecern lo puentes de hidrgeno que establecen los aminocidos seleccionados con los que tiene alrededor. A su vez esa funcin se puede combinar con show only groups with visible H-bonds. De esa manera tendremos marcados solo los aminocidos con los que establecen puentes de hidrgeno los que nosotros tenamos seleccionados. Este tipo de funciones permite centrarse especficamente en la regin de la protena en la que estemos interesados.

Puentes de hidrgeno

Aminocidos seleccionados

Coloreado Otra de las opciones del programa es que ofrece la posibilidad de colorear selectivamente regiones de la protena o el modelo de trabajo. Por ejemplo utilizando el comando color y seleccionando by secondary structure se colorean en rojo los aminocidos que forman parte de las -hlices, en amarillo los de las lminas y en gris el resto de los residuos. Otras funciones semejantes permiten colorear los aminocidos o tomos dentro de los aminocidos de diferentes maneras: Color by secondary structure Lmina - hlice Resto Toda la protena Aminocidos acidos Aminocidos bsicos Polares Hidrofbicos carbonos oxgenos nitrgenos azufre amarillo rojo gris amarillo (y si hay varias cadenas cada una en un color) rojo azul amarillo gris blanco rojo azul amarillo

By chain

By type

By CPK

Tambin es posible colorear selectivamente el esqueleto, la cadena lateral, ambos, la representacin en cinta, el nombre del aminocido o la superficie de contacto de aquellos aminocidos que tengamos seleccionados. Para ello hay que pulsar con cualquiera de los botones del ratn sobre el pequeo tringulo que se encuentra al lado de la columna de color y seleccionar la opcin deseada.

Coloreado y accesibilidad Utilizando la funcin Color: Accessibility el programa calcula la accesibilidad de cada residuo al entorno (dependiendo del ordenador esta operacin puede llevar varios segundos). El color de cada residuo se basa en el porcentaje de rea de cada residuo expuesta al medio. Los colores van desde el violeta para el menos accesible hasta el naranja para los ms expuestos al disolvente.

Otra funcin de caractersticas semejantes permite determinar tanto el radio de van deer Waals (v) de cada tomo seleccionado:

o, pulsando sobre el mismo botn seleccionar el comando accesible que muestra la zona de ese residuo que es accesible al medio

Nota: (La superficie de van der Waals se encuentra a la distancia del radio de van der Waals e incluye la superficie total de los tomos seleccionados excepto cuando las superficies de superponen. Por el contrario, la superficie accesible al disolvente se encuentra a una distncia de cada tomo del radio de van der Waals ms 1,4 , pero incluye slo la superficie con la cual una molcula de disolvente de forma esfrica podra entrar en contacto).

Trabajando con protenas de varias subunidades Lo primero que se puede hacer es colorear cada subunidad de un color diferente utilizando la funcin color: chain.

Adems colocando el cursor sobre la letra que define la cadena de cualquier de los aminocidos de la misma y haciendo clic con el botn derecho, seleccionars toda esa cadena.

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