El Proyecto Genoma

Introduccin El desarrollo y financiacin en los ltimos aos de un gran nmero de proyectos de secuenciacin masiva, de entre los cuales cabe destacar el Proyecto Genoma Humano, ha motivado el perfeccionamiento y desarrollo de nuevas tcnicas tanto en el campo de la biologa como en el campo de la bioinformtica. Los avances logrados en ests reas han abierto la puerta a una nueva mentalidad en la que se desarrolla una visin global de los procesos biolgicos. Este concepto de globalizacin, se ve reflejado en el des arrollo de lo que se ha denominado como La era mica. El sufijo oma tiene un origen latino, que significa conjunto de es por tanto que la adicin de este sufijo a diferentes estudios en biologa cubre las nuevas aproximaciones masivas en las que se est enfocando la biologa recientemente. Pese a la proliferacin de ciencias -micas (desde la genmica y protemica hasta la fisionmica, o metabolmica) se puede considerar el origen de este nuevo paradigma de investigacin, el desarrollo de tcnicas para la obtencin de informacin masiva necesaria para la obtencin de la secuencia completa del ADN de un organismo, tambin conocida como GENOMA (conjunto de genes). La genmica surgi por tanto como la rama de la biologa encargada del estudio de los genoma Los avances logrados en las tcnicas de secuenciacin a finales del pasado siglo, permitieron el abordaje de estudios masivos de secuenciacin dirigidos a la elucidacin de la secuencia completa del ADN de diferentes organismos. Debido al tamao y complejidad de este tipo de proyectos, el primer genoma completo obtenido fue el de una bacteria (Heamophilus influenzae) que fue publicado en julio de 1995, (Science269,496-512). Despus de este gran xito continuaron publicndose los genomas de otros procariotas hasta que en Mayo de 1997 se publico el genoma completo de Saccharomyzes cerevisiae, el primer eucariota totalmente secuenciado (Nature387,5-105) y posteriormente en el ao 1998, se publicaba por primera vez el genoma de un organismo multicelular, el nemtodo C. elegans (Science282,20122018). Durante todo este tiempo se vena trabajando en proyecto de una mayor complejidad, el Proyecto Genoma Humano. Iniciado en el ao 1990 mediante un consorcio internacional que agrupaba a ms de 20 centros de diferentes pases, el objetivo de este proyecto era la secuenciacin completa del genoma humano y ponerlo a disposicin de la comunidad cientfica internacional. Este proyecto ha sido comparado en numerosas ocasiones por su complejidad con el programa Apolo que llev al ser humano a la Luna. Posteriormente se uni a la carrera una iniciativa privada liderada por C. Venter y la empresa Celera. El primer borrador del genoma humano fue publicado en el ao 2001 (Nature409,860-921), pero el punto culminante de esta aventura se alcanz cuando en el ao 2003 y coincidiendo con el 50 aniversario de la publicacin de la estructura del ADN se publicaron los resultados de los dos proyectos Genoma Humano que se haban desarrollado. El Proyecto Genoma Humano original y desarrollado por un consorcio internacional publico sus resultados en la revista Nature, mientras que la iniciativa de celera hizo pblicos sus resultados en Science. Algunos datos interesantes acerca de los resultados obtenidos por el Proyecto Genoma Humano son los siguientes:: El ser humano tiene solo el doble de genes que la mosca del vinagre, un tercio ms que el gusano comn y apenas 5.000 genes ms que la planta Arabidopsis. El ADN humano es al menos en un 98% idntico al de los chimpancs y otros primates. 3200 millones de pares de bases forman genes, repartidos entre los 23 pares de cromosomas. Los cromosomas ms densos (con ms genes codificadores de protenas) son el 17, 19 y el 22. Los cromosomas X, Y, 4, 18 y 123 son los ms ridos. El equipo de Celera Genomics utiliz para secuenciar el genoma humano muestras de ADN de tres mujeres y dos hombres (un afroamericano, un chino, un asitico, un hispanomexicano y un caucasiano). El equipo de Celera utilizo DNA perteneciente a doce personas. Cada persona comparte un 99,99 % del mismo cdigo gentico con el resto de los seres humanos. Slo 1.250 letras separan una persona de otra. Hasta ahora se han encontrado 223 genes humanos que resultan similares a los genes bacterianos. Slo un 5 % del genoma codifica protenas. El 25% del genoma humano est casi desierto, existiendo largos espacios libres entre un gen y otro. Se calcula que existen unas 250-300.000 protenas distintas. Por tanto cada gen podra estar implicado por trmino medio en la sntesis de unas diez protenas. Algo ms del 35% del genoma contiene secuencias repetidas, lo que se conoce como DNA basura.

Se han identificado un nmero muy elevado de pequeas variaciones en los genes que se conocen como polimorfismos nucletidos nicos (SNP). La mayora de ellos no tienen un efecto clnico concreto pero de ellos depende, por ejemplo, el que una persona sea sensible o no a un determinado frmaco o la predisposicin a sufrir una determinada enfermedad. La gran magnitud de la informacin a manejar se incrementa teniendo en cuenta que para llegar a reconocer dnde comienzan y terminan los genes e identificar sus exones, intrones y secuencias reguladoras se requieren comparaciones entre secuencias de diversas especies (Genmica comparativa). El mapa de secuencias generado por el proyecto se est utilizando como fuente primaria de informacin para la biologa humana y la medicina. El proyecto pblico liderado por el Gobierno de Estados Unidos y varios europeos ha introducido toda la informacin en una base de datos de acceso gratuito. El aprovechamiento de toda la informacin exigir una importante inversin porque la nueva era de la genmica requiere complejas y costosas herramientas. La conclusin de diferentes proyectos genoma ha proporcionado una gran cantidad de informacin a los investigadores, pero tambin ha abierto las puertas a nuevos interrogantes, como son los procesos de regulacin de la expresin de los genes o la caracterizacin de las diferencias a nivel de genoma entre los diferentes individuos de una misma especie y de que manera las ms sutiles alteraciones de cada una de estas operaciones predisponen a cada individuo a una enfermedad. El entendimiento de cmo las variantes genticas regulan el fenotipo de clulas, tejidos y rganos ocupar la investigacin del siglo XXI. Se calcula que existen unas 8.000 enfermedades hereditarias, pero hoy slo se pueden detectar unas 200 antes del nacimiento y existen test genticos para otros pocos centenares. Para dar respuesta a estas preguntas que estn ms all de los estudios genmicos se ha desarrollado lo que se conoce como Post-Genmica . Dentro de esta categora Post-Genmica se puede incluir la genmica comparativa, la genmica individual, la protemica y la transcriptmica entre otras. El desarrollo de todo este tipo de aproximaciones est inspirado en los estudios genmicos y en la posibilidad de contar con herramientas y tecnologas que permitan y soporten el desarrollo de abordajes masivos propios de las aproximaciones -micas. Ha sido en este ambiente en el que las micromatrices de material biolgico, microarrays o biochips han sido desarrollados, como una herramienta ms para el anlisis y obtencin masiva de informacin biolgica. Genmica funcional. La Era Post-Genmica. Si la genmica estructural es la rama de la genmica orientada a la caracterizacin y localizacin de las secuencias que conforman el DNA de los genes, permitiendo de esta manera la obtencin de mapas genticos de los organismos, la genmica funcional es la disciplina que se orienta hacia la recoleccin sistemtica de informacin acerca de las funciones desempeadas por los genes. Para llevar a cabo este trabajo se requiere la informacin procedente de la genmica estructural. Las metodologas experimentales empleadas han de combinarse con estudios computacionales de los resultados debido al gran volumen de informacin que se genera durante los estudios realizados a gran escala. Con la genmica funcional el objetivo es llenar el hueco existente entre el conocimiento de las secuencias de un gen y su funcin, para de esta manera desvelar el comportamiento de los sistemas biolgicos. Se trata de expandir el alcance de la investigacin biolgica desde el estudio de genes o protenas individuales al estudio de todos los genes y protenas al mismo tiempo en un momento determinado.