Apprentissage de La Mdecine

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FACULTE DE MEDECINE DE LIMOGES ________________________
LA LITTERATURE SCIENTIFIQUE :
LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE LA LECTURE CRITIQUE LA REDACTION DUN RESUME DARTICLES SCIENTIFIQUES LES STATISTIQUES DANS LA LITTERATURE SCIENTIFIQUE
Professeur A. VERGNENEGRE Professeur P. M. PREUX Anne 2002 - 2003
SIME/AV/Coursp/4me anne/santpublique/polycop2002/la littrature scientifique
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Les progrs mdico-scientifiques sont source dune masse considrable dinformations publies dans la littrature. La lecture de ces informations peut se faire dans plusieurs cadres : par le clinicien qui veut se tenir au courant des volutions susceptibles dinfluencer sa pratique, par des recherches visant valuer de nouvelles technologies, dans le cadre dun travail scientifique de recherche (thse de doctorat en mdecine par exemple).
Le cadre gnral de cette littrature pour un mdecin est donc le suivant : se tenir au courant, comprendre (la physio-pathologie, lpidmiologie, ), changer (les attitudes diagnostiques, prventives et thrapeutiques), sinformer, comprendre, admettre ou contester les contraintes conomiques.
Cette lecture se heurte dans tous les cas lcueil que constitue la quantit de donnes publies : plus de 30 000 articles sont recenss chaque mois dans la banque de donnes Medline. Ainsi, celui qui voudrait mettre jour ses connaissances dans la maladie dAlzheimer par exemple, se trouverait confronter une liste de plus de 23 000 articles sur trois ans. Cet tat de chose rend indispensable une dmarche en plusieurs tapes que nous allons dcrire : rechercher linformation, slectionner et analyser linformation, synthtiser linformation dans un rsum, savoir critiquer la mthodologie statistique.
CHAPITRE I : IDENTIFICATION DES INFORMATIONS : LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE OU RECHERCHE DOCUMENTAIRE
Cest une dmarche systmatique et explicite didentification, de rcupration et de traitement bibliographique de donnes publies ou non. Elle a pour but lidentification dinformations pertinentes et doit tendre vers lexhaustivit.
I- METHODOLOGIE DOCUMENTAIRE :
DE
LA
STRATEGIE
DE
LA
RECHERCHE
Elle est facilite par la connaissance des bases de donnes utilises et des mots cls.
A- Ltape pralable : Cette tape permet de bien analyser un projet avant de lancer une recherche documentaire approfondie. Il faut dfinir, dune part ltendue du projet et son domaine : estce un domaine o la littrature est trs abondante ? est-ce un domaine o, au contraire, la littrature est pauvre et faite dtudes peu adaptes ? Une fois le thme bien dfini, il est possible de choisir quelques critres soit dexclusion, soit dinclusion respecter lors de la stratgie de la recherche : lun des critres dexclusion le plus usit est la langue. Seules les publications de langue anglaise, franaise sont souvent recherchs pour des raisons simples de comprhension. une limitation sur les annes de recherche est gnralement effectue. La priode retenue est variable selon les thmes.
B- Elaboration des stratgies de recherche documentaire : identification du thme, recherche approfondie partir dune premire interrogation, interrogation systmatique de plusieurs banques de donnes, recherche sur des banques de donnes spcifiques, recherche de la littrature grise . La littrature grise est une littrature non indexe dans les catalogues officiels ddition et les circuits conventionnels. Il sagit souvent dun rapport de documents qui ne sont jamais publis. Cette recherche se fait par des contacts directs auprs des Socits Savantes, par la consultation dInternet, par la recherche douvrages. dpouillement des sommaires de revues.
II- LES SOURCES DINFORMATION : A- Les banques de donnes bibliographiques : 1) les banques de donnes mdicales : Medline : cest la base cre en 1966 par la National Library of Medicine ( Bethesta Etats-Unis). Cest la plus connue et la plus utilise. Elle contient plus de 7 millions de citations dont plus de 5 millions concernent ltre humain. Elle indexe la littrature scientifique de plus de 4 000 revues internationales. Sa couverture est essentiellement anglosaxonne. Des termes normaliss et structurs (mots-cls) sont utiliss pour indexer les documents et les questions. Lensemble de ces termes constitue un thesaurus. Le thesaurus de Medline sappelle MeSH (Medical Subject Headings). Quand un article est index dans Medline, 10 12 termes du MeSH y sont attachs. Le MeSH est rgulirement actualis.
Enbase : cest une banque de donnes mdicales produite aux Pays-Bas. Elle indexe environ 3 700 journaux. Elle possde deux particularits : une orientation sur la pharmacologie et la toxicologie tout en traitant les autres aspects de la mdecine et une bonne couverture de la littrature europenne.
Pascal : cest une banque de donnes franaise produit par lInstitut National de lInformation Scientifique et Technique (INIST). Cre en 1973, cette base multidisciplinaire concerne les domaines aussi divers que la biologie, la mdecine, les disciplines fondamentales de la physique et de la chimie, les sciences de lingnieur, locanographie. La littrature franaise reprsente environ 10% des 12 millions de rfrences bibliographiques.
Biosis : produite aux Etats-Unis, elle contient plus de 11 millions de citations. Elle est particulirement intressante pour la recherche de rsums de congrs. De nombreuses autres bases de donnes sont plus spcifiques, telles que les bases de donnes sur le SIDA (Aidsline), le cancer (Cancerlit), Cinahl pour les infirmiers et les paramdicaux, Helmis pour la gestion des services de sant, Psyclit pour le domaine de la psychiatrie et les Current Contents pour le sommaire des journaux.
2) La Cochrane Library : Cest une banque de donnes lectronique, disponible sous forme de disquettes ou de CD-Rom. Elle a t initie en 1995 en Grande-Bretagne. Elle est constitue de plusieurs
banques. La base des revues systmatiques qui met la disposition des synthses sur des thmes de la littrature rgulirement actualiss. Une base dabstracts de revues defficacit qui recense les revues de la littrature de bonne qualit mthodologique publies dans des revues mdicales et des rsultats dAgence Internationale dEvaluation Technologique.
3) les banques de donnes conomiques et industrielles : Elles permettent dobtenir des informations provenant de revues internationales, nationales et locales, des rapports financiers, des rapports dactivit. Elles peuvent avoir une ouverture internationale ou europenne. DELPHES est produite par la Chambre de Commerce et dIndustrie de Paris. Elle donne des informations bibliographiques provenant denviron 900 journaux.
B- La littrature grise : 1) les banques de donnes de littrature grise : La banque de donnes de Sant Publique a t cre en France en 1994 et contient plus de 150 000 rfrences. HEALTHSTAR contient de la littrature scientifique manant de revues, de rapports techniques, de rsums de congrs, de chapitres de livres et de documents gouvernementaux. Elle couvre plus particulirement les champs de lvaluation technologique et la recherche en administration de sant. NHS Economic Data Base contient des informations sur les valuations conomiques.
2) les agences et institutions gouvernementales, les Socits Savantes : Ces associations professionnelles tiennent jour des rapports qui peuvent tre accessibles sur demande.
C- Dpouillement systmatique des sommaires de revues : Les principales revues lire sont le Lancet, le New England Journal of Medicine, la Presse Mdicale, le Bristish Medical Journal, The Annals of Internal Medicine, JAMA, la Revue du Praticien.
III- LES CRITERES DINTERROGATION : Comme nous lavons soulign, ils seront indpendants de la base interroge. Ils peuvent concerner : les priodes de temps, la langue, les mots-cls, les thmes (tudes in vitro, tudes sur lanimal, tudes sur ltre humain), les types darticles (abstracts, revues de la littrature).
IV- LE CHOIX DES MOTS CLES : Lorsque lon interroge dans la base Medline, cest le MeSH qui est utilis. Il concerne essentiellement les mots qui vont dcrire en rsum, principalement les articles. Ils peuvent tre complts par des Subheading qui sont des restricteurs (traitement, diagnostic, pronostic, dpistage). Si lon prend lexemple de lpidmiologie du cancer du poumon, il faut dabord rentrer le terme cancer du poumon qui donnera sur une ou deux annes 24 000 rfrences, puis pidmiologie qui donnera galement 15 000 20 000 rfrences, et cest le croisement de ces deux mots, par la syntaxe et qui permettra dobtenir les rfrences souhaites (900 1 000).
V- LA RECHERCHE EN PRATIQUE : Comme nous lavons vu, il faut demble sorienter vers des bases de donnes existantes et le Medline en est la principale. Les Universits ont mis en place une base OVID qui permet, partir du Medline, de faire des recherches par sujet, auteur, journal et des recherches combines. Cette base est accessible par Internet et permet des interrogations simples et rapides. Il est possible dans cette base dajouter des subdivisions avec des abrviations, par exemple lducation de lasthme se recherche par asthma/ed. Sur la recherche par Internet, il existe au niveau de OVID des guides qui permettent de comprendre comment se fait cette recherche, ainsi que les diffrentes interrogations.
VI- EN CONCLUSION : La recherche bibliographique ncessite une certaine pratique. Elle est cependant indispensable ds que lon va avoir raliser un travail, que ce soit un expos dans un service ou pour un certificat et bien sr son travail de thse de mdecine. Il ne faut souvent ne pas se contenter du Medline. Pour lANAES, lors de la recherche concernant des recommandations de pratique clinique, la mthodologie suivante est utilise : Medline Healthstar, Enbase, Pascal, Cochrane Data Base, littrature grise.
CHAPITRE II : LA LECTURE CRITIQUE DES ARTICLES SCIENTIFIQUES : SELECTION DE LA LITTERATURE
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I- LA SELECTION DES ARTICLES : Cette tape doit tenir compte de plusieurs facteurs : la prsence ou non dun rsum (environ 75% des articles en ont un), laccessibilit et/ou le cot des documents, le temps allou cette recherche, la qualit de la revue qui a publi larticle.
De faon assez sommaire, on peut schmatiser le principe sur la figure ci-dessous :
LIRE LE TITRE
NON
OUI REJETER LIRE LE RESUME Les rsultats, sils sont valides, seraient-ils utiles ? NON LARTICLE
ARTICLE
OUI
LIRE LA SECTION MATERIEL ET METHODES
La premire slection est effectue rapidement sur le titre et la revue. Une revue difficile se procurer ou confidentielle peut tre carte (par exemple : le journal de mdecine interne dune province du sud de la Nouvelle Zlande), ainsi que le titre, si celui-ci nest pas suffisamment vocateur de lintrt pour lindividu qui ralise la recherche. Lorsquun rsum est disponible, certains critres peuvent tre dfinis qui permettent rapidement de slectionner ou non larticle.
II- LANALYSE DE LA QUALITE DE LA LITTERATURE : Un certain nombre de questions prliminaires doivent tre poses. Pourquoi ltude a-t-elle t entreprise ? Objectif et hypothse de travail
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Quelle est le type de ltude ? - exprimentales (animaux, volontaires sains) - essais cliniques (souvent thrapeutiques et comparatifs) ? - enqutes (touchant une population ou un chantillon), - revue de la littrature : synthse, mta-analyse, - recommandations de pratique, - analyse dcisionnelle et conomique Le protocole tait-il appropri ? Pour le savoir, il faut se pencher sur la section mthodes . Cest la raison pour laquelle celle-ci doit tre lue aprs le titre et le rsum. On essaiera de savoir : - sil sagit dune tude originale, et notamment quelle est alors son apport par rapport aux travaux antrieurs. qui sont les sujets de ltude (recrutement, inclusion, non-inclusion, perdu de vue).
Le protocole a-t-il t judicieusement conu ? - Stratgie tudie, - Critres de jugement. Comment les biais ont-ils t vits ou minimiss ? Ils doivent tre dcrits et comments par les auteurs.
Population cible randomiss Groupe exprimental Biais de slection Biais dexcution (soins donns) Groupe tmoin
Biais de dtection
Rsultats Rsultats
expos non expos Biais dexclusion lintervention suivi
Les mesures ont-elles t ralises en aveugle ? La validit statistique est-elle assure ? - taille de lchantillon - ampleur de la diffrence - dure et taille du suivi
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Quel est le niveau de preuve de larticle ? On distingue plusieurs niveaux de preuve dans un article scientifique, essentiellement cinq niveaux. Les deux tableaux ci-dessous montrent la classification amricaine et canadienne des niveaux de preuve.
Niveau de preuve scientifique apport par une tude selon la force de protocole (adapt du score utilis par lAmerican College of Chest Physicians) Niveau 1 Essais contrls randomiss avec rsultats indiscutables (mthodologiquement) Niveau 2 Essais contrls non randomiss bien conduits Niveau 3 Essais prospectifs non contrls bien mens (suivi de cohorte par exemple) Niveau 4 Etudes cas-tmoins : essais contrls prsentant des biais Niveau 5 Etudes prospectives et cas cliniques (srie de malades) Toute tude fortement biaise
Niveau defficacit dune intervention mdicale (adapt daprs le Canadian Task Force on the Periodic Health) I II 1 II 2 II 3 III Preuves obtenues par au moins un essai comparatif randomis Preuves obtenues au moyen dessais comparatifs non randomiss Preuves obtenues par des tudes de cohorte ou des cas-tmoins, de prfrence multicentriques Preuves obtenues par des comparaisons de sries non contemporaines Avis dexperts Etudes descriptives
Ces niveaux de preuve doivent tre formaliss, bass sur des grilles de lecture et caractrisent la capacit de ltude rpondre la question pose. Ils font rfrence lvidence scientifique qui rsulte de la lecture de tous les articles ou sont bass ventuellement sur un accord professionnel lorsquil sagit uniquement de lopinion des professionnels de sant.
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III- LANALYSE DE LA QUALITE DE LA LITTERATURE : Aprs les deux premires phases didentification et de slection de larticle, lanalyse de la qualit va permettre de retenir ceux dont les rsultats vont tre utiliss pour le travail recherch. Cette analyse constitue ltape initiale pour prparer des recommandations de pratique et des rfrences professionnelles. Il est possible, ventuellement, de se servir dune grille danalyse pour tout type de publication. Ce type de grille comporte souvent 8 critres dvaluation : - lobjectif de ltude, - le type du protole, - le facteur tudi, - les critres de jugement, - la population source, - les facteurs de confusion et les biais, - les analyses statistiques et les conclusions des auteurs. Le tableau ci-aprs reprend lanalyse dune publication mdicale originale. En fait, il est souvent prfrable de sparer les analyses en fonction du type darticle.
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ANALYSE DUNE PUBLICATION MEDICALE ORIGINALE
La question est-elle clairement pose ? Les bases scientifiques sur lesquelles repose ltude sont-elles cites ? De quel type dtude sagit-il ? Exprimentale Randomise Contrle non randomise Autre
Oui Oui
Non Non
Observation Cas-tmoin Prospective Rtrospective, transversale, rapport dobservations, opinions dexperts, autres Oui Oui Non Non
Tous les termes techniques employs sont-ils bien dfinis ? Les variables et les rsultats finaux analyss sont-ils clairement identifis ? Quels sont les rsultats finaux analyss (efficacit, effets secondaires) : La mesure et le choix des rsultats finaux sont-ils corrects ? Le choix des variables et leur mthode de mesure sont-ils corrects ? Quels sont les biais de mesure identifiables ? Quelle est la population tudie ? Quelle est la population tmoin ? Comment les chantillons ont-ils t constitus ? La constitution des populations tudies est-elle correcte ? La taille des chantillons est-elle adapte ? Les mthodes statistiques sont-elles exposes en dtail ? Les mthodes statistiques sont-elles appropries ? La dure de suivi est-elle suffisante ? Les facteurs confondant potentiels sont-ils pris en compte ? Les rsultats sont-ils prsents de faon claire, dtaille, objective ? Les rsultats sont-ils cohrents ? Les conclusions sont-elles valides ?
Oui Oui Oui
Non Non Non
Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui
Non Non Non Non Non Non Non Non Non
Toutes les rponses du type oui-non peuvent tre remplaces par une cotation de O (non) 1 (oui). Exprimentale = 5, cas tmoin = 4, contrle prospective = 3, autre = 2.
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A- Analyse dune revue de synthse : Une revue de synthse prsente lanalyse de travaux originaux dj publis. Si cette synthse a suivi une mthode explicite et valide, elle peut tre prise comme document de rfrence, ce qui vite ainsi une analyse dtaille de la littrature antrieure ce document.
1) Les objectifs sont-ils clairement exposs ? Lhypothse atteste est explique. La question laquelle lauteur essaye de rpondre est correctement expose et segmente en sous questions.
2) La mthodologie : Les procdures de slection de la littrature doivent tre dcrites. Les sources de donnes doivent tre dcrites. La prcision des procdures utilises pour obtenir les informations doit tre donne. Les critres dinclusion et dexclusion et le mode de slection des articles doivent tre numrs. Les mthodes danalyse doivent tre prciss : caractristique des lecteurs, anonymisation des articles, lecture en double-aveugle, La mthode utilise pour analyser la synthse de travaux doit tre prsente. Les rsultats doivent tre correctement explicits et la validit des arguments sur lesquels lauteur fonde ses conclusions discuts.
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GRILLE DE LECTURE DES REVUES DE SYNTHSE
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________ Thme de larticle : Totalement Partiellement Pas du tout 1. Les objectifs de la revue de synthse sont clairement exposs 2. Mthodologie 2.1. Procdures de slection L'auteur dcrit ses sources de donnes Les critres de slection des tudes sont pertinents Les critres d'inclusion et d'exclusion des articles sont dcrits Les tudes non publies sont prises en compte 2.2. Mthode danalyse Les modalits de la lecture critique sont prciss (lecteurs, grille de lecture) L'auteur prsente la mthode utilise pour raliser la synthse des rsultats. 3. Rsultats L'auteur dcrit les rsultats L'auteur commente la validit des tudes choisies Ses conclusions s'appuient sur des donnes fiables dont les sources sont cites q q q
q q q q
q q q q
q q q q
q q
q q
q q
q q q
q q q
q q q
4. Applicabilit clinique La revue de synthse permet de rpondre en q pratique la question pose
Commentaires :
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B- Analyse dun article thrapeutique : La mthodologie des essais thrapeutiques est traite dans un autre polycopi. La grille de lecture est prsente en annexe. Elle concerne essentiellement la mthodologie sur la nature de lessai comparatif, prospectif, randomis, sur les populations, les variables cliniquement pertinentes prises en compte, et surtout une analyse statistique adapte (cf chapitre IV). Une des questions importante est de savoir si lanalyse est faite en intention de traiter, cest une analyse qui prend en compte tous les patients inclus dans ltude, mme si ceux-ci nont pas particip la totalit du protocole (erreur, arrt de traitement). Lapplicabilit clinique des rsultats doit tre discute en fonction des significations et des modalits du traitement.
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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE THRAPEUTIQUE
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________ Thme de larticle : OUI 1. Les objectifs sont clairement dfinis 2. Mthodologie de ltude L'tude est comparative - l'tude est prospective - l'tude est randomise Le calcul du nombre de patients a t fait a priori La population de l'tude correspond la population habituellement traite Toutes les variables cliniquement pertinentes sont prises en compte Lanalyse statistique est adapte L'analyse est faite en intention de traiter q q q q q q q q q q NON q q q q q q q q q q ? q q q q q q q q q q
3. Les rsultats sont cohrents avec lobjectif de ltude et tiennent compte dventuels effets secondaires 4. Applicabilit clinique La signification clinique est donne Les modalits de traitement sont applicables en routine
q q
q q
q q
Commentaires :
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C- Analyse dun article diagnostic : Les critres recherchs pour apprcier la validit du diagnostic dun test doivent apprcier : la capacit de ce test mesurer effectivement ce que lon veut mesurer et la variabilit des rsultats lis lvnement tudi. Les objectifs doivent tre dfinis ainsi que la mthodologie. Lanalyse des rsultats doit dcrire la sensibilit, la spcificit, lefficacit diagnostique qui correspond au pourcentage de biens classs par le test (elle est gale aux vrais positifs + les vrais ngatifs / malades + non malades = a+d
a+b+c+d Les rapports de vraisemblance doivent ventuellement tre utiliss pour quantifier la vraisemblance du diagnostic fournit par le test positif. Ce rapport de vraisemblance LR (Likehood Ratio) correspond au rapport de la probabilit quun test positif corresponde rellement une maladie par rapport la probabilit quun test positif ne corresponde pas la prsence de cette maladie. LR dun test positif = vrai positif/malades faux positifs/non malades Le LR dun test ngatif = faux ngatif/malades = 1 - sensibilit/spcifit. = sensibilit/1 - spcifit.
vrai ngatifs/non malades Lapplicabilit du test hors tout contexte exprimental et son utilit doivent tre dcrites.
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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE DIAGNOSTIQUE
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________ Thme de larticle :
OUI 1. Les objectifs sont clairement dfinis 2. Mthodologie Le test tudi est compar un test de rfrence fiable et valide, dtermin priori La mthode de slection des patients est dcrite q q q q
NON q q q q q q
? q q q q q q
La frquence de la maladie dans l'chantillon tudi q correspond aux donnes pidmiologiques connues Le terme normal est dfini q
3. Analyse des rsultats Les rsultats sont analyss en aveugle quand cest possible Les caractristiques diagnostiques du test sont calcules ou calculables (sensibilit, spcificit) q q q q q q q q q
4. Lutilit clinique du test est recherche
Commentaires :
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D- Analyse dun article de causalit : La grille de lecture dun article de causalit permet de rpondre des grandes questions. Lassociation existe-t-elle entre un facteur de risque et la maladie ?, cette relation est-elle forte ?, le facteur de risque peut-il tre considr comme causal ?. Le schma de ltude doit tre prcis, ainsi que sa mthodologie (ltude est-elle comparative ?, les populations prises en compte sont-elles bien dfinies ?, les facteurs de risque et dexposition sont-ils bien dfinis ?). Les rsultats doivent permettre de prciser, soit le risque relatif, soit lodds-ratio en fonction du type dtude. La causalit de lassociation doit tre discute. Plusieurs aspects doivent tre analyss : par rapport ltude, lassociation est retrouve de manire uniforme et logique dans lanalyse globale, une relation dose-effet peut tre mise en vidence par rapport aux connaissances gnrales, lassociation retrouve dans ltude est vraisemblable et en accord avec les connaissances pidmiologiques, les biais doivent tre dcrits et pris en compte dans la grille de lecture dcrite ciaprs.
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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE DE CAUSALIT
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________ Thme de larticle :
OUI 1. La formulation des objectifs est clairement exprime 2. Mthodologie L'tude est comparative Les populations exposes et tmoins prises en compte sont bien dfinies (caractristiques, critres dinclusion et dexclusion) Les facteurs de risques et dexposition sont bien dfinis q q
NON
q q
q q
3. Rsultats Les groupes sont compars Lexistence dune association est prouve et la force de l'association est teste La causalit de l'association est tudie Les biais sont dcrits et pris en compte q q q q q q q q q q q q
Commentaires :
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E- Analyse dun article de pronostic (analyse de cohorte) : Les objectifs de ltude doivent tre clairement dfinis, ainsi que la mthodologie. Les modalits de constitution de la cohorte doivent tre prciss. Les critres dinclusion et dexclusion doivent tre spcifis et adquats. Les biais possibles sont-ils pris en compte ?, le suivi est-il compris et correctement ralis ? La grille de lecture est dcrite ci-aprs.
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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE DE PRONOSTIC (ANALYSE DE COHORTE)
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________
Thme de larticle : OUI 1. Les objectifs de ltude sont clairement dfinis 2. Mthodologie Les modalits de constitution de la cohorte sont prcises. Tous les patients de la cohorte ont t identifis au mme stade de la maladie. Les critres d'inclusion et dexclusion sont spcifis et adquats. Les biais possibles sont exposs et les mthodes pour les prendre en compte sont dcrites. Le suivi est complet et correctement ralis. Les critres de jugement sont pertinents, fiables et tous utiliss. q q q q q q q q NON q q q q q q q q ? q q q q q q q q
3. Les rsultats L'interprtation de ces critres est objective. Les rsultats sont ajusts pour les autres facteurs pronostiques. q q q q q q
Commentaires :
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F- Analyse dun article pidmiologique: La grille de lecture est dcrite ci-aprs et prend en compte essentiellement la mthode et les rsultats. GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE EPIDEMIOLOGIQUE
Titre et auteur de l'article:_______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________
Thme de larticle :
OUI 1. Les objectifs de ltude sont clairement dfinis 2. Mthodologie Les caractristiques de la population sont dcrits Les critres dinclusion et dexclusion sont prciss et adquats q q q q
NON q q q q q
? q q q q q
Les qualits et les modalits de recueil des donnes q sont prciss.
3. Analyse des rsultats Lanalyse statistique est adapte Les facteurs de confusion et les biais sont pris en compte. Les rsultats sont vrifiables partir des donnes brutes. q q q q q q q q q
Commentaires :
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G- Analyse dun document de recommandations : Celui-ci a une certaine importance car il faut tre capable galement de critiquer certaines recommandations de pratique que nous dcrirons dans un chapitre spcifique. Il faut pouvoir prciser le contexte dlaboration, lobjectif, les populations concernes. La mthode des recommandations doit tre dcrite, ainsi que leur analyse. La grille de lecture est dcrite ci-aprs.
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GRILLE DE LECTURE DUN DOCUMENT DE RECOMMANDATIONS
Titre et auteur de l'article: _______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages________________________________________ __
Thme de larticle :
Promoteur :
1. Contexte et objectifs Le contexte dlaboration des recommandations est prcis Lobjectif des recommandations est prcis OUI q q q NON q q q Partiellement q q q
Les populations concernes par les recommandations sont prcises
2. Mthodologie La mthodologie employe pour llaboration des recommandations est clairement prsente. Les critres de jugement des tudes qui ont servi laborer les recommandations, sont explicits. Largumentaire des recommandations est prcis q q q q q q q q q
3. Les recommandations Les conclusions et recommandations correspondent aux informations analyses. Les recommandations sont claires et prcises. q q q q q q q q q q q q
Les recommandations sont adaptes la pratique clinique quotidienne et aux cibles.
4. Un processus de validation est mentionn .
Commentaires :
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H- Slection et analyse de la littrature conomique : La slection des tudes conomiques : les critres dinclusion dun article conomique doivent tre les suivants : la perspective (point de vue), partir de laquelle lvaluation a t mene, le bnfice net individuel apport pour le patient, par la technique ou la pratique mdicale, lvaluation doit tre comparative, deux alternatives au moins, thrapeutique et diagnostique sont soumises au calcul. Les auteurs doivent spcifier quels types de cots ils ont utilis, le taux dactualisation lorsque ltude sest droule sur plusieurs annes, des analyses de sensibilits doivent tre pratiques.
La grille danalyse dun article conomique est dcrit ci-aprs. Elle prend en compte la dfinition du cadre de lvaluation, lidentification de la mesure et la valorisation des cots, la description de lanalyse comparative et la prise en compte de lincertitude.
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GRILLE DANALYSE DUN ARTICLE CONOMIQUE Titre et auteur de l'article: _______________________________________ Rev/Anne/Vol/Pages__________________________________________ Thme de larticle : A. CADRE DE L'VALUATION 1) QUELLE PERSPECTIVE EST ADOPTEE DANS L'ETUDE ?
OUI NON
La socit Le patient L'assurance maladie Les assurances complmentaires Ltablissement de soins
r r r r r
r r r r r
2) QUELLE EST LA NATURE DE LA COMPARAISON ? A prciser
B. QUANTIFICATION/MESURE DES COTS : QUELS SONT LES COTS RETENUS ? 1) COUTS DIRECTS MEDICAUX ET NON MEDICAUX
OUI NON
Si oui, mode de valorisation Cot rel r Cot standard r Cot nominal r
Cot des stratgies valorises A prciser Avec prise en compte : - du personnel - des consommables utiliss - de l'amortissement du matriel - de sa maintenance Cot des effets secondaires lis aux stratgies
r r r r r r
r r r r r r
2) COUTS INDIRECTS
OUI NON
Cots indirects pour le patient
Si oui, mode de valorisation Cot des pertes de production r
3) COUTS INTANGIBLES
OUI NON
Cots de l'anxit Cots de la douleur C. VALUATION COMPARATIVE
r r
r r
OUI
NON
1) TUDE DE MINIMISATION DES COUTS 2) TUDE COUT - EFFICACITE Critres defficacit : - annes de vie sauves - autres
r r
r r
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3) TUDE COUT UTILITE - QALY - autres 4) TUDE COUT BENEFICE - cots vits - disposition payer - autres D. PRISE EN COMPTE DU TEMPS
OUI NON
r r r r r
r r r r r
Actualisation des cots Actualisation des bnfices
r r
r r
Cette grille est adapte selon les thmes traits. Certaines questions sont donc dvelopper selon les sujets.
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IV-
NOTION
DE
NIVEAUX
DE
PREUVE
ET
GRADUATION
DES
RECOMMANDATIONS : A lissue de cette analyse, et conformment ce qui a t dcrit, la dcision dutiliser larticle doit pouvoir tre prise. Les articles analyss le sont au sein dun tableau de synthse faisant apparatre : la rfrence de la publication, le protocole, le facteur, les caractristiques de la population de ltude, les critres de jugement, les rsultats, ventuellement les conclusions de lauteur.
A- Le niveau de preuve : Nous avons dj dtaill le niveau de preuve de ces articles au dbut de ce chapitre. 1) Niveau de preuve dune tude : Le niveau de preuve dune tude caractrise la capacit dtude rpondre la question pose. Cette capacit se juge par la correspondance de ltude au cadre du travail ralis, dautre part par les caractristiques suivantes : ladquation du protocole la question pose, lexistence ou non de biais importants dans la ralisation, la puissance de ltude et la taille de lchantillon. La classification gnrale
peut tre propose partir des classifications de la littrature et des composants vus ci-dessus. un fort niveau de preuve correspond une tude dont le protocole est adapt
pour rpondre mieux la question pose, la ralisation est effectue sans biais majeur, lanalyse statistique est adapte aux objectifs, la puissance est suffisante, un niveau intermdiaire est donn par une tude de protocole similaire,
prsentant une puissance nettement insuffisante des anomalies mineures, un faible niveau de preuve peut tre attribu aux autres types dtudes.
2) Lvidence scientifique : Elle est apprcie lors de la synthse des rsultats de lensemble des tudes slectionns. La gradation de lvidence scientifique sappuie sur : lexistence de donnes de la littrature,
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des niveaux de preuve, la cohrence de leurs rsultats.
Elle constitue la conclusion des tableaux de synthse.
B- La notion daccord professionnel : Un accord professionnel exprime une opinion quasi-unanime. Selon cette opinion, une mthode de dpistage, des diagnostics, de prvention ou de traitement, peut tre propose ou non dans une indication donne. Cet accord professionnel correspond un fait dobservation. Un accord professionnel ncessite dtre valid par un groupe de lecture externe au groupe de travail lorigine de laccord. Ce groupe dexperts doit tre reprsentatif des diffrents professionnels de sant concerns et de diffrentes modalits dexercice.
C- Grade des recommandations : La graduation des recommandations selon lANAES se fait en trois catgories : A B C (cf tableau suivant)
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Niveau de preuve scientifique de la littrature et force des recommandations (adapt du score de Sackett)
NIVEAU DE PREUVE SCIENTIFIQUE

FOURNI PAR LA LITTERATURE
GRADE DES RECOMMANDATIONS
Niveau 1 - Essais comparatifs randomiss de forte puissance Mta-analyse dessais comparatifs randomiss - Analyse de dcision base sur des tudes bien menes Niveau 2 - Essais comparatifs randomiss de faible puissance - tudes comparatives non randomises bien menes - tudes de cohorte Niveau 3 - tudes cas-tmoin Niveau 4 - tudes comparatives comportant des biais importants - tudes rtrospectives - Sries de cas - tudes pidmiologiques descriptives (transversale, longitudinale)
Preuve scientifique tablie
B Prsomption scientifique
Faible niveau de preuve scientifique
La recommandation de grade A est fonde sur une preuve scientifique tablie par des puissances de fort niveau, par exemple des essais comparatifs randomiss de forte puissance et sans biais majeur, mta-analyse dessais contrls randomiss, analyse de dcision base sur des tudes bien menes. La recommandation de grade B est fonde sur une prsomption scientifique fournit par des tudes de niveau intermdiaire de preuves : par exemple, essai comparatif randomis de faible puissance, tude comparative non randomise bien mene, tude de cohorte.
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La recommandation de grade C est fonde sur des tudes de moindre niveau de preuve : par exemple, tude cas-tmoins. En labsence de prcision, les recommandations proposes ne correspondent qu un accord professionnel. Lexistence dune vidence scientifique forte entrane systmatiquement une
recommandation de grade A, quelque soit le degr daccord professionnel. Lanalyse de la littrature permet de rpondre toutes les questions poses. Les recommandations devront explicitement distinguer les rponses soutenues par une vidence scientifique et celles qui ne le sont pas. La synthse de la dmarche globale dlaboration des recommandations est rsume sur larbre dcisionnel ci-aprs.
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+
Recommandations existantes
Mthodologie bonne
Etudes Bonnes
Actualisation
Mthodologie bonne
Accord professionnel
+
Adaptation au contexte clinique et professionnel
Recommandations bases sur une vidence scientifique
Recommandations bases sur un accord professionnel
Etudes complmentaires
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EN CONCLUSION :
Lire un article scientifique repose donc sur une mthodologie relativement complexe. Le lecteur doit sadapter au type darticle auquel il est confront. La rigueur des grilles de lecture est importante si lon veut, partir dune masse darticles existants, pouvoir slectionner les plus intressants. Ceci vite la dispersion et fait gagner un gain de temps prcieux au mdecin. Ces grilles de lecture amliore galement un tri qui pourrait tre subjectif. Apprendre lire est un temps essentiel de la vie mdicale.
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CHAPITRE III : LA SYNTHESE DE LINFORMATION SCIENTIFIQUE : ECRITURE DUN RESUME :
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Nous avons dj vu toute limportance du rsum dun article scientifique car il est lu juste aprs le titre. Il sagit probablement de la partie qui est la plus lue de la littrature qui est produite. Le rle du rsum est dinformer de manire abrge sur le contenu de larticle.
I- LES DIFFERENTS TYPES DE RESUME : On en distingue trois types qui sont reproduits sur le tableau ci-aprs :
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1) Une forme indicative, peu utilise, qui prsente un intrt extrmement limit. 2) Une forme informative, qui a comme objectif de renseigner le lecteur sur le contenu de larticle. On distingue deux types de formes informatives : la forme informative non structure qui est reproduite la partie centrale du tableau cidessus, de nombreuses revues maintenant prfrent une forme structure o le rdacteur va prsenter, par toute une srie de mots cls, au lecteur, les informations importantes. Certaines revues imposent une structure alors rsume. Lorsque ceci nest pas le cas, on peut sparer le rsum en utilisant quatre mots cls : contexte (ou objectifs), mthodes, rsultats, conclusion.
II- LA CONSTRUCTION DES RESUMES : La construction des rsums informatifs, structurs ou non, repose sur des rgles de rdaction similaire celui du corps de larticle scientifique. La principale similitude est lutilisation de la structure : introduction, mthodes, rsultats, discussion. Chaque lment de cette structure, cependant, ne sera expos que de manire abrge. Ainsi, lintroduction (ou le contexte) est limit lnonc de lobjectif principal, parfois prcd dune phrase de description du contexte. Lnonc des mthodes est limite la description succincte du schma de ltude, du type de la population tudie, des mesures ncessaires la rponse de la question principale. Cette partie mthodes est ventuellement complte par une description simple des mthodes statistiques et parfois pour certaines revues, du lieu du droulement de ltude. Lnonc des rsultats est aussi limit aux principales donnes. Enfin, lnonc de la principale conclusion tient habituellement lieu de discussion. Les autres rgles de rdaction (prcision, clart, fluidit, concision) sappliquent au rsum. La ncessit de limiter la taille, implique nanmoins que concision et prcision deviennent particulirement importantes. La concision maximale est atteinte en limitant chaque section aux lments importants et en ne fournissant aucun dtail. Le rsum se limite lnonc des faits concernant les messages importants que le lecteur doit retenir.
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Labsence de dtails, cependant, ne doit pas tre synonyme de manque de prcisions. Notamment, lnonc du type de population doit comporter les critres dinclusion mais se limiter aux principaux critres. Les rsultats doivent aussi tre prcisment noncs et quantifis.
III- REGLES COMPLEMENTAIRES DE REDACTION : 1) le rsum ne doit tre rdig quune fois le reste de larticle ou du rapport fini. Cela permet de garantir quil y a une parfaite concordance entre le contenu du rsum et celui de larticle : tout ce qui est nonc dans le rsum doit tre retrouv quelque part dans le corps de larticle et doit tre exprim de la mme manire (mme dfinition, mmes donnes ). La rdaction tardive du rsum est plus facile, car la slection des mthodes et des donnes principales aura dj t faite, notamment dans les sections rsultats et discussions .
2) les auteurs doivent viter dintroduire dans le rsum des lments susceptibles de nuire sa clart. Ainsi, lutilisation dabrviations doit tre limite. Si une abrviation permet de simplifier lnonc dexpression longue, plusieurs fois rpte dans le rsum (par exemple, VIH pour Virus de lImmuno-Dficience Humaine), elle doit tre dfinie selon les rgles habituelles (une abrviation est introduite entre parenthses, aprs lnonc en toutes lettres de lexpression correspondante). Le rsum ne doit inclure ni rfrence, ni tableau, ni figure. Labsence de rfrence correspond lobligation de limiter le contenu du rsum aux lments directement lis ltude. Cela implique lutilisation exclusive du pass (imparfait ou pass compos) pour les verbes du rsum.
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CHAPITRE IV : LECTURE CRITIQUE DES ANALYSES STATISTIQUES : METHODES ET INTERPRETATIONS
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Plan
Introduction I- Rappel sur la lecture critique de la mthodologie dune tude II- Plan habituel de la section mthodologie statistique III- Elements principaux de la lecture critique statistique Conclusion Annexe : pour ceux qui veulent tricher (A NE PAS RETENIR !)
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INTRODUCTION : Dans les objectifs pdagogiques de lpreuve de lecture critique dun article mdical scientifique mis en place au concours de linternat, plusieurs objectifs se rapportent la mthodologie statistique : analyser la technique de randomisation, vrifier que les analyses statistiques sont cohrentes avec le projet de travail et discuter leur interprtation, vrifier la prsentation des indices de dispersion des donnes numriques et celles de limprcision des estimations, discuter la signification statistique des rsultats.
Le prsent chapitre se propose daider ltudiant raliser ces objectifs. Aprs avoir fait quelques rappels sur la lecture critique de la mthodologie dune tude qui a dj t aborde dans le chapitre prcdent, en insistant sur la mthodologie des essais thrapeutiques, nous aborderons successivement le plan habituel de la section statistique des mthodes dun article original, puis quelles sont les questions principales se poser pour critiquer les mthodes statistiques utilises et linterprtation qui en est faite. Nous essaierons de dgager les piges les plus frquents que lon peut rencontrer dans cet exercice souvent dlicat.
I- RAPPELS SUR LA LECTURE CRITIQUE DE LA METHODOLOGIE DUNE ETUDE : Des critres gnraux de qualit de la mthodologie dune tude originale peuvent tre poss : -lobjectif dune tude doit tre clair et une seule hypothse doit tre pose a priori, - le schma dtude doit tre adapt la question pose, - les procdures de slection des patients doivent tre correctes, - ltude doit tre conduite correctement.
Selon les schmas dtude, ces critres peuvent tre plus ou moins importants. De plus, il existe des critres spcifiques de qualit de la mthodologie en fonction du schma dtude. Ces critres de qualit peuvent tre retrouvs dans les grilles de lecture critique qui sont un outil prcieux pour lanalyse darticles (voir chapitre prcdent).
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5 questions sont essentielles se poser pour valuer la qualit de la mthodologie dune tude originale, en particulier celle dun essai thrapeutique :
1) Cet article apporte-t-il des lments originaux par rapport la littrature existante ? En particulier, ltude peut tre plus longue, ayant inclus plus de sujets, ou ayant pris en compte plus de paramtres que les tudes prcdentes sur le mme thme. La mthodologie de cette tude peut tre plus rigoureuse, en particulier si elle a pris en compte les critiques mthodologiques spcifiques aux tudes antrieures. Ltude peut tre galement originale si elle a inclus une population diffrente des tudes antrieures, par exemple diffrents groupes dge, ou des pathologies diffrentes des tudes antrieures. Enfin, ltude doit galement apporter en termes dimportance clinique, pour le patient, pour la socit, et notamment pour les dcideurs.
2) Quels sujets taient concerns par ltude ? Cette question peut regrouper plusieurs sous-questions : - Comment les sujets ont-ils t recruts ? un recrutement exhaustif sur une priode de temps donn, ou dans un lieu donn est correcte sauf phnomne saisonnier pouvant tre li la question de recherche. Un tirage au sort parmi lensemble des sujets ligibles est bien sr lidal.
- Qui a t inclus dans cette tude ? la plupart des tudes excluent les patients avec des comorbidits, les patients o un problme de suivi peut se poser par rapport la comprhension de lessai, au langage, la probabilit de perte de vue du sujet ; dautres excluent les sujets avec des mdicaments co-existants, etc Mme si cette approche est valide scientifiquement, il est clair que plus ces critres dexclusion sont importants, plus on sloigne de la pratique clinique quotidienne et plus les rsultats de cette tude seront difficiles tre appliqus dans dautres populations que la population de lessai.
- Qui a t exclu de ltude ? il ne sagit pas ici de discuter de linverse des critres dinclusion, mais un essai randomis peut par exemple tre restreint aux patients ayant certaines formes de maladie, les plus svres par exemple, ce qui aura bien sr dimportantes implications pratiques si lon veut appliquer les rsultats de lessai une population diffrente en pratique mdicale quotidienne car les formes cliniques seront certainement plus varies.
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- Les sujets ont-ils t tudis dans des situations dobservation habituelles ? ici encore, les carts la pratique quotidienne ninvalideront pas les rsultats scientifiques de ltude, mais risquent de rendre difficile une extrapolation des rsultats de lessai dautres populations. Par exemple, certains essais obligent les patients tre hospitaliss, ce qui peut ne pas tre le cas habituel dans la pratique courante ; les notices dinformation des essais thrapeutiques apportent souvent une information beaucoup plus importante que celle qui est donne en pratique quotidienne au patient (information qui nest dailleurs certainement pas suffisante) ; certains quipements peuvent tre utiliss alors quils ne le seront pas facilement en pratique routinire.
3) Le procotole est-il clairement et suffisamment expliqu dans larticle et les mesures effectues suffisamment sensibles ? Larticle doit en particulier prciser quelle intervention spcifique a t ralise et quoi elle a t compare. Ceci parat vident, mais souvent les paragraphes mthodes des articles originaux ne sont pas suffisamment prcis. En particulier, il existe souvent une surestimation inconsciente par les auteurs de loriginalit ou de limportance potentielle de leur travail. Les informations donnes ne sont souvent pas suffisantes propos des sujets ou de la prise en charge ralise. De plus, les auteurs doivent prciser quel critre de jugement a t utilis. Un seul critre de jugement principal doit tre indiqu et cest sur ce critre de jugement que les auteurs doivent baser leurs rsultats et leur interprtation. Encore faut-il que ce critre de jugement soit pertinent, par exemple en terme de survie, de qualit de vie ou de meilleure tolrance. Des marqueurs indirects de lefficacit dun produit (en anglais surrogate markers) peuvent tre utiliss mais ne devraient pas constituer la base de tout le raisonnement des auteurs, surtout si on souhaite utiliser les rsultats de larticle dans une large pratique. Les critres de jugement doivent tre objectivement valides, cest--dire sensibles et spcifiques. Ceci est en particulier trs important lorsque les mesures ont concern des symptmes, des effets psychologiques ou sociaux.
4) Tout a-t-il t fait dans ltude pour viter les biais ou les minimiser ? Un biais rsulte de tout lment qui va influencer les conclusions de ltude, distordre les comparaisons entre les groupes et entraner des conclusions errones. Quelque soit le protocole de ltude (essai randomis, essai non randomis, tude de cohorte ou tude castmoins), tout doit tre fait pour que les groupes compars soient le plus possible
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semblables, except pour la diffrence recherche. Par exemple, chacun des groupes doit le plus possible recevoir les mmes explications sur ltude, avoir les mmes contacts avec les professionnels de sant, tre examin le mme nombre de fois en utilisant les mmes critres de jugement. Dans un essai thrapeutique randomis, le biais est en thorie vit en slectionnant un chantillon de participants dans une population spcifique, puis en allouant par tirage au sort les diffrents traitements tudis diffrents groupes. Pour ce qui est des essais non randomiss, la comparaison des diffrences linclusion dans ltude doit tre particulirement fine, afin de permettre aux lecteurs de juger si ces diffrences sont suffisamment importantes pour invalider des diffrences pouvant tre rapportes leffet de lintervention. Ceci malheureusement est presque toujours le cas. Labsence de randomisation doit donc rendre extrmement prudente linterprtation des rsultats dune tude. Dans une tude pidmiologique dobservation, que ce soit cohorte ou cas-tmoins, la slection de groupes comparables est le point essentiel. Les diffrences peuvent parfois tre contrles au moment de lanalyse statistique, grce des ajustements complexes, mais cela doit rester le dernier recours. Enfin, les valuations doivent tre faites le plus possible en aveugle. Le double aveugle doit tre une rgle dans les essais randomiss et sil na pas t utilis, lauteur doit fournir des explications dtailles sur les raisons de cette absence et sur ses implications pour les rsultats de ltude.
5) Les nombres dor de ltude ont-ils t prciss dans les mthodes ? Les mthodes dun essai thrapeutique doivent comporter trois nombres essentiels : le calcul du nombre de sujets ncessaires, la dure du suivi, lexhaustivit du suivi.
Nous reviendrons plus loin sur le paragraphe du nombre de sujets ncessaires. La dure de suivi est importante, mme si le nombre de sujets ncessaires tait adquat. Des donnes prcises doivent tre fournies par les auteurs, en particulier sur la mdiane de suivi. Enfin, lexhaustivit du suivi et notamment le nombre de sujets qui ont t perdus de vue et pourquoi, doit tre galement prcis. Des organigrammes et des rgles de rdaction dun article rapportant un essai thrapeutique ont t mis au point par plusieurs journaux internationaux (CONSORT statement).
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Enfin, lanalyse de lessai doit tre effectue en intention de traiter. Ceci veut dire que les patients doivent rester dans leurs groupes de randomisation initial au moment de lanalyse, mme si des difficults sont survenues ultrieurement, cest--dire sils nont pas pris leur traitement correctement, si des ractions indsirables sont survenues obligeant larrt du traitement, si dautres raisons cliniques ont oblig arrter lessai chez un patient, etc Les seuls rsultats valides dun essai thrapeutique randomis sont constitus par les rsultats de lanalyse en intention de traiter.
II- PLAN HABITUEL DE LA SECTION METHODOLOGIE STATISTIQUE : Dans la partie mthodes dun article original, doit tre individualise une partie mthodologie statistique. Cette partie ne se conoit qu la fin dune mthodologie complte, comportant des dtails sur la variable dpendante (critre de jugement principal), la variable indpendante principale et les autres paramtres mesurs. Elle ne se conoit galement quaprs des dtails sur le recueil des donnes, sur leur circuit (contrle, saisie). Le paragraphe nombre de sujets ncessaires peut tre intgr dans cette partie analyse statistique, mais peut tre galement spar. Lanalyse statistique doit tre planifie a priori, ce qui est videmment difficile juger au stade de la rdaction du papier. Toutefois, lapparition danalyses en sous-groupes dans les rsultats doit rendre le lecteur prudent. La partie mthodologie statistique doit pouvoir rpondre deux questions : quels calculs et quels tests ont t raliss ? pour aboutir quels types de rsultats ?
Cette partie doit tre en adquation avec le schma dtude, le type de variables mesures, le rle des variables principales (dpendantes ou indpendantes) et leur niveau de mesure. Le plan gnral habituel dune partie analyse statistique est le suivant : - Modalits danalyses descriptives de lchantillon : les auteurs doivent prciser comment sont exprims les rsultats descriptifs des variables qualitatives (pourcentages habituellement), ou des variables quantitatives (habituellement moyennes cart types). Pour les variables quantitatives, dautres paramtres peuvent tre galement donns comme les mdianes (valeurs qui sparent la distribution en deux parties gales), les extrmes (souvent important pour se rendre compte de lhomognit de la population). Lcart type est encore appel dviation standard ou standard deviation en anglais. Parfois, dautres mesures de dispersion sont utilises comme lerreur standard ou standard error en anglais, qui est en fait
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lcart type de la moyenne et qui est calcul par lcart type divis par la racine carre de leffectif. Il est alors facile de comprendre que cette erreur standard est toujours plus faible que lcart type, ce qui parfois peut donner aux lecteurs une impression fausse de prcision importante des rsultats de ltude, alors quil sagit simplement dune astuce de prsentation. Ceci peut tre vrai pour les chiffres donns dans larticle, mais galement pour les reprsentations graphiques. Il est donc de bonnes pratiques que les auteurs aient prcis sils ont exprim leurs rsultats sous la forme de moyenne cart type ou sous la forme de moyenne erreur standard.
- Modalits de traitement des non rponses, ou des valeurs manquantes en gnral : dans certaines tudes, les valeurs manquantes peuvent tre nombreuses pour diffrentes raisons : perdus de vue, absence de rponse, erreur de saisie, Les auteurs devraient prciser la frquence de leur survenue. Cette frquence pouvant varier pour chaque paramtre mesur, elle nest souvent pas dtaille mais, au minimum, les auteurs doivent donner une ide de lampleur de ces valeurs manquantes et de ce qui a t fait pour les traiter ou non dans les analyses. Dans certaines tudes, des traitements spcifiques de ces valeurs manquantes peuvent tre mis en uvre. Par exemple, dans des tudes de cohorte, des techniques statistiques sophistiques sont disponibles.
- Analyse du critre principal de jugement : le test le plus important est bien sr celui du critre principal de jugement entre les groupes compars. Le test statistique doit tre prcis et justifi. Un seul type de test doit avoir t ralis ce niveau. Ce test doit tre adapt la question pose (voir plus loin). Dans cette partie de mthodologie statistique, seul le test peut tre prcis, mais il est bien vident que dans la partie rsultats, tout test statistique doit saccompagner des valeurs qui ont t compares. Dans la partie rsultat, le test doit tre rsum par le degr de significativit p . Un p sans les valeurs qui ont t compares na aucune signification et ne peut tre rellement interprt.
- Analyse des critres secondaires : les autres critres de jugement doivent tre galement compars et les tests statistiques adapts doivent tre prciss.
- Prise en compte dventuelles co-variables : linfluence de co-variables sur la question principale de jugement peut tre recherche, soit co-variable par co-variable, soit de faon multivarie. Le type danalyse multivarie doit tre alors prcis, ainsi que la procdure
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ralise : slection des variables incluses dans le modle initial puis slection progressive des variables pour aboutir au modle final.
- Analyses inter-co-variables : celles-ci doivent tre limites car il ne sagissait pas de la question de recherche. Elles peuvent simplement tre prsentes comme gnratrices dhypothses nouvelles pour dventuelles tudes ultrieures.
- Autres analyses : les auteurs peuvent prsenter la fin de cette partie de mthodologie statistique, dautres analyses ralises comme des analyses de concordance entre plusieurs observateurs ou entre plusieurs techniques de mesure, les mthodes destimation de la prcision de certaines mesures (intervalles de confiance), etc
Ce plan est videmment un plan classique mais peut varier selon les schmas dtude et selon les habitudes des auteurs. Ce paragraphe de mthodologie statistique doit tre rdig dans des termes prcis, en style scientifique, de faon suffisamment dtaille. Ce paragraphe doit comporter le seuil de significativit qui a t choisi, soit globalement pour lensemble des analyses statistiques (habituellement seuil 0,05 cest--dire que les auteurs se laissent 5% de risque derreur de conclure une diffrence statistiquement significative alors quelle nexiste pas rellement). Ce seuil peut toutefois tre amen 0,10 pour certains rsultats danalyse multivarie. Linclusion des variables dans le modle initial dune analyse multivarie peut tre faite jusqu un seuil de 0,25. Ce paragraphe doit galement prciser si une seule analyse statistique du critre principal de jugement a t ralise pour lensemble de ltude ou si des analyses intermdiaires ont t prvues ds le dbut du protocole. Auquel cas, un ajustement de certains risques derreurs doit avoir t prvu et notamment ds le calcul du nombre de sujets ncessaires, afin de ne pas dpasser un risque derreur global de lanalyse statistique sur lensemble de ltude. Ce mme problme existe galement pour les comparaisons multiples qui doivent avoir incit les auteurs ajuster ces risques derreurs. Enfin, et cela nest pas souvent prcis dans les paragraphes de mthodologie statistique, les conditions dapplication des tests doivent avoir t vrifies. Il est bien vident quil est ncessaire de faire confiance aux auteurs pour ce qui est des tests habituels, mais lorsque les analyses sont plus complexes, les auteurs doivent dtailler dans leur article les mthodes quils ont mis en uvre pour vrifier les hypothses sous jacentes aux tests raliss.
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III- ELEMENTS PRINCIPAUX DE LA LECTURE CRITIQUE STATISTIQUE :
1) Randomisation : La seule manire de rendre comparable deux groupes de sujets avant dappliquer une intervention spcifique lun des groupes est de randomiser, cest--dire de tirer au sort quels sujets seront dans un groupe et quels sujets seront dans lautre groupe. Toute autre mthode risque de mener des biais lors de comparaisons de rsultats. Les techniques de randomisation sont multiples. Il existe des randomisations simples, des randomisations stratifies sur certaines variables, des randomisations stratifies par centre dans les essais multicentriques. Une autre technique, qui commence tre utilise, est la technique de minimisation qui nest pas une relle randomisation, mais qui cherche minimiser les diffrences entre les variables pronostiques principales entre les deux groupes. La randomisation fait appel des tables de nombres au hasard. La randomisation classique est quilibre par blocs de taille variable, cest--dire sassure que les diffrents groupes auront un effectif identique des moments prcis au fur et mesure des inclusions. Mme en cas de randomisation satisfaisante, les auteurs doivent donner une table montrant les caractristiques de base des groupes tudis. Cette table doit montrer que les groupes sont similaires en terme dge, de sexe par exemple, ou des variables pronostiques importantes. Il ny a pas lieu de raliser des tests statistiques ce niveau, si la randomisation a t correctement ralise. Toutefois, si dimportantes diffrences sont retrouves ce stade, mme dues au hasard, cela peut poser un problme dinterprtation dans les rsultats. Il faut donc alors voir si les auteurs ont pris en compte ces diffrences et ont par exemple ralis des ajustements dans les analyses statistiques ultrieures.
2) Nombre de sujets ncessaires : Le calcul de la taille de lchantillon prend en compte plusieurs lments. Ce calcul doit se faire a priori, au moment de la planification de ltude et doit tre adapt la question pose. Habituellement, il est plac dans la section mthodes, avant la description de lanalyse statistique. Leffet considr comme cliniquement significatif peut tre indiqu en premier, suivi des niveaux de risque statistique que les auteurs se sont fixs. Le caractre unilatral ou bilatral du test influe galement sur ce nombre de sujets (voir point 4 ci-dessous). Enfin, des donnes concernant la variabilit des phnomnes mesurs peuvent tre indiqus avec les rsultats du calcul du nombre de sujets ncessaires.
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Exemple : le nombre du sujets ncessaire a t calcul pour mettre en vidence une rduction du critre de jugement principal de moins x , en se fixant des risques alpha et bta de y et z, pour un test bilatral (ou unilatral) et un cart type de la rduction du critre de jugement principal s . Ce nombre de sujets tait de n . Parfois, le calcul de la taille des chantillons na pas pu tre fait a priori, cause dune mconnaissance de limportance de ce calcul ou dun manque de sujets disponibles. Cela doit apparatre clairement dans la section mthodes et la discussion de larticle doit voquer cette limite et ses consquences ventuelles.
3) Les tests statistiques taient-ils appropris ? Le choix dun test statistique reste du domaine du statisticien ! Toutefois, limportant est que ce test soit adapt au type de donnes disponibles. Les tests statistiques sont diffrents si lon travaille sur uniquement des donnes qualitatives, sur une comparaison entre donnes qualitatives et quantitatives, uniquement sur des donnes quantitatives (tableau I). Une donne quantitative sexprime par une moyenne couple ventuellement un cart type. Une donne qualitative sexprime en pourcentage. Trs schmatiquement, sil sagit de comparer des pourcentages dans deux groupes de sujets (deux variables qualitatives), le test appropri est un chi2. Sil sagit de comparer une variable quantitative, cest--dire deux moyennes entre deux groupes (le groupe tant une variable qualitative), le test appropri est un test t de student (test paramtrique) ou un test de Mann-Whitney (test non paramtrique). Dans le cas de comparaison de plusieurs moyennes (plus de deux), les tests correspondants sont une analyse de variance (test paramtrique) ou un test de Kruskal-Wallis (test non paramtrique). Sil sagit de regarder si une variable quantitative va dans le mme sens quune autre variable quantitative, il sagit de corrlation, voire de rgression. Les tests appropris sont alors le calcul du coefficient de corrlation linaire r (test paramtrique) ou le test des rangs de Spearman (test non paramtrique). Ces tests sont les plus frquents. Dautres situations peuvent toutefois tre rencontres, comme par exemple la situation des tests apparis : il sagit de tests raliss chez les mmes sujets, comme par exemple comparer deux moyennes deux moments diffrents dans un mme groupe de sujets, avant et aprs un traitement par exemple. Ces tests sont habituellement plus puissants car la variation inter-individuelle est videmment plus faible dans un mme groupe de sujets et il est alors plus facile de montrer une diffrence. Il existe des tests apparis pour chacune des situations que nous venons de voir.
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Comment choisir entre test paramtrique et test non paramtrique ? Les tests paramtriques font lhypothse que les donnes ont une forme particulire de distribution, le plus souvent une distribution normale. Les tests non paramtriques ne font pas ce type dhypothse sur la distribution des donnes. En gnral, les tests paramtriques sont plus puissants que les tests non paramtriques et doivent donc tre utiliss si possible. Les tests non paramtriques travaillent sur le rang des donnes et non pas sur la valeur relle. Dcider si les donnes sont distribues de faon normale est difficile mais doit tre fait puisque cela dtermine quel type de test devait tre ralis. Le simple histogramme de frquences cumules dune variable peut faussement rassurer sil montre une distribution normale (figure 1). En effet, la distribution de la variable doit tre normale dans la population et non pas seulement dans lchantillon, ce qui est bien entendu difficilement vrifiable. Heureusement, la plupart des donnes biologiques que lon utilise en mdecine sont distribues de faon normale autour dune moyenne dans la population. La plupart des variables peuvent donc tre traites par des tests paramtriques. Toutefois, de nouveaux paramtres ltude dont on ne connat pas la distribution dans la population ne peuvent tre traits par des tests paramtriques que si leffectif des groupes est suffisamment important (au minimum au-del de 30 dans chaque groupe). Ce seuil de 30 a t choisi car cest partir de ce seuil que lon peut faire lapproximation que la distribution suit une loi normale, et que ds lors les rsultats des tests paramtriques ne seront pas biaiss. Certaines variables dont on sait lvidence quelles ne suivent pas une loi normale, comme par exemple la dure de sjour dans un service hospitalier, ne doivent pas tre traites par des tests paramtriques, mme si le nombre de sujets est important. Si des auteurs ont utilis des tests statistiques non usuels, voire obscurs, il faut que larticle justifie pourquoi cela a t ralis et quils apparaissent dans les rfrences. Le nombre de tests statistiques possibles semblent parfois infinis. Toutefois les comparaisons statistiques habituelles peuvent tre ralises en utilisant au maximum une douzaine de tests. Si les auteurs semble dcrire des donnes classiques, recueillies de faon classique pour raliser une comparaison qui semblerait classique, et quils utilisent des tests statistiques aux noms imprononables, qui nexistent pas dans les livres statistiques de base, le lecteur doit se mfier. Enfin, les donnes doivent avoir t analyses en suivant le protocole originel. Notamment, chercher dans les donnes des rsultats intressants a posteriori, par exemple par des analyses en sous groupes peut entraner des conclusions faussement positives. Ces analyses ne peuvent pas entraner des conclusions majeures, mais doivent simplement tre
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gnratrices dhypothse nouvelles, qui devront tre testes par dautres tudes. Seules des raisons thiques peuvent permettre darrter prmaturment un essai thrapeutique.
4) Tests unilatraux (One Tailed Test) ou bilatraux (Two Tailed Test) ? Les tests bilatraux sintressent aux diffrences entre les deux groupes dun ct ou de lautre, cest--dire si un des deux groupes, peu importe lequel, est suprieur lautre. Alors que les tests unilatraux sintressent un seul ct de la diffrence, cest--dire un groupe spcifique suprieur lautre groupe. Les auteurs, sils ont utilis des tests unilatraux doivent expliquer pourquoi et donner clairement lhypothse statistique teste, savoir quel groupe tait considr suprieur lautre. Des tests unilatraux nont aucune puissance statistique de montrer linverse.
5) Valeurs aberrantes : Des rsultats bizarres ou tout au moins non attendus peuvent reflter des particularits chez un ou plusieurs sujets, des erreurs de mesure, des erreurs dinterprtation de la lecture des donnes dun appareil, des erreurs de calcul. Lorsqu'un rsultat est trs loign de ce que lon aurait pu attendre, il est possible que les auteurs lexcluent de lanalyse. Cela ne doit se faire bien entendu quavec prudence, en stant assur quil ne sagit pas dun rsultat rel, traduisant des particularits chez un sujet donn dans le groupe. La correction statistique pour des valeurs aberrantes est possible mais requiert des mthodes sophistiques.
6) Est-ce que les valeurs de p ont t calcules et surtout interprtes de faon appropries ? La valeur de p correspond la probabilit que le rsultat constat soit li au hasard. Dans la pratique scientifique standard, de faon totalement arbitraire, lorsque le p est infrieur 5%, on considre quil existe une signification statistique et que le rsultat nest pas li au hasard. Cela veut donc dire par dfinition quune association significative peut tre retrouve dans un cas sur vingt par hasard. Une des consquences est de se mfier de la ralisation de nombreux tests statistiques partir du mme jeu de donnes. En effet, dans ce cas, il est possible dobtenir une association simplement lie au hasard dans cinq cas sur cent. Il faut donc prendre cela en compte et effectuer des corrections : habituellement il sagit de la correction de Bonferroni qui requiert simplement de diviser le fameux seuil de 5% par le nombre de tests raliss et de
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considrer les valeurs de p infrieures ce nouveau seuil calcul comme statistiquement significatives. A linverse, une valeur de p qui nest pas infrieure 0,05 peut avoir deux explications : soit il nexiste effectivement pas de relle diffrence entre les groupes, soit il y avait trop peu de sujets pour la mettre en vidence (manque de puissance). Cest pourquoi le calcul du nombre de sujets ncessaires est extrmement important. Enfin, une valeur de p ne suffit souvent pas. Il faut donner les valeurs compares et pas seulement la valeur de p . De plus, il est de bonne pratique de donner galement les intervalles de confiance des paramtres estims. Cet intervalle de confiance correspond la variation du paramtre dans une population plus large dont serait issu lchantillon de ltude. Ces intervalles de confiance peuvent tre donns, que ltude soit positive cest--dire montrer une association statistique, ou ngative. Ces intervalles de confiance peuvent tre calculs pour lensemble des paramtres intressants dans une tude, que ce soit un pourcentage, une moyenne ou dautres paramtres tels que sensibilit, spcificit, etc Lintervalle de confiance permet de se rendre compte si les rsultats de ltude sont suffisamment prcis, quils soient positifs ou ngatifs. Si la variation du paramtre est trop importante, mme si ltude a un rsultat statistiquement significatif, il est prudent de se mfier. Linterprtation de lintervalle de confiance doit tre ralis grce au bon sens clinique. Lutilisation des intervalles de confiance dans les articles mdicaux est encore malheureusement peu commune.
CONCLUSION : Ces quelques pages navaient bien entendu pas pour but de faire apprendre la biostatistique, mme basique, mais simplement de donner quelques cls de lecture darticles incluant de telles analyses. Lexercice le plus difficile sera sans doute de savoir si le test ralis tait le plus appropri. Cela ncessite de la pratique. Il faut revenir la question de base : Quels paramtres les auteurs ont-ils voulu comparer ? et complter cette question par : De quels types taient les paramtres ? cest--dire qualitatifs ou quantitatifs. Il existe des exemples de mauvaise utilisation ou de mauvaise interprtation des tests statistiques dans la plupart des grandes revues, mme internationales. Le paragraphe qui suit donne quelques exemples qui ne doivent pas tre suivis
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ANNEXE
POUR CEUX QUI VEULENT TRICHER (A NE PAS RETENIR ET ENCORE MOINS APPLIQUER ! ! !) : lancer toutes vos donnes dans un ordinateur, et rapporter comme significatives toutes relations o p est infrieur 0,05 , si les diffrences existent initialement entre deux groupes et quelles favorisent le groupe o a t donn le nouveau traitement, se souvenir de ne pas ajuster sur ces diffrences ne pas sintresser la distribution des donnes. Si vous le faites, vous risquez dtre oblig dutiliser des tests non paramtriques, ce qui nest pas trs drle, ignorez tous les perdus de vue et les non rpondeurs, comme cela lanalyse concerne uniquement les sujets ayant eu lensemble du traitement, si des points extrmes vous ennuient dans vos calculs, enlevez-les. mais si les extrmes vous aident dans vos conclusions, laissez-les, si vos intervalles de confiance sont trop larges, voire inclus la possibilit de labsence de diffrence entre les groupes, ne les crivez pas dans larticle. Mieux encore, mentionnez les trs brivement dans le texte, mais ne les dessinez pas sur un graphe et surtout ignorez les lorsque vous donnerez vos conclusions, si une diffrence entre deux groupes devient significative quatre mois et demi aprs le dbut dun essai alors quil devait durer six mois, arrter lessai thrapeutique et commencer donner les rsultats. Par contre, si six mois les rsultats sont proches de la significativit, continuer lessai pour un mois supplmentaire, si vos rsultats semblent non intressants, demandez lordinateur de revenir voir si certains sous groupes se comportent diffremment. Vous trouverez peut tre que votre traitement est intressant chez toutes les femmes ges de 52 61 ans et mesurant 1,57 m 1,65 m, si lanalyse de vos donnes de la faon dont vous laviez planifie ne vous donne pas les rsultats escompts, recommencer avec dautres tests
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Tableau I : Niveau de mesure des variables et choix des mthodes statistiques (cas de comparaisons non apparies) Mesure des variables Dpendante Dichotomique Indpendante Dichotomique Multinomiale Ordinale Quantitative Multiples Mthodes statistiques possibles* Paramtre estim Proportions ; risques relatifs Proportions ; risques relatifs Proportions ; risques relatifs Moyennes ; mdianes 2 2 ; test 2 de tendance Test t ; test de Mann-Whitney Test statistique 2 ; test exact de Fisher
Rgression logistique ; analyse discriminante ; modles log-linaires ou linaires gnraliss
Multinomiale
Multiples
Ordinale
Multiples
Quantitative
Dichotomique Multinomiale Ordinale Quantitative
Moyennes ; mdianes Moyennes ; mdianes Moyennes ; mdianes Coefficients de corrlation ou rgression
Multiples Temps Multiples
Rgression linaire multiple ; modles linaires gnraliss Modles de survie (Kaplan-Meier, Cox, Poisson )
* Liste non exhaustive ; le choix des mthodes dpend aussi du type de question pose et des conditions dapplication des tests.
Tir de : Lecture Critique et Rdaction Mdicale Scientifique : comment lire, rdiger et publier une tude clinique ou pidmiologique. LR Salmi, d. Elsevier
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Figure 1 : Histogramme reprsentant la distribution de la concentration de lacide urique srique dans une population de 267 hommes daprs Morton RF, Hebel JR
25 20,2 20 Frquences relatives (%) 15,0 15 12,4 17,6 14,2
10 5,6 5 0,8 0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,4 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 Acide urique (mg/100 mL) 1,1 0,4 1,1 6,0 5,6
Tir de : Biostatistiques au quotidien. Michel Huguier, Antoine Flahault, d. Elsevier

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FACULTE DE MEDECINE DE LIMOGES ________________________

Professeur A. VERGNENEGRE Professeur P. M. PREUX Anne 2002 - 2003

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CHAPITRE I : IDENTIFICATION DES INFORMATIONS : LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE OU RECHERCHE DOCUMENTAIRE

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CHAPITRE II : LA LECTURE CRITIQUE DES ARTICLES SCIENTIFIQUES : SELECTION DE LA LITTERATURE

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De faon assez sommaire, on peut schmatiser le principe sur la figure ci-dessous :

LIRE LA SECTION MATERIEL ET METHODES

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expos non expos Biais dexclusion lintervention suivi

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ANALYSE DUNE PUBLICATION MEDICALE ORIGINALE

Oui Oui Oui

Non Non Non

Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui

Non Non Non Non Non Non Non Non Non

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GRILLE DE LECTURE DES REVUES DE SYNTHSE

4. Applicabilit clinique La revue de synthse permet de rpondre en q pratique la question pose

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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE THRAPEUTIQUE

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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE DIAGNOSTIQUE

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4. Lutilit clinique du test est recherche

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GRILLE DE LECTURE DUN ARTICLE DE CAUSALIT

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