SINTESIS PROTEIN PADA EUKARIOT

A. TRANSKRIPSI Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil cincin gula pentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada DNA disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.RNA tidak berpilin karena dari bentuk rantainya yang tunggal yang menyebabkan konformasinya tidak sama dengan DNA. Sintesis RNA dari cetakan DNA disebut transkripsi. Transkripsi dikatalisis oleh enzim yang dikenal sebagai RNA polymerase. Mekanisme kerja RNA dan DNA polymerase sangat serupa, dengan satu perbedaan penting yaitu RNA polymerase dapat memulai sintesis untai baru. Sel bakteri memiliki satu RNA polymerase yang mentranskripsikan semua jenis RNA. Berlainan dengan prokariotik, sel eukariotik memiliki tiga RNA polymerase. Polymerase I mentranskripsi gen yang mengkode rRNA 5, 8S, 28S, dan 18S. Polymerase ini sering kali ditemukan berasosiasi dengan kromosom di dalam nukleolus. Polymerase II melakukan transkripsi dari promotor yang mengontrol sistesis pra-mRNA yang masih mengandung pengkode (ekson) dan daerah bukan pengkode (intron). Polymerase III hanya mengenali promotor yang mengontrol sintesis RNA yang relatif pendek, misalnya tRNA dan rRNA 5S dan sebagainya. Semua RNA polymerase memiliki mekanisme kerja yang sama. Namun, RNA polymerase mengenali jenis promotor yang berbeda. Sebuah untai DNA berfungsi sebagai cetakan yang disalin dalam arah 5 ke3. Ribonukleosida trifosfat ATP, GTP, CTP dan UTP berfungsi sebagai prekusor yang membentuk pasangan basa dengan nukleotida komplementer pada cetakan DNA. Fosfat melekat ke gugus 5hidroksil pada prekusor membentuk ikatan ester dengan gugus 3hidroksil di ujung rantai RNA yang sedang tumbuh. Pelepasan pirofosfat dan

pemutusannya

oleh

pirofosfatase

untuk

membentuk

dua

fosfat

inorganik

menghasilkan energi yang menjalankan reaksi polimerisasi. Karena RNA memiliki untai tunggal, mekanisme transkripsi RNA tidak serumit seperti pada replikasi DNA. Namun, cetakan DNA memiliki dua untai, akibatnya untuk setiap gen, RNA polymerase harus mampu menentukan untai mana yang akan ditranskripsi. Urutan pada DNA menentukan dimana RNA polymerase akan berikatan, seberapa sering dan seberapa kuat ia berikatan, dan dimana transkripsi gen dimulai. Urutan ini dikenal sebagai promotor (promoter), biasanya terletak dekat dengan titik dimana transkripsi dimulai titik mulai (startpoint). Urutan lain yang dikenal sebagai enhancer, juga mempengaruhi frekuensi transkripsi tetapi mungkin terletak cukup jauh, kadang-kadang berjarak ribuan nukleotida dari titik mulai (start point). Urutan nukleotida pada suatu gen diwakili oleh huruf-huruf basa nitrogen pada untai pengkode dupleks DNA. Urutan tersebut tertulis dari kiri ke kanan dalam arah 5ke 3.Untai lain pada heliks DNA berfungsi sebagai untai cetakan yang sebenarnya digunakan oleh RNA polymerase selama proses transkripsi. Untai cetakan DNA bersifat komplementer dan anti paralel baik terhadap untai pengkode (bukan cetakan) DNA maupun terhadap transkrip RNA yang di hasilkan dari cetakan. Dengan demikian, untai pengkodepada DNA identik dalam urutan basa dan arah transkrip dengan RNA kecuali bahwa setiap untai DNA ini mengandung sebuah T, transkrip RNA mengandung U. Agar gen dapat diekspresikan, RNA polymerase harus mengetahui titik yang tepat untuk memulai transkripsi dan untai DNA yang akan ditranskripsi (untai cetakan). RNA polymerase juga harus mengenal gen mana yang harus ditranskripsi karena gen yang ditranskripsi tersebut hanyalah sebagian kecil dari gen total dan gen yang ditranskripsi berbeda dari satu jenis sel ke jenis lain dan berubah-ubah pada keadaan fisiologis. Sinyal pada DNA yang dikenali oleh RNA polymerase disebut promotor. Promotor adalah urutan pada DNA (sering disebut box atau elemen) yang menentukan titik mulai (start point) dan frekuensi transkripsi. Karena terletak pada molekul DNA yang sama dan dekat dengan gen yang promotor atur, promotor tersebut bersifat cis-acting (bertindak sebagai cis). Protein yang berikatan dengan urutan DNA ini dan mempermudah atau menghambat RNA polymerase dikatakan bersifat trans-acting (bertindak sebagai trans) karena protein tersebut dikode oleh gen yang berbeda dari gen yang ikut mereka atur.

Daerah promotor bagi polymerase I (pol I) terletak ke arah hulu dari situs start transkripsi. Sebuah kotak Hogness (kotak TATA) terletak dalam promotor sebagai analog eukariota dari kotak Pribnow prokariotik. Inisiasi sintesis RNA sangatlah spesifik-spesies, artinya dalam suatu spesies, satu atau lebih protein (esensial bagi proses transkripsi) mengenali promotor-promotor hanya dalam rDNA spesies yang sama. RNA polymerase II (pol II) memiliki faktor-faktor inisiasi spesifiknya sendiri bagi sintesis semua mRNA eukariotik. Promotor-promotornya terletak ke arah hulu dari situs start masing-masing gen, tapi aktivitas promotor-promotor itu bisa ditingkatkan oleh sekuens-sekuens DNA yang tertaut secara fisil (dalam posisi cis) disebut enhancer. Enhancer bisa berfungsi dalam orientasi yang mana saja dan mungkin terletak di dalam,menghulu atau menghilir dari gen-gen targetnya (terkadang jaraknya jauh). Efek peningkatannya diperantarai oleh protein-protein pengikat DNA yang spesifik-sekuens. Dihipoetesiskan bahwa begituprotein pengikat DNA melekat pada sekuens enhancer, protein itu menyebabkan nukleotida-nukleotida yang menyela diantara enhancer dan promotor untuk mendorong keluar membentuk loop. Struktur loop tersebut lalu memfasilitasi pelekatan molekul-molekul RNA polymerase II ke promotor gen yang ditranskripsi. RNA polymerase II terus memperpanjang rantai mRNA melebihi sekuens-sekuens yang ditemukan dalam mRNA matang sebelum kemudian terjadi terminasi dipotong secara spesifik untuk membentuk 3yang benar. Mekanisme-mekanisme yang kompleks memastikan disingkirkannya intronintron dari pra-mRNA (transkrip primer) dan disambung-sambungkannyaekson dalam urutan yang benar. Setelah itu, pra-mRNA eukariota mengalami sejumlah modifikasi kovalen sebelum dilepaskan dari nucleus sebagai molekul-molekul pembawa pesan (mesenger) dewasa. Enzim poli-A polimerase menambahkan (tanpa cetakan) rentangan panjang nukleotida adenin ke ujung 3 masing-masing pra-mRNA sehingga terbentuklah ekor poli-A. Ujung-ujung 5 memperoleh tudung (cap) dari nukleotida guanin yang tidak biasa (3-G-5 ppp5-N-3p). Sebuah gugus metil ditambahkan sesudahnya ke tudung guanin yang terbalik itu. Dengan demikian, baik ujung 5 maupun ujung 3 kebanyakan mRNA eukariotik memiliki gugus-gugus 2-OH dan 3OH bebas pada gula-gula ribosa terminalnya. Ribosom eukariotik biasanya berikatan ke tudung mRNA dan kemudian bergerak menghilir sepanjang mRNA hingga menemukan kodon inisiasi AUG pertama dan memulai translasi disana. Transkripsi berlangsung pada gelembung transkripsi, di daerah mana DNA untuk sementara membentuk dua rantai tunggal. Salah satu rantai, oleh RNA

polimerase digunakan sebagai cetakan. Sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA menyalin/mengimlah urutan spesifik DNA ke dalam urutan spesifik molekul baru RNA (sintesis RNA), gelembung tersebut juga bergerak bersama. RNA yang baru dibentukpun semakin panjang. Bergeraknya gelembung transkripsi bersamaan dengan gerakan maju RNA polimerase karena sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA cetakan, iapun turut mendenaturasi pilin ganda DNA dibagian depan gelembung dan merenaturasi kembali dibagian belakang gelembung. Panjang gelembung transkripsi kurang lebih 18 pb, tetapi panjang daerah hibrida RNA-DNA di dalam gelembung itu lebih pendek. Pandangan klasik, melalui pembuktian tidak langsung, adalah sekitar 12 pb, walaupun belum pernah diukur secara langsung. Bukti yang lebih baru menunjukkan bahwa basa pada RNA sedekat 3 pb dari titik pemanjangan dapat dipotong oleh ribonuklease yang mengenal RNA rantai tunggal. Dengan demikian, RNA masih berasosiasi dengan DNA hanya sepanjang 2-3 basa dari titik pertumbuhan rantai, setelahnya RNA berikatan sangat kuat dengan RNA polimerase. Jadi hibrida RNA-DNA sangat pendek, bersifat sementara, dan hanya cukup untuk memberikan stabilitas bagi reaksireaksi perpasangan basa yang menentukan spesifitas penambahan nukleotida diujung pemanjangan RNA. Proses transkripsi dapat dibagi ke dalam beberapa tahapan: (1) Tahapan pengakuan cetakan (template recognition), (2) Tahapan pengawalan (initiation), (3) Tahapan pemanjangan (elongation), dan (4) Tahapan pengakhiran (termination). 1. Tahapan pengakuan cetakan, RNA polimerase membentuk kompleks dengan rantai ganda DNA, ikatan hidrogen dilelehkan, dan menciptakan gelembung transkripsi. Daerah yang dibutuhkan oleh RNA polimerase membentuk kompleks dengan rantai ganda DNA disebut promotor. 2. Tahapan pengawalan mendeskripsikan pembentukan ikatan nukleotida pertama dalam RNA. Enzim RNA polimerase tetap berada di daerah promotor sambil mensintesis ~9 nukleotida pertama. Namun demikian, pembentukan nukleotida pendek ini terkadang mengalami keguguran (abortion), yaitu: enzim mensintesis transkrip kurang dari 9 basa, melepaskannya kembali, dan memulai kembali mensintesis RNA baru. Tahapan pengawalan berakhir apabila enzim mampu mensintesis rantai RNA baru melewati batas panjang ini.

3. Tahapan pemanjangan adalah selang selama enzim bergerak sepanjang DNA cetakan dan memperpanjang rantai RNA. Sambil ia bergerak, ia membuka rantai ganda DNA dan menyingkapkan sandi rantai tunggal DNA dengan nukleotida-nukleotida yang datang menyerang ujung 3 dari rantai RNA yang sedang mengalami pemanjangan, membentuk molekul hibrida RNA-DNA di daerah yang dibuka gulungannya. Persis dibelakang gulungan DNA yang terbuka ini, rantai tunggal DNA berpasangan kembali membentuk rantai ganda dengan pasangan aslinya. RNA kemudian muncul sebagai rantai tunggal yang bebas, yang ujung pemanjangannya masih terkait dengan kompleks DNARNA-enzim. 4. Tahapan pengakhiran melibatkan pengakuan titik dimana tidak ada lagi basa yang ditambahkan ke dalam rantai. Untuk mengakhiri transkripsi,

pembentukan ikatan fosfodiester harus dihentikan, dan kompleks transkripsi harus dibubarkan. Sewaktu nukleotida terakhir ditambahkan akan diikuti oleh runtuhnya gelembung transkripsi, dan dilepaskannya hibrida RNA-DNA. DNA kembali ke keadaan rantai ganda, RNA dan enzim dibebaskan. Urutan basa nukleotida dalam DNA yang digunakan agar terjadinya pengakhiran transkripsi disebut terminator. Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokariot yang pada umumnya bersifat polisistronik, gen-gen pada jasad eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi. Pada jasad eukariot tidak dikenal adanya sistem operon karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. Gen-gen eukariot tersebar pada beberapa kromosom. Banyak gen eukariot yang bagian strukturalnya berselang-seling antara sekuens yang mengkode satu uratan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode uratan spesifik (intron).

Subunit-Subunit RNA Polimerase Pada Eukariot Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang terdiri atas 12 subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar mempunyai homologi satu sama lain. Sementara itu, ketiga RNA polimerase eukariot membawa subunit-subunit yang mempunyai homologi dengan subunit-subunit RNA polimerase inti pada E. coli (2). Subunit terbesar RNA polimerase eukariot menyerupai subunit , sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai subunit , yang merupakan pusat katalitik RNA polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata berkaitan

dengan homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase eukariot juga mengandung tapak aktif. Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol III, serta satu subunit lainnya yang khas pada RNA Pol II, memperlihatkan homologi dengan subunit RNA polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih kecil, yang memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Masing-masing RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya dijumpai pada salah satu di antara ketiganya.

Aktivitas RNA Polimerase Eukariot Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot mengatalisis transkripsi dengan arah 5 ke 3 dan menyintesis RNA yang komplementer dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP, CTP, UTP, dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti pada bakteri, RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein inisiasi tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan inisiasi transkripsi.

Proses Maturasi Setelah DNA berhasil membuat RNA dalam proses transkripsi disebut RNA copy, proses berikutnya adalah maturasi yaitu capping, splicing dan penambahan poly(A)tail. 1. Capping adalah proses perubahan lima primer mRNA menjadi tiga primer mRNA melalui pautan 5-5. Proses ini berguna agar mRNA dapat menempel pada ribosom dan menghindari terdegradasinya mRNA oleh enzim 5 exonulcease. 2. Splicing adalah membuang intron, bagian yang tidak memiliki kode (non coding region), sehingga mRNA hanya terdiri dari exon saja, yaitu bagian yang memiliki kode (coding region). Pada sel eukariot transkripsi terjadi satu kali dan mengkode sejumlah rangkaian mRNA yang tidak mempunyai intron. Proses ini dibantu oleh splicesome yang menempel pada intron, menjadikan intron melingkar dan memotongnya. Dengan demikian dua exon dapat bergabung.

3. Penambahan poly(A)tail atau disebut polyadenilation adalah penambahan rangkaian mRNA pada bagian ujung 3. Maksud penambahan ini u ntuk menghindari degradasi oleh 3exonuclese, sehingga umur mRNA bertambah panjang.

Ekspresi Gen Pada Eukariotik 1. Mekanisme pengaturan ekspresi gen pada eukariotik Pengaturan jenis dan jumlah protein yang terdapat dalam sel eukariotik berlangsung di sejumlah tahapan yang berbeda. Pertama-tama, perubahan dalam jumlah atau struktur gen dapat mempengaruhi jumlah atau jenis protein yang dibentuk didalam sel. Gen mungkin lenyap dari sel, jumlahnya meningkat, tersusun ulang, atau mengalami modifikasi secara kimia. DNA dapat berikatan dengan senyawa lain (misalnya histon) dan mengambil konformasi yang sulit ditranskipsikan. Di tingkat transkripsi gen spesifik, elemen di dalam urutan DNA (disebut elemen sis) berikatan dengan faktor lain yang dikenal sebagai elemen trans (biasanya protein) yang mendorong atau menghambat pengikatan RNA polymerase ke gen. Pengaturan dapat terjadi selama pengolahan transkip RNA (hnRNA) menjadi mRNA matang. Tempat penyambungan alternatif untuk penambahan ekor poli A dapat menghasilkan mRNA yang berbeda dari hnRNA tunggal. 2. Tidak adanya operon pada eukariot Operon tidak terdapat pada eukariotik. Gen yang mengkode protein yang berfungsi bersama-sama biasanya terletak di kromosom yang berbeda. Misalnya, gen untuk rantai globin- hemoglobin terletak di koromosom 16, sedangkan gen untuk rantai globin- terletak di kromosom 11. Situasi ini berbeda di bakteri, diman gen yang mengkode protein yang berfunsi bersamasamaterletak berdampingan satu sama lain dalam operon. Operon diatur oleh sebuah promotor.

Tabel 1. Perbedaan operon dan ekspresi gen tunggal: Ekspresi Gen Operon Terletak pada Prokariot Sifat Polisistronik Pengendalian Ekspresi Gen Terjadi pada arah transkripsi

Gen Tunggal

Eukariot

Monosistronik

Terjadi translasi

mulai

transkripsi-pasca

B. TRANSLASI Translasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi genetika pada mRNA. Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis protein setelah proses transkripsi. Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam aminoasam amino menjadi polipeptida dan tRNA sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan penerjemah sandi genetika mRNA. Antibiotika dapat menghambat atau menghentikan proses translasi pada biosintesis protein, contohnya antibiotika anisomycin, cycloheximide, chloramphenicol, antetracycline. Translasi sangat berhubungan dengan proses transkripsi, karena kedua tahap tersebut merupakan tahap dalam sinteseis protein dalam sel Mekanisme dasar translasi serupa untuk prokariot dan eukariot, Secara Umum Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri atas tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. Kodon pada mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang spesifik. Tiga nukleotida di anti kodon tRNA saling berpasangan dengan tiga nukleotida dalam kodon mRNA menyandi asam amino tertentu. Proses translasi dirangkum dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi (pemanjangan) dan terminasi (penyelesaian). Translasi pada mRNA dimulai pada kodon pertama atau kodon inisiasi translasi berupa ATG pada DNA atau AUG pada RNA. Penerjemahan terjadi dari urutan basa molekul (yang juga menyusun kodonkodon setiap tiga urutan basa) mRNA ke dalam urutan asam amino polipeptida. Banyak asam amino yang dapat disandikan oleh lebih dari satu kodon. Tempat-tempat translsasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi perangkaian secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke dalam kompleks mRNA-ribosom. Pada proses pemanjangan ribosom akan bergerak terus dari arah 53P ke arah 3OH sepanjang mRNA sambil merangkaikan asam-asam amino. Proses penyelesaian ditandai denga bertemunya ribosom dengan kodon akhir pada mRNA. Walaupun mekanisme dasar trskripsi dan translasi serupa untuk prokariot dan eukariot, terdapat suatu perbedaan dalam aliran informasi genetik di dalam sel tersebut.